#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 7:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Waters J., Rowe D., Apte S., King T., Wallis G., Anderson L., Norris R., Craw D., & Burridge C. 2007. Geological dates and molecular rates: rapid divergence of rivers and their biotas. Systematic Biology, 56(2): 271-282. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1711] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Gobiomorphus_breviceps_Buller.116 Gobiomorphus_breviceps_Buller.124 Gobiomorphus_breviceps_Buller.125 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KK2 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL1 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL3 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU2 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU3 Gobiomorphus_breviceps_Motueka.120 Gobiomorphus_breviceps_Motueka.2 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PA2 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PN1 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PO1 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PS1 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PS2 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PT1 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WI1 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WV3 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WY1 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WY2 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WZ3 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Galaxias_divergens_Buller.BC1 Galaxias_divergens_Buller.BC2 Galaxias_divergens_Buller.BF1 Galaxias_divergens_Buller.BF2 Galaxias_divergens_Kaituna.KA3 Galaxias_divergens_Kaituna.KG4 Galaxias_divergens_Kaituna.KL4 Galaxias_divergens_Kaituna.KO3 Galaxias_divergens_Motueka.MC1 Galaxias_divergens_Motueka.MM1 Galaxias_divergens_Motueka.MM2 Galaxias_divergens_Motueka.MR1 Galaxias_divergens_Motueka.MR2 Galaxias_divergens_Pelorus.PB1 Galaxias_divergens_Pelorus.PB2 Galaxias_divergens_Pelorus.PM1 Galaxias_divergens_Pelorus.PM3 Galaxias_divergens_Pelorus.PM5 Galaxias_divergens_Pelorus.PO1 Galaxias_divergens_Pelorus.PO2 Galaxias_divergens_Pelorus.PO3 Galaxias_divergens_Pelorus.PO4 Galaxias_divergens_Pelorus.PO5 Galaxias_divergens_Pelorus.PR1 Galaxias_divergens_Pelorus.PR3 Galaxias_divergens_Pelorus.PR6 Galaxias_divergens_Pelorus.PU4 Galaxias_divergens_Pelorus.PU7 Galaxias_divergens_Wairau.WB1 Galaxias_divergens_Wairau.WB2 Galaxias_divergens_Wairau.WE1 Galaxias_divergens_Wairau.WF1 Galaxias_divergens_Wairau.WG1 Galaxias_divergens_Wairau.WG2 Galaxias_divergens_Wairau.WI1 Galaxias_divergens_Wairau.WR1 Galaxias_divergens_Wairau.WR2 Galaxias_divergens_Wairau.WT1 Galaxias_divergens_Wairau.WV3 Galaxias_divergens_Wairau.WW2 Galaxias_divergens_Wairau.WW3 