#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 20:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Estes D., & Small R. 2007. Phylogenetic relationships of the monotypic genus Amphianthus (Plantaginaceae tribe Gratioleae) inferred from chloroplast DNA sequences. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1803] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=8; TAXLABELS Amphianthus_pusillus Gratiola_ebracteata Gratiola_hispida Gratiola_neglecta Gratiola_officinalis Gratiola_pilosa Gratiola_virginiana Hydrotriche_hottoniaeflora ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=47; TAXLABELS Achetaria_scutellarioides Amphianthus_pusillus_1 Amphianthus_pusillus_2 Amphianthus_pusillus_3 Angelonia_pubescens Antirrhinum_majus Bacopa_caroliniana Bacopa_monnieri Basistemon_klugii Callitriche_hermaphroditica Chelone_obliqua Collinsia_grandiflora Digitalis_grandiflora Globularia_cordifolia Gratiola_ebracteata Gratiola_hispida Gratiola_neglecta Gratiola_officinalis Gratiola_pilosa Gratiola_virginiana Hemiphragma_heterophyllum Hydrotriche_hottoniaeflora Leucospora_multifida Limnophila_aromaticoides Limnophila_sessiliflora Lindernia_dubia Mecardonia_acuminata Mecardonia_flagellaris Mecardonia_vandellioides Melosperma_andicola Monttea_chilensis Otacanthus_azureus Ourisia_poeppigii Plantago_lanceolata Scoparia_dulcis_1 Scoparia_dulcis_2 Scoparia_plebeja Scoparia_sp Scrophularia_californica Stemodia_glabra_1 Stemodia_glabra_2 Stemodia_maritima Stemodia_schottii Stemodia_suffruticosa Stemodia_verticillata Tetranema_mexicanum Veronica_persica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1893] TITLE ndhF; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=2091; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Achetaria_scutellarioides 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Bacopa_caroliniana 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Bacopa_monnieri 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Basistemon_klugii 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Callitriche_hermaphroditica TTCCTATATTAATAGGAGTTGGACTTCTTCTTTTTCCGACAGCAACCAAAAA?CTTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTATTTTATTGTTAAGTTTAGTCATGATTTTTTCAATAAATCTTTCTATTGAGCAAATAAATACCAATTCTATCTATCAATATGTATGGTCTTGGACTCTTGATAATGATTTTTCTTTCGAATTTGGCTACTTGATCGATCCACTTACGTCTATTATGTTAATGTTAATCACTACTGTTGGCATTATGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGGCTCATGATCAAGGATACTTGAGATTTTTTTCTTATATGAGTTTTTTTAGTACTTCGATGTTGGGATTAGTTACGAGTTCAAATTTGATTCAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAGTATGTTCTTATCTATTAATAGGTTTTTGGTTTACAAGACCCCTTGCAGGAAATGCTTGTCAAAAGGCCTTTGTAACAAATCGTGTAGGTGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTGGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTTGAATTTCGTGATTTATTCGAAATATTGAATACCTTAATTTATAATAATGAAGTAAATTCTCCATTTGTTACCTTGTGTGCTGTTCTATTATTTGCCGGTGCTGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCTTTTCATGTATGGTTACCGGATGCTATGGAAGGACCCACTCCTATTTCGGCCCTTATACATGCAGCTACTATGGTAGCTGCGGGGATTTTTCTTGTAGCTCGCCTTCTTCCGCTTTTCATAGTTATACCCTATATAATGAATTTGATTTCATTAATAGGGATAATAACAGTATTTTTAGGAGCTACCTTAGCTCTTGCTCAAAAAGATATTAAGAGGGGGTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGGTAGCTCTAGGAATAGGGTCTTATCAGAGTGCTTTATTTCATTTAATTACTCATGCTTATTCCAAAGCATTATTGTTTTTAGGATCTGGATGCGTTATCCATTCAATGGAAACTATTGTTGGTTATTCGCCACATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGGGGGTTAACAAAACATGTACCAATTACCAAAACTTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCGCCTCTTGCTTGTTTTTGGTCAAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCAATTTTTGCAATAATCGCTTGGGGCACAGCAGGATTAACGGCATTTTATATGTTTCGTATCTATTTACTTACTTTTGAAGGGCATTTAAATGTGTTTTTTTTTTATTATAGTGTCAACAAAAAAACTCCCTTTTATTTAATATCTTTATGGGGTAAAGGATGTCCAAAA--------GAAAAA----ATTTTATTAAA------------------------------TTCGAAAAAAACATATCAAAGTGATGGGAATGAAACAAAAATAAATAGTAAACGACCTATTATTAATA---------------TTTTTAATTTTGAAAAAAAAAA------------AGCT????????????????????????AATACTATGTTATTTCCTTTACTTGTATTAGTCTTATTTACCTTATTTATTGGATCGCTAGGGATTCCTTTTAATCAAG---------------AAGGAAGAAATTTAGATATCTTATCTAAATGGTTAGCTCCATCTATTGACCTTTTACATCAAAAGCCAAAAGATTCGATCAATTGGTATGAATTTTTAAAAGCTGCAATTTTTTCAGTTAGTATAGCTTATTTTGGAATACTTCTAGCATCCTTTTTATATAAACCAATTTATTCCTCTTTCAAAAATTTTGATTTAATTAATTTATTTGTAA------AAAATGGGCCAAAGAGAAGTTCTTGGGACAAACTTTTAAGTATACTGTATAATTGGTCATATAATCGCGCTTATATAGATGTTTTTTATACCAGATCTTTCACTGGGTCAATAAGAGGATTTTCTCAATTAACTATTTTTTTAGATAGACGAGTAATTGATGGAGTTACAA Chelone_obliqua 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Collinsia_grandiflora 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Digitalis_grandiflora TTCCTATGTTAATAGGAGTAGGACTTCTTCTTTTTCCGATAG??ACGAATAAGCTTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCAAGTATTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTTCCACTAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATAGCAATTCTATCTACCAATATGTATGGTCTTGGACCCTCGATAATGATTTTTCTTTAGAATTGGGCTGCTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATGTTAATCACTATTGTTGGAATTACGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGGCTCACGATCAAGGCTACTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCGATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCCAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAGTGTGTTCCTATCTATTAATAGGGTTTTGGTTCACAAGACCACTTGCAGCAAATGCTTGTCAAAAGGCGTTTGTAACGAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTGGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTTGAATTTAGGGATTTGTTCGAAATATTCAATAACTTGATTGTTAACAATCAAGT?AATTATCTCTTTGTTACACTGTGTGCTGCTTTATTGTTTGCCGGCGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGTTACCTGATGCTATGGAAGGACCCACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTGGCAGAGGGAATTTTTCTTGTAGCCCGCCTTCTTCCCCTTTTCATAGTTATACCCTATATAATGAATTTCATTTCCTTAATAGGTATAATAACAGTATTATTAGGGGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCCTATTCGACAATGTCTCAACTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGAATGGGGTCTTATCGAAGTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCCAAAGCATTATTATTTTTAGGGTCGGGATCTGTTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGCTATTCTCCGGAAAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAATATGTCCCGATTACCAAAATCTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCCCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCGATTTTTGCAATAATAGCTTGGGCTACAGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAGGGGCATTTAAATGTTTATTTTCAAAATTACAGTGGCAAAAAAAATACAGCTTTCTATTCAATATCGATATGGGGTAAGGGGTGTTCCAAAAGAATTAACAAAAATTTTCGTTTATTAAGAAT---AAATAATCAAAGTTCTTCTTTTTTTTTGAAAAAGACATACCGAAGTGATGAGAATCTAAAAAAAAGAAATGGGGGAAGACCTTTTATTAATC---------------TTATTCGTTTTGAAAATAAAAA------------AGCTCGTCTCTATCCGTATGAATCAGACAATACTATGTTATTTCCTTTACTTATATTAGTCCTATTTACTTTGTTTGTTGGATATCTAGGAATTTCTTTTAATCAAG---------------AAGCGAGAGATCTGGATATATTATCCAAATGGTTAGCTCCGTCTATTGACCTTTTACATCAAAAGTCAAGGGATTTGACAGATTGGTATGAATTTTTGAAAGATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATACTCCTAGCGTCTTTATTATATAAACCCATTTTTGCATCTTTCAAGAATTTTGACTTAATTAATTCATTTGTTA------AAACTGGTCCGAAGAGAAGTCGTTGGGACAAAATTTTAACTCTCTTATATAATTGGTCACATAATCGTGCTTATATAGATGTTTTTTATACAACATCTTTCACTGGTTCAATAAGAGGATTGTCTCAATTAACTCATTTTTTTGATACACAAGTAATTGATGGAATTACCA