#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 16, 2024; 23:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Feijo F.M., Sobrinho R.R., Silva M.J., Barbosa L.D., Pinho D.B., Assun�� I.P., & Lima G.S. 2016. First Report of cladode and foot rots caused by Pythium aphanidermatum on cactus (Nopalea cochenillifera). Plant Disease, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18660] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=12; TAXLABELS Phytophthora_capsici_P1319 Pythium_adhaerens_CBS_127275 Pythium_adhaerens_CBS_520.74 Pythium_aphanidermatum_CBS_118.80 Pythium_aphanidermatum_COUFAL1984 Pythium_aphanidermatum_COUFAL1985 Pythium_aphanidermatum_UZ051 Pythium_chondricola_CBS_203.85 Pythium_deliense_CBS_314.33 Pythium_deliense_MAFF305568 Pythium_monospermum_CBS_158.73 Pythium_porphyrae_CBS_369.79 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34664] TITLE Pythium_conc; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1596; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Pythium_monospermum_CBS_158.73 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Pythium_porphyrae_CBS_369.79 ATGCGTTCAACGAGTATACAACCTTGACCGATAGGTCTGGGTAATCTTGTGAATGCGCATCGTGCTAGGGATAGATTGTTGCAATTTTCAATCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAACGCAAGTCATCAGCTTGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGAATGACTCGGTGAGAAATCGGGACCGTGAATCCGTTTGCTTCATTGCGAGTGGATTTATGGGAACTTTTTCTAACCTCGCCATTTAGAGGAAGGTGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACCACACCAAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTTGAAAATGTGTTC-TGTGCTC-CTCTCGGG-GAGCTGAACGAAGG--TGAGCTGCTGTTATGGTGGTTTGCCGATGTACATTTCAAACCCATTACTTTAATACTGAACTATACTCCAAAAACGAAAGT-CTTTGGTTTTAATCAAT-AACAAC-TTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAGCGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGAATTCAGTGAGTCATCGAAATCTTGAACGCACATTGCACTTTCGGGTTATGCCTGGAAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACAACAAACTTGCCTCTTTT-TTTCTGTGTAGTCAGGAAGAGAGATGGCAGAAAGTGAGATGTCTCGTTGACTCCCTCTTCGGAGGAGAAGACGCGAGTCTCTTTAAACGTAC--GTTCGCTCTTTCTTGTGTTCGTGTAGAAGTGTGGC-TTGCGAA-CGCAGTGATCTGTTTGGATCGCTTTGCGCTTTCGGGCGACTTCGGTTAGGACATT-AAAGGAAGCAACCTCTATTGGCGGTATGTTAGGCTTCGGCCCGACTTTGCAGCTGACGGAGTGTGGTTTTCTGTTCTTTCCTTGAGGTGTACCTGAAAATAGTGTGAGGCAATGGTCTGGGCAAATGGTTGCTGTGTAGTAGTAGGTCGCT??????????????????TTTCATCATGACTTAATGTTTTTTTTAATTATTGTAACTGTTTTTGTTTGTTGGATGTTATTTAAGACAATAGTTCTTTTTGATGAAAAAAAAAATCCTATTCCTGCTACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATAATTTGGACTACAATTCCAGCTTTAATTTTATTAACAGTAGCAGTACCTTCATTTGCTTTATTATATTCTATGGATGAAATTATAGATCCAATCATTACTTTAAAAGTTATTGGAAGTCAATGGTATTGGAGCTATGAATATTCTGATAATTTAGAATTTGCTGATGAACCTTTAATTTTTGATAGCTATATGGTACAAGAAAATGATTTAGAAATAGGTCAATTCAGACTTTTAGAGGTTGATAACCGTGTAGTTGTTCCAATAAACAGTCATATAAGAGTATTAATTACTGCTTCAGATGTTTTACACTCTTGGGCTATTCCTTCTTTAGGTGTAAAATTGGATGCTTGTCCTGGTCGTTTAAATCAAACATCTATGTATATTAAAAGAGAAGGTG?????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Pythium_conc; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Phytophthora_capsici_P1319, 2 Pythium_porphyrae_CBS_369.79, 3 Pythium_chondricola_CBS_203.85, 4 Pythium_adhaerens_CBS_520.74, 5 Pythium_adhaerens_CBS_127275, 6 Pythium_monospermum_CBS_158.73, 7 Pythium_deliense_CBS_314.33, 8 Pythium_deliense_MAFF305568, 9 Pythium_aphanidermatum_CBS_118.80, 10 Pythium_aphanidermatum_UZ051, 11 Pythium_aphanidermatum_COUFAL1985, 12 Pythium_aphanidermatum_COUFAL1984; TREE con_50_majrule = [&R] (1:0.10238015,((6:0.02746785,((2:0.002843581,3:0.003591884):0.003403416,(4:0.004765506,5:0.008224507):0.003040969):0.03704491):0.01920032,((7:4.150315E-4,8:5.185417E-4):0.005767754,(9:4.27083E-4,10:5.078133E-4,11:4.363107E-4,12:4.297824E-4):0.01000267):0.01119588):0.10238015); END;