#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 17:29 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bowers J., Martin F., Tooley P., & Luz E. 2006. Genetic and morphological diversity of temperate and tropical isolates of Phytophthora capsici. Phytopathology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1700] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=71; TAXLABELS Phytophthora_capsici Phytophthora_capsici_21170 Phytophthora_capsici_219RU Phytophthora_capsici_220RU Phytophthora_capsici_223RU Phytophthora_capsici_224RU Phytophthora_capsici_230RU Phytophthora_capsici_23NC Phytophthora_capsici_AJ854284 Phytophthora_capsici_AJ854285 Phytophthora_capsici_AJ854286 Phytophthora_capsici_AJ854287 Phytophthora_capsici_AY251662 Phytophthora_capsici_AY423292 Phytophthora_capsici_AY726623 Phytophthora_capsici_AY742735 Phytophthora_capsici_AY742736 Phytophthora_capsici_B2HH4 Phytophthora_capsici_CBS128.23 'Phytophthora capsici Cp-16' 'Phytophthora capsici Cp-17' 'Phytophthora capsici Cp-30' 'Phytophthora capsici Cp-32' 'Phytophthora capsici Cp-D1' 'Phytophthora capsici Cp-D2' 'Phytophthora capsici Cp-D3' Phytophthora_capsici_DQ069293 Phytophthora_capsici_H210 Phytophthora_capsici_H599 Phytophthora_capsici_IMI352321 Phytophthora_capsici_KACC40157 Phytophthora_capsici_KACC40177 Phytophthora_capsici_R1098 Phytophthora_capsici_R1099 Phytophthora_capsici_R1198 Phytophthora_capsici_R1298 Phytophthora_capsici_R198 Phytophthora_capsici_R499 Phytophthora_capsici_R599 Phytophthora_capsici_R699 Phytophthora_capsici_R899 Phytophthora_capsici_R998 Phytophthora_capsici_RA16 Phytophthora_capsici_RA4 Phytophthora_citricola Phytophthora_colocasiae Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_infestans Phytophthora_megakarya Phytophthora_megasperma Phytophthora_palmivora Phytophthora_tropicalis_066 Phytophthora_tropicalis_182E Phytophthora_tropicalis_183E Phytophthora_tropicalis_185E Phytophthora_tropicalis_197E Phytophthora_tropicalis_1E Phytophthora_tropicalis_215E Phytophthora_tropicalis_23E Phytophthora_tropicalis_4E Phytophthora_tropicalis_59Ea Phytophthora_tropicalis_CBS434.91 'Phytophthora tropicalis Cp-1' 'Phytophthora tropicalis Cp-2' 'Phytophthora tropicalis Cp-In' Phytophthora_tropicalis_H213 Phytophthora_tropicalis_H352 Phytophthora_tropicalis_H778 Phytophthora_tropicalis_IMI304412 Phytophthora_tropicalis_IMI325900 Phytophthora_tropicalis_IND44 ; 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CCACACCTAAAAAA-CTT-CCACGTGAACCGTATCAACCCCTT-AAATT-TGGGGGCTTGCTCGGCGGCGTGCGTGCTGGCCTGTAATGGGTCGGCGTGCTGCTGCTGGGCAGGCTCTATCATG-----GGCGAGCG-TTTGGG----CTTCG-----GCTCGAACTAGTAGC----TATCAATTTTAAACCCTTTCTTTAAATACTGAAC-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATATGC-CAGA-CGTGAAGTGTCTTGCTGGC-GGT---CTTTCGAGTCTGC-CG-GTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTCTCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGCGTTGCTGGTTGTGGAGCCTGCCCGTGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCT-GCTTATTGGGTGCTTTTCC-TGTCATTGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGTGC-TTGGCTTTTG-AAC-CGGCTTTGCT-TT-GCGAAGTAGGGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGGGTCGAT---------CCATTTTGGGAAAC--TTTGTGTGTGCGGC----TTCGTGCTGC------GCGCATCTCAA- Phytophthora_heveae 