#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 11:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lymberakis P., Poulakakis N., Manthalou G., Tsigenopoulos C., Magoulas A., & Mylonas M. 2007. Mitochondrial Phylogeography of Rana (Pelophylax) populations in the Eastern Mediterranean region. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. 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Rana_kurtmuelleri_5 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Rana_ridibunda_3 CAGGCCTATTCTTGGCTATACACTATACAGCTGACACATCCCTCGCATTTTCATCTGTAGCCCACATCTGCCGAGACGTAAACAACGGTTGGCTCCTCCGAAACTTACATGCCAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATCTACCTACACATTGGACGAAGTCTGTATTATGGCTCTTATCTATACAAAGAGACATGGAATATTGGCGTAATCCTCCTATTCTTAGTCATAGCTACAGCCTTTGTCGGCTACGTCCTACCATGAGGGCAAATATCATTCTGAAGCGCCACAGTAATCACCAACCTCTTATCAGCCGCCCCCTATATCGGCACCGACCTAATCCAATGAATCTGGGGTGGGTTTTCAGTAGACAATGCCACTCTCACCCGATTCTTCACATTCCACTTCATCCTACCCTTTATTATTGCAGCCGCAAGCATAATCCATCTTCTATTTCTTCACCAAACAGGATCATCCAACCCCACGGGTCTTAACTCTAATCTCGACAAAA??????????????GACAAAGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGGATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATCTTCCCGTGAAGAAGCGGGAATTATTGTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACTCAATATGTACCTCTACGCATTTATATCACTAT-AGCCTAAGAAAATTATATATTAGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAATAGGCCA-ACGCCTTTATCTATG-AACCACAATTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTTAATGATCCAATTTT-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAACCCTACGTGATCT Rana_ridibunda_4 CAGGCCTATTCTTGGCTATACACTATACAGCTGACACATCCCTCGCATTTTCATCTGTAGCCCACATCTGCCGAGACGTAAACAACGGTTGGCTCCTCCGAAACTTACATGCCAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATCTACCTACACATTGGACGAAGTCTGTATTATGGCTCTTATCTATACAAAGAGACATGGAATATTGGCGTAATCCTCCTATTCTTAGTCATAGCTACAGCCTTTGTCGGCTACGTCCTACCATGAGGGCAAATATCATTCTGAAGCGCCACAGTAATCACCAACCTCTTATCAGCCGCCCCCTATATCGGCACCGACCTAGTCCAATGAATCTGGGGTGGGTTTTCAGTAGACAATGCCACTCTCACCCGATTCTTCACATTCCACTTCATCCTACCCTTTATTATTGCAGCCGCAAGCATAATCCATCTTCTATTTCTTCACCAAACAGGATCATCCAACCCCACGGGTCTTAACTCTAATCTCGACAAAA?????????????AGACAAAGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATCTTCCCGTGAAGAAGCGGGAATTATTGTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACTCAATATGTACCTCTACGCATTTATATCACTAT-AGCCTAAGAAAATTATATATTAGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAATAGGCCA-ACGCCTTTATCTATG-AACCACAATTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTTAATGATCCAATTTT-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAACACTACGTGATCT Rana_ridibunda_5 