#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 02, 2024; 4:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mohamed redwan R., Saidin A., & Kumar V.S. 2015. Complete chloroplast genome sequence of MD-2 pineapple and its comparative analysis among nine other plants from the subclass commelinids. BMC Plant Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18029] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=100; TAXLABELS Acidosasa_purpurea Aegilops_bicornis Aegilops_cylindrica Aegilops_geniculata Aegilops_kotschyi Aegilops_longissima Aegilops_searsii Aegilops_sharonensis Aegilops_speltoides Aegilops_tauschii Agrostis_stolonifera Ampelocalamus_calcareus Ananas_comosus Anomochloa_marantoidea Aristida_purpurea Arundinaria_appalachiana Arundinaria_fargesii Arundinaria_gigantea Arundinaria_tecta Bambusa_emeiensis Bambusa_multiplex Bismarckia_nobilis Brachypodium_distachyon Calamus_caryotoides Cenchrus_americanus Centotheca_lappacea Chimonocalamus_longiusculus Chionochloa_macra Cocos_nucifera Coix_lacryma Coleataenia_prionitis Curcuma_roscoeana Danthonia_californica Dasypogon_bromeliifolius Dendrocalamus_latiflorus Deschampsia_antarctica Digitaria_exilis Echinochloa_oryzicola Elaeis_guineensis Elytrophorus_spicatus Eriachne_stipacea Fargesia_nitida Fargesia_spathacea Fargesia_yunnanensis Ferrocalamus_rimosivaginus Festuca_altissima Festuca_arundinacea Festuca_ovina Festuca_pratensis Gaoligongshania_megalothyrsa Gelidocalamus_tessellatus Hakonechloa_macra Heliconia_collinsiana Hordeum_vulgare Indocalamus_longiauritus Indocalamus_wilsonii Indosasa_sinica Isachne_distichophylla Lecomtella_madagascariensis Leersia_tisserantii Lolium_multiflorum Lolium_perenne Monachather_paradoxus Musa_textilis Neyraudia_reynaudiana Oligostachyum_shiuyingianum Olyra_latifolia Oryza_australiensis Oryza_glaberrima Oryza_nivara Oryza_sativa_Japonica Panicum_virgatum Pharus_lappulaceus Phoenix_dactylifera Phragmites_australis Phyllostachys_edulis Phyllostachys_nigra_henonis Phyllostachys_propinqua Phyllostachys_sulphurea Pleioblastus_maculatus Pseudophoenix_vinifera Puelia_olyriformis Ravenala_madagascariensis Rhynchoryza_subulata Saccharum_NCo_310 Sarocalamus_faberi Secale_cereale Setaria_italica Sorghum_bicolor Sorghum_timorense Thamnocalamus_spathiflorus Thysanolaena_latifolia Triticum_aestivum Triticum_monococcum Triticum_timopheevii Triticum_turgidum Typha_latifolia Yushania_levigata Zea_mays Zingiber_spectabile ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M32638] TITLE Commelinids; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=39459; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aegilops_sharonensis 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Agrostis_stolonifera 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Aristida_purpurea 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Bambusa_emeiensis 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Brachypodium_distachyon 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Chimonocalamus_longiusculus 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Cocos_nucifera 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Danthonia_californica 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Dasypogon_bromeliifolius 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Dendrocalamus_latiflorus 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Elaeis_guineensis 