#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 13:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cuenca A., & Asmussen-lange C. 2007. Phylogeny of the palm tribe Chamaedoreeae (Arecaceae) based on plastid DNA sequences. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1768] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Calamus_aruensis Caryota_mitis Ceroxylon_quinduenses Chamaedorea_adscendens Chamaedorea_allenii Chamaedorea_alternans Chamaedorea_brachypoda Chamaedorea_costaricana Chamaedorea_crucensis Chamaedorea_dammeriana Chamaedorea_elatior Chamaedorea_elegans Chamaedorea_ernestiaugustii Chamaedorea_fragrans Chamaedorea_geonomiformis Chamaedorea_glaucifolia Chamaedorea_hooperiana Chamaedorea_linearis Chamaedorea_metallica Chamaedorea_microspadix Chamaedorea_nationsiana Chamaedorea_oblongata Chamaedorea_pedunculata Chamaedorea_pinnatifrons Chamaedorea_plumosa Chamaedorea_pochutlensis Chamaedorea_sartorii Chamaedorea_seifrizii Chamaedorea_stolonifera Chamaedorea_tepejilote Chamaerops_humilis Cocos_nucifera Gaussia_attenuata Gaussia_gomezpompae Gaussia_maya Gaussia_princeps Gaussia_spirituana Geonoma_congesta Hyophorbe_amaricaulis Hyophorbe_indica Hyophorbe_lagenicaulis Hyophorbe_vaughanii Hyophorbe_verschaffeltii Hyospathe_macrorhachis Iriartea_deltoidea Linospadix_monostachya Manicaria_saccifera Nypa_fruticans Phytelephas_aequatorialis Podococcus_barteri Pseudophoenix_vinifera Roystonea_oleracea Synechanthus_fibrosus Synechanthus_warscewiczianus Wendlandiella_gracilis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Calamus_aruensis Caryota_mitis Ceroxylon_quinduenses Chamaedorea_adscendens Chamaedorea_allenii Chamaedorea_alternans Chamaedorea_brachypoda Chamaedorea_costaricana Chamaedorea_crucensis Chamaedorea_dammeriana Chamaedorea_elatior Chamaedorea_elegans Chamaedorea_ernestiaugustii Chamaedorea_fragrans Chamaedorea_geonomiformis Chamaedorea_glaucifolia Chamaedorea_hooperiana Chamaedorea_linearis Chamaedorea_metallica Chamaedorea_microspadix Chamaedorea_nationsiana Chamaedorea_oblongata Chamaedorea_pedunculata Chamaedorea_pinnatifrons Chamaedorea_plumosa Chamaedorea_pochutlensis Chamaedorea_sartorii Chamaedorea_seifrizii Chamaedorea_stolonifera Chamaedorea_tepejilote Chamaerops_humilis Cocos_nucifera Gaussia_attenuata Gaussia_gomezpompae Gaussia_maya Gaussia_princeps Gaussia_spirituana Geonoma_congesta Hyophorbe_amaricaulis Hyophorbe_indica Hyophorbe_lagenicaulis Hyophorbe_vaughanii Hyophorbe_verschaffeltii Hyospathe_macrorhachis Iriartea_deltoidea Linospadix_monostachya Manicaria_saccifera Nypa_fruticans Phytelephas_aequatorialis Podococcus_barteri Pseudophoenix_vinifera Roystonea_oleracea Synechanthus_fibrosus Synechanthus_warscewiczianus Wendlandiella_gracilis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Calamus_aruensis Caryota_mitis Ceroxylon_quinduenses Chamaedorea_adscendens Chamaedorea_allenii Chamaedorea_alternans Chamaedorea_brachypoda Chamaedorea_costaricana Chamaedorea_crucensis Chamaedorea_dammeriana Chamaedorea_elatior Chamaedorea_elegans Chamaedorea_ernestiaugustii Chamaedorea_fragrans Chamaedorea_geonomiformis Chamaedorea_glaucifolia Chamaedorea_hooperiana Chamaedorea_linearis Chamaedorea_metallica Chamaedorea_microspadix Chamaedorea_nationsiana Chamaedorea_oblongata Chamaedorea_pedunculata Chamaedorea_pinnatifrons Chamaedorea_plumosa Chamaedorea_pochutlensis Chamaedorea_sartorii Chamaedorea_seifrizii Chamaedorea_stolonifera Chamaedorea_tepejilote Chamaerops_humilis Cocos_nucifera Gaussia_attenuata Gaussia_gomezpompae Gaussia_maya Gaussia_princeps Gaussia_spirituana Geonoma_congesta Hyophorbe_amaricaulis Hyophorbe_indica Hyophorbe_lagenicaulis Hyophorbe_vaughanii Hyophorbe_verschaffeltii Hyospathe_macrorhachis Iriartea_deltoidea Linospadix_monostachya Manicaria_saccifera Nypa_fruticans Phytelephas_aequatorialis Podococcus_barteri Pseudophoenix_vinifera Roystonea_oleracea Synechanthus_fibrosus Synechanthus_warscewiczianus Wendlandiella_gracilis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=55; TAXLABELS