Galaxias_divergens_Wairau.WX1 Galaxias_divergens_Wairau.WX3 Galaxias_divergens_Wairau.WX4 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M937] TITLE Gobiomorphus_breviceps_mtDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1285; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Gobiomorphus_breviceps_Buller.116 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Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL1 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Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL3 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Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU2 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Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU3 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Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PA2 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Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PO1 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Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PS1 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Galaxias_divergens_Pelorus.PU7 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?????TGGCCAACCTACGAAAGACCCATCCTCTCCTTAAAATCGCCAACAGCGCGCTAGTCGACCTTCCAGCCCCTTCAAACATTTCAGTTTGGTGAAACTTTGGTTCCCTTCTGGGACTATGCTTGGCAAGCCAAATCCTTACCGGATTATTTCTTGCTATGCACTATACCTCCGACATCTCCACCGCCTTTTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTTAGTTACGGGTGACTAATTCGGAATATGCATGCTAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATTTATATGCACATTGGACGAGGACTTTATTATGGGTCCTACCTCTATAAGGAGACCTGAACTATTGGTGTTGTTCTTCTTCTGCTTGTAATAATAACTGCCTTTGTTGGTTATGTTCTCCCCTGAGGGCAGATATCATTTTGAGGGGCCACCGTCATTACAAATCTTCTCTCAGCCGTTCCCTACGTGGGCAATGACCTTGTTCAGTGGATCTGAGGCGGATTTTCAGTGGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTTGCCTTTCACTTTTTATTTCCTTTCGTTATTGCGGGCGCTACTGTTCTTCACTTACTATTTCTTCACGAAACCGGATCTAATAATCCCGCGGGCCTTAATTCGGACGCCGATAAAATTTCTTTCCACCCATACTTTTCTTACAAGGATCTCTTAGGTTTTGTAGCCCTCCTTTTGGCACTCACTTCCCTTGCCTTATTTTCCCC????????????????????????????????????????????????????????ATGTACTATTTATGTGGGGCAGCTCCTGGAAGGAGGTGCATATTATGGTGTATATGATATATGCAGTAGGGATATATATGTATAATAACCATTAATTTAATGAAAACACACAAGATAAATGAATTTGAGGGAGAACATGGACTACAAATTAAATATTTAACCTATCATGGAAATAAGCCAACTTAAACAGCTTTATTACCACAATCGCAATAATGACCTTCATATTCCGACCCAACTTATTAACGAACTCCTAATTTTAATGTAGTAAGAAACCACCAACCGGTGATGCCTATTTGTTTATTATTCGTGAGGGTCAGGTCCATATATCGTGGGGTTCGCTATTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTCCGTCAGGGTCATTATCACAGATAATCCCACCACGCTAAAGCGTTA-AGTATTGCGCATTTGGTTAACGGTGTTAATCATATTACCCGTTACCCACCAAGCCGGGCGTTCACTTTTGCGCATAGGGTTCTCTTTTTTTTTTCTCTTCATTCACTTGGCAACTGCAAGTGCTTT-ACGACCTTA-TCAAGAGGATGGCACTATCCCGTTGACGTGGTTACATAATGTCCACGTTGTAAAGATATTCTTATAAGAACCACATA Galaxias_divergens_Wairau.WW3 ?????TGGCCAACCTACGAAAGACCCATCCTCTCCTTAAAATCGCCAACAGCGCGCTAGTCGACCTTCCAGCCCCTTCAAACATTTCAGTTTGGTGAAACTTTGGTTCCCTTCTGGGACTATGCTTGGCAAGCCAAATCCTTACCGGATTATTTCTTGCTATGCACTATACCTCCGACATCTCCACCGCCTTTTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTTAGTTACGGGTGACTAATTCGGAATATGCATGCTAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATTTATATGCACATTGGACGAGGACTTTATTATGGGTCCTACCTCTATAAGGAGACCTGAACTATTGGTGTTGTTCTTCTTCTGCTTGTAATAATAACTGCCTTTGTTGGTTATGTTCTCCCCTGAGGGCAGATGTCATTTTGAGGGGCCACCGTCATTACAAATCTTCTCTCAGCCGTTCCCTACGTGGGCAATGACCTTGTTCAGTGGATCTGAGGCGGATTTTCAGTAGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTTGCCTTTCACTTTTTATTTCCTTTCGTTATTGCGGGCGCTACTGTTCTTCACTTACTATTTCTTCACGAAACCGGATCTAATAATCCCGCGGGCCTTAATTCGGACGCCGATAAAATTTCTTTCCACCCATACTTTTCTTACAAGGATCTCTTAGGTTTTGTAGCTCTCCTTTTGGCACTCACTTCCCTTGCCTTATTTTCCCCCAATATGCTCGGGGATTCAGAGAA????????????????????????????????ATGTACTATTTATGTGGGGCAGCTCCTGGAAGGAGGTGCATATTATGGTGTATATGATATATGCAGTAGGGATATATATGTATAATAACCATTAATTTAATGAAAACACACAAGATAAATGAATTTGAGGGAGAACATGGACTACAAATTAAATATTTAACCTATCATGGAAATAAGCCAACTTAAACAGCTTTATTACCACAATCGCAATAATGACCTTCATATTCCGACCCAACTTATTAACGAACTCCTAATTTTAATGTAGTAAGAAACCACCAACCGGTGATGCCTATTTGTTTATTATTCGTGAGGGTCAGGTCCATATATCGTGGGGTTCGCTATTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTCTGTCAGGGTCATTATCACAGATAATCCCACCACGCTAAAGCGTTA-AGTATTGCGCATTTGGTTAACGGTGTTAATCATATTACCCGTTACCCACCAAGCCGGGCGTTCACTTTTGCGCATAGGGTTCTCTTTTTTTTTTCTCTTCATTCACTTGGCAACTGCAAGTGCTTT-ACGACCTTA-TCAAGAGGATGGCACTATCCCGTTGACGTGGTTACATAATGTCCACGTTGTAAAGATATTCTTATAAGAACCACATA Galaxias_divergens_Wairau.WX1 TTTAATGGCCAACCTACGAAAGACCCATCCTCTCCTTAAAATCGCCAACAGCGCGCTAGTCGACCTTCCAGCCCCTTCAAACATTTCAGTTTGGTGAAACTTTGGTTCCCTTCTGGGACTATGCTTGGCAAGCCAAATCCTTACCGGATTATTTCTTGCTATGCACTATACCTCCGACATCTCCACCGCCTTTTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTTAGTTACGGGTGACTAATTCGGAATATGCATGCTAATGGCGCAT{CT}TTTCTTTTTTATCTGCATTTATATGCACATTGGACGAGGACTTTATTATGGGTCCTACCTCTATAAGGAGACCTGAACTATTGGTGTTGTTCTTCTTCTGCTTGTAATAATAACTGCCTTTGTTGGTTATGTTCTCCCCTGAGGGCAGATGTCATTTTGAGGGGCCACCGTCATTACAAATCTTCTCTCAGCCGTTCCCTACGTGGGCAATGACCTTGTTCAGTGGATCTGAGGCGGATTTTCAGTGGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTTGCCTTTCACTTTTTATTTCCTTTCGTTATTGCGGGCGCTACTGTTCTTCACTTACTATTTCTTCACGAAACCGGATCTAATAATCCCGCGGGCCTTAATTCGGACGCCGATAAAATTTCTTTCCACCCATACTTTTCTTACAAGGATCTCTTAGGTTTTGTAGCTCTCCTTTTGGCACTCACTTCCCTTGCCTTATTTTCCCCCAATATGCTCGGGGATTCAGAGAATACCCTCTGCTCCCGGCCGCGCGCCAGGAAAAATGTACTATTTATGTGGGGCAGCTCCTGGAAGGAGGTGCATATTATGGTGTATATGATATATGCAGTAGGGATATATATGTATAATAACCATTAATTTAATGAAAACACACAAGATAAATGAATTTGAGGGAGAACATGGACTACAAATTAAATATTTAACCTATCATGGAAATAAGCCAACTTAAACAGCTTTATTACCACAATCGCAATAATGACCTTCATATTCCGACCCAACTTATTAACGAACTCCTAATTTTAATGTAGTAAGAAACCACCAACCGGTGATGCCTATTTGTTTATTATTCGTGAGGGTCAGGTCCATATATCGTGGGGTTCGCTATTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTCCGTCAGGGTCATTATCACAGATAATCCCACCACGCTAAAGCGTTA-AGTATTGCGCATTTGGTTAACGGTGTTAATCATATTACCCGTTACCCACCAAGCCGGGCGTTCACTTTTGCGCATAGGGTTCTCTTTTTTTTTTCTCTTCATTCACTTGGCAACTGCAAGTGCTTT-ACGACCTTA-TCAAGAGGATGGCACTATCCCGTTGACGTGGTTACATAATGTCCACGTTGTAAAGATATTCTTATAAGAACCACATA