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Ferrocalamus_rimosivaginus 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Festuca_pratensis 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Heliconia_collinsiana 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Lecomtella_madagascariensis 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Lolium_multiflorum 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Oryza_australiensis 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Oryza_glaberrima 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Oryza_sativa_Japonica 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Phoenix_dactylifera 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Phragmites_australis 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Pleioblastus_maculatus 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Pseudophoenix_vinifera 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Ravenala_madagascariensis 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Sorghum_bicolor 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Sorghum_timorense 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Thamnocalamus_spathiflorus 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Triticum_aestivum 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Triticum_monococcum 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Triticum_timopheevii 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Triticum_turgidum 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Typha_latifolia 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; END; BEGIN TREES; TITLE Commelinds; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acidosasa_purpurea, 2 Indosasa_sinica, 3 Pleioblastus_maculatus, 4 Oligostachyum_shiuyingianum, 5 Chimonocalamus_longiusculus, 6 Arundinaria_fargesii, 7 Fargesia_spathacea, 8 Fargesia_nitida, 9 Phyllostachys_nigra_henonis, 10 Fargesia_yunnanensis, 11 Yushania_levigata, 12 Sarocalamus_faberi, 13 Phyllostachys_edulis, 14 Phyllostachys_sulphurea, 15 Indocalamus_longiauritus, 16 Thamnocalamus_spathiflorus, 17 Phyllostachys_propinqua, 18 Ferrocalamus_rimosivaginus, 19 Gelidocalamus_tessellatus, 20 Arundinaria_appalachiana, 21 Arundinaria_tecta, 22 Arundinaria_gigantea, 23 Indocalamus_wilsonii, 24 Gaoligongshania_megalothyrsa, 25 Ampelocalamus_calcareus, 26 Bambusa_emeiensis, 27 Bambusa_multiplex, 28 Dendrocalamus_latiflorus, 29 Olyra_latifolia, 30 Puelia_olyriformis, 31 Leersia_tisserantii, 32 Oryza_australiensis, 33 Oryza_glaberrima, 34 Oryza_nivara, 35 Oryza_sativa_Japonica, 36 Rhynchoryza_subulata, 37 Aristida_purpurea, 38 Cenchrus_americanus, 39 Panicum_virgatum, 40 Coleataenia_prionitis, 41 Lecomtella_madagascariensis, 42 Centotheca_lappacea, 43 Thysanolaena_latifolia, 44 Elytrophorus_spicatus, 45 Hakonechloa_macra, 46 Phragmites_australis, 47 Monachather_paradoxus, 48 Digitaria_exilis, 49 Neyraudia_reynaudiana, 50 Setaria_italica, 51 Coix_lacryma, 52 Saccharum_NCo_310, 53 Sorghum_bicolor, 54 Sorghum_timorense, 55 Zea_mays, 56 Chionochloa_macra, 57 Danthonia_californica, 58 Echinochloa_oryzicola, 59 Eriachne_stipacea, 60 Isachne_distichophylla, 61 Aegilops_bicornis, 62 Aegilops_kotschyi, 63 Aegilops_searsii, 64 Aegilops_longissima, 65 Aegilops_sharonensis, 66 Triticum_timopheevii, 67 Triticum_turgidum, 68 Aegilops_cylindrica, 69 Aegilops_tauschii, 70 Triticum_monococcum, 71 Secale_cereale, 72 Aegilops_geniculata, 73 Aegilops_speltoides, 74 