Calamus_aruensis Caryota_mitis Ceroxylon_quinduenses Chamaedorea_adscendens Chamaedorea_allenii Chamaedorea_alternans Chamaedorea_brachypoda Chamaedorea_costaricana Chamaedorea_crucensis Chamaedorea_dammeriana Chamaedorea_elatior Chamaedorea_elegans Chamaedorea_ernestiaugustii Chamaedorea_fragrans Chamaedorea_geonomiformis Chamaedorea_glaucifolia Chamaedorea_hooperiana Chamaedorea_linearis Chamaedorea_metallica Chamaedorea_microspadix Chamaedorea_nationsiana Chamaedorea_oblongata Chamaedorea_pedunculata Chamaedorea_pinnatifrons Chamaedorea_plumosa Chamaedorea_pochutlensis Chamaedorea_sartorii Chamaedorea_seifrizii Chamaedorea_stolonifera Chamaedorea_tepejilote Chamaerops_humilis Cocos_nucifera Gaussia_attenuata Gaussia_gomezpompae Gaussia_maya Gaussia_princeps Gaussia_spirituana Geonoma_congesta Hyophorbe_amaricaulis Hyophorbe_indica Hyophorbe_lagenicaulis Hyophorbe_vaughanii Hyophorbe_verschaffeltii Hyospathe_macrorhachis Iriartea_deltoidea Linospadix_monostachya Manicaria_saccifera Nypa_fruticans Phytelephas_aequatorialis Podococcus_barteri Pseudophoenix_vinifera Roystonea_oleracea Synechanthus_fibrosus Synechanthus_warscewiczianus Wendlandiella_gracilis ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1817] TITLE 'trnD-trnT spacer'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=946; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTT--ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaedorea_hooperiana ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATGTATGTACATATATACATATATGCAGACACATATCTCATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAA-GGAAAATT Chamaedorea_linearis 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???TATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----{AG}AAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCA?CGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAA?? Chamaedorea_plumosa ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATATTCCATATCCACCTGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAATC-TTA-ATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTTACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaedorea_pochutlensis ????????CTTACTAATTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAATCGTAA--TTAAGTA--------------TCATAAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGAC{AC}TATCG?CAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaedorea_sartorii ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACA?GG--ATATGGAATATAGTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAAAAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATGGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCTGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaedorea_seifrizii ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Chamaedorea_stolonifera ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATAGTGAGAGCGACACAG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAAAAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTT--ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATGGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTATGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCTTTCTTGTATGAACCCCTATGCAGATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaedorea_tepejilote CCATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATATTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTTTTTT-ATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTCTT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACCTATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Chamaerops_humilis 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ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCATTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGG--ATATGGAATATAGTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAGTGATTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATCTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTATTTTTATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCTGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTATT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTACGATCAACTTCCTCCCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATTATCATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTTCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTACATATATACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACATATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Gaussia_gomezpompae 