#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 2:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Korall P., Conant D., Metzgar J., Schneider H., & Pryer K. 2007. A molecular phylogeny of scaly tree ferns (Cyatheaceae). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1789] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=74; TAXLABELS Alsophila_australis Alsophila_bryophila Alsophila_capensis Alsophila_coactilis Alsophila_colensoi Alsophila_cunninghamii Alsophila_cuspidata Alsophila_dregei Alsophila_ferdinandii Alsophila_firma Alsophila_foersteri Alsophila_havilandii Alsophila_hooglandii Alsophila_imrayana Alsophila_nigrolineata Alsophila_oosora Alsophila_pachyrrachis Alsophila_ramispina Alsophila_salvinii Alsophila_sinuata Alsophila_smithii Alsophila_spinulosa Alsophila_stelligera Alsophila_tricolor Alsophila_tryoniana Calochlaena_dubia Calochlaena_villosa Cyathea_alata Cyathea_arborea Cyathea_caracasana Cyathea_divergens Cyathea_furfuracea Cyathea_gibbosa Cyathea_gracilis Cyathea_grandifolia Cyathea_horrida Cyathea_howeana Cyathea_karsteniana Cyathea_multiflora Cyathea_mutica Cyathea_parvula Cyathea_poeppigii Cyathea_robertsiana Cyathea_schiediana Cyathea_senilis Cyathea_speciosa Cyathea_stipularis Cyathea_valdecrenata Dicksonia_antarctica Dicksonia_arborescens Dicksonia_fibrosa Dicksonia_gigantea Dicksonia_lanata Dicksonia_squarrosa Dicksonia_thyrsopteroides Hymenophyllopsis_dejecta Lophosoria_quadripinnata Sphaeropteris_aeneifolia Sphaeropteris_albifrons Sphaeropteris_atrox Sphaeropteris_auriculifera Sphaeropteris_brunei Sphaeropteris_capitata Sphaeropteris_celebica Sphaeropteris_excelsa Sphaeropteris_glauca Sphaeropteris_horrida Sphaeropteris_leichhardtiana Sphaeropteris_medullaris Sphaeropteris_megalosora Sphaeropteris_novaecaledoniae Sphaeropteris_polypoda Sphaeropteris_robusta Sphaeropteris_tomentosissima ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1857] TITLE 'rbcL+rbcLatpB IGS+rbcLaccD IGS+trnGR+trnLF'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5972; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Alsophila_australis 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Alsophila_bryophila 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Alsophila_dregei 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Alsophila_pachyrrachis 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Alsophila_smithii 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Cyathea_caracasana 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Cyathea_gibbosa 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Cyathea_horrida 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Cyathea_poeppigii 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Dicksonia_arborescens 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Dicksonia_fibrosa 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Dicksonia_squarrosa 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Lophosoria_quadripinnata 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Sphaeropteris_glauca 