#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 10:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Scheffer S., Winkler I., & Wiegmann B. 2006. Phylogenetic relationships within the leafmining flies (Diptera: Agromyzidae) inferred from sequence data from multiple genes. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1709] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=89; TAXLABELS Agromyza_ambrosivora Agromyza_frontella Agromyza_pseudoreptans Agromyza_sp._1 Agromyza_sp._2 Amauromyza_flavifrons Amauromyza_monfalconensis Amauromyza_pleuralis Aulagromyza_discrepans Aulagromyza_luteoscutellata Aulagromyza_nitida Aulagromyza_orbitalis Aulagromyza_tridentata Calycomyza_flavinotum Calycomyza_hyptidis Calycomyza_lantanae Calycomyza_majuscula Calycomyza_malvae Calycomyza_solidaginis Cerodontha_angulata Cerodontha_atronitens Cerodontha_capitata Cerodontha_dorsalis Cerodontha_fasciata Cerodontha_flavocingulata Cerodontha_incisa Cerodontha_muscina Chromatomyia_aprilina Chromatomyia_fuscula Chromatomyia_lactucae Chromatomyia_scolopendri Chromatomyia_syngenesiae Fergusonina_100 Fergusonina_C20 Galiomyza_violivora Gymnophytomyza_heteroneura Hexomyza_schineri Japanagromyza_viridula Liriomyza_baptisiae Liriomyza_brassicae Liriomyza_chinensis Liriomyza_fricki Liriomyza_huidobrensis Liriomyza_philadelphivora Liriomyza_trifoliearum Liriomyza_trifolii Melanagromyza_chalcosoma Melanagromyza_cleomae Melanagromyza_minimoides Melanagromyza_obtusa 'Melanagromyza virens-splendida' Metopomyza_flavonotata Metopomyza_scutellata Napomyza_cichorii Napomyza_lateralis Napomyza_montanoides Napomyza_plumea Nemorimyza_maculosa Nemorimyza_posticata Odinia_sp. Ophiomyia_cornuta Ophiomyia_lantanae Ophiomyia_nasuta Ophiomyia_phaseoli Ophiomyia_quinta Ophiomyia_sp._1 Ophiomyia_sp._2 Phytobia_betulae Phytobia_setosa Phytobia_sp.1 Phytoliriomyza_arctica Phytoliriomyza_felti Phytoliriomyza_melampyga Phytoliriomyza_robiniae Phytoliriomyza_sp._1 Phytomyza_aquilegiana Phytomyza_aquilegivora Phytomyza_costata Phytomyza_erigerophila Phytomyza_evanescens Phytomyza_glabricola Phytomyza_ilicicola Phytomyza_plantaginis Phytomyza_sp._1 Phytomyza_sp._1b Phytomyza_spinaciae Pseudonapomyza_sp._1 Pseudonapomyza_sp._2 Tropicomyia_theae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M935] TITLE '28S rDNA-COI-CAD'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3005; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Agromyza_sp._2 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Cerodontha_angulata 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Cerodontha_atronitens 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Cerodontha_capitata 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Cerodontha_dorsalis 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Cerodontha_fasciata 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Cerodontha_flavocingulata 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Cerodontha_incisa 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Cerodontha_muscina 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Chromatomyia_fuscula 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Chromatomyia_lactucae 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Hexomyza_schineri 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Liriomyza_brassicae 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Liriomyza_chinensis 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Liriomyza_fricki 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Napomyza_cichorii 