#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 10:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ito Y., Ohi-toma T., Tanaka N., Murata J., & Muasya A. 2015. Phylogeny of Ruppia (Ruppiaceae) revisited: Molecular and morphological evidence for a new species from Western Cape, South Africa. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17736] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Potamogeton_maackianus Ruppia_bicarpa Ruppia_martima_A Ruppia_megacarpa Ruppia_polycarpa Ruppia_sp._ANA01 Ruppia_sp._DEV01 Ruppia_sp._DUB0201 Ruppia_sp._DUB0202 Ruppia_sp._FAL0111 Ruppia_sp._FAL0113 Ruppia_sp._GRA01 Ruppia_sp._MAH02 Ruppia_sp._MAR01 Ruppia_sp._SKA0202 Ruppia_sp._TUA0100 Ruppia_sp._TUA0114 Ruppia_sp._TUE0101 Ruppia_sp._TUE0102 Ruppia_sp._YHO01 Ruppia_sp._YI1549_1 Ruppia_sp._YI1567_2 Ruppia_sp._YI1571_1 Ruppia_sp._YI1571_2 Ruppia_sp._YI1575_2 Ruppia_sp._YI1988_2 Ruppia_sp._YI1988_3 Syringodium_isoetifolium ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Potamogeton_maackianus Ruppia_bicarpa Ruppia_martima_A Ruppia_megacarpa Ruppia_polycarpa Ruppia_sp._ART01 Ruppia_sp._DEV01 Ruppia_sp._DUB02 Ruppia_sp._FAL01 Ruppia_sp._MAR01 Ruppia_sp._TAK11 Ruppia_sp._TUD01 Ruppia_sp._TUE01 Ruppia_sp._YHO01 Ruppia_sp._YI1549 Ruppia_sp._YI1552 Ruppia_sp._YI1567 Ruppia_sp._YI1988 Syringodium_isoetifolium ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Ruppia_sp._YI1988 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Ruppia_bicarpa 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Syringodium_isoetifolium 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; END; BEGIN TREES; TITLE Ruppia_phyB_150531; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Potamogeton_maackianus, 2 Syringodium_isoetifolium, 3 Ruppia_bicarpa, 4 Ruppia_megacarpa, 5 Ruppia_sp._TUE0101, 6 Ruppia_sp._TUE0102, 7 Ruppia_sp._TUA0100, 8 Ruppia_sp._TUA0114, 9 Ruppia_polycarpa, 10 Ruppia_sp._ANA01, 11 Ruppia_sp._YHO01, 12 Ruppia_sp._MAH02, 13 Ruppia_sp._GRA01, 14 Ruppia_sp._MAR01, 15 Ruppia_martima_A, 16 Ruppia_sp._DEV01, 17 Ruppia_sp._DUB0201, 18 Ruppia_sp._DUB0202, 19 Ruppia_sp._SKA0202, 20 Ruppia_sp._FAL0111, 21 Ruppia_sp._FAL0113, 22 Ruppia_sp._YI1549_1, 23 Ruppia_sp._YI1567_2, 24 Ruppia_sp._YI1571_2, 25 Ruppia_sp._YI1571_1, 26 Ruppia_sp._YI1575_2, 27 Ruppia_sp._YI1988_3, 28 Ruppia_sp._YI1988_2; TREE 'PHYLIP 1+' = [&U] 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Ruppia_sp._MAR01, 15 Ruppia_martima_A, 16 Ruppia_sp._DEV01, 17 Ruppia_sp._DUB0201, 18 Ruppia_sp._DUB0202, 19 Ruppia_sp._SKA0202, 20 Ruppia_sp._FAL0111, 21 Ruppia_sp._FAL0113, 22 Ruppia_sp._YI1549_1, 23 Ruppia_sp._YI1567_2, 24 Ruppia_sp._YI1571_2, 25 Ruppia_sp._YI1571_1, 26 Ruppia_sp._YI1575_2, 27 Ruppia_sp._YI1988_3, 28 