#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 0:45 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Smith V., Light J., & Durden L. 2008. Rodent louse diversity, phylogeny, and cospeciation in the Manu Biosphere Reserve, Peru. Biological Journal of the Linnean Society, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2010] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Bovicola_bovis Felicola_subrostratus Haematomyzus_elephantis Haematopinus_suis_GLAM02 Haematopinus_tuberculatus_GLAM01 Hoplopleura_aitkeni_FMNH170516 Hoplopleura_aitkeni_FMNH174952 Hoplopleura_aitkeni_FMNH175017 Hoplopleura_brasiliensis_FMNH175193 Hoplopleura_fonsecai_FMNH175207 Hoplopleura_multilobata_FMNH172332 Hoplopleura_multilobata_FMNH175197 Hoplopleura_n._sp._2_FMNH170689 Hoplopleura_quadridentata_FMNH172246 Hoplopleura_rimae_FMNH170569 Hoplopleura_rimae_FMNH175034 Hoplopleura_sciuricola_FMNH170303 Hoplopleura_sciuricola_GLAM120 Hoplopleura_tiptoni_FMNH175243 Hoplopleura_travassosi_FMNH175102 Hoplopleura_trispinosa_GLAM29 Linognathoides_marmotae_CF0101 Linognathoides_marmotae_GLAM42 Linognathus_africanus_GLAM06 Linognathus_ovillus_GLAM09 Pterophthirus_imitans_FMNH170718 Pterophthirus_splendida_FMNH170726 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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???CCTGAAGTCTACATTCTTATTCTTCCCGGATTTGGGGTTATTTCCCATTTAATCATTGAAGAGTCAGGTAAGAAGGAGATTTTTGGCAGATTGGGGATGATTTATGCAATAATTTCTATTGGGGTGTTAGGGTTTATTGTATGAGCCCATCACATGTTTACAGTGGGGTTAGATGTTGATAGTCGGGCTTATTTTACAAGAGCAACTATAATTATTGCTATTCCAACCGGAGTAAAGGTATTCAGTTGACTGGCCACCTTAATTGGCGGTATAAACTCAAATTCTGTGTCATTATTGTGGGTTAACGGTTTCATTAGACTGTTTACCTTGGGGGGATTAACTGGGTTAGTCTTAGCTAATTCATCTGTTGATGTTGTCCTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Linognathus_ovillus_GLAM09 ???CCAGAAGTGTATATTCTCATTTTACCAGGGTTCGGGGTAGTCTCCCACCTAATTATGGAGGAAACAGGTAAGAAAGAGATTTTTGGAAGATTGGGGATAATTTACGCTATAATTTCTATTGGAGTGCTAGGGTTTATTGTTTGGGCTCATCATATATTTACGGTAGGGCTAGATGTGGATAGACGGGCCTATTTTACTGGAGCCACTATAATTATCGCTATCCCTACGGGGGTTAAGGTTTTTAGATGATTGGCGACTATAATTGGGGGTGTAAAAAGGTGATCAGTTTCTTTTCTTTGGATTAATGGTTTCATTAGTCTATTCTCCTTGGGAGGCCTAACTGGTCTAGTATTAGCCAATTCTTCTGTTGACATTGTTCTC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pterophthirus_imitans_FMNH170718 CCCCCGGAAGTTTACAT{CT}TTAATCCTCCCAGGGTTTGGCCTAATCTCTCATATAATTGTAGAGGAATCATGTAAGAAGAGGACTTTCGGTACCTTAGGCATAATTTACGCCATAACGGCTATCGGGGTTTTAGGGTTTGTTGTGTGAGCCCATCACATATTCACAGTAGGCCTAGACGTGGACAGACGGGCTTACTTTACTAGGGCTACTATAATTATTGCGGTTCCCACTGGGATTAAGGTATTTAGGTGAATCTCCACTCTTTTTGGTGGAGCCTATCATTGAAGTGTATCAATCCTGTGAATTTATGGATTTATCTTCTTATTCACCATAGGAGGG????????????????????????????????????????????????????TGAAGAGCGTTTCCGTCAAGGAATTGCGTCGTGGTTATGTTGCCGGAGACTCTAAAAACAACCCGCCCAAAGCCGCAGCAGAATTCTTGGCTCAGGTCATCGTATTGAACCACCCCGGACAAATTTCAAACGGTTACACCCCTGTGTTGGATTGCCACACGGCTCATATAGCTTGCAAGTTTGCCGAAATCAAGGAGAAATGCGACCGCCGTACAGGAAAAACGACGGAGGAAAACCCGAAAAGTATAAAGTCGGGAGATGCGGCCATTGTCAACTTGGTCCCGTCGAAGCCAATGTGTGTTGAGTCCTTCTCGGAATTTCCCCCATTGGGTCGTTTCGCTGTGCGT