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Hyophorbe_indica ACATATT-CTTACTAGTTTGATAAG-AACATTCTATTCGTTGTGTTGTAACAGAAACACGAATGATATACTGAATATCCACATGGC-ATATGGAATATAGTGAGAGCGACACGG-ATTACTAGTAA----------CGAATGGTTATTTTATTGCCAAAAAAA----TAGATAATAAATTTTTCAATGAGAAAAA-GAACTATTTTTATTTTTATGATACTTAAT--TAAGATTAAGTA--------------TCATTAATCTAGATCGTTAGAAAAATCAGAACGAATTA-----GAAAAA-CATGGATAGAGAAAAAATTGACTCTTTCTCTTCATTTCTACGGATCAGGCATTTCCGTTTCTGGAGGACAAATTGGTTATTTCATATTCATGGAGCAACGAATTATT-----GGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGACATATCGTCAACGAATTT--------------ACAGTCCGTCCCCATTAACCG-CTCGGGCATCGACCCAGGAAGAATTAATTCTAGATTTATTGATAATCTATGATCAACTTCCTACCTACCCCCAGGGGAAGTCGAATCCCCGCTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGAACCACTAGACGATAGGGGCATATCCACCCGACCGTCATCATACTATGATAATCATCATCATAGTATGATAATACTA--------------------TGAACAGTTTTTTTGGAATTGTCAATAGAATCTAATGGTATGACTAGATCCGAAGAGTCTTTCCTACTTTT---ATGTTATGATTCCATA-----GAATTTTTTT--ATTTGATGGTTCTTGTATGAACCCCT-----------------ATGCATATATGTATATATGTACATATATGCAGACACATATG-CATATGCAGACATATATGCATTAGACTCATAATGGAAAATT Hyophorbe_lagenicaulis 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Chamaedorea_hooperiana 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Chamaedorea_metallica 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Cocos_nucifera 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Gaussia_attenuata 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Gaussia_gomezpompae 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Gaussia_maya 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Gaussia_princeps 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Gaussia_spirituana 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Geonoma_congesta 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Hyophorbe_amaricaulis 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Hyophorbe_indica 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Hyophorbe_verschaffeltii 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Iriartea_deltoidea 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Manicaria_saccifera 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Nypa_fruticans 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Phytelephas_aequatorialis 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Podococcus_barteri 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Synechanthus_fibrosus 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Synechanthus_warscewiczianus 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Wendlandiella_gracilis 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Chamaedorea_pinnatifrons ????TGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAAAACTACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCTTTTTTCACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACTTTTGATGGGTATTTACGCGTTTATTTTCAAAATCACAGTAGCACTAAAAATAACTCGTTCTATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAAGAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTCTACTTTTTTTCAAAAGATACATATCAAATTATTGATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAAATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTACTCTACTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGTAATGGATTTTGATATATTATCGAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCCATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTCGGATTATTCATAGCATATATTTTATATGGGTCTGTTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGGGAGCCCTAAGAGAATTATCTTGGACCAAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGTCATGGGTATAAGAGGAATAACCAAGCTAACTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTT Chamaedorea_plumosa 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AATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATAATAGTTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCTTATTTCACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACCTTTGATGGGTATTTGCGCGTTTATTTTAAAAATCACAGTAGCACTAAGAATAACTCGTCCTATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAATAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTCTACTTTTTTTCAAAAGATACATATAAAATTATTGATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAAATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTCCTCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGTAATGGATTTTGATATATTATCGAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCAATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTAGGATTATTCATAGCATATATTTTATATGGGTCTGTTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGAGAGCCCTAAGAGAATTATCTTGGACCGAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGCCATGAGTATAAGAGGATTAACCGAGCTAACTCAATTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATTACAAATGTAGTT Roystonea_oleracea AATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAGAACTACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCTTGTTTCACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACCTTTGATGGGTATTTGCGCGTTTATTTTCAAAATCACAGTAGCACTAAAAGTAACTCGTTCTATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAATAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTCCACTTTTTTTCAAAAGATACATATAAAATTTTTGATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAAATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTCCTCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGAAATGGATTTTGATATATTGTCGAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCCATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTCGGATTATTCATAGCATATATTTTATATGGGTCTGCTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGGGAGCCCTAAGAGAATTATCTTGGACCAAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGCCATGGGTATAAGAGGAATAACCGAGTTAACTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGA-GGAATTACAAA-GGA??? Synechanthus_fibrosus AATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAAAACTACTTTTCTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCTTTTTTCACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACCTTTGATGGGTATTTACGCGTTTATTTTCAAAATCACAGTAGCACTAAAAATAACTCATTATATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAATAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTCTACTTTTTTTCAAAAGATACATATAAAATTATTGATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAAATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTACTCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGTAATGGATTTTGATATATTATCGAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCCATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTCGGATTATTCATAGCATATATTTTATATGGGTCTGTTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGGGAGCCCTAAGAGAATTATATTGGACCAAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGTCATGGGTATAAGAGGAATAACCAAGCTAACTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTT Synechanthus_warscewiczianus ?????GGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAAAACTACTTTTCTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCTTTTTTCACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACCTTTGATGGGTATTTACGCGTTTATTTTCAAAATCACAGTAGCACTAAAAATAACTCATTATATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAATAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTCCACTTTTTTTCAAAAGATACATATAAATTTATTTATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAAATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTACTCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGTAATGGATTTTGATATATTATCGAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCCATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTCGGATTATTCATAGCATATATTTTTTATGGGTCTGTTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGGGAGCCCTAAGAGAATTATCTTGGACCAAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGTCATGGGTATAAGAGGAATAACCAAGCTAACTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTC Wendlandiella_gracilis AATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAACAAGATATGTTCCAATTACAAAAACTACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGACGAAATTCTTAATGATA{AG}TTGGTTATATTCACCAATTTTTGCAATAATACCCTTTTTTACAATAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGGTATATTTACTTACCTTTGATGGGTATTTACGCGTTTATTTTCAAAATCACAGTAGCACTAAAAATA?CTCGTTCTATTCAATATCTCTATGGGGAAAAGAAGCACCAAAAACAGTCAATAAAAATTTACTTTTATCAACAATGAATAGTAAGGTTTACTTTTTTTCAAAAGATACATATAAAATTTTTGATAATGATAAGATACGATACTTTAGTACTTACTTTGGAAATAGATATACTTCCATGTATCCTCACGAATCAGACAATACTATGCTATTTACTCTGCTTGTATTGGTACTATTTACTTTGTTCGTTGGATCAATAGGAATTTCTTTTGAT------CAAGGAGTAATGGATTTTGATATATTATCAAAATGGTTAACCCCATCCCAAAATCTTTTCCATCCAAATTCGAATTATTCTGTGAATTGG------TATGAATTTTTTACAAATTCCATTTTTTCAGTAAGTATAGCCATTTTCGGATTATTCATAGCATATATTTTATATGGGTCTGTTTATTCATTTTTCCAGAATTTGGACTTAATCAATTCATTTGTAAAAGGGAGCCCTAAGAGAATTATCTTGGACCAAATAAAAAGTGTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATATTTTTTATACTAGAGTTTTAGTCATGGGTATAAGAGGAATAACCAAGCTAACTCAGTTTTTTGATAGACATATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTT ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Chamaedorea_geonomiformis 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Chamaedorea_pinnatifrons 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Cocos_nucifera 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Gaussia_attenuata 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Hyophorbe_indica 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Hyophorbe_vaughanii 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Hyophorbe_verschaffeltii 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Hyospathe_macrorhachis 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Iriartea_deltoidea 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Linospadix_monostachya 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Manicaria_saccifera 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Nypa_fruticans 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Phytelephas_aequatorialis 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Podococcus_barteri 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Pseudophoenix_vinifera 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Roystonea_oleracea 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Wendlandiella_gracilis 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; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8301; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Hyophorbe_amaricaulis, 2 Hyophorbe_indica, 3 Hyophorbe_lagenicaulis, 4 Hyophorbe_verschaffeltii, 5 Hyophorbe_vaughanii, 6 Wendlandiella_gracilis, 7 Chamaedorea_oblongata, 8 Chamaedorea_plumosa, 9 Chamaedorea_sartorii, 10 Chamaedorea_ernestiaugustii, 11 Chamaedorea_geonomiformis, 12 Chamaedorea_dammeriana, 13 Chamaedorea_crucensis, 14 Chamaedorea_allenii, 15 Chamaedorea_adscendens, 16 Chamaedorea_hooperiana, 17 Chamaedorea_stolonifera, 18 Chamaedorea_nationsiana, 19 Chamaedorea_seifrizii, 20 Chamaedorea_brachypoda, 21 Chamaedorea_pedunculata, 22 Chamaedorea_fragrans, 23 Chamaedorea_pochutlensis, 24 Chamaedorea_elegans, 25 Chamaedorea_glaucifolia, 26 Chamaedorea_costaricana, 27 Chamaedorea_alternans, 28 Chamaedorea_elatior, 29 Chamaedorea_linearis, 30 Chamaedorea_metallica, 31 Chamaedorea_microspadix, 32 Chamaedorea_pinnatifrons, 33 Chamaedorea_tepejilote, 34 Gaussia_attenuata, 35 Gaussia_gomezpompae, 36 Gaussia_maya, 37 Gaussia_princeps, 38 Gaussia_spirituana, 39 Synechanthus_fibrosus, 40 Synechanthus_warscewiczianus, 41 Calamus_aruensis, 42 Nypa_fruticans, 43 Chamaerops_humilis, 44 Caryota_mitis, 45 Phytelephas_aequatorialis, 46 Pseudophoenix_vinifera, 47 Ceroxylon_quinduenses, 48 Iriartea_deltoidea, 49 Cocos_nucifera, 50 Geonoma_congesta, 51 Hyospathe_macrorhachis, 52 Manicaria_saccifera, 53 Linospadix_monostachya, 54 Podococcus_barteri, 55 Roystonea_oleracea; TREE matK = [&R] ((((41,42),(43,44)),(45,46,47),48),((1,2,3,4,5),6,(((((7,16,28),(11,25)),19,31),8,(9,(10,17),24,30),(12,15),(13,14,21,26,32),(18,33),(20,23),(22,29),27),((34,37,38),(35,36)),39,40))Chamaedoreeae,((49,54),55),((50,51),52,53)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8305; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Hyophorbe_amaricaulis, 