#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 18:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Swain T.D., Westneat M.W., Backman V., & Marcelino L.A. 2016. Vertically transmitted Symbiodinium are more thermotolerant and specific to scleractinian hosts. Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20211] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=99; TAXLABELS Gymnodinium_catenatum Gymnodinium_simplex Symbiodinium_A1 Symbiodinium_A13 Symbiodinium_A2 Symbiodinium_A20 Symbiodinium_A3 Symbiodinium_A4 Symbiodinium_A4a Symbiodinium_B1 Symbiodinium_B10 Symbiodinium_B17 Symbiodinium_B18 Symbiodinium_B1j Symbiodinium_B2 Symbiodinium_B40 Symbiodinium_B5 Symbiodinium_C1 Symbiodinium_C101 Symbiodinium_C101a Symbiodinium_C110 Symbiodinium_C114 Symbiodinium_C116 Symbiodinium_C119 Symbiodinium_C12 Symbiodinium_C120 Symbiodinium_C120a Symbiodinium_C123 Symbiodinium_C124 Symbiodinium_C125 Symbiodinium_C126 Symbiodinium_C127 Symbiodinium_C128 Symbiodinium_C129 Symbiodinium_C130 Symbiodinium_C15 Symbiodinium_C15_21 Symbiodinium_C15_23 Symbiodinium_C15_25 Symbiodinium_C161 Symbiodinium_C17_2 Symbiodinium_C1b_c Symbiodinium_C1c Symbiodinium_C1d_t Symbiodinium_C1gg Symbiodinium_C1h Symbiodinium_C1hh Symbiodinium_C1m_aa Symbiodinium_C21 Symbiodinium_C26 Symbiodinium_C26a Symbiodinium_C26bb Symbiodinium_C3 Symbiodinium_C3_ff Symbiodinium_C3_o Symbiodinium_C3_p Symbiodinium_C31 Symbiodinium_C33 Symbiodinium_C35a Symbiodinium_C3h Symbiodinium_C3jj Symbiodinium_C3n Symbiodinium_C3n_t Symbiodinium_C3u Symbiodinium_C3z Symbiodinium_C4 Symbiodinium_C40 Symbiodinium_C42 Symbiodinium_C42a Symbiodinium_C42a_b Symbiodinium_C47 Symbiodinium_C66 Symbiodinium_C7 Symbiodinium_C78 Symbiodinium_C79 Symbiodinium_C7a Symbiodinium_C7d Symbiodinium_C8 Symbiodinium_C81 Symbiodinium_C8a Symbiodinium_C8b Symbiodinium_C94a Symbiodinium_D1 Symbiodinium_D1_11 Symbiodinium_D1_4 Symbiodinium_D1_4_10 Symbiodinium_D1_4_6 Symbiodinium_D12_13 Symbiodinium_D13 Symbiodinium_D15 Symbiodinium_D1a_c Symbiodinium_D4_5 Symbiodinium_D5 Symbiodinium_D8 Symbiodinium_D8_12 Symbiodinium_E1 Symbiodinium_F1 Symbiodinium_F2 Symbiodinium_FDia11 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=99; TAXLABELS Gymnodinium_catenatum Gymnodinium_simplex Symbiodinium_A1 Symbiodinium_A13 Symbiodinium_A2 Symbiodinium_A20 Symbiodinium_A3 Symbiodinium_A4 Symbiodinium_A4a Symbiodinium_B1 Symbiodinium_B10 Symbiodinium_B17 Symbiodinium_B18 Symbiodinium_B1j Symbiodinium_B2 Symbiodinium_B40 Symbiodinium_B5 Symbiodinium_C1 Symbiodinium_C101 Symbiodinium_C101a Symbiodinium_C110 Symbiodinium_C114 Symbiodinium_C116 Symbiodinium_C119 Symbiodinium_C12 Symbiodinium_C120 Symbiodinium_C120a Symbiodinium_C123 Symbiodinium_C124 Symbiodinium_C125 Symbiodinium_C126 Symbiodinium_C127 Symbiodinium_C128 Symbiodinium_C129 Symbiodinium_C130 Symbiodinium_C15 Symbiodinium_C15_21 Symbiodinium_C15_23 Symbiodinium_C15_25 Symbiodinium_C161 Symbiodinium_C17_2 Symbiodinium_C1b_c Symbiodinium_C1c Symbiodinium_C1d_t Symbiodinium_C1gg Symbiodinium_C1h Symbiodinium_C1hh Symbiodinium_C1m_aa Symbiodinium_C21 Symbiodinium_C26 Symbiodinium_C26a Symbiodinium_C26bb Symbiodinium_C3 Symbiodinium_C3_ff Symbiodinium_C3_o Symbiodinium_C3_p Symbiodinium_C31 Symbiodinium_C33 