#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 10:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sikes D., Vamosi S., Trumbo S., Ricketts M., & Venables C. 2008. Molecular Systematics and Biogeography of Nicrophorus in part ÀÜ the investigator species group (Coleoptera: Silphidae) Using Mixture Model MCMC. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2043] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Nicrophorus_argutor_1 Nicrophorus_argutor_18 Nicrophorus_confusus_2 Nicrophorus_confusus_3 Nicrophorus_encaustus_1 Nicrophorus_encaustus_3 Nicrophorus_guttula_2 Nicrophorus_guttula_5 Nicrophorus_hybridus_2 Nicrophorus_hybridus_3 Nicrophorus_interruptus_4 Nicrophorus_interruptus_5 Nicrophorus_interruptus_6 Nicrophorus_investigator_Ch68 Nicrophorus_investigator_Ch69 Nicrophorus_investigator_Ch70 Nicrophorus_investigator_JHk29 Nicrophorus_investigator_JHk30 Nicrophorus_investigator_JHk31 Nicrophorus_investigator_JHk32 Nicrophorus_investigator_JHk33 Nicrophorus_investigator_JHk34 Nicrophorus_investigator_JHk35 Nicrophorus_investigator_JHk36 Nicrophorus_investigator_JHk37 Nicrophorus_investigator_JHk3a Nicrophorus_investigator_JHo38 Nicrophorus_investigator_JHo71 Nicrophorus_investigator_S09 Nicrophorus_investigator_S10 Nicrophorus_investigator_USMT64 Nicrophorus_investigator_USMT65 Nicrophorus_investigator_USMT66 Nicrophorus_investigator_USMT67 Nicrophorus_marginatus_1 Nicrophorus_marginatus_2 Nicrophorus_mexicanus_1 Nicrophorus_mexicanus_2 Nicrophorus_nigrita_1 Nicrophorus_nigrita_2 Nicrophorus_nigrita_3 Nicrophorus_nigrita_4 Nicrophorus_obscurus_1 Nicrophorus_obscurus_2 Nicrophorus_semenowi_2 Nicrophorus_sepultor_1 Nicrophorus_tomentosus_3 Nicrophorus_tomentosus_5 Nicrophorus_vespilloides_1 Nicrophorus_vespilloides_28 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3163] TITLE Nicrophorus_investigator_group_COI_COII; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2129; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Nicrophorus_tomentosus_5 GTGGATTTGGAAACTGACTTGTACCTTTAATGCTAGGAGCCCCCGATATAGCATTCCCTCGATTAAATAACATAAGATTTTGATTATTACCCCCATCATTATCTTTATTATTAATTTCTAGAATAGTAGAAAGAGGAGCTGGTACTGGATGAACTGTTTATCCACCTCTATCAGCTAATATTGCACATAGAGGTTCATCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGATTACATTTAGCTGGAATTTCATCAATTTTAGGAGCAGTAAATTTTATTACTACTGTGATTAATATACGATCACCAGGAATAACATTTGATCAAATACCTTTATTTGTATGATCTGTTGTAATTACTGCACTATTACTATTACTTTCATTACCTGTTTTAGCAGGCGCAATTACTATATTATTAACAGATCGAAACCTAAATACTTCTTTTTTTGACCCTGCTGGAGGCGGTGATCCTATTTTGTACCAACACTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGTATAATTTCTCACATTATTAGACAAGAAAGAGGGAAAAAGGAAACCTTTGGAACTTTAGGAATAATTTATGCAATACTAGCTATTGGTTTATTAGGATTCGTTGTTTGAGCCCATCATATATTTACAGTTGGTATAGATGTTGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCAACAATAATCATTGCTGTTCCAACAGGAATTAAGATTTTTAGATGATTAGCAACACTACATGGAACCCAAATTAATTATTCACCTTCTATATTATGAGCTTTAGGGTTTGTATTTCTTTTTACTGTCGGAGGATTAACTGGAGTTGTATTAGCTAACTCTTCCCTTGATATTATTTTACACGATACCTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTATGTTCTATCTATAGGAGCAGTATTTGCAATTTTAGGCGGTTTAACTCAGTGATTTCCTTTATTCACAGGATTAACATTAAATGAAAAATTTTTAAAAATTCAATTTTTTACAATATTTATTGGAGTAAATTTAACCTTTTTCCCACAACATTTTTTAGGTTTAGCTGGGATACCTCGTCGATACTCTGATTACCCTGATGCATTCATAACATGAAATATAATTTCATCAATCGGTTCATTTATTTCAATAATTAGAATTTTTTTCTTGTTTTTCATTATTTGAGAAGGATTCGTTTCAATACGAAAAAGAATTTCTTATATAAACTTTTCATCTTCTATTGAATGACTTCAAAACCTTCCACCAGCTGAACACAGATACTCAGAATTGCCTATAGTTTACACTTTTTTTAGAAAAAAATGATAACATGAAAAACACTTATATCACCAGATAGAGCATCTCCGTTAATAGAACAACTTACATTTTTACATGACCATGCTCTAATAATTTTATTAATAATCACTATATTAGTTGGTTATTTAATAGCAAGATTATTTTTTAATAAATTTAACTATCGATATTTATTAGAAGGACAAACTATTGAAATAATTTGAACTATCCTTCCTGCAGTAATTTTAATTTTTATCGCATTACCTTCATTACGACTTCTTTATTTATTAGATGAAGTTAATAACCCTTTAGTAACTATTAAAACTATTGGCCATCAGTGATATTGATCATATGAATATACTGATTTTGCTAATATTGAATTTGATTCATACATAATTCCCTCTAATGAAATCGAAGATTACCATTTTCGATTATTAGATGTTGATAATCGAATTACTGTACCATATAATTCCCAAATTCGAATAATTGTCACAGCAGCAGATGTGCTTCACTCATGAACAATCCCTACTATTGGAGTTAAAATTGATGCCACACCAGGACGATTAAACCAAATTAGATTTTTATTAAACCGAACAGGAATTTTCTTTGGTCAATGTTCAGAAATTTGTGGAGCTAATCACAGATTTATACCTATTGTTATAGAAAGAATTTCTCCAGAATATTTTATTAATTGAATTCATTATATAAGAGAAATTTCACTAGATGACTGAAAGTAAGTAATGGTCTCTTAAACCAAATCATAGTAAATTAACGTCTACTTCTAGTGGAAAAATTTAGTTAAGTTATAACATTAGTTTGTCATTCTAAA-A Nicrophorus_vespilloides_1 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Nicrophorus_vespilloides_28 GTGGATTTGGAAACTGACTTGTACCTTTAATGCTAGGAGCCCCCGATATAGCATTCCCTCGATTAAATAATATGAGATTTTGATTATTGCCCCCATCATTATCTTTATTGTTGATTTCTAGAATAGTAGAAAGAGGTGCTGGTACTGGATGAACAGTTTACCCCCCACTATCAGCTAATATTGCTCACAGAGGATCTTCTGTTGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTTAGCAGGTATTTCTTCTATTTTAGGCGCAGTAAATTTTATTACTACTGTAATTAACATACGATCACCTGGAATAACTTTCGATCGAATACCATTATTTGTCTGATCTGTTGTAATTACAGCCCTATTACTTCTATTATCCTTACCAGTTTTAGCTGGTGCTATTACAATATTATTAACAGACCGTAATTTAAACACTTCGTTTTTTGACCCAGCAGGAGGTGGTGATCCTATTTTATACCAGCATTTATTTTGATTTTTTGGACATCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGGTTTGGAATAATTTCTCATATTATTAGACAAGAAAGAGGTAAAAAGGAAACCTTTGGTACCCTTGGGATAATTTATGCTATATTAGCTATTGGGTTACTTGGATTTGTTGTTTGAGCTCATCATATATTTACTGTAGGAATAGATGTTGATACTCGAGCTTATTTTACTTCAGCAACTATAATTATTGCTGTACCTACAGGAATTAAAATTTTTAGATGATTAGCCACATTACATGGAACTCAAATTAATTACTCACCCTCAATATTATGAGCTCTCGGATTTGTATTTTTATTTACTGTAGGAGGCTTAACAGGGGTTGTTTTAGCTAACTCATCTTTAGATATTATTCTTCATGACACTTATTATGTAGTTGCTCATTTTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCAGTGTTTGCAATTCTAGGAGGATTAACACAATGATTCCCACTATTTACTGGTTTAACTTTAAATGAAAAATTTTTAAAAATTCAATTTTTTACTATGTTTATTGGAGTAAATTTAACATTTTTCCCTCAACACTTTTTAGGGTTAGCAGGAATACCTCGACGATATTCAGATTATCCTGATGCATTTATAACATGAAATATGGTTTCTTCTATTGGATCATTTATCTCAATAATTAGAATTTTCTTTTTGTTTTTTATTATTTGAGAAGGATTTGTATCAATACGAAAAAGAATTTCATACATAAATTTTTCATCTTCTATTGAGTGGCTTCAAAACCTTCCTCCTGCTGAACATAGATATTCAGAATTGCCAATAGTTTACACTTTTTTTAGAAAAAAATGATAACATGAAAAACACTAATATCACCTGATAGAGCTTCTCCTTTAATAGAGCAACTTACATTTTTACATGATCACGCACTAATAATTTTACTTATAATTACAGTTTTAGTAGGATATTTAATAGCAAGATTATTTGTTAATAAATTTAACTATCGGTATTTACTTGAAGGCCAAACTATTGAAATAATTTGAACAATCTTACCCGCAGTAATTTTAATTTTTATTGCATTACCCTCTCTACGATTACTTTACTTATTAGATGAAGTTAACAATCCATTAGTAACAGTAAAAACTATTGGTCATCAATGATATTGATCATATGAATACACTGATTTTGCTAACATTGAATTTGACTCCTATATAATTCCTTCTAATGAAATAGAAGATTACCACTTTCGATTGTTAGATGTTGATAACCGAATTGCTGTACCGTATAATTCACAAATTCGAATAATTGTAACTGCAGCAGATGTTCTTCATTCATGAACTATCCCTACTTTAGGAGTTAAAATTGACGCAACACCAGGACGATTAAACCAAATTAGATTTTTACTAAATCGAACAGGTATTTTCTTTGGTCAATGTTCAGAAATCTGTGGAGCTAACCATAGATTTATACCTATTGTTATAGAAAGAATTTCCCCTGAATGTTTCATTAGATGAATTTATAATATAAGAGAAATTTCACTAGATGGCTGAAAGTAAGTAATGGTCTCTTAAACCAATTAATAGTAAAGTAACGTCTACTTCTAGTGAAAAAATTTAGTTAAGTTATAACATTAGTTTGTCATACTAAA-A ; END; BEGIN SETS; CHARSET tRNA_Asp (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = 2085-2129; CHARSET tRNA_Lys (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = 2016-2084; CHARSET tRNA_Leu (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = 1305-1327; CHARSET COI (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = 1-1304; CHARSET COII (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = 1328-2015; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = N: 1-2 1305-1327 2016-2129, 1: 3-1304\3 1328-2017\3, 2: 4-1305\3 1329-2015\3, 3: 5-1306\3 1330-2016\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Nicrophorus_investigator_group_COI_COII) = N: 1-2 1305-1327 2016-2129, 1: 3-1304\3 1328-2017\3, 2: 4-1305\3 1329-2015\3, 3: 5-1306\3 1330-2016\3; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9023; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Nicrophorus_sepultor_1, 2 Nicrophorus_guttula_2, 3 Nicrophorus_guttula_5, 4 Nicrophorus_obscurus_2, 5 Nicrophorus_obscurus_1, 6 Nicrophorus_marginatus_2, 7 Nicrophorus_marginatus_1, 8 Nicrophorus_semenowi_2, 9 Nicrophorus_argutor_18, 10 Nicrophorus_argutor_1, 11 Nicrophorus_confusus_3, 12 Nicrophorus_confusus_2, 13 Nicrophorus_mexicanus_2, 14 Nicrophorus_mexicanus_1, 15 Nicrophorus_nigrita_4, 16 Nicrophorus_nigrita_3, 17 Nicrophorus_nigrita_2, 18 Nicrophorus_nigrita_1, 19 Nicrophorus_hybridus_3, 20 Nicrophorus_hybridus_2, 21 Nicrophorus_tomentosus_5, 22 Nicrophorus_tomentosus_3, 23 Nicrophorus_encaustus_3, 24 Nicrophorus_encaustus_1, 25 Nicrophorus_interruptus_5, 26 Nicrophorus_interruptus_4, 27 Nicrophorus_interruptus_6, 28 Nicrophorus_investigator_JHo71, 29 Nicrophorus_investigator_Ch70, 30 Nicrophorus_investigator_Ch69, 31 Nicrophorus_investigator_Ch68, 32 Nicrophorus_investigator_USMT67, 33 Nicrophorus_investigator_USMT66, 34 Nicrophorus_investigator_USMT65, 35 Nicrophorus_investigator_USMT64, 36 Nicrophorus_investigator_JHk37, 37 Nicrophorus_investigator_JHk34, 38 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Nicrophorus_argutor_1, 11 Nicrophorus_confusus_3, 12 Nicrophorus_confusus_2, 13 Nicrophorus_mexicanus_2, 14 Nicrophorus_mexicanus_1, 15 Nicrophorus_nigrita_4, 16 Nicrophorus_nigrita_3, 17 Nicrophorus_nigrita_2, 18 Nicrophorus_nigrita_1, 19 Nicrophorus_hybridus_3, 20 Nicrophorus_hybridus_2, 21 Nicrophorus_tomentosus_5, 22 Nicrophorus_tomentosus_3, 23 Nicrophorus_encaustus_3, 24 