#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 0:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Eguchi S., & Tamura M.N. 2016. Evolutionary timescale of monocots determined under the fossilized birth-death model using enormous number of fossil records. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18897] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=121; TAXLABELS Acorus_calamus Aletris_spicata Alisma_sp._1 Allium_sp._1 Alpinia_intermedia Alstroemeria_sp. Amana_edulis Amaryllis_belladonna Amorphophallus_sp._1 Anigozanthos_flavidus Aponogeton_fenestrale Asparagus_cochinchinensis Aspidistra_elatior Bessera_elegans Blandfordia_punicea Blyxa_echinosperma Bowiea_sp._1 Brodiaea_sp._1 Butia_yatay Camassia_sp._1 Campylandra_siamensis Carludovica_palmata Chionographis_japonica Chlorophytum_comosum Clintonia_borealis Clivia_miniata Colchicum_speciosum Comospermum_yedoense Convallaria_majalis Cordyline_cf._stricta Curculigo_capitulata Daiswa_polyphylla Dasylirion_serratifolium Dianella_ensifolia Dioscorea_sp._1 Disporum_sessile Disporum_smilacinum Doryanthes_excelsa Dracaena_draco Drymophila_moorei Eichhornia_crassipes Erythronium_japonicum Flagellaria_indica Freycinetia_formosana Fritillaria_sp._1 Galanthus_sp._1 Globba_curtisii Gymnostachys_anceps Hanguana_malayana Harperocallis Hedychium_flavum Heloniopsis_orientalis Hemerocallis_fulva Heteropolygonatum_pendulum Hordeum_sp._1 Hosta_sp._1 Iris_sp._1 Ixiolirion_tataricum Japonolirion_osense Juncus_effusus Kinugasa_japonica Leucojum_sp._1 Lilium_regale Liriope_platyphylla Lophiola_aurea Lymnocharis_flava Magnolia_sp._1 Maianthemum_dilatatum Medeola_virginiana Milla_biflora Monochoria_korsakowii Narthecium_asiaticum Nolina_recurvata Nomocharis_sp._1 Nothoscordum_sp._1 Ophiopogon_jaburan Paris_sp._1 Peliosanthes_campanulata Petrosavia_sakuraii Phaius_sp._1 Philydrum_lanuginosum Phoenix_reclinata Phyllostachys_bambusoides Piper_sp._1 Pleea_tenuifolia Pleomele_thalioides Polianthes_sp._1 Polygonatum_involucratum Potamogeton_distinctus Reineckea_carnea Rhodohypoxis_sp._1 Rohdea_japonica Ruscus_aculeatus Scilla_scilloides Scirpodendron_ghaeri Scoliopus_bigelovii Smilacina_japonica Smilax_china Sparganium_stoloniferum Spiranthes_sp._1 Stemona_japonica Stenomesson_sp._1 Streptopus_parviflorus Tacca_sp. Tofieldia_nuda Triantha_japonica Tricalistra_ochracea Tricyrtis_sp._1 Triglochin_maritimum Trillium_undulatum Tulbaghia_violacea Tulipa_kolpakowskiana Tupistra_albiflora Typha_latifolia Uvularia_grandiflora Veratrum_maackii Vriesea_sp. Ypsilandra_thibetica Yucca_australis Zantedeschia_aethiopica Zingiber_gramineum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M36624] TITLE Monocots_Eguchi_&_Tamura_2016; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=3314; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aletris_spicata ATGGAAGAATTAGAA------GGATAT------TTAGAAAAA------GATGGATCCCGGCAACGACAC------TTACTATATCCGCTTCTCCTTCAGGAGTATATTTACGCACTTGCGTAT------GATCAC------GGTTTAAAT------GGTTCGATTTTTTACGAATCCATGGATATTTTT------GTT---TATGACAATAAATATAGCTCAGTACTTGTGAAACACTTAATTACTCAAATGTACCAACAAAATTATTTGATTTGTTCGGTT------AAT------GATTCTAATCCA------AATGGATTCCTTGGGCAC------AAC------AAGATTTTTTATTCTCATTTT---TATTCTCAAATGATATTAGAAAGTTTTGCAGTCATTATGGAAA------------TTCCATTTTCGTTGCAA---TTAGGATCTTCCCTCGAA------------GAA---ATACCAAAATCTCAG------AATTTACGATCTATT------CATTCAATATTTCCATTTTTTGAGGACAAATTATCGCATTTGAATTATGTGTCAGATATACTAATACCCCATCCCATCCATCTGG?AATCTTAGTGCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTATTGCGATTTTTTCTCC?CGAATACGAATATTCTAAT------------------TGGAA