Symbiodinium_C35a Symbiodinium_C3h Symbiodinium_C3jj Symbiodinium_C3n Symbiodinium_C3n_t Symbiodinium_C3u Symbiodinium_C3z Symbiodinium_C4 Symbiodinium_C40 Symbiodinium_C42 Symbiodinium_C42a Symbiodinium_C42a_b Symbiodinium_C47 Symbiodinium_C66 Symbiodinium_C7 Symbiodinium_C78 Symbiodinium_C79 Symbiodinium_C7a Symbiodinium_C7d Symbiodinium_C8 Symbiodinium_C81 Symbiodinium_C8a Symbiodinium_C8b Symbiodinium_C94a Symbiodinium_D1 Symbiodinium_D1_11 Symbiodinium_D1_4 Symbiodinium_D1_4_10 Symbiodinium_D1_4_6 Symbiodinium_D12_13 Symbiodinium_D13 Symbiodinium_D15 Symbiodinium_D1a_c Symbiodinium_D4_5 Symbiodinium_D5 Symbiodinium_D8 Symbiodinium_D8_12 Symbiodinium_E1 Symbiodinium_F1 Symbiodinium_F2 Symbiodinium_FDia11 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M39383] TITLE Vertically_transmitted_Symbiodinium_ITS2_28S; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1920; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Symbiodinium_C1b_c 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Symbiodinium_C1d_t 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Symbiodinium_C40 AACCAATGGCCTCCTGAACGTGCGTTGCACTCTTGGGATTT----CCTGAGAGTATGTCT--GCTTCAGTGCTT--AACTTGCCCCAACT---------TTGCAAGCAGGATGTGTTTCTGCCTTGCGTTCTTATGAGCTATTG-CC--CTCTGAGCCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGTTAA-TTGCTTGGTTCT---GGCAAAATGCTTTGCGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTATT-CAAGTTTCTACC-TTCG-TGGTTTTACTTGAGTGACGCTGCTCATGCTTGCGACC-GCT-GGGATGC--------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGGTGCATGCCT-CTAGCATGAAGTCAGACAAGTGA???????????????????????????????????????????????????????????AGTAATGGCGAATGAACAGGGA--TTAGCTCAGGTTGGAAACTGAAGCTTC-GGTTTCGGGATGTAGCCTGCAGGCATAGTGCTATCGGCGGCTCGAGCGTAAGCCTCTTGGAATAGAGCGTGTGCCCGGGTGAGAATCCTGTGTTTCGCTTGATGTCCGCT-GTCCACAGCACTTGTTCTCAGAGTCACGCTCCTCGGAATTGGAGCGTAAATAAGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAAGACGGGCTCGAGACCGATAGTGAACAAGTACCATGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAGTGCTTGAAATCGCTGAAAGGGAAGCGAAGAGAACCACACGT-CTTGCT-GAGATTGCTGTAGGCTGCTGTGAGCCTTGGGCACATCAGCGCAAGCTGTGTGCTTAAGCGTGAATAGTT-GTCTGCTGTGTTTCTTAGCTTGCGCGTCGC--TTGCCACACCTGTTTGAGGACGGCCTTCAGCTCGCAGGGCACATTTGCGGA-TGCGTCTCTGGGCTGTTAGGGATTCAGACAAGCGTGGCTAGTTGACTTATTGGTTTTTTTCGACCCG Symbiodinium_C42 AATCAATGGCCTCCTGAACGTGCGTTGCACTCTTGGGATTT----CCTGAGAGTATGTCT--GCTTCAGTGCTT--AACTTGCCCCAACT---------TTGCAAGCAGGATGTGTTTCTGCCTTGCGTTCTTATGCGCTATTG-CC--CTCTGAGCCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGTGAA-TTGCTTGGTTCT---TGCAAAATGCTTTGCGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTATT-CAGGTTTCTACC-TTCG-TGGTTTTACTTGAGTGACGCTGCTCATGCTTGCAACC-GCT-GGGATGC--------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGGTGCATGCCT-CTAGCATGAAGTCAGACAAGTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Symbiodinium_D13 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Symbiodinium_D15 