#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 5:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ekman S., Andersen H., & Wedin M. 2008. The Limitations of Ancestral State Reconstruction and the Evolution of the Ascus in the Lecanorales (Lichenized Ascomycota). Systematic Biology, 57(1): 141-156. 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Cladonia_digitata 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Cladonia_peziziformis 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Crocynia_gossypina 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Fellhanera_bouteillei 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Fellhanera_subtilis 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Frutidella_caesioatra 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Helocarpon_crassipes 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Herteliana_taylorii 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Hypogymnia_physodes 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Lecania_atrynoides 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Lecanora_allophana 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Lecidea_atrosanguinea 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Lecidea_fuscoatra 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Lecidea_silacea 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Lecidea_turgidula 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Lecidella_meiococca 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Lepraria_bergensis 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Lepraria_lobificans 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Lopadium_disciforme 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Megalaria_grossa 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Micarea_adnata 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Micarea_alabastrites 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Micarea_erratica 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Micarea_intrusa 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Micarea_micrococca 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Micarea_sylvicola 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Miriquidica_garovaglii 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Myxobilimbia_sabuletorum 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Platismatia_glauca 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Protoblastenia_rupestris 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Protomicarea_limosa 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Schadonia_fecunda 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Scoliciosporum_umbrinum 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Sphaerophorus_globosus 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Squamarina_lentigera 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Stereocaulon_tomentosum 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GAACTTGCAGTGCCCGTCTTCCATGTTGGTGGCTTTATGACAAAAATTAAAAAACTACTAGAAACTGTCTGCCATAACTGTGGCAAAATCCTAGTCGATGAAGTTAGTCATAGCAATCCCGCATTTGCGGATGCTCTTCGTTACCGTGATCCTAAAAGACGCTTTGACGCAGTTTGGAGGCTCTGCAAGCCCAAGATGATCTGTGAGACTACTATG---GCTTTAGATGATGACGCG---CCGCCAGAG------AAATTGAAGGAACCAAAGCATGATCATGGTGGTTGTGGAAATATACAACCCGAGATTCGACGTGAAGGTCTTCGCCTAAATGGTACGTGGAAAGCGCAAAAAGGGGATGAAGAAAACGAGGGACAGCAGCCGGAAAAGAAACCAATAACGCCACAGATGGCCCTCAGCATATTCCGCCACATCTCTACAGATGACATCAAGCGCATGGGTCTGAGCAACGATTACGCACGCCCAGAGTGGATGATCATAACTGTCCTCCCCGTACCACCACCACCTGTGAGACCAAGTATATCAGTTGACGGAGGTAATGGCATGCGTGGAGAAGACGATCTGACCTATAAGCTCGGCGACATCATACGCGCGAACGGCAATGTTCGCCGATGCGAAACTGAAGGTTCTCCAGCACATGTTGTTAACGAATTCGAGCAGCTGCTTCAATT???AGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGGATAGCAATA-GCTGATTGCATGCAATATCGACGATGTCGAATAAAATTCTAGGTAGAATTATGATAATGACA-TTGTCTACCTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGCAAATCAAGCCTGGACTAATTAG-CTAGAGTTACTTATGAGGGGGTTTTAAAGTACTGCTG-GAGTAGAGATGAAATTCTGTCATACCATATGGCACAGGTATAGGTGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTTTC-TGTAGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCGGA-GCAGAAAATGATGAATGTCATAGGTTAGTTTATCCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTAGACGATACGCAAAAAACCTTACCACAATCTGTATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTATGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTACTTTATTT-TTATATAGAGTTGTTCCCCGCTAGATTGGATA-TGATAA-CAGGGACTAGGACAAGTCATCATGGCCTATA-TATTGTAAACCTT-ACAAAAGGATGTGAAATTGTGAAATTGAGCTAATCCCCCAAAATTGGAGAAACACTAACAA?GATTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCT-GACGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGGTGTTTCGGGAGCGACGCCGGTCTAAGTCCCTTGGAACAGGGCGTCATAG-AGGGTGAG-AATCCCGTATG-TGACCGGCGATCAACCCC-ATGTGAAACCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCTGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACCTGTCCGCGGGCGATCAGCGGTGGTTTGCACTCGGATCAGGCCAGCATCGGTTCGGGCGGTCGGATAAAGGCCACGGGAACGTAGCTCCCTTC----GGGGAGTCTTATAGCCCGTGCAATGC-GGCCAGCCCGGACCGAGGACCGCGC-TTC-GGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGC-GACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTGTAACATTTATGC-GAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATGCGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTG-GGAACCCCGCACCATCGACCGATCCAGATGTC-TTCGGATGGATTTGAGTAGGAGCATAACTGTTGCGACCCGAAAGA-TGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGC- Tonina_cinereovirens