#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 17:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Gunduz I., Jaarola M., Tez C., Yeniyurt C., Polly P., & Searle J. 2007. Multigenic and morphometric differentiation of ground squirrels (Spermophilus, Scuiridae, Rodentia) in Turkey, with a description of a new species. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1800] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=5; TAXLABELS Spermophilus_citellus_1 Spermophilus_citellus_2 Spermophilus_taurensis Spermophilus_xanthoprymnus_1 Spermophilus_xanthoprymnus_2 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Spermophilus_citellus_1 Spermophilus_citellus_2 Spermophilus_citellus_3 Spermophilus_citellus_4 Spermophilus_citellus_5 Spermophilus_citellus_6 Spermophilus_citellus_7 Spermophilus_taurensis_1 Spermophilus_taurensis_2 Spermophilus_taurensis_3 Spermophilus_taurensis_4 Spermophilus_taurensis_5 Spermophilus_taurensis_6 Spermophilus_xanthoprymnus_1 Spermophilus_xanthoprymnus_10 Spermophilus_xanthoprymnus_11 Spermophilus_xanthoprymnus_12 Spermophilus_xanthoprymnus_13 Spermophilus_xanthoprymnus_14 Spermophilus_xanthoprymnus_15 Spermophilus_xanthoprymnus_16 Spermophilus_xanthoprymnus_17 Spermophilus_xanthoprymnus_18 Spermophilus_xanthoprymnus_19 Spermophilus_xanthoprymnus_2 Spermophilus_xanthoprymnus_20 Spermophilus_xanthoprymnus_3 Spermophilus_xanthoprymnus_4 Spermophilus_xanthoprymnus_5 Spermophilus_xanthoprymnus_6 Spermophilus_xanthoprymnus_7 Spermophilus_xanthoprymnus_8 Spermophilus_xanthoprymnus_9 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=70; TAXLABELS Spermophilus_citellus_1 Spermophilus_citellus_2 Spermophilus_citellus_3 Spermophilus_citellus_4 Spermophilus_citellus_5 Spermophilus_citellus_6 Spermophilus_citellus_7 Spermophilus_citellus_8 Spermophilus_citellus_9 Spermophilus_citellus_AF100720 Spermophilus_citellus_AF157858 Spermophilus_dauricus Spermophilus_taurensis_1 Spermophilus_taurensis_2 Spermophilus_taurensis_3 Spermophilus_taurensis_4 Spermophilus_taurensis_5 Spermophilus_taurensis_6 Spermophilus_taurensis_7 Spermophilus_xanthoprymnus_1 Spermophilus_xanthoprymnus_10 Spermophilus_xanthoprymnus_11 Spermophilus_xanthoprymnus_12 Spermophilus_xanthoprymnus_13 Spermophilus_xanthoprymnus_14 Spermophilus_xanthoprymnus_15 Spermophilus_xanthoprymnus_16 Spermophilus_xanthoprymnus_17 Spermophilus_xanthoprymnus_18 Spermophilus_xanthoprymnus_19 Spermophilus_xanthoprymnus_2 Spermophilus_xanthoprymnus_20 Spermophilus_xanthoprymnus_21 Spermophilus_xanthoprymnus_22 Spermophilus_xanthoprymnus_23 Spermophilus_xanthoprymnus_24 Spermophilus_xanthoprymnus_25 Spermophilus_xanthoprymnus_26 Spermophilus_xanthoprymnus_27 Spermophilus_xanthoprymnus_28 Spermophilus_xanthoprymnus_29 Spermophilus_xanthoprymnus_3 Spermophilus_xanthoprymnus_30 Spermophilus_xanthoprymnus_31 Spermophilus_xanthoprymnus_32 Spermophilus_xanthoprymnus_33 Spermophilus_xanthoprymnus_34 Spermophilus_xanthoprymnus_35 Spermophilus_xanthoprymnus_36 Spermophilus_xanthoprymnus_37 Spermophilus_xanthoprymnus_38 Spermophilus_xanthoprymnus_39 Spermophilus_xanthoprymnus_4 Spermophilus_xanthoprymnus_40 Spermophilus_xanthoprymnus_41 Spermophilus_xanthoprymnus_42 Spermophilus_xanthoprymnus_43 Spermophilus_xanthoprymnus_44 Spermophilus_xanthoprymnus_45 Spermophilus_xanthoprymnus_46 Spermophilus_xanthoprymnus_47 Spermophilus_xanthoprymnus_48 Spermophilus_xanthoprymnus_49 Spermophilus_xanthoprymnus_5 Spermophilus_xanthoprymnus_6 Spermophilus_xanthoprymnus_7 Spermophilus_xanthoprymnus_8 Spermophilus_xanthoprymnus_9 Spermophilus_xanthoprymnus_AF157902 Spermophilus_xanthoprymnus_AF157909 