Pterophthirus_splendida_FMNH170726 ?????AGAAGTGTACATTTTAATTTTGCCTGGGTTTGGGTTAGTATCTCACATGATTATGGAGGACTCTTCTAAGGCTGAAGTTTTTGGTAGATTGGGCATGATTTATGCAATTATGTCAATTGGAGCCCTGGGATTTGTAGTGTGAGCCCATCACATGTTCACGGTAGGATTGGATGTAGATAGCCGTGCATATTTTACTAGGGCCACTATGATTATTGCTATCCCAACTGGAGTAAAGGTGTTTAGTTGAGTGGCTACTTTATTTGGCGGAACTGGTCAGTTGAGGGTTTCCATACTATGAAGGTATGGGTTCATTTTTCTGTTTACCGTCGGTGGTCTAACTGGATTAGTGTTGGCTAATTCATCCGTTGATGTTGTTCTT???????TGAAGAGCGTCTCCGTTAAGGAATTGCGTCGTGGTTATGTTGCCGGAGATTCTAAAAACAACCCGCCCAAAGCTGCAGCCGAATTCTTGGCACAGGTCATCGTCTTGAACCACCCCGGACAAATTTCAAACGGTTATACTCCCGTGTTGGATTGTCACACGGCTCACATAGCCTGTAAGTTTGCCGAAATCAAGGAGAAATGCGATCGTCGTACAGGAAAAACGACCGAAGAAAATCCGAAGAGTATAAAGTCAGGAGACGCGGCCATCGTTAACCTGGTCCCGTCTAAGCCAATGTGTGTCGAGTCCTTCTCGGAATTTCCCCCATTGGGTCGTTTCGCCGTGCGT ; END; BEGIN SETS; CHARSET EF1 (CHARACTERS = 'COI, EF1a') = 388-738; CHARSET COI (CHARACTERS = 'COI, EF1a') = 1-387; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'COI, EF1a') = N: 1-738; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'COI, EF1a') = N: 1-738; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8941; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Felicola_subrostratus, 2 Bovicola_bovis, 3 Haematomyzus_elephantis, 4 Haematopinus_suis_GLAM02, 5 Haematopinus_tuberculatus_GLAM01, 6 Linognathoides_marmotae_CF0101, 7 Linognathoides_marmotae_GLAM42, 8 Linognathus_africanus_GLAM06, 9 Linognathus_ovillus_GLAM09, 10 Pterophthirus_imitans_FMNH170718, 11 Pterophthirus_splendida_FMNH170726, 12 Hoplopleura_sciuricola_FMNH170303, 13 Hoplopleura_sciuricola_GLAM120, 14 Hoplopleura_trispinosa_GLAM29, 15 Hoplopleura_aitkeni_FMNH170516, 16 Hoplopleura_aitkeni_FMNH175017, 17 Hoplopleura_aitkeni_FMNH174952, 18 Hoplopleura_fonsecai_FMNH175207, 19 Hoplopleura_multilobata_FMNH172332, 20 Hoplopleura_brasiliensis_FMNH175193, 21 Hoplopleura_multilobata_FMNH175197, 22 Hoplopleura_quadridentata_FMNH172246, 23 Hoplopleura_rimae_FMNH170569, 24 Hoplopleura_travassosi_FMNH175102, 25 Hoplopleura_rimae_FMNH175034, 26 Hoplopleura_tiptoni_FMNH175243, 27 Hoplopleura_n._sp._2_FMNH170689; 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TREE Fig._2a = [&R] (1,2,(3,((4,5),((((((6,7),13),12),((10,((15,(16,17)),((((18,27),(20,24)),((23,25),26)),((19,21),22)))),11)),14),(8,9))))); END;