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TCGAGCGCGACCC-CTGTTTCGGTCTAGAGT----------------------CGCAGGATCGCTCCAATATTT-GAATCTATAGTAT--ATAAAAGATATAA---------TATATTCCTACTAACTTTCATATTCCGTTTCTACCTGTTATAGTGCCTGTCTTCCGTTGTATTTTAATGAATACTCCTCGACAAGTAGTAGC---AGTAGCTAATAATGTTTTCGTGGATAAAGGTAGAGTCCCATTCTACATGGTTAGTATAAGTAGCAATGCAAATTGTGGTAGAAAGAAAATCCGTTGGTCTTTATAGGACCGTGAGGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAACAGAACAGGGTAGAATTGCC----------AATCTTTATATATAGC--TATATATATATA--------------------GGTTGTT----CGTATTCATATGGTTATCTTACCCCTTCC------------------------AAACTAT------------------------------------------------------------------------------------------AAATTTAGCTTAATA------CCCTGTCCTTTTG-----AC----------TATTT------------------GAGTATGGATCACAAA------TGAACCACTGAGCAAGCC-------TAAAGGGCTTTTTGAGTGGTTCATTTGAAAACTATAGAAAATC----------TTAAACAAACGAC------TATTGTTTT--------------------ACCGAGGTTATTGGTTTGATTGAGCAGAGATAGATCGAA------------GATA--TCTGTCTCATTTGGATTTGAGGCAT----CTCCGTAGAGACGTTGGCCGGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'rbcL+rbcLatpB IGS+rbcLaccD IGS+trnGR+trnLF') = N: 1-5972; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'rbcL+rbcLatpB IGS+rbcLaccD IGS+trnGR+trnLF') = N: 1-5972; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8363; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Lophosoria_quadripinnata, 2 Dicksonia_thyrsopteroides, 3 Dicksonia_squarrosa, 4 Dicksonia_lanata, 5 Dicksonia_gigantea, 6 Dicksonia_fibrosa, 7 Dicksonia_arborescens, 8 Dicksonia_antarctica, 9 Calochlaena_villosa, 10 Calochlaena_dubia, 11 Sphaeropteris_atrox, 12 Cyathea_furfuracea, 13 Cyathea_caracasana, 14 Cyathea_valdecrenata, 15 Cyathea_karsteniana, 16 Cyathea_mutica, 17 Cyathea_stipularis, 18 Cyathea_schiediana, 19 Cyathea_gracilis, 20 Cyathea_robertsiana, 21 Sphaeropteris_leichhardtiana, 22 Sphaeropteris_albifrons, 23 Sphaeropteris_excelsa, 24 Alsophila_spinulosa, 25 Alsophila_cunninghamii, 26 Alsophila_smithii, 27 Alsophila_oosora, 28 Alsophila_tryoniana, 29 Alsophila_firma, 30 Alsophila_nigrolineata, 31 Alsophila_coactilis, 32 Alsophila_ferdinandii, 33 Alsophila_sinuata, 34 Sphaeropteris_auriculifera, 35 Sphaeropteris_novaecaledoniae, 36 Cyathea_senilis, 37 Cyathea_speciosa, 38 Cyathea_gibbosa, 39 Cyathea_arborea, 40 Alsophila_imrayana, 41 Cyathea_poeppigii, 42 Sphaeropteris_horrida, 43 Alsophila_tricolor, 44 Alsophila_stelligera, 45 Alsophila_foersteri, 46 Alsophila_ramispina, 47 Alsophila_cuspidata, 48 Cyathea_multiflora, 49 Cyathea_divergens, 50 Cyathea_horrida, 51 Cyathea_parvula, 52 Alsophila_colensoi, 53 Sphaeropteris_celebica, 54 Alsophila_capensis, 55 Alsophila_dregei, 56 Alsophila_australis, 57 Sphaeropteris_medullaris, 58 Sphaeropteris_glauca, 59 Sphaeropteris_capitata, 60 Sphaeropteris_polypoda, 61 Sphaeropteris_megalosora, 62 Alsophila_havilandii, 63 Cyathea_howeana, 64 Sphaeropteris_robusta, 65 Alsophila_hooglandii, 66 Alsophila_pachyrrachis, 67 Sphaeropteris_tomentosissima, 68 Sphaeropteris_aeneifolia, 69 Cyathea_grandifolia, 70 Sphaeropteris_brunei, 71 Alsophila_salvinii, 72 Alsophila_bryophila, 73 Cyathea_alata, 74 Hymenophyllopsis_dejecta; TREE Fig._3 = [&R] (((((((((((13,49),18),19),12),(((36,38),48),(((37,50),16),(69,15)))),((((17,39),41),51),14)),74),((63,20),73)),((46,71),54),((((((40,47),29),(72,28)),(((((66,45),31),30),26),(25,52))),55),(44,(((56,43),32),(33,((27,62),(65,24))))))),((((21,53),34),35),(22,(((59,60),61),((70,42),(57,(58,(23,64),(11,68,67)))))))),((((((6,8),5),7),((3,4),2)),(9,10)),1)); END;