#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 16:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Vanderpoorten A., & Goffinet B. 2006. Mapping uncertainty and phylogenetic uncertainty in ancestral character state reconstruction: an example in the moss genus Brachytheciastrum. Systematic Biology, 55(6): 957-971. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1691] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Brachytheciastrum_collinum_a Brachytheciastrum_collinum_b Brachytheciastrum_collinum_c Brachytheciastrum_collinum_d Brachytheciastrum_collinum_e Brachytheciastrum_fendleri Brachytheciastrum_olympicum_a Brachytheciastrum_olympicum_b Brachytheciastrum_olympicum_c Brachytheciastrum_trachypodium_a Brachytheciastrum_trachypodium_b Brachytheciastrum_trachypodium_c Brachytheciastrum_velutinum_a Brachytheciastrum_velutinum_b Brachytheciastrum_velutinum_c Brachythecium_bellicum Brachythecium_dieckei_a Brachythecium_dieckei_b Brachythecium_dieckei_c Brachythecium_dieckei_d Brachythecium_leibergii Homalothecium_megaptilum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M889] TITLE 'Brachytheciastrum atpB-rbcL and ITS'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1303; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Homalothecium_megaptilum 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; END; BEGIN SETS; CHARSET its (CHARACTERS = 'Brachytheciastrum atpB-rbcL and ITS') = 1-677; CHARSET atpb (CHARACTERS = 'Brachytheciastrum atpB-rbcL and ITS') = 678-1303; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Brachytheciastrum atpB-rbcL and ITS') = N: 1-1303; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Brachytheciastrum atpB-rbcL and ITS') = N: 1-1303; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8108; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Brachytheciastrum_olympicum_b, 2 Brachytheciastrum_olympicum_a, 3 Brachytheciastrum_velutinum_c, 4 Brachytheciastrum_velutinum_b, 5 Brachytheciastrum_velutinum_a, 6 Brachytheciastrum_trachypodium_b, 7 Brachytheciastrum_trachypodium_a, 8 Brachytheciastrum_trachypodium_c, 9 Brachythecium_leibergii, 10 Brachytheciastrum_fendleri, 11 Brachythecium_dieckei_c, 12 Brachythecium_dieckei_d, 13 Brachythecium_dieckei_b, 14 Brachythecium_dieckei_a, 15 Brachytheciastrum_collinum_c, 16 Brachytheciastrum_collinum_d, 17 Brachytheciastrum_collinum_e, 18 Brachytheciastrum_collinum_b, 19 Brachytheciastrum_collinum_a, 20 Brachythecium_bellicum, 21 Homalothecium_megaptilum, 22 Brachytheciastrum_olympicum_c; TREE Fig._2 = [&R] (((((20,(17,8),(13,12),5,(4,3)),19),(18,16,15),(11,9,(7,6))),10),(14,((2,1),22))); END;