#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 12:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tanaka E., & Ono Y. 2018. Whole-leaf fluorescence imaging to visualize in planta fungal structures of Victory onion leaf rust fungus, Uromyces japonicus, and its taxonomic evaluation. Mycoscience, 59: 137–146. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20475] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=24; TAXLABELS Puccinia_allii_AF511077 Puccinia_allii_KU296869 Puccinia_allii_KU296877 Puccinia_allii_KU296882 Puccinia_allii_KU296883 Puccinia_allii_LC203756 Puccinia_allii_LC203757 Puccinia_andropogonis_EF583818 Puccinia_asparagi_AY217137 Puccinia_hordei_AY874150 Puccinia_mixta_KU296895 Puccinia_obscura_AF468042 Puccinia_porri_AF511073 Puccinia_porri_KU296909 Puccinia_striiformis_EU014048 Uromyces_durus_LC203758 Uromyces_erythronii_LC203755 Uromyces_japonicus_LC203759 Uromyces_japonicus_LC203760 Uromyces_japonicus_LC203761 Uromyces_japonicus_LC203762 Uromyces_reichertii_AF511084 Uromyces_scillarum_AF511085 Uromyces_striatus_FJ468409 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M39844] TITLE Uromyces_japonicus_phylogeny; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=764; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Puccinia_allii_AF511077 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTTTT-------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAAAAAAACCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_KU296869 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCCTCTTCTTTTTTTT-------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAAAA---CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_KU296877 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTTT--------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCAT{CT}GAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_KU296882 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTTT--------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAA{AG}ACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_KU296883 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTTT--------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_LC203756 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTTT--------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_allii_LC203757 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTT-----------------TTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_andropogonis_EF583818 GATCATTATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTGATTGTGGC-TCGACCCCTTTT-----AAA------CTCACCCAAAC--TTTTAAAGA-CTCTTTTGCATGATTTTGAGAAAAATCATTGCATCTGAGTAAAAGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTACATTACCC-TCCCCCTTTTATTTTTCCAAAACTTTTTTTTT-ATT-TAATTTATACA---CACAAGTTTAAAA---GAATGTAAACAACCAC--------AATTATAAAATATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAAATAATTTT------ATT-ATTATT-CTTTGTGGATGTTGAGTGCTGCTGTGTT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTTATCTTCTTG----AACAAATAAGT-GA-AAGTTGGATTGACTTGGTGTGTAATAAT--TTTTT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-TAA-TACTTGCCATCTTTATATATT-ATTTT-GTTGTTGAGATAGAGACTTCTAAA--CAAACAAAC----ATA-A-----------CTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_asparagi_AY217137 GATCATTATTAAAAGAACTAGAGT{CG}CACTTAATTGTGGC-TCGAC{CG}CCTTTT-----AAAC-CA-TCTCACCCAAAC--TTTTAAAGA-CTCTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGCACCTGAGTAGAAGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTACATTACCCCCCCCTTTT--ATTCTTCCAACCTTTTTTTTTTTTTT-T-ATA-ACACA---CACAAGTTTAAAA---GAATGTAAAAAACCA---CCTTT-AATTATAAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAAATAATTTT------ATT-ATTATT-CTTTGTGGATGTTGAGTGCTGCTGTGTT-CACAACACAGCTCACTTTAAATATATAAGTTATCTTCTTACTTTGACAAAAAAAAAGTTAAGCTGGATTGACTTGGTGTGTAATAAT--TTT---C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTTTGT--ATT-ATTTTTGTTGTTGAGCAAGAGACTTCCAAA--CAAAA---TCCA-A-ATCAAT--------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_hordei_AY874150 GATCATTATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAT--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCCTTTTTTTTTTT---------------TT--TTATA-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAA--CAA---CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATAGTTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTAAAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAA--------CCC--A-ATTAATTATT----TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_mixta_KU296895 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTTTT-AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTTT----------------TTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAAA-----CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAAAAA--CCCCCA-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_obscura_AF468042 GATCATTATTTATAAAAATGGAGTGCACTTAATTGTGGC-TCTGATCTTTTT-------ATATCATCTTACCCCAA----AACTT-G-TTTGTGTGACATC-TTT--A--GGTGTCATTGCACTCAGGTATACGTAAC-AG-TT--CTGT-T-ACATTACCCCCCCCACCCC---------------AATTTTTTT---ATTTTTTTTTATCAA---CACAAGTTTAAATTAAGAATGTAAA---CA-----TTTTAAATTATGAAAA---TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCATATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATCTCTCATCAAATTAATT-------------------TTTGGTGGATGTTGAGTGCTGCTGTTATCTA-------GCTCACTTTAAATATATAAGT---CTTTTTC-------------TAATTA-TGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAATTATTTT---GATCA--TCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCAAT-------GTTTT----------GGA-CAAAGGACTCCTAAATTGAT------------ATTATATTTTTA-TTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_porri_AF511073 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTTTT-AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGG-CT-TTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCCCTCCTCTTCTTTTTT---------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAA-CAAAA-CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGTTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTAAAC---------A-AAAGGGACTTCTAAA----------CCCC-A-ATTAATTACC----TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_porri_KU296909 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTTTT-AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGG-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCCCTCCTCTTCTTTTTT---------------ATTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAA-CAAAA-CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGTTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTAAAC---------A-AAAGGGACTTCTAAA----------CCCC-A-ATTAATTACC----TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Puccinia_striiformis_EU014048 GATCATTATTAAAAGAACTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTT----AAAA-A---TCTCACCCAAAC--T-TTTAAGA-CTTGGTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGCAATTGAGTAGACGTAAC-TTCTTTATTGAAT-GTTGCATTACCC-TCCCTTTTTT--TTTTTTTT-------------ATTAAAAATTACACAAAACACAAGTTTAAAT---GAATGTAA----CCAAA-CCTTT-AATTATAAA-----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAA-TAATTTT-----GATTAATTATTTTCAA-TGGATGTTGAGTGCTGCTGTAAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTCA-CTT-TT-------CTA-T--------AAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGATTGTAG-CAA-TACT-GCCATCTT---------ATTT---------A-AGGGAGACTCCTAAAAA--------CCCA-ATTTTAA---------CCTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_durus_LC203758 GATCATTATTAAAAGACTTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA-----TCTTACCCAAAC--TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCTTCTTCTTTTT-----------------TTATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAA------CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATGGCTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTCAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATCAGTTA-CTTTT--------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT-----GTTTATAT---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAAAA-----CCC--A-ATTAA---------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_erythronii_LC203755 