#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 9:08 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Friar E., Prince L., Cruse-sanders J., Mcglaughlin M., Butterworth C., & Baldwin B.G. 2008. Hybrid Origin and Genomic Mosaicism of Dubautia scabra (Hawaiian Silversword Alliance; Asteraceae--Madiinae). Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1976] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Dadh-A' 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Dadh-A' 'Dubautlia arborea Dadh-A' 'Dubautlia ciliolata Dadh-A' 'Dubautlia laxa hirsuta Dadh-A' 'Dubautlia linearis Dadh-A' 'Dubautlia menziesii Dadh-A' 'Dubautlia platyphylla Dadh-A' 'Dubautlia reticulata Dadh-A' 'Dubautlia scabra HV Dadh-A' 'Dubautlia scabra OL Dadh-A' 'Dubautlia scabra PH Dadh-A' 'Dubautlia waianapanapaensis Dadh-A' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_ITS Argyroxiphium_sandwicense_sandwicense_ITS Dubautia_arborea_ITS Dubautia_ciliolata_ITS Dubautia_laxa_hirsuta_ITS Dubautia_linearis_ITS Dubautia_menziesii_ITS Dubautia_platyphylla_ITS Dubautia_reticulata_ITS Dubautia_scabra_HV_ITS Dubautia_scabra_OL_ITS Dubautia_scabra_PH_ITS Dubautia_waianapanapaensis_ITS ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_chlp Argyroxiphium_sandwicense_sandwicense_chlp Dubautia_arborea_chlp Dubautia_ciliolata_chlp Dubautia_laxa_hirsuta_chlp Dubautia_linearis_chlp Dubautia_menziesii_chlp Dubautia_platyphylla_chlp Dubautia_reticulata_chlp Dubautia_scabra_HV_chlp Dubautia_scabra_OL_chlp Dubautia_scabra_PH_chlp Dubautia_waianapanapaensis_chlp ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap3-B' 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap3-B' 'Dubautia arborea Asap3-B' 'Dubautia ciliolata Asap3-B' 'Dubautia laxa hirsuta Asap3-B' 'Dubautia linearis Asap3-B' 'Dubautia menziesii Asap3-B' 'Dubautia platyphylla Asap3-B' 'Dubautia reticulata Asap3-B' 'Dubautia scabra HV Asap3-B' 'Dubautia scabra OL Asap3-B' 'Dubautia scabra PH Asap3-B' 'Dubautia waianapanapaensis Asap3-B' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Dadh-B' 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Dadh-B' 'Dubautia arborea Dadh-B' 'Dubautia ciliolata Dadh-B' 'Dubautia laxa hirsuta Dadh-B' 'Dubautia linearis Dadh-B' 'Dubautia menziesii Dadh-B' 'Dubautia platyphylla Dadh-B' 'Dubautia reticulata Dadh-B' 'Dubautia scabra HV Dadh-B' 'Dubautia scabra OL Dadh-B' 'Dubautia scabra PH Dadh-B' 'Dubautia waianapanapaensis Dadh-B' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa6; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_AF061884 Argyroxiphium_sandwicense_subsp_sandwicense_AF061883 Dubautia_arborea_ITS Dubautia_ciliolata_ITS Dubautia_laxa_hirsuta_ITS Dubautia_linearis_ITS Dubautia_menziesii_ITS Dubautia_platyphylla_ITS Dubautia_reticulata_ITS Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_1 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_11 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_17 