Globularia_cordifolia 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Gratiola_hispida 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Hemiphragma_heterophyllum 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Hydrotriche_hottoniaeflora 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Leucospora_multifida 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Limnophila_aromaticoides 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Limnophila_sessiliflora 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Plantago_lanceolata 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Scoparia_dulcis_1 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Scrophularia_californica 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Stemodia_suffruticosa 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Gratiola_virginiana CTTTAGTCCACTCAGCCATCTCTCCCAATTCAAAAAGATAATTATTACATTACACATAATGTAA--------GGATTCTTTCTTTCTCT----------CTCTTCTTTCTCTATTTTTCTATTCTAATATCTAATATATAGAGAGAGAGAGAG--ATCCGCAAATAAGAAATTTCCCTTAGATAAATAAAAGATAAATAAAATAAAGGAAGGGACTCAACCGCG------CCAACAATCA---AACTAAAGAAAAAAAGAA----------GACCTCTTTGTGTTTTTGTGTTGATTTT-----AGT----------CGAAATACTCTTCTTATTTTGATTAGTCTGATGGCCTGGTCAGTATCTAGCGGGGTCCCA-TTTTTAAGTTCCAACGGATTATAGATAAGAATTATCTATCTT----------------ATTTG-----------TATCCGATTTG--AAAACAAAAAAGCTTGTTTTTTATT---ATAATTATA-----------------------------------TTTTAT----ATTATATTGAATAATATTTTAGA--TTC-AA-----------------------------------------------------TTGAATCTAAAATATTC----------------------AATATTCAAGCAACACCAAAACAAA-------GAAAGATTATTTACATTCTATTTCTATTCTTTTTCTTGTTCGATTTTATTTTCCGAACTCAAAAAGAAACTATCGATTCTTTCACAAACCATTTTTTTTGTATGATTGTAG---------GTATCTATCTT--CTT----CAGCAAAAGAGAAAATTTTAATCATTTAA-----ATTAAATGAAACCTCTTTTCCGAATCTCATTAAATTT-G------ATCTCCCCACGAAAAAGTTCAACACTCTAATTTTAATGATTCTTTGATTATCCTCTAATTGA------TCGTACTCAATTATCTTGTTCGACAAAAGACTGATTATTCTACAATAATCATATTGTA---GCGGGTATAGTTTAGTGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTATTAACCCTTTAA-CAGTTAAAGGGTCTTTCGGTTTTATTCATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTAAAAGGATTTAATCCTTTCACTCTTAATGAGAAATTGGAGAAAAAAATACACATTCTCGCGATTTCTATCCATGAGTCAATTAGAAATTTCAATTGAAAGGTTGG-ATTATGAAATTGCGAAACATAATTTTTTAAATTGGATCAAGACTTCCAATTG----AATAAGTATGAATAAAGGGTCCATGGCTGAAGATAGAAAGTAAATTTCTAATCGTAACTAAATCTTCCATTTTT-TCTTTCTTT----TCG-------AAAGAAAGAAATTGAAGCAAAATAGCTATTAAACGATGACTTTGGTTTACTAAAGACATCGCCTTATTGTTTTAGCTTGGTGGAAACAAAATACTTTTCCTTAGGATCCTCTCAAATAGAAATAGAGAACGAAGTAACTAGAAAGATTATTAGAATTAGCCTCTTCGATCTTCTAGAAGGATCATCTAGAAAGCGATTCATTTTGTTTATAT----TCAGACAAAAACAAGAAGCTGACATAGATGTTATGGGTAGAATTTTGTTCATTTTGTTCACATTTTA----GATCTATAAATTTACTCATTTTCCATA------AAGGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCATGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAAAGCACTGAGTCGACGTCGACTATAACCC- Hydrotriche_hottoniaeflora