#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 4:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Yamashita S., Arakaki Y., Kawai-toyooka H., Noga A., Hirono M., & Nozaki H. 2016. Alternative evolution of a spheroidal colony in volvocine algae: developmental analysis of embryogenesis in Astrephomene (Volvocales, Chlorophyta). BMC Evolutionary Biology, 16(1): 243. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S19979] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=9; TAXLABELS 'Astrephomene gubernaculifera 2014-1002-YkAs8' 'Astrephomene gubernaculifera NIES-418' Astrephomene_gubernaculifera_UTEX1394 'Astrephomene perforata NIES-564' Gonium_multicoccum_UTEX2580 'Gonium octonarium NIES-851' 'Gonium pectorale NIES-569' 'Gonium quadratum NIES-653' Gonium_viridistellatum_UTEX2519 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M39699] TITLE Volvocine_algae_YkAs8_rbcL; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1131; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Astrephomene gubernaculifera 2014-1002-YkAs8' 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'Astrephomene gubernaculifera NIES-418' 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Astrephomene_gubernaculifera_UTEX1394 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'Astrephomene perforata NIES-564' 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'Gonium pectorale NIES-569' 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; END; BEGIN TREES; TITLE Volvocine_algae_YkAs8_rbcL; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Astrephomene gubernaculifera 2014-1002-YkAs8', 2 'Astrephomene gubernaculifera NIES-418', 3 Astrephomene_gubernaculifera_UTEX1394, 4 'Astrephomene perforata NIES-564', 5 'Gonium pectorale NIES-569', 6 'Gonium quadratum NIES-653', 7 'Gonium octonarium NIES-851', 8 Gonium_viridistellatum_UTEX2519, 9 Gonium_multicoccum_UTEX2580; TREE PAUP_1 = [&R] ((4:0.078238,(3:0.033736,(1:1.0E-8,2:1.0E-8):0.029245):0.041871):0.0157775,(7:0.028031,(6:0.024415,(8:0.010224,(5:0.04283,9:0.033022):0.007592):0.009721):0.003238):0.0157775); END;