2 Hyophorbe_indica, 3 Hyophorbe_lagenicaulis, 4 Hyophorbe_vaughanii, 5 Hyophorbe_verschaffeltii, 6 Wendlandiella_gracilis, 7 Chamaedorea_oblongata, 8 Chamaedorea_plumosa, 9 Chamaedorea_sartorii, 10 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((((42,43),(44,45)),(46,47,48),49),((((2,3,5),4,6),7),((8,29),9,(10,(11,18),25,31),12,13,14,15,16,17,(19,34),((20,28),32),21,22,(23,30),24,26,27,33),((35,38,39),36,37),(40,41))Chamaedoreeae,((50,52),51,53,54,(55,1))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8303; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Chamaedorea_crucensis, 2 Chamaedorea_allenii, 3 Chamaedorea_adscendens, 4 Chamaedorea_hooperiana, 5 Chamaedorea_stolonifera, 6 Chamaedorea_nationsiana, 7 Chamaedorea_seifrizii, 8 Chamaedorea_brachypoda, 9 Chamaedorea_pedunculata, 10 Chamaedorea_fragrans, 11 Chamaedorea_pochutlensis, 12 Chamaedorea_elegans, 13 Chamaedorea_glaucifolia, 14 Chamaedorea_costaricana, 15 Chamaedorea_alternans, 16 Chamaedorea_elatior, 17 Chamaedorea_linearis, 18 Chamaedorea_metallica, 19 Chamaedorea_microspadix, 20 Chamaedorea_pinnatifrons, 21 Chamaedorea_tepejilote, 22 Gaussia_attenuata, 23 Gaussia_gomezpompae, 24 Gaussia_maya, 25 Gaussia_princeps, 26 Gaussia_spirituana, 27 Synechanthus_fibrosus, 28 Synechanthus_warscewiczianus, 29 Calamus_aruensis, 30 Nypa_fruticans, 31 Chamaerops_humilis, 32 Caryota_mitis, 33 Phytelephas_aequatorialis, 34 Pseudophoenix_vinifera, 35 Ceroxylon_quinduenses, 36 Iriartea_deltoidea, 37 Cocos_nucifera, 38 Geonoma_congesta, 39 Hyospathe_macrorhachis, 40 Linospadix_monostachya, 41 Manicaria_saccifera, 42 Podococcus_barteri, 43 Roystonea_oleracea, 44 Hyophorbe_amaricaulis, 45 Hyophorbe_indica, 46 Hyophorbe_lagenicaulis, 47 Hyophorbe_vaughanii, 48 Hyophorbe_verschaffeltii, 49 Wendlandiella_gracilis, 50 Chamaedorea_oblongata, 51 Chamaedorea_plumosa, 52 Chamaedorea_sartorii, 53 Chamaedorea_ernestiaugustii, 54 Chamaedorea_geonomiformis, 55 Chamaedorea_dammeriana; TREE rps16 = [&R] (((29,30),31,(32,35),33,34),((44,45,46,47,48),49,50,51,52,53,54,55,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,(22,23,25,26),24,(27,28))Chamaedoreeae,(36,43),37,38,39,40,41,42); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8304; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Roystonea_oleracea, 2 Hyophorbe_amaricaulis, 3 Hyophorbe_indica, 4 Hyophorbe_lagenicaulis, 5 Hyophorbe_vaughanii, 6 Hyophorbe_verschaffeltii, 7 Wendlandiella_gracilis, 8 Chamaedorea_oblongata, 9 Chamaedorea_plumosa, 10 Chamaedorea_sartorii, 11 Chamaedorea_ernestiaugustii, 12 Chamaedorea_geonomiformis, 13 Chamaedorea_dammeriana, 14 Chamaedorea_crucensis, 15 Chamaedorea_allenii, 16 Chamaedorea_adscendens, 17 Chamaedorea_hooperiana, 18 Chamaedorea_stolonifera, 19 Chamaedorea_nationsiana, 20 Chamaedorea_seifrizii, 21 Chamaedorea_brachypoda, 22 Chamaedorea_pedunculata, 23 Chamaedorea_fragrans, 24 Chamaedorea_pochutlensis, 25 Chamaedorea_elegans, 26 Chamaedorea_glaucifolia, 27 Chamaedorea_costaricana, 28 Chamaedorea_alternans, 29 Chamaedorea_elatior, 30 Chamaedorea_linearis, 31 Chamaedorea_metallica, 32 Chamaedorea_microspadix, 33 Chamaedorea_pinnatifrons, 34 Chamaedorea_tepejilote, 35 Gaussia_attenuata, 36 Gaussia_gomezpompae, 37 Gaussia_maya, 38 Gaussia_princeps, 39 Gaussia_spirituana, 40 Synechanthus_fibrosus, 41 Synechanthus_warscewiczianus, 42 Calamus_aruensis, 43 Nypa_fruticans, 44 Chamaerops_humilis, 45 Caryota_mitis, 46 Phytelephas_aequatorialis, 47 Pseudophoenix_vinifera, 48 Ceroxylon_quinduenses, 49 Iriartea_deltoidea, 50 Cocos_nucifera, 51 Geonoma_congesta, 52 Hyospathe_macrorhachis, 53 Linospadix_monostachya, 54 Manicaria_saccifera, 55 Podococcus_barteri; TREE Fig._1 = [&R] (42,43,((44,45),(49,(48,(46,47)),((7,(2,3,5,(4,6))),(((9,13,16,28,(((29,(8,17)),(12,26)),(20,32)),(22,27,33,(14,15)),(19,34),(21,24)),(10,25,31,(11,18)),(23,30)),((38,(35,39)),(36,37)),(40,41)))Chamaedoreeae,(50,55,1,(54,53,(51,52)))))); END;