Hordeum_vulgare, 75 Triticum_aestivum, 76 Agrostis_stolonifera, 77 Deschampsia_antarctica, 78 Festuca_altissima, 79 Festuca_pratensis, 80 Lolium_multiflorum, 81 Lolium_perenne, 82 Festuca_ovina, 83 Brachypodium_distachyon, 84 Pharus_lappulaceus, 85 Festuca_arundinacea, 86 Anomochloa_marantoidea, 87 Ananas_comosus, 88 Typha_latifolia, 89 Heliconia_collinsiana, 90 Musa_textilis, 91 Bismarckia_nobilis, 92 Cocos_nucifera, 93 Elaeis_guineensis, 94 Pseudophoenix_vinifera, 95 Phoenix_dactylifera, 96 Calamus_caryotoides, 97 Dasypogon_bromeliifolius, 98 Curcuma_roscoeana, 99 Zingiber_spectabile, 100 Ravenala_madagascariensis; TREE Commelinids = [&R] ((((((((((((((((((((((14:1.7344E-4,9:1.55E-6)79:8.654E-5,13:2.5964E-4)69:8.653E-5,(7:1.1533E-4,8:8.648E-5)63:2.883E-5)22:1.55E-6,6:1.153E-4)50:1.154E-4,((15:1.2011E-4,17:9.7862E-4)65:3.1789E-4,(10:5.766E-5,11:8.651E-5)90:3.366E-5)48:8.165E-5)71:2.884E-5,12:2.3072E-4)100:4.9167E-4,16:0.00133168)86:7.68E-5,(5:0.00115762,24:0.00153696)91:1.2068E-4)91:1.7368E-4,(((18:7.8209E-4,19:6.3303E-4)100:5.4686E-4,23:0.0014447)34:6.085E-5,(((20:2.873E-5,21:5.748E-5)100:5.1755E-4,22:9.5224E-4)100:5.7765E-4,(1:4.6163E-4,(3:1.55E-6,(4:1.4414E-4,2:2.88E-5)57:1.55E-6)94:1.55E-6)100:9.5351E-4)76:2.0996E-4)26:4.018E-5)74:4.0539E-4,25:0.00251163)100:0.00468715,(29:0.01483993,(28:0.00134652,(26:1.1732E-4,27:3.7878E-4)100:7.6402E-4)100:0.00357321)100:0.0013052)100:0.00222897,(83:0.02029679,((((((((80:5.8259E-4,81:6.1417E-4)100:6.053E-4,79:9.155E-4)100:7.7346E-4,85:0.01915332)100:0.00536163,78:0.00205396)100:0.00206211,82:0.00711538)100:0.00135746,77:0.00537242)100:0.00591959,76:0.01036204)100:0.00392571,(74:0.00596009,(71:0.00159269,((((72:9.6377E-4,68:5.8592E-4)90:5.836E-4,69:2.2919E-4)72:3.5144E-4,70:8.1059E-4)49:4.4216E-4,((73:0.00126396,75:0.00454249)91:1.55E-6,((67:1.724E-4,66:2.3861E-4)92:1.55E-6,((63:2.895E-5,61:8.684E-5)24:1.55E-6,(62:5.695E-5,(64:5.884E-5,65:2.8E-5)50:2.895E-5)45:1.55E-6)100:0.00165009)100:0.00185328)30:7.5416E-4)92:5.0968E-4)100:0.00258771)100:0.00953952)100:0.00351301)100:0.01271974)100:0.0010047,(36:0.00639396,(31:0.01047782,(32:0.00243585,(34:1.1602E-4,(33:7.5389E-4,35:9.0076E-4)86:5.658E-5)100:0.00310081)100:0.00423534)100:0.00423221)100:0.01077323)100:0.00124442,(((((((45:0.00293489,46:0.00167876)100:0.00248749,44:0.01142774)100:9.8854E-4,47:0.01011537)85:1.8778E-4,(60:0.00815152,59:0.01305232)100:0.01204812)100:8.2123E-4,(49:0.01249421,(57:0.00909707,56:0.00276603)100:0.01144717)98:0.0014476)74:4.0464E-4,37:0.01956448)85:3.5633E-4,((42:0.01049271,43:0.00360433)100:0.0036497,(41:0.00495562,((((50:0.00265917,38:0.00555224)100:0.00318851,39:0.00600647)100:0.00135575,(58:0.00891542,48:0.01174952)48:2.6158E-4)100:0.0016349,(40:0.00911424,(55:0.00461504,(51):0.00421348,(52:8.679E-4,(54:0.0020369,53:0.00303446)100:5.3795E-4)100:6.5646E-4)100:7.6694E-4)100:0.00710019)88:7.4653E-4)93:2.5389E-4)100:0.00321782)100:0.00271602)100:0.01020683)100:0.00214527,30:0.00565561)100:0.013277,84:0.01465176)100:0.00419375,86:0.03381327)0:0.08847946,88:0.02223726)100:0.00186874,87:0.01723607)0:0.01111261,((89:0.00699011,90:0.01412151)52:4.3778E-4,(100:0.02095159,(99:0.00475309,98:0.00270712)100:0.04007398)91:0.00112659)100:0.01838774)100:0.0021681,(96:0.00863338,((91:0.00422099,95:0.00547095)100:6.3812E-4,(94:0.00435018,(92:0.00129931,93:0.00219306)100:0.00177169)100:6.7893E-4)100:0.00285355)0:0.01531377)0; 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