#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 2:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cao Y., Qiu Y., Comes H.P., Sakaguchi S., & Chen L. 2016. Evolution of East Asia’s Arcto-Tertiary relict Euptelea (Eupteleaceae) shaped by Late Neogene vicariance and Quaternary climate change. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18919] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Euptelea_pleiosperma_H1 Euptelea_pleiosperma_H10 Euptelea_pleiosperma_H11 Euptelea_pleiosperma_H12 Euptelea_pleiosperma_H13 Euptelea_pleiosperma_H14 Euptelea_pleiosperma_H15 Euptelea_pleiosperma_H16 Euptelea_pleiosperma_H17 Euptelea_pleiosperma_H18 Euptelea_pleiosperma_H19 Euptelea_pleiosperma_H2 Euptelea_pleiosperma_H20 Euptelea_pleiosperma_H21 Euptelea_pleiosperma_H22 Euptelea_pleiosperma_H23 Euptelea_pleiosperma_H24 Euptelea_pleiosperma_H25 Euptelea_pleiosperma_H3 Euptelea_pleiosperma_H4 Euptelea_pleiosperma_H5 Euptelea_pleiosperma_H6 Euptelea_pleiosperma_H7 Euptelea_pleiosperma_H8 Euptelea_pleiosperma_H9 Euptelea_polyandra_H26 Euptelea_polyandra_H27 Euptelea_polyandra_H28 Euptelea_polyandra_H29 Euptelea_polyandra_H30 Euptelea_polyandra_H31 Euptelea_polyandra_H32 Euptelea_polyandra_H33 Euptelea_polyandra_H34 Euptelea_polyandra_H35 Platanus_occidentalis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=38; TAXLABELS Aconitum Aquilegia Aspidocarya Asteropyrum Berberis Caltha Caulophyllum_robustum Caulophyllum_thalictroides Clematis Coptis Cyclea Diphylleia Dysosma Epimedium Euptelea_pleiosperma Euptelea_polyandra Glaucidium Helleborus Hydrastis Jeffersonia Mahonia Meliosma Myosurus Nandina Nelumbo_lutea Nelumbo_nucifera Pericampylus Platanus Podophyllum Ranunculus Ranzania Sabia Sinopodophyllum Thalictrum Tinomiscium Tinospora Vancouveria Xanthorhiza ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M37083] TITLE Euptelea_Alignment; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5684; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Euptelea_pleiosperma_H1 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Euptelea_pleiosperma_H10 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Aquilegia 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Aspidocarya 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Asteropyrum 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Berberis 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Dysosma 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Glaucidium 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Mahonia 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Sinopodophyllum 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Vancouveria