#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 12:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fain M., Krajewski C., & Houde P. 2007. Phylogeny of "core Gruiformes" (Aves: Grues) and resolution of the Limpkin-Sungrebe problem. Molecular Phylogenetics and Evolution, 43(2): 515-529. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1728] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Anseranas_semipalmata Anthropoides_paradisea Anthropoides_virgo Aramus_guarauna Balearica_pavonina Balearica_regulorum Botaurus_lentiginosus Bubulcus_ibis Bugeranus_carunculatus Callipepla_gambelii Charadrius_vociferus Ciconia_maguari Fulica_americana Gallinula_chloropus Gallirallus_philippensis Grus_americana Grus_antigone Grus_canadensis Grus_grus Grus_japonensis Grus_leucogeranus Grus_monacha Grus_nigricollis Grus_rubicunda Grus_vipio Heliornis_fulica Himantopus_mexicanus Jacana_spinosa Larus_atricilla Laterallus_melanophaius Mycteria_americana Podica_senegalensis Porphyrio_porphyrio Porzana_carolina Psophia_crepitans Psophia_viridis Rallus_longirostris Recurvirostra_americana Uria_aalge ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Anseranas_semipalmata Anthropoides_paradisea Anthropoides_virgo Aramus_guarauna Balearica_pavonina Balearica_regulorum Botaurus_lentiginosus Bubulcus_ibis Bugeranus_carunculatus Callipepla_gambelii Charadrius_vociferus Ciconia_maguari Fulica_americana Gallinula_chloropus Gallirallus_philippensis Grus_americana Grus_antigone Grus_canadensis Grus_grus Grus_japonensis Grus_leucogeranus Grus_monacha Grus_nigricollis Grus_rubicunda Grus_vipio Heliopais_personata Heliornis_fulica Jacana_spinosa Larus_atricilla Laterallus_melanophaius Mycteria_americana Podica_senegalensis Porphyrio_porphyrio Porzana_carolina Psophia_crepitans Psophia_viridis Rallus_longirostris Recurvirostra_americana Uria_aalge ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Anthropoides_virgo 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Aramus_guarauna 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Balearica_pavonina 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Balearica_regulorum 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Botaurus_lentiginosus 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Bugeranus_carunculatus 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Callipepla_gambelii 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Gallirallus_philippensis 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Grus_americana 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Grus_canadensis 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Grus_leucogeranus 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Grus_rubicunda 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Grus_vipio 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Heliornis_fulica 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Jacana_spinosa 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Podica_senegalensis 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Porphyrio_porphyrio 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Psophia_crepitans 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Rallus_longirostris 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Recurvirostra_americana 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1718] TITLE Grues_nrDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2700; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anthropoides_paradisea 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Anthropoides_virgo GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAGAATAGAG-------------CTTAAGAGAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGCATTT-TGTAGGATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGCTTAAGGAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGAT-CCTGAG-GAAAGAGACAGGTAGCATGT-CCTATTTAATAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTGAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATG-TGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGTTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCGCTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Aramus_guarauna 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Balearica_pavonina 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Balearica_regulorum 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Botaurus_lentiginosus 