#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 17:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Li J., Shoup S., & Chen Z. 2007. Phylogenetic Relationships of Diploid Species of Betula (Betulaceae) Inferred from Nuclear Nitrogen Reductase. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1756] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Alnus_maximowiczii_c1 Alnus_maximowiczii_c10 Alnus_maximowiczii_c21 Alnus_maximowiczii_c22 Alnus_maximowiczii_c23 Alnus_maximowiczii_c3 Betula_alnoides_c13 Betula_alnoides_c18 Betula_calcicola_c12 Betula_calcicola_c14 Betula_chichibuensis_c12 Betula_chichibuensis_c14 Betula_chichibuensis_c23 Betula_chichibuensis_c25 Betula_lenta_c10 Betula_lenta_c11 Betula_lenta_c35 Betula_lenta_c36 Betula_maximowicziana_1_c7 Betula_maximowicziana_1_c9 Betula_maximowicziana_2_c12 Betula_maximowicziana_2_c15 Betula_michauxii_c11 Betula_michauxii_c12 Betula_michauxii_c13 Betula_michauxii_c14 Betula_michauxii_c15 Betula_nana_c18 Betula_nana_c20 Betula_nana_c22 Betula_nana_c41 Betula_nana_c43 Betula_nana_c44 Betula_nigra_1_c1 Betula_nigra_1_c4 Betula_nigra_2_c16 Betula_nigra_2_c17 Betula_nigra_2_c18 Betula_nigra_2_c20 Betula_pendula_c23 Betula_pendula_c24 Betula_pendula_c25 Betula_pendula_c26 Betula_pendula_c27 Betula_pendula_c30 Betula_pendula_c32 Betula_pendula_c7 Betula_pendula_c8 Betula_platyphylla_c1 Betula_platyphylla_c2 Betula_platyphylla_c3 Betula_platyphylla_c4 Betula_platyphylla_c5 Betula_populifolia_c7 Betula_populifolia_c9 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Betula_michauxii_c13 ATTGGAGGTAGAGGTGCTGGACCTCCTTGGCACCAAAGAGATTGCCGTCCGAGCCTGGGATGAAGCCCTTAACCCCCAGCCCGAGAAGCTTATTTGGAATCTCATGGTAT----GCACTTTTACCTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTTGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGGTTGGTG-CCTGTGCCTGCTACACCA--------------------------------ACATATCACTATCACT---GCATTATTGGAAGCGTG---GCC-TTAAAAATAAAA--------------------GAATTCCGTACATCGACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGCTTATGCTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACACCATAATTATATACAATTTTCCTGATTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGTGTTGAAAAA--TTGGTGAACTTTTATTG--------------G?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Betula_michauxii_c14 ATTGGAGGTAGAGGTGCTGGACCTCCTTGGCACCAAAGAGATTGTCGTCCGAGCCTGGGATGAAGCCCTTAACCCCCAGCCCGAGAAGCTCATTTGGAATCTCATGGTAT----GCACTTTTGCCTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTTGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGGTTGGTG-CCTGTGCCTGCTACACCA--------------------------------ACATATCACTATCACT---GCATTATTGGAAGCGTG---GCC-TTAAAAATAAAA--------------------GAATTCCGTACATCGACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGCTTATGCTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACACCATAATTATATACAATTTTCCTGATTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGTGTTGAAAAAA-TTGGTGAACTTTTATTG--------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----TAAATTGATATTAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_michauxii_c15 ATTGGAGGTAGAGGTGCTGGACCTCCTTGGCACCAAAGAGATTGCCGTCCGAGCCTGGGATGAAGCCCTTAACCCCCAGCCCGAGAAGCTTATTTGGAATCTCATGGTAT----GCACTTTTGCCTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTTGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGGTTGGTG-CCTGTGCCTGCTACACCA--------------------------------ACATATCACTATCACT---GCATTATTGGAAGCGTG---GCC-TTAAAAATAAAA--------------------GAATTCCGTACATCGACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGCTTATGCTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACACCATAATTATATACAATTTTCCTGATTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGTGTTGAAAAAA-TTGGTGAACTTTTATTG--------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----TAAATTGATATTAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_nana_c18 ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTGCTTGGGGCGAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCTTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTAGTATACCA--------------------------------ACATATCACCATCACA---GCATTATTGGAAGCGTG---GCT-TTAAAAAAAAAA----------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGATTAATTACAGCGATAATCA----TACGAGTAGATAGAGAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTGAACTTTTATTG--------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----CAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAA-TATTG-TATAG Betula_nana_c20 ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTCCTTGGCTCCAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCTTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGTAAGCGTG---GCC-TTAAAAAAAAAA----------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGCTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGATTAATTACAGCGATAATCA----TACGAGTAGATAGAGAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTGAACTTTTATTG--------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----CAAA??????????????????????????????????????????? 