CAGGCCTATTCTTGGCTATACACTATACAGCTGACACATCCCTAGCATTTTCATCTGTAGCCCACATCTGCCGAGACGTAAACAACGGCTGGCTCCTCCGAAACTTACATGCCAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATCTACCTGCACATTGGACGAGGTCTGTATTATGGCTCTTATCTATACAAAGAGACATGGAATATTGGCGTAATCCTCCTATTCTTAGTCATAGCTACAGCCTTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCATGGAGCTTTAAACTCAATATATACCTCTACGCATTTATATCACTAT-AGCCTAAGAAAATTATATATTAGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAATAGGCCA-ACGCCTTTATCTATG-AACCACAATTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTTAATAACCCAATTTT-TTGATCAACGAACCAAGTTA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Rana_ridibunda_6 CAGGCCTATTCTTGGCTATACACTATACAGCTGACACATCCCTAGCATTTTCATCTGTAGCCCACATCTGCCGAGACGTAAACAACGGCTGGCTCCTCCGAAACTTACATGCCAATGGCGCATCTTTCTTTTTTATCTGCATCTACCTGCACATTGGACGAGGTCTGTATTATGGCTCTTATCTATACAAAGAGACATGGAATATTGGCGTAATCCTCCTATTCTTAGTCATAGCTACAGCCTTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Rana_saharica_1 CTGGCTTATTCTTGGCCATACATTACTCAGCTGATACATCACTAGCATATTCATCTGTAGCTCATATCTGCCGAGACGTAAATAACGGATGACTCCTCCGCAACCTCCACGCCAATGGTGCATCCTTCTTTTTCATCTGCATTTACTTCCACATCGGGCGAGCTCTCTACTACGGTTCTTACCTCTATAAAGAAACATGAAACAATGGTGTTATCCTCCTAATCCTAGTTATAGCCACAGCCTTCGTTGGCTATGTCCTTCCGTGAGGGCAGATATCATTCTGAGGCGCCACAGTAATCACTAATCTTCTATCAGCCACCCCCTATGTCGGCTCCGATCTAGTCCAATGAATCTGAGGCGGATTTTCAGTTGATAACGCTACCCTCACCCGCTTCTTTACATTTCACTTCATCCTTCCCTTTATTATCGCAGCCGCAAGCATAATCCACCTTCTCTTTCTCCACCAAACAGGATCTTCTAACCCCACCGGCATTAACTCTAATCTCGACAAAA????????????????????????AACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCTAATCAGTGAAACTGATCTCCTCGTGAAGAAGCGAGGATAGTTTTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACCCAATGTACATCTCTACGCATATAAGCCCCAAT-AGCCCAAGAAAATTGTATGTTGGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAACGGGCCT-ATGCCCTTATCCATG-AGCTACCACTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTCAGTGACCCAATTTA-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAA??????????????? Rana_saharica_2 CTGGCTTATTCTTGGCCATACATTACTCAGCTGATACATCACTAGCATATTCATCTGTAGCTCATATCTGCCGAGACGTAAATAACGGATGACTCCTCCGCAACCTCCACGCCAATGGTGCATCCTTCTTTTTCATCTGCATTTACTTCCACATCGGGCGAGCTCTCTACTACGGTTCTTACCTCTATAAAGAAACATGAAACAATGGTGTTATCCTCCTAATCCTAGTTATAGCCACAGCCTTCGTTGGCTATGTCCTTCCGTGAGGGCAGATATCATTCTGAGGCGCCACAGTAATCACTAATCTTCTATCAGCCACCCCCTATGTCGGCTCCGATCTAGTCCAATGAATCTGAGGCGGATTTTCAGTTGATAACGCTACCCTCACCCGCTTCTTTACATTTCACTTCATCCTTCCCTTTATTATCGCAGCCGCAAGCATAATCCACCTTCTCTTTCTCCACCAAACAGGATCTTCTAACCCCACCGGCATTAACTCTAATCTCGACAAAA????????????????????????AACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCTAATCAGTGAAACTGATCTCCTCGTGAAGAAGCGAGGATAGTTTTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACCCAATGTACATCTCTACGCATATAAGCCCCAAT-AGCCCAAGAAAATTGTATGTTGGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAACGGGCCT-ATGCCCTTATCCATG-AGCTACCACTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTCAGTGACCCAATTTA-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTA???????????????? Rana_saharica_3 