#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 18:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Knapp M., Mudaliar R., Havell D., Wagstaff S., & Lockhart P. 2007. The Drowning of New Zealand and the Problem of Agathis. Systematic Biology, 56(5): 862-870. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1869] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=12; TAXLABELS Agathis_atropurpurea Agathis_australis Agathis_macrophylla Agathis_microstachya Agathis_robusta Araucaria_angustifolia Araucaria_bidwillii Araucaria_cunninghamii Dacrydium_cupressinum Pinus_koraiensis Prumnopitys_ferruginea Wollemia_nobilis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3721] TITLE 'Araucariaceae matK rbcL trnD-T'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3011; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Agathis_robusta 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Araucaria_angustifolia 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Araucaria_bidwillii 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Araucaria_cunninghamii 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Pinus_koraiensis ATGGATGAATTCCATAGATACGGAAAGGAAGATAACTCTCGGCAACAATGCTTTTTATATCCACTCTTTTTTCAGGAAGATCTTTACGCAATTTCTCATGATCATTATTTGGATGGATCAAGTTCTTCCGAACCGATGGAACATTTAAGTTCCAATGATTTCAGTTTCCTAACTGTAAAACGTTTGATTGGTCAAATACGTCAACAAAATCATTCAATTGTTTTATTCGTGAATTGCGCTCCAAATCCATTAGCTGATTGCAAGAAGAGTTCCTATTCTGAATCGGTACTAGAAGGACTTACATTGGTCCTGGAAGTTCCGTTCTCTATACGGTCAAAATATTCTGTGGAAGGGATGAATGAATGGAAGAGTTTCCGGTCGATCCATTCAATATTTCCCTTCTTGGAGGATAAATTCCCGCATTCAAATTATATATCAGATGCACGAATACCCTATTCTATTCATCCGGAAATTTTGGTTCGAACCTTTCGTCGCTTGATCCGAGATGCTCCCTCCTTGCACCCATTACGCTCTGTTCTCTATGAATATCGAAATAG------TCCAGAGAATTTACAAAGATCAATTATTGTCGTCCCAAGAGTAAATACGAGATTCTTCCTGTTCCTGTGGAATTATTATGTCTATGAATGCGAATCCATTTTATTTTCCCTTCTTAAACGATCCTCTCATTCACGATCGTTGTCTCATAGACCTTTCCCTCAGCGAACTCATTTTCATCGAAAGATAAAACATATTATCATATTTTCTCGTCGAAATTCACTGAAAAGTATCTGGTTGTTGAAGGATCCTAAAATTAACTATGTTAGATATGGTGAAAGATCTATTATAGCTATAAAAGGTACTCATCTCCTAGTGAAAAAATGTAGATATTATCTTCTACTTTTTCGGCAATGTTATTTCCATCTTTGGTCCGAACCGTATAGGGTCTGTTCTCATCAATTATCCAAGAATTGTTCTTCTTCTCCAGGTTATTTTCTGAGGGTTCGGATGAACCCTCTTTTTGTCAGAACAAAAATGCTAGATGAGTTATTCATCGCCGATCTTATTACCAATGAATTTGATCCAATAGTTCCGATTGTACCAATACTTGGATTATTGGCTAGAGAAAAATTCTGTGACGTATCAGGACGGCCAATTAGTAAATTGTCTTGGACCAATCTAACAGATGATGATATCCTCAATCGATTTGATCAACCTGAATATCAGACCAAAGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTGCCAGCCGAGGAAGCGGGTGCAGCAGTAGCTGCTGAATCTTCCACCGGTACATGGACCACTGTTTGGACCGATGGACTTACTAGTCTCGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGACATCGAGCCCGTTCCTGGAGAGGAGAATCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAACCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAGGCCCTACGGGCTCTACGTTTGGAAGATTTGCGGATTCCCCCTGCTTATTCCAAAACTTTTCAGGGTCCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAATACGGTCGTCCTTTATTGGGATGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCAGCCAAAAACTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGTGGTGGACTCGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTAAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGACCGTTTTGTCTTTTGTGCGGAAGCAATTAATAAGGCTCAGGCTGAGACGGGTGAAATTAAGGGACATTATTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGGGCAGTATTTGCAAGAGAATTGGGAGTTCCTATTGTTATGCATGACTACCTGACGGGAGGTTTTACCGCAAATACTTCTTTGGCTCATTATTGCCGAGACAACGGCCTACTTCTTCACATTCACCGCGCGATGCATGCAGTTATTGACAGACAAAGAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTACTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCCGGTGGAGATCATGTTCACGCCGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGGGAACGAGACGTCACTTTAGGGTTTGTTGATCTACTGCGTGATGATTTTATCGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTGTTTACTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGCGTCCTGCCCGTAGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTTGGTGGGGGAACTTTGGGACATCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGCAGCTAATCGGGTTGCTCTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAGTGATCCGTGAAGCTTGTAAAGGTCGATGAAATATCTTATCCTTC---TCTTTCATTTTTGAAATGT--ATCCATTC-ATTTCATTTGGAATTGGGCATCTACGATATG------AACAGATATCGATGT---CGGGGTTCAATAACCAATTATCTTTTCATTCATGATTGGCATGAAGATAACCAT---ACCGATAGATTGTATTGATGTTGGGTCGAGCTGGATTTGAACCAGCGTAGGCATATTGC-CAACGGATTTACAGTCCGTCCTCATTAACCACTCGGGCATCGACCCAGGAACAATAAATTGAAAGTCTTTAGGTTA-----------AAGATACCTAACGAAT---GGATCATGGTACCCCTAGGGGAAGTTGAATCCCCGTTGCCTCCTTGAAAGAGAGATGTCCTGGGCCACTAGACGATAGGGGCCACCCAATCTTTATAATATGAAAGTGGTCAGGAGGTTGTCAATAGTATGACCAGAATTTCAATAAACTTGCCTAGAGAAGTAGTCTAATAAATTACTTATTGAA Prumnopitys_ferruginea 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Wollemia_nobilis 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Araucariaceae matK rbcL trnD-T') = N: 1-3011; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Araucariaceae matK rbcL trnD-T') = N: 1-3011; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8574; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Dacrydium_cupressinum, 2 Prumnopitys_ferruginea, 3 Pinus_koraiensis, 4 Wollemia_nobilis, 5 Agathis_australis, 6 Agathis_macrophylla, 7 Agathis_robusta, 8 Agathis_atropurpurea, 9 Agathis_microstachya, 10 Araucaria_cunninghamii, 11 Araucaria_angustifolia, 12 Araucaria_bidwillii; TREE PAUP_1 = [&R] ((((12,11),10),(((((9,8),7),6),5),4)),(3,(2,1))); END;