AACCAATGGCCCCCTGAACGCGCATTGCACTCTTGGGACTT----CCTGAGAGTATGTTT--GCTTCAGTGCTT------------ATTTTACCTC--CTTGCAAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTGTGCGCAACCTTGTGCCCTGGCCAGCCACGGGTTAACTTGCCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGCTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????GTAGTGATCTTTTAGAGCAAGCTCT--GGCAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGCAGCCTGTATTGAGGCTATTTCAAATGACGTTGCTACAAGCTTGATGTGTCCTTCTGCGCCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGCGCATCCC--A?????????????????????????????????????????????????????????AAAGGAACTAAACAGGATTCCCTTAGTAATGGCGAACGAACAGGGA--TAAGCTCAGGTTGGAAACCAGGGCCCT-GGTCCTGGGTTGTAGCCTGCAGACGTAGCGCTATCGGCGGCTTGAGCGAAAGCCTCTTGGAACAGAGCGTGTGCCCAGGTGAGAATCCTGTGTTTCGCTTGAAGTCCGCC-GTGTACGGTGCTCGCTCTCAAAGTCACGCTCCTCGGAATTGGAGCGTAAATCAGGTGGTGGATTTCATCTAAAGCCAAATACAGACCTGAGACCGATAGTGAACAAGTACCATGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAGTGCTTGAAATCGCTGAAAGGGAAGCGAATGGAACCACATG--CTTGCT-GAGATTGCTGCCAATGCTTGTGAGCCCTGGTCATTAAAGCGCAAGCTTCTTGTCTAGGAGTGAGTTGGC-ATTTGTAGTGCTTCTTAGCTTGCGCGTCAC--CTGCCACATACGCATGAGGATTGCCTTGCGCGTGCGCTGGTCCATTTGCGAGTGGCCTTTTGCGCGCTTTGGGATTCACGCGTACATGGCTGGTTGATTCAGTGGTTCCTTTCGACCCG Symbiodinium_D1a_c 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Symbiodinium_D4_5 AACCAATGGCCCCCTGAACGCGCATTGCACTCTTGGGACTT----CCTGAGAGTATGTTT--GCTTCAGTGCTT------------GTTTTACCTC--CTTGCAAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTGT-CGCAACCTTGTGCCCTGGCCAGCCACGGGTTAACTTGCCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGCTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????GTAGTGATCTTTTAGAGCAAGCTCT--GGCAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGCAGCCTATATTGAGGCTATTTCAAATGACGTTGCTACAAGCTTGATGTGTCCTTCTGCGCCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGCGCATCCC--ATAGCATGAAGTCAAAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Symbiodinium_D5 AACCAATGGCCCCCTGAACGCGCATTGCACTCTTGGGACTT----CCTGAGAGTATGTTT--GCTTCAGTGCTT------------GTTTTACCTC--CTTGCAAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTGT-CGCAACCTTGTGCCCTGGCCAGCCACGGGTTAACTTGCCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGCTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????GTAGTGATCTTTTAGAGCAAGCTCT--GGCAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGCAGCCTATATTGAGGCTATTTCAAATGACGTTGCTACAAGCTTGATGTGTCCTTCTGCGCCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGCGCATCCC--ATAGCATGAAGTCAAACAAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Symbiodinium_D8 AACCAATGGCCCCCTGAACGCGCATCGCACTCTTGGGACTT----CCTGAGAGTATGTTT--GCTTCAGTGCTT------------ATTTTACCTC--CTTGCAAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTGT---CAACCTTGTGCCCTGGCCAGCCACGGGTTAACTTGCCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGCTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????GTAGTGATCTTTTAGAGCAAGCTCTCTGGCAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGCAGCCTGTATTGAGGCTATTTCAAATGACGTTGCTACAAGCTTGATGTGTCCTTCTGCGCCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGCGCATCCC--A???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAATGGCGAACGAACAGGGA--TAAGCTCAGGTTGGAAACCAGGGCCCT-GGTCCTGGGTTGTAGCCTGCAGACGTAGCGCTATCGGCGGCTTGAGCGAAAGCCTCTTGGAACAGAGCGTGTGCCCAGGTGAGAATCCTGTGTTTCGCTTGAAGTCCGCC-GTGTACGGTGCTCGCTCTCAAAGTCACGCTCCTCGGAATTGGAGCGTAAATCAGGTGGTAGATTTCATCTAAAGCCAAATACAGACCTGAGACCGATAGTGAACAAGTACCATGAGGGAAAGATGAAAAGGACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAGTGCTTGAAATCGCTGAAAGGGAAGCGAATGGAACCACATG--CTTGCT-GAGATTGCTGCCAATGCTTGTGAGCCCTGGTCATTAAAGCGCAAGCTTCTTGTCTAGGAGTGAGTTGGC-ATTTGTAGTGCTTCTTAGCTTGCGCGTCAC--CTGCCACATACGCATGAGGATTGCCTTGCGCGTGCGCTGGTCCATTTGCGAGTGGCCTTTTGCGCGCTTTGGGATTCACGCGTACATGGCTGGTTGATTCAGTGGTTCCTTTCGACCCG