#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 6:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Couvreur T., Hahn W., De granville J., Pham J., Ludeña B., & Pintaud J. 2007. Phylogenetic relationships of the cultivated Neotropical palm Bactris gasipaes (Arecaceae) with its wild relatives inferred from chloroplastic and nuclear DNA polymorphisms. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1723] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS Bactris_gasipaes_var_chichagui_267 Bactris_gasipaes_var_chichagui_268 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_265 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_266 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_301 Bactris_riparia_611 Bactris_riparia_911 Bactris_riparia_924 Bactris_setulosa_703 Bactris_setulosa_775 Bactris_setulosa_813 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Acrocomia_aculeata Acrocomia_crispa Aiphanes_horrida Aiphanes_minima Astrocaryum_alatum Attalea_crassispatha Bactris_acanthocarpa Bactris_balanophora Bactris_bifida Bactris_brongniartii Bactris_campestris Bactris_caudata Bactris_coloradonis Bactris_concinna Bactris_constanciae Bactris_cubensis Bactris_dahlgreniana Bactris_elegans Bactris_ferruginea Bactris_gasipaes_BR_JCP266 Bactris_gasipaes_GU_JCP207 Bactris_gasipaes_NI_JCP265 Bactris_gasipaes_PE_JCP301 Bactris_gastoniana Bactris_hondurensis Bactris_jamaicana Bactris_longiseta Bactris_macana Bactris_major Bactris_maraja Bactris_mexicana Bactris_militaris Bactris_pliniana Bactris_plumeriana Bactris_rhapidacantha Bactris_riparia_611 Bactris_riparia_911 Bactris_riparia_924 Bactris_schultesii Bactris_setulosa_703 Bactris_setulosa_775 Bactris_setulosa_813 Bactris_simplicifrons Bactris_trichophylla Barcella_odora Cocos_nucifera Elaeis_guineensis Elaeis_oleifera ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1705] TITLE Three_Markers; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2900; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 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Bactris_riparia_611 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Bactris_riparia_911 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Bactris_riparia_924 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Bactris_setulosa_703 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Bactris_setulosa_775 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Bactris_bifida 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Bactris_brongniartii 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Bactris_campestris 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Bactris_constanciae 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Bactris_gastoniana 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Bactris_hondurensis 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Bactris_setulosa_775 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Bactris_setulosa_813 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Bactris_simplicifrons CCACATGAAACATAAAATTGTTAACGAGAACAATCTTTTGTTCTGAATTCTAAGAATGATTCTTAGAATCATATTTTTTCTTTCATTTGGTTTCTCACAAACGTAATCAAGTGTTAAATGTGGGTGGAAATAAATATCTTTTTTTTTTTTTTT-AATTCAAAAAAGAAATTCTGGGTTTATCATTCACATTCAGGATATGTTCGTACTACTCAATATTCATTTTAAAGTTAGTTACTTTTGGAAACTTTATGTCCCATATCTATGAAATGTCAATTCTCACATGAAGCATTCTGAATCGAAATGTGAATCAAAGAAAGGCCTCTTTATTCCCTTACCAAGGGTAAAAAGCCTAAAGTAAATAAATGGGGTATCCCAATTCCACAGTCTATGTGGAGACTAAAGAGTAGGAAGTTTTTGGTACTAATTTCATCACTGGTCTTAAAACTTCTAAAACTGGTGTGG-AAAAAAAAA--TAGTAAAAACGAATTGATCTGGACCCCATTTTTTTGTATTTTATCTGGTTCATCTTATATCTTATCCAGTTCAAATGAATAATTGTAAATCAATGTAATGTAGCGATTGGGGGGAAATTCGTATATTACATCTACTTGACTTTATGGAATTGATGGAAAAGAAAAATTCTTGAACCTGAAGTAAAACAAAATCTGTATTGTATAAAATAAAATAAAAAA------------------GTATTA-----TTAATAATTGATTTTGTTCCGGGATTGCAAATCTATTAATATTAAAGGTTCTTCTTTTGAGGTTTATAGTTTATTTGTTCGAGAAAAATGGATCCTTCATGATTGATTGTCCCGAACAATCTTTTTAAGATGTAAA-----TAAGCCTTAAGCAAACTTATTTATTCGTCTTTTTTAGAAATATGTTTCATTCATATGATAGAATATAGAGTTAAATAAATTGGATCCTTGCCGAGCCTTCCCCGGATAGATACTTATCTATCCATAGATAGATA----------------GATAGATAGATAGAAAGTATGTAC-TATTATAT-----ACCGGTATACACACACCGG-TTGAGCCAATGACTATTCATGATTCCATATTGAATCAATTACATACCGGTTTG