CTTGCTCATGATCATGGTTTAAATAGATCGATTCTTTCTGAACCTCTCGAAAATTTAGGTTATG------AC----AAT--AAATCCAGTTCACTAATTTCGAAACGTT------------TAATTACTCGAATGTATCAACAGAAGCATTTGATTATCT------TTGATAATAATTTTAACCAAAATACATTTCGTGATCAGAATCAGAAGAAGCATTTTTATGATAAAATGATATCAGAGGGTTTTTCACTCATTGTGGAAATTCCATTCCCTCTGCGATTAGTACCCTCCCTAGAAGC---GAAAGAAATAGCAAAATCTCA---TAATTTACGATCAATTCATTCAACATTTCCCTTTTTAGAGGATAAATTATCACATTTAAATAATGCCTTAGATATACTAATACCCTACCCCATCCATCTGGAACTCTTGATTCAAACCCTTCGCTCTTGGATACAGGATACCCCCGCTTTGCATTTATTACGATTCTTTCTCTACGAGT------CTCAGAATTCGAATAATCTGATT------ACTCAATCAGAATCAAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAATTTTCATATATATGAATGCGAATCCATATTCGTTTTTCTCCGTAAACAATCTGTTCATTTACGATCAAGGTCGTATAGAGTCCTTCTTGAGCGAACACATTTTTATCGAAAAATAGACAAGTTTTTCGTCATTTTTCATAAAAATTTTCAGACCACCTTATGGTTGTTCAAGGATCCTTTCATGAATTATGTCAGATATCAAAGAAAAGCCATTCTGGCTTCAAAAGGAACACCTCTTCTGATAAAAAAATGGAAGTATTACCTTGTCAATTTTTGGCAAGGTTATTTTGACTTGTGGCCTCAACCAGATAGAATTCAAATAAACCAATTCTCCAAGCACTCCCTCGATTTTCTGGGCCATCTTTCAAGTTTACGGCTAAAGCCTTGTGTGGTTGTGGTAAGGAGTCAAATGTTAGAAAATTCATTTATTATAGATGTTTCTATTAATACGTTTGATACTATAGTCCCCACAATTCCTTTGATAGGAGCATTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAACGTATCGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGGCTTGGGCGGATTCTGCGGATTCTGATATTATCGATAGATTTGGGCGTATATGCAGAAATCTTTTTCATTTTTTTAGTGGATCTGCAGAAAAAAATACTTTGTTTCGAGTAAAGTACATCCAAAGCGGGTGCTAAAGATTACAAATTGAATTATTATACTCCTGACTATGTAACGAAGGATACTGATATTTTGGCAGCATTCCGCGTCACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCAGCTGTAGCTGCCGAATCTTCTACAGGTACATGGACAACCGTGTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATTGAGCCTGTTGCTGGAGAAGACAATCAATATATTTGTTATGTAGCCTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAGGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCTATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCGCTGCGCGCTCTACGTCTGGAGGATCTGCGAATTCCTGTTGCTTATGTTAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTAGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCTAAGAACTATGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGGCTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAGCCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCCTATTTTGTGCCGAAGCTCTTTATAAAGCACAGGGGGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACGTGCGAAGAAATGATGAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTAGGCGTACCCATCGTAATGCATGACTACTTAACGGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCCTGTCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAACCATGGTATACATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCCTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCAGGTACCGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAAAGAGAGATCACCCTGGGCTTTGTTGATTTATTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTCTACCAGGTGTTCTGCCCGTGGCTTCCGGCGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTATTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCAGGCTGTAGCTAATCGAGTAGCTCTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGATTCCCCTAGTAACGGCGAGCGAACCGGGATCAGCCCAGCTTGGGAATCGGGCGACTTCGTTGTCCGAATTGTAGTCTGTAGAAGCGTCCTCAGCGACGGACCGGACCCAAGTCCCCTGGAAAGGGGCGCCAGAGAGGGTGAGAGCCCCGTCGTGTTCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCGGCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCGAAATACTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCCGGCGATGTGCCTAGGTCGGATGCGGAACGGTGT-GAGCCGGTCCCGCGCTCGACTCTGGGCATGGACCGATGCGGATTGCGGCGGCGGCCCAAGCCCAGGC-TGT--TGATAT-GCCTGTGGAGACGTCATTGCCG-GATCGTGGTGGGCAGCGCGCGCGGCAACTGCGCGCTCCCGGCGTCGGCCTGCGGGCTCCCCATTCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGTCAACGGGCGAGTAAACCCGTAAGGCGCAAGGAAGCTGATTGGCGGGATCCCCGCAAGGGGTGCACCGCCGACCGACCTAGACCTTCTGAGAAGGGTTCGAGTGTGAGCATACCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCATGAGCGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCATC-GGGGCGCAATGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAGGACGGCGCGGCTGCTTTGTTGAGCCGTGCCACGGAATCGAGAGCTC Xanthorhiza CTTGCTCATGATCATGGGTTAAATAGATCTATTCCTTATGAGCCTATGGAAAATTTAGGTTATG------AC----AAT--AAATATAGTTCACTAATAGTTAAACGTT------------TAATTGCTCGAATGTATCAACAGAAGCATTTTATTATTT------TGGCTAATGATTCTAATCAAAATAAATTTGTTG------GGCATAATAAAAATTTTTATTCTCAAATGATATCAGAGGGGTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTTTCACTTCGATTAGTACTTTTCTTAGAAGG---TAAAGAAACAGTAAAATCTAT---TAATTTACGATCAATTCATTCCATATTTAATTTTTTAGAGGATAAATTATCACATTTAAATCATGTATTAGATATACTAATACCCCATACTATCCATCTGGAACTATTGGTTCAAACCCTTCGCTGTTGGGTACAAGATGCCCCCTTTTTGCATTTATTGAGATTCTTTCTCTACGAGT------ATCATAATTGGAATAGTCTTATT------ACTCAAAAAGAATCAAAGATTATTCCTGTTCCTATATAATTTTCATGTATATGAATGGGAATCCATATTCGTTTTTCTCCATAAACAATCTTCTCATTTACGATCAACATCTTCTACAGTTTTTCTTGAGCGAACGCTTTTTTATGGAAAAATAGAAAAATTTCTAGTAGTTTTTGTTAATGATTTTCATACCATCCTATGGTTGTTCAAGGATCCTTTCATGCATTATTTCAGATATCAAGGAAACTCAATTCTGCCTTCAAATGGAACTCCTCTTCTGATGAAGAAATGGAAATATTACCTTGTAAATTTATGGGAATGTAATTTTTACTTTTGGTCTCAACCGGATAGGATTCATATAAACCAATTATCCAATCATTTTCTCGATTTTCTGGGCCATCTTTCAAGTGTACGGCCAAATCCT----TT--AGTGGTAAGGAGCCAAATGTTAGAAAATGCTTTTTTTATAGATATTGCTATTAATAAGTTTGATACTATAGTCCCAATTATTCCAATGATTAGATCATTGGCTAAAGCAAAATTTTGTAACTTATCAGGGCAGCCTATTAGTAAGCCGACTTGGGCCGATTCATCAGATTCTGATATTATCAATAGATTTGTTCGTATATGTAGAAATCTTTCTCATTATTACAGCGGATCCTCAAAAAAAAAGAGTTTGTATCGAATAAAGTATATACAAAGCGGGCGTTAAAGATTACAAATTGACTTATTATACTCCTGAATATACACCCAAAGATACTGATACCCTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCGGAAGAAGCGGGGGCTGCTGTAGCTGCCGAATCTTCTACAGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACCAGCCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTTGTTATGTAGCCTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAATGTTTTTGGGTTCAAAGCGCTACGCGCTCTACGTTTGGAGGATCTGCGAATTCCTGTTGCTTATGTTAAAACTTTCCAGGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCTAAGAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAGAACGTGAACTCCCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCCTATTTTGTGCTGAAGCAATTTATAAAGCACAAGCCGAAACCGGTGAAATAAAAGGACATTACTTGAATGCTACTGCGGGTACGTGCGAAGAAATGATAAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAGTTGGGGGTGCCCATCGTAATGCATGACTACTTAACGGGGGGATTCACCGCAAATACTAGCTTGTCTCATTATTGCCGAGATAATGGTCTACTTCTTCACATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATACATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCTGGGACCGTAGTAGGTAAACTAGAAGGGGAAAGAGAGATCACCCTGGGCTTTGTTGATTTACTATGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGCGGTATTTACTTCACTCAAGATTGGGTATCTCTACCAGGTGTTCTGCCTGTTGCTTCAGGAGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCCGTACTACAGTTCGGTGGAGGAACTTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCGGGCCGTAGCTAATCGAGTAGCCCTAGAAGCCTGTGTACAAGCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGATTCCCCTAGTAACGGCGAGCGAACCGGGAAGAGCCCAGCTTGGAAATCGGGCGACTCTGTTGTCCGAATTGTAGTCTGTAGAAGCGTCCTCAGCGGCGGACCGGGCCCAAGTCCACTGGAAGGTGGCGCCAGAGAGGGTGAGAGCCCCGTCGTGCCCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCGGCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCCAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACCGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCTGGCGATGCGCTCCGGTTGGATGCGGAACGAGTT-TTCTCGGTCCGCCGATCGGCTCGGTACGCGGACCGATGCGGATTGCGGAGGCGACCCAAGCCTGGGC-CGT--AGATAC-GCCTGTGGAGACGTCGTCCCCGCGATCGTGGCGGGCAGCGCGCGCGGCAACTGCGCGCTCCCGGCGTCGGCCAGCGAGCTCCCCATTCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGTCAGCGGGCTAGTAAACCCGCGAGGCGCAAGGAAGCTAATTGGCGGGATCCCCCTGTGGGTTGCACCGCCGACCGACCTAGATCTTCTGAGAAGGGTTCGAGTGTGAGCATACCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGCGGGCGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCATCGGGGGCGCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAGGACGGCGCGGCTGCTCCGTTGAGCCGCGCCACGGAATCGAGAGCTC ; END; BEGIN TREES; TITLE Euptelea_from_BEAST_analysis; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Euptelea_pleiosperma_H1, 2 Euptelea_pleiosperma_H10, 3 Euptelea_pleiosperma_H11, 4 Euptelea_pleiosperma_H12, 5 Euptelea_pleiosperma_H13, 6 Euptelea_pleiosperma_H14, 7 Euptelea_pleiosperma_H15, 8 Euptelea_pleiosperma_H16, 9 Euptelea_pleiosperma_H17, 10 Euptelea_pleiosperma_H18, 11 Euptelea_pleiosperma_H19, 12 Euptelea_pleiosperma_H2, 13 Euptelea_pleiosperma_H20, 14 Euptelea_pleiosperma_H21, 15 Euptelea_pleiosperma_H22, 16 Euptelea_pleiosperma_H23, 17 Euptelea_pleiosperma_H24, 18 Euptelea_pleiosperma_H25, 19 Euptelea_pleiosperma_H3, 20 Euptelea_pleiosperma_H4, 21 Euptelea_pleiosperma_H5, 22 Euptelea_pleiosperma_H6, 23 Euptelea_pleiosperma_H7, 24 Euptelea_pleiosperma_H8, 25 Euptelea_pleiosperma_H9, 26 Euptelea_polyandra_H26, 27 Euptelea_polyandra_H27, 28 Euptelea_polyandra_H28, 29 Euptelea_polyandra_H29, 30 Euptelea_polyandra_H30, 31 Euptelea_polyandra_H31, 32 Euptelea_polyandra_H32, 33 Euptelea_polyandra_H33, 34 Euptelea_polyandra_H34, 35 Euptelea_polyandra_H35, 36 Platanus_occidentalis; TREE BEAST = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE Ranunculales_from_BEAST_analysis; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Aconitum, 2 Aquilegia, 3 Aspidocarya, 4 Asteropyrum, 5 Berberis, 6 Caltha, 7 Caulophyllum_robustum, 8 Caulophyllum_thalictroides, 9 Clematis, 10 Coptis, 11 Cyclea, 12 Diphylleia, 13 Dysosma, 14 Epimedium, 15 Euptelea_pleiosperma, 16 Euptelea_polyandra, 17 Glaucidium, 18 Helleborus, 19 Hydrastis, 20 Jeffersonia, 21 Mahonia, 22 Meliosma, 23 Myosurus, 24 Nandina, 25 Nelumbo_lutea, 26 Nelumbo_nucifera, 27 Pericampylus, 28 Platanus, 29 Podophyllum, 30 Ranunculus, 31 Ranzania, 32 Sabia, 33 Sinopodophyllum, 34 Thalictrum, 35 Tinomiscium, 36 Tinospora, 37 Vancouveria, 38 Xanthorhiza; TREE BEAST = [&R] 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