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ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTCCTTGGCGCCAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCTTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGGAAGGGTG---GCC-TTAAAAAAAA-CAA--------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGACTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTG-------------------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATTATATTCAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_platyphylla_c4 ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTCCTTGGCGCCAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCTTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGGAAGGGTG---GCC-TTAAAAAAAAACAA--------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGACTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTG-------------------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATTATATTCAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_platyphylla_c5 ???????????????????????????????????????????GCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCTTTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGGAAGGGTG---GCC-TTAAAAAAAAACAA--------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGAATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGACTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAACTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTG-------------------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATTATATTCAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_populifolia_c7 ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTCCTTGGCGCCAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCATTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGGAAGGGTG---GCC-TTAAAAAAAAAAA---------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGCATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGACTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTG-------------------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----CAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAGGG-TTGTTAAATATTG-TATAG Betula_populifolia_c9 ACTGGAGGTAGAGGTGCTAGACCTCCTTGGCGCCAAGGAGATTGCTGTCCGAGCCTGGGATGAAGCTCACAACACCCAACCCGAAAAGCTCATTTGGAATGTCATGGTAT----GCCCTTTTGCATTTGAGCCAATCAGTTTTTCACACTAGTTTATTAGCTGTCCACTCGTTTTTGCTTGGCCTGAGG----TCCAGCGGTTTGGTG-TCTGTGCCTGGTATACCA--------------------------------ACATATCACTATCACA---GCATTATTGGAAGGGTG---GCC-TTAAAAAAAAAAA---------------GAAACAATTCCGTACATCCACTGTTTGTTGGGTTCATTCATTTTTGTTGATTTCAACACGACATGATTTGTTTATGTTCC-CAGGTGCATATGCTATCAA-----CCTAAATGCTGGTGTAATCATGG-TCGACATCATAATTATATACAATTTTCCTGACTAATTACAGCGACAATCA----TACGAGTAGATAGATAATTTATAATTGATTAATCGGTCGT---GGAGTTGAAAAAA-TTGGTG-------------------------GTCTTTAAT--------CCGCTTAATTGGTAATTATCATTCAATTAATTGTCC---------------------TAGACAGTTAATT-----CAAATTGAAATGAA-TTAA-TTTAAGG-TTGTTAAATATTG-TATAG ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8273; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Betula_maximowicziana_1_c9, 2 Betula_maximowicziana_1_c7, 3 Betula_lenta_c36, 4 Betula_lenta_c35, 5 Betula_lenta_c11, 6 Betula_lenta_c10, 7 Betula_chichibuensis_c25, 8 Betula_chichibuensis_c23, 9 Betula_chichibuensis_c14, 10 Betula_chichibuensis_c12, 11 Betula_calcicola_c14, 12 Betula_calcicola_c12, 13 Betula_alnoides_c18, 14 Betula_alnoides_c13, 15 Alnus_maximowiczii_c3, 16 Alnus_maximowiczii_c23, 17 Alnus_maximowiczii_c22, 18 Alnus_maximowiczii_c21, 19 Alnus_maximowiczii_c10, 20 Alnus_maximowiczii_c1, 21 Betula_maximowicziana_2_c12, 22 Betula_maximowicziana_2_c15, 23 Betula_michauxii_c11, 24 Betula_michauxii_c12, 25 Betula_michauxii_c13, 26 Betula_michauxii_c14, 27 Betula_michauxii_c15, 28 Betula_nana_c18, 29 Betula_nana_c20, 30 Betula_nana_c22, 31 Betula_nana_c41, 32 Betula_nana_c43, 33 Betula_nana_c44, 34 Betula_nigra_1_c1, 35 Betula_nigra_1_c4, 36 Betula_nigra_2_c16, 37 Betula_nigra_2_c17, 38 Betula_nigra_2_c18, 39 Betula_nigra_2_c20, 40 Betula_pendula_c23, 41 Betula_pendula_c24, 42 Betula_pendula_c25, 43 Betula_pendula_c26, 44 Betula_pendula_c27, 45 Betula_pendula_c30, 46 Betula_pendula_c32, 47 Betula_pendula_c7, 48 Betula_pendula_c8, 49 Betula_platyphylla_c1, 50 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