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1888] TITLE Cytochrome_b; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=1140; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Spermophilus_citellus_5 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Spermophilus_dauricus 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Spermophilus_taurensis_1 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Spermophilus_taurensis_3 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Spermophilus_taurensis_4 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Spermophilus_xanthoprymnus_30 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1884] TITLE Spermophilus_X_Chromosome_DNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1068; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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CCAAACAGGTAAGGCCACTTGATAAGAGTGAAACATTTGTCAGGCTTTTTCTGTAAAGAGCCAAATAGTAATTTGTGTGGGTTTTTGTTTTTTTGTTTGGTACCCCAGGGCCTTACTTAGGCTAGCCAAGTTCTCTTCCAATGAGCTTAAATTTACATCCTCAGCCCTTTTTATTTTTATTTTTTTGTGGTGCTGGGGACTGAACAAGTACTCTACCCAACTGAGCTATATCCCCAGCCCCCTTTTGATTTTGAAACAGGGTCTTGCTCAGTTGGCCAGGCAGGCCTGGAACTCTTGAGCCTTCTGCCTCAGCCCCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTATACCACTGTGCCTGGCTTATATTTGTGG-TTTTCTTTTGTGGGTCATGTGGTCATTGATGCAGCTACCCAGCTCTACTGTTTAAGTTACGAAAGAAGCCTTAGATGACATTTATTTATAAAAGTGAATAGGCTTGACCTGAATTTTGGTGACTTTAATGGATATGCTTTTTCTTAATAGGGCTATTCAGATGGTCCAGGAGAGGCTTTACGGGCCATGAAGGTAAATACTTATTAATCTTTTTTTT-CCTTGGTACAAGATACTTGGTACCCAGGGCCTTGGCAGTACTAGGCAAGTACCTTACCTCCAGATGGGTATTACTTTATAAAATGGAAAATTGTTGTAGAATTTTGTAGCTATTGCAAGAGCTTTCTCGATGATGCTAAGATTCTATCTAGTCTACTAAGGAATGTTTTCCAAGTTTCAAAGGAAAATTATGTTGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAACTTCAACTTATAGATTAACTGTTTTTATTTCTTAAGGAGAACGGAAGGTATGGGCGCCGTAAACAATACCCAATCTCCTTGGTATT 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Spermophilus_xanthoprymnus_2 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1885] TITLE Spermophilus_Y_Chromosome_DNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=989; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Spermophilus_citellus_2 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Spermophilus_taurensis 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Spermophilus_xanthoprymnus_1 GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG Spermophilus_xanthoprymnus_2 GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGACGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Spermophilus_Y_Chromosome_DNA) = N: 1-989; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Spermophilus_Y_Chromosome_DNA) = N: 1-989; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8393; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Spermophilus_xanthoprymnus_2, 2 Spermophilus_xanthoprymnus_1, 3 Spermophilus_taurensis, 4 Spermophilus_citellus_2, 5 Spermophilus_citellus_1; TREE Fig._5a = [&R] ((5,4,3),(2,1)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8392; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Spermophilus_xanthoprymnus_3, 2 Spermophilus_xanthoprymnus_2, 3 Spermophilus_xanthoprymnus_1, 4 Spermophilus_citellus_7, 5 Spermophilus_citellus_6, 6 Spermophilus_citellus_5, 7 Spermophilus_citellus_4, 8 Spermophilus_citellus_3, 9 Spermophilus_citellus_2, 10 Spermophilus_citellus_1, 11 Spermophilus_taurensis_6, 12 Spermophilus_taurensis_5, 13 Spermophilus_taurensis_4, 14 Spermophilus_taurensis_3, 15 Spermophilus_taurensis_2, 16 Spermophilus_taurensis_1, 17 Spermophilus_xanthoprymnus_20, 18 Spermophilus_xanthoprymnus_19, 19 Spermophilus_xanthoprymnus_18, 20 Spermophilus_xanthoprymnus_17, 21 Spermophilus_xanthoprymnus_16, 