#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 6:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Watanabe K., Ohi-toma T., & Murata J. 2008. Multiple hybridization in the Aristolochia kaempferi group (Aristolochiaceae): evidence from reproductive isolation and molecular phylogeny. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2058] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=22; TAXLABELS Aristolochia_K325homo_AS2_allele1 Aristolochia_K555_2_K653homo_K61_2_K158_1_K437_1_AC2_2_AM2_2 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_allele1 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2 Aristolochia_kaempferi_K160_allele1 Aristolochia_kaempferi_K580_homo Aristolochia_kaempferi_K61_allele1 Aristolochia_kaempferi_K642homo_K160allele2 Aristolochia_liukiuensis_K32_homo Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2 Aristolochia_mollissima_AM2_allele1 Aristolochia_moupinensis_Mou2_homo Aristolochia_saccata_Asa_homo Aristolochia_shimadai_AS2_allele2 Aristolochia_shimadai_K282_homo Aristolochia_shimadai_K437_allele2 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele1 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele2 Aristolochia_tanzawana_K555_allele1 Aristolochia_tanzawana_K95_homo Aristolochia_westlandii_SETS36_homo ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=47; TAXLABELS Aristolochia_kaempferi_group_Type1 Aristolochia_kaempferi_group_Type10 Aristolochia_kaempferi_group_Type11 Aristolochia_kaempferi_group_Type12 Aristolochia_kaempferi_group_Type13 Aristolochia_kaempferi_group_Type14 Aristolochia_kaempferi_group_Type15 Aristolochia_kaempferi_group_Type16 Aristolochia_kaempferi_group_Type17 Aristolochia_kaempferi_group_Type18 Aristolochia_kaempferi_group_Type19 Aristolochia_kaempferi_group_Type2 Aristolochia_kaempferi_group_Type20 Aristolochia_kaempferi_group_Type21 Aristolochia_kaempferi_group_Type22 Aristolochia_kaempferi_group_Type23 Aristolochia_kaempferi_group_Type24 Aristolochia_kaempferi_group_Type25 Aristolochia_kaempferi_group_Type26 Aristolochia_kaempferi_group_Type27 Aristolochia_kaempferi_group_Type28 Aristolochia_kaempferi_group_Type29 Aristolochia_kaempferi_group_Type3 Aristolochia_kaempferi_group_Type30 Aristolochia_kaempferi_group_Type31 Aristolochia_kaempferi_group_Type32 Aristolochia_kaempferi_group_Type33 Aristolochia_kaempferi_group_Type34 Aristolochia_kaempferi_group_Type35 Aristolochia_kaempferi_group_Type36 Aristolochia_kaempferi_group_Type37 Aristolochia_kaempferi_group_Type38 Aristolochia_kaempferi_group_Type39 Aristolochia_kaempferi_group_Type4 Aristolochia_kaempferi_group_Type40 Aristolochia_kaempferi_group_Type41 Aristolochia_kaempferi_group_Type42 Aristolochia_kaempferi_group_Type43 Aristolochia_kaempferi_group_Type5 Aristolochia_kaempferi_group_Type6 Aristolochia_kaempferi_group_Type7 Aristolochia_kaempferi_group_Type8 Aristolochia_kaempferi_group_Type9 Aristolochia_manshuriensis_SEST21 Aristolochia_moupinensis_Mou2 Aristolochia_saccata_Asa Aristolochia_westlandii_SETS36 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3194] TITLE 'AP3 intron (ML)'; LINK TAXA = Taxa4; DIMENSIONS NCHAR=373; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aristolochia_saccata_Asa 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Aristolochia_westlandii_SETS36 