#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 4:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jiao Z., & Li J. 2006. Phylogeny and biogeography of intercontinental disjunct Gelsemiaceae inferred from chloroplast and nuclear DNA sequences. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1703] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Gelsemium_elegans_4162 Gelsemium_elegans_4173 Gelsemium_rankinii_4338 Gelsemium_rankinii_4340 Gelsemium_rankinii_4341 Gelsemium_rankinii_4370 Gelsemium_rankinii_4374 Gelsemium_sempervirens_4186 Gelsemium_sempervirens_4188 Mostuea_batsii Mostuea_hirsuta Mostuea_surinamensis Periploca_sepium Strychnos_spinosa ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Anthocleista_grandiflora Antonia_ovata Cinchona_pubescens Exacum_affine Gardenia_thunbergia Gelsemium_elegans Gelsemium_rankinii Gelsemium_sempervirens Gentiana_procera Kopsia_fruticosa Mostuea_brunonis Nerium_oleander Ophiorrhiza_mungos Periploca_graeca Spigelia_anthelmia 'Strychnos nux-vomica' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M924] TITLE cp_combined; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=3977; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Anthocleista_grandiflora 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Antonia_ovata 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Cinchona_pubescens 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Gelsemium_elegans 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Nerium_oleander 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'Strychnos nux-vomica' AAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGAGTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATACGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTTCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGGCGCTGCTACCATATCGAGCCTGTTGCTGGAGAAGAAGATCAATATATTGCTTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTACGCGCTCTACGTCTGGAAGATTTGCGAATCCCCGTTGCTTATATTAAAACCTTCCAAGGCCCGCCTCATGCGATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGACCTCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCCGCTAAAAACTACGGTAGGGCAGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCA?TTTATAAAGCACAGGCTGAAACCGGTGAAATCAAAGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGCGAAGAAATGATCAAAAGAGCTGTATTTGCTAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGCGTACTA{CG}{CG}TAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGCGAAAGAGACATCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCGTGATGATTTTATTGAAAAAGATCGAAGTCGCGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCGGGTGTTATACCTGTGGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATTTTTGGGGATGATGCTGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGTAATGCGCCAGGTGCCGTAGCGAATCGAGTAGCTCTAGAAGCATGTGTAAAAGCTCGTAATGAAGGGCGTGATCTTGCTGCTGAGGGTAATGATATTATCCGTGAGGCTAGCAAATGGAGTCCTGAACTTGCTGCTGCTTGTGAGGTATGGAAGGAGATCAGATTTAATTTTCAAGCAGTGGATACTTT???????????????????????????????AGTTTGATAGATCTCAACAACACGGCTTTCTATATCCACTTCTCTTTCAAGAGTATATTTATGCATTTGCTCATGATCATAGTTTAAACCGATCTATTTTGTTGGA{AC}AATCCAGGTTATGATAATAAATCCAGTTTTCTAATTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATCATTTTTTTAGTTTTTCTAATGATTCTAAACAAAATCGATTTTTATTTTTGGGGCACAGCAAGAATTTGTATTATCAAATGATATCAGAGGGATTTTCCTTTATTGTGGAAATTCCGTTTTCTAGACGATTACTATCTTCTGAA------GAAGGGAAAGGGGTATTCAAATTAAAATCTCAGAATTTACATTTATGCTCAATTCATTCAATATTTCCTTTCTTAGAGGACAATTTTTCACATTTAAATTATGTGTTAGATATACTAATACCCCACCCCGT?CATCTGGAAATCCTGGTTCAAACCCTTCGCTATTGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTGCATTTATTACGATTCTTTCTCTACGAGTATTGTAATTGGAATAATCTTATTTCTACAAAGAAACCCAGTTTTTCTTTTTT------AACAAAAAGAAATAAAAGATTATTCTTCTTCTTATATAATTCTTATGTATGTGAATACGAATCCATTTTCGTCTTTCTACATAACCAATCTTCTCATTTACGATCAACATCCTTTGAGGCCCTTCTTGAACGAATCCATTTCTATGGAAAAATAGAACGTCTTGTAGAAG------TCTTTGCTAAGGATTATCAGGCCAAACTATGGTTGTTCAAAGATCCTTTCATACATTATGTTAGGTATCAAGGAAAAT{CT}CATTCTGGTTTCAAAAGGGACGGCTCCTTTGATGAATAAATGGAAATCTTACCTTGTCAATTTATGGCAATGTCATTTTGACCTGTGGTTTCACTCGGGAAGGGTCTATATAAAGGAATTATACAATCATTCCCTTGACTTTATGGGCTATCTTTCAAGGGTGCGACTAAACCTTTCAATGGTACGGAGTCAAATGATAGAAAATTCATTTCTAATCAATAATGCTATTAAGAAATTGGATACCCTTGTTCAAATTATTCCTCTGGTTGGATCATTGGTTAAAGCGAAATTTTGTAACCCATTAGGGCATCCCATTAGTAAGCCGGTTTGGACTGATTTATCAGATTCGGATATTATTGACCGATTTGGGCGTATATGCAGAAATCTTTCTCATTATCATAGCGGATCTTCCAAAAAAAAGAGTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGGCTTTCTTGTGCTAAAACTTTAGCTCGGAAACACAAAAGTACTGTACGTGCTTTTTTGAAAA------GATTAGGGTCGGAATTTTTGGAAGAATTCCTCATGTCGGAAGAA------GTAGCCCTTTCTTTGAACTTCCCAAGAGTTTCTTCGCCCTTTTGGGGGGTGTATAGAAGTCGGATTTGGTATTTGGATATTATTTGTATCACTGATCTGGTGAATCAGCAATGAGCCTATTCCAAAGCATTATTATTTTTAGGATCCGGCTCCCTTATTCATTCAATGGAAAGGATTGTTGGCTATTCTCCTTCTAAAAGTCAGAATATGGCTCTTATGGGAGGTTTAAAAAAACATGTACCAATTACGAAAAATGCTTTTTTACTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCGTTGGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATCAAATTCTTAATTATAGTTGGTTGTATTCAACGATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCTACTGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGCATCTATTTACTTACTTTTGAG?GGCATTTAAATGTTAATTTTCAAAGTTATAGTGGCA------AACAAAAGATCCCCTTCTATTCAATATCTGTATGGGGC---AAAGGAGCTTCGAAAAGAATTAACAAAAATCTTCGTTTATTACCAATCAATAATAATGAAAATGAAAGTTCTTCTTTTTTTTTCAAAAAGACATATCCAATTGATGATAATATTAGAAATCTGAAACGCCCTTTTATTACTATTGCTCA------TTTTGAGAATAAAAAACTGTATTCTTATCCTTATGAATCCGACAATACTATCTTATTTCCCCTACTTGTCTTGGGCCTATTTACTTTGTTCGTTGGAGCTATCGGAATTTCTTTGAATCAAG---------AGGGAATGTATTTAGATATATTATCTAAATGGTTAAGTCCGTCTATAAACCCTTTCCATCCAAAGTCTAATAATTTGA{CT}GGAGT{CG}GTATGAATTTTTGAAAGATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTAGGAATATTTATAGCGTCCTTTTTCTATAAAGCCCCTTATTCCTCTTTACTA{AC}A------TTTTGATTTAATGAATTCGCTTGTTAAAAGAGGTCCTAAGAGAATTCTTTGGGAAAAATTGATAAATGCCATGTATAATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATTCTTTTTATAAAGTATCCTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cp_combined) = N: 