CAGGCTTATTCTTGGCCATACATTACTCAGCTGATACATCACTAGCATATTCATCTGTAGCTCATATCTGCCGAGACGTAAATAACGGATGACTCCTCCGCAACCTCCACGCCAATGGTGCATCCTTCTTTTTCATCTGCATTTACTTCCACATCGGGCGAGCTCTCTACTACGGTTCTTACCTCTATAAAGAAACATGAAACAATGGTGTTATCCTCCTAATCCTAGTTATAGCCACAGCCTTCGTTGGCTATGTCCTTCCGTGAGGGCAGATATCATTCTGAGGCGCCACAGTAATCACTAATCTTCTGTCAGCCACCCCCTATGTCGGCTCTGATCTAGTCCAATGAATCTGAGGCGGATTTTCAGTTGATAACGCTACCCTCACCCGCTTCTTTACATTTCACTTCATCCTTCCCTTTATTATTGCAGCCGCAAGCATAATCCACCTCCTCTTTCTCCACCAAACAGGATCTTCTAACCCCACCGGCATTAACTCTAATCTCGACAAAA????????????????????????AACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCTAATCAGTGAAACTGATCTCCTCGTGAAGAAGCGAGGATAGTTTTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACCCAATGTACATCTCTACGCATATAAGCCCCAAT-AGCCCAAGAAAATTGTATGTTGGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAACGGGCCT-ATGCCCTTATCCATG-AGCTACCACTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTCAGTGACCCAATTTA-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAGCCGCTACTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTA???????????????? Rana_saharica_4 CAGGCTTATTCTTGGCCATACATTACTCAGCTGATACATCACTAGCATATTCATCTGTAGCTCATATCTGCCGAGACGTAAATAACGGATGACTCCTCCGCAACCTCCACGCCAATGGTGCATCCTTCTTTTTCATCTGCATTTACTTCCACATCGGGCGAGCTCTCTACTACGGTTCTTACCTCTATAAAGAAACATGAAACAATGGTGTTATCCTCCTAATCCTAGTTATAGCCACAGCCTTCGTTGGCTATGTCCTTCCGTGAGGGCAGATATCATTCTGAGGCGCCACAGTAATCACTAATCTTCTGTCAGCCACCCCCTATGTCGGCTCTGATCTAGTCCAATGAATCTGAGGCGGATTTTCAGTTGATAACGCTACCCTCACCCGCTTCTTTACATTTCACTTCATCCTTCCCTTTATTATTGCAGCCGCAAGCATAATCCACCTCCTCTTTCTCCACCAAACAGGATCTTCTAACCCCACCGGCATTAACTCTAATCTCGACAAAA????????????????????????AACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCTAATCAGTGAAACTGATCTCCTCGTGAAGAAGCGAGGATAGTTTTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACCCAATGTACATCTCTACGCATATAAGCCCCAAT-AGCCCAAGAAAATTGTATGTTGGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAACGGGCCT-ATGCCCTTATCCATG-AGCTACCACTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTCAGTGACCCAATTTA-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGT??????????????????????????????????????????????????????? Rana_saharica_5 CTGGCTTATTCTTGGCCATACATTACTCAGCTGATACATCACTAGCATATTCATCTGTAGCTCATATCTGCCGAGACGTAAATAACGGATGACTCCTCCGCAACCTCCACGCCAATGGTGCATCCTTCTTTTTCATCTGCATTTACTTCCACATCGGGCGAGCTCTCTACTACGGTTCTTACCTCTATAAAGAAACATGAAACAATGGTGTTATCCTCCTAATCCTAGTTATAGCCACAGCCTTCGTTGGCTATGTCCTTCCGTGAGGGCAGATATCATTCTGAGGCGCCACAGTAATCACTAATCTTCTATCAGCCACCCCCTATGTCGGCTCCGATCTAGTCCAATGAATCTGAGGCGGATTTTCAGTTGATAACGCTACCCTCACCCGCTTCTTTACATTTCACTTCATCCTTCCCTTTATTATCGCAGCCGCAAGCATAATCCACCTTCTCTTTCTCCACCAAACAGGATCTTCTAACCCCACCGGCATTAACTCTAATCTCGACAAAA????????????????????????AACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATAGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAGGGCTATACTGTCTCCTTTCTCTAATCAGTGAAACTGATCTCCTCGTGAAGAAGCGAGGATAGTTTTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTTAAACCCAATGTACATCTCTACGCATATAAGCCCCAAT-AGCCCAAGAAAATTGTATGTTGGTTTTGGGTTGGGGGGACCGCGGAGAAAAAATTAACCTCCACGACAAACGGGCCT-ATGCCCTTATCCATG-AGCTACCACTCTAAGAATCAATAAACTGATGTTCAGTGACCCAATTTA-TTGATCAACGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAGT??????