#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 8:00 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Petersen G., & Seberg O. 2008. Phylogenetic relationships of allotetraploid Hordelymus europaeus (L.) Harz (Poaceae: Triticeae). Plant Systematics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1981] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Aegilops_comosa Aegilops_speltoides Aegilops_tauschii Agropyron_cristatum Amblyopyrum_muticum Australopyrum_pectinatum Australopyrum_retrofractum Australopyrum_velutinum Bromus_arvensis Bromus_sterilis Crithopsis_delileana Dasypyrum_villosum Eremopyrum_distans Eremopyrum_triticeum Festucopsis_serpentinii Henrardia_persica Heteranthelium_piliferum Hordelymus_europaeus_H6654_ac Hordelymus_europaeus_H6654_bd Hordelymus_europaeus_H6655_ac Hordelymus_europaeus_H6655_bd Hordelymus_europaeus_H6656_ac Hordelymus_europaeus_H6656_bd Hordelymus_europaeus_H6663_ac Hordelymus_europaeus_H6663_bd Hordelymus_europaeus_H6745_ac Hordelymus_europaeus_H6745_bd Hordelymus_europaeus_H6777_ac Hordelymus_europaeus_H6777_bd Hordelymus_europaeus_H6778_ac Hordelymus_europaeus_H6778_bd Hordeum_brachyantherum Hordeum_erectifolium Hordeum_marinum Hordeum_murinum Hordeum_vulgare Lophopyrum_elongatum Peridictyon_sanctum Psathyrostachys_fragilis Psathyrostachys_stoloniformis Psathyrostachys_villosus Pseudoroegneria_spicata Secale_strictum Taeniatherum_caput_medusae Thinopyrum_bessarabicum Triticum_monococcum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3022] TITLE 4_genes_combined; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=4376; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aegilops_tauschii 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Australopyrum_velutinum 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Heteranthelium_piliferum 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Peridictyon_sanctum 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Psathyrostachys_fragilis 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Thinopyrum_bessarabicum GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTT-AGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCTGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGACATGTACTATTTAACTTACAAGTTGATAGATCTTAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGGCTTGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTCT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTACAAAGATTG{CG}TGAGGAGTTCAATGTTGCAGTGTACATCACCAACCAAGGCGTGCTTT-CCAATCT--A------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCAAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATACAAGTTCTTT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGCGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCGGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA-CTA------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGCT--GAACTCTTGATACGATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGCAAAGTTTATGATTTAGTTC-TA----GTTGTTAACCTCCTTCACTGAAGCTTCATGTAGCACAAATTAGCGACGATCAGAT--GTTCGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAACACG??GGGCCTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACTCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTTGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATT---AAGCAGTAC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTACTAATACTA---------CTTTGACTAACACTATAA-CAACATGAGTAAAATCAA-------ACAAATTGCAGTATGATTATGCATTTAT----ATTTGACCTCTCAGATATACTAATTTT-GAGTCTAGC-GCACCAAATCTTCCTGCTGCACTT---AACATCCATTGTCAGCT-----ATAGCCGAGCATCTAACATTCAACAACCCTTTTATTCTTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTTGAAGTTATTTC-TCCAATTAGACTTGTAGTTTGCTAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTCGAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACTGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAGCTTTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTATT-CGTAGATAATATATAT--GAGGACGGCAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATTAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCAAGTGGGTGATATTGTTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCAGTTATAATTTCATAAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGATTTCAAGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACTTACTACACCCCAGAGTATGAAACTAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAAGTCCTCAGCCTGGGGTTCCGCCCGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTTTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATCACATCGAGCCTGTTCCTGGGGAAGACAACCAATTTATCTGTTATGTAGCTTATCCATTAGACCTATTTGAAGAGGGTTCCGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTGGGTAACGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGTGCTCTACGTTTGGAGGATCTACGAATTCCCCCTACTTATTCAAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTTTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCAAAAAATTATGGTAGAGCGTGTTATGAGTGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTAAACTCACAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTTGTCTTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCCGAAACCGGTGAAATCAAGGGGCATTACTTGAATGCGACTGCGGGTACATGTGAAGAAATGCTTAAGAGAGCTGTATTTGCGAGAGAATTAGGGGTTCCTATTGTAATGCATGACTACTTAACTGGGGGATTCACCGCAAATACTACTTTGGCTCATTATTGCCGCGACAATGGCCTACTTCTTCACATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTGCGTATGTCTGGGGGAGATCATGTCCACTCCGGTACAGTAGTAGGTAAGTTAGAAGGGGAACGCGAAATTACTTTAGGTTTTGTTGATTTATTGCGCGATGATTTTATTGAAAAAGATCGTGCTCGCGGTATCTTTTTCACTCAGGACTGGGTATCCATGCCAGGTGTTATACCGGTAGCTTCAGGTGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCTCTGACCGAAATCTTTGGGGACGATTCTGTATTACAATTTGGTGGAGGAACTTTAGGACATCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGCAGCTAATCGAGTGGCTTTAGAAGCCTGTGTACAAGCTCGTAACGAAGGGCGCGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAATTATCCGAGCAGCTTGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCCGCAGCTTGTGAAGTATGGAAGGCGATCAAATTCGAGTTCGAGCCGGTAGATACTATCGAT????ATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAACACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATTGATAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTAACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAG?????????? Triticum_monococcum