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CCACACCTAAAAA--CTTTCCACGTGAACCGTTTCAAACCAAA-TAGTT-GGGGGTCTTGTCTGGT-G-GCGGCTGCTGGC-T-TTGT-TGTTGGC-GGCTGCTGCTGGGTGAGCCCTATCAT------GGCGAGCG-TTTGGG----CTTCG-----GCCTGAGCTAGTAGC-----TTTTCTTTTAAACCCATTCCT?TAATACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCCTTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGAGATGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GGCTGG----TTTTCGGACCGA--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCTATTGT-AGCAAGTT-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTT--AATGGAAGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGC-GCTTATTGGATGATTTTTC-TGCTGT-GGCGTGATGGACCGGTGAACCATAGCTCAGTG--GC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------TCAT-TTGGGAAA---TGTGTGTGTAC-------TTCGGTAT----------GCATCTCAA- Phytophthora_sojae 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CCACACCTAAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTT--AGTT-GGGGGTCTTGTA----------------------------------------------------CCCTATCAT------GGCGAATG-TCTGGA----CTTCG-----GTCTGGGCGAGTAGCC----TTTTGTTTTAAACCCATTTCA-CAAAACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATGTGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GTGTTGT---CCTTCGGGTCGG--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GC-GCTTATTGTATGCTTTTCC-TGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------CCATTTTGGGAAC---TTTGTGTGCAC-------TTCGGTGC----------GCATCTCAA- Phytophthora_tropicalis_CBS434.91 CCACACCTAAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTT-TAGTT-GGGGGTCTTGTA----------------------------------------------------CCCTATCAT------GGCGAATG-TTTGGA----CTTCG-----GTCTGGACGAGTAGC----TTTTTGTTTTAAACCCATTTCT-CAATACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATGTGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GGTTTGT---CCTTCGGGTCGT--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GC-GCTTATTGTATGCTTTTCC-TGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------CCATTTTGGGAAG---TTTGTGTGCAC-------CTCGGTGC----------GCATCTCAA- 'Phytophthora tropicalis Cp-1' CCACACCTAAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTT-TAGTT-GGGGGTCTTGTA----------------------------------------------------CCCTATCAT------GGCGAATG-TTTGGA----CTTCG-----GTCTGGGCGAGTAGCC----TTTTGTTTTAAACCCATTTCA-CAAAACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATGTGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GTGTTGT---CCTTCGGGTCGG--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GC-GCTTATTGTATGCTTTTCC-TGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------CCATTTTGGGAAC---TTTGTGTGCAC-------TTCGGTGC----------GCATCTCAA- 'Phytophthora tropicalis Cp-2' CCACACCTAAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTT-TAGTT-GGGGGTCTTGTA----------------------------------------------------CCCTATCAT------GGCGAATG-TTTGGA----CTTCG-----GTCTGGACGAGTAGC----TTTTTGTTTTAAACCCATTTCT-CAATACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGCGGA-GGATGTGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GGTTTGT---CCTTCGGGTCGT--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GC-GCTTATTGTATGCTTTTCC-TGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------CCATTTTGGGAAG---TTTGTGTGCAC-------CTCGGTGC----------GCATCTCAA- 