#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 4:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Souza E.S., Chaves Z.M., Soares W.R., Pinho D.B., & Dianese J.C. 2015. Uromyces hawksworthii nom. nov. for Aecidium goyazense, on Phthirusa stelis (Loranthaceae) from the Brazilian Cerrado. IMA Fungus, 6(1): 155-162. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17667] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Cumminsiella_mirabilissima_AF426206_ Cumminsiella_mirabilissima_DQ354531 'Melampsora larici-populina JQ042250' Puccinia_coronata_DQ354526_ Puccinia_coronata_EU851141_ Puccinia_graminis_AF522177_ Puccinia_graminis_HQ412648_ Puccinia_hemerocallidis_DQ354519_ Puccinia_hemerocallidis_GU058020_ Puccinia_heucherae_DQ359701_ Puccinia_heucherae_DQ359702_ Puccinia_hordei_DQ354527_ Puccinia_melanocephala_KP201838_ Puccinia_melanocephala_KP201839_ Puccinia_nakanishikii_GU058002_ Puccinia_peperomiae_EU851146 Uromyces_acuminatus_GU109282 Uromyces_appendiculatus_AY745704_ Uromyces_appendiculatus_KM249870_ 'Uromyces ari-triphylli DQ354529 ' Uromyces_hawksworthii_KR821139 Uromyces_hawksworthii_KR821140 Uromyces_ixiae_DQ917738_ Uromyces_ixiae_DQ917739_ Uromyces_pisi_AF426201_ Uromyces_striatus_HQ317512_ Uromyces_striatus_HQ412652_ Uromyces_trifolii_GU936634_ 'Uromyces viciae-fabae AF426199 ' 'Uromyces viciae-fabae KJ716343 ' Uromyces_vignae_AB115649_ ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Puccinia_peperomiae_EU851146 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'Uromyces viciae-fabae KJ716343 ' AGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTT---CA-GAGTCCGAGTTGTAATTTTGAGAACTG-TTTTCAGTGCTGGACCATGTACAAGTCT-GTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCAGTGCA-ATATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATCAGTTCAACC-TTTTC---AAGGGAGTATTCTGATGA-TTAACAGACCAACATCAATTTTTGGGTGTTGGAGAAGGGTTCAAGGAAATGTAGCAGTCTCTG--A-CTGTGTTATAGTCCTGGGCTTTGATACAATGCTTAAGATTGAGGATTGC--AGTAAGCCCA---TTTTTTTG-GGTGGAACTAATTGTTGTTCTTCTTACTGAGGATGTTGGTGCAATAGCTTTAAATGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCCTGCGAGTATTTGGGTGTTTGAAACCCTTATGCATAATGAAAGTAAATGT-AAATGGGAACT-TTTTT---AAGTGCACCATTGACCAGTCCAGAT-TATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAAAGACTTAT--ATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAA Uromyces_vignae_AB115649_ AGTAATGGCGAATGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTTT---CA-GAGTCCGAATTGTAATTCTGAGAACTG-TTTTCAGTGCTGGACCATATATAAGTCT-GTTGAAAAGCAGCATCATAGAAGGTGATAATCCTGTTCATGATATGGACTACCAGTGCA-ATATGATACAGTCTCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGAGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATTGATGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACAATTGAAGTTAGACTTGTTATTATTAGTTCAACCTTTTTT----AGGGAGTATTCTAATGA-TTAACAGACCAACATCAACTTTTGAGTGTTGGAGAAGGGCTTAAGGAAATGTAGCAGTCTCTG--A-TTGTGTTATAGTCCTGAGCTTTGATATAATGCTTAAGGTTGAGGATTGC--AGTAAGCA------TTT-AAG-G-TGGAACAAATTATTGTTCTTCTTACTGAGGATGTTGGTGCAATAGCTTTAAATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Uromyces_spp.; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Puccinia_hordei_DQ354527_, 2 Puccinia_coronata_DQ354526_, 3 Puccinia_coronata_EU851141_, 4 Puccinia_graminis_HQ412648_, 5 Puccinia_graminis_AF522177_, 6 Puccinia_peperomiae_EU851146, 7 'Uromyces ari-triphylli DQ354529 ', 8 Uromyces_hawksworthii_KR821139, 9 Uromyces_hawksworthii_KR821140, 10 Uromyces_acuminatus_GU109282, 11 Puccinia_heucherae_DQ359702_, 12 Puccinia_heucherae_DQ359701_, 13 Puccinia_melanocephala_KP201838_, 14 Puccinia_melanocephala_KP201839_, 15 Puccinia_nakanishikii_GU058002_, 16 Cumminsiella_mirabilissima_DQ354531, 17 Cumminsiella_mirabilissima_AF426206_, 18 Uromyces_ixiae_DQ917738_, 19 Uromyces_ixiae_DQ917739_, 20 Uromyces_appendiculatus_KM249870_, 21 Uromyces_appendiculatus_AY745704_, 22 Uromyces_trifolii_GU936634_, 23 'Uromyces viciae-fabae KJ716343 ', 24 'Uromyces viciae-fabae AF426199 ', 25 Puccinia_hemerocallidis_DQ354519_, 26 Puccinia_hemerocallidis_GU058020_, 27 Uromyces_striatus_HQ412652_, 28 Uromyces_striatus_HQ317512_, 29 Uromyces_pisi_AF426201_, 30 Uromyces_vignae_AB115649_, 31 'Melampsora larici-populina JQ042250'; TREE con_50_majrule = [&R] (31:0.062611,((10:0.001543,(18:0.00108,19:0.001096):0.008844):0.00339,((2:6.59E-4,3:0.003507):0.005187,(1:0.002547,(4:6.45E-4,5:6.86E-4):0.003254):0.002474,((6:0.029903,7:0.005662):0.004568,(8:6.39E-4,9:6.41E-4):0.012123):0.008059):0.003195,((11:7.56E-4,12:8.97E-4):0.004959,((16:0.001063,17:0.001185):0.00698,((15:0.007448,(13:6.35E-4,14:6.36E-4):0.010221):0.007102,((25:0.001483,26:0.001643):0.003446,(22:7.04E-4,29:0.00271,((23:0.001037,24:0.001077):0.003907,(27:0.001582,28:0.002501):0.004842,(30:0.010572,(20:6.38E-4,21:6.32E-4):0.00596):0.006668):0.002275):0.006294):0.018918):0.002635):0.004162):0.002563):0.062611); END;