GACAATGTATGGCTCCTTTTACATCTCTCTT--AACCCATTTAAGGAAGAATAGATCAAGATCTTTGTTTAATTCGTGATCTTTCTGTTTT-AGATCATATACGCTCGCGCATACACCTATGAGCACCAGTACAACTTACTCCTGGGCCTTGCTGCCAAGATGGCCGAAGAGCCTTTCAGGCTTCTGGTACGCATGACTTT-GCTGACATGTACTATCAAACTTACAAGTTGATAGATCTCAACTGTGCTCATGTGATCT-TTGTTTGGCATGGAAATGATAGATCGTGGATTCTGTGATTGCGCTATTCCGTGTTGATTTCAGTGGTAGGGGTGAACTTGCAGAGCGTCAGGTATTCTACTGTAACTAGCTAACTATGTG-------AAAAAATCAAGCAACTCATGATGTAGTCGAATGC---TT-GCATTTTATACACTTGCTCT-AAGTGATGTGCTCTGGAACTGCAGCAAAAACTGGCACAAATGCTGTCCCGCCTTAC?????????????????????TGTTGCA{GT}TGTACATCACCAACCAAGGTGTGCTTT-CCAATCT--A------TCC--------------------------------------------TGTCTGTTCCAAGAAAGAGCTCCTTATATTCGTGGATCTCAAATCATATAAGTTCTTT----CCTTGTTCCAGTGATTGCGGACCCAGGTGGTGGTATGTTCATCACTGACCCCAAAAAGCCGGCAGGAGGCCACGTGCTGGCGCATGCAGCCACCATCCGGTTGATGCTGAGGAAAGGCAAAGGCGAGCAGCGTGTCTGCAAGATCTTTGACGCCCCTAACCTTCCCGAGGGAGAAGCTATATCCTTTT-GCTCTATA-CTA------------------------------------------------------------------------------CTTGTTTACTGCTT-GT--GCTATTCATTGCTTTAATTTGTTT-GGTTGCT--GAACTCTTGATAGGATT-------------------------------GTTTTGCTCAGACTTGCACAGCAAAGTTTATGATTTAGTTCTTA----GTTGTTAACCTCCTTTACTGAAGCTTCACGTAGCACAAATTAGCGATGATCAGAT--GT-CGAGAAATTGTTTCCCTTGACCACCAA????GGGGGCTTTCCGTGAAGGATTGAGGAAAGCTGGCCCACGACTCCTGGAACCTATAATGAGGGTTGAAGTGATTACCCCTGAGGAGCATTTGGGTGATGTTATTGGTGACTTGAACTCTAGAAGAGGACAAGTTAACAGCTTCGGAGATAAGCCAGGTGGACTTAAGGTATT---AAGAAGTTC------TCC-TTTATGGCCTTCTATTACTACTAATACTA---------CTTTGACTAACACTATAA-CAACATGAGTAAAATCGA-------ACAAATTGCAGTATGATTATTCATTTAT----ATTTGACCTCTCAGATGTACTAATTTT-GAGTCTGGT-GCACCAAATCTCCCTGCTGCATTT---AACATCCATTGTCAGCTACTATATAGCCAAGCATCTAGCATTCAATAACCCTTTTATTCTTTTTCTTTTTTG--GTCGAGAGATAGCCATTTTATTCTCGGAGTTATTTC-CCCAATTAGACTTGTAGTTTGCCAGGATCTGCTGTCTGAAATATTTCTCGAGAATTG-AACTT-GCTTTGCTGTT-GACCGCAGGTGGTTGATGCTTTCGTGCCGCTGGCCGAGATGTTCCAGTATGTCAGCACTCTGAGGGGAATGTCCAAGGGGCGCGCGTCGTACACAATGCAGCTTGCCAAGTTCGACGTTGTCCCACAGCATATCCAGAACCAACTGTCTGCGGCAAAA---GAGGAAGCTGCTGCTTAAATCTTCAGTAAT-CGTAGATAATATATATATGAGGACGACAGAGCAGGTGAGTATAGG---ACATCAAGGTGTATGTAGCTTTGTAGTGTCGAACCCAGTGGGTGATATTATTTGCCATTGTTTTT-GGACCTGATAATGTCCATAATTTTGCAAGCTGTTATAATTTCATAATGACCTCCCTGTTATTGTGAGAATTCTTAATTCAAGAGTTATAGGGAGGGACTTATGTCACCACAAACAGAAACTAAAGCAGGTGTTGGATTTCAAGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACTTACTACACCCCAGAGTATGAAACTAAGGATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAAGTCCTCAGCCTGGGGTTCCGCCCGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTTTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTATCACATCGAGCCTGTTGCTGGGGAAGACAACCAATGGATCTGTTATGTAGCTTATCCATTAGACCTATTTGAAGAGGGTTCCGTTACTAACATGTTTACTTCCATTGTAGGTAACGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGTGCTCTACGTTTGGAGGATCTACGAATTCCCCCTACTTATTCAAAAACTTTCCAAGGCCCGCCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGAGATAAGTTGAACAAGTACGGTCGTCCTTTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCAAAAAATTATGGTAGAGCGTGTTATGAGTGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTAAACTCACAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTTGTCTTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCCGAAACCGGTGAAATCAAGGGGCATTACTTGAATGCGACTGCGGGTACATGTGAAGAAATGATTAAGAGAGCTGTATTTGCAAGAGAATTAGGGGTTCCTATTGTAATGCATGACTACTTAACTGGGGGATTCACCGCAAATACTACTTTGGCTCATTATTGCCGCGACAATGGCCTACTTCTTCACATTCACCGTGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAATCATGGTATGCATTTCCGTGTATTAGCTAAAGCATTGCGTATGTCTGGGGGAGATCATATCCACTCCGGTACAGTAGTAGGTAAGTTAGAAGGGGAACGCGAAATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTATTGCGCGATGATTTTATTGAAAAAGATCGTGCTCGCGGTATCTTTTTCACTCAGGACTGGGTATCCATGCCAGGTGTTATACCGGTAGCTTCAGGTGGTATTCATGTTTGGCATATGCCAGCTCTGACCGAAATCTTTGGGGACGATTCTGTATTACAATTTGGTGGAGGAACTTTAGGACATCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGCAGCTAATCGAGTGGCTTTAGAAGCCTGTGTACAAGCTCGTAACGAAGGGCGCGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAATTATCCGAGC?GCTTGCAAATGGAGTCCTGAACTAGCCGCAGCTTGTGAAGTATGGAAGGCGATCAAATTCGAGTTCGAGCCGGTAGATACTATTGATATATATTTACTTACATTTGATGGGTATTTGCGTGTTCATTTTCAAAATTACAGTAGCACTAAAGAGAGTTCCTTGTATTCAATATCCTTATGGGGAAAAAGGATACCCAAAGGAGTGAATAGGGATTTCGTTTTATCAACAACGAAGAGTGGAGTTTCTTTTTTTTCACAAAATATACCAAAAATTCAAGGTAATACAAGAAATAGGATAGGATCCTTTACTACGTCTTTTGGGGCTAAAAAAACTTTTGCCTATCCGCATGAAACGGGAAATACTATGTTATTTCCTCTTCTTATATTACTACTTTTCACTTTGTTCATTGGATTCATAGGAATCTCTTTTGATAATGGAGGAATTGGTAATGGAATAGCAGAGTTAACCATATTATCAAAGTGGTTAACTCCCTCAATAAACTTTACCCAGGAAAGTTCTAATTCTTTTGTAAATTCATATGAATTTATTACTAATGCAATTTCTTCTGTAAGTCTAGCTATCTTTGGTTTATTCATAGCATATATCTTCTATGGATCCGCTTATTCTTTTTTTCAGAATTTGGATTTAATAAACTCTTTTTACAAAGGAAATCCTAAAAAAGAATTTTTAGATCAAGTAAAAAAAAATATATACAGTTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATATTTTCTATACTAGGGTCTTTACCCTCGGTATAAGAGGGTTAACCGAACTCACGGAGTTTTTTGATAAGGGTGTTATTGATGGAATTACCAATGGAGTGGGTCTTGCTAGTTTTTGTATA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 4_genes_combined) = N: 1-4376; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 4_genes_combined) = N: 1-4376; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8867; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Hordelymus_europaeus_H6778_bd, 2 Hordelymus_europaeus_H6777_bd, 3 Hordelymus_europaeus_H6663_bd, 4 Hordelymus_europaeus_H6656_bd, 5 Hordelymus_europaeus_H6655_bd, 6 Hordelymus_europaeus_H6654_bd, 7 Hordelymus_europaeus_H6745_bd, 8 Hordelymus_europaeus_H6778_ac, 9 Hordelymus_europaeus_H6777_ac, 10 Hordelymus_europaeus_H6663_ac, 11 Hordelymus_europaeus_H6656_ac, 12 Hordelymus_europaeus_H6655_ac, 13 Hordelymus_europaeus_H6654_ac, 14 Hordelymus_europaeus_H6745_ac, 15 Thinopyrum_bessarabicum, 16 Taeniatherum_caput_medusae, 17 Aegilops_speltoides, 18 Pseudoroegneria_spicata, 19 Secale_strictum, 20 Psathyrostachys_stoloniformis, 21 Psathyrostachys_villosus, 22 Psathyrostachys_fragilis, 23 Crithopsis_delileana, 24 Peridictyon_sanctum, 25 Aegilops_tauschii, 26 Lophopyrum_elongatum, 27 Hordeum_vulgare, 28 Hordeum_murinum, 29 Hordeum_marinum, 30 Hordeum_erectifolium, 31 Hordeum_brachyantherum, 32 Heteranthelium_piliferum, 33 Henrardia_persica, 34 Festucopsis_serpentinii, 35 Eremopyrum_triticeum, 36 Eremopyrum_distans, 37 Dasypyrum_villosum, 38 Triticum_monococcum, 39 Aegilops_comosa, 40 Australopyrum_velutinum, 41 Australopyrum_retrofractum, 42 Australopyrum_pectinatum, 43 Amblyopyrum_muticum, 44 Agropyron_cristatum, 45 Bromus_sterilis, 46 Bromus_arvensis; TREE Fig._5 = [&R] ((46,45),(((((((44,36),35),(((31,30),29),(28,27))),(((22,21),20),(14,(13,11,10,9),(12,8)))),((((((43,17),38),15),(((39,25),23),26)),((((42,41),40),16),(37,32))),19)),(34,24)),((33,18),(7,6,5,(4,2,1),3)))); END;