'Phytophthora tropicalis Cp-In' CCACACCTAAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCTTT-TAGTT-GGGGGTCTTGTA----------------------------------------------------CCCTATCAT------GGCGAATG-TTTGGA----CTTCG-----GTCTGGACGAGTAGCC----TTTTGTTTTAAACCCATTTCT-CAATACTGATT-ATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGT-CCTGGGAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGA-GGATGTGC-CAGA-TGTGAAGTGTCTTGC-GGTTTGT---CCTTCGGATCGT--CT-GCGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAA-GCG-TGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGT-GGCCAGTC-GGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGG-CGTTT-AATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GC-GCTTATTGTATGCTTTTCC-TGCTGT-GGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGC-TTGGCTTTTG-AAT-CGGCTTTGCTGTT-GCGAAGTAGAGTGGCG---GCT-TCGGC-----------TG----TCGAGGG-TCGAT---------CCATTTTGGGAAG----TTGTGTGCAC-------CTCGGTGC----------GCATCTCAA- Pythium_aphanidermatum CCACACCATAAAAA-CTTTCCACGTGAACCGTT--GAAATC---ATGTTCTGTGCTCTCTTTCGGGAGGGCTG--------AACGAA---------------------GGTGGGCTGCTTAATTGTA--GTCTGCCGAT-------------------GTA--------------------TTTTTCAAACCCATTTACCTAATACTGATCTATACTCCAAAAACGAAAGTTTATGGTTTTAATCT-ATAACAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGAATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCACATTGCACTTTCGGGTTATG-CCTGGAAGTATGCCTGTATCA-GTGTCCGTACATCAAACTTGCCTTTCTTT-TTCTGTGTAGTCAGGGAGAG-AGATGG-CAGAATGTGAGGTGTCTCGCTGGCTCCC---TTTTCGGAGGAGAAGACGCGAGTCCCTTTAAATGTAC-GTTCGCT-CTTTCTTGTGTCTAAGATG-AAGTGTGATTCTCGAATCGCGGTGATCTGTTTGGA-TCGCTTTGCGCATTTGGGCGACTTCGGTTAGGACATTA-AAGGAAGCAA-CCTCTATTGGCGGTATGTTAGGCTTCGGCCCGACGTTGCAGCTGACAGAGTGTGGTTTTCTGTTCT-TTCCTT--GA---GGTGTACCTGAATTGTGTGAGGCAATGGTCTGGGCAAA-TGG--TTGCTGT----GTAGTAGGGTTTTGC-TGCTCTTGGACGCCCTGTTTTCG----GATAGGG-TAAAGGAGGCAACACCAATTTGGGA-C-----TGTTTGCAATTTATTGT--GAACAA----------CTTTCTAA- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Phytophthora_capsici_ITS_Fig._3) = N: 1-906; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Phytophthora_capsici_ITS_Fig._3) = N: 1-906; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8140; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Pythium_ultimum, 2 Pythium_aphanidermatum, 3 Phytophthora_tropicalis, 4 Phytophthora_syringae_Scotland, 5 Phytophthora_syringae_Oregon_469, 6 Phytophthora_syringae_Oregon_468, 7 Phytophthora_sojae, 8 Phytophthora_pseudotsugae, 9 Phytophthora_phaseoli, 10 Phytophthora_palmivora_Nigeria, 11 Phytophthora_palmivora_Florida, 12 Phytophthora_palmivora_Brazil, 13 Phytophthora_nicotianae_Florida, 14 Phytophthora_nicotianae_Australia, 15 Phytophthora_mirabolis_Mexico_2, 16 Phytophthora_mirabolis_Mexico_1, 17 Phytophthora_megasperma_Washington, 18 Phytophthora_megasperma_California_2, 19 Phytophthora_megasperma_Australia, 20 Phytophthora_megakarya_Nigeria, 21 Phytophthora_megakarya_Cameroon, 22 