1-3977; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cp_combined) = N: 1-3977; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M925] TITLE rDNA_ETS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=478; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Gelsemium_rankinii_4374 ????????????????????????????????-??????????????????GAGCCGA--------GACGGCCCGAGGGCCGGTGGCTCAAGACGGGCGCGGCAGTCGTCCGCTGATTAGCGACGAACGCTTATTTTTT-GGGTAAACAGAGGTCGGCGACCCCCCTACCCGCAAGGCGTTCCGCATCCGAGAGCTCGAGCGACTCGACGAGGGCCAAGGCCACGGCACGCCGAAGCGTCCGTAGCTTGGGACACGGCGAGCGCTTTGGAG-TTCACCCCGAGCCGATGCCCGTTAAGGCC---AGCTCAAGGCGAACGGGGGACGATTGGGACAAA-------CGAATGCCGTCGCAGTAGGTATGCAGCACAGGAAACCGTCTGGCGGCCAAG--GCAAACGATGCACTTGGACCGAGAAATGAAGGGGCTTGCACGAGA-GGACGTCGCTGCCCAA-GCAGGGATCCAACATCCC Gelsemium_sempervirens_4186 ????????????????????????????????-???????????????????AGCCGA--------GACGGCCCGAGGGCCGCCGGCTCAAGACGGGCGCGGCAGTCGTCCGCTGGTTAGCGACGAACGCTTATTTTTT-GGGTAAACAGAGGTCGGCGACCCCCCTACCCGCAAGGCGTTCCGTATCCGAGAGATCGAGCGACTCGACGAGGGCCAAGGCCGCGGCACGCCGAAGC{AT}TCCGTAGCTTGGGACACGGCGAGCGCTTTGGAG-TTCACCCCGAGCCGATGCCCTTTACGGCCACCAGCTCAAGGCGAACGGGGGACGATTGGGACAAA-------CGAATGCCGTCACAGTAGGTATGCAGCACAGGAAACCGTCGGGCGGCCAAG--GCAAACGATGCACTTGAACCGAGAAATGAAAGGGCTTGCACGAGA-GGACGTCGCTGCTCAA-GCAGGGATCCAACATACC Gelsemium_sempervirens_4188 ????????????????????????????????-??????????????????GAGCCGA--------GACGGCCCGAGGGCCGCCGGCTCAAGACGGGCGCGGCAGTCGTCCGCTGGTTAGCGACGAACGCTTATTTTTT-GGGTAAACAGAGGTCGGCGACCCCCCTACCCGCAAGGCGTTCCGCATCCGAGAGATCGAGCGACTCGACGAGGGCCAAGGCCGCGGCACGCCGAAGCGTCCGTAGCTTGGGACACGGCGAGCGCTTTGGAG-TTCACCCCGAGCCGATGCCCTTTACGGCCACCAGCTCAAGGCGAACGGGGGACGATTGGGACAAA-------CGAATGCCGTCACAGTAGGTATGCAGCACAGGAAACCGTCGGGCGGCCAAG--GCAAACGATGCACTTGAACCGAGAAATGAAAGGGCTTGCACGATA-GGACGTCGCTGCTCAA-GCAGGGATCCAACATACC Mostuea_batsii TGCAGGATC-AACCAGGTAGCATTCCTCATC--AACGCCGGCACC--GCACGTGACAGAC-GGTCCTAAAAGACTAGGACCAGCCAGGCGAGGCGGGCACGGCAGTCGTTCGCTGGTTAGCGACGAACGCTCATTT-CTTGGATAAATGGGAGGTGAAGTCCCCCCTACCCGCAACGTATTCCGTTTCTGAAAGCTTGAGCAACTCGGCGTGCGCCGATGCCACGATACGCAAATGCATCCATGGATTGGGAAACGGCGAGGGCTTTAATG-TTCACCCCGGACCCGC-CCATTTTGGGCC---AATGCAAGGTGAACTAGGGATGATTGGTACTAA-------AGAATGCCGTCATGATCGGTTTGAAACGCAGGAAACCGTTCCAAGGCCAAG--GCAACTGACGCTCTTGAGCCAAGTAATGAGGGGCAGTGAATTGCAAGGATGACGCTGCAGA--GCAGGGATCCAACATACC Mostuea_hirsuta TGCAGGATC-AACCAGGTAGCATTCCTCACC--GACGCCGGCACCCCCCACGTGCCAGACGGGT{CG}CTAAAAGACTAGAACCGGCCGCCCTGGGTGAGCACGGCGATCGTTCGCTGGTTAGCGATGAACGCTTGCTTTTT-GGGTAAAGGAGGGTCAATGACCCC--TACCCGAAATGCATTCCATTTCCGAGAGTTCGAGCAACTTGACGAGAACCGATGCCATGGCACGCAAATGCATCCGTGGATTGGGACACGACAAGCGCTTC-GAGTTTCACATTGCGTGCGG-CCCTTTCGGGTC---AACACAAGGTGAACGAGGGACGATCGAGACTAA-------AGAATGCCATCACAATAGGTATGCAACACAGGAAACCGTCTCGCGGCCAAA--GCAAATTGTGCTCTTGGACCTAATAATGAAAAGCCGTGAATGGCG-GGATGTCGCTGCGTAA-GCAGGGATCCAACATACC