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_2 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_6 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_2 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_3 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_4 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_5 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_8 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_1 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_10 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_4 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_5 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_9 Dubautia_waianapanapaensis_ITS ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa7; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap1-A' 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap1-A' 'Dubautia arborea Asap1-A' 'Dubautia ciliolata Asap1-A' 'Dubautia laxa hirsuta Asap1-A' 'Dubautia linearis Asap1-A' 'Dubautia menziesiiAsap1-A' 'Dubautia platyphylla Asap1-A' 'Dubautia reticulata Asap1-A' 'Dubautia scabra HV Asap1-A' 'Dubautia scabra OL Asap1-A' 'Dubautia scabra PH Asap1-A' 'Dubautia waianapanapaensis Asap1-A' ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa8; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap3-A' 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap3-A' 'Dubautia arborea Asap3-A' 'Dubautia ciliolata Asap3-A' 'Dubautia laxa hirsuta Asap3-A' 'Dubautia linearis Asap3-A' 'Dubautia menziesii Asap3-A' 'Dubautia platyphylla Asap3-A' 'Dubautia reticulata Asap3-A' 'Dubautia scabra HV Asap3-A' 'Dubautia scabra OL Asap3-A' 'Dubautia scabra PH Asap3-A' 'Dubautia waianapanapaensis Asap3-A' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3009] TITLE nrITS_clone_data; LINK TAXA = Taxa6; DIMENSIONS NCHAR=644; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_AF061884 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3011] TITLE 'Asap3-A'; LINK TAXA = Taxa8; DIMENSIONS NCHAR=967; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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sandwicense Asap3-A' AAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGAT----CTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTTTTTAAACTTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGG-CCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTGACTTTTTTCAAGTTTAAAAGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGGTGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGAAAAAAAATGGTTAATTCGTTAAAAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTAAAAATGTGTCGAGTAATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGAATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTG--A 'Dubautia arborea Asap3-A' AAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGAT----CTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGG-CCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTCAAGTTTAAAAGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTAAAAATGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATA 'Dubautia ciliolata Asap3-A' AAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGCGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGAT----CTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGG-CCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTCAAGTTTAAAAGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTAAAAATGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATA 'Dubautia 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linearis Asap3-A' AAAGAGAAGAAATGGGATATTCAAGAAAGCTCATGAGCTCACTGTTCTCTGTGATGCCAAGGTTTCTCTTATTATGTTCTCCAACACTGGAAAATTCCATGAGTACATCAGCCCTTCCACCACGTACGTACATATCTTGTATCTATAATCTATATCTCGATCGATCGAT----CTTCTACACCTTCTGCTTGCTTGCTTTCAAGAAACAACTAACTCAACATCATCTCTGAAAATAATATCGAATTTTGTCAATTTGATTAATTTTACGCAGGACTAAGAAAATTTATGATATGTATCAGACTACTCTTGGGTTTGATCTCTGGACCTCCCACTATGAGGTCATCTCTCTCCTCTACCACTTCATATTCTATCCTCATACCATCTTGATCATCACGACTCGACTTTTTAAACCTTGAATGTGTCAATGTTTGACCAAGTTAAACTTTTTAGAAGG-CCAGTCGTCCCTCTTTATTCATATATGACCTTCTCACTTTTTTCAAGTTTAAAAGGTCATACAATATACAATGGTGTTGGCGGATGGTTGTTCAACTTATAATTGACCATAGTGGTGCTGTGAGATTAGGAAAAAAATGGTTAATTCGTTAATAGCAACACCGGCCTCTAGAGCCTAGTTTATCATAAAAAATTAGTTTCAAGGATGTTACCAATAATATTTCAAGAACTCGAAAATCGCCTAAAATTGCGAGGTTTCACATCCTCTTATAAGTGTAATGTTGGGTACTTTGGTTGTATTTTAAGAAAAGAATTGCTGTAAAAATGTGTCGAGTGATGAAACTAATCTAGTATGTATACAAATGTGTAGAGGATGACAGAAACAATGAAGAAGCTTAAAGAGAGCAACAATAAACTTAGAAGAGAGATCAGGTGATTCTAATACAATAAAGATTGAAATTTTGTTGTAGGTTCAATAAATTAATTGGTTAACTCTTAAGATTTAACTGATA 'Dubautia 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'Dubautia arborea Asap3-B' 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'Dubautia ciliolata Asap3-B' 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'Dubautia laxa hirsuta Asap3-B' 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'Dubautia linearis Asap3-B' 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'Dubautia menziesii Asap3-B' 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'Dubautia platyphylla Asap3-B' 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'Dubautia reticulata Asap3-B' 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Dubautia_reticulata_chlp 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'Dubautia ciliolata Asap1-A' 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'Dubautia laxa hirsuta Asap1-A' 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'Dubautia linearis Asap1-A' 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'Dubautia menziesiiAsap1-A' 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'Dubautia platyphylla Asap1-A' 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'Dubautia reticulata