#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 13:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Eklof J., Pleijel F., & Sundberg P. 2007. Phylogeny of benthic Phyllodocidae (Polychaeta) based on morphological and molecular data. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1828] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_bilineata Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_arctica Lacydonia_eliassoni Nereiphylla_lutea Notophyllum_foliosum Paranaitis_kosteriensis Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Protomystides_exigua Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_sanguinea Lacydonia_eliassoni Mystides_caeca Nereiphylla_lutea Notophyllum_foliosum Paranaitis_kosteriensis Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_bilineata Eulalia_expusilla Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_arctica Eumida_sanguinea Lacydonia_eliassoni Mystides_caeca Nereiphylla_lutea Notophyllum_foliosum Paranaitis_kosteriensis Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Protomystides_exigua Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_bilineata Eulalia_expusilla Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_arctica Eumida_sanguinea Lacydonia_eliassoni Mystides_caeca Nereiphylla_lutea Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Protomystides_exigua Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Aglaophamus_malmgreni Chaetoparia_nilssoni Eteone_picta Eulalia_bilineata Eulalia_expusilla Eulalia_mustela Eulalia_viridis Eumida_arctica Eumida_sanguinea Lacydonia_eliassoni Mystides_caeca Nereiphylla_lutea Notophyllum_foliosum Paranaitis_kosteriensis Paranaitis_wahlbergi Phyllodoce_groenlandica Phyllodoce_longipes Protomystides_exigua Pseudomystides_limbata Pterocirrus_macroceros Sige_fusigera ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1940] TITLE 18S; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=1767; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=. 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Aglaophamus_malmgreni 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Eulalia_bilineata 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Eumida_sanguinea 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Lacydonia_eliassoni 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Mystides_caeca 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Notophyllum_foliosum 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Paranaitis_kosteriensis 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Protomystides_exigua 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Eulalia_mustela 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Lacydonia_eliassoni 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Paranaitis_kosteriensis 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CCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCTGCC-TGTGAGGTAGCGGGACCTGTGGTGTTTAGGACAGCCTCCGGGGCTTCGTCC-GCACGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGCCTTT---CCCATAGCGGGTGTCAGGCCTCTACTGGCGTGCGGCGGGGTCTCTTTGAGCGTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGTTTAGAGGCAAACGGATAGGACCGCT-CAGTCGACTCGCGGAATTCAACT-CTCCGCTC-TGTGGCGTGGCGGG---CGGCGGGA--TCCTCTC--GGACCCGTG-----CTCGTC--G-C----GGCTGCAGTTGGTGGGTGCACTTTCCGCCGAGTGGAACGCCACGACCGGTTCG-TC-----GGCGGTCATAAGCCCCCT-T-GGAAGGTAGCTCCTCGCTTCGGC-CGGGAGTGTTATAGCCTCGGG-TGGCGTCGGCCCGCTGACGGACCGAGGAACCATTA---CCCGCCGTGCCGGCCCTC---A-GGCTCGGGC-GCCCTGCCTTCTCGCGACGTC---TCGACTGGTGAGGACTGTTC---ACAGTGCTCGCCGACCGCGGCGCGTTAAGG--TGT----GGGTCCGCTCCCGTGCA-GGCACTCAGGGTCTGTGGCTATTC----------------------------------- Pterocirrus_macroceros -----------------------------------------------------CCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGATCAGCCCAGCACCGAATCCCCTGCC-TGTGAGGTAGCGGGACCTGTGGTGTTTAGGACAGCCTCTGGGGCTCCGCTG-TCGCGTCCGAGTCCTCCTGATCGGGGCCTTT---CCCATAGCGGGTGTCAGGCCTCTACTGGCGCGCGGCGGTTTCCCTCTGAGCGTCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAA-GCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGTTTAGAGGCAAACGGATAGGACCGCT-CAGTCGACTCGCGGAATTCAACT-CTCCGCTC-CGTGGCGCCCCGGGCGTTG--GGGA--TCCTCTC--GGACCCCCG-----CTCGGGATG-C----GGCTGCGGCCGGTGGGTGCACTTTCCGCCGAGTGGAATGCCACGACCGGTTCG-CC-----GGCGGTCACAAGCCCCCT-T-GGAAGGTAGCTCCCTGCCTAG-C-TCGGAGTGTTATAGACTTGGG-TGGCGTCGGCCCGCTGGCGGACCGAGGAACCTTCAA-CCCCGCCGTGCCGGCCCTA---A-GGCTCGGGC-GCCCTGCCTTCTCGCGACGTC---TCGACTGGCGAGGACTGTTC---ACAGTGCTCGCCGACCGCGGCGCGTCAAGG-TCGG----GGTCTTGCTCCCGTGCA-GGCACTCAGGGTCTGTGGCTATTCGGTCGGCCCCCTATCCGACCCGTCTTGAAACACGG Sige_fusigera CCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACTAGGATTCCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAGAGCCCAGCACCGAATCCCCTGCC-TGTGAGGTAGCGGGACCTGTGGTGTTCAGGCCGTCCCCTGGGGCTTCGTTGTTCGCGCCCGAGTCCTCCTGATCGGGGCCTTT---CCCATAGCGGGTGTCAGGCCTCTACTGGCGTGCGGCGGAGTCTCTTGGGGCGCCCTTGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGCGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGACACGAGTCCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGTTTAGAGGCAAACGGATAGGACCGCT-CAGTCGACTCGCGGGATTCAACC-TTCCGCTC-CGCGGCGCGCTCGGA--GGGCGGGA--TCCTCTC--GGACCCGTC-----CCCGTCGCGGC----CTGTGGGGTCGGTAGGTGCACTTTCCGCTGAGTCGAGCGCCACGACCGGTTCG-CC-----GGCGGTCACAAGCCCCCG-A-GGAAGGTAGCTCCTCGCTTCGGCA-GGGAGTGTTATAGACTCGGG-TGGCGTCGGCCCGCTGGTGGACCGAGGAACCTTTAA--CCCGCCGTGCCGGCCCTA---A-GGCTCGGGC-GCCCTGCCATCTCGTGCCGTC---TCGACTGGCGAGGACTGTTC---ACAGTGCTCGCCGACCGCGGTGCGTTACTGGATCT----GGGTCAGCTCCCGTGCAAGGCACTCAGGGTCTGTGGCTAT-CGGTCGGCCCCCTATCCGACCCGTCTTGAAACACGG ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1941] TITLE 16S; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=485; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=. 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Eulalia_bilineata CCCGGTGACATAAAGTTTAACGGCCGCGGTACACTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTCTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAAATTGAAGCTGTCTCTAGGTTAAA-T-ATAAAAATTGGTCTTTAGGTGAAGAAACCTAAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TTTATGGGTAAT-TTTTGAATAATTTACTTATAAAC-TCTA-AT-AGATTTGGTTGGGGCGACAGGGGAATAGGA-----GAAAATCTTCCCCTTATTTTTAG-AATATTTATTCTTTTATTTGATCTACTAA-GGTGATAAAAAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCCTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGGGAGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCTAAGGATGTAGCAGTCTTTAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATCTT Eulalia_expusilla 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Lacydonia_eliassoni CCCAGTGATAT---ATTTAACGGCCGCGGTATTTTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATAATTTGTCTTTTAATTGGAGACTTGTATGAATGGATTAATGAAAATATAACTGTCTTTATATTTTT--TTTATAAATTAATTTGGAAGTGAAGAGGCTTTTATATTAATAAAAGACAAGAAGACCCTATCGAGCTTTAT-ATATATGAATATT-TTTAAATAAATATATTTTTTTAT-TTTT-AATTTATTTGGTTGGGGCGACTAAGGAAAAT-------ATAAATCTTCCTATTTTAAATTA-GAATATAATTCTTTATGTAGATCTTTTA----TAATTAATAGAAATAGTTACCGTAGGGATAACAGACTTATCTTTTTTGAGAGTTCATATTGATAAAAAGGATTGGTACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTATAAATGTAGAAGTGTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTTT Mystides_caeca 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Paranaitis_wahlbergi CCCAGTGA---AAATTTTAACGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAATGGATATACGAGGTTTTAGCTGTCTCATTTTTAAT-A-ATAAAAATTAGTGTCTAGGTGAAGAAACCTAGATTTTGATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTTAACGTAAGATT--TTTGACTAACTTACTTTATAAT-GCTG-AT-AAATTTGGTTGGGGCAACAAAGAAATAT-------AAGTATTTTTCTTTTATATTGAG-AAATATGTTTCATTTATTAGATCTATATT-TATGATAAGAAGAAAGAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTCTTTTGTAGAGTTCAAATTGATAAAGGAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGTATCCTATAGGTGCAGAAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAACCCT Phyllodoce_groenlandica 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Protomystides_exigua CCCGGTGA---TAAATTTAACGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTGGAATGAACGAATATACGAAATTAATGCTGTCTCTGCTGTATA--AATATAAATTGTCCTTTAAGTGAAGAGACTTAAATTTTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATCGAGCTTAATTTTAATTAGGGAAT-TTTAAATTAATTTATTGTATGAC-TTTG-AT-AAATTTGGTTGGGGCGACAGAGGAATAT-------ATAAATCTTCCTTTAATAATTTG-AAAAATTTTTCTTGTAAAGGATCAATTTA-GGTGATATAGAGAAAAAGTTACCGTAGGGATAACAGGCTAATCTCTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGGGGGAT-GGCACCTCGATGTGGCCTTAGGGTATCCTGTAGATGTAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCACCCATTAAAATCCT Pseudomystides_limbata CCCGGTGAC-TTAGGTTTAACGGCCGCGGTACTCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCCCTTAATTAGGGGCTGGAATGAAGGGATATACTAAATTAATTCTGTCTCTTTTTTATT-T-ATAAAAATTGTTTTTTAGGTGAAGATTCCTAAATATTAATGAAAGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATT-TAAGGTTGGAAT-TTTAGATTAATTTACTTTTTTAC-TTAA-ATTAAATTTGGTTGGGGCGACAAGAGAATAA-------ATAAATCTTCTCTTAATGTAAAG-AGATATATCTCTTTTTATTGATCTATAAA-TATGATATAAAGAAATAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATCTTTTTGGAGAGTTCAAATTGATAAAAAGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAAGTATCCTGTAGATGTAGCAGTCTATAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAACTTT Pterocirrus_macroceros CCCGGTGATATTAA-TTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGGAGGCTGGTATGAATGGATATACGAGATTAACACTGTCTCTTTTTTACA-T-ATATAAATTAGTTTTCAGGTGAAGAAACCTGAATTATGATGAAGGACAAAAAGACCCTATTGAGCTTTATTTTTAACGGATAT--TTTTGATTCATTTACTTTATAAC-CT-A-ATAAAATTTGGTTGGGGCGACATAGGAATAA-------AAAAATCTTCCTTTTATTTAATG-AATT-TTTTTCTTTTAAATGATCTATTGA-GATGATAAAAAGAACTAGTTACCATAGGGATAACAGGCTAATTTTTCCAGAGAGTTCAAATTGACGGGAAAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATATCCTGTAGGTGTAGCAGTCTGCAAGGGTTGGTTTGTTCAACCATTAAAATTCT Sige_fusigera CCCAGTGA-ATATA--TTAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTCTTAATTAGGGGCTAGTATGAATGGATATATGAAATTAAAGCTGTCTCTTTTCTTTT-A-ATAAAAATTGTCTTACAGGTGCAGAGACTTGTATTTTAATGAAGGACAAAAAGACCCTATCGAGCTTTATCTTTAATGAGATAT-TTGTGATATATTTACTTTATAAC-TCTA-T-TAGATTTGGTTGGGGCGACAAAGAAATAT-------ATAAATCTTTCTTTATAATTTTG-AATAATATTTCTTACGGGTGATCTTAAT--AAAAGAAAGAAGAAATAGTTACCGTAGGGATAACAGGCTAATCCTTCCGGAGAGTTCAAATTGATGGGAGGGGTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAAGATATCCTATAGGTGTAGCAGCTTATAAGGGTTGGTTTGTTCATCCATTAAAATCTT ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8454; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Aglaophamus_malmgreni, 2 Lacydonia_eliassoni, 3 Notophyllum_foliosum, 4 Chaetoparia_nilssoni, 5 Nereiphylla_lutea, 6 Mystides_caeca, 7 Eteone_picta, 8 Paranaitis_wahlbergi, 9 