?AAT---TCCATTTCTTCGAAGAAATCTATTTATTTTAAA------TCAAAA------------------------------GGAAATCCAAGACTCTTTCGATTCCTATATAATTCTTACGTATCTGAATTCGAATTTGTATTTGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTCTTATTTAGGATCAAGATCTTTTGGAGCCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGAAAAATGGAACACCCT---------------------------------------------ATAGTAGTG---------CGTTGTAATTATTTTCAG------AAGACT------CTATGGTCCTTCAGGGATCCCTTTATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGTACTTATGGCTTCAAAGGGAACA------CACTTTTTGATAAAGAAATGGAGATATTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATTATTTTCAATTTTGGTCTCAACCA---------TATAGGATTCATATAAAT---------------CCATTATCAAACCATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAGTGTACTAATAAATCTTTCGGCAGTAAGGAATCAAATGTTAGAGAATTCATTTCTAATAGAT---ACTGTTACTAAG------AAATTCGATACCCTAGTTTCAGTTATTCCTCTTATTGGATCATTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACCATATCGGGGCATCCTATGAGTAAGCCGAGATGGGCAAATTTATCAGA?TCTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAGTGGATCTTCAAAAAAACAGAGTTTGTATCAAATAAAGTATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACAGTACGCACCTTTTTGCAAAAATTAGGTTCCGAGTTTTTAGAAGAATTCTTT------ACCGAAGAAGAACAA------GTCCTTACTTTGATATTACCCAAAACCCCC------TTTTCT------------------TTACATCGGTCACAT---------------GCAGAACGTATTTGGTATTTGGATATTATCCGTATCAAT------GACTTAGT-----GAATCA-----TTCATGA-----TTGG----------TCATGATATTT?????????????????????????CA?GTGTTGGATTCAA?GCTGGTGTTAAAGAT?ACAAATTGACTTATTATACTCCTGACTACCAAGTCAAGGATACTGATATCTTGGCAGTATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTCAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACGGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGACCATTGTGGGGGAGGAAAATCAATTTTTTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCACTACGTCTGGAGGATTTGCGAATTCCTACTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCGCCCCATGGCATCCAGGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTACGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCCAAATTGGGATTATCCGCAAAGAACTATGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCACAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGCGCCGAAGCAATTTATAAAGCGCAGGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATGTGAAGAGATGCTAAAAAGGGCCTCATTTGCCAAAGAATTGGCAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTACCTTGGCTCATTATTGCCGTGACAACGGCCTACTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTTCGTGTACTAGCGAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTAGAAGGGGAACGTGAGCTTACTTTGGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGATAGAAGTCGCGGTATTTTCTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTTATACCCGTGGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCCTAACCGAAATCTTTGGGGATGACTCTGTACTACAATTTGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCCGGTGCGGTAGCTAATCGGGTGGCTTTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCT---CGTGAAGGTGCTGAAATTATCCGTGAAG?TTGC?AATGGAGCCCAGAACTAGCTGCTGCTTGT?AAGTA??????? 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Bessera_elegans 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Daiswa_polyphylla 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Dianella_ensifolia 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Dioscorea_sp._1 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Disporum_sessile 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Doryanthes_excelsa 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Erythronium_japonicum