#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 13:21 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nozaki H., Matsuzaki R., Yamamoto K., Kawachi M., & Takahashi F. 2015. Delineating a New Heterothallic Species of Volvox (Volvocales, Chlorophyceae) Using New Strains of "Volvox africanus". PLoS ONE, 10(11): e0142632. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18363] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS 'Volvox africanus 2013-0703-VO4' Volvox_africanus_UTEX_1889 'Volvox africanus UTEX 1890, 1891' Volvox_africanus_UTEX_1892 Volvox_africanus_UTEX_1893 Volvox_africanus_UTEX_2907 Volvox_dissipatrix Volvox_ovalis 'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO1 VO2 VO3' Volvox_spermatosphaera Volvox_tertius ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Colemanosphaera_angeleri Colemanosphaera_charkowiensis Eudorina_cylindrica 'Eudorina elegans NIES-456' Eudorina_elegans_UTEX_1205 Eudorina_elegans_UTEX_1212 Eudorina_illinoisensis Eudorina_peripheralis_UTEX_1215 Eudorina_unicocca_UTEX_737 Platydorina_caudata Pleodorina_californica Pleodorina_indica Pleodorina_japonica Pleodorina_starrii Pleodorina_thompsonii 'Volvox africanus 2013-0703-VO4' Volvox_africanus_UTEX_1891 'Volvox aureus NIES-541' 'Volvox aureus NIES-891' 'Volvox aureus NIES-892' Volvox_barberi Volvox_carteri_f._kawasakiensis Volvox_carteri_f._nagariensis Volvox_carteri_f._weismannia Volvox_dissipatrix_Marb._2_RS_29 Volvox_dissipatrix_UTEX_2184 Volvox_gigas Volvox_globator Volvox_obversus Volvox_ovalis Volvox_powersii 'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO2' Volvox_rousseletii 'Volvox tertius NIES-544' Volvox_tertius_UTEX_132 'Yamagishiella unicocca NIES-872' Yamagishiella_unicocca_UTEX_2428 Yamagishiella_unicocca_UTEX_2430 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34415] TITLE Volvocales_five_chloroplast_genes; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=6021; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Colemanosphaera_angeleri TTACCCCACATTGCTACTTTAGGTTATGGTGTGGGTCCTGGTGGTGAAATTATTGATACATTCCCGTACTTTGTATCAGGTGTTTTACACTTAATTTCATCTGCTGTTTTAGGTTTTGGGGGTGTTTATCACTCACTAATTGGTCCTGAAACTTTAGAAGAATCATTCCCATTCTTTGGTTACGTTTGGAAAGACAAAAACAAAATGACTAACATTTTAGGTTACCACTTAATCATTTTAGGTCTAGGTGCATGGTTACTTGTTTGGAAAGCAATGTACTTTGGTGGCGTTTATGATACTTGGGCACCAGGTGGTGGAGACGTTCGTGTTATTACAAACCCAACAACAAATGCCGCTGTAATTTTTGGTTACCTTGTAAAATCTCCATTTGGTGGTGACGGTTGGATTTGTAGTGTTGATAATATGGAAGATATTATTGGCGGTCACATTTGGATCGGTACATTAGAAATTCTTGGTGGTATTTGGCACATTTATACAACTCCATGGCCATGGGCACGTCGTGCTTTTGTATGGTCAGGTGAAGCTTATTTATCATACAGTCTTGGTGCTATTTCGGTGATGGGTTTCATTGCTTGTTGTATTTCTTGGTTTAATAACACTGCTTATCCAAGCGAATTTTACGGTCCAACAGGTCCTGAAGCTAGCCAATCACAAGCATTTACTTTCCTTGTACGTGACCAACGTTTAGGTGCTAATGTTGCTTCTGCACAAGGTCCTACAGGTCTAGGTAAATATTTAATGCGTTCACCAACAGGTGAATGGTTCCAAAATGTTGAATCTATGTTAAACCACCACTTAGCAGGTCTTCTTGGTTTAGGTAGCTTAGCTTGGGCAGGTCACCAAATTCACGTTTCTTTACCAGTAAACAAATTATTAGACGCGGGCGTAGATCCAAAAGAAATCCCACTTCCTCATGATTTAATTTTAAACCGTGCTATTATGGCTGACTTATATCCTAGTTTTGCTAAAGGGATCGCACCTTTCTTCACTTTAAACTGGAGCGAATATAGCGATTTCTTAACATTTAAAGGTGGTTTAAATCCTGTTACAGGTGGTCTGTGGTTAAGTGATACAGCTCACCACCACGTAGCTATTGCTGTTTTATTCTTAGTAGCTGGTCACATGTACCGTACTAACTGGGGTATTGGTCACAGTATGCGTGAAATTTTAGAAGCTCACCGTGGTCCATTTACAGGTGAAGGTCACGTAGGTTTATATGAAATTTTAACAACTTCATGGCATGCTCAATTAGCTATTAACTTAGCATTATTTGGTTCATTATCAATTATTGTTGCGCACCACATGTACGCTATGCCTCCATACCCTTACTTAGCTACAGACTATGGTACACAGTTATCATTATTTACACACCATACTTGGATTGGTGGTTTCTGTATTGTTGGTGCTGGTGCTCACGCAGCTATTTTCATGGTTCGTGACTACGATCCTACAAATAACTATAACAATTTATTAGACCGTGTTATTCGTCACCGTGATGCTATCATTTCTCACTTAAACTGGGTTTGTATTTTCTTAGGTTTCCATAGCTTTGGTTTATACATTCATAACGATACTATGAGTGCTTTAGGTCGTCCTCAAGATATGTTCTCAGATACAGCAATTCAGCTTCAACCTGTTTTTGCTCAATGGATTCAAAATACGCATTTCTTAGCTCCTCAATTAACAGCGCCAAATGCTTTAGCTGCTACAAGTTTAACTTGGGGTGGTGATTTAGTAGCTGTTGGTGGTAAAGTAGCTATGATGCCTATTTCTTTAGGTACATCTGATTTCATGGTCCACCATATTCATGCTTTCACAATTCACGTAACTGTGTTAATTCTTCTGAAAGGTGTTTTATTTGCTCGTAGTTCTCGTCTTATCCCTGATAAAGCAAATTTAGGTTTCCGTTTCCCTTGTGATGGTCCTGGTCGTGGTGGTACTTGTCAAGTATCAGCATGGGACCATGTCTTCCTTGGTCTCTTCTGGATGTATAACAGCTTATCAATTGTTATTTTCCATTTTAGTTGGAAGATGCAATCTGATGTTTGGGGTACTGTAACAGCTTCTGGCGTATCTCACATTACAGGTGGTAACTTTGCACAAAGTGCTAATACTATTAATGGTTGGTTACGTGACTTCTTATGGGCACAATCATCACAGGTAATTCAATCGTATGGTTCAGCGTTATCTGCTTATGGTTTAATCTTCTTAGGTGCTCACTTTGTTTGGGCATTTAGTCTTATGTTCCTTACAGATCCTGTTCATATTCGTCCAATTGCTCACGCTATTTGGGATCCACACTTTGGTCAACCAGCTGTTGAAGCTTTTACACGAGGTGGTGCTTCTGGTCCAGTAAACATTGCAACTTCAGGTGTATACCAATGGTGGTATACTATTGGTATGCGTACAAACCAAGATTTATACGTAGGTTCAGTTTTCTTAGCTTTAGTATCAGCAGTTTTCCTTTTTGCAGGATGGCTTCATTTACAACCAAACTTCCAACCTTCACTTTCTTGGTTTAAAGATGCTGAATCTCGTTTAAATCACCACCTTTCAGGTTTATTTGGTGTAAGTTCATTAGCATGGACAGGTCACTTAGTACACGTAGCAATTCCTGAATCACGTGGTCAACATGTTGGGTGGGATAACTTCCTATCTGTTTTACCTCACCCACAAGGTTTAACACCATTCTTTACTGGTAATTGGGCAGCTTATGCACAAAACCCAGATACAGCTAGCCATGTTTTTGGTACAGCTCAAGGTTCTGGCCAAGCTATTTTAACTTTCTTAGGTGGTTTCCACCCACAAACACAAAGTTTATGGCTAACAGATATGGCTCACCACCACTTAGCAATTGCAGTAATTTTCATTGTTGCGGGTCATATGTACCGTACTAACTTTGGTATTGGTCACCGTATGCAAGCTATTCTTGATGCTCACATTGCACCTAGTGGAAATATGGGTGCTGGTCATAAAGGGTTATTTGACACAGTAAACAACTCTCTACACTTCCAATTAGGTTTAGCTTTAGCTTCAGTTGGTACTATTTGTTCATTAGTAGCACAACACATGTACTCATTACCACCTTATGCTTTCCAAGCAATTGATTTCACAACACAAGCAGCTCTATATACACACCACCAATATATTGCAGGTTTCATTATGTGTGGTGCATTTGCTCACGGTGCTATCTTCTTTATTCGTGATTATGATCCAGAACAAAACAAAGGTAATGTTTTAGCTCGTATGCTTGATCACAAAGAAGCTGTTATTTCTCACTTAAGCTGGGTTTCTCTATTTCTTGGTTTCCACACTTTAGGTCTTTATGTACATAACGATGTAATGTTAGCATTTGGTACGCCAGAAAAACAAATTTTAATTGAGCCTGTTTTTGCTCAATGGATTCAAGCGGCTCATGGTAAAGCTTTATATGGTTTTGATTTCTTATTATCATCAAAAACAAGTGCGGCTTTCTCTAATGGTCAAAGTCTATGGCTACCTGGTTGGTTAGAAGCTATTAACAACAATCAAAACTCATTATTCTTAACAATTGGTCCTGGTGACTTCCTTGTTCACCATGCTATTGCTCTTGGTCTTCACACTACAACTCTTATTCTTGTTAAAGGTGCTTTAGATGCTCGTGGTTCTAAGTTAATGCCTGATAAAAAAGATTTTGGTTACAGCTTCCCATGTGATGGTCCTGGCCGTGGTGGTACTTGTGACATTTCTGCTTATGATGCTTTCGTTTCTATGAACCCTACAGAAGGTTTAATGCGTGGTATGGAAGTAGTAGATACTGGTAAACCATTAAGTGTTCCTGTTGGTAAAGTTACTTTAGGACGTATTTTTAACGTTCTTGGTGAACCTGTAGATAACATGGGTAATGTTAAAGTTGAAGAAACATTACCAATTCACCGTACTGCTCCTGCTTTTGTTGACTTAGATACTCGTTTATCTATTTTTGAAACAGGTATTAAAGTTGTTGACCTTTTAGCGCCATACCGTCGTGGTGGTAAAATTGGTCTTTTTGGTGGTGCTGGTGTAGGTAAAACTGTTTTAATTATGGAACTTATTAATAACATTGCTAAAGCCCATGGTGGTGTTTCTGTTTTTGCGGGTGTTGGTGAAAGAACTCGTGAAGGTAATGACCTTTATACAGAAATGAAAGAATCTGGTGTTATTGTTGAAAAAAATTTATCTGATTCAAAAGTAGCTCTTGTTTATGGTCAAATGAATGAACCTCCAGGAGCTCGTATGCGTGTTGCATTAACAGCATTAACAATGGCTGAATATTTCCGTGATGTAAATAAACAAGACGTACTATTCTTCATTGATAATATTTTCCGTTTTGTACAAGCTGGTGCTGAAGTATCTGCTCTTTTAGGTCGTATGCCTTCTGCTGTAGGTTACCAACCAACTCTTGCTACAGAAATGGGTGGTCTTCAAGAACGTATTACTTCTACTAAAGATGGTTCTATTACATCAATTCAAGCTGTATATGTTCCAGCTGATGACCTTACTGACCCTGCTCCAGCTACTACATTTGCTCATTTAGATGCTACTACAGTACTTTCTCGTAACTTAGCTGCTAAAGGTATTTATCCGGCTGTAGATCCATTAGAATCAACTTCAACTATGTTACAACCATGGATTCTTGGTGAAAAACACTATGATTGTGCACAAAGTGTTAAAAAAACATTACAACGTTACAAAGAATTACAAGATATTATTGCAATTCTTGGTCTAGATGAATTATCAGAAGAAGATAGACTTATTGTATCTCGTGCTCGTAAAATCGAACGTTTCTTATCACAACCATTCTTTGTTGCCGAAGTATTTACAGGTTCACCTGGTAAATATGTATCACTAGCTGCTGGGTTCAAAGCCGGTGTAAAAGACTATCGTTTAACATACTACACACCTGACTACGTAGTAAAAGAGACTGATATTTTAGCAGCATTCCGTATGACTCCACAACC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Colemanosphaera_charkowiensis 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Eudorina_cylindrica