GAGCTCGCTGTGCCGGTTTTTCACGTTGGTGGTTTCATGACAAAGATTAAAAAGCTTCTGGAGACGGTTTGCCACAACTGTGGCAAAATCTTGGTTGATGAAGTTAGTCATAGCAATCCAGCTTTTGCGGACGCTCTACGTTTGCGAGATCCCAAGCGCCGTTTCGATGCTGTCTGGCGGCTGTGCAAGCCAAAATTGATCTGTGAAAGATTACCA---ACTTCTGACGGGGAAACA---CCATCCGAT------GAGACCAAGAAGCCCAAACATGACCACGGTGGCTGTGGCAATTCGCAACCTGAGATTCGCAAGGAAGGGCTAAGGCTGACCGGTACCTGGAAGGCCCGGAAAGAGGATGACGAGAACGAAGCTCAGCAACCTGAGAAGAGGCCAATAACTCCGCAGATGGCCTTGAACATCTTTCGCAACATTTCCACAGAGGATATTCAGCGCATGGGTCTTAGTAATGATTATGCACGTCCGGAGTGGACGATCATTACAGCTCTTCCAGTTCCTCCACCCCCTGTTCGGCCCAGCATTGCTGTGGACGGAGCCAACGGCATGCGAGGCGAAGACGATTTGACGTACAAGCTTGGTGATATCATTCGTGCAAACGGCAACGTGAAAAGATGCGAAGCAGAAGGGTCTCCGGCTCATGTCGTTAGCGAATTCGAACAGCTCTTGCAATT??TAGCCTAACGGCTGA-CCAGCAATTTGGATGAACGAACCCTTAAC-GGGGGTTGCATGCAACATCAACTTGGTTGAATAAAGTTCTGAGTAAAGTTA-GATAATGACT-TAATTTACTCATATGTCTTGACTAAAATACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTAGGACTAGTTTG-CTAGAGTTACTTGTGAAGGGGCTTAAAAGTACTAATG-GAGTAGAGATAAAATGCTAGTATACCATATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTTTG-AGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGAA-GGAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTACTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAACACCTTACCACAACTTGAATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-TTATGTAGAACGGTTCACCGCTATATTGGATA-TGATAA-TAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCCTGAA-TGTTGTAATCCATTACAAAGGGATGTGAAATTGTGAAATTAAACTAATCC-TTAAAACTGGATAAAC?????????GATTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCT-GGCGGGGCCCGTTTGGATTTGTAGAGGACTCTTCGGGCGCGGTACCGGCCTAAGCCCCTTGGAACAAGGCGTCATAG-AGGGTGAG-AATCCCGTCTG-CGGTCGGCCTCCAAGCCC-ACACGAAGATCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCTGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACTTGCCCGCGGGCGTTCCACGGTGGTTTGCACTCGGATCAGGCCAGCATCGGTTCCGGCGGCCGGAGAAAGGCCCTGGGAATGTAGCTCCCCCC----GGGGAGTGT-AGAGCT-GTGCCATGC-GGCCAGCTGGGACCGAGGACCGCGC-TTC-GGCAAGGATGCTGGCGTAATGGTCGTAAGC-GGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGC-GAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATGCGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTG-GGAGCCCTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTT-TACGGATGGATTTGAGTATGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGA-TGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTAGGTATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCAT??????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8799; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Catinaria_atropurpurea, 2 Megalaria_grossa, 3 Rolfidium_coccocarpioides, 4 Tonina_cinereovirens, 5 Bacidia_rosella, 6 Ramalina_fastigiata, 7 Crocynia_gossypina, 8 Lecania_atrynoides, 9 Myxobilimbia_sabuletorum, 10 Psorula_rufonigra, 11 Psora_rubiformis, 12 Psora_decipiens, 13 Micarea_sylvicola, 14 Protoblastenia_rupestris, 15 Protomicarea_limosa, 16 Sphaerophorus_globosus, 17 Micarea_intrusa, 18 Scoliciosporum_umbrinum, 19 Glyphopeltis_ligustica, 20 Psilolechia_leprosa, 21 Psilolechia_lucida, 22 Fellhanera_subtilis, 23 Fellhanera_bouteillei, 24 Schadonia_fecunda, 25 Calopadia_foliicola, 26 Byssoloma_leucoblepharum, 27 Micarea_adnata, 28 Micarea_micrococca, 29 Micarea_alabastrites, 30 Micarea_erratica, 31 Lepraria_bergensis, 32 Lepraria_lobificans, 33 Stereocaulon_tomentosum, 34 Stereocaulon_pileatum, 35 Cladonia_peziziformis, 36 Cladonia_digitata, 37 Herteliana_taylorii, 38 Squamarina_lentigera, 39 Miriquidica_garovaglii, 40 Adelolecia_pilati, 41 Lecidea_turgidula, 42 Frutidella_caesioatra, 43 Pyrrhospora_quernea, 44 Lecanora_intumescens, 45 Lecanora_allophana, 46 Haematomma_ochroleucum, 47 Lecidella_meiococca, 48 Mycoblastus_sanguinarius, 49 Tephromela_atra, 50 Platismatia_glauca, 51 Hypogymnia_physodes, 52 Lecidea_atrosanguinea, 53 Helocarpon_crassipes, 54 Halecania_alpivaga, 55 Lopadium_disciforme, 56 Bellemerea_diamarta, 57 Lecidea_silacea, 58 Lecidea_fuscoatra; TREE Fig._2 = [&R] (58,57,(56,(((55,(54,1)),(53,52)),((((51,50),(49,48)),(((47,46),(((45,43),44),(42,(41,40)))),(39,((38,37),((36,35),((34,33),(32,31))))))),(((30,((29,(28,27)),(26,(25,(24,(23,22)))))),(21,20)),((((19,((9,(8,7)),((6,((5,4),3)),2))),((14,13),(12,(11,10)))),(16,15)),(18,17))))Lecanorales))); END;