ATGGAAGAATTACAA------GGGTAT------TTCAAAAAA------GCTAGATCTCCGCAACAACAC------TTCCTATATCCGCTTCTCTTGCAGGAGTTTATTTACACACTTGCTTAT------GATGAT------GGTTTAAAA------GGTTCGATTTTTTATGAACCCATAGAATTTATT------GGT---TATGACAATAAATCTAGTTTAGTACTTATAAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTTTTTGATTTATTCGGTT------AAT------AATTCTAACCAA------AATGGACTCCGTGGGCAC------ATC------AATTATTTTTATTCTCATTTTTTTTATTCCCAAATAGTATCAGAGGGTTTTTCAGTCATTGTGGAAA------------TTCCATTCTCGCTGCGA---TTAGTATCTTCCCCCGAAGAAAAA------GAA---ATACCAAAATCTCAG------AATTTACGATCTATT------CATTCAATATTTCCTTTTTTAGAGGATAAATTATCTCATTTAAATAATGTGTCAGATATATTAATACCCCATCCTATCCATTTAGAAATTTTGGTTCAAATCCTTCAATACTGGATTCAAGATGTTCCTTCTTTACATTTATTGCGATTCTTTTTACAT------AAATATCATAAT------------------CTGAATAGT---TTTATTCAGAATAATAAAACTATTTATGTTTTT------TCAAAA------------------------------GAAAATAAAAGACTATTTTGGTTCCTCTACAATTCTTATGTATCTGAATGTGAATTTTTATTGGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTGTTATTTACGATCAACATCTTCTGTAGCCTTTCTTGAACGTTCACATTTCTATGGAAAAATGGAACATATA---------------------------------------------------GTG---------TGTTGTAATAATTTTCAG------AAGACC------CTGTGGCCCTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTGGCTTCAAGAGGGGCT------CATCTTCTCATGAAGAAATGGAGATATTACCTTGTTAATTTCTGGCAATATTATTTTAACTTTTGGTCTCAACCG---------TACAGGATGCATATAAAC---------------CCATTATTAAACTATTCCTTCTATTTTCTAGGGTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTATGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAGAACTCATTTCTAATAGAT---ACTGTTTTTAAT------AAATTCGATACCATAATCCCCATTATTCCTCTTATTGGATCATTGTCTAAAGCAAAATTTTGTACTGTCTCCGGACATCCCATTAGTAAGCCGGTCTGGGGGGATTTATCAGATTTTGATATTATTGATCGATTTGGTAGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTATATCGAATAAAGTATATACTTAGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGCGCGTGCTCTTTTGCAAAGATTAGGTTCCGGATTATTAGAAGAGTTCTTT------ACGGAAGAAGAACAA------ATTCTTTCTTTTATTTTCCCCAAAACAACT---CCTTTTCCT------------------TTACATGGATTACAT---------------AAAGAACGTATTTGGTCTTTGGATATTATTCGTGTCAAT------GACCTGGTGAATCAAATCA-----TTTA-G???????????????????????????????ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGCGCTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTTCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCACCCGAAGAGGCAGGGGCAGCGGTAGCCGCCGAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGAGCGTTGTTGGGGAGGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGCCCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGGGATAAATTGAACAAGTACGGTCGTCCCCTATTAGGATGTACCATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCAAAGAACTATGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTGCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAATTCACAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCACTTTATAAAGCGCAAGCCGAAACGGGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACATGTGAAGAAATGATAAAAAGGGCCGTATTTGCAAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGATTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCTCATTATTGCCGAGACACCGGCCTACTTCTTCACAATCATCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATTCATTTTCGCGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCCGGTGGCGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGAGAACGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTACTACGCGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTTTCTATGCCAGGTGTTCTGCCCGTAGCTTCGGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTAACGGAAATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGCGGAGGAACTTTAGGACATCCTTGGGGAAATGCACCAGGTGCAGTCGCTAATCGAGTGGCTTTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Narthecium_asiaticum 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Nolina_recurvata 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Paris_sp._1 