#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 10:56 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Steele C.A., & Storfer A. 2007. Phylogeographic incongruence of codistributed amphibian species based on small differences in geographic distribution. Molecular Phylogenetics and Evolution, 43: 468-479. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S19444] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Dicamptodon_aterrimus Dicamptodon_copei_Boulder_1 Dicamptodon_copei_Bridal_Veil_1 Dicamptodon_copei_East_1 Dicamptodon_copei_Elk_2 Dicamptodon_copei_Elk_3 Dicamptodon_copei_Elochoman_1 Dicamptodon_copei_Fox_1 Dicamptodon_copei_Fox_2 Dicamptodon_copei_Little_4 Dicamptodon_copei_Little_7 Dicamptodon_copei_Mabee_1 Dicamptodon_copei_McClowsky_1 Dicamptodon_copei_McClowsky_3 Dicamptodon_copei_Mona_4 Dicamptodon_copei_Sol_Duc_1 Dicamptodon_copei_Still_1 Dicamptodon_copei_Still_4 Dicamptodon_copei_Stillman_10 Dicamptodon_copei_Trib_Young_1 Dicamptodon_copei_Trib_Young_2 Dicamptodon_copei_Trib_Young_4 Dicamptodon_copei_Trout_1 Dicamptodon_copei_Trout_2 Dicamptodon_copei_Trout_4 Dicamptodon_copei_White_Salmon_1 Dicamptodon_copei_Young_2 Dicamptodon_copei_Young_3 Dicamptodon_copei_Young_4 Dicamptodon_ensatus Dicamptodon_tenebrosus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Dicamptodon_aterrimus 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Dicamptodon_copei_Still_1 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Dicamptodon_copei_Still_4 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Dicamptodon_copei_Young_2 CCCATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGTTTATCATATTGATGAAACTTTGGCTCACTACTTGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGATACTGTGTCAGCATTCTCATCAGTCGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTATTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAGTGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTACTACCTTGAGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTGTCCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGGGGCGGGTTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTCCCATTTTTAATTATTGCTCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACGGGATCTAATAATCCTACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATGCCGTTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGCTTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAACTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCTCCCCATATTCAACCAGAGTGGTACTTTCTTTTTGCATACGCTATCCTTCGATCAATTCCAAATAAATTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGTATAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACTTTAATATTAACTTGAATTGGTGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGCCAATTTGCCTCAATTATTTACTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCCCTTTGCAGCCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATACCTTAATAGTTTAATAAAACATCA-----------CGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTCGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTAATGGGGGTAGGGGGGTTTACCAAAAGGATGAAAAAATTAAATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACTAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATCTGAACGCGATGTTCAGCTTTATATCGAGTTGTACCAGTCATA-TCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATTGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGTATGCCAGTTTACCAGAAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAGGAGTATCACTCTTCTAGGAGAGTCCGCAGATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACACAGCAAAATTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACTATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCC-------------- Dicamptodon_copei_Young_3 CCCATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGTTTATCATATTGATGAAACTTTGGCTCACTACTTGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGATACTGTGTCAGCATTCTCATCAGTAGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTATTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAGTGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTGCTACCTTGAGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTGTCCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGGGGCGGGTTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTCCCATTTTTAATTATTGCTCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACGGGATCTAATAATCCTACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATGCCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGATTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAACTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCTCCCCATATTCAACCAGAGTGGTACTTTCTTTTTGCATACGCTATCCTTCGATCAATTCCAAATAAATTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGTATAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACTTTAATATTAACTTGAATTGGTGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGCCAATTTGCCTCAATTATTTACTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCCCTTTGCAGCCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATACCTTAATAGTTTAATAAAACATCA----------------TTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTAGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTAATGGGGGTAGGGGGGTTTACCAAAAGGATGAAAAAATTAAATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACTAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATTTGAACGCGATGTTCAGCTTTATATCGAGTTGTACCAGTCATA-TCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGTATGTCAGTTTACCGGTAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAGGAGTATCACTCTTCTAGGAGAGTCCGCAGATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACACAGCAAAATTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACTATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGAC----------- Dicamptodon_copei_Young_4 CCCATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGTTTATCATATTGATGAAACTTTGGCTCACTACTTGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGATACTGTGTCAGCATTCTCATCAGTCGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTATTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAGTGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTACTACCTTGAGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTGTCCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGGGGCGGGTTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTCCCATTTTTAATTATTGCTCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACGGGATCTAATAATCCTACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATGCCGTTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGCTTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAACTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCTCCCCATATTCAACCAGAGTGGTACTTTCTTTTTGCATACGCTATCCTTCGATCAATTCCAAATAAATTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGTATAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACTTTAATATTAACTTGAATTGGTGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGCCAATTTGCCTCAATTATTTACTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCCCTTTGCAGCCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATACCTTAATAGTTTAATAAAACATCA-TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTCGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTAATGGGGGTAGGGGGGTTTACCAAAAGGATGAAAAAATTAAATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACTAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGCATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATCTGAACGCGATGTTCAGCTTTATATCGAGTTGTACCAGTCATA-TCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGTATGTCAGTTTACCAGAAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAGGAGTATCACTCTTCTAGGAGAGTCCGCAGATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACACAGCAAAATTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACTATATACATAGTATG------------------------------ Dicamptodon_ensatus CCTATAATTAAAATTGTAAATAATTCATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGCTTATCATATTGATGAAACTTCGGCTCACTACTCGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACAGCTGACACAATATCAGCATTCTCATCAGTCGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTACTATGGGTCATATTTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTTATGATAGCAACCGCTTTCGTAGGTTATGTACTACCTTGGGGTCAAATATCTTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTATCCCATATATAGGAGATATACTTGTACAATGAATCTGAGGCGGGTTCTCAGTAGATAAGGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTTCCATTTTTAATTATTGCCCTCAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAATAATCCAACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATACCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGTTTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAATTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCATTAATTACACCCCCTCATATTCAACCAGAGTGATACTTTCTTTTTGCATATGCTATTCTTCGATCTATTCCAAATAAACTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATTCCAATACTTCATAAAGCAAAACAACGAAGCCTAATATTTCGTCCTATAACTCAACTCATATTTTGATCTTTAGTAGCTAACACCTTAATTTTAACTTGAATTGGCGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGACAATTTGCCTCAATCATTTATTTCTCTATATTTATTTTCCTTTTTCCTATCTGTAGTCATTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATGCC-TAATAGTTATCTATCTAGGCA-TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATATATTCTTAAATTTTATAGCCAATATCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTTGGGGGTTGACTAAATATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTATGGGGGTTAGGGGGGTTTACCTAAAGGATGAAAAAATTAGATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACCAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATCTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATTTGAACGCGATGTTCAGCTTTAGATCGAGTTGTACCAGTCATATTCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-GAAAAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGTAAGTCAGGTTGAAAGAATGTCAGTTTGCCGTCAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTCGATGAAAGAGTGTCACTCTTCTAGGAGAGTCCTCAAATCTGGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACATAGCGAAGTTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATCCGTATGGCAGATATAAGAATGTCCGATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGACTTTGGCAAAAT Dicamptodon_tenebrosus -------------------------CATTTATTGATCTTCCAACACCATCAAGCTTATCATATTGATGAAATTTCGGCTCACTCCTCGGAATTTGTCTTATTGCACAAATTCTTACAGGTTTATTTTTAGCTATACATTATACTGCTGATACTATATCAGCATTCTCATCAGTTGCACATATTTGTCGTGACGTAAATTATGGGTGACTTATCCGTAATATACACGCTAACGGTGCCTCATTCTTTTTTATCTGCATCTTTCTACATATTGGACGTGGTATCTACTATGGGTCATATCTATATAAAGAAACCTGAAACGTCGGGGTGATCTTATTACTATTAATGATAGCAACCGCTTTCGTTGGTTATGTACTACCTTGGGGTCAAATATCCTTTTGAGGCGCAACAGTTATCACGAATTTATTATCAGCTACTCCATATATAGGAGACATACTTGTACAATGAATCTGAGGCGGATTCTCAGTAGATAAAGCAACCTTAACCCGATTTTTCGCTTTTCATTTCTTACTTCCATTTTTAATTATTGCCCTTAGTATTATTCACCTTTTATTTCTTCACGAAACAGGATCTAATAACCCAACTGGCATTTATACTAATCAAGATAAAATACCATTCCACCCATACTTTTCTTATAAAGATATTTTAGGATTTATATTAATATTATTTATACTTATAATATTATCACTTTTAAACCCAAATTTATTAGGAGACCCAGAAAATTTTACACCAGCAAACCCACTAATTACACCCCCCCATATTCAACCAGAATGATACTTTCTTTTTGCATATGCTATTCTTCGATCTATTCCAAATAAACTAGGAGGTGTAATTGCACTTTTAATATCAATTATAATTTTAATATTTATCCCAATACTTCATAAAGCAAAGCAACGGAGTCTAATATTTCGTCCTATAACTCAACTTATATTTTGATCTTTAGTAGTTAACACCTTAATTTTAACTTGAATTGGCGGACAACCAGTAGAACCCCCATTTATTGAAATTGGACAATTTGCCTCAATTATTTATTTCTCTATATTTATTTTTATTTTCCCTATCTGTAGTCACTGAGAAAATAAATTTATAAAATGATGCC-T---------------------TTTTCAGTGCCGTGCTTTTAATTTTAAGCTACACTAACTTACAGTGTCACACTATAATAACAAATTTTAAATATACATTCTTAAATTTTATTGCCGATGTCAGTGTCGTAAGCAAATATAATTTTTTAGCCTTGGGGGTTGACTAATAATAGAAGTTGCTGATTAGAAATTATGGGGGTTAGGGGGGTTTACCTAAAGGATGAAAAAATTAGATGATTTTCAAAATTAAAATCTTGATAAAACCAGCTCCGGGGGGAAAAAGGAAAAGATAATAATAATAAAATCAGGGGAAAAAATAAATATGTCTAACAATCATGTATTTATATTACTCATTCTATTTTGGTTCGGTAGACATTTGAGCGCGATGTTCAGCTTTAGATCGAATTGTACCAGTCATATTCTCCGAATGTTGGTTGACTTCTC-AAAGAAAAAAAAAACTACAGATGTGAAACAGAGCAGTTATGCTGGCCAAGTGCACCTTGTTATTATTTGATACTTCATCGGGGGCAAGTCAGGTTGAAAGAATGTCAGTTTACCGTCAATGCGCTTAGATTCATAACCAGATGCCAATTTGATGAAAGAGTATCACTCTTCCAGGAGAGTCCGTAGATTTTGCCTATTTGTCGTAAGGGGCGGGTTGGTCGGTTCTCAGCACATAGCTAAGTTATTAAGAAAAAGGTTTAAAAATCAAATTCATATGGCAGATATAAGAATGTACGATATACATAGTATGTACGCCTCGTCACTCCGAC----------- ; END; BEGIN TREES; TITLE Dicamptodon_copei_cytb_b_and_control_region; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Dicamptodon_copei_Boulder_1, 2 Dicamptodon_copei_Bridal_Veil_1, 3 Dicamptodon_copei_East_1, 4 Dicamptodon_copei_Elk_2, 5 Dicamptodon_copei_Elk_3, 6 Dicamptodon_copei_Elochoman_1, 7 Dicamptodon_copei_Fox_1, 8 Dicamptodon_copei_Fox_2, 9 Dicamptodon_copei_Little_4, 10 Dicamptodon_copei_Little_7, 11 Dicamptodon_copei_Mabee_1, 12 Dicamptodon_copei_McClowsky_1, 13 Dicamptodon_copei_McClowsky_3, 14 Dicamptodon_copei_Mona_4, 15 Dicamptodon_copei_Sol_Duc_1, 16 Dicamptodon_copei_Still_1, 17 Dicamptodon_copei_Still_4, 18 Dicamptodon_copei_Stillman_10, 19 Dicamptodon_copei_Trib_Young_1, 20 Dicamptodon_copei_Trib_Young_2, 21 Dicamptodon_copei_Trib_Young_4, 22 Dicamptodon_copei_Trout_1, 23 Dicamptodon_copei_Trout_2, 24 Dicamptodon_copei_Trout_4, 25 Dicamptodon_copei_White_Salmon_1, 26 Dicamptodon_copei_Young_2, 27 Dicamptodon_copei_Young_3, 28 Dicamptodon_copei_Young_4, 29 Dicamptodon_aterrimus, 30 Dicamptodon_ensatus, 31 Dicamptodon_tenebrosus; TREE Fig._3 = [&R] (29:0.022345,((30:0.016875,31:0.019176):0.009126,((27:0.001156,(28:5.24E-4,(26:1.0E-8,(2:5.45E-4,19:5.41E-4):5.42E-4,(20:1.0E-8,21:5.4E-4):5.37E-4):0.001093):0.003336):0.005879,((1:0.002161,(16:1.0E-8,17:1.0E-8):5.19E-4):0.001491,(((7:5.34E-4,8:1.0E-8):0.00648,(6:0.001445,18:7.39E-4,(4:5.34E-4,5:1.0E-8,15:7.17E-4):5.41E-4):0.00194):0.003052,(25:0.002146,(23:0.001087,(3:0.001633,(9:1.0E-8,10:5.37E-4,14:5.37E-4):0.001076):0.001091):0.001075,(22:5.28E-4,24:5.6E-4,(12:1.0E-8,(11:1.0E-8,13:5.44E-4):5.35E-4):0.00108):0.00108):0.001602):0.002823):0.002018):0.027088):0.022345); END;