#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 16, 2024; 16:05 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nygren A., & Pleijel F. 2007. A new species of Myrianida (Syllidae, Polychaeta) from Belize. Zootaxa, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1851] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Epigamia_alexandri Epigamia_macrophtalma Epigamia_magna Epigamia_noroi Myrianida_australiensis Myrianida_brachycephala Myrianida_convoluta Myrianida_dentalia Myrianida_edwarsi Myrianida_flava Myrianida_gidholmi_sp._n._spm_1 Myrianida_gidholmi_sp._n._spm_2 Myrianida_hesperidium Myrianida_inermis Myrianida_irregularis Myrianida_langerhansi Myrianida_pachycera Myrianida_pentadentata Myrianida_pinnigera Myrianida_prolifera Myrianida_quindecimdentata Myrianida_rubropunctata Proceraea_aurantiaca Proceraea_cornuta Proceraea_hanssoni Proceraea_nigropunctata Proceraea_okadai Proceraea_paraurantiaca Proceraea_picta Proceraea_pleijeli Proceraea_prismatica Proceraea_rubroproventriculata Proceraea_scapularis Procerastea_nematodes Virchowia_clavata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2001] TITLE Morphology; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=27; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 A B C D" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 ] [ . . . . ] Epigamia_alexandri 0012{34}111100000000{12}{9BC}120121{34}0 Epigamia_macrophtalma 00013401100011000{12}A24022010 Epigamia_magna 0012{56}11{12}{12}000000001D0?00??40 Epigamia_noroi 201{12}{34}11110000000018111120{23}0 Myrianida_australiensis 00015111100011000{12}30?001123 Myrianida_brachycephala 0001{34}11{23}3001110001{57}120021{23}3 Myrianida_convoluta 0001{34}1011000110002{123}0?0011{12}3 Myrianida_dentalia 0001{567}1023121110001{79B}232021{34}? Myrianida_edwarsi 1001{234}10{12}{12}000110001{579}0?0021{23}3 Myrianida_flava 0001{67}1122000110001{357}350020{34}? 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Myrianida_australiensis 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Myrianida_brachycephala 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Myrianida_edwarsi 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Myrianida_langerhansi 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Proceraea_scapularis AGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAA-GCCATGCATGTCTAAGTACAGGCCTG--TACACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTATATCAGTTGTGGTTCCTCAGATCGTTGACTTGAACAGTTGTGGATAACTGTAG-TAATTCTAGAGCTAATACATGCGACG-ATACTCTGCTC-CGCGAGGAGAGGAGTGCTTTTATTAGACAAAAACCAACGGGTTCTCGTTCG-CGGCGGCGGTCGCGTCGTTTCCGTTCACGCGGGGCGGCGTGCCTCGTCG-CGACGGCTC-GCAAATCGAATGGTGACTCTGGATAACTTTGGGCTGATCGCACGGCCTCGGCGCCGGCGACGTATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTGTCGAAGGTAAGCGCTATGCCTACCTTGATTTTAACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAACTAACAATACGGGACTCTTTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCACTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGCAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGG---C-GCCGGCGGCGGTGCGGA----TC-CATGTCCGT--CGACTGCCGTCG-GCGCCTA-AACGGCGG---GACGCGGCGGGTGCCCTTAGCTGGGTC--GCCCGCGGCACCCGCCCGATTTACTTTGGAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGCACGCGTGCCTGGATAACGTTGCATGGAATAATGGAATAGGACCA-CG-GATCCTGTTTTGTTGGCTGT-CGGAGAGCGTGGTAATGATTAACAGGGACTGCCGGGGGCATTCGTATTGCGGCGCGAGAGGTGAAATTCTAAGACCGTCGCAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCA-TTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCGACTAGCGATCGGCCGGCGTTGTTTCAATGACCCGGCCGGCAGCCA-CCGGGAAACCA-AAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGCGAAAACTCATCAGGCCAGGACGCCGCGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTCTCCTGCTAAATAGTGCGCCGGTGCGGCTCGTCGCTCGCCGGCGCCCCGAA--AAACACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGCTCAGCCACACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGAGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGTAATCAGCGTGCG--ACGATCCTGGCCCGAAAGG-GCGGGTAATCCGCTGAACCTACTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGCAATTGTTGCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGACCCTCGG-----ATTCGTCCCGGCGCCGGCGGCCATCGCGTGCCGCC-GCGC-CGCGGTC-GCGAAGAAGACGGTCGAACTTGATCATTTAAGCTTATTGGAATC--CA-ATAATAAGTATTTTCTGCCCAGTGAAGT-G-TTAAACGGCCGCGGTACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGGAG-GCTTGTATGAATGAATAAACAC-TAATCTTCCTTTCCCATACGTAACA-ATAAAAATTATTCTTCAGGTGAAGAAACCTGAATTCTATAAAAAGACAAGAAGACCCTATCAAGCTTTATATTTTAATAAACCAC--TTTTATAA-AATATTTGGTTGGGGCGACTAATGGGG-TTAATATTCCCCCATAAC---CATAATGACCTATACTTCTCTACAACTTAATTATCTAAAACAATAAAGCTACTGTAGGGATAACAGGCTAATACTTTCTAAGAGTTCAAATTAAAGAAAGTGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGCCCCTTCCC-CCTGCAGAAGGGGGGGTA-GGTAGTTTGTTCAACTATTAAATTCCT Procerastea_nematodes ATTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAA-GCCATGCATGTATAAGTACTGGCCTG--TACACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTATATCAGTTGTGGTTCCTCAGATCGTTGA----AACAGTTT-GGATAACTGTAG-TAATTCTAGAGCTAATACATGCGACG-ATACTCTGCTC-CGCGAGGAGAGGAGTGCTTTTATTAGACTAAAACCAACGGGTGC--------GGCGCGCGCAGGTCCCTC-----CGCGGGCCGGCCGTCGTGCTCT-----CGGTG--------------ATGGTGACTCTGGATAACTTTGGGCTGATCGCACGGCCTTCGTGCCGGCGACGTATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTGTCGAAGGTAAGCGATCTGCCTACCTTGATTTTTACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAACTAACAATACGGGACTCTTTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTACTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGCAGCGTATACTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGG---{CG}CGCCGGCGGCGGTGCGGA----CG-CACGTCCGT--CGACTGCCGTCG-GCGCCTA-ACCGGCGG---GCCGTGCCGGGTGCCCTTAGCTGGGTC--GCCCGCGACACCCGCCCAATTTACTTTGGAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGCCAG--TGCCTGAATAACGTTGCATGGAATAATGGAATAGGACCA-CGCGCCCTATGTTTGTTGGTTCA-CGGACAGTGTGGTAATGATTAACAGGGACTGCCGGGGGCATTCGTATTGCGGCGCGAGAGGTGAAATTCTAAGACCGT-GCAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCA-TTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCGACTAGCGATCGGCCGGCGTTGTTTCAATGACCCGGCCGGCAGCTC-CCGGGAAACCA-AAGTGTCTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGCGTACCCTATCAGGCCAGGACAGCGCGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGACCTGCTAACTAGTGCGTCGGTGCC--TCTGTGCACGCCGGCGATC----------ACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGCTTAGCCACACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGAGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGCAATCAACGTGCG--ACGATCCTGGCCCGAAA{AG}GGCGGGGTAATCCGCTGAACCTGTTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGCAATTGTTGCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCACAAGTCATCAGCTTGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGACCCTCGG-----ATTCGTCCCGGCGCCGG{CG}GG--TTCT----CCGCT-GCGC-CGCGGTC-GCGAAGAAGACGGTCGAACTTGATCATTTAAGCTTATTGACATT--AT-ATAATAAGTAATTTCTGCCCAGTGATATTATTTCAACGGCCGCGGTACCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGCCTTTTTATTGGAG-GCT{AT}GAATGAATGAATAAACAA-GGATTTTACTCTCCCTTATATTACA-ATAAAAATTATTCTTTAGGTGAAAAAACCTAAATTCAAAAAAAAGACAAGAAGACCCTATCAAGCTTAATATTTATAAAATCTTA--TTTATTT-AAATATTTGATTGGGGAGATTAATGGAG-TTAATATTCCTCCACTAT---AAAAAAGAAAAATTTTTCTTAAAA-TTTAATAATTTAATATAATAAAGCTACTGTAGGGATAACAGGCTTATATCTTCCTAGAGTTCAAATTAAAGAAGATGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGGTCCCTAAAA-TTTGCAGTAAAATTTC-AAGG{GT}AGTTTGTTCAACTATTAAACCCCT Virchowia_clavata AGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAA-GCCATGCATGTCTAAGTACAGGCCTG--TACACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTATATCAGTTGTGGTTCCTCAGATCGTCAA----CACTGTT--GGATAACTGTAG-TAATTCTAGAGCTAATACATGCAACC-ATACTCTGCTC-CGCGAGGAGAGGAGTGCTTTTATTAGACTAAAACCAACGGGTTC--------GGCCCGTC--GGCCTTCG-----CGTCGGC--GGCGCCG-GCTCT-----CGGCG--------------ATGGTGACTCTGGATAACTTTGGGCTGATCGCACGGCCTCTGCGCCGGCGACGTATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTGTCGAAGGTAAGCGACCTGCCTACCTTGATTGTTACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAACTAACAATACGGGACTCTTTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTACTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGCAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTCGGG---CCGCCGGCGACGGTGCGGA----TC-CATGTCCGT--CGACTGTCGTCG-GCGCCTGTACCGGCGG---GACGCGGCGGGTGCCCTTAGCTGGGTC--GCCCGCGGCACCCGCCCCGTTTACTTTGGAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGCCAG--TGCCTGAATAACGTTGCATGGAATAATGGAATAGGACCA-CGCATCCTAT-TTTGTTGGTTAA-CGGAGAACGTGGTAATGATTAACAGGGACTGCCGGGGGCATTCGTATTGCGGCGCGAGAGGTGAAATTCTAAGACCGTCGCAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCA-TTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCGACTAGCGATCGGCCGGCGTTGTTTCAATGACCCGGCCGGCAGCTC-CCGGGAAACCA-AAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGAGAAACTTATCAGGCCAGGACACTGCGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAACCTGCTAAATAGTGCGTCGGTGCC--TCTGCGCCCGTCGACGATC----------ACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGCTTAGCCACGCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGAGCCGCACGCGCGCTACACTGAAATAATCAACGTGTC--TCGATCCTGGCCCGAAAGG-CGGGGTAATCCGCTGAACCTATTTCGTGCTTGGGATTGGGGCTTGCAATTGTTGCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGACCCTCGG-----ATTCGTCCCGGCGCCGACGG--TTCT----C------------------------------------------------AGCCTATTGAATTCA--CAATAATAGGTAAATTCTGCCCAATGAA{AT}T--TTTTAATGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTCTAATTAAAG-GCTAGAATGAATGAATAAACAT-AAATCTAACTTTTCCTAAGATAATA-ATAAAAATTATCCTTCAGGTGAAGAGACCTGAATATTATAAAAAGACAAGAAGACCCTATCAAGCTTTATTCATAATTATAATTA--TTATTAATATGAATTTAATTGGGGAGATTAATGGAG-TTTATAAACCTCCATAAT---ATAAAAGATAAATATATCTTATC---TTAATAATATAAAATAATAAAGCTACTGTAGGGATAACAGGCTAATAAATTCTTAGAGTTCAAATTAAAGAATTTGATTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGATATCTATTC-TCCGCAAAAGGAGAATAA-GATAGTTTGTTCAACTATTAAATTCCT ; END; BEGIN SETS; CHARSET 16S (CHARACTERS = 18S_16S_rDNA) = 1879-2369; CHARSET 18S (CHARACTERS = 18S_16S_rDNA) = 1-1878; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8527; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Myrianida_rubropunctata, 2 Myrianida_quindecimdentata, 3 Myrianida_prolifera, 4 Myrianida_pinnigera, 5 Myrianida_pentadentata, 6 Myrianida_pachycera, 7 Myrianida_langerhansi, 8 Myrianida_irregularis, 9 Myrianida_inermis, 10 Myrianida_hesperidium, 11 Myrianida_gidholmi_sp._n._spm_2, 12 Myrianida_gidholmi_sp._n._spm_1, 13 Myrianida_flava, 14 Myrianida_edwarsi, 15 Myrianida_dentalia, 16 Myrianida_convoluta, 17 Myrianida_brachycephala, 18 Myrianida_australiensis, 19 Epigamia_noroi, 20 Epigamia_magna, 21 Epigamia_macrophtalma, 22 Epigamia_alexandri, 23 Procerastea_nematodes, 24 Virchowia_clavata, 25 Proceraea_scapularis, 26 Proceraea_rubroproventriculata, 27 Proceraea_prismatica, 28 Proceraea_pleijeli, 29 Proceraea_picta, 30 Proceraea_paraurantiaca, 31 Proceraea_okadai, 32 Proceraea_nigropunctata, 33 Proceraea_hanssoni, 34 Proceraea_cornuta, 35 Proceraea_aurantiaca; TREE Fig._3 = [&R] (35,(((((34,(32,31)),27),33),(((29,25),28),((24,23),((((22,20),19),21),(((((18,16),(((12,11),6),(10,2))),(((17,(14,3)),7),4)),((((15,5),9),13),1)),8))))),(30,26))); TREE One_of_two_MPT = [&R] (35,(((((34,(32,31)),27),33),(((29,25),28),((24,23),((((22,20),19),21),(((((18,16),(((12,11),6),(10,2))),(((17,(14,3)),7),4)),((((15,5),13),9),1)),8))))),(30,26))); END;