Phytophthora_lateralis_USA, 23 Phytophthora_lateralis_455, 24 Phytophthora_lateralis_452, 25 Phytophthora_infestans_Washington, 26 Phytophthora_infestans_Pennsylvania, 27 Phytophthora_infestans_Mexico, 28 Phytophthora_infestans_2, 29 Phytophthora_ilicis_Oregon, 30 Phytophthora_ilicis_California, 31 Phytophthora_hibernalis_Portugal, 32 Phytophthora_hibernalis_New_Zealand, 33 Phytophthora_hibernalis_Australia, 34 Phytophthora_heveae, 35 Phytophthora_gonapodyides, 36 Phytophthora_fragariae_rubi, 37 Phytophthora_fragariae_Oregon, 38 Phytophthora_fragariae_Maryland, 39 Phytophthora_erythroseptica_Ohio, 40 Phytophthora_erythroseptica_Ireland, 41 Phytophthora_erythroseptica_California, 42 Phytophthora_dreschleri_Mexico, 43 Phytophthora_drechsleri_USA, 44 Phytophthora_cryptogea, 45 Phytophthora_colocasiae_Indonesia, 46 Phytophthora_colocasiae_India, 47 Phytophthora_colocasiae_China, 48 Phytophthora_citricola_Florida, 49 Phytophthora_citricola_California, 50 Phytophthora_cinnamomi, 51 Phytophthora_capsici_RA4, 52 Phytophthora_capsici_RA1, 53 Phytophthora_capsici_R699, 54 Phytophthora_capsici_R1298, 55 Phytophthora_capsici_R1198, 56 'Phytophthora capsici Cp-In', 57 'Phytophthora capsici Cp-D3', 58 'Phytophthora capsici Cp-D2', 59 'Phytophthora capsici Cp-2', 60 'Phytophthora capsici Cp-1', 61 Phytophthora_capsici_CBS_128.23, 62 Phytophthora_capsici_B2HH4, 63 Phytophthora_capsici_59E, 64 Phytophthora_capsici_302, 65 Phytophthora_capsici_220, 66 Phytophthora_capsici_215E, 67 Phytophthora_capsici_197E, 68 Phytophthora_cactorum_Washington, 69 Phytophthora_cactorum_New_York, 70 Phytophthora_cactorum_California, 71 Phytophthora_boehemeriae, 72 Phytophthora_arecea; TREE Fig._4 = [&R] (1,(2,((((((((72,10),11),12),(20,21)),(((((64,51,65,58,55,53,(52,61,57,54),62),(63,60),59,(56,3),(66,67)),(47,46,45)),(48,49)),((35,(17,19)),18))),((((((68,69,70),8),(((27,28),26,25),((16,15),9))),(14,13)),((((44,40),(39,41)),(42,43)),((4,6),5))),(((31,33,32),(22,24,23)),(29,30)))),(71,34)),((50,(36,(38,37))),7)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8139; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phytophthora_arecae, 2 Pythium_aphanidermatum, 3 'Phytophthora tropicalis Cp-In', 4 'Phytophthora tropicalis Cp-2', 5 'Phytophthora tropicalis Cp-1', 6 Phytophthora_tropicalis_CBS434.91, 7 Phytophthora_tropicalis_59Ea, 8 Phytophthora_tropicalis_215E, 9 Phytophthora_tropicalis_197E, 10 Phytophthora_syringae, 11 Phytophthora_sojae, 12 Phytophthora_pseudotsugae, 13 Phytophthora_phaseoli, 14 Phytophthora_palmivora, 15 Phytophthora_nicotianae, 16 Phytophthora_mirabilis, 17 Phytophthora_megasperma, 18 Phytophthora_megakarya, 19 Phytophthora_lateralis, 20 Phytophthora_infestans, 21 Phytophthora_ilicis, 22 Phytophthora_hibernalis, 23 Phytophthora_heveae, 24 Phytophthora_gonapodyides, 25 Phytophthora_fragariae_rubi, 26 Phytophthora_fragariae, 27 Phytophthora_erythroseptica, 28 Phytophthora_drechsleri, 29 Phytophthora_cryptogea, 30 Phytophthora_colocasiae, 31 Phytophthora_citricola, 32 Phytophthora_cinnamomi, 33 Phytophthora_capsici_RA4, 34 Phytophthora_capsici_RA16, 35 Phytophthora_capsici_R699, 36 