Asap1-A' TCTTTTGCTAAAAGAGTTGTTCTTTGTTCCTAAGGTTAATTAACTGCATGCATTTTTA--CCTTTTTGGAAAGAAACTTATTGTTTGGAGCATTGGTTGGTTATTTAACTGTTTATATATATGTAGGCACTATATGGGTGAAGAAATTGAGTCACTAAGCTTGAAAGAAATCCAAAACTTGGAGCAACAGCTTGATACTGGACTCAAGCATATTCGCACAAGAAAAGTAACCATATGTGCATATATGTGTGCCGAATAAATACAATTTGTAAGCGACTATATCTTTACATCATCAATATTTCACTGAACGTTTCATCTTGCAGAACCAACTCCTCCATGAATCAATCTCCAAGCTTCAGAAAAAGGTGGTCATGTTTTTCTTTTCCTTGACGGCATCTTGCTTTTTGACTTTGACTT---CAAACGATGAGATCAGAAGTTGAATGACCGTTGCGTTTTATTGTTTTTGCTACTTCATCCCATGATCAATTCCTAATTATAATGATGAACAATCAGGGAAAGGCCATACAGGAGCAGAACACTACTTTAACAAAAAGAGTAAGTTAATTGCAACAAACTTCCATTATTCCATGTCCTTTTTTATGTTTTTTTAGAATTTGGTAACTCTCACACACATATATAT----AGAGATCAATTAAGTGAATCAAATTCTCATTTCATGAATAGATCAAGGAGAAGGAGAAAGACAAGACAATACCACAAAGCTCCCACTGGGAACAATATGTGGACCATGATACAACCTTTCTTATGCTGCCACCGCATCCCCCTCTCATCATCGGGTAAATCACTACTAGAAAACTGGTCACTTGCAACCGAAAAACAACCACAAATGTCGCGGCCGAATAAAACAGTTGCAAATTTTGGGATGGAAATTAACATGTCCCAAAATTAGCAACAACTAATTAATCCGGTTGTGGTTTCAAAATCGGTCGCAAAACGAGATTACACACGAAGGTTTTTGCCACACTCTTGAGATTAAATTGGTGGAGAAAAAAATAATGGAGGGTATTTTAGTTTTGGTAACTTTTGTTGACTTTTTATTAAATTCACTCATTTTTTT-AACGTTCATAACTTTTGTATGCTACGTTATTTAAAAA-------------------------TCATAAAAACAAGCGTTAAAAACAAGCGTTTTTATCTTTAAAATGAGTACAGTGTTGCTATATACCAAATTAAAAACATTTTTTGTGTGCTAAACTCT------------TGGCTTTTTACTCGCCATTGTGTCTTTTT--GTCGTCACTGTGTCTTTCTATTTATCATTATGTTTTTCTAAATTGGTTCTAAAGAAAATAATTGTAAAATAACATCATTGTGTACTTTTAATTAATATGTAAAATACAATAATAAAATAATAATAAACTTGAAACATAAGACATAATAATCTGAACATAAAAT--AATGATCTGAAAATAAGACACGATAACTAAAATACTCTCCCTTTAAAAATAATAAAAAACATGTGTCAGACTCATAATCCATTTTATACTTATAATATTGAAAACTTATTTGAACCTAATTCGCACCGACAATTGCCAAGTTTTCTACTAGCTAGTATATACATATCGATTGATGCTTGTTATGACGAGCGAAGTCGTATGTTCTGATTCTTATGAATACATGCATACGAAAATGATGACTGTTAATTATGTTTGATATGTGCTTAGAAGAGATTACAATCAAGTTGGTGGTGG---AAGTGACGGAAGAAG 'Dubautia scabra HV Asap1-A' TCTTTTGCTAAAAGAGTTGTTCTTTGTTCCTAAGGTTAATTAACTGCATGCATTTTTA--CCTTTTCGGAAAGAAACTTATTGTTTGCAGCATTGGTTGGTTAGTTAACTGTTTATAT-TATGTAGGCACTATATGGGTGAAGAAATTGAGTCACTAAGCTTGAAAGAAATCCAAAACTTGGAGCAACAGCTTGATACTGGACTCAAGCATATTCGCACAAGAAAAGTAACCATATGTGCATATATGTGTGCCGAATAAATACAATTTGTAAGCGACTATATCTTTACATCATCAATATTTCACTGAACGTTTCATCTTGCAGAACCAACTCCTCCATGAATCAATCTCCAAGCTTCAGAAAAAGGTGGTCATGTTTTTCTTTTCCTTGACGGCATCTTGCTTTTTTACTTCGACTT---CAAACGATGAGATCAGAAGTTGAATGACCGTTGCGTTTTATTGTTTTTGCTACTTCATCCCATGATCAATTCCTAATTATAATGATGAACAATCAGGGAAAGGCCATACAGGAGCAGAACACTACTTTAACAAAAAGAGTAAGTTAATTGCAACAAACTTCCATTATTCCATGTCCTTTTTTACGTTTTTTTAGAATTTGGTAACTCTCACACACATATATAT----AGAGATCAATTAAGTGAATCAAATTCTCATTTCATGAATAGATCAAGGAGAAGGAGAAAGACAAGACAATACCACAAAGCTCCCACTGGGAACAATATGTGGACCATGATACAACCTTTCTTATGCCGCCACCGCATCCCCCTCTCATCATCGGGTAAATCACTACTAGAAAACTGGTCACTTGCAACCGAAAAACAACCACAAATGTCGCGGCCAAATAAAACAGTTGCAAATTTTGGGATGGAAATTAACATGTCCCAAAATTAGCAAC---TAATTAATCCGGTTGTGGTTTCAAAATCGGTCGCAAAACGAGATTACACACGAAGGTTTTTGCCACACTCTTGAGATTAAATTGGTGGAGAAAAAAATAACGGAGGGTATTTTAGTTTTGTTAACTTTTGTTGACTTTTTATTAAATTCACTCATTTTTTT-A-CGTTCATAACTTTTGTATGCTACGTTATTTAAAAA-------------------------TCATAAAAACAAGCGTTAAAAACAAGCGTTTTTATCTTTAAAATGAGTACAGTGTTGCTATATACCAAATTAAAAACATTTTTTGTGTGCTCAACTCT------------TGGCTTTTTACTCGCCATTGTGTCTTTTT--GTCGTCAATGTGTCTTTCTGTTTGTCATTATGTTTTTCTAAATTGGTTCTAAAGAAAATAATTGTAAAATAACATCATTGTGTACTTTTAATTAATATGTAAAATACAATAATAAAATAATAATAAACTTGAAACATAAGACATAATAATCTGAACATAAAAT--AATGATCTGAAAATAAGACACGATAACTAAAATACTCTCCCTTTAAAAATAATAAAAAACATGTGTCAGACTCATAATCCATTTTATACTTATAATATTGAAAACTTATTTGAACCTAATTCGCACCGACAATTGCCAAGTTTTCTACTAGCTAGTATATACATATCGATTGATGCTTGTTATGACGAGCAAAGTCGTATGTTCTGATTCTTATGAATACATGCATACGAAAATGATGACTGTTAATTATGTTTGATATGTGCTTAGAAGAGATTACAATCAAGTTGGTGGTGG---AGGTGACGGAAGAAG 