GATCATTATTAAAAGAATTAGAGTGCACTTCATTGTGGC-TCGACC-CTTTT-----AAATAC-----CACCCAAAC--T--C-AAAA-CTTGGTTGCATGATTT-----A---TCATTGCAATTGAGTATAAGTAAC-TT-T-------AT-GTTACATTACCCC-CCCTTTCTT-----------------------------ATT-ATATA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAA--CC---CCCTT--AATTA-AAA-----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAA-T-ATTT-------ATTTATTT--TA---GTGGATGTTGAGTGTTGCTGTTAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAG--ATCT-----------CAAAT--------AAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT---TTAT-T--TCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCTT----------TTTT-GT----------GAGACTACTAAA--C-------CCC--ATAT-AAT--------TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_japonicus_LC203759 GATCATTATTAAAAGAATTAGGGTGCACTTCATTGTGGCCT-GACTTC--------AAAATAC--TTTCACCC------TCCCAAAGA-CTTGGTTGCATGGTT---A--ACA-CCATTGCAATTGAGTAGACGTAAC-TTCTTTATTGAAT-GTTGCATTACCCCTCCCTTTTT------------------------ATT-TAATT-ACATA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAA--A--CCCTTT-AATTG-AAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAA-TAATTTTTTCTCTAAA-ATTATTTACAAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTAAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTCA-CT-CTT-------CTAGT--------AAGATGGATTGACTTGGTGTGTAATAATAACTTGTTC-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATTTT---------ATTTT-------GA-AGGGAGACTCCTAAAA---------CTT--ATAT-A-TTATTT---TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_japonicus_LC203760 GATCATTATTAAAAGAATTAGGGTGCACTTCATTGTGGCCT-GACTTC--------AAAATAC--TTTCACCC------TCCCAAAGA-CTTGGTTGCATGGTT---A--ACA-CCATTGCAATTGAGTAGACGTAAC-TTCTTTATTGAAT-GTTGCATTACCCCTCCCTTTTT------------------------ATT-TAATT-ACATA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAA-----CCCTTT-AATTG-AAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAA-TAATTTTTTCTCTAAA-ATTATTTACAAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTAAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTCA-CT-CTT-------CTAGT--------AAGATGGATTGACTTGGTGTGTAATAATAACTTGTTC-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATTTT---------ATTTT-------GA-AGGGAGACTCCTAAAA---------CTT--ATAT-A-TTATTT---TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_japonicus_LC203761 GATCATTATTAAAAGAATTAGGGTGCACTTCATTGTGGCCT-GACTTC--------AAAATAC--TTTCACCC------TCCCAAAGA-CTTGGTTGCATGGTT---A--ACA-CCATTGCAATTGAGTAGACGTAAC-TTCTTTATTGAAT-GTTGCATTACCCCTCCCTTTTT------------------------ATT-TAATT-ACATA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAA-----CCCTTT-AATTG-AAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAA-TAATTTTTTCTCTAAA-ATTATTTACAAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTAAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTCA-CT-CTT-------CTAGT--------AAGATGGATTGACTTGGTGTGTAATAATAACTTGTTC-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATTTT---------ATTTT-------GA-AGGGAGACTCCTAAAA---------CTT--ATAT-A-TTATTT---TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_japonicus_LC203762 GATCATTATTAAAAGAATTAGGGTGCACTTCATTGTGGCCT-GACTTC--------AAAATAC--TTTCACCC------TCCCAAAGA-CTTGGTTGCATGGTT---A--ACA-CCATTGCAATTGAGTAGACGTAAC-TTCTTTATTGAAT-GTTGCATTACCCCTCCCTTTTT------------------------ATT-TAATT-ACATA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAAAA-----CCCTTT-AATTA-AAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCACAAAA-TAATTTTTTCTCTGAA-ATTATTTACAAGTGGATGTTGAGTGTTGCTGTAAT-TA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTCA-CT-CTT-------CTAGT--------AAGATGGATTGACTTGGTGTGTAATAATAACTTGTTC-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATTTT---------ATTTT-------GA-AGGGAGACTCCTAAAA----------TT-----T-A-TTATTT---TTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_reichertii_AF511084 GATCATTATTAAAAGAATTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA------C-CACCC------TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGCAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCCTTTTCTTTTTTC----------------GATTATT-ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAA--CAA---CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACC{CT}GTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATAGTTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTTTTGT-TA-------GCTCGCTTTAAATATATCAGTTA-CTTTTTT------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-GTCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATCT-------CTAAAAA---------A-AAAGGGACTTCTAAAAAA-------CCC--A-ATTAATTATTAT--TATTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_scillarum_AF511085 GATCATTATTAAAAGAATTAGAGTGCACTTTATTGTGGC-TCGACCCCTTTTTT---AAA------C-CACCC------TAACTAAGA-CTTTTTTGCATGATTT-GA-AAGAATCATTGTGACTAAGTAGACGTAAC-TTCTTAATTGAAT-GTTGCATTACCCCCCC-TCCTTTTCTTTTTTT--------------TTGATT----ATTAA---CACAAGTTTAAAT---GAATGTAAAA--CAA---CCTTTAAATTAT-----ATATAACTTTTAACAATGGATCTCTAGGCTCTCACATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCATCTTGCGCCTTTTGGTATTCCAAAAGGCACACCTGTTTGAGTGTCATGAAACCCTCTCATTAAACCATTTTGTTCTTGAACAAG-ATAGTTTAGTGGATGTTGAGTGTTGCTTTTGT-TA-------GCTCGCTTTAAATATATCAGTTA-CTTTTT-------CAAAT--------GAGTTGGATTGACTTGGTGT--AATAAT--TTTAT-C-ATCACATCAAGGAAAGTAG-CAA-TACTTGCCATC--------TTTAAAA---------A-AAAGGGACTTCTAAAAACAAA----CCC--A-ATTAAT--------TATTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGA Uromyces_striatus_FJ468409 GATCATTATTTAAGCCAAATGAGTGCACTTTATTGTGGC-TC-AACATTT---------ATA-CATCTCACCACTAA---AACTT-G-TTTGTGTGGCAT--TTT-------TGTCATTGCACTCAGGTAGACGTAAC-AT-TT--TT-T-T-GTTACATTATCCCCTCCC-----AATTTTT-----------------TTTTTTTTTATAAA---CACAAGTT-GAATTAAGAATGTAAAAA-------CCTTTTTATTTTGAAA----TAACTTTTAACAATGGATCTCTTGGCTCTCATATCGATGAAGAACACAGTGAAATGTGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACCTTGCACCTTTTGGTATTCCAAAAGGTACACCTGTTTGAGTGTCATGAAAATCTCTCATCAAATTAATT-------------------TTTGGTGGATGTTGAGTGCTGCTGTTATCTA-------GCTCACTTTAAATATATAAGTT--CTTTCT--------------TATGTT-TGTTGGATTGACTTGGTGT--AATATTTATTTT----ATCA--TCAAGGAAAGTAG-AAA-TACTTGCCAAC-------ATTTTTAATTT----------AAGGACTTCTAAAT-GA-------------ATTATTTTCTTACTTTTTAAGACCTCAAATCAGGTGGGACTACCTGCTGAACTTAAGCATATCAATAGGCAGAGGA ; END; BEGIN TREES; TITLE Uromyces_japonicus_phylogeny; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Puccinia_allii_LC203757, 2 Puccinia_allii_AF511077, 3 Puccinia_allii_KU296877, 4 Puccinia_allii_KU296882, 5 Puccinia_allii_KU296883, 6 Puccinia_allii_LC203756, 7 Puccinia_allii_KU296869, 8 Puccinia_andropogonis_EF583818, 9 Puccinia_asparagi_AY217137, 10 Puccinia_hordei_AY874150, 11 Puccinia_mixta_KU296895, 12 Puccinia_obscura_AF468042, 13 Puccinia_porri_AF511073, 14 Puccinia_porri_KU296909, 15 Puccinia_striiformis_EU014048, 16 Uromyces_durus_LC203758, 17 Uromyces_erythronii_LC203755, 18 Uromyces_japonicus_LC203759, 19 Uromyces_japonicus_LC203760, 20 Uromyces_japonicus_LC203761, 21 Uromyces_japonicus_LC203762, 22 Uromyces_reichertii_AF511084, 23 Uromyces_scillarum_AF511085, 24 Uromyces_striatus_FJ468409; TREE 170119.aln__tree = [&R] ((((((((((2:0.0,4:0.001543675648906663)53:1.984631057552646E-5,11)35:2.650546018069657E-5,1)33:2.1469022505519547E-4,16)29:2.512123690027089E-4,((6:0.0,5:0.0)61:1.785224336976971E-5,3:0.0015229810253342864)61:0.0011593495288913843)37:5.147262487661536E-4,7:7.674146085291855E-4)87:0.004145851633914341,(14:4.868200978082153E-5,13)100:0.006546017572627521)88:0.005000094260027449,((23:0.0016400780968522342,22:0.009461311686811183)97:0.010891446622310183,10:0.00431890100336813)87:0.004594684303635212)100:0.027926146338253643,((((((20:0.0,19:0.0)57:3.846723625935272E-5,18)57:0.0014173479677878145,21:0.0017775510815976905)100:0.03846884155534731,15:0.01846505032608118)70:0.00908609073504129,17:0.00915571518211893)42:0.002651453766486539,(9:0.028083499560676323,8:0.025217888202596232)99:0.015243870014377395)100:0.021485987371191062)100:0.0337046558652125,(24:0.03849776386329061,12:0.04564462443157233)100:0.0337046558652125); END;