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Bubulcus_ibis 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Bugeranus_carunculatus 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Callipepla_gambelii 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Charadrius_vociferus 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Ciconia_maguari 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Fulica_americana 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Gallinula_chloropus 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Gallirallus_philippensis GTACTTG----CATT-------AGACATTC----------AAAAACAGAG-------------CTTAAAATAGAGCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGCTAG-CTTAAATGGCATTTTGGTAGTATCTTAAAATACATTTTATCCCTGCAAGACACCAGCCAA-----------------------ATGTCCATGCAATTCCTCT---------------------GATGCAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-AGT-ACCTTAGGTTAGCACTGCTCCACAGCCAATTAAGAAGCAAGCACACCAAACTTTACTGCTTTTGTGAATGATGTTACCATAGATAAATTGGCAGATCTGGATGACAGCAGAGACTGATAGTCTCCGATGGTGTTCACTGTCAGGGACTGATGGTGACAGTGCTGAGAACCATTGTCTTGATTAAGTAGGAATATTGGTACTTACTCCTGTAACACA-TAATGGGGT-CCCAGG-GAAATAGACAAATAGCATGT-CCTACTTAAAAAAT-AAAGTTCTGCCTACTCAGAAGATAGGAGCTTAATGGTAAAGTACTTAATTCCACATC----ATATCTCTAAACTATGTGATATGTCTCCATCTTAGTACCC-GATTACATATTTCTGAATAAAGGAATTGTTGAGATTGGGGAAGATGTGCAGTTCTCATTGGTT-T-ATAT--------TCCATTGATATTGCAATTGCCATTATGAACTGCAAGTAACTGTAGTTA----TCAAACAG----TAAAT-----TGACATTCCCAGAGAGGTGCACCTAAAATGTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACATTCCAAATGAACTGTGTA-GTGACTACACTTGTGGTGGTTACTTTTTTACAGGAAGTTCAGAGAGGATTTTCAATATTTATTGTTGTTTGAAAATTCCAGTACAGGGGCAGGTGCATGTAGTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTCTCACTCGT-AACACTTTCTTTTGCCTCA-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_americana GTACTTG----CAGT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTCAG-TTTTCACAGCATTT-TATAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGTTG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGATAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AAAACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_antigone GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAGAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGCATTT-TGTAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------CCTTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCGCTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCA-GAAAGAGCCAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTGTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_canadensis 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Grus_grus 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Grus_japonensis GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTCAG-TTTTCACAGCATTT-TATAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGACAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTG-GATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_leucogeranus GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGCATTT-TATAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGGAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGACTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGAG-GAAAGAGGCAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTAATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_monacha GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCCGTCAG-TTTTCACAGCATTT-TATAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGATAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATAATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTTTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_nigricollis GTACTTG----CAGT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTCAG-TTTTCACAGCATTT-TATAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAACAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------TATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGACAGGTAGCATGT-CCTATTTGAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTTTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_rubicunda GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAGAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGCATTT-TGTAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACAAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------CCTTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCGCTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGCCAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTGTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Grus_vipio GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAGAATAGAG-------------CTTAAGATAGACCTGAATATAGACTATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGCATTT-TGTAGAATCGTAAAATATGTTTTATCCCTGCAAGATACTAGCCAA-----------------------ATGTCCATGTAGTTCCTCT---------------------GATGTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-ATATTAGGTTGGCGCTGCTCCACAGCCAAATAAGAAGTAAGCACACTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACATTACAATAGACGAATTGGCAAATCTGGATG-CAATA---------------------CCTTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCTGTGCTGAGGACCACTGTCTTGTTTAAGTAGGAATATTGGTACTCGCTCCTGTAACACA-TAAT-GGGT-CCTGCG-GAAAGAGCCAGGTAGCATGT-CCTATTTAAAAAAT-AAAGTTGTACCTACTCAGAAGACAGGAACTCAATTGTAAAGTACTTAATT-AGCACT----GTTTCTCTAAACTATGTGGTATGTCTTCATCTTAATACCT-GATTACATATTTATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTTGGGAAGATGTACAGTTCTCATTGGTT-T-ATATCTTTAAATTGGATTGATGTTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTAGTTA----TCAATTGC----TAAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGCAGCTAAAATTGTACTTATTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACTGTGTAAGCA--CACACTTGTGATGGTCACTCTTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGCAAATTTCAGTACAGGGGCAGGTGTATGTACTCTGTTGATCTGTTTGC---TT-ACA---------GTTCATCTATCGCTCTT-AACACTTTCTTTTGCCTCG-TCAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Heliornis_fulica 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Himantopus_mexicanus 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Jacana_spinosa 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Larus_atricilla 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Laterallus_melanophaius 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Mycteria_americana 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Podica_senegalensis 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Porphyrio_porphyrio 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Psophia_crepitans 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Psophia_viridis 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Rallus_longirostris 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Recurvirostra_americana 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Uria_aalge GTACTTG----CATT-------AGACATTT-----AAAATAAAAATAGAG-------------CTTAAAGTAGAGCTGAATATAGAATATTTCT-CTAATTTGCTGTTAG-TTTTCACAGTATTT-TGTGGTATCTTAAAATATGTTTGATCCCTCCAAGTTACCAGCCAA-----------------------ATGTCCATGCAATTCTCTT---------------------GCCTTAGCCAA-GGGCAGGTAAAAC-TAT-TTATTAGGTTAGTACTGCTCCACAACCAGGTAAGAAGCAAGCACGCTGAATTTTATTGATTCCATGAATGACGTTACCACAGACAAATCAGCAAATCTGGATG-CAATT---------------------GA{CT}TAATTGTCAGACATTGATGGTAGCAGTGCTGAGGAC-ACTGTCTTGCT{CT}AAGTAGGAATATTGGTACTCACTCCAGTAACACA-TAGT-GGGT-CCTCAG-GAAAGAGACAGGTAGCATGGGCCTGTTTAAAAAAC-AAAGTTCTGCCTACTCAGAAGACAGGAGCTCAGTTGTAAAGTACACAATTTAGCACT----GTATCTCTAAACTGTGTGCTGTGTCTTTATCTTAATACTC-AATTATATATTAATGAATAAAGGAATTGTTTAGATTGGGGAAGGCATGCATTCCTCATTG-TTTT-ATATCTTTCAGTCACATTGATATTGCAATTATCATTATGAACTGCAAGTAATTGTCGTTA----TCAATCAG----TAAACTAAGATGACACTCCCAAAGAGATGCA--------TTAACTTGTTTTTCTTAGCTGCTTCACCTTCCAAGTGCACAGTGTA-GCA--CACACTTGTGATGGCCAATATTTTACAGAAAGTTCAGAGAGGATTTTAAATGTTTATTATGGTTTGACAATTTCAGTACAGGGGCGGGTGTACGTACTCCGTTGATCTGTTTGC---TTAACACATCTGTTTGTTCTTCTGTCACTCTT-AACACTTGCTTTTCTCTCA-TCAGAAGTTTGCCAAGGCCAAGGAGCTGGGAGCCACCGAATGCGTCAACCCTAAAGATTTCAAGAAGCCTATT{CT}A{CT}GAAGTGTTGATTGAAATGACTGGTCATGGTGTGGACTACTCCTTTGAGGTCATCGGCC{AG}TACTGAAACTATGGTATGCAACCAAA-GATGTGGTCAAAT-AGGCATTAGCTTGTTAGCTCTCTCTTCACTAACCCACTAAGCACCACGGGTGAGGAGCTGAGAGCC{AG}CTGGCAAAGTGTCAAGCTAACTTCAAACCTGTTAAGTCCAGCTATCTGCCACTGAGATGCACGGACAGAAGTACGCTCAAAAAATT--------------AGGAAAGGGAACTTCA{AG}TGTATTCCC-CT------------------GACCTAACCAGGGTGGCTAAAT-TCACAC-------TATCTGCTTTCCAACAGTGGCTTATCATTAA-AGACTAAGACAAAATAGGG-AATCAGAACAAAGCTAGGACATATCTAACCCATGACAGCCGATAAA-AATGGTGTGAGCAGATAAAATGGACCTTGTGTGATGTGGTTTCAGTTACAAAA--AATGAA{AT}TGCAAGCTGAGCTGTGAGAGG----AGAAGGATTTCAAACTTTTATGCCACAGCGGCAGATCTTG-------CATGACTCTGGGA{CT}GTCTCTC--TGTTTCAAATGCAGATTGCAGCCTTGGCCTGTTGCCAGTACAACTACGGAGTCAGTGTGATTGTGGGATTACCCGTGAGTTGTCTTGCAGTGCCCCCTGTGGGC-----------------------------------CTCTCCG--------AGTAGAGCT------C-CTCT-GGCTCT-GTTCTAGTACCTTCCTAGGAAAACCGGGCGTGGGG--T-AGAGGCG--------------------------------CAGGGCTGGGAGGTT-CGAGGGAGCCAA-----------GTGGTTGGAC{AG}AGGTTACTGAGGA---GGTGGGGAGCTGAGATTGTGATGTAGGCAGAGCAAGGATTGG----GGAGA-AGGTAGCT-GGGGTGCCTGACCTTCCCC----CCTCTTTCCTTACT-AGGTTTACATGTTCAAATATGACTCTACTCATGGTCACTTCCGGGGCACTGTCAAGGCTGAGAATGGGAAACTTGTGATTAACGGGAATCCTATCACCATCTTCCAGGAGTAAGTATCTCTCTC{CT}CTCTT-GCCCCTT----TGGAGGATGAA{AG}GCAGGTGTCTTGCAGAGCACCGCTTA-C{AC}ATTTTGTCCCTTCTCAGGCGTGACCCCAGCAACATCAAGTGGGGAGATGCTGGTGCTGAATATGTTGTGGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCATGGATAAGGCTGGGGTGAGTA-TGCCA-C------------------------------------AC-ACGGGAGAAGGGG-TACCGCTGCTCCTGCCTGTGGGGTAC-----ATCACCATGT-------ACAGAGTTGCTCAAGAAGGGGAAGAGATG-----GGGCTGGGA-GGGAGAAGAGGTTGTCTGAAAAAGCGAGCTGTTGG-A-GAGATTCTGGGTTATCTAATTTCC------------TTCTTTT-----------------CCAG ; END; BEGIN SETS; CHARSET ADH.I_exon5 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1044-1187; CHARSET b.fib (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1-1043; CHARSET GAPD.H_exon4 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2150-2256; CHARSET ADH.I_exons (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1044-1187 1736-1795; CHARSET GAPD.H_exon5 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2348-2438; CHARSET GAPD.H (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1796-2700; CHARSET ADH.I (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1044-1795; CHARSET GAPD.H_exons (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2150-2256 2348-2438; CHARSET GAPD.H_intron5 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2439-2700; CHARSET GAPD.H_introns (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1796-2149 2257-2347 2439-2700; CHARSET GAPD.H_intron3 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1796-2149; CHARSET GAPD.H_ambigalign (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2656-2696; CHARSET ADH.I_intron5 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1188-1735; CHARSET GAPD.H_intron4 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 2257-2347; CHARSET ADH.I_exon6 (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = 1736-1795; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = N: 1-2700; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Grues_nrDNA) = N: 1-2700; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8197; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Uria_aalge, 2 Recurvirostra_americana, 3 Rallus_longirostris, 4 Psophia_viridis, 5 Psophia_crepitans, 6 Porzana_carolina, 7 Porphyrio_porphyrio, 8 Podica_senegalensis, 9 Mycteria_americana, 10 Laterallus_melanophaius, 11 Larus_atricilla, 12 Jacana_spinosa, 13 Heliornis_fulica, 14 Heliopais_personata, 15 Grus_vipio, 16 Grus_rubicunda, 17 Grus_nigricollis, 18 Grus_monacha, 19 Grus_leucogeranus, 20 Grus_japonensis, 21 Grus_grus, 22 Grus_canadensis, 23 Grus_antigone, 24 Grus_americana, 25 Gallirallus_philippensis, 26 Gallinula_chloropus, 27 Fulica_americana, 28 Ciconia_maguari, 29 Charadrius_vociferus, 30 Callipepla_gambelii, 31 Bugeranus_carunculatus, 32 Bubulcus_ibis, 33 Botaurus_lentiginosus, 34 Balearica_regulorum, 35 Balearica_pavonina, 36 Aramus_guarauna, 37 Anthropoides_virgo, 38 Anthropoides_paradisea, 39 Anseranas_semipalmata; TREE Fig._2 = [&R] ((39,30),((((33,32),(9,28)),((((13,14),8),((3,25),((6,(27,26)),(10,7)))),(((((31,(19,(20,(24,(21,(18,(17,(15,(16,(23,22)))))))))),(38,37)),(34,35)),36),(5,4)))),((11,1),(12,(29,2))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8198; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Uria_aalge, 2 Recurvirostra_americana, 3 Rallus_longirostris, 4 Psophia_viridis, 5 Psophia_crepitans, 6 Porzana_carolina, 7 Porphyrio_porphyrio, 8 Podica_senegalensis, 9 Mycteria_americana, 10 Laterallus_melanophaius, 11 Larus_atricilla, 12 Jacana_spinosa, 13 Himantopus_mexicanus, 14 Heliornis_fulica, 15 Grus_vipio, 16 Grus_rubicunda, 17 Grus_nigricollis, 18 Grus_monacha, 19 Grus_leucogeranus, 20 Grus_japonensis, 21 Grus_grus, 22 Grus_canadensis, 23 Grus_antigone, 24 Grus_americana, 25 Gallirallus_philippensis, 26 Gallinula_chloropus, 27 Fulica_americana, 28 Ciconia_maguari, 29 Charadrius_vociferus, 30 Callipepla_gambelii, 31 Bugeranus_carunculatus, 32 Bubulcus_ibis, 33 Botaurus_lentiginosus, 34 Balearica_regulorum, 35 Balearica_pavonina, 36 Aramus_guarauna, 37 Anthropoides_virgo, 38 Anthropoides_paradisea, 39 Anseranas_semipalmata; TREE Fig._3 = [&R] (30,39,(((29,2),(12,(1,11))),((33,(9,28)),((5,(36,(35,(22,(31,38))))),(14,((7,10),(3,(6,27)))))))); END;