'Dubautia scabra OL Asap1-A' TCTTTTGCTAAAAGAGTTGTTCTTTGTTCCTAAGGTTAATTAACTGCATGCATTTTTA--CCTTTTCGGAAAGAAACTTATTGTTTGCAGCATTGGTTGGTTAGTTAACTGTTTATAT-TATGTAGGCACTATATGGGTGAAGAAATTGAGTCACTAAGCTTGAAAGAAATCCAAAACTTGGAGCAACAGCTTGATACTGGACTCAAGCATATTCGCACAAGAAAAGTAACCATATGTGCATATATGTGTGCCGAATAAATACAATTTGTAAGCGACTATATCTTTACATCATCAATATTTCACTGAACGTTTCATCTTGCAGAACCAACTCCTCCATGAATCAATCTCCAAGCTTCAGAAAAAGGTGGTCATGTTTTTCTTTTCCTTGACGGCATCTTGCTTTTTTACTTCGACTT---CAAACGATGAGATCAGAAGTTGAATGACCGTTGCGTTTTATTGTTTTTGCTACTTCATCCCATGATCAATTCCTAATTATAATGATGAACAATCAGGGAAAGGCCATACAGGAGCAGAACACTACTTTAACAAAAAGAGTAAGTTAATTGCAACAAACTTCCATTATTCCATGTCCTTTTTTACGTTTTTTTAGAATTTGGTAACTCTCACACACATATATAT----AGAGATCAATTAAGTGAATCAAATTCTCATTTCATGAATAGATCAAGGAGAAGGAGAAAGACAAGACAATACCACAAAGCTCCCACTGGGAACAATATGTGGACCATGATACAACCTTTCTTATGCCGCCACCGCATCCCCCTCTCATCATCGGGTAAATCACTACTAGAAAACTGGTCACTTGCAACCGAAAAACAACCACAAATGTCGCGGCCGAATAAAACAGTTGCAAATTTTGGGATGGAAATTAACATGTCCCAAAATTAGCAACAACTAATTAATCCGGTTGTGGTTTCAAAATCGGTCGCAAAACGAGATTACACACGAAGGTTTTTGCCACACTCTTGAGATTAAATTGGTGGAGAAAAAAATAACGGAGGGTATTTTAGTTTTGTTAACTTTTGTTGACTTTTTATTAAATTCACTCATTTTTTT-A-CGTTCATAACTTTTGTATGCTACGTTATTTAAAAA-------------------------TCATAAAAACAAGCGTTAAAAACAAGCGTTTTTATCTTTAAAATGAGTACAGTGTTGCTATATACCAAATTAAAAACATTTTTTGTGTGCTCAACTCT------------TGGCTTTTTACTCGCCATTGTGTCTTTTT--GTCGTCAATGTGTCTTTCTGTTTGTCATTATGTTTTTCTAAATTGGTTCTAAAGAAAATAATTGTAAAATAACATCATTGTGTACTTTTAATTAACATGTAAAATACAATAATAAAATAATAATAAACTTGAAACATAAGACATAATAATCTGAACATAAAAT--AATGATCTGAAAATAAGACACGATAACTAAAATACTCTCCCTTTAAAAATAATAAAAAACATGTGTCAGACTCATAATCCATTTTATACTTATAATATTGAAAACTTATTTGAACCTAATTCGCACCGACAATTGCCAAGTTTTCTACTAGCTGGTATATACATATCGATTGATGCTTGTTATGACGAGCAAAGTCGTATGTTCTGATTCTTATGAATACATGCATACGAAAATGATGACTGTTAATTATGTTTGATATGTGCTTAGAAGAGATTACAATCAAGTTGGTGGTGG---AGGTGACGGAAGAAG 'Dubautia scabra PH Asap1-A' TCTTTTGCTAAAAGAGTTGTTCTTTGTTCCTAAGGTTAATTAACTGCATGCATTTTTA--CCTTTTCAGAAAGAAACTTATTGTTTGGAGCATTGGTTGGTTATTTAACTGTTTATATATATGTAGGCACTATATGGGTGAAGAAATTGAGTCACTAAGCTTGAAAGAAATCCAAAACTTGGAGCAACAGCTTGATACTGGACTCAAGCATATTCGCACAAGAAAAGTAACCATATGTGCATATATGTGTGCCGAATAAATACAATTTGTAAGCGACTATATCTTTACATCATCAATATTTCACTGAACGTTTCATCTTGCAGAACCAACTCCTGCATGAATCAATCTCCGAGCTTCAGAAAAAGGTGGTCATGTTTTTCTTTTCCTTGACGGCATCTTGCTTTTTGACTTTGACTT---CAAACGATGAGATCAGAAGTTGAATGACCGTTGCGTTTTATTGTTTTTGCTACTTCATCCCATGATCAATTCCTAATTTTAATGATGAACAATCAGGGAAAGGCCATACAGGAGCATAACACTACTTTAACAAAAAGAGTAAGTTAATTGCAACAAACTTCCATTATTCCATGTCCTTTTTTATGTTTTTTTAGAATTTGGTAACTCTCACACACATATATAT----AGAGATCAATTAAGTGAATCAAATTCTCATTTCATGAATAGATCAAGGAGAAGGAGAAAGACAAGACAATACCACAAAGCTCCCACTGGGAACAATATGTGGACCATGATACAACCTTTCTTATGCCGCCACCGCATCCCCCTCTCATCATCGGGTAAATCACTACTAGAAAACTGGTCACTTGCAACCGAAAAACAACCACAAATGTCGCGGCCGAATAAAACAGTTGCAAATTTTGGGATGGAAATTAACATGTCCCAAAATTAGCAACAACTAATTAATCCGGTTGTGGTTTCAAAATCGGTCGCAAAACGAGATTACACACGAAGGTTTTTGCCACACTCTTGAGATTAAATTGGTGGAGAAAAAAATAACGGAGGGTATTTTAGTTTTGGTAACTTTTGTTGACTTTTTATTAAATTCACTCATTTTTTT-AACGTTCATAGCTTTTGTATGCTACGTTATTTAAAAA-------------------------TCATAAAAACAAACGTTAAAAACAAGCGTTTTTATCTTTAAAATGAGTACAGTGTTGCTATATACCAAATTAAAAACATTTTTTGTGTGTTCAACTCT------------TGGTTTTTTACTCGCCATTGTGTCTTTTT--GTCGTCACTGTGTCTTTCTGTTTGTCATTATGTTTTTCTAAATTGGTTCTAAAAAAAATAATTGTAAAATAACATCATTGTGTACTTTTAATTAATATGTAAAACACAATAATAAAATAATAATAAACTTAAAACATAAGACATAATAATCTGAACATAAAAT--AATGATCTGAAAATAAGACACGATAACTAAAATACTCTCCCTTTAAAAATAATAAAAAACATGTGTCAGACTCATAATCCATTTTATACTTATAATATTGAAAACTTATTTGAACCTAATTCGGACCGACAATTGCCAAGTTTTCTACTAGCTAGTATATACATATCGATTGATGCTTGTTATGACGAGCAAAGTCGTATATTCTGATTCTTATGAATACATGCATACGGAAATGATGACTGTTAATTATGTTTGATATGTGCTTAGAGGAGATTACAATCAAGTTGGTGGTGG---AGGTGACGGAAGAAG 'Dubautia waianapanapaensis Asap1-A' TCTTTTGCTAAAAGAGTTGTTCTTTGTTCCTAAGGTTAATTAACTGCATGCATTTTTA--CCTTTTTGGAAAGAAACTTATTGTTTGGAGCATTGGTTGGTTATTTAACTGTTTATATATATGTAGGCACTATATGGGTGAAGAAATTGAGTCACTAAGCTTGAAAGAAATCCAAAACTTGGAGCAACAGCTTGATACTGGACTCAAGCATATTCGCACAAGAAAAGTAACCATATGTGCATATATGTGTGCCGAATAAATACAATTTGTAAGCGACTATATCTTTACATCATCAATATTTCACTGAACGTTTCATCTTGCAGAACCAACTCCTCCATGAATCAATCTCCAAGCTTCAGAAAAAGGTGGTCATGTTTTTCTTTTCCTTGACGGCATCTTGCTTTTTGACTTTGACTT---CAAACGATGAGATCAGAAGTTGAATGATCGTTGCGTTTTATTGTTTTTGCTACTTCATCCCATGATCAATTCCTAATTATAATGATGAACAATCAGGGAAAGGCCATACAGGAGCAGAACACTACTTTAACAAAAAGAGTAAGTTAATTGCAACAAACTTCCATTATTCCATGTCCTTTTTTATGTTTTTTTAGAATTTGGTAACTCTCACACACATATATAT----AGAGATCAATTAAGTGAATCAAATTCTCATTTCATGAATAGATCAAGGAGAAGGAGAAAGACAAGACAATACCACAAAGCTCCCACTGGGAACAATATGTGGACCATGATACAACCTTTCTTATGCTGCCACCGCATCCCCCTCTCATCATCGGGTAAATCACTACTAGAAAACTGGTCACTTGCAACCGAAAAACAACCACAAATGTCGCGGCCGAATAAAACAGTTGCAAATTTTGGGATGGAAATTAACATGTCCCAAAATTAGCAACAACTAATTAATCCGGTTGTGGTTTCAAAATCGGTCGCAAAACGAGATTACACACGAAGGTTTTTGCCACACTCTTGAGATTAAATTGGTGGAGAAAAAAATAATGGAGGGTATTTTAGTTTTGGTAACTTTTGTTGACTTTTTATTAAATTCACTCATTTTTTT-AACGTTCATAACTTTTGTATGCTACGTTATTTAAAAA-------------------------TCATAAAAACAAGCGTTAAAAACAAGCGTTTTTATCTTTAAAATGAGTACAGTGTTGCTATATACCAAATTAAAAACATTTTTTGTGTGCTCAACTCT------------TGGCTTTTTACTCGCCATTGTGTCTTTTT--GTCGTCAGTGTGTCTTTCTATTTATCATTATGTTTTTCTAAATTGGTTCTAAAGAAAATAATTGTAAAATAACATCATTGTCTACTTTTAATTAATATGTAAAATACAATAATAAAATAATAATAAACTTGAAACATAAGACATAATAATCTGAACATAAAAT--AATGATCTGAAAATAAGACACGATAACTAAAATACTCTCCCTTTAAAAATAATAAAAAACATGTGTCAGACTCATAATCCATTTTATACTTATAATATTGAAAACTTATTTGAACCTAATTCGCACCGACAATTGCCAAGTTTTCTACTAGCTAGTATATACATATCGATTGATGCTTGTTATGACGAGCGAAGTCGTATGTTCTGATTCTTATGAATACATGCATACGAAAATGATGACTGTTAATTATGTTTGATATGTGCTTAGAAGAGATTACAATCAAGTTGGTGGTGG---AAGTGACGGAAGAAG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Asap1-A') = N: 