Ruppia_sp._YI1988_2; TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.174887,2:0.159209,(3:0.034386,((4:0.011853,(9:0.018383,((((((10:0.002103,11:0.001048):0.002047,12:0.001047):0.003102,(13:0.002,14:0.001049):0.002779,(18:0.001833,24:0.00124):0.002038):0.003506,27:0.019055):0.004247,(15:0.008286,16:0.001032,21:0.007322):0.002666):0.012668,(((17:0.004142,(19:0.001039,26:0.002063):0.005201,22:0.001014,23:0.002061,25:0.002061):0.011207,28:0.012605):0.007137,20:0.020833):0.005047):0.007798):0.019203):0.007292,((5:0.001359,6:0.005903):0.014323,(7:0.022079,8:0.013609):0.009061):0.100248):0.013446):0.076919); TREE con_50_majrule = [&R] 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Ruppia_sp._FAL01, 16 Ruppia_sp._YI1549, 17 Ruppia_sp._YI1552, 18 Ruppia_sp._YI1567, 19 Ruppia_sp._YI1988; TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.061337,2:0.037684,(3:0.011794,(4:0.00574,((5:0.002018,6:5.1E-4):0.003123,(7:0.003967,((8:5.12E-4,9:0.001022,10:0.001013):0.002036,(11:4.97E-4,12:0.001004):0.002544):0.002565,(((13:5.01E-4,17:0.001005):0.001016,(14:5.12E-4,16:0.001015,18:0.001004):0.001526):0.00101,19:0.002543):0.001536,15:0.002542):0.003039):9.13E-4):0.009282):0.037611); TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.061337,2:0.037684,(3:0.011794,(4:0.00574,((5:0.002018,6:5.1E-4)1.00:0.003123,(7:0.003967,((8:5.12E-4,9:0.001022,10:0.001013)1.00:0.002036,(11:4.97E-4,12:0.001004)1.00:0.002544)1.00:0.002565,(((13:5.01E-4,17:0.001005)0.99:0.001016,(14:5.12E-4,16:0.001015,18:0.001004)1.00:0.001526)0.96:0.00101,19:0.002543)1.00:0.001536,15:0.002542)1.00:0.003039)0.63:9.13E-4)1.00:0.009282)1.00:0.037611); END; BEGIN TREES; TITLE Ruppia_ptDNA_150531; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Potamogeton_maackianus, 2 Syringodium_isoetifolium, 3 Ruppia_bicarpa, 4 Ruppia_megacarpa, 5 Ruppia_sp._TUD01, 6 Ruppia_sp._TUE01, 7 Ruppia_polycarpa, 8 Ruppia_sp._YHO01, 9 Ruppia_sp._MAR01, 10 Ruppia_sp._ART01, 11 Ruppia_martima_A, 12 Ruppia_sp._DEV01, 13 Ruppia_sp._TAK11, 14 Ruppia_sp._DUB02, 15 Ruppia_sp._FAL01, 16 Ruppia_sp._YI1549, 17 Ruppia_sp._YI1552, 18 Ruppia_sp._YI1567, 19 Ruppia_sp._YI1988; TREE 'PHYLIP 1+' = [&U] (1:0.072559,(2:0.088245,(3:0.026272,(4:0.01227,((5:0.003526,6:1.0E-6)100:0.005935,(7:0.008295,(15:0.004774,(((12:0.001183,11:1.0E-6)100:0.004773,(10:0.001187,(8:1.0E-6,9:0.001187)31:1.0E-6)100:0.00358)100:0.004808,(19:0.00475,((17:0.001178,13:1.0E-6)99:0.00118,(16:0.001182,(14:1.0E-6,18:0.001182)42:1.0E-6)100:0.00237)99:0.001179)98:0.002372)30:1.0E-6)51:1.0E-6)100:0.00594)80:7.92E-4)100:0.020765)100:0.087812):0.072559); END; BEGIN TREES; TITLE Ruppia_ptDNA; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Potamogeton_maackianus, 2 Syringodium_isoetifolium, 3 Ruppia_bicarpa, 4 Ruppia_megacarpa, 5 Ruppia_sp._TUD01, 6 Ruppia_sp._TUE01, 7 Ruppia_polycarpa, 8 Ruppia_sp._YHO01, 9 Ruppia_sp._MAR01, 10 Ruppia_sp._ART01, 11 Ruppia_martima_A, 12 Ruppia_sp._DEV01, 13 Ruppia_sp._TAK11, 14 Ruppia_sp._DUB02, 15 Ruppia_sp._FAL01, 16 Ruppia_sp._YI1549, 17 Ruppia_sp._YI1552, 18 Ruppia_sp._YI1567, 19 Ruppia_sp._YI1988; TREE PAUP_5 = [&R] (1:42.0,(2:56.0,(3:22.0,(4:10.0,((5:3.0,6:0.0):5.0,((7:7.0,(((13:0.0,17:1.0):1.0,(14:0.0,16:1.0,18:1.0):2.0):1.0,19:4.0):2.0,15:4.0):0.0,((8:0.0,9:1.0,10:1.0):3.0,(11:0.0,12:1.0):4.0):4.0):5.0):1.0):15.0):61.0):54.0); TREE