TTACCTCACATTGCTACTTTAGGTTACGGTGTAGGTCCAGGCGGTGAAATTATTGATACATTCCCGTACTTTGTATCAGGGGTTTTACACTTAATTTCATCTGCTGTTTTAGGTTTTGGTGGTGTTTATCACTCACTAATTGGTCCTGAAACTTTAGAAGAATCATTCCCGTTCTTTGGTTATGTTTGGAAAGACAAAAACAAAATGACTAACATTCTAGGTTACCACTTAATCATTTTAGGTCTAGGTGCTTGGTTACTTGTTTGGAAAGCTATGTACTTTGGGGGTGTGTATGATACTTGGGCGCCAGGTGGTGGTGACATTCGTGTTATTACTAACCCAACAACAAACGCTGCTGTAATTTTTGGTTATCTAGTAAAATCTCCGTTTGGTGGTGACGGTTGGATTTGTAGTGTTGATAATATGGAAGATATTATCGGTGGTCACATTTGGATTGGTACATTAGAAATTCTAGGCGGTATTTGGCACATTTATACAACTCCATGGCCATGGGCACGTCGTGCGTTTGTATGGTCGGGTGAAGCTTATTTATCATACAGTCTTGCTGCGATTTCTATGATGGGTTTCATTGCTTGTTGTATGTCATGGTTTAACAACACAGCATATCCAAGCGAGTTTTATGGTCCAACGGGTCCTGAAGCAAGTCAATCACAAGCATTTACTTTCCTTGTACGTGACCAACGTTTAGGTGCTAACGTAGCATCTGCACAAGGTCCGACTGGTCTTGGTAAATATTTAATGCGTTCACCTACTGGTGAATGGTTCCAAAACGTTGAATCGATGTTAAATCACCATTTAGCAGGTCTTCTTGGTTTAGGTAGTTTAGCTTGGGCTGGTCACCAGATTCACGTATCTTTACCAGTAAATAAACTATTAGATGCTGGTGTAGATCCAAAAGAAATTCCTCTTCCTCATGATTTAATTTTAAACCGTGCTATTATGGCTGACTTATATCCAAGTTTTGCTAAAGGAATTGCACCGTTTTTCACTTTAAACTGGAGTGAATACAGTGATTTCTTAACATTTAAAGGTGGTTTAAACCCTGTAACAGGCGGTCTTTGGTTAAGTGATACGGCTCACCACCACGTAGCAATTGCTGTCTTATTCTTAGTAGCAGGTCATATGTATCGCACTAACTGGGGTATTGGCCACAGCATTCGTGAAATTTTAGAAGCTCATCGCGGTCCGTTTACAGGTGAAGGTCACGTTGGTTTATATGAAATTTTAACAACTTCATGGCATGCTCAATTAGCTATTAACTTAGCTTTATTTGGTTCATTATCAATCATCGTGGCTCATCATATGTATGCTATGCCTCCATACCCATACCTAGCAACTGACTATGGTACACAATTATCGTTATTTACACACCATACATGGATTGGTGGTTTCTGTATTGTTGGTGCAGGTGCTCACGCAGCTATCTTTATGGTTCGTGACTATGATCCTACAAATAATTATAACAACTTATTAGACCGTGTAATTCGTCACCGTGATGCTATTATTTCTCATTTAAACTGGGTTTGTATTTTCTTAGGTTTCCACAGCTTTGGTTTATACATCCACAATGATACTATGAGTGCTTTAGGTCGTCCTCAAGATATGTTCTCAGATACTGCAATTCAGCTTCAACCTGTTTTTGCGCAATGGATTCAAAATACACACTTCTTAGCACCGCAATTAACAGCCCCTAATGCTTTAGCTGCTACAAGTTTAACTTGGGGCGGTGATTTAGTAGCTGTTGGTGGTAAAGTAGCTATGATGCCAATTTCTTTAGGTACTTCGGATTTCATGGTTCACCACATCCACGCTTTTACGATTCACGTAACTGTGTTAATTCTTCTGAAAGGTGTTTTATTTGCTCGTAGTTCTCGTCTTATCCCAGATAAAGCTAACTTAGGTTTCCGTTTCCCTTGTGACGGTCCAGGTCGTGGTGGTACTTGTCAAGTATCTGCTTGGGACCACGTATTCCTTGGTCTGTTCTGGATGTACAACAGCTTATCTATTGTTATTTTCCACTTTAGCTGGAAGATGCAATCTGATGTTTGGGGTACTGTAACAGCTTCTGGTGTATCTCACATTACTGGTGGTAACTTTGCACAAAGCGCAAATACTATTAATGGCTGGTTACGTGATTTCTTATGGGCGCAATCTTCACAGGTAATCCAATCATACGGTTCAGCATTATCTGCTTATGGTCTAATCTTCTTAGGTGCGCATTTCGTTTGGGCATTTTCACTAATGTTCCTGACTGACCCTGTTCATATTCGTCCTATTGCTCACGCTATTTGGGATCCACACTTTGGCCAACCAGCAGTTGAAGCTTTCACACGTGGTGGTGCTTCTGGCCCAGTAAACATTGCAACTTCGGGTGTATATCAATGGTGGTACACTATCGGTATGCGTACAAATCAAGATTTATACGTGGGTTCCGTTTTCTTAGCTTTAGTATCAGCTGTTTTCCTTTTTGCAGGCTGGCTTCACTTACAACCAAACTTCCAACCGTCGCTTTCTTGGTTTAAAGATGCTGAATCACGTTTAAATCACCACCTTTCAGGTTTATTTGGTGTAAGTTCATTAGCATGGACAGGCCACTTAGTTCACGTAGCAATCCCTGAATCACGTGGTCAACATGTTGGTTGGGATAATTTCCTATCTGTTTTACCTCACCCGCAAGGTTTAACTCCTTTCTTTACTGGTAATTGGGCAGCTTATGCACAAAATCCAGATACTGCTAGCCATGTTTTTGGTACTGCTCAAGGTTCTGGGCAAGCTATTCTAACTTTTTTAGGGGGTTTCCACCCACAAACTCAAAGTTTATGGTTAACAGATATGGCTCACCACCACTTAGCAATTGCTGTAATCTTCATTGTTGCTGGTCATATGTACCGTACTAACTTTGGTATAGGTCACCGCATGCAAGCTATTCTTGACGCACACACGCCTCCAAGTGGCGGTTTAGGTGCTGGCCATAAAGGATTATTTGACACAGTAAATAATTCTTTACACTTCCAATTAGGTTTAGCTTTAGCTTCAGTTGGTACGATTTGTTCTTTAGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCACCATATGCTTTCCAAGCTATTGACTTCACAACTCAAGCAGCTCTTTACACACACCACCAATATATCGCTGGTTTCATTATGTGTGGTGCGTTTGCTCACGGTGCGATCTTCTTTATTCGTGACTACGATCCAGAACAAAACAAAGGAAACGTTCTAGCTCGTATGCTTGATCACAAAGAAGCAGTTATTTCTCACTTAAGCTGGGTTTCTTTATTTCTTGGTTTCCACACATTAGGTCTTTATGTACACAACGATGTAATGCAAGCATTTGGAACTCCAGAAAAACAAATTTTAATTGAACCTGTTTTTGCTCAGTGGATTCAAGCTGCTCAAGGTAAAGCTTTATACGGTTTTGATTTCTTATTATCTTCAAAAACTAGTGCTGCTTTCTCTAATGGTCAAAGTTTATGGTTACCTGGTTGGTTAGAAGCTATTAACAATAATCAAAACTCGTTATTCTTAACAATTGGCCCTGGTGACTTCCTTGTACACCACGCTATTGCTCTTGGTCTTCACACTACAACACTTATTCTTGTAAAAGGTGCTTTAGATGCTCGTGGCTCTAAACTAATGCCAGATAAAAAAGATTTTGGTTACAGCTTCCCATGTGACGGTCCAGGTCGTGGTGGTACTTGTGATATTTCAGCTTATGATGCTTTCGTTTCAATGAACCCTACTGAAGGTTTAATGCGTGGTATGGAAGTTGTAGATACTGGTAAACCATTAAGTGTTCCTGTAGGTAAAGTGACATTAGGGCGTATTTTTAACGTTCTTGGTGAACCTGTAGATAATATGGGTAATGTTAAAGTTGAAGAAACTTTACCAATTCACCGTACTGCTCCTGCTTTCGTTGATTTAGATACACGTTTATCAATTTTTGAAACTGGTATTAAAGTTGTAGACCTTTTAGCTCCATATCGTCGTGGTGGTAAAATCGGTCTTTTTGGTGGTGCTGGTGTTGGTAAAACGGTATTAATTATGGAATTAATTAACAACATTGCTAAAGCTCATGGTGGTGTTTCTGTTTTCGCTGGTGTTGGGGAAAGAACACGTGAAGGTAATGACCTTTACACAGAAATGAAAGAATCTGGTGTTATTGTTGAAAAAAATTTATCGGATTCAAAAGTAGCTTTAGTATACGGCCAAATGAATGAACCTCCAGGGGCTCGTATGCGTGTTGCTCTAACAGCATTAACTATGGCAGAATATTTCCGTGATGTAAATAAACAAGACGTATTATTTTTTATTGATAACATTTTCCGTTTTGTACAAGCTGGTGCTGAAGTATCTGCTCTTTTAGGTCGTATGCCTTCTGCTGTAGGTTACCAACCAACTCTTGCAACAGAGATGGGTGGTCTTCAAGAACGTATTACTTCAACTAAAGATGGTTCAATCACATCAATTCAAGCTGTATATGTTCCAGCAGATGACTTAACTGACCCAGCTCCTGCTACAACATTTGCTCACTTAGATGCTACAACAGTACTTTCTCGTAACTTAGCTGCTAAAGGTATTTATCCAGCTGTAGATCCACTAGAATCAACTTCAACTATGTTACAACCATGGATTGTTGGTGAAAAACATTACGATAGTGCACAAAGCGTTAAAAAAACATTACAACGTTATAAAGAATTGCAAGATATTATTGCAATTCTTGGTTTAGATGAATTATCAGAAGAAGATAGACTTATTGTTTCTCGTGCACGTAAAATTGAACGTTTCTTATCACAACCGTTCTTTGTAGCTGAAGTATTTACAGGTTCGCCTGGTAAATATGTTTCACTTGCTGCTGGGTTCAAAGCCGGTGTAAAAGACTATCGTTTAACATACTACACACCTGACTACGTAGTAAAAGATACTGATATTTTAGCAGCATTCCGTATGACTCCACAACC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'Eudorina elegans NIES-456' 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Eudorina_illinoisensis 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Pleodorina_californica 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Pleodorina_indica 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Pleodorina_japonica 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Pleodorina_starrii 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Pleodorina_thompsonii 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'Volvox aureus NIES-892' 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Volvox_barberi 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Volvox_carteri_f._nagariensis 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Volvox_obversus 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Volvox_ovalis 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'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO2' 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Volvox_rousseletii 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Volvox_tertius_UTEX_132 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Yamagishiella_unicocca_UTEX_2430 TTACCTCACATTGCTTCTTTAGGTTATGGTGTAGGTCCTGGTGGTGAAATTATTGATACATTCCCGTACTTTGTATCAGGTGTTTTACACTTAATTTCATCAGCTGTTTTAGGTTTTGGTGGTGTTTATCACTCACTAATTGGGCCAGAAACTTTAGAAGAATCATTCCCATTCTTTGGTTACGTTTGGAAAGACAAAAATAAAATGACTAATATTTTAGGTTACCACCTAATTATTTTAGGTCTAGGTGCATGGTTACTTGTTTGGAAAGCTATGTACTTTGGTGGTGTTTATGATACTTGGGCTCCAGGTGGTGGAGACGTTCGTGTTATTACTAAACCAACAACAAATGCTGCTGTAATTTTTGGTTACCTTGTAAAATCTCCATTTGGTGGTGACGGTTGGATTTGTAGTGTTGATAATATGGAAGATATTATCGGCGGTCACATCTGGATTGGTACTTTAGAAATTCTTGGTGGTATTTGGCACATTTATACAACTCCATGGCCATGGGCACGTCGTGCTTTTGTATGGTCAGGTGAAGCTTATTTATCATACAGTCTTGCTGCTATTGCTATGATGGGCTTCATTGCTTGTTGTATGTCTTGGTTCAACAACACTGCTTATCCAAGTGAATTCTATGGTCCAACTGGTCCTGAAGCAAGTCAATCACAAGCATTTACATTCCTTGTACGTGACCAACGTTTAGGTGCTAACGTAGCTTCTGCACAAGGTCCTACAGGTCTTGGTAAATATTTAATGCGTTCACCTACAGGTGAATGGTTCCAAAACGTTGAATCAATGTTAAACCACCATTTAGCAGGTCTTCTTGGTTTAGGTAGTTTAGGATGGGCTGGTCACCAAATTCACGTATCTTTACCAATAAACAAACTACTAGATGCAGGTGTAGATCCGAAAGAAATCCCACTTCCTCATGATTTACTTTTAAACCGTGCTATTATGGCTGACTTATATCCTAGTTTTGCTAAAGGTCTTGCACCTTTCTTCACTTTAAACTGGAGCGAATACAGCGATTTCTTAACTTTTAAAGGCGGTTTAAACCCTGTAACAGGTGGTCTTTGGTTAAGTGATACTGCTCACCACCACGTAGCAATTGCTGTTTTATTCTTAGTAGCTGGTCATATGTACCGTACTAACTGGGGTATTGGTCACAGTATGCGTGAAATTCTAGAAGCTCACCGTGGTCCATTCACAGGTGAAGGTCACGTAGGTTTATATGAAATTCTAACAACTTCATGGCATGCTCAATTAGCTATAAACTTAGCGTTATTTGGTTCATTATCAATTATCGTGGCTCATCACATGTACGCTATGCCTCCATACCCATACTTAGCAACTGACTATGGTACTCAATTATCATTATTTACACACCACACATGGATTGGTGGTTTCTGTATTGTTGGTGCAGGTGCTCACGCAGCTATTTTTATGGTTCGTGACTATGATCCTACTAATAACTATAACAACTTATTAGACCGTGTTATTCGTCACCGTGATGCTATTATTTCTCACTTAAACTGGGTTTGTATTTTCTTAGGTTTCCACAGCTTTGGTTTATACATTCACAACGATACTATGAGTGCTCTAGGTCGTCCTCAAGATATGTTCTCAGATACTGCAATTCAGCTTCAACCTGTTTTTGCTCAATGGATTCAAAATACTCACTTCTTAGCTCCACAATTAACAGCTCCGAATGCTTTAGCTGCAACAAGTTTAACTTGGGGTGGTGATTTAGTAGCTGTTGGTGGTAAAGTAGCTATGATGCCGATTTCTCTTGGTACTTCTGACTTCATGGTTCATCATATACATGCTTTTACAATTCACGTAACTGTATTAATTCTTCTAAAAGGTGTTTTATTTGCTCGTAGTTCTCGTCTTATCCCAGATAAAGCTAACTTAGGTTTCCGTTTCCCTTGTGACGGTCCTGGTCGCGGCGGTACTTGTCAAGTATCTGCATGGGACCACGTTTTCCTTGGTCTTTTCTGGATGTATAATAGCTTATCAATTGTTATTTTCCACTTCAGCTGGAAGATGCAATCAGATGTTTGGGGTACTGTTACAGCTTCGGGCGTATCTCACATTACTGGTGGTAACTTTGCACAAAGTGCAAACACTATTAACGGTTGGTTACGTGACTTCTTATGGGCACAATCATCACAAGTTATTCAATCATACGGTTCTGCTTTATCAGCATACGGTCTAATCTTCTTAGGAGCTCACTTCGTTTGGGCTTTCTCTTTAATGTTCCTTACGGACCCTGTTCATATTCGTCCTATTGCTCACGCTATTTGGGATCCACACTTTGGTCAACCAGCAGTAGAAGCTTTCACACGAGGCGGTGCTTCTGGCCCTGTAAACATTGCAACATCAGGCGTATATCAATGGTGGTACACTATTGGTATGCGTACAAACCAAGATTTATACGTAGGTTCTGTTTTCTTAGCTCTAGTATCTGCTGTTTTCCTTTTTGCAGGATGGCTTCACTTACAACCAAACTTCCAACCATCTCTTTCTTGGTTTAAAGACGCTGAATCGCGTTTAAATCACCACCTTTCAGGTTTATTTGGTGTAAGTTCACTAGCATGGACAGGCCATTTAGTACACGTAGCGATTCCTGAATCACGTGGTCAACACGTTGGTTGGGATAACTTCCTGTCTGTTTTACCTCACCCACAAGGATTAACTCCTTTCTTTACTGGTAATTGGGCAGCTTATGCACAAAACCCAGATACTGCTAGCCATGTTTTTGGTACTTCTCAAGGTTCTGGACAAGCTATTTTAACTTTCTTAGGGGGTTTCCACCCACAAACACAAAGTTTATGGCTAACAGATATGGCGCATCACCACTTAGCTATTGCTGTAATCTTCATTGTGGCTGGTCACATGTACCGCACTAACTTTGGTATAGGTCACCGTATGCAAGCTATTCTTGATGCTCACGTAGCACCAAGTGGAAATATGGGTGCTGGTCATAAAGGATTATTTGACACAGTAAACAACTCTTTACACTTCCAATTAGGTTTAGCTTTAGCTTCGGTTGGTACAATTTGTTCATTAGTAGCACAACATATGTACTCATTACCACCTTATGCTTTCCAAGCAATCGACTTCACAACACAAGCAGCTCTTTATACACACCACCAGTATATTGCCGGTTTTATTATGTGTGGTGCGTTTGCTCACGGTGCTATTTTCTTTATTCGTGACTACGATCCAGAACAAAATAAAGGTAACGTTCTAGCGCGTATGCTTGATCATAAAGAAGCAGTTATTTCTCACTTAAGCTGGGTTTCTTTATTCCTTGGTTTCCACACTTTAGGTCTTTACGTACATAACGATGTAATGCAAGCGTTTGGTACTCCAGAAAAACAAATCTTAATTGAACCTGTTTTTGCTCAATGGATTCAAGCCGCTCATGGTAAAGCTTTATACGGTTTTGATTTCTTATTATCATCAAAGACTAGTGCTGCTTTCTCGAATGGCCAAAGTCTATGGTTACCTGGTTGGTTAGAAGCTATTAACAACAATCAAAACTCTTTATTCTTAACAATTGGCCCTGGTGACTTCCTTGTTCACCATGCAATTGCTCTTGGTCTTCACACTACGACTCTTATCCTTGTTAAAGGTGCTCTAGATGCTCGTGGTTCTAAACTAATGCCAGATAAAAAAGATTTTGGTTACAGCTTCCCATGTGATGGTCCTGGTCGTGGTGGTACTTGTGACATTTCTGCTTATGACGCTTTCGTTTCTATGAACCCTACAGAAGGTTTAATGCGTGGTATGGAAGTTGTAGATACTGGTAAACCATTAACTGTTCCTGTAGGTAAAGTAACTTTAGGACGTATTTTTAACGTTCTTGGTGAACCTGTAGATAACATGGGTAATGTTAAAGTTGAAGAAACTTTACCTATTCACCGTACTGCTCCTGCTTTCGTTGACTTAGATACTCGTTTATCAATTTTTGAAACAGGTATTAAAGTAGTTGACCTTTTAGCTCCATACCGTCGTGGTGGTAAAATTGGTCTTTTTGGTGGTGCAGGTGTAGGAAAAACGGTACTTATTATGGAACTGATTAACAATATTGCTAAAGCTCATGGTGGTGTTTCTGTTTTTGCTGGTGTAGGTGAAAGAACACGTGAAGGTAATGACCTTTACACAGAAATGAAAGAATCTGGAGTTATTGTTGAAAAAAACTTATCTGATTCAAAAGTAGCTCTTGTGTACGGACAAATGAACGAACCTCCCGGTGCTCGTATGCGTGTTGCTTTAACAGCATTAACAATGGCTGAATATTTCCGTGATATTAATAAACAAGACGTTTTATTCTTCATTGATAACATTTTCCGTTTTGTACAAGCTGGTGCTGAAGTATCTGCTCTTTTAGGTCGTATGCCTTCTGCTGTAGGTTACCAACCTACTCTTGCAACAGAAATGGGTGGTCTTCAAGAACGTATTACTTCAACAAAAGATGGATCAATTACTTCAATTCAAGCAGTTTATGTTCCAGCAGATGACCTTACAGACCCTGCTCCAGCTACGACATTTGCTCACTTAGATGCAACTACTGTACTTTCTCGTAACTTAGCTGCTAAAGGTATTTATCCTGCTGTAGACCCATTAGAATCAACTTCTACTATGTTACAACCATGGATTGTTGGTGAAAAACACTATGATAGTGCACAAAGCGTTAAAAAAACATTACAACGTTACAAAGAATTACAAGACATTATTGCAATTCTTGGTTTAGATGAATTATCTGAAGATGATAGACTTATCGTTTCTCGTGCACGTAAAATTGAACGTTTCTTATCACAACCTTTCTTTGTTGCTGAGGTTTTCACGGGTTCACCTGGTAAATATGTTTCACTTGCTGCTGGGTTCAAAGCCGGTGTAAAAGACTATCGTTTAACATACTACACACCTGACTACGTAGTAAAAGATACTGACATTTTAGCTGCATTCCGTATGACTCCACAACCAGGTGTTCCACCTGAAGAATGTGGTGCTGCAGTAGCTGCTGAATCTTCAACAGGTACATGGACAACAGTATGGACTGACGGTTTAACAAGTCTTGACCGTTACAAAGGTCGTTGTTATGACATCGAGCCAGTTCCAGGTGAAGACAACCAGTACATCGCTTATGTTGCTTACCCAATCGATTTATTCGAAGAAGGTTCAGTAACAAACATGTTCACTTCGATTGTAGGTAACGTATTCGGTTTCAAAGCTCTACGTGCTTTACGTCTTGAAGATCTTCGTATTTCAGCTGCTTATGTTAAAACATTCCAAGGTCCACCACACGGTATCCAGGTTGAACGTGACAAACTAAACAAATATGGTCGTGGTCTTTTAGGTTGTACAATCAAACCTAAATTAGGTCTTTCAGCTAAAAACTACGGTCGTGCTGTTTACGAATGTTTACGTGGTGGTTTAGACTTTACTAAAGATGACGAAAACGTTAACTCACAACCATTCATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTTTTCACAGCTGAAGCTATTTACAAATCACAAGCAGAAACAGGTGAAGTTAAAGGTCACTACTTAAACGCTACTGCTGGTACATGCGAAGAAATGTTAAAACGTGGTCAGTGTGCTAAAGAATTAGGTGTACCTATTATTATGCATGACTACTTAACAGGTGGTTTCACAGCTAACACTACATTAGCTTCTTACTGCCGTGACAATGGTCTTCTTCTTCACATTCACCGTGCTATGCACGCGGTTATTGACCGTCAACGTAACCACGGTATCCACTTCCGTGTTCTTGCTAAAGCTCTTCGTATGTCAGGTGGTGACCACCTTCACTCAGGTACTGTTGTAGGTAAACTTGAAGGTGAACGTGAAGTTACTCTAGGTTTCGTAGACTTAATGCGTGATGACTATGTTGAAAAAGACCGTAGCCGTGGTATTTACTTCACTCAAGACTGGTGTTCAATGCCGGGTGTTATGCCAGTTGCTTCTGGTGGTATCCACGTATGGCAC ; END; BEGIN SETS; CHARSET psbC (CHARACTERS = Volvocales_five_chloroplast_genes) = 1-780; CHARSET rbcL (CHARACTERS = Volvocales_five_chloroplast_genes) = 4894-6021; CHARSET atpB (CHARACTERS = Volvocales_five_chloroplast_genes) = 3766-4893; CHARSET psaB (CHARACTERS = Volvocales_five_chloroplast_genes) = 2272-3765; CHARSET psaA (CHARACTERS = Volvocales_five_chloroplast_genes) = 781-2271; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34416] TITLE Volvocales_ITS2; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=646; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Volvox africanus 2013-0703-VO4' ---TTGT--CC---CTCACGAAACGG---G-AGA-A----GAGCTC-TGG-TGCTC-----T----CTGCTCT----CCGTCAC-GTGGATCTGGCTATCCCAGC-------------------CCCGT-AGCCCCTGC-------GGAT-----------GTGGGG-GGT---GCACA------------------------GCTGGGTTCGCTAAAG--TGATGATGCTAGACTCTGTGGA-CCGCTGAA--CGAGTCTCTACTAGGTAGTGTAGGCGAGGCAAGTAATGTGTATTATTCTAACGTCATA-----CGG---TACACTGTACATGTCATG-TGGATGTGTACATGTACTTGTATGCACTGTTATACATATAATACCATACATG-TATGCCTTTGCTC----T--AT-CT---GAATAGTGGATGGCTTG---GG-C-CC--AC-TGT-GTTTGGCACACAATAAGCAGGGGAGGCGTGCTGTATGTATGAGTGTATGATATATATGTAGGATGAGATCAGATATGA--GGAATCATATCTGTATTCCTAT---ACGTG-CAT-ACACGTA-TAT-AT---ATGTACAC-GT--GCCTTGTA----CACAAG-TTCA-A-----TA--CCACTC-- Volvox_africanus_UTEX_1889 GTCATATCACA----TCACA------------------------TCCACG---------------------------------T-GTGGATATGGCTGTCCCAGC----------------------TCGAGTGTACAT---------TTTCAC-------ATGTAT-ATTATAGG---------------------------GCTGGGTCGGCTGAAG--CGAAGATGTTGAAC-C-GTGGA-CCACTCAATGGGGGCCTCTGCTGGGTA--GTTGGC-AG-CAATATATATGGTATATCGTA----CATATATCTCGTATATACA---TATGCAT-ATGATC-GTGTATA--TGCACAGGTG-----TATTATGTATTATTTAC-ATATACATTTT--CT--GCTCTTTAT--AT-CTTTTGAA-AGCAGAT-GCCCT---GG-C-CC--A-ATAC-GTTCGGCACACAACAAACAGGAGGTGTGGTATATAAATATGA-TGTCAT---TATTATTAT--TGG----TGTTACTATCCTAA--ATGACG-TAT--ATAA---TAATA-ATGTACAC-TA-TATGATAAAATAT-ACCTGTACGCGTA----------ACA-A--AAACATTTTA--CC------ 'Volvox africanus UTEX 1890, 1891' CT-TT----CC---TTCACCATATTGCA-A-AGAGGGGGCGATC-AATA---GATTATCCCTCGATATACT-T--TGCA-TGTG-GTGGATGTGGCCGTCCCAGC-----------------ATGTGGT-CATTCTTCC---------TTTG---------GGGTGATATG---AC-TC--GT---------------------CTGGGTTGGCTGAAG--TGTAGATGCTGAACT--GTGGA-CCGTTATA--TGGGCCTCTACTAGGTA-----GGCAA-----------------------------------------------------TGA-ATT-A--TGTT----------------------------------------------------TT-GCT-----TTGAC-CT---TAC-AGTAGATGGCTCA---GG-A-GC--ACAAG--GTTCGGTT--GAATGCGCAGGA----------------------------------------------------------ATAC--------------------------------------------------------------TTTTGCTTTTGCACAAG-TACAGA--TAATATGATAATTTA Volvox_africanus_UTEX_1892 -----GT--CC---TTCACGCAACGG---A-AGA-A----GAGCTCAAAGCTGCTT-----T------GCTGT----CCGTCAC-GTGGATATGGCTATCCCAGC-------------------CCCGT-AGCCCCTTC-------GGATGTAA-------GAGGGG-G-T---GCACA------------------------GCTGGGTTTGCTAAAA--TGATGATGTTGGACTCTGTGGA-CCGCTTAA--CGAGTCTCTACTAGGTAGT----GC-AGGCAAGACAT------------------------------------------ATATACTC---TATAT------------------------------------------ATGATATGCCTATGCTC----T--AT-CT---GAATAGTGGAT-GCTTG---GG-C-CC--AC-TGT-GTTTGGCACACAAAAGGCAGGAGAGGTGTTGTGT----ATG---ATATGAT-GATCGATAT----------GGTAAGAT-AGTGTCTTACCT------ATATATATGATCTAAT-AT---CGGT--------ACAC-GAC-GC--CTTCA-------CCCACA-A--A-AGAAGATA---CACTC-- Volvox_africanus_UTEX_1893 -----GT--CC---CTCACGAAACGG---G-AGA-A----GAGCTC-TGG-TGCTC-----T----CTGCTCT----CCGTCAC-GTGGATCTGGCTATCCCAGC-------------------CCCGT-AGCCCCTGC-------GGAT-----------GTGGGG-GGT---GCACA------------------------GCTGGGTTCGCTAAAG--TGATGATGCTAGACTCTGTGGA-CCGCTGAA--CGAGTCTCTACTAGGTAGTGTAGGCGAGGCAAGTAATGTGTATTATTTTAACGTCATA-----CGG---TACACTGTACATGTCATG-TGGATGTGTACATGTACTTGTATGCACTGTTATACATATAGTACCATACATG-TATGCCTTTGCTC----T--AT-CT---GAATAGTGGATGGCTTG---GG-C-CC--AC-TGT-GTTTGGCACACAATAAGCAGGGGAGGCGTGCTGTATGTATGAGTGTATGATATATATGTAGGATGAGATCAGATATGA--GGAATCATATCTGTATTCCTAT---ACGTG-CAT-ACACGTA-TAT-ATT--ATGTACAC-GT--GCCTTGTA----CACAAG-TTCA-A-----TA--CCACTC-- Volvox_africanus_UTEX_2907 CT-TT----CC---TTCATCATATTGCA-A-ACAGGGGGCGATC-AATA---GATTATCCCTCGATATACT-T--TGCA-TGTG-GTGGATGTGGCCGTCCCAGC-----------------ATGTGGT-CATTCTTCC---------TTTG---------GGGTGATATG---AC-TC--GT---------------------CTGGGTTGGCTGAAG--TGTAGATGCTGAACT--GTGGA-CCGTTACA--TGGGCCTCTACTAGGTA-----GGCAA-----------------------------------------------------TGA-ATT-A--TCTT----------------------------------------------------TT-GCT-----TTGAC-CT---TAC-AGTAGATGGCTTA---GG-T-GC--ACAAG--GTTCGGTT--GAATGCGCAGGA----------------------------------------------------------ATAC--------------------------------------------------------------TTTTGCTGTTGCACAAG-TATACAAGTAATATGGTAATCTA Volvox_dissipatrix -AAAAC---------TCGCC--TGTTTGTACA-------------CTC-TGT------------------TGT-ACACACACGT-GCGGAACTGGCTGTCTCAGCA-----------------------------------------TATATT-------------------------------------------------TGCTGGGTCAGCTGAAGTATGCAGCTGTTGATG-C-ATGGACCCGCTATA--TGGGCCTCTACTGGGTA-----GGCAA---------------------------------------------------------TTGATT---------------------------------------------------------TT-GCT-GTCAT--GCTTT-------AGTAGATGGCCTA---GGAT-CTGTGT--G--TATCAGCA--CAA--AACAGGA-AACACC-----------------------------------------------GA--CTC-G-TC--------------------------------------------------GG-TGTT--------------CAAC-TATT--------ACT-TTAT--C Volvox_ovalis -TATACCCTCACACCCCACA------TACACAT-------GCAT----ATG-GTGC-------------ATGTGGTG------T-GTGGACATGGCTGTCTCGGTGCGTCATATGCTGCATGAACCTCC-TGCGTTATGC---GC----TTGT--GC---TCGTAAT-GCA---AT-GGCATTCATGAAGCATATG-ACCTGTGCTGGGTTGGCTGAAG--AACAGCTGCTGTAC-C-ATGGA-CCAAACAA--CAGGTCTCTACTAGGTA-----GGCAA---------------------------------------------------------TCCCTT---------------------------------------------------------TT-GCT---GC---ACTTT-------AGTAGAAGATTTG---GG-TGCT--GT-----GTGCGGCT--CAA--AGCAGGA-GTGCTT--------------------------------------------------CCTCAGC----------------------------------------------------AA-GCAC-TAC---------ACAACCTC--------------ATATATC 'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO1 VO2 VO3' AT-ATAT-ACC----TCATT-----GCA-A-AGA-TGAA-TATC-AATATC-GATA--TCCT-----T-CT-TCTTGC-----ATGTGGATATGGCCGTCCCAG------------------------------------------GTTTTGA---------------------------------------------------CTGGGTTGGCTGAAA--CGTAGATGCTGAACT--GTGGA-CCGCTATATATGGGCCTCTACTAGGTA-----GGCAA-----------------------------------------------------TGA-AAT-T--ACCT----------------------------------------------------TT-GCT-----CTGAC-CT---TAC-AGTAGATGGCTTGGTGGG-T-GC--ACAAGTTGTTCGGTT--AAATGAGCAGGA----------------------------------------------------------ATAC--------------------------------------------------------------TTTTGCTATA--------TATACA----ATAT-----TATA Volvox_spermatosphaera ---TACCC-------TCACA--CCCC--CAC-------------TTTCATGT-------------------GT-G-AT--G--T-GTGGATCTGGCTGTCTCAGTACATCATGCT--ACGTGAACGTCT-TGTATGATGCATAGCA--ACA---TGCATAGCATCAT-GCA---ACAAC-ATTTGCG--GTACATGAATG-GCGCTGGGTTGGCTGAAG--TACAGCTGCTGTAC-C-ATGGA-CCATACAA--CAGGTCTCTACTAGGTA-----GGCAA---------------------------------------------------------TAAC-----------------------------------------------------------TT-GCT---AC---ACTTT-------AGTAGAAGACTTG---GG-TGCT--GT-----GTACGGCA--CAA--AGCAGGA-ATGCTT--------------------------------------------------CTTTTGC----------------------------------------------------AA-GCAT-GTC---------A-AAC-TC--------------ATAT--C