1-1763; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Asap1-A') = N: 1-1763; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8839; LINK TAXA = Taxa8; TRANSLATE 1 'Dubautia waianapanapaensis Asap3-A', 2 'Dubautia scabra PH Asap3-A', 3 'Dubautia scabra OL Asap3-A', 4 'Dubautia scabra HV Asap3-A', 5 'Dubautia reticulata Asap3-A', 6 'Dubautia platyphylla Asap3-A', 7 'Dubautia menziesii Asap3-A', 8 'Dubautia linearis Asap3-A', 9 'Dubautia laxa hirsuta Asap3-A', 10 'Dubautia ciliolata Asap3-A', 11 'Dubautia arborea Asap3-A', 12 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap3-A', 13 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap3-A'; TREE Fig._2D = [&R] (13,(12,((((11,8,(7,6)),10),2),9,(5,1),(4,3)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8834; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 'Dubautia waianapanapaensis Dadh-B', 2 'Dubautia scabra PH Dadh-B', 3 'Dubautia scabra OL Dadh-B', 4 'Dubautia scabra HV Dadh-B', 5 'Dubautia reticulata Dadh-B', 6 'Dubautia platyphylla Dadh-B', 7 'Dubautia menziesii Dadh-B', 8 'Dubautia linearis Dadh-B', 9 'Dubautia laxa hirsuta Dadh-B', 10 'Dubautia ciliolata Dadh-B', 11 'Dubautia arborea Dadh-B', 12 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Dadh-B', 13 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Dadh-B'; TREE Fig._2B = [&R] (13,(12,(((11,10,7,6,5,1),(3,2)),9,8),4)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8832; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Dubautlia waianapanapaensis Dadh-A', 2 'Dubautlia scabra PH Dadh-A', 3 'Dubautlia scabra OL Dadh-A', 4 'Dubautlia scabra HV Dadh-A', 5 'Dubautlia reticulata Dadh-A', 6 'Dubautlia platyphylla Dadh-A', 7 'Dubautlia menziesii Dadh-A', 8 'Dubautlia linearis Dadh-A', 9 'Dubautlia laxa hirsuta Dadh-A', 10 'Dubautlia ciliolata Dadh-A', 11 'Dubautlia arborea Dadh-A', 12 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Dadh-A', 13 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Dadh-A'; TREE Fig._2A = [&R] (13,(12,(((11,7),10,6,5,1),8),9,(4,2),3)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8833; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Argyroxiphium_sandwicense_sandwicense_ITS, 2 Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_ITS, 3 Dubautia_waianapanapaensis_ITS, 4 Dubautia_scabra_PH_ITS, 5 Dubautia_scabra_OL_ITS, 6 Dubautia_scabra_HV_ITS, 7 Dubautia_reticulata_ITS, 8 Dubautia_platyphylla_ITS, 9 Dubautia_menziesii_ITS, 10 Dubautia_linearis_ITS, 11 Dubautia_laxa_hirsuta_ITS, 12 Dubautia_ciliolata_ITS, 13 Dubautia_arborea_ITS; TREE Fig._3A = [&R] (2,(((13,12,10,6,5,4),(9,8,7,3)),11),1); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8838; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 'Dubautia waianapanapaensis Asap3-B', 2 'Dubautia scabra PH Asap3-B', 3 'Dubautia scabra OL Asap3-B', 4 'Dubautia scabra HV Asap3-B', 5 'Dubautia reticulata Asap3-B', 6 'Dubautia platyphylla Asap3-B', 7 'Dubautia