PAUP_4 = [&R] (1:42.0,(2:56.0,(3:22.0,(4:10.0,((5:3.0,6:0.0)98:5.0,(7:7.0,((8:0.0,9:1.0,10:1.0)96:3.0,(11:0.0,12:1.0)99:4.0)97:4.0,(((13:0.0,17:1.0)65:1.0,(14:0.0,16:1.0,18:1.0)87:2.0)63:1.0,19:4.0)85:2.0,15:4.0)91:5.0)100:1.0):15.0)100:61.0):54.0); TREE PAUP_1 = [&R] (1:42.0,(2:56.0,(3:22.0,((4:10.0,(7:6.0,(((8:0.0,9:1.0,10:1.0):3.0,(11:0.0,12:1.0):4.0):4.0,(((13:0.0,17:1.0):1.0,(14:0.0,16:1.0,18:1.0):2.0):1.0,19:4.0):2.0,15:4.0):1.0):5.0):0.0,(5:3.0,6:0.0):6.0):15.0):61.0):54.0); TREE PAUP_3 = [&R] (1:42.0,(2:56.0,(3:22.0,(4:10.0,((5:3.0,6:0.0):5.0,(7:7.0,(((8:0.0,9:1.0,10:1.0):3.0,(11:0.0,12:1.0):4.0):4.0,(((13:0.0,17:1.0):1.0,(14:0.0,16:1.0,18:1.0):2.0):1.0,19:4.0):2.0,15:4.0):0.0):5.0):1.0):15.0):61.0):54.0); TREE PAUP_2 = [&R] (1:42.0,(2:56.0,(3:22.0,(4:10.0,(5:3.0,6:0.0):6.0,(7:6.0,(((8:0.0,9:1.0,10:1.0):3.0,(11:0.0,12:1.0):4.0):4.0,(((13:0.0,17:1.0):1.0,(14:0.0,16:1.0,18:1.0):2.0):1.0,19:4.0):2.0,15:4.0):1.0):5.0):15.0):61.0):54.0); END; BEGIN TREES; TITLE Ruppia_phyB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Potamogeton_maackianus, 2 Syringodium_isoetifolium, 3 Ruppia_bicarpa, 4 Ruppia_megacarpa, 5 Ruppia_sp._TUE0101, 6 Ruppia_sp._TUE0102, 7 Ruppia_sp._TUA0100, 8 Ruppia_sp._TUA0114, 9 Ruppia_polycarpa, 10 Ruppia_sp._ANA01, 11 Ruppia_sp._YHO01, 12 Ruppia_sp._MAH02, 13 Ruppia_sp._GRA01, 14 Ruppia_sp._MAR01, 15 Ruppia_martima_A, 16 Ruppia_sp._DEV01, 17 Ruppia_sp._DUB0201, 18 Ruppia_sp._DUB0202, 19 Ruppia_sp._SKA0202, 20 Ruppia_sp._FAL0111, 21 Ruppia_sp._FAL0113, 22 Ruppia_sp._YI1549_1, 23 Ruppia_sp._YI1567_2, 24 Ruppia_sp._YI1571_2, 25 Ruppia_sp._YI1571_1, 26 Ruppia_sp._YI1575_2, 27 Ruppia_sp._YI1988_3, 28 Ruppia_sp._YI1988_2; TREE PAUP_16 = [&R] (1:46.0,(2:80.0,((3:29.0,(4:8.0,(9:13.0,((((((10:1.0,11:0.0):1.0,12:0.0):2.0,((13:1.0,14:0.0):1.0,(18:0.0,24:1.0):1.0):1.0):2.0,(15:7.0,16:0.0,21:6.0):2.0):3.0,27:6.0):9.0,(((17:3.0,(19:0.0,26:1.0):4.0,22:0.0,23:1.0,25:1.0):6.0,28:4.0):11.0,20:16.0):6.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((5:1.0,6:4.0):9.0,(7:19.0,8:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0); TREE PAUP_14 = [&R] (1:46.0,(2:80.0,((3:29.0,(4:8.0,(9:13.0,(((((((10:1.0,11:0.0):1.0,12:0.0):2.0,(((13:1.0,14:0.0):2.0,18:0.0):1.0,24:0.0):1.0):4.0,(16:0.0,21:6.0):0.0):1.0,15:6.0):3.0,27:7.0):9.0,((((17:3.0,22:0.0,23:1.0,25:1.0):1.0,(19:0.0,26:1.0):3.0):6.0,28:4.0):10.0,20:16.0):7.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((5:1.0,6:4.0):9.0,(7:19.0,8:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0); TREE PAUP_6 = [&R] (1:46.0,(2:80.0,((3:29.0,(4:8.0,(9:13.0,(((((((10:1.0,11:0.0):1.0,12:0.0):2.0,(((13:1.0,14:0.0):2.0,18:0.0):1.0,24:0.0):1.0):4.0,(16:0.0,21:6.0):0.0):1.0,15:6.0):3.0,27:7.0):9.0,(((17:3.0,(19:0.0,26:1.0):4.0,22:0.0,23:1.0,25:1.0):6.0,28:4.0):10.0,20:17.0):6.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((5:1.0,6:4.0):9.0,(7:19.0,8:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0); TREE PAUP_1 = [&R] 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