#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 22:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Christenhusz M., Tuomisto H., Metzgar J., & Pryer K. 2007. Evolutionary relationships within the Neotropical eusporangiate fern genus Danaea (Marattiaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1935] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=71; TAXLABELS Angiopteris_angustifolia Angiopteris_evecta_2569 Angiopteris_evecta_2575 Angiopteris_sp._2576 Archangiopteris_itoi Christensenia_aesculifolia Danaea_acuminata Danaea_alata_2563 Danaea_alata_2568 Danaea_antillensis_2628 Danaea_antillensis_2656 Danaea_arbuscula_2640 Danaea_arbuscula_2813 Danaea_bipinnata_2600 Danaea_bipinnata_2638 Danaea_carillensis Danaea_cartilaginea Danaea_crispa_2613 Danaea_crispa_822 Danaea_cuspidata Danaea_erecta Danaea_falcata Danaea_geniculata_2580 Danaea_geniculata_2581 Danaea_geniculata_2582 Danaea_geniculata_2589 Danaea_geniculata_2590 Danaea_geniculata_2629 Danaea_grandifolia_2641 Danaea_grandifolia_2762 Danaea_jenmanii_2643 Danaea_jenmanii_2644 Danaea_jenmanii_2763 Danaea_kalevala Danaea_leprieurii_2593 Danaea_leprieurii_2766 Danaea_leprieurii_2844 Danaea_longicaudata Danaea_mazeana Danaea_media_2583 Danaea_media_2584 Danaea_nodosa_2564 Danaea_nodosa_2565 Danaea_nodosa_2572 Danaea_nodosa_2573 Danaea_nodosa_2587 Danaea_nodosa_2631 Danaea_nodosa_2780 Danaea_nodosa_2784 Danaea_nodosa_2786 Danaea_nodosa_2789 Danaea_nodosa_var_2_2793 Danaea_oblanceolata Danaea_polymorpha Danaea_simplicifolia_2566 Danaea_simplicifolia_2594 Danaea_simplicifolia_2802 Danaea_sp._A_2636 Danaea_sp._B_2571 Danaea_sp._B_451 Danaea_sp._C_2775 Danaea_trichomanoides Danaea_trifoliata Danaea_urbanii Danaea_vivax Danaea_wendlandii Macroglossum_smithii Marattia_alata Marattia_laxa_2577 Marattia_laxa_459 Marattia_weinmanniifolia ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Angiopteris_sp._2576 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Archangiopteris_itoi 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Christensenia_aesculifolia 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Danaea_acuminata 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Danaea_alata_2563 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Danaea_wendlandii 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Marattia_alata 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Marattia_weinmanniifolia TCCTGTCGGTGAAATTACTCTCGGACGAATTTTTAATGTTCTTGGAGAACCAGTTGATAATTTAGGGCCTGTCGATGCTGGAATAACATCACCTATTCACAAATCTGCTCCTGCTTTCACACAATTAGATACTAAACTATCTATATTTGAAACGGGAATTAAAGTAGTAGATCTTTTAGCTCCTTATCGTCGTGGAGGAAAAATTGGATTATTCGGAGGGGCCGGAGTGGGAAAAACAGTTCTTATTATGGAATTGATTAATAACATTGCCAAAGCTCATGGAGGTGTATCAGTATCTGGTGGCGTAGGAGAACGGACCCGTGAAGGTAATGATCTTTACATGGAAATGAAAGAATCAAAAGTAATTAATCAAGAAAACATTTCAGAATCAAAAGTAGCTTTGGTATATGGTCAGATGAATGAACCACCAGGAGCTCGTATGAGAGTCGGTTTAACAGCTCTGACAATGGCTGAATATTTTCGAGATGTTAATAAACAAGATGTACTATTATTCATTGACAATATATTTCGCTTCGTTCAAGCAGGATCAGAGGTTTCCGCTTCATTAGGTAGAATGCCTTCTGCTGTGGGTTATCAACCAACCCTCGCTACAGAAATGGGTTCCTTACAGGAAAGGATTACTTCCACCAAAGAAGGTTCTATAACTTCCATTCAAGCAGTTTATGTACCGGCAGACGATTTGACTGATCCGGCTCCTGCTACAACATTTGCACATTCAGATGCGACTACTGTACTATCCAGAGGATTAGCAGCCAAAGGCATCTACCCGGCTGTAGATCCCTTAGATTCAACTTCAACTATGCTACAACCCTGGATTGTGGGTGAAGAGCATTATGAGACCGCACAGGGGGTGAAACAAACTTTACAACGTTATAAAGAACTTCAAGATATTATAGCTATTCTTGGACTGGATGAATTATCAGAAGAGGACCGGTTAACAGTGGCTAGAGCACGAAAAATCGAACGCTTCTTGTCACAACCATTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACTGGTTCTCCAGGAAAATATGTTAGTCCGATAGAAACAATTAAGGGATTTCAAATGATTCTTTCCGGGGAATTAGATAGCCTTCCTGAACAAGCTTTTTATTTGGTAGGCAATATCGATGAAGCGACCGCAAAGGCTGCAACTTTGCAAGTGGAGAGTAGGCGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTGACTCATTATACTCCTGAGTATGAGACTAAGGATACTGATATCCTGGCAGCATTCCGAATGACTCCTCAACCTGGAGTACCGCCTCAAGAAGCGGGAGCTGCGGTAGCTGCCGAATCCTCTACCGGTACTTGGACTACTGTATGGACGGATGGGCTTACTAGCCTTGATCGTTACAAAGGTCGATGCTATGATATCGAACCTGTTGCTGGCGAAGACAATCAATTTATTGCTTATGTAGCTTATCCTTTGGATCTATTTGAAGAAGGTTCTGTCACCAATATGTTTACCTCTATCGTAGGTAACGTATTCGGATTCAAAGCTTTACGAGCTTTGCGATTGGAGGACTTAAGAATTCCTCCTGCTTATTCGAAGACTTTCCAAGGTCCGCCTCACGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAGTATGGTCGTCCACTACTAGGATGTACTATCAAACCAAAATTAGGTTTATCTGCTAAAAACTATGGTAGAGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTTGATTTTACGAAAGATGATGAGAACGTAAATTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGATCGTTTCTTATTCGTAGCAGAAGCTCTTTTTAAGTCTCAAGCTGAGACAGGCGAAGTCAAAGGGCACTACTTAAATGCTACCGCAGGTACGTGTGAAGAAATGATGAAAAGAGCAGTCTTTGCTAGAGAATTGGGCGCACCCATTGTCATGCACGACTATCTGACAGGAGGATTTACTGCAAATACTACATTGGCTCATTATTGTAGAGATAATGGTCTTCTTCTTCATATTCACCGTGCAATGCATGCTGTTATTGACAGACAACGAAATCACGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTGCGTATGTCCGGTGGAGATCATGTTCACGCTGGTACGGTAGTGGGTAAACTCGAAGGAGAACGTGAAGTAACTTTAGGGTTCGTCGATTTACTTCGTGATGACTACATTGAAAAAGATCGAAGTCGTGGTATCTATTTCACTCAAGATTGGGTATCTATGCCGGGTGTCTTCCCCGTAGCTTCAGGTGGTATTCATGTCTGGCATATGCCTGCTCTAACTGAGATTTTCGGAGATGATTCCGTATTACAATTTGGTGGAGGAACTCTAGGACACCCTTGGGGGAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGAGTTGCTTTAGAGGCTTGTGTACAGGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATTGACTTGACTAATTTGAGCTTTAGTATGGAAACTTACTAACTGATAGCTTTCAAATTCAGGGAAACCTAGGACTGTGAAATAGGCAATCCTGAGCCAAATCTTGCCTCGAGCGAGGATGGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAACGAATTGATAAAACATGATCTCATCGGAGATAATCTATT??????GATTAACCCTCGATAGAAAAAAA?GAATTCTAAAT?????ATCTTA?????????????AAAATGAAATAGATTCAATATATCTAC??????????????GATAATAGAATCAGAAATATATTGGGACGGCTTAAAGATTCAATAATGAAGTTGTCTTTCAGTATTACACCCATTAACTGTTAATTGTTAAAAAGA??????????????????TATTTTGAAGAGATAA???????????????????GATTTTGTAATAGATAATTGTCGAGGATAAAGATAGAGTCCAGTTTTACACTGTTGATAGAAACAGCAATGCAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGTCTTTGAAGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAGGAATAAA??????????TCAGTCAGATTTTTGATTAG??AAGTCTCATGATATTGACTTCATCAACCTTTTCAATACCAATTTAATAAAT?AGTACAAAAGATGAAATAG????AAGCATCTT??????ATGCCAGATACAAGATTCAGATGAATCTCTTTCTACCCAATTTTTATTTT???CTATCTGAATTTATTTGTTGTTCTCTCTAGTTGACAGAGAATCTAAACTTT?CCTAAAA?????????TACATTAGGAAGAAA?CAGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC ; END; BEGIN SETS; CHARSET rbcL (CHARACTERS = 'atpB, rbcL, trnL-F') = 1184-2492; CHARSET trnLF (CHARACTERS = 'atpB, rbcL, trnL-F') = 2493-3388; CHARSET atpB (CHARACTERS = 'atpB, rbcL, trnL-F') = 1-1183; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB, rbcL, trnL-F') = N: 1-3388; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'atpB, rbcL, trnL-F') = N: 1-3388; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8742; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Marattia_weinmanniifolia, 2 Marattia_laxa_459, 3 Marattia_laxa_2577, 4 Marattia_alata, 5 Macroglossum_smithii, 6 Danaea_wendlandii, 7 Danaea_vivax, 8 Danaea_urbanii, 9 Danaea_trifoliata, 10 Danaea_trichomanoides, 11 Danaea_sp._C_2775, 12 Danaea_sp._B_451, 13 Danaea_sp._B_2571, 14 Danaea_sp._A_2636, 15 Danaea_simplicifolia_2802, 16 Danaea_simplicifolia_2594, 17 Danaea_simplicifolia_2566, 18 Danaea_polymorpha, 19 Danaea_oblanceolata, 20 Danaea_nodosa_var_2_2793, 21 Danaea_nodosa_2789, 22 Danaea_nodosa_2786, 23 Danaea_nodosa_2784, 24 Danaea_nodosa_2780, 25 Danaea_nodosa_2631, 26 Danaea_nodosa_2587, 27 Danaea_nodosa_2573, 28 Danaea_nodosa_2572, 29 Danaea_nodosa_2565, 30 Danaea_nodosa_2564, 31 Danaea_media_2584, 32 Danaea_media_2583, 33 Danaea_mazeana, 34 Danaea_longicaudata, 35 Danaea_leprieurii_2844, 36 Danaea_leprieurii_2766, 37 Danaea_leprieurii_2593, 38 Danaea_kalevala, 39 Danaea_jenmanii_2763, 40 Danaea_jenmanii_2644, 41 Danaea_jenmanii_2643, 42 Danaea_grandifolia_2762, 43 Danaea_grandifolia_2641, 44 Danaea_geniculata_2629, 45 Danaea_geniculata_2590, 46 Danaea_geniculata_2589, 47 Danaea_geniculata_2582, 48 Danaea_geniculata_2581, 49 Danaea_geniculata_2580, 50 Danaea_falcata, 51 Danaea_erecta, 52 Danaea_cuspidata, 53 Danaea_crispa_822, 54 Danaea_crispa_2613, 55 Danaea_cartilaginea, 56 Danaea_carillensis, 57 Danaea_bipinnata_2638, 58 Danaea_bipinnata_2600, 59 Danaea_arbuscula_2813, 60 Danaea_arbuscula_2640, 61 Danaea_antillensis_2656, 62 Danaea_antillensis_2628, 63 Danaea_alata_2568, 64 Danaea_alata_2563, 65 Danaea_acuminata, 66 Christensenia_aesculifolia, 67 Archangiopteris_itoi, 68 Angiopteris_sp._2576, 69 Angiopteris_evecta_2575, 70 Angiopteris_evecta_2569, 71 Angiopteris_angustifolia; TREE Fig._4 = [&R] ((66,(((((71,69,68),70),67),5),((4,1),(2,3)))),((((((65,50),7),((64,63),(19,6))),(((56,(53,54)),((52,41,40,39,33),8)),10)),(((55,30),(((29,28,26,25,22,21),27),20)),(51,((((43,42),34),(32,31,24,23),14),38)))),((((62,61),9),((((60,48),59,49,47,46,45,44,18,12,13,11),58,57),(37,36,35))),(17,(16,15))))); END;