Symbiodinium_D8_12 AACCAATGGCCCCCTGAACGCGCATCGCACTCTTGGGACTT----CCTGAGAGTATGTTT--GCTTCAGTGCTT------------ATTTTACCTC--CTTGCAAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTTCTGT---CAACCTTGTGCCCTGGCCAGCCACGGGTTAACTTGCCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGCTTGCTGA????????????????????????????????????????????????????????????????????GTAGTGATCTTTTAGAGCAAGCTCT--GGCAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAGGCAGCCTGTATTGAGGCTATTTCAAATGACGTTGCTACAAGCTTGATGTGTCCTTCTGCGCCG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGCGCATCCC--A??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Symbiodinium_E1 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Symbiodinium_FDia11 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; END; BEGIN TREES; TITLE Vertically_transmitted_Symbiodinium_ITS2_28S; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Symbiodinium_A1, 2 Symbiodinium_A13, 3 Symbiodinium_A2, 4 Symbiodinium_A20, 5 Symbiodinium_A3, 6 Symbiodinium_A4, 7 Symbiodinium_A4a, 8 Symbiodinium_B1, 9 Symbiodinium_B10, 10 Symbiodinium_B17, 11 Symbiodinium_B18, 12 Symbiodinium_B1j, 13 Symbiodinium_B2, 14 Symbiodinium_B40, 15 Symbiodinium_B5, 16 Symbiodinium_C1, 17 Symbiodinium_C101, 18 Symbiodinium_C101a, 19 Symbiodinium_C110, 20 Symbiodinium_C114, 21 Symbiodinium_C116, 22 Symbiodinium_C119, 23 Symbiodinium_C12, 24 Symbiodinium_C120, 25 Symbiodinium_C120a, 26 Symbiodinium_C123, 27 Symbiodinium_C124, 28 Symbiodinium_C125, 29 Symbiodinium_C126, 30 Symbiodinium_C127, 31 Symbiodinium_C128, 32 Symbiodinium_C129, 33 Symbiodinium_C130, 34 Symbiodinium_C15, 35 Symbiodinium_C15_21, 36 Symbiodinium_C15_23, 37 Symbiodinium_C15_25, 38 Symbiodinium_C161, 39 Symbiodinium_C17_2, 40 Symbiodinium_C1b_c, 41 Symbiodinium_C1c, 42 Symbiodinium_C1d_t, 43 Symbiodinium_C1gg, 44 Symbiodinium_C1h, 45 Symbiodinium_C1hh, 46 Symbiodinium_C1m_aa, 47 Symbiodinium_C21, 48 Symbiodinium_C26, 49 Symbiodinium_C26a, 50 Symbiodinium_C26bb, 51 Symbiodinium_C3, 52 Symbiodinium_C31, 53 Symbiodinium_C33, 54 Symbiodinium_C35a, 55 Symbiodinium_C3_ff, 56 Symbiodinium_C3h, 57 Symbiodinium_C3jj, 58 Symbiodinium_C3n, 59 Symbiodinium_C3n_t, 60 Symbiodinium_C3_o, 61 Symbiodinium_C3_p, 62 Symbiodinium_C3u, 63 Symbiodinium_C3z, 64 Symbiodinium_C4, 65 Symbiodinium_C40, 66 Symbiodinium_C42, 67 Symbiodinium_C42a, 68 Symbiodinium_C42a_b, 69 Symbiodinium_C47, 70 Symbiodinium_C66, 71 Symbiodinium_C7, 72 Symbiodinium_C78, 73 Symbiodinium_C79, 74 Symbiodinium_C7a, 75 Symbiodinium_C7d, 76 Symbiodinium_C8, 77 Symbiodinium_C81, 78 Symbiodinium_C8a, 79 Symbiodinium_C8b, 80 Symbiodinium_C94a, 81 Symbiodinium_D1, 82 Symbiodinium_D1_11, 83 Symbiodinium_D12_13, 84 Symbiodinium_D13, 85 Symbiodinium_D1_4, 86 Symbiodinium_D1_4_10, 87 Symbiodinium_D1_4_6, 88 Symbiodinium_D15, 89 Symbiodinium_D1a_c, 90 Symbiodinium_D4_5, 91 Symbiodinium_D5, 92 Symbiodinium_D8, 93 Symbiodinium_D8_12, 94 Symbiodinium_E1, 95 Symbiodinium_F1, 96 Symbiodinium_F2, 97 Symbiodinium_FDia11, 98 Gymnodinium_catenatum, 99 Gymnodinium_simplex; TREE tree_1 = [&R] 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