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN SETS; CHARSET 16S (CHARACTERS = cyt_b_and_16S_rRNA) = 514-1055; CHARSET CYTB (CHARACTERS = cyt_b_and_16S_rRNA) = 1-513; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = cyt_b_and_16S_rRNA) = N: 1-1055; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = cyt_b_and_16S_rRNA) = N: 1-1055; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8207; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Rana_catesbeiana, 2 Rana_plancyi_2, 3 Rana_plancyi_1, 4 Rana_fukienensis, 5 Rana_porozi_2, 6 Rana_porozi_1, 7 Rana_nigromaculata, 8 Rana_esculenta, 9 Rana_perezi, 10 Rana_saharica_5, 11 Rana_saharica_4, 12 Rana_saharica_3, 13 Rana_saharica_2, 14 Rana_saharica_1, 15 Rana_epeirotica_4, 16 Rana_epeirotica_3, 17 Rana_epeirotica_2, 18 Rana_epeirotica_1, 19 Rana_kurtmuelleri_17, 20 Rana_kurtmuelleri_16, 21 Rana_kurtmuelleri_15, 22 Rana_kurtmuelleri_14, 23 Rana_kurtmuelleri_13, 24 Rana_kurtmuelleri_12, 25 Rana_kurtmuelleri_10, 26 Rana_kurtmuelleri_11, 27 Rana_kurtmuelleri_9, 28 Rana_kurtmuelleri_8, 29 Rana_kurtmuelleri_7, 30 Rana_kurtmuelleri_6, 31 Rana_kurtmuelleri_5, 32 Rana_kurtmuelleri_4, 33 Rana_kurtmuelleri_3, 34 Rana_kurtmuelleri_2, 35 Rana_kurtmuelleri_1, 36 Rana_ridibunda_6, 37 Rana_ridibunda_5, 38 Rana_ridibunda_4, 39 Rana_ridibunda_3, 40 Rana_ridibunda_2, 41 Rana_ridibunda_1, 42 Rana_bedriagae_15, 43 Rana_bedriagae_14, 44 Rana_cerigensis_5, 45 Rana_cerigensis_4, 46 Rana_cerigensis_3, 47 Rana_cerigensis_2, 48 Rana_cerigensis_1, 49 Rana_bedriagae_13, 50 Rana_bedriagae_12, 51 Rana_bedriagae_11, 52 Rana_bedriagae_10, 53 Rana_bedriagae_7, 54 Rana_bedriagae_9, 55 Rana_bedriagae_8, 56 Rana_bedriagae_6, 57 Rana_bedriagae_5, 58 Rana_bedriagae_4, 59 Rana_bedriagae_3, 60 Rana_bedriagae_2, 61 Rana_bedriagae_1, 62 Rana_cretensis_10, 63 Rana_cretensis_9, 64 Rana_cretensis_8, 65 Rana_cretensis_7, 66 Rana_cretensis_6, 67 Rana_cretensis_5, 68 Rana_cretensis_4, 69 Rana_cretensis_3, 70 Rana_cretensis_2, 71 Rana_cretensis_1, 72 Rana_lessonae_4, 73 Rana_lessonae_3, 74 Rana_lessonae_2, 75 Rana_lessonae_5, 76 Rana_lessonae_1; TREE Fig._2 = [&R] (1,(((76,75,74,(8,(73,72))),((70,63,((62,(71,66),(65,(69,64))),(67,68))),(((((59,58,(56,(61,(60,57)))),(55,54)),((53,(52,51,(50,49))),((45,44),(43,42)),(48,47,46))),(32,30,28,34,(36,19,(29,25,35,(20,(24,23)))),(31,26),(21,33,27),(((22,41),(39,38)),(40,37)))),((17,16),(18,15))))),(9,((14,13,10),(11,12)))),((7,(2,3)),(4,(6,5)))); END;