Mostuea_surinamensis TGCAGGATC-AACCAGGTAGCATTCCT-ACCCCGACGCCGGCACC--GCACGAGCCAAAC-TCTCCTGGAACACCA-GAAGAGTCGATCGAAGCGGGCGCAACAGTCGTTCGCTAATTAGCGATGAACGCTTGTTTTCTTGGGTAAACGAGAGTCGAGGACCCCC-TACCCACCTTGCTTTCCGCATCCGAGAGCCCGGGCGACTCTGCGTGGACCGATGCCACGGCATGCCCA-GCATGCGTGGGTCGGGACACGACCGTCGCCTT-GAGTTTCACCCAGCGCCCAG-CCCTTTCGGGCC---AACGCAAGGCGAACGAGGGACGATTGGGACAAAAAAAAAGAGAATGCCGTCACGGTAGGTATGCAACACAGGAAACCGTCTGGCGGCCAAG--GCAAACGATGCTCTTGGACCAAGAA-TGAAGGGCCTGGACGGGTA-GGCTGTCGCTGCCCAA-GCAGGGATCCAACATACC Periploca_sepium TGCAGGATC-AACCAGGTAGCATTCCTCAGC--GACATCG-CACC--GCATGAGCAA---------GACAGCCAACGGCTAGCCCGATCAAGACGGGAACGGAAGTCGTTCGCTAGTTTAGCGTGAACGC--GTTATAGGAGCAAAAGGTAGGCCGTGTGACCTACTACCCTCAAAGTTTTCTGAATCCGAGAGTTCAAGCATAGCTCTATGCACC-----------ACAACCGTCAGAGGACAGCGTGGGACACTTCACATGCTACATTTGTTCATCTAGTAAGGAACCACATGAGAGT-----GCACTAGACAAAAGAGGGACG-TTGGGACAAC-------CGAATGCCTTCATG-TAGGTATGCAACACAGGAAACCCAAGACCCGATCAA--GGCAAAATTGCTCTTGCACCATAAT-TGAAGAGGCATGTCAGGTA-GGATGTCGCTGCACGAAGCAGGGATCCAACATACC Strychnos_spinosa TGCAGGATCCAACCAGGTAGCATTCCTCACA--GACGTCGACACC--GCGTGGTCCAG-------CGCGACCGCAAGGGTCCGCTTGCCAAAACGGAGACGACAGTCGTGCGCTGGTTAGCGACGAACGCTTCGTTTT--GGGTAAATAGAGGTCAGCAACCCCG-TACCCGCTATGCATTCTGCATCCGAAAGAACAAGCAACTCGCCACGTGCCACAGACACCGCACGACATGCCGTGGGCGTTGAGGATCGCAAGGAGTGCTTCGCGG-TTCATCTAGTTAGCAATCCCTGACGGGC----AGCACAAGACGAACATGGGACAACTTA{AG}ACAAA-------CGTTG-CCATCACAGTAGGTACGCAGCACAGGAAACCGAACGAACGGCCAAGGCTAACGTCGCACTTGGCCTAG-CAC-TGAATAGGCGTACATGAGA-GGACGTCGCTGCCCAA-GCAGGGATCCAACATACC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rDNA_ETS) = N: 1-478; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rDNA_ETS) = N: 1-478; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8146; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Gelsemium_rankinii_4341, 2 Gelsemium_rankinii_4340, 3 Gelsemium_rankinii_4338, 4 Gelsemium_rankinii_4374, 5 Gelsemium_rankinii_4370, 6 Gelsemium_elegans_4173, 7 Gelsemium_elegans_4162, 8 Gelsemium_sempervirens_4188, 9 Gelsemium_sempervirens_4186, 10 Mostuea_hirsuta, 11 Mostuea_surinamensis, 12 Mostuea_batsii, 13 Strychnos_spinosa, 14 Periploca_sepium; TREE ETS_tree = [&R] (14,(13,(((12,10),11),(((9,8),((5,4),3,2,1)),(7,6))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8145; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 'Strychnos nux-vomica', 2 Spigelia_anthelmia, 3 Periploca_graeca, 4 Ophiorrhiza_mungos, 5 Nerium_oleander, 6 Mostuea_brunonis, 7 Kopsia_fruticosa, 8 Gentiana_procera, 9 Gelsemium_sempervirens, 10 Gelsemium_rankinii, 11 Gelsemium_elegans, 12 Gardenia_thunbergia, 13 Exacum_affine, 14 Cinchona_pubescens, 15 Antonia_ovata, 16 Anthocleista_grandiflora; TREE cp_combined_tree = [&R] ((4,(14,12)),(((((9,10),11),6),((7,(5,3)),((2,1),15))),(13,(16,8)))); END;