menziesii Asap3-B', 8 'Dubautia linearis Asap3-B', 9 'Dubautia laxa hirsuta Asap3-B', 10 'Dubautia ciliolata Asap3-B', 11 'Dubautia arborea Asap3-B', 12 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap3-B', 13 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap3-B'; TREE Fig._2E = [&R] (13,(12,((((11,10),8,(7,6),5,1),(4,3,2)),9))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8837; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Argyroxiphium_sandwicense_subsp_sandwicense_AF061883, 2 Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_AF061884, 3 Dubautia_waianapanapaensis_ITS, 4 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_10, 5 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_9, 6 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_5, 7 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_4, 8 Dubautia_scabra_PH_ITS_clone_1, 9 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_8, 10 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_5, 11 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_4, 12 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_3, 13 Dubautia_scabra_OL_ITS_clone_2, 14 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_17, 15 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_11, 16 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_6, 17 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_2, 18 Dubautia_scabra_HV_ITS_clone_1, 19 Dubautia_reticulata_ITS, 20 Dubautia_platyphylla_ITS, 21 Dubautia_menziesii_ITS, 22 Dubautia_linearis_ITS, 23 Dubautia_laxa_hirsuta_ITS, 24 Dubautia_ciliolata_ITS, 25 Dubautia_arborea_ITS; TREE Fig._3B = [&R] (2,(((25,24,22,18,17,(16,(15,14),8,7,6,4),((13,12,11),(10,9)),5),(21,20,19,3)),23),1); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8835; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 'Dubautia laxa hirsuta Asap1-A', 2 'Argyroxiphium sandwicense sandwicense Asap1-A', 3 'Argyroxiphium sandwicense macrocephalum Asap1-A', 4 'Dubautia waianapanapaensis Asap1-A', 5 'Dubautia scabra PH Asap1-A', 6 'Dubautia scabra OL Asap1-A', 7 'Dubautia scabra HV Asap1-A', 8 'Dubautia reticulata Asap1-A', 9 'Dubautia platyphylla Asap1-A', 10 'Dubautia menziesiiAsap1-A', 11 'Dubautia linearis Asap1-A', 12 'Dubautia ciliolata Asap1-A', 13 'Dubautia arborea Asap1-A'; TREE Fig._2C = [&R] (3,2,(1,(7,5,6),(13,11,12,10,4,8,9))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8836; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Dubautia_waianapanapaensis_chlp, 2 Dubautia_scabra_PH_chlp, 3 Dubautia_scabra_OL_chlp, 4 Dubautia_scabra_HV_chlp, 5 Dubautia_reticulata_chlp, 6 Dubautia_platyphylla_chlp, 7 Dubautia_menziesii_chlp, 8 Dubautia_linearis_chlp, 9 Dubautia_laxa_hirsuta_chlp, 10 Dubautia_ciliolata_chlp, 11 Dubautia_arborea_chlp, 12 Argyroxiphium_sandwicense_sandwicense_chlp, 13 Argyroxiphium_sandwicense_macrocephalum_chlp; TREE Fig._2F = [&R] (13,(12,(((11,2,10,4,3),(8,7,6,5,1)),9))); END;