CTTTAGTC-ACTCAGCCATCTCTCCCGATTGAAAAAGATAATTATTACATTATGTGTAATGTAATAATGTATGGATTCTTTCT----------------CTCTTCTTTCTCTATTTTTCTAT-------TCTAATATATATATAGAGAGAGAG--ATCCGCAAATAAGGAATTTCCTTTCAATAAA---------------ATAAAGGAAGGTGATCAACCATGCTAACACTAACAATCA---AACTAAAGAAAAAAGAAAAAAGAGGGCGGACCTCTTTGTGTTTTTGTGTTGATTTTCTT---------------CAAAAGACTCTTCTTATTCTGATTAGTCAGTCGGCTTGGTCAGTATCTAGCCGAGTCCCACTTTTTTTGTTCCGACGAATTCTAAATAATAATTATCTATCTGAT----ATCTG-----ATTTG------------------------AAAACAAAAA-GTTTGTTTTTTAGTTTTAGTATTTTATTATTTTATTTT-----------AATTATTAATTATTTTATTA----------GAAT--------AGATATTCTAATAGAATATTTCTATTCTAATATTGTTCTAATATTGTTATTCTTGGTTATTGTATTGAATTTGTATTCAATTATATTAGTGAATAATATTTTCGATATTCAAGCAACA-CAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGATTATTTACATTCTATTTCGATTCTTTTTCTTGTTCTATTTTCTTTTCCGAACTAAAAAGGAAATTATCGATTCTTCCACAAACCATTTTTGTGGTATGATTGGAGTGTTGAGCCATATCTATCTT--CTT----CAGCAAAAGATAAAACTTTAGTCTTTTAATTTTAATTAAAAGAAACCTCTTTTCCAAATCTCATTAAATTT-GAATTTTATCTCCCCACGAAAAAGTTCAACACTCTA-TTTTTATGATTCTTTGATTATCATATAATTGAAATTGATCATACTCAATTATCTTGTTCGACAAAAGACCGATTATTATACAATAATCGAATTGTAAGGGCGGGTATAGTTTAGGGGTAAAAGTGTGATTCGTTCTATTA-CCCTTT-A-CAGTTAAAGGGTCTTTCGGTTTTCTTCATATTCCGATCAAAAACTTTATTTCTTCAAAGGATTAAATCCTTTACCTCTTAATGAGAATTTCGAGAAAAAA-TACACATTATCGTGATTTCTATCCATGAGTCAATTCGAAATTGCAATTGAAAA-TTGGGATTAGGAAAGTGCGAAACATAATTTT-GGAATTGGATCAAGACTTCCAATTTTATTAATAAGTATGAATACAGGGTCCATGGTTGAAGATCGAAAGTCAATTTCTAATCGTAACTAAATCTTCCATTTTTTGCTTTCTTT----TCGAAAGTAAAAA-AAAAAAATGGAAGCAAAATAGCTATTCAACGATGACTTTGGTTTACTAGAGACATCGGCTTATTGTTTTAGCTTGGTGGAAACAAACTCCTTTTCCTTAAGATCCTTTCAAATAGAAATAGAGAACGAAGTAACTAGAAAAATTGTTAAAATTACCCTCTTCGATCTTCTAGAAGGATCATCTAAAAAGCGATCTGTTTTGTTTATAT----TCAGGCAAAA------GGCTGACATAGGTGTTATGGGTAGAATTTACTTGATTTTGTTCACATCTTATCTAGAAATAGAAATTTACTCATTTTCCATA------AAGGAGCCGAATGAAACCAAAGTTTCATGTTCGGTTTTGAATTAGAGACGTTCAAAACGCTGAATCGACGTCGACTATAACCCC ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8397; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Stemodia_glabra_2, 2 Stemodia_glabra_1, 3 Stemodia_schottii, 4 Stemodia_maritima, 5 Achetaria_scutellarioides, 6 Otacanthus_azureus, 7 Amphianthus_pusillus_3, 8 Amphianthus_pusillus_2, 9 Amphianthus_pusillus_1, 10 Gratiola_ebracteata, 11 Gratiola_neglecta, 12 Gratiola_virginiana, 13 Gratiola_officinalis, 14 Gratiola_hispida, 15 Gratiola_pilosa, 16 Limnophila_sessiliflora, 17 Limnophila_aromaticoides, 18 Hydrotriche_hottoniaeflora, 19 Stemodia_suffruticosa, 20 Stemodia_verticillata, 21 Leucospora_multifida, 22 Scoparia_dulcis_2, 23 Scoparia_plebeja, 24 Scoparia_sp, 25 Scoparia_dulcis_1, 26 Mecardonia_flagellaris, 27 Mecardonia_acuminata, 28 Mecardonia_vandellioides, 29 Bacopa_caroliniana, 30 Bacopa_monnieri, 31 Ourisia_poeppigii, 32 Monttea_chilensis, 33 Melosperma_andicola, 34 Basistemon_klugii, 35 Angelonia_pubescens, 36 Chelone_obliqua, 37 Collinsia_grandiflora, 38 Tetranema_mexicanum, 39 Antirrhinum_majus, 40 Callitriche_hermaphroditica, 41 Veronica_persica, 42 Plantago_lanceolata, 43 Hemiphragma_heterophyllum, 44 Digitalis_grandiflora, 45 Globularia_cordifolia, 46 Lindernia_dubia, 47 Scrophularia_californica; TREE Fig._1 = [&R] (47,(46,((((((45,(44,((43,41),42))),40),39),38),(37,36)),((((35,34),(33,32)),31),(((30,29),(((((25,22),(24,23)),(21,20)),19),(((18,(17,16)),((15,14),((13,12),((11,(9,8,7)),10)))),((6,5),(4,(3,(2,1))))))),((28,26),27)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8398; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Gratiola_ebracteata, 2 Gratiola_neglecta, 3 Amphianthus_pusillus, 4 Gratiola_virginiana, 5 Gratiola_officinalis, 6 Gratiola_hispida, 7 Gratiola_pilosa, 8 Hydrotriche_hottoniaeflora; TREE Fig._2 = [&R] (8,((7,6),((5,4),((3,2),1)))); END;