22 Spermophilus_xanthoprymnus_15, 23 Spermophilus_xanthoprymnus_14, 24 Spermophilus_xanthoprymnus_13, 25 Spermophilus_xanthoprymnus_12, 26 Spermophilus_xanthoprymnus_11, 27 Spermophilus_xanthoprymnus_10, 28 Spermophilus_xanthoprymnus_9, 29 Spermophilus_xanthoprymnus_8, 30 Spermophilus_xanthoprymnus_7, 31 Spermophilus_xanthoprymnus_6, 32 Spermophilus_xanthoprymnus_5, 33 Spermophilus_xanthoprymnus_4; TREE Fig._4 = [&R] (((((10,4),(7,(6,5))),(9,8)),((16,((15,13),(12,11))),14)),((((((3,((((23,18),19),(22,21)),17)),((27,25),(24,20))),(2,1)),((33,(32,31)),26)),30),(29,28))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8391; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Spermophilus_xanthoprymnus_AF157909, 2 Spermophilus_xanthoprymnus_AF157902, 3 Spermophilus_xanthoprymnus_9, 4 Spermophilus_xanthoprymnus_8, 5 Spermophilus_xanthoprymnus_7, 6 Spermophilus_xanthoprymnus_6, 7 Spermophilus_xanthoprymnus_5, 8 Spermophilus_xanthoprymnus_49, 9 Spermophilus_xanthoprymnus_48, 10 Spermophilus_xanthoprymnus_47, 11 Spermophilus_xanthoprymnus_46, 12 Spermophilus_xanthoprymnus_45, 13 Spermophilus_xanthoprymnus_44, 14 Spermophilus_xanthoprymnus_43, 15 Spermophilus_xanthoprymnus_42, 16 Spermophilus_xanthoprymnus_41, 17 Spermophilus_xanthoprymnus_40, 18 Spermophilus_xanthoprymnus_4, 19 Spermophilus_xanthoprymnus_39, 20 Spermophilus_xanthoprymnus_38, 21 Spermophilus_xanthoprymnus_37, 22 Spermophilus_xanthoprymnus_36, 23 Spermophilus_xanthoprymnus_35, 24 Spermophilus_xanthoprymnus_34, 25 Spermophilus_xanthoprymnus_33, 26 Spermophilus_xanthoprymnus_32, 27 Spermophilus_citellus_AF100720, 28 Spermophilus_citellus_9, 29 Spermophilus_citellus_8, 30 Spermophilus_citellus_7, 31 Spermophilus_citellus_6, 32 Spermophilus_citellus_5, 33 Spermophilus_citellus_4, 34 Spermophilus_citellus_3, 35 Spermophilus_citellus_2, 36 Spermophilus_citellus_1, 37 Spermophilus_xanthoprymnus_31, 38 Spermophilus_xanthoprymnus_30, 39 Spermophilus_xanthoprymnus_3, 40 Spermophilus_xanthoprymnus_29, 41 Spermophilus_xanthoprymnus_28, 42 Spermophilus_xanthoprymnus_27, 43 Spermophilus_xanthoprymnus_26, 44 Spermophilus_xanthoprymnus_25, 45 Spermophilus_xanthoprymnus_24, 46 Spermophilus_xanthoprymnus_23, 47 Spermophilus_xanthoprymnus_22, 48 Spermophilus_xanthoprymnus_21, 49 Spermophilus_xanthoprymnus_20, 50 Spermophilus_xanthoprymnus_2, 51 Spermophilus_xanthoprymnus_19, 52 Spermophilus_xanthoprymnus_18, 53 Spermophilus_xanthoprymnus_17, 54 Spermophilus_xanthoprymnus_16, 55 Spermophilus_xanthoprymnus_15, 56 Spermophilus_xanthoprymnus_14, 57 Spermophilus_xanthoprymnus_13, 58 Spermophilus_xanthoprymnus_12, 59 Spermophilus_xanthoprymnus_11, 60 Spermophilus_xanthoprymnus_10, 61 Spermophilus_xanthoprymnus_1, 62 Spermophilus_taurensis_7, 63 Spermophilus_taurensis_6, 64 Spermophilus_taurensis_5, 65 Spermophilus_taurensis_4, 66 Spermophilus_taurensis_3, 67 Spermophilus_taurensis_2, 68 Spermophilus_taurensis_1, 69 Spermophilus_dauricus, 70 Spermophilus_citellus_AF157858; TREE Fig._3 = [&R] ((((((27,34),(70,35)),(((36,31),28),(33,((32,30),29)))),(((68,67),(((66,63),64),65)),62)),((((((2,1),((52,(51,49)),(48,47))),46),((((((((58,56),43),57),54),44),45),53),(55,(41,(40,38))))),((((((7,(3,60)),59),26),5),(6,4)),37)),((((61,50),(39,(18,15))),((((24,9),20),19),(((14,12),13),10))),((((42,22),25),23),(((21,(16,11)),17),8))))),69); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8394; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Spermophilus_xanthoprymnus_2, 2 Spermophilus_xanthoprymnus_1, 3 Spermophilus_taurensis, 4 Spermophilus_citellus_2, 5 Spermophilus_citellus_1; TREE Fig._5b = [&R] ((((5,4),3),2),1); END;