Volvox_tertius -TATACCCCCTC---TCACA--C--CT-TAC--------------ATA-T---------------------GT-G-AT--G--T-GTGGATCTGGCTGTCTCAGTTG-TCATGTT-----TGATGTAAT-TGTGTTACG--------TATT----------TGTGAT-GCA---AT-TC--ATTA------ACGTG-AGATGCGCTGGGTTGGCTGAAG--TGCAGCTGCTGTAC-C-ATGGA-CCATACAA--CAGGTCTCTACTAGGTA-----GGCAA---------------------------------------------------------TCAC-----------------------------------------------------------TT-GCT-GAAC---GCTTT-------AGTAGACGACTTG---GG-TGCT--GT-----GTACAGCA--CGA--AGCAGGA-ATGCTT--------------------------------------------------GTTT-GC----------------------------------------------------AA-GCAT-GCC---------A-TAC-TT--------------ATAT--C ; END; BEGIN TREES; TITLE Volvocales_five_chloroplast_genes; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Volvox_powersii, 2 Volvox_dissipatrix_Marb._2_RS_29, 3 'Volvox tertius NIES-544', 4 'Volvox aureus NIES-541', 5 Volvox_carteri_f._kawasakiensis, 6 Volvox_dissipatrix_UTEX_2184, 7 Pleodorina_californica, 8 Pleodorina_japonica, 9 Eudorina_unicocca_UTEX_737, 10 Eudorina_cylindrica, 11 Eudorina_elegans_UTEX_1205, 12 'Eudorina elegans NIES-456', 13 Eudorina_illinoisensis, 14 Eudorina_peripheralis_UTEX_1215, 15 Pleodorina_indica, 16 Eudorina_elegans_UTEX_1212, 17 Volvox_tertius_UTEX_132, 18 Volvox_gigas, 19 Volvox_africanus_UTEX_1891, 20 'Volvox aureus NIES-892', 21 Volvox_carteri_f._weismannia, 22 Volvox_carteri_f._nagariensis, 23 Volvox_obversus, 24 'Volvox aureus NIES-891', 25 Pleodorina_starrii, 26 Volvox_ovalis, 27 Pleodorina_thompsonii, 28 'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO2', 29 'Volvox africanus 2013-0703-VO4', 30 Volvox_barberi, 31 Volvox_globator, 32 Volvox_rousseletii, 33 Colemanosphaera_charkowiensis, 34 Colemanosphaera_angeleri, 35 Platydorina_caudata, 36 Yamagishiella_unicocca_UTEX_2428, 37 Yamagishiella_unicocca_UTEX_2430, 38 'Yamagishiella unicocca NIES-872'; TREE Fig._2 = [&R] (((((33:0.01995,34:0.03499)1.000:0.03911,35:0.09333)1.000:0.07331,(31:0.06311,(32:0.02173,30:0.01118)1.000:0.01708)1.000:0.19307)1.000:0.03515,(38:0.07013,(36:0.06847,37:0.07782)1.000:0.02438)1.000:0.03371):0.01005,((11:0.10712,12:0.07244)1.000:0.07312,((27:0.12063,((9:0.01205,14:0.01892)1.000:0.04133,((16:0.05693,(1:0.02548,18:0.01974)1.000:0.054)1.000:0.02446,((10:0.01076,13:0.0188)1.000:0.04063,(15:0.03954,25:0.04086)1.000:0.03218)0.994:0.0059)0.999:0.00721)1.000:0.01012)0.971:0.00907,(((7:0.01622,8:0.00717)1.000:0.04518,(20:0.01158,(4:0.00548,24:0.00637)0.934:0.00197)1.000:0.09116)1.000:0.02615,((23:0.04192,(22:0.01554,(5:0.00511,21:0.00706):0.0)1.000:0.01962)1.000:0.01547,((29:0.00498,(28:0.00249,19:0.00379)1.000:0.01497)1.000:0.04442,((6:0.02196,2:0.01562)1.000:0.06967,(26:0.03724,(3:0.00254,17:0.00604)1.000:0.02958)1.000:0.04513)1.000:0.0117)1.000:0.01588)0.949:0.00421)1.000:0.01591)0.950:0.01188):0.08158)1.000; END; BEGIN TREES; TITLE Volvocales_ITS2; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Volvox africanus UTEX 1890, 1891', 2 Volvox_africanus_UTEX_2907, 3 'Volvox reticuliferus 2013-0703-VO1 VO2 VO3', 4 Volvox_africanus_UTEX_1893, 5 'Volvox africanus 2013-0703-VO4', 6 Volvox_africanus_UTEX_1892, 7 Volvox_africanus_UTEX_1889, 8 Volvox_dissipatrix, 9 Volvox_tertius, 10 Volvox_spermatosphaera, 11 Volvox_ovalis; TREE Fig._3 = [&R] ((8:0.46784,((11:0.22208,10:0.05851)0.7070:0.08532,9:0.07284)0.9080:0.32503):0.35823,((7:0.48438,(6:0.16664,(4:9.7E-4,5:0.00343)0.9690:0.11729)0.8060:0.24342)0.7930:0.24793,((1:0.03556,2:0.00742)0.7690:0.08888,3:0.08747)0.9510:0.28242):0.31177)0.9950; END;