#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 15:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kirkpatrick R. 2007. Investigating the monophyly of Pellaea (Pteridaceae) with a phylogenetic analysis of cheilanthoid ferns. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1754] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=105; TAXLABELS Adiantum_aleuticum Adiantum_pedatum_LH2 Adiantum_pedatum_LH3 Aleuritopteris_farinosa Argyrochosma_fendleri Argyrochosma_jonesii Argyrochosma_limitanea Argyrochosma_nivea Aspidotis_californica Aspidotis_carlotta_halliae Aspidotis_densa Astrolepis_cochisensis_1097s_44 Astrolepis_cochisensis_1146_73 Astrolepis_sinuata Astrolepis_windhamii_1188_119 Astrolepis_windhamii_1189_120 Astrolepis_windhamii_1190_121 Bommeria_hispida_1184_115 Bommeria_hispida_1348_260 Cheilanthes_acrostica Cheilanthes_alabamensis Cheilanthes_arizonica Cheilanthes_buchtienii Cheilanthes_covillei Cheilanthes_distans Cheilanthes_eatonii_1200_141 Cheilanthes_eatonii_1233_161 Cheilanthes_feei Cheilanthes_fendleri Cheilanthes_gracillima Cheilanthes_lanosa Cheilanthes_lendigera Cheilanthes_multifida_lacerata Cheilanthes_notholaenoides Cheilanthes_parryi Cheilanthes_parviloba Cheilanthes_skinneri Cheilanthes_tomentosa Cheilanthes_viridis Cheilanthes_viridis_var_glauca Cheilanthes_wrightii Cryptogramma_acrostichoides Doryopteris_nobilis Doryopteris_rediviva Llavea_cordifolia Mildella_intramarginalis Notholaena_affinis Notholaena_californica Notholaena_candida Notholaena_standleyi Paraceterach_muelleri Paragymnopteris_bipinnata Paragymnopteris_marantae_1268_188DS Paragymnopteris_marantae_1297_213 Paragymnopteris_marantae_1303_219_Bhutan Paragymnopteris_sargentii Paragymnopteris_vestita Pellaea_andromedaefolia Pellaea_andromedaefolia_var_pubescens Pellaea_atropurpurea_1178_112 Pellaea_atropurpurea_1182_113 Pellaea_brachyptera Pellaea_breweri_INYO_1086_26 Pellaea_breweri_MONO1_1087s_39 Pellaea_breweri_MONO2_1089_40 Pellaea_bridgesii_MARIPOSA1_1090_927 Pellaea_bridgesii_PLACER_1063s_33 Pellaea_bridgesii_PLUMUS1_1071_1s_34 Pellaea_bridgesii_SIERRA1_1067s_23 Pellaea_calomelanos Pellaea_doniana Pellaea_dura Pellaea_falcata Pellaea_falcata_var_nana Pellaea_glabella_occ_1319_233 Pellaea_glabella_sim_1320_234 Pellaea_gleichenioides Pellaea_intermedia Pellaea_longipilosa Pellaea_maxima Pellaea_mucronata_californica_INYO1_1084_25 Pellaea_mucronata_californica_INYO2_1085s_2 Pellaea_mucronata_californica_SanBERN_1082_37 Pellaea_mucronata_californica_SanBERN2_1083s_38 Pellaea_mucronata_mucronata_LA_1079b_24 Pellaea_mucronata_mucronata_LAKE_1057s_32 Pellaea_mucronata_mucronata_PLUMUS_1078a_35 Pellaea_mucronata_mucronata_TUOLUMNE_1091_42 Pellaea_notabilis_1282_198 Pellaea_notabilis_1289_205 Pellaea_ovata Pellaea_pectiniformis Pellaea_rotundifolia Pellaea_sagittata Pellaea_sp._BOLIVIA_1244_172 Pellaea_ternifolia_BOL1_1224_129 Pellaea_ternifolia_BOL2_1210_153 Pellaea_ternifolia_HI1_1245_173 Pellaea_ternifolia_HI2_1273_189 Pellaea_triphylla Pellaea_truncata Pellaea_wrightiana_1187_118 Pellaea_wrightiana_1192_122 Pellaea_xglaciogena_1092_28 Pellaea_xglaciogena_TUOLUMNE_1093_29 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1775] TITLE 'Cheilanthoid Ferns rps4 trnS trnL-F'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1722; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aspidotis_carlotta_halliae 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Aspidotis_densa 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Cheilanthes_arizonica 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Cheilanthes_buchtienii 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Cheilanthes_covillei ATGCGTCGGCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACGTCCGTATTGCTAGAAGAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTAATTTTCCAGTTAAACATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCGGCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGATGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGAACAACTTCCTACAATGCAGTGAAAGGTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAGCGAACCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGAGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCATTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TATAATAAATTTT----------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATCCTTAC------TGCGAGAATACCCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAG-TCTAAAAAG----------------CTTTTCCATCTCCCTC------TTCAGTCCTTTTAGTAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAA------AGTTTACCTTTTTAAACTAAAA-------TTTTTCGATCTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTGATGCGCTATTTCAACGCATCTAATGTCGAAAT-----GGGGTAGGGGATTAGCCTCTCTCTCTT---GTTTCTGATGAATTAGTCTTTCAACTTCCCTATTTTC-------AGGAAACGAATGAAAA----CTCCTACTCCGAATCAATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGAGAGAAAA-AAGATA----TATCCAAA???????????????????GTCCCTCTATCCCCAGCGAGACACTTAAACTA-TTTCATCCCAATTTAATCCAATT-------GATATATTATATTGGCGATCAAAATAAAATTTGGGAAACCATCTCAAA-----CCTCTTGTTTCA----ATTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCAGGCAGTTCAAATAGC-TGAATGGCTCAATCGATCTTA------AGTTTTTTCCTCGGC----TTTTCTTTTATTCCAGATAGCATGAGACAAGTCAGCAGAAACAGGATTGCCAGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAACCCAAAA----ATTTGCCTAACCCATTTTGTTTCC-----AGAACAGTCGT-------------ATCCCTCAATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC Cheilanthes_distans ATGCGTCGTCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCTGGTAAAAATAATGCACCCAACTTGGACGAAGTTCGGGTTGTTGGTGACCAATCAGCTTCGAAGAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTTAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAATTACGTCCGTATTGCTAGAAGAACTAGAGGTTCGACAGGTCAAGTATCGCTGCAATTGCTTGAAATGCGTCTGGATAATGTTATTTTCCAGTTAGGTATGGCTTCTACAATTCCCGCTGCCCGACAACTAGTTAATCACAGACATATTTTAGTCAACCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGACATTATTACTATTAGGAACCGACTAACTTCCTACAATGCAGCAAAAGGTAAA------TCTCTCGGA------AGGGACGAAGTACCAGATCATTTAACTCTGTCTATTTCAAAAACAAGTGAGCCAACAGGATCAGTCAATCATATGGCTAACCGAGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCATTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TATAATAAGGTTT----------CAATCGATTTAATCAAAAAGTTC-----AGAGATCCGTAC------TATGAGAAGACTATC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TAAA----AAAGCAGA----TGAATAGAAAGGCTTAAAAAA----------------CTTTTTTT----------------------TTTCAATGAAAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTGATTTTGCTGACGATGTCGTTTTCAAGTTCT-----AGTAATGTGCTATTTCAATGCATCTAACATCGAATT-----GGACGAAGGGGTTAGCCTTTCTT-------GTTTCTGATAAAATAATCTTTTAACTTTTCTCTTTTTCT------AAAAACAGATGAAAA----CTCTTACTCCGAATCCATCTCTTTC------AAACTAGTTAGTTAACTAGATTTT----GGGAGATAGGCAAAGAGA----TATCCAAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cheilanthes_eatonii_1200_141 ???????GGCTGAAAAATTTGCCAGGTCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAATTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCGAAAAAGATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCAAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACGTCCGTATTGCTAGAAGAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCACTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTAATTTTCCAGTTAAACATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCGGCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGATGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGAACAACTTCCTATAATGCAGTGAAAGTGAAAGGTGAATCTTTCGGA------CGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAATGAGCGAACCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGAGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCATTCTCGAAAAGCTTAA--------------------------------------GATAACAAATTTT----------CATCCGA------------------------------------------GAGAATACCCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATAAT------ACAAA------TTAA----GAAACAGATTAATAAGTAGAAAGTCGTAAAAAG----------------CTTTTCCATTTCCCTC------TTCAGTCCTTCTAGTAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAA------AGTTTCCCTTTTTAAACTAAA-------TTTTTTCGATCTCAAAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTAATGCGCTATTTCAACGCATCTAACGTCGAAAT-----GGGGGAGAGGATTAGCCTCTCTT-------GTTTCTGATGAATTAGTCTTTCAACTTCCCTTTTTC--------AGAAAACGGATGAAAA----CCCCTACTCCGAATCAATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGAGAGAAAAAAAATAG----ATAGCCAA??????????????TTCAAGTCCCTCTATCCCCAGCGAGACACTTAAACTA-TTTCATCCCAATTAAATCCAATT------GATATATTTATATTGGCGATCAAACTAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCTCTTG???CA----ATT?A??AA??CG-----TT????AA?TG?GCCATT?AGGCAGT?CAAATAGC-TGAA?GGCTCAATCAA?CTTA------AGTTTTTTCCTCGGC-----TTTTTTTTATTCCAGATAGCATGAGACAAGTCGGGAGAA-CAGGATAA??AGT?GG??TGGGTAA-------?CAAA???CCA?AAGA?AAATTGCCTA?CCCATTTTGTTTTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cheilanthes_eatonii_1233_161 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Cheilanthes_feei ATGCGTCGGCTTAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCGAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTTCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTTAATTACGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACGTCCGTATTGCTAGAAGAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTAATTTTCCAGTTAAACATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTATCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGAACAACTTCCTACAATGCAGTGAAAGGTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTATCTTTCTCAAAAACGAGCGAACCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAGCCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCATTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TATAATAAGTTTT----------TATCCAATTTAACCAAATACTTC-----GGAGATACTTAT------TATGAGAATACCCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAATCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTCTATCTTCCTT-----TTTTAGTCGTTTTAGTAAAAAAT---------------------------------------------------------GGAA------AGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTTGATTTGAGAAAAGTTTATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----ACTAATGCGCTATTTCAACGCATCTAATGTCGAAAT-----GGGGGAGGGGATTAGCTTCTATT-------GTTTCTGATAAATTAGTCTTCCAACTTCCCTCTTTTC-------AGGAAACAATTGAAAA----TTCCTACTCCGAATCAATCTCTTCC------CAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGAGAGAGAAAAAAAGA----TGTTCAAA??????????TTGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAGCGAGACACTTAAACTA-TTTCAGCTCAATTAAATCCAATT-------GATATATAACATTGGCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCATCTCAAA-----CCTCTTGTTTCA----TTTTAGCAAGACG-----TTTTGTAAATGAGCCATTCAGGTCATTCAAATACC-TAAATGGCTCAATCGATCTTA------ATTTTTTTCCTCGGC----TTTTCCTTTATTCCAGATAGCACGAGACAAGTCAGCAGAAACAGGATTACCAGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAACCCAAAAACGAATTTGCCTAACCCGTTTCGTTTTC-----AGAACATTCGT-------------ATCCCTCAATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC Cheilanthes_fendleri 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Cheilanthes_gracillima 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Cheilanthes_lanosa 