Nicrophorus_encaustus_1, 25 Nicrophorus_interruptus_5, 26 Nicrophorus_interruptus_4, 27 Nicrophorus_interruptus_6, 28 Nicrophorus_investigator_JHo71, 29 Nicrophorus_investigator_Ch70, 30 Nicrophorus_investigator_Ch69, 31 Nicrophorus_investigator_Ch68, 32 Nicrophorus_investigator_USMT67, 33 Nicrophorus_investigator_USMT66, 34 Nicrophorus_investigator_USMT65, 35 Nicrophorus_investigator_USMT64, 36 Nicrophorus_investigator_JHk37, 37 Nicrophorus_investigator_JHk34, 38 Nicrophorus_investigator_JHk32, 39 Nicrophorus_investigator_JHo38, 40 Nicrophorus_investigator_JHk36, 41 Nicrophorus_investigator_JHk35, 42 Nicrophorus_investigator_JHk33, 43 Nicrophorus_investigator_JHk31, 44 Nicrophorus_investigator_JHk30, 45 Nicrophorus_investigator_JHk29, 46 Nicrophorus_investigator_S09, 47 Nicrophorus_investigator_S10, 48 Nicrophorus_investigator_JHk3a, 49 Nicrophorus_vespilloides_28, 50 Nicrophorus_vespilloides_1; TREE Fig._4_COI = [&R] ((50,49),(((((((48,(45,44,(43,41),42,(40,((((39,35),32),34),33),37,36)),38,28),((47,46),31)),30,(29,(24,23))),((12,11,1),(10,9))),(27,26,25),((18,17,16),15,(14,13)),8),((22,21),(20,19))),((7,6),5,4,(3,2)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9022; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Nicrophorus_sepultor_1, 2 Nicrophorus_guttula_2, 3 Nicrophorus_guttula_5, 4 Nicrophorus_obscurus_2, 5 Nicrophorus_obscurus_1, 6 Nicrophorus_marginatus_2, 7 Nicrophorus_marginatus_1, 8 Nicrophorus_semenowi_2, 9 Nicrophorus_argutor_18, 10 Nicrophorus_argutor_1, 11 Nicrophorus_confusus_3, 12 Nicrophorus_confusus_2, 13 Nicrophorus_mexicanus_2, 14 Nicrophorus_mexicanus_1, 15 Nicrophorus_nigrita_4, 16 Nicrophorus_nigrita_3, 17 Nicrophorus_nigrita_2, 18 Nicrophorus_nigrita_1, 19 Nicrophorus_hybridus_3, 20 Nicrophorus_hybridus_2, 21 Nicrophorus_tomentosus_5, 22 Nicrophorus_tomentosus_3, 23 Nicrophorus_encaustus_3, 24 Nicrophorus_encaustus_1, 25 Nicrophorus_interruptus_5, 26 Nicrophorus_interruptus_4, 27 Nicrophorus_interruptus_6, 28 Nicrophorus_investigator_JHo71, 29 Nicrophorus_investigator_Ch70, 30 Nicrophorus_investigator_Ch69, 31 Nicrophorus_investigator_Ch68, 32 Nicrophorus_investigator_USMT67, 33 Nicrophorus_investigator_USMT66, 34 Nicrophorus_investigator_USMT65, 35 Nicrophorus_investigator_USMT64, 36 Nicrophorus_investigator_JHk37, 37 Nicrophorus_investigator_JHk34, 38 Nicrophorus_investigator_JHk32, 39 Nicrophorus_investigator_JHo38, 40 Nicrophorus_investigator_JHk36, 41 Nicrophorus_investigator_JHk35, 42 Nicrophorus_investigator_JHk33, 43 Nicrophorus_investigator_JHk31, 44 Nicrophorus_investigator_JHk30, 45 Nicrophorus_investigator_JHk29, 46 Nicrophorus_investigator_S09, 47 Nicrophorus_investigator_S10, 48 Nicrophorus_investigator_JHk3a, 49 Nicrophorus_vespilloides_28, 50 Nicrophorus_vespilloides_1; TREE Fig._4_COII = [&R] ((50,49),((((((48,45,(44,40),43,42,41,38,37,36),(39,28)),((47,31),46),29),35,34,33,32,30,(24,23)),(27,26,25),((22,21),(20,19)),(((18,17,16),15),14,13),(((12,1),11),(10,9)),8),((7,6),((5,4),(3,2))))); END;