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Napomyza_lateralis 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Napomyza_plumea 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Nemorimyza_posticata 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Tropicomyia_theae 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; END; BEGIN SETS; CHARSET CAD (CHARACTERS = '28S rDNA-COI-CAD') = 2256-2965; CHARSET 28S (CHARACTERS = '28S rDNA-COI-CAD') = 1-824; CHARSET COI (CHARACTERS = '28S rDNA-COI-CAD') = 825-2255; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = '28S rDNA-COI-CAD') = N: 1-824 2966-3005, 1: 825-2966\3, 2: 826-2967\3, 3: 827-2965\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = '28S rDNA-COI-CAD') = N: 1-824 2966-3005, 1: 825-2966\3, 2: 826-2967\3, 3: 827-2965\3; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8157; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Tropicomyia_theae, 2 Pseudonapomyza_sp._2, 3 Pseudonapomyza_sp._1, 4 Phytomyza_spinaciae, 5 Phytomyza_sp._1b, 6 Phytomyza_sp._1, 7 Phytomyza_plantaginis, 8 Phytomyza_ilicicola, 9 Phytomyza_glabricola, 10 Phytomyza_evanescens, 11 Phytomyza_erigerophila, 12 Phytomyza_costata, 13 Phytomyza_aquilegivora, 14 Phytomyza_aquilegiana, 15 Phytoliriomyza_sp._1, 16 Phytoliriomyza_robiniae, 17 Phytoliriomyza_melampyga, 18 Phytoliriomyza_felti, 19 Phytoliriomyza_arctica, 20 Phytobia_sp.1, 21 Phytobia_setosa, 22 Phytobia_betulae, 23 Ophiomyia_sp._2, 24 Ophiomyia_sp._1, 25 Ophiomyia_quinta, 26 Ophiomyia_phaseoli, 27 Ophiomyia_nasuta, 28 Ophiomyia_lantanae, 29 Ophiomyia_cornuta, 30 Odinia_sp., 31 Nemorimyza_posticata, 32 Nemorimyza_maculosa, 33 Napomyza_plumea, 34 Napomyza_montanoides, 35 Napomyza_lateralis, 36 Napomyza_cichorii, 37 Metopomyza_scutellata, 38 Metopomyza_flavonotata, 39 Melanagromyza_obtusa, 40 'Melanagromyza virens-splendida', 41 Melanagromyza_minimoides, 42 Melanagromyza_cleomae, 43 Melanagromyza_chalcosoma, 44 Liriomyza_trifolii, 45 Liriomyza_trifoliearum, 46 Liriomyza_philadelphivora, 47 Liriomyza_huidobrensis, 48 Liriomyza_fricki, 49 Liriomyza_chinensis, 50 Liriomyza_brassicae, 51 Liriomyza_baptisiae, 52 Japanagromyza_viridula, 53 Hexomyza_schineri, 54 Gymnophytomyza_heteroneura, 55 Galiomyza_violivora, 56 Fergusonina_C20, 57 Fergusonina_100, 58 Chromatomyia_syngenesiae, 59 Chromatomyia_scolopendri, 60 Chromatomyia_lactucae, 61 Chromatomyia_fuscula, 62 Chromatomyia_aprilina, 63 Cerodontha_atronitens, 64 Cerodontha_muscina, 65 Cerodontha_incisa, 66 Cerodontha_flavocingulata, 67 Cerodontha_capitata, 68 Cerodontha_fasciata, 69 Cerodontha_dorsalis, 70 Cerodontha_angulata, 71 Calycomyza_solidaginis, 72 Calycomyza_malvae, 73 Calycomyza_majuscula, 74 Calycomyza_lantanae, 75 Calycomyza_hyptidis, 76 Calycomyza_flavinotum, 77 Aulagromyza_tridentata, 78 Aulagromyza_orbitalis, 79 Aulagromyza_nitida, 80 Aulagromyza_luteoscutellata, 81 Aulagromyza_discrepans, 82 Amauromyza_pleuralis, 83 Amauromyza_monfalconensis, 84 Amauromyza_flavifrons, 85 Agromyza_sp._2, 86 Agromyza_sp._1, 87 Agromyza_pseudoreptans, 88 Agromyza_frontella, 89 Agromyza_ambrosivora; TREE Fig._2 = [&R] ((((((((84,82,83),((((79,81),54),((78,80),77),((((((((60,58),61,4),11),(8,9)),(13,14)),(((12,10),(6,5)),7)),62),(59,(((36,35),33),34)))),(20,(21,22)),16)),((31,32),(3,2))),(((((73,76),(75,74)),71),72),((((((((((44,50),45),47),49),(51,48)),46),55),(15,17)),(38,37)),(19,18)))),(((((64,65),66),(70,68)),67),(63,69))),((((88,86),(87,(89,85))),52),((((42,(41,40)),(39,43)),(26,23)),(53,(1,((((28,24),29),25),27)))))),(57,56)),30); END;