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Cheilanthes_lendigera 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Cheilanthes_skinneri 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Cheilanthes_viridis 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Paraceterach_muelleri 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Paragymnopteris_sargentii 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Pellaea_ternifolia_HI1_1245_173 ATGCGTCGTCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGTGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACATTCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATCAGTTTTTTT-------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATTCTTAT------TGCAAGAATAACCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GACGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTCCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTTATGCGCTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGGAGAGAATTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAACTTCCCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----CTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGGGAGAGACAAAGAGA----TATCCAAA??????????????GTTAGGTCCCTCTATCCCCAACGAGACACTTAAACTA-TTTCATCCCAATTAAATCCAATT------------GATATATTGTCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCCCTCGTTTCA----TTTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCATACAGTTCAAATACC-TGAATGGCTCGATCGATCTTA------AGTTTTTCCCTCGGC----TTTTATTTTATTACAAATAGTATGAGACAAGTCAGCAGAAATAGGATTGCCGGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAAGCCAAAAGCGAAGTGGCCTAACCCGTTTCGTTTTC-----GGATTAGTCGT-------------ATCTCTTGATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC Pellaea_ternifolia_HI2_1273_189 ????????????????????GCCAGGCCTTGTGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACATTCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATCAGTTTTTTT-------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATTCTTAT------TGCAAGAATAACCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GACGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTCCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTTATGCGCTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGGAGAGAATTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAACTTCCCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----CTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGGGAGAGACAAAGAGA----TATCCAAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pellaea_triphylla ATGCGGCGTCTGAAAAATTTGCCAGGTCTCGCTGGTAAAAATAATGCGCCCAACTTAGACGAAGTTCGGGTTCTTGGTGACCAATCAGCTTCGAAGAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTTAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAACTACGTACGTATTGCTAGAAGAACTAAGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAAATGCGTCTGGATAATGTTATTTTCCAGTTAGGTATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAACCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACTAACTTCCTACAATGCAGCAAAAGGTAAA------TCTCTTGGA------AGAGACGAAGTACCGGATCACTTAACTGTGTCTATTTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCTAATAGAGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCATTCCCGAAAAGCTTAA----------------------TATAATATAACAATAATATAACACGGTTT----------CATTCGATTTAACTAAAAACTTC-----AGAGATCCTTAC------TGTGAAAAGACTATT--------------------------AAGGGACTCATAATGAT------ACAAA------TAAA-AAAGAAGCAGA----TGAGTAGAAAGGCTTAAAAAA----------------CTTTGTCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTAATGAAAAAAATTTTGATTTTGCTAACGATATCGTCTTCAAGTTCT-----AGTAATGTACTATTTCAATGCATCTAACATCGACTT--GGATGAAAAAGGGATTAGCTTTTCTT-------GTTTTTCATAAAATAGTTTTTTTACTTTTTTT-----------AGAGAAACAGATGAAAA----CTCTTATTCCGAATCCATCTCTTTC------AAAATAGCTAGTTAACTAGATTTT----GAGAGATAAGCAAAGAGA----TGTCCAAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pellaea_truncata ATGCGTCGTCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTAGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACATTCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATAAGTTTTTTT-------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATTCTTAT------TGCAAGAATAACCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTTCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTCCGAGTTCT-----AGTGATGCGCTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGAAGAGAATTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAATTTCTCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----CTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGGGAGAGACAAAGAGA----TATCCAAA????????????GGTTCCAGTCCCTCTATCCCCAACGAGACACTTAAACTA-TTTCATCCCAATTAAATCCAATT------------GATATATTGTCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCCCTCGTTTCA----TTTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCATACAGTTCAAATACC-TGAATGGCTCGATCGATCTTA------AGTTTTTCCCTCGGC----TTTTATTTTATTACAAATAGTATGAGACAAGTCAGCAGAAATAGGATTGCCGGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAAGCCAAAATCGAAGTGGCCTAACCCGTTTCGTTTTC-----GGATTAGTCGT-------------ATCCCTTGATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC Pellaea_wrightiana_1187_118 ?????????????????????????????????GGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTAGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACATTCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATAAGTTTTTTT-------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATTCTTAT------TGCAAGAATAACCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTTCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTCCGAGTTCT-----AGTGATGCGCTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGAAGAGAATTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAATTTCTCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----CTCCTATTCCGAATCCATATCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGGGAGAGACAAAGCGA----TATCCAAA???????????????????GTCCCTCTATCCCCAACGAGACACTTAAACTA-TTTCATCCCAATTAAATCCAATT------------GATATATTGTCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCCCTCGTTTCA----TTTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCATACAGTTCAAATACC-TGAATGGCTCGATCGATCTTA------AGTTTTTCCCTCGGC----TTTTATTTTATTACAAATAGTATGAGACAAGTCAGCAGAAATAGGATTGCCGGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAAGCCAAAATCGAAGTGGCCTAACCCGTTTCGTTTTC-----GGATTAGTCGT-------------ATCCCTTGATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTG????? Pellaea_wrightiana_1192_122 ATGCGTCGTCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGGGGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTAGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACGGAACGCCAATTACTCAAATACATTCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAATCACAGACATATTTTAGTGAATCGTCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAACGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACCGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATAAGTTTTTTT-------CATCCGATTTAACCAAATACTTT-----GGAGATTCTTAT------TGCAAGAATAACCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTTCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAGTTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTCCGAGTTCT-----AGTGATGCGCTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGAAGAGAATTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAATTTCTCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----CTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGGGAGAGACAAAGAGA----TATCCAAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pellaea_xglaciogena_1092_28 ????????GCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGAAGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACAGAACGCCAATTACTCAAATACATCCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCATCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAATGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACAGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATAAGTTTTTTT-------CATTCGATTTAACCAAATACTTC-----GGAGATCCTTAT------TGCAAGAATAATCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTTCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAATTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTGATGCACTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGGAGAGACTTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAATTTCTCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----TTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGAGAGAGACAAAGAGA----TGTCCAAA???????????????????GTCCCTCTATCCCCAACGAGACACTTAAACTA-CTTCATCCCAATTAAATCCAATT------------GATATATTGTCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCCCTCGTTTCA----TTTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCATACAGTTCAAATACC-TGAATGGCTCGATCGATCTTA------AGTGTTTCCCTCGGC----TTTTATTTTATTACAAATAGTATGAGACGAGTCAGCAGAAATAGGATTGCCGGTTTGATTGGGTAA-------GCAAAAACCCAAAAGCGAAGTGGCCTAACCCGTTTCGTTTCC-----GGATTAGTCGT-------------ATCCCTTGATAAGTTAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC Pellaea_xglaciogena_TUOLUMNE_1093_29 ATGCGTCGTCTGAAAAATTTGCCAGGCCTTGCGGGTAAAGATAATGCGTCCAACTTGAAGGAATTTCGAGTTGCTGGCGACCAATCAGCTTCAAAAAAAATTTCTCAATTCTGCGTGCGTTTGGAGGCCAAACAGAGATTACGTCTCAATTATGGATTGACAGAACGCCAATTACTCAAATACATCCGTATTGCTAGAAAAACTAGGGGTTCGACAGGTCAAGTACCGCTGCAACTGCTTGAGATGCGTCTGGATAATGTCATTTTCCAGTTAGGCATGGCTTCCACAATTCCCGCTGCCCGACAACTGGTTAGTCACAGACATATTTTAGTGAATCATCGTATTGTGGATATACCAAGCTACCGACGTAAACCTAAGGATATTATTACTATTAGGAACCGACCAACTTCCTACAATGCAGTTAAAGTTGAG------TCTTTCGGA------AGGGACGAAGTACCGGATCACTTGACTCTGTCTATCTCAAAAACGAATGAGCCAACAGGATTAGTCAATCATATGGCCAACAGGGAATCCGTCAATTTGGATATAAATGAATTGTTAGTTGTTGAGTATCACTCCCGAAAAGCTTAA--------------------------------------TCTAATAAGTTTTTTT-------CATTCGATTTAACCAAATACTTC-----GGAGATCCTTAT------TGCAAGAATAATCTC--------------------------AAAGGACTCAGAATGAT------ACAAA------TTAA----GAAGCAGATTAATAAGTAGAAAGGCGTAAAAAG----------------CTTTTTCATCTCCCCC------GTCAGTCGTTTTAATAAAGAAT---------------------------------------------------------GGAATTCCAAAGTTTACCTTTGTAAAGTAAAA-------TTTTTCGATGTCAGAAAAATTGATTTGGCTAACGATGTCGTTTTCGAGTTCT-----AGTGATGCACTATTTCAACGCGTCTAACGTCGAAAT-----GGGGGAGAGACTTAGCCTCTCTT-------GTTTTTCATGAATTAGTCTTTCAATTTCTCTTTTTTCC-------GGAAACGGATGAAAA----TTCCTATTCCGAATCCATCTCTTCC------AAAATAGCTATTTAACTAGATTTT----GGGAGAGAGACAAAGAGA----TGTCCAAA????????????GGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAACG?GTC?CTTAAACTA-CTTC?T?CCA?TTAAATCCAATT------------GATATATTGTCGATCAAAATAAAATTTTGGAAACCACCTCAAA-----CCCCTCGTTTCA----TTTTAGCAAGACA-----TTTTGTAAATGAGCCATTCATACAGTTCAAATACC-TGAATGGCTCGATCGATCTTA------AGTGTTTCCCTCGGC----TTTTATTTTATTACAAATAGTATGAGACGAGTCAGCAGAAATAGGATTGCCGGTTTGATTG?GTAA-------GCAAAAACCCAAAAGCGAAGTGGCCTAACCCGTTTCGTTTCC-----GGATTAGTCGT-------------A?CCCT?GATAAGTTAGCCGGGATAGCTCA?TTGGTA?AGCAAAG?AC?GAAAA?CC?CGGGCC??? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Cheilanthoid Ferns rps4 trnS trnL-F') = N: 1-1722; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Cheilanthoid Ferns rps4 trnS trnL-F') = N: 1-1722; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8267; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pellaea_xglaciogena_TUOLUMNE_1093_29, 2 Pellaea_xglaciogena_1092_28, 3 Pellaea_wrightiana_1192_122, 4 Pellaea_wrightiana_1187_118, 5 Pellaea_truncata, 6 Pellaea_triphylla, 7 Pellaea_ternifolia_HI2_1273_189, 8 Pellaea_ternifolia_HI1_1245_173, 9 Pellaea_ternifolia_BOL2_1210_153, 10 Pellaea_ternifolia_BOL1_1224_129, 11 Pellaea_sp._BOLIVIA_1244_172, 12 Pellaea_sagittata, 13 Pellaea_rotundifolia, 14 Pellaea_pectiniformis, 15 Pellaea_ovata, 16 Pellaea_notabilis_1289_205, 17 Pellaea_notabilis_1282_198, 18 Pellaea_mucronata_mucronata_TUOLUMNE_1091_42, 19 Pellaea_mucronata_mucronata_PLUMUS_1078a_35, 20 Pellaea_mucronata_mucronata_LAKE_1057s_32, 21 Pellaea_mucronata_mucronata_LA_1079b_24, 22 Pellaea_mucronata_californica_SanBERN2_1083s_38, 23 Pellaea_mucronata_californica_SanBERN_1082_37, 24 Pellaea_mucronata_californica_INYO2_1085s_2, 25 Pellaea_mucronata_californica_INYO1_1084_25, 26 Pellaea_maxima, 27 Pellaea_longipilosa, 28 Pellaea_intermedia, 29 Pellaea_gleichenioides, 30 Pellaea_glabella_sim_1320_234, 31 Pellaea_glabella_occ_1319_233, 32 Pellaea_falcata_var_nana, 33 Pellaea_falcata, 34 Pellaea_dura, 35 Pellaea_doniana, 36 Pellaea_calomelanos, 37 Pellaea_bridgesii_SIERRA1_1067s_23, 38 Pellaea_bridgesii_PLUMUS1_1071_1s_34, 39 Pellaea_bridgesii_PLACER_1063s_33, 40 Pellaea_bridgesii_MARIPOSA1_1090_927, 41 Pellaea_breweri_MONO2_1089_40, 42 Pellaea_breweri_MONO1_1087s_39, 43 Pellaea_breweri_INYO_1086_26, 44 Pellaea_brachyptera, 45 Pellaea_atropurpurea_1182_113, 46 Pellaea_atropurpurea_1178_112, 47 Pellaea_andromedaefolia_var_pubescens, 48 Pellaea_andromedaefolia, 49 Paragymnopteris_vestita, 50 Paragymnopteris_sargentii, 51 Paragymnopteris_marantae_1303_219_Bhutan, 52 Paragymnopteris_marantae_1297_213, 53 Paragymnopteris_marantae_1268_188DS, 54 Paragymnopteris_bipinnata, 55 Paraceterach_muelleri, 56 Notholaena_standleyi, 57 Notholaena_candida, 58 Notholaena_californica, 59 Notholaena_affinis, 60 Mildella_intramarginalis, 61 Llavea_cordifolia, 62 Doryopteris_rediviva, 63 Doryopteris_nobilis, 64 Cryptogramma_acrostichoides, 65 Cheilanthes_wrightii, 66 Cheilanthes_viridis_var_glauca, 67 Cheilanthes_viridis, 68 Cheilanthes_tomentosa, 69 Cheilanthes_skinneri, 70 Cheilanthes_parviloba, 71 Cheilanthes_parryi, 72 Cheilanthes_notholaenoides, 73 Cheilanthes_multifida_lacerata, 74 Cheilanthes_lendigera, 75 Cheilanthes_lanosa, 76 Cheilanthes_gracillima, 77 Cheilanthes_fendleri, 78 Cheilanthes_feei, 79 Cheilanthes_eatonii_1233_161, 80 Cheilanthes_eatonii_1200_141, 81 Cheilanthes_distans, 82 Cheilanthes_covillei, 83 Cheilanthes_buchtienii, 84 Cheilanthes_arizonica, 85 Cheilanthes_alabamensis, 86 Cheilanthes_acrostica, 87 Bommeria_hispida_1348_260, 88 Bommeria_hispida_1184_115, 89 Astrolepis_windhamii_1190_121, 90 Astrolepis_windhamii_1189_120, 91 Astrolepis_windhamii_1188_119, 92 Astrolepis_sinuata, 93 Astrolepis_cochisensis_1146_73, 94 Astrolepis_cochisensis_1097s_44, 95 Aspidotis_densa, 96 Aspidotis_carlotta_halliae, 97 Aspidotis_californica, 98 Argyrochosma_nivea, 99 Argyrochosma_limitanea, 100 Argyrochosma_jonesii, 101 Argyrochosma_fendleri, 102 Aleuritopteris_farinosa, 103 Adiantum_pedatum_LH3, 104 Adiantum_pedatum_LH2, 105 Adiantum_aleuticum; TREE Strict = [&R] ((88,87),(((((((((((48,47),(28,15)),(((44,23,22,25,24,20,19,21,18,5,4,3),((11,(10,9)),(8,7))),(39,37,38,40,2,1))),(((46,45),(17,16)),(31,30))),(((13,33,32),55),(54,49))),(12,((93,94),((91,90,89),92)))),((43,42,41),(53,((52,51),50)))),((101,100),(99,98))),(((85,72),65),((82,(((80,79),68),74),77,76),((78,75),71)))),(((((36,(66,67)),73),(29,(6,(63,62)))),(35,(34,14),27,26),((97,(96,95)),84),(86,60),83,81,70),(((102,57),59,58),56))),69),((64,61),((105,104),103))); END;