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GTCTGCTCTGTATATCACTCTTACCCTAATGAAATATTTGCTTATACAATTGCTACTTGAACTTCAGAAAAGGGACACAGAAGCATGAAAGAAAACTTTCAGAAAAATTCTGCGC--------AAGAAGACAGCAACTTTTTCTTGAACGTATTT-GAGTGTAGATTAAACAGGTGTTTAGAACTTAGCCACTGATTCTGCTCTCTATTGTTCTACTGTAACAG---GTGAGTAAAGTTCATTCTGATCACCTGTTCCATACAATTTCCTGTCCACCATTGCAGTTGCTTCTATTCCTTTCTTTGTTTTTTTTT-CT--CATTTTGGTCAACTTCTCCTACACTTCTGTACCTCATCCTGAATTCCTGGGCGCAG Aristolochia_westlandii_SETS36 GTCAGCTCTGTATATAACTCTTACCCTAATGAAATATTAGCTTAGACAATTGCTACTTGAACTTCAGAAAAGGGACACAGAAGCATGAAAGAAAACTTTCTGAAAAATTCTGCGAAAGAAGTCAAGAAGACAGCAACTTTTTCTTGAACGTATTT-GAGTGTAGATTAAACAGGTGTTTAGAACTTAGCCACTGATTCTGCTCTCTATTGTTCTACTGTAACAG---GTGAGTAAAGTTCATTCTGATCACCTGTTCCATACATTTTCCTGTCCTCCATTGCAGTTGCTTCTATTCCTTGCTTTGCTTTTTTT--CTTTCTTTTTGGTCAACTTCTCCTACACTTCTGTACCTCATCCTGAATTCCTGGATGCAG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'AP3 intron (MP)') = N: 1-375; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'AP3 intron (MP)') = N: 1-375; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9052; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_allele1, 2 Aristolochia_saccata_Asa_allele2, 3 Aristolochia_westlandii_SETS36, 4 Aristolochia_moupinensis_allele1, 5 Aristolochia_moupinensis_allele2, 6 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1, 7 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2, 8 Aristolochia_kaempferi_K642_allele2, 9 Aristolochia_kaempferi_K160_allele2, 10 Aristolochia_K642_1_K160_1_K95_1_K555_1_AC2_2_K653_2, 11 Aristolochia_tanzawana_K653_allele1, 12 Aristolochia_tanzawana_K95_allele2, 13 Aristolochia_tanzawana_K555_allele2, 14 Aristolochia_kaempferi_K325_allele1, 15 Aristolochia_kaempferi_K325_allele2, 16 Aristolochia_kaempferi_K61_allele1, 17 Aristolochia_kaempferi_K61_allele2, 18 Aristolochia_kaempferi_K158_allele1, 19 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2, 20 Aristolochia_Setu2allele1_K580homo, 21 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele2, 22 Aristolochia_shimadai_K282_homo, 23 Aristolochia_shimadai_K437_allele1, 24 Aristolochia_shimadai_K437_allele2, 25 Aristolochia_shimadai_AS2_homo, 26 Aristolochia_liukiuensis_K32_homo, 27 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_allele1, 28 Aristolochia_mollissima_AM2_allele2, 29 Aristolochia_mollissima_AM2_allele1; TREE Fig._3_AP3_intron = [&R] ((((1,2),3),(4,5),(6,7)),(((8,9),10,11,(12,13,((14,16,23),15)),(17,20,21),18,(26,28)),(19,22,24,25,27,29))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9055; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_homo, 2 Aristolochia_westlandii_SETS36_homo, 3 Aristolochia_moupinensis_Mou2_homo, 4 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1, 5 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2, 6 Aristolochia_kaempferi_K642homo_K160allele2, 7 Aristolochia_kaempferi_K160_allele1, 8 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2, 9 Aristolochia_tanzawana_K95_homo, 10 Aristolochia_tanzawana_K555_allele1, 11 Aristolochia_K555_2_K653homo_K61_2_K158_1_K437_1_AC2_2_AM2_2, 12 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele1, 13 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele2, 14 Aristolochia_kaempferi_K580_homo, 15 Aristolochia_shimadai_K437_allele2, 16 Aristolochia_kaempferi_K61_allele1, 17 Aristolochia_K325homo_AS2allele1_AM2allele1, 18 Aristolochia_shimadai_AS2_allele2, 19 