#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 13:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Endo Y., Choi B., Ohashi H., & Delgado-salinas A. 2008. Phylogenetic Relationships of New World Vicia (Leguminosae) Inferred from nrDNA Internal Transcribed Spacer Sequences and Floral Characters. Systematic Botany, 33(2). TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2029] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Lathyrus_japonicus Lens_culinaris Melilotus_officinalis_suaveolens Pisum_sativum Trifolium_repens Vicia_americana_1 Vicia_americana_2 Vicia_amoena Vicia_amurensis Vicia_benghalensis Vicia_bifolia Vicia_bithynica Vicia_bungei Vicia_chosenensis Vicia_cracca Vicia_dumetorum Vicia_ervilia Vicia_faba Vicia_fauriae Vicia_galilaea Vicia_hirsuta Vicia_humilis_1 Vicia_humilis_2 Vicia_japonica Vicia_kalakhensis Vicia_leucophaea Vicia_mexicana Vicia_michauxii Vicia_nigricans_gigantea Vicia_nigricans_nigricans Vicia_paucijuga Vicia_pisiformis Vicia_pseudocracca Vicia_pulchella_1 Vicia_pulchella_2 Vicia_sativa_angustifolia Vicia_sylvatica Vicia_tetrasperma Vicia_vicina ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3132] TITLE ITS; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=486; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Vicia_amoena TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCTTC{AG}-GCCTACCTCTGGT-TCGGAGGCGGGCGACTAAGTACGTTCC-CTTCCATGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCTCCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCA-T-TTGAC-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTTGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_amurensis 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Vicia_ervilia TCGATGCCTTACA-TGGAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAATACA-TACGGTGGGCTC--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-ACTTATCTCTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTTCT-CCTTCGTGCCAAAAC-TTAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCT-AGCGCACCTGTATGGCACCGGATACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GAGACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATATCCT-T-TTGATAGG--TATTGTGCG-G--GGTGAATGATGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTTGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACTTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGTGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCACATGCGTTTC-TAAATGCTCGTGA Vicia_faba TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATAAGTTTGAACACA-TATGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCTGACCTTTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTTCT-CCTCCGCACCAAAAC-TCAAACCCCCGGCGCTGAAAGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGATGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCTTGCCAATTTCCC-T---GAT-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCCTTTACCCATATGCGTTTC-CAAACGCTCGTGA 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Vicia_michauxii TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATAAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCTTACCTTTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGCGCGTTCT-CCTCCGCGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCGGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCCCCT-GCCAATTTCCC-T-TTGAT-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTTGTCTCACGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_nigricans_gigantea 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Vicia_paucijuga TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATAAGTTTGAACACA-TATGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACAC-T-CG-GCTGACCTTTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTTCT-CCTCCGCACCAAAAC-TCAAACCCCCGGGCCTGAAAGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGATGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCTTGCCAATTTCCC-T---GAT-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCCTTTACCCATATGCGTTTC-CAAACGCTCGTGA Vicia_pisiformis TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCCTACCTCTGGT-TTGGAGGCGGGCGACTGAGTGCGTTCT-CCTCCATGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCATCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATATCCA-T-TTGAC-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTTGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_pseudocracca TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATAAGTTTGAACACA-TACGGTGGACTT--GAGGTGTT--CCCCACCT-GG-GCTTACCTCTGGT-TCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTACT-CCTCCGCGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGC-CTGAATGCGTCAAGGAATTCAAATTTTGCTCTGAGAGCACCTGCATGGCATCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCC-T-TTGAT-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGATCCACGAGA--CCAA-----TCATGTGCTGCTCTATTAAA-TAT-GGCCTTTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_pulchella_1 TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTT--GAGGTGTT--CCGCACCT-CG-GCCAACCTCTGGT-TCGGAGGCGGACGACGGAGTGCGTTCT-CCTCCGTGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTAAAATTTTGCTCTGAGCTCACCCGCATGGCACCGGAGACGGTTTCCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCC-T-TTGAC-----TATTGTGCA-G--G-TGGATGCTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTTCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_pulchella_2 TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTT--GAGGTGTT--TCGCACCT-CG-ACCGACCTCTGGT-TCGGAGGCGGACGACGGAGTGCGTTCT-CCTCCGTGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTAAAATTTTGCTCTGAGCTCACCCGCATGGCACCGGAGACGGTTTCCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCC-T-TTGAC-----TATTGTGCA-G--G-TGGATGCTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTTCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_sativa_angustifolia TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTG?ATAAGTTTGAACACA-TACGGTGGGC--------------------CT-CG-GCTCACCCCTGGT-TCGGAGGCGGACGACTAAGTGCTTTCT-CCTCCGCGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGA-TGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCCGCACGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGTGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCTC-T-TTGAT-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGATCCACGAGA--CCAA-----TCATGTGCTGCTCTATTAAA-TAT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_sylvatica TCGATGCCTTACA-TGGAGTCCAACAC-GTGAATCAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTC--TAGGTGTT--CCACACCT-TG-GCTTATCTTTGGT-CTGGAGGCGGACGATGAAGTGCGTTCT-CCTTTGTGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAAATTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--TGAAGCCTCCT-GCCAATATCCT-T-TTGACAGG--TATTGTGCG-G--GGTGAATGATGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-CGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCAATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTAC-TAAATGCTCGTGA Vicia_tetrasperma TCGATGCCTTACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATTAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCTC--GAGGTGTT--CCACACCT-CG-GCTTGCCTCTGGTTTCGGAGGCGGACGACGAAGTGCGTTCC-CCTCTGTGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTTAACTTTGCTCTGAGCGCATCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTCCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCTT-GCCAATTTCCT-T-TTGACAGG--TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTAGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTATTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA Vicia_vicina TCGATGCCTCACA-TGCAGTCCAACAC-GTGAATAAGTTTGAACACA-TACGGTGGGCCT--GAGGTGTT--CCGCACCT-CG-GCTTACCTCTGGT-TTGGAGGCGGACGACAAAGTGCGTTCT-CCTCCGCGCCAAAAC-TCAAACCCC-GGCGCTGAATGCGTCAAGGAATTTAAATTTTGCTCTGAGCGCACCTGCATGGCACCGGAGACGGTTTTCGTGCGGGTTGTGTTTT-GACACATGA-TATAT--CGAAGCCTCCT-GCCAATTTCCC-T-TTGAC-----TATTGTGCA-G--GGTGGATGTTGGCCTCCCGTGAGCTCT--TTCGTCTCATGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGT-AGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTTGTGTGACCCACGAGA--CCAA-----TCATGCGCTGCTCTGTTGAA-TTT-GGCCTCTTTTACCCATATGCGTTTC-TAAACGCTCGTGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ITS) = N: 1-486; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ITS) = N: 1-486; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8981; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Vicia_ervilia, 2 Vicia_sylvatica, 3 Vicia_humilis_1, 4 Vicia_humilis_2, 5 Vicia_galilaea, 6 Vicia_kalakhensis, 7 Vicia_vicina, 8 Vicia_sativa_angustifolia, 9 Vicia_pseudocracca, 10 Vicia_bithynica, 11 Vicia_faba, 12 Vicia_paucijuga, 13 Vicia_michauxii, 14 Vicia_americana_1, 15 Vicia_americana_2, 16 Vicia_bungei, 17 Vicia_leucophaea, 18 Vicia_dumetorum, 19 Vicia_japonica, 20 Vicia_fauriae, 21 Vicia_bifolia, 22 Vicia_chosenensis, 23 Vicia_amoena, 24 Vicia_amurensis, 25 Vicia_pisiformis, 26 Vicia_benghalensis, 27 Vicia_cracca, 28 Vicia_pulchella_1, 29 Vicia_mexicana, 30 Vicia_pulchella_2, 31 Pisum_sativum, 32 Lathyrus_japonicus, 33 Vicia_tetrasperma, 34 Vicia_nigricans_gigantea, 35 Vicia_nigricans_nigricans, 36 Lens_culinaris, 37 Vicia_hirsuta, 38 Trifolium_repens, 39 Melilotus_officinalis_suaveolens; TREE Fig._3 = [&R] (39,38,(((1,2),(((5,6),(8,9),10,(11,12),13,3,7,(14,16),17,18),((((19,24),20,21,22,23),25),((26,27),(28,29))),((31,32),33),((34,35),36))),37)); END;