Galaxias_divergens_Wairau.WX3 ?????TGGCCAACCTACGAAAGACCCATCCTCTCCTTAAAATCGCCAACAGCGCGCTAGTCGACCTTCCAGCCCCTTCAAACATTTCAGTTTGGTGAAACTTTGGTTCCCTTCTGGGACTATGCTTGGCAAGCCAAATCCTTACCGGATTATTTCTTGCTATGCACTATACCTCCGACATCTCCACCGCCTTTTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTTAGTTACGGGTGACTAATTCGGAATATGCATGCTAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATTTATATGCACATTGGACGAGGACTTTATTATGGGTCCTACCTCTATAAGGAGACCTGAACTATTGGTGTTGTTCTTCTTCTGCTTGTAATAATAACTGCCTTTGTTGGTTATGTTCTCCCCTGAGGGCAGATGTCATTTTGAGGGGCCACCGTCATTACAAATCTTCTCTCAGCCGTTCCCTACGTGGGCAATGACCTTGTTCAGTGGATCTGAGGCGGATTTTCAGTGGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTTGCCTTTCACTTTTTATTTCCTTTCGTTATTGCGGGCGCTACTGTTCTTCACTTACTATTTCTTCACGAAACCGGATCTAATAATCCCGCGGGCCTTAATTCGGACGCCGATAAAATTTCTTTCCACCCATACTTTTCTTACAAGGATCTCTTAGGTTTTGTAGCTCTCCTTTTGGCACTCACTTCCCTTGCCTTATTTTCCCCCAATATGCTCGGGGATTCAGAGAA????????????????????????????????ATGTACTGTTTATGTGGGGCAGCTCCTGGAAGGAGGTGCATATTATGGTGTATATGATATATGCAGTAGGGATATATATGTATAATAACCATTAATTTAATGAAAACACACAAGATAAATGAATTTGAGGGAGAACATGGACTACAAATTAAATATTTAACCTATCATGGAAATAAGCCAACTTAAACAGCTTTATTACCACAATCGCAATAATGACCTTCATATTCCGACCCAACTTATTAACGAACTCCTAATTTTAATGTAGTAAGAAACCACCAACCGGTGATGCCTATTTGTTTATTATTCGTGAGGGTCAGGTCCATATATCGTGGGGTTCGCTATTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTCCGTCAGGGTCATTATCACAGATAATCCCACCACGCTAAAGCGTTA-AGTATTGCGCATTTGGTTAACGGTGTTAATCATATTACCCGTTACCCACCAAGCCGGGCGTTCACTTTTGCGCATAGGGTTCTCTTTTTTTTTTCTCTTCATTCACTTGGCAACTGCAAGTGCTTT-ACGACCTTA-TCAAGAGGATGGCACTATCCCGTTGACGTGGTTACATAATGTCCACGTTGTAAAGATATTCTTATAAGAACCACATA Galaxias_divergens_Wairau.WX4 ?????TGGCCAACCTACGAAAGACCCATCCTCTCCTTAAAATCGCCAACAGCGCGCTAGTCGACCTTCCAGCCCCTTCAAACATTTCAGTTTGGTGAAACTTTGGTTCCCTTCTGGGACTATGCTTGGCAAGCCAAATCCTTACCGGATTGTTTCTTGCTATGCACTATACCTCCGACATCTCCACCGCCTTTTCTTCTGTCACCCATATTTGCCGAGACGTTAGTTACGGGTGACTAATTCGGAATATGCATGCTAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATTTATATGCACATTGGACGAGGACTTTATTATGGGTCCTACCTCTATAAGGAGACCTGAACTATTGGTGTTGTTCTTCTTCTGCTTGTAATAATAACTGCCTTCGTTGGTTATGTTCTCCCCTGAGGGCAGATGTCATTTTGAGGGGCCACCGTCATTACAAATCTTCTCTCAGCCGTTCCCTACGTGGGCAATGACCTTGTTCAGTGGATCTGAGGCGGATTTTCAGTGGACAACGCCACCTTAACCCGATTCTTTGCCTTTCACTTTTTATTTCCTTTCGTTATTGCGGGCGCTACTGTTCTTCACTTACTATTTCTTCACGAAACCGGATCTAATAATCCCGCGGGCCTTAATTCGGACGCCGATAAGATTTCTTTCCACCCATACTTTTCTTACAAGGATCTCTTAGGTTTTGTAGCTCTCCTTTTGGCACTCACTTCCCTTGCCTTATTTTCCCCCAATATGCTCGGGGATTCAGAGAATACCCTCTGCTCCCGGCCGCGCGCCAGGAAAAATGTACTATTTTTGTGGGGCAGCTCCTGGAAGGAGGTGCATATTATGGTGTATATGATATATGCAGTAGGGATATATATGTATAATAACCATTAATTTAATGAAAACACACAAGATAAATGAATTTGAGGGAGAACATGGACTACAAATTAAATATTTAACCTATCATGGAAATAAGCCAACTTAAACAGCTTTATTACCACAATCGCAATAATGACCTTCATATTCCGACCCAACTTATTAACGAACTCCTAATTTTAATGTAGTAAGAAACCACCAACCGGTGATGCCTATTTGTTTATTATTCGTGAGGGTCAGGTCCATATATCGTGGGGTTCGCTATTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTCCGTCAGGGTCATTATCACAGATAATTCCACCACGCTAAAGCGTTA-AGTATTGCGCATTTGGTTAACGGTGTTAATCATATTACCCGTTACCCACCAAGCCGGGCGTTCACTTTTGCGCATAGGGTTCTCTTTTTTTTTTCTCTTCATTCACTTGGCAACTGCAAGTGCTTT-ACGACCTTA-TCAAGAGGATGGCACTATCCCGTTGACGTGGTTACATAATGTCCACGTTGTAAAGATATTCTTATAAGAACCACATA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Galaxias_divergens_mtDNA) = N: 1-1432; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Galaxias_divergens_mtDNA) = N: 1-1432; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8159; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU3, 2 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KU2, 3 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KK2, 4 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL3, 5 Gobiomorphus_breviceps_Kaituna.KL1, 6 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PO1, 7 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PA2, 8 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PN1, 9 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PS2, 10 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PS1, 11 Gobiomorphus_breviceps_Pelorus.PT1, 12 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WV3, 13 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WY2, 14 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WY1, 15 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WZ3, 16 Gobiomorphus_breviceps_Wairau.WI1, 17 Gobiomorphus_breviceps_Motueka.2, 18 Gobiomorphus_breviceps_Motueka.120, 19 Gobiomorphus_breviceps_Buller.116, 20 Gobiomorphus_breviceps_Buller.125, 21 Gobiomorphus_breviceps_Buller.124; TREE Gobiomorphus_Tree = [&R] (21,((18,17),((((16,14),13),15,12),((((11,8,7,(6,(5,3),2)),4,1),9),10))),(20,19)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8160; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Galaxias_divergens_Kaituna.KO3, 2 Galaxias_divergens_Kaituna.KG4, 3 Galaxias_divergens_Kaituna.KL4, 4 Galaxias_divergens_Pelorus.PB2, 5 Galaxias_divergens_Pelorus.PB1, 6 Galaxias_divergens_Pelorus.PU7, 7 Galaxias_divergens_Pelorus.PU4, 8 Galaxias_divergens_Pelorus.PO5, 9 Galaxias_divergens_Pelorus.PO4, 10 Galaxias_divergens_Pelorus.PO3, 11 Galaxias_divergens_Pelorus.PO2, 12 Galaxias_divergens_Pelorus.PO1, 13 Galaxias_divergens_Pelorus.PR6, 14 Galaxias_divergens_Pelorus.PR3, 15 Galaxias_divergens_Pelorus.PR1, 16 Galaxias_divergens_Pelorus.PM5, 17 Galaxias_divergens_Pelorus.PM3, 18 Galaxias_divergens_Pelorus.PM1, 19 Galaxias_divergens_Wairau.WB1, 20 Galaxias_divergens_Wairau.WR2, 21 Galaxias_divergens_Wairau.WR1, 22 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