Bactris_trichophylla 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Barcella_odora 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Cocos_nucifera 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Elaeis_oleifera 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Combined_Data) = N: 1-1125; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Combined_Data) = N: 1-1125; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8180; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Elaeis_oleifera, 2 Elaeis_guineensis, 3 Cocos_nucifera, 4 Barcella_odora, 5 Bactris_trichophylla, 6 Bactris_simplicifrons, 7 Bactris_setulosa_813, 8 Bactris_setulosa_775, 9 Bactris_setulosa_703, 10 Bactris_schultesii, 11 Bactris_riparia_924, 12 Bactris_riparia_911, 13 Bactris_riparia_611, 14 Bactris_rhapidacantha, 15 Bactris_plumeriana, 16 Bactris_pliniana, 17 Bactris_militaris, 18 Bactris_mexicana, 19 Bactris_maraja, 20 Bactris_major, 21 Bactris_macana, 22 Bactris_longiseta, 23 Bactris_jamaicana, 24 Bactris_hondurensis, 25 Bactris_gastoniana, 26 Bactris_gasipaes_PE_JCP301, 27 Bactris_gasipaes_NI_JCP265, 28 Bactris_gasipaes_GU_JCP207, 29 Bactris_gasipaes_BR_JCP266, 30 Bactris_ferruginea, 31 Bactris_elegans, 32 Bactris_dahlgreniana, 33 Bactris_cubensis, 34 Bactris_constanciae, 35 Bactris_concinna, 36 Bactris_coloradonis, 37 Bactris_caudata, 38 Bactris_campestris, 39 Bactris_brongniartii, 40 Bactris_bifida, 41 Bactris_balanophora, 42 Bactris_acanthocarpa, 43 Attalea_crassispatha, 44 Astrocaryum_alatum, 45 Aiphanes_minima, 46 Aiphanes_horrida, 47 Acrocomia_crispa, 48 Acrocomia_aculeata; TREE Fig._2 = [&R] (((4,(1,2)),(((42,(32,21,28,(29,26),27,(13,12,11)),7,((9,8),(36,35)),15,23,33,38,37,19,14,24,18,5,22,41,6,34,31,25,16),30,(39,(20,17),40),10),44,(46,45),(48,47))),(43,3)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8182; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bactris_setulosa_813, 2 Bactris_setulosa_775, 3 Bactris_setulosa_703, 4 Bactris_riparia_924, 5 Bactris_riparia_911, 6 Bactris_riparia_611, 7 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_301, 8 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_266, 9 Bactris_gasipaes_var_gasipaes_265, 10 Bactris_gasipaes_var_chichagui_268, 11 Bactris_gasipaes_var_chichagui_267; TREE Fig._4A = [&R] ((((11,((6,4),5)),(8,7)),(10,9)),(1,(3,2))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8181; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Elaeis_oleifera, 2 Elaeis_guineensis, 3 Cocos_nucifera, 4 Barcella_odora, 5 Bactris_trichophylla, 6 Bactris_simplicifrons, 7 Bactris_setulosa_813, 8 Bactris_setulosa_775, 9 Bactris_setulosa_703, 10 Bactris_schultesii, 11 Bactris_riparia_924, 12 Bactris_riparia_911, 13 Bactris_riparia_611, 14 Bactris_rhapidacantha, 15 Bactris_plumeriana, 16 Bactris_pliniana, 17 Bactris_militaris, 18 Bactris_mexicana, 19 Bactris_maraja, 20 Bactris_major, 21 Bactris_macana, 22 Bactris_longiseta, 23 Bactris_jamaicana, 24 Bactris_hondurensis, 25 Bactris_gastoniana, 26 Bactris_gasipaes_PE_JCP301, 27 Bactris_gasipaes_NI_JCP265, 28 Bactris_gasipaes_GU_JCP207, 29 Bactris_gasipaes_BR_JCP266, 30 Bactris_ferruginea, 31 Bactris_elegans, 32 Bactris_dahlgreniana, 33 Bactris_cubensis, 34 Bactris_constanciae, 35 Bactris_concinna, 36 Bactris_coloradonis, 37 Bactris_caudata, 38 Bactris_campestris, 39 Bactris_brongniartii, 40 Bactris_bifida, 41 Bactris_balanophora, 42 Bactris_acanthocarpa, 43 Attalea_crassispatha, 44 Astrocaryum_alatum, 45 Aiphanes_minima, 46 Aiphanes_horrida, 47 Acrocomia_crispa, 48 Acrocomia_aculeata; TREE 'Fig. 3-2' = [&R] (4,((1,2),((((((42,7,(15,23,33),38,(37,25),14,6,(34,16),31),(32,21,(28,27),(29,26),(13,12,11)),(((9,8),(36,35)),24,18,5,22),19,41),10),30,(39,(20,17),40)),44,((46,45),(48,47))),(43,3)))); TREE 'Fig. 3-1' = [&R] (4,((1,2),((((((42,7,(15,23,33),38,(37,25),14,6,(34,16),31),(32,21,28,(29,26),27,(13,12,11)),(((9,8),(36,35)),24,18,5,22),19,41),10),30,(39,(20,17),40)),44,((46,45),(48,47))),(43,3)))); END;