Phytophthora_capsici_R1298, 37 Phytophthora_capsici_R1198, 38 'Phytophthora capsici Cp-D3', 39 'Phytophthora capsici Cp-D2', 40 Phytophthora_capsici_CBS128.23, 41 Phytophthora_capsici_B2HH4, 42 Phytophthora_capsici_220RU, 43 Phytophthora_capsici, 44 Phytophthora_cactorum; TREE Fig._3 = [&R] (2,(((1,14),18),((44,12),(((20,16),13),15)),(((32,((26,25),11)),((((29,27),28),10),(22,19))),(24,17)),(31,(30,(((43,((37,39,38,41,36,35,34,33,42),40)),(7,5)),((9,8),(3,6,4))))),23,21)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8138; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phytophthora_tropicalis_IND44, 2 Phytophthora_tropicalis_IMI325900, 3 Phytophthora_tropicalis_IMI304412, 4 Phytophthora_tropicalis_H778, 5 Phytophthora_tropicalis_H352, 6 Phytophthora_tropicalis_H213, 7 'Phytophthora tropicalis Cp-In', 8 'Phytophthora tropicalis Cp-2', 9 'Phytophthora tropicalis Cp-1', 10 Phytophthora_tropicalis_CBS434.91, 11 Phytophthora_tropicalis_59Ea, 12 Phytophthora_tropicalis_4E, 13 Phytophthora_tropicalis_23E, 14 Phytophthora_tropicalis_215E, 15 Phytophthora_tropicalis_1E, 16 Phytophthora_tropicalis_197E, 17 Phytophthora_tropicalis_185E, 18 Phytophthora_tropicalis_183E, 19 Phytophthora_tropicalis_182E, 20 Phytophthora_tropicalis_066, 21 Phytophthora_palmivora, 22 Phytophthora_megasperma, 23 Phytophthora_megakarya, 24 Phytophthora_infestans, 25 Phytophthora_gonapodyides, 26 Phytophthora_colocasiae, 27 Phytophthora_citricola, 28 Phytophthora_capsici_RA4, 29 Phytophthora_capsici_RA16, 30 Phytophthora_capsici_R998, 31 Phytophthora_capsici_R899, 32 Phytophthora_capsici_R699, 33 Phytophthora_capsici_R599, 34 Phytophthora_capsici_R499, 35 Phytophthora_capsici_R198, 36 Phytophthora_capsici_R1298, 37 Phytophthora_capsici_R1198, 38 Phytophthora_capsici_R1099, 39 Phytophthora_capsici_R1098, 40 Phytophthora_capsici_KACC40177, 41 Phytophthora_capsici_KACC40157, 42 Phytophthora_capsici_IMI352321, 43 Phytophthora_capsici_H599, 44 Phytophthora_capsici_H210, 45 Phytophthora_capsici_DQ069293, 46 'Phytophthora capsici Cp-D3', 47 'Phytophthora capsici Cp-D2', 48 'Phytophthora capsici Cp-D1', 49 'Phytophthora capsici Cp-32', 50 'Phytophthora capsici Cp-30', 51 'Phytophthora capsici Cp-17', 52 'Phytophthora capsici Cp-16', 53 Phytophthora_capsici_CBS128.23, 54 Phytophthora_capsici_B2HH4, 55 Phytophthora_capsici_AY742736, 56 Phytophthora_capsici_AY742735, 57 Phytophthora_capsici_AY726623, 58 Phytophthora_capsici_AY423292, 59 Phytophthora_capsici_AY251662, 60 Phytophthora_capsici_AJ854287, 61 Phytophthora_capsici_AJ854286, 62 Phytophthora_capsici_AJ854285, 63 Phytophthora_capsici_AJ854284, 64 Phytophthora_capsici_23NC, 65 Phytophthora_capsici_230RU, 66 Phytophthora_capsici_224RU, 67 Phytophthora_capsici_223RU, 68 Phytophthora_capsici_220RU, 69 Phytophthora_capsici_219RU, 70 Phytophthora_capsici_21170, 71 Phytophthora_capsici; TREE Fig._2 = [&R] (27,((26,((((((71,42,40),(69,((37,31,65,48,43,66,47,44,49,46,35,70,39,38,30,64,54,36,32,51,29,28,52,68,50,34,(59,(56,55),45,58),61,60),67,53,57,62,63))),41),33),((15,12),(13,11),9,(2,3),5)),((19,17,16,14,18,6,1),(7,4,10,(8,20))))),(((25,22),(23,21)),24))); END;