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Phoenix_reclinata 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Rohdea_japonica 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Ruscus_aculeatus 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Scilla_scilloides 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Scirpodendron_ghaeri 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Scoliopus_bigelovii 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Smilacina_japonica 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Trillium_undulatum 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Uvularia_grandiflora 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Yucca_australis ATGGAAGAATTACAA------GGATAT------TTAGAAAAG------GATAAATCTCGGCAACAACAC------TTCCTATATCCGCTACTCTTTCAGGAGTATATTTATGCACTTGCTCAT------GATCAT------GGTTTAAAT------GGTTCGATTTTTTACGAACCTGTCGAAGTTTTT------GGT---TATGACAATAAATCTAGTTTAGCACTTGTAAAACGCCTAATTACTCGAATCTATCAACAGAATTATT?GATT?CTTCGGTT------AAT------GATTCTAACCAA------AAGAGGCTCGT?GGGCAT------AAC------A?TTTTTTT?ATTCTCATTTT---TATTCTCAAATGATATCAGAAAGTTTTGCAATTATTGTAGAAA------------TTCCGTTCTCGCTGCTA---TTAGTAT?TTTTTTCGGAGAAAAAAAA---GAA---ATACCAAAATATCAT------AATTTACGATCAATT------CATTCCATTTTTCCCTTTTTAGAGGACAAATTATCGCATTTAAATTATGTCTCAGATATACTAATACCTCATCCCATCCATATGGAAATCTTGGTTCAAATTCTTCAATGCTGGATTCAAGATGTTCCTTTTTTGCATTCATTGCGATTCTTTCTTCAC------GAATATCATAAT------------------TGGAATAGTCTTCTCATTACTCATAAAAAATCTATTTGTGTTTTT------TCAAAA------------------------------GAAAATAAAAGACTATTTAGGTTCCTATACAATTCTTATATATTTGAATGTGAATTTTTATTCGTTTTTTTTCGTAAACAATCTTCTTATTTACGATTAACATCTTCTGGAACTTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGGAAAAATAGAACATTTTCAAATAAAACATTTGCATTTT------------------------ATAGTAGTA---------TGTCCTAACTATTTTTAT------AAGACC------CTATGGTCCTTCAAAGAACCTTTCATGCATTATGTTCGATATCAAGGAAAAGCAATTCTTGCTTCAAAGGGGACT------CATCTTGTAATGAAGAAATGGAAATATCATTTTGTCAATCTTTGGCAATATTATTTTCACTTTTGGTCTCAACCG---------TACAGGATCCATATAAAT---------------CAATTATCAAACTATTCTTTCTATTTTCTGGGTTATTTTTCAAGTCTACTAAGAAATTCTTCGGCAGTAAGGAATCAAATGTTAGAGAATTCGTTTCTAATAGAT---ATCATTACTAAG------AAATTTGATACCATAATCCCTATTATTCTTCTTATTGGATCCTTGTCTAAAGCTCAATTTTGTACCGTATCGGGCCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGATTTATCAGATTCTGATATTCTTGATCGATTCGGTTGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAGTGGATCCTCAAAAAAACAGGGTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACAGTACGCACTTTTTTGCGACGATTAGGTTCGGGGTTATTAGAAGAATTCTTT------ACGGAAGAAGAACAG------GTTCTTTCTTTGATCTTTCCCCAAACAATT---TCTTTTACT------------------TTACATGGATCACAT---------------AAAGAACGTATTTGGTATTTGGATATTATCCGTATTAAT------GACCTAGT-----GAATTA-----TTCATGA-----TGGG----------TCATGATACCT????????????????????????GCA?GTGTTGGATT?AAAGCTGGTGTTAA?GAT??CAGAT?GACTTATTATACTCCTGATTACGAAACCAAAGATACTGATATCT?GGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTTCCCCCTGAAGA?GCAGGGGCTGCGGTAGCTGCGGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATTGAGGCCGTTGTTGGGGAAGAAAATCAATACATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGTCTGGAGGATCTGCGAATTCCCCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCACGGCATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAATATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCAAAAAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTACGCGGTGGGCTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCACAGC?TTTTATGCGCTGGA?AGACCG?TTCG?ATTTTGGGCTGAAGCAATTTATAAAGCACAAGCCGAAACAGGCGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCAACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATCAAAAGGGCCGTATTTGCCAGAGAATTAGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACTGGGGGATTCACTGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGCGACAACGGTTTACTTCTTCATATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTATTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTTTCTATGCCAGGTGTTATTCCCGTGGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACCGAAATCTTTGGAGATGATTCCGTACTACAGTTTGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCGGTAGCTAATAGGGTAGCTTTAGAAGCATGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCT---CGCGAAGGTAATGAGATTATCCGCGAAGCTTGCAAATGGAGCCCTGAACTAGCCGCTGCT???????????????? Zantedeschia_aethiopica ATGGAAGAATTAAAA------GGATAT------TTAGAAAAA------AGTCAATCTAAACAACAACAC------TTCCTATATCCGCTACTCTTTCTAGAGTATATTTATGCACTTGCTCAT------GATCAT------GGTTTAAATGTAAATGGATCAATTTTTTATGAACCCGCGGAAATGTCA------GGT---TATGACAATAAATTTAGCTCATTACTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTACCAACAGAATTTTTTGATAAATTCTGTT------AAT------GATTCTAATCAA------AATAGATTCGTTGGGCAC------AAC------AAGAATTTTTATTCT---------------CAAATGATATCAGAGGGTTTTGCTGTCATTGTGGAAA------------TTCCTTTCTCGCTGCGA---TTAGTATCCTCCCTCGAGGAAAAAAAA---GAA---ATACCAAAATCTCAG------AATTTACGATCTATT------CATTCAATATTTCCATTTTTTGAGGACAAATTATCACATTTAAATTATGTATCAGATATACTAATACCCTATCCTGTCCATCTAAAAATCTTGGTTCAAATTTTACAATGCTGGATACAAGATGTTCCTTCTTTACATTTATTACGATTCTTTTTTCAC------GAATATCATAAT------------------TGGAATAAT---ATCATTACTCCAAAAAAATCTAGTTATGGTTTT------TCAAAA------------------------------GAGAATCCAAGACTATTTAGGTTTCTATATAATTCTTATGTAGTTGAATGCGAATCCATATTAGTTTTTCTCCGTAAACAATCGTCTTATTTACGATCAACATCTTCCGGAACCTTTCTTGAGCGAACACATTTCTATGAAAAAATAGAACAACAA---------------CATCTT------------------------GTAGTACTT---------TGTTATAATGATTTTCAG------AAAATC------CTATGGTTGTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGCTTCAAAAGGGACT------CATTTTCTGATGAAGAAATGGAAATCTTACTTTGTCAATTTTTGGCAATGTCATTTTCACTTTTGGTCTCAACCC---------CGTAGGATCCACATAAAC---------------CAATTCTCAAAATTTTCTTTCTATTTTCTGGGTTATCTTTCAAATGTACCAATAAACCCTTCAGCAGTAAAGAGTCAAATGCTAGAGAATTCCTTTTTAATAGAT---ACTGTTACTAAA------AAATTCGAAACTATAGTTCCAATTGTTCCTATGATTGGATCATTGTCAAAAGCTAAATTTTGTAACGTATTAGGGAATCCTATTAGTAAGCCAGTTTGGGCTGATTTGTTAGATTCTGACATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAGTGGGTCTTCAAAAAAACAGAGTTTGTATCGAATAAAGTATATACTTCGACTTTCATGTGCTAGAACTTTGGCCCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCGCTTTTATGCAAAGATTAGGTTCAGAATTTTTAGAAGAATTCTTT------ACGGAAGAAGAAAAA------GTTATTTCTTTAGCTTTACCAAGAATTTCT------TATCCC------------------TTACATAAGTTATAT---------------AGAGAACGCATTTGGTATT?GGATATTATTCGTATAAAT------GACTTGGT-----GAATCA-----TTTATGATTCA-TTGG----------TCATGATACTAATGTCACCACAAACAGAGACTAAGGCAAGTGCTGGATTCAAGGCCGGTGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAGACAAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTTCCGCCTGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACGGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAAGCCGTTGTTGGGGAAGAAAATCAATATATTGCGTATGTAGCTTACCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCTATCGTGGGTAATGTCTTTGGGTTTAAAGCTTTACGAGCTCTGCGTTTGGAGGATTTGCGAATTCCTCCCTCTTATTCCAAAACTTTTCAAGGCCCGCCTCACGGTATCCAAGTGGAGAGGGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACGATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCTAAAAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTCACCAAGGATGATGAAAACGTTAATTCACAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCAATTTATAAAGCACAGGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACGTGCGAAGAAATGATAAAAAGGGCTGTGTTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCACGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTAGTTTGTCTCATTATTGCCGAGACAACGGGCTGCTTCTTCACATCCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCATTTTCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGGGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGTGAACGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTATTACGCGACAATTATATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTTCTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCCCTGACTGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTAGCTTTAGAAGCGTGCGTAAAGGCTCGTAATGAGGGACGTGACCTTGCT---CGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCTGGCAAATGGAGTACTGAACTAGCAGCTGCTTGTGAGGTTTGGAAAG Zingiber_gramineum 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; END; BEGIN TREES; TITLE Monocots_Eguchi_&_Tamura_2016; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acorus_calamus, 2 Amorphophallus_sp._1, 3 Gymnostachys_anceps, 4 Zantedeschia_aethiopica, 5 Alisma_sp._1, 6 Lymnocharis_flava, 7 Aponogeton_fenestrale, 8 Potamogeton_distinctus, 9 Blyxa_echinosperma, 10 Triglochin_maritimum, 11 Drymophila_moorei, 12 Alstroemeria_sp., 13 Colchicum_speciosum, 14 Disporum_smilacinum, 15 Disporum_sessile, 16 Uvularia_grandiflora, 17 Chionographis_japonica, 18 Heloniopsis_orientalis, 19 Veratrum_maackii, 20 Ypsilandra_thibetica, 21 Daiswa_polyphylla, 22 Kinugasa_japonica, 23 Paris_sp._1, 24 Trillium_undulatum, 25 Amana_edulis, 26 Clintonia_borealis, 27 Erythronium_japonicum, 28 Fritillaria_sp._1, 29 Lilium_regale, 30 Medeola_virginiana, 31 Nomocharis_sp._1, 32 Tulipa_kolpakowskiana, 33 Smilax_china, 34 Scoliopus_bigelovii, 35 Streptopus_parviflorus, 36 Tricyrtis_sp._1, 37 Phaius_sp._1, 38 Spiranthes_sp._1, 39 Curculigo_capitulata, 40 Rhodohypoxis_sp._1, 41 Blandfordia_punicea, 42 Cordyline_cf._stricta, 43 Ixiolirion_tataricum, 44 Doryanthes_excelsa, 45 Iris_sp._1, 46 Hemerocallis_fulva, 47 Dianella_ensifolia, 48 Asparagus_cochinchinensis, 49 Polianthes_sp._1, 50 Yucca_australis, 51 Comospermum_yedoense, 52 Chlorophytum_comosum, 53 Allium_sp._1, 54 Tulbaghia_violacea, 55 Nothoscordum_sp._1, 56 Bessera_elegans, 57 Brodiaea_sp._1, 58 Milla_biflora, 59 Amaryllis_belladonna, 60 Clivia_miniata, 61 Galanthus_sp._1, 62 Leucojum_sp._1, 63 Stenomesson_sp._1, 64 Hosta_sp._1, 65 Bowiea_sp._1, 66 Scilla_scilloides, 67 Camassia_sp._1, 68 Dasylirion_serratifolium, 69 Nolina_recurvata, 70 Ruscus_aculeatus, 71 Aspidistra_elatior, 72 Campylandra_siamensis, 73 Convallaria_majalis, 74 Heteropolygonatum_pendulum, 75 Liriope_platyphylla, 76 Maianthemum_dilatatum, 77 Ophiopogon_jaburan, 78 Peliosanthes_campanulata, 79 Polygonatum_involucratum, 80 Reineckea_carnea, 81 Rohdea_japonica, 82 Smilacina_japonica, 83 Tricalistra_ochracea, 84 Tupistra_albiflora, 85 Dracaena_draco, 86 Pleomele_thalioides, 87 Dioscorea_sp._1, 88 Tacca_sp., 89 Freycinetia_formosana, 90 Carludovica_palmata, 91 Stemona_japonica, 92 Butia_yatay, 93 Phoenix_reclinata, 94 Vriesea_sp., 95 Eichhornia_crassipes, 96 Monochoria_korsakowii, 97 Philydrum_lanuginosum, 98 Anigozanthos_flavidus, 99 Alpinia_intermedia, 100 Globba_curtisii, 101 Hedychium_flavum, 102 Zingiber_gramineum, 103 Hanguana_malayana, 104 Typha_latifolia, 105 Sparganium_stoloniferum, 106 Juncus_effusus, 107 Scirpodendron_ghaeri, 108 Flagellaria_indica, 109 Hordeum_sp._1, 110 Phyllostachys_bambusoides, 111 Aletris_spicata, 112 Japonolirion_osense, 113 Lophiola_aurea, 114 Narthecium_asiaticum, 115 Petrosavia_sakuraii, 116 Tofieldia_nuda, 117 Triantha_japonica, 118 Harperocallis, 119 Pleea_tenuifolia, 120 Piper_sp._1, 121 Magnolia_sp._1; TREE mrbayes = [&R] 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END;