Paranaitis_kosteriensis, 10 Phyllodoce_groenlandica, 11 Phyllodoce_longipes, 12 Eumida_sanguinea, 13 Eumida_arctica, 14 Sige_fusigera, 15 Eulalia_expusilla, 16 Eulalia_bilineata, 17 Eulalia_viridis, 18 Eulalia_mustela, 19 Pterocirrus_macroceros, 20 Protomystides_exigua, 21 Pseudomystides_limbata; TREE 18S_PA_3 = [&R] (1,(2,((((3,(4,((7,9),8))),((5,6),(((((12,14),13),(16,17)),18),((15,21),(19,20))))),10),11))); TREE 18S_PA_6 = [&R] (1,(2,(((((3,(4,((7,9),8))),(5,6)),((((((12,14),13),17),18),((15,21),(16,20))),19)),10),11))); TREE 18S_PA_5 = [&R] (1,(2,(((((3,(4,((7,9),8))),((((((12,14),13),17),18),((15,21),(16,20))),19)),(5,6)),10),11))); TREE 18S_PA_4 = [&R] (1,(2,((((3,(4,((7,9),8))),((5,6),((((((12,14),13),17),18),((15,21),(16,20))),19))),10),11))); TREE 18S_PA_2 = [&R] (1,(2,((((3,(4,((7,9),8))),((5,6),(((((12,14),13),17),18),(((15,21),(16,20)),19)))),10),11))); TREE 18S_PA_1 = [&R] (1,(2,((((3,(4,((7,9),8))),((5,6),(((((12,14),13),17),18),(((15,21),16),(19,20))))),10),11))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8460; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Aglaophamus_malmgreni, 2 Lacydonia_eliassoni, 3 Chaetoparia_nilssoni, 4 Eteone_picta, 5 Eulalia_bilineata, 6 Eulalia_expusilla, 7 Eulalia_mustela, 8 Eulalia_viridis, 9 Eumida_arctica, 10 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Notophyllum_foliosum, 11 Paranaitis_kosteriensis, 12 Paranaitis_wahlbergi, 13 Phyllodoce_groenlandica, 14 Phyllodoce_longipes, 15 Pseudomystides_limbata, 16 Pterocirrus_macroceros, 17 Sige_fusigera; TREE COI_BA = [&R] (1,2,(3,(((((4,11),12),5,(6,13),8,9,14,15,16,17),7),10))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8456; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aglaophamus_malmgreni, 2 Lacydonia_eliassoni, 3 Chaetoparia_nilssoni, 4 Eteone_picta, 5 Eulalia_bilineata, 6 Eulalia_mustela, 7 Eulalia_viridis, 8 Eumida_arctica, 9 Nereiphylla_lutea, 10 Notophyllum_foliosum, 11 Paranaitis_kosteriensis, 12 Paranaitis_wahlbergi, 13 Phyllodoce_groenlandica, 14 Phyllodoce_longipes, 15 Protomystides_exigua, 16 Pseudomystides_limbata, 17 Pterocirrus_macroceros, 18 Sige_fusigera; TREE 28S_PA_2 = [&R] (1,(2,(((3,10),(((4,11),9),((((5,15),16),(7,(13,14))),(6,((8,18),17))))),12))); TREE 28S_PA_1 = [&R] (1,(2,(((3,(((4,11),9),((((5,15),16),(7,(13,14))),(6,((8,18),17))))),10),12))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8461; LINK TAXA = 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Protomystides_exigua, 17 Pseudomystides_limbata, 18 Pterocirrus_macroceros, 19 Sige_fusigera; TREE 16S_PA_5 = [&R] (1,(2,(((((3,(11,12)),((4,13),(14,15))),(9,(10,19))),(((((5,6),7),16),17),8)),18))); TREE 16S_PA_6 = [&R] (1,(2,((((3,(((4,13),(14,15)),(11,12))),(9,(10,19))),(((((5,6),7),16),17),8)),18))); TREE 16S_PA_4 = [&R] (1,(2,((((3,(((4,13),(11,12)),(14,15))),(9,(10,19))),(((((5,6),7),16),17),8)),18))); TREE 16S_PA_12 = [&R] (1,(2,((3,(9,(10,19))),((((4,13),(11,12)),(14,15)),((((((5,6),7),16),17),8),18))))); TREE 16S_PA_11 = [&R] (1,(((((2,9),(10,19)),((3,(11,12)),((4,13),(14,15)))),(((((5,6),7),16),17),8)),18)); TREE 16S_PA_10 = [&R] (1,(2,((((3,(11,12)),((4,13),(14,15))),(9,(10,19))),((((((5,6),7),16),17),8),18)))); TREE 16S_PA_9 = [&R] (1,(2,(((3,(11,12)),(9,(10,19))),(((4,13),(14,15)),((((((5,6),7),16),17),8),18))))); TREE 16S_PA_8 = [&R] (1,(2,(((3,(((4,13),(14,15)),(11,12))),(9,(10,19))),((((((5,6),7),16),17),8),18)))); TREE 16S_PA_3 = [&R] 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