Aristolochia_liukiuensis_K32_homo, 20 Aristolochia_shimadai_K282_homo, 21 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_allele1; TREE Fig._3_PIexon = [&R] (1,(2,(3,((6,7),8)),(4,5),((9,10),11,((12,13),14),(15,16),17,18,19,20,21))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9057; LINK TAXA = Taxa8; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_homo, 2 Aristolochia_westlandii_SETS36_allele1, 3 Aristolochia_westlandii_SETS36_allele2, 4 Aristolochia_moupinensis_Mou2_allele2, 5 Aristolochia_kaempferi_K158_allele1, 6 Aristolochia_shimadai_Setu2allele1_AC2allele1, 7 Aristolochia_shimadai_K282_allele2, 8 Aristolochia_shimadai_K282_allele1, 9 Aristolochia_shimadai_AS2_allele1, 10 Aristolochia_shimadai_AS2_allele2, 11 Aristolochia_liukiuensis_K32_allele1, 12 Aristolochia_liukiuensis_K32_allele2, 13 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_allele2, 14 Aristolochia_mollissima_AM2_allele2, 15 Aristolochia_moupinensis_Mou2_allele1, 16 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2, 17 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1, 18 Aristolochia_kaempferi_K642homo_K160homo, 19 Aristolochia_tanzawana_K95homo_K555homo_K653homo, 20 Aristolochia_K580homo_K325homo_K61_1_Setu2_2_AM2_1, 21 Aristolochia_kaempferi_K61allele2_K437allele2, 22 Aristolochia_shimadai_K437_allele1, 23 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2; TREE Fig._3_PI_intron = [&R] ((1,((2,3),(16,17)),4,15),(((((18,(12,13)),(7,8)),(19,22),20,21,6,9,10),5,(11,14)),23)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9051; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_allele1, 2 Aristolochia_saccata_Asa_allele2, 3 Aristolochia_westlandii_SETS36, 4 Aristolochia_moupinensis_allele1, 5 Aristolochia_moupinensis_allele2, 6 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1, 7 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2, 8 Aristolochia_kaempferi_K642_allele2, 9 Aristolochia_kaempferi_K160_allele2, 10 Aristolochia_K642_1_K160_1_K95_1_K555_1_AC2_2_K653_2, 11 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Aristolochia_westlandii_SETS36_homo, 3 Aristolochia_moupinensis_Mou2_homo, 4 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_homo, 5 Aristolochia_kaempferi_K160_allele1, 6 Aristolochia_kaempferi_K160allele2_K642homo, 7 Aristolochia_K95homo_K555allele2_K580homo_K653homo, 8 Aristolochia_tanzawana_K555_allele1, 9 Aristolochia_kaempferi_K61_aellele2, 10 Aristolochia_K61allele1_K325homo_K437homo_Setu2homo, 11 Aristolochia_kaempferi_K158_allele1, 12 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2, 13 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_homo, 14 Aristolochia_shimadai_K282_allele2, 15 Aristolochia_K282allele1_AS2allele2_K32allele2_AM2allele2, 16 Aristolochia_shimadai_AS2_allele1, 17 Aristolochia_liukiuensis_K32_allele1, 18 Aristolochia_mollissima_AM2_allele1; TREE Fig._3_PhyA = [&R] (1,(2,(3,4,((5,6),(7,8),((9,10,(11,12)),13,14),15,16,17,18)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9058; LINK TAXA = Taxa7; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_homo, 2 Aristolochia_westlandii_SETS36_allele1, 3 Aristolochia_westlandii_SETS36_allele2, 4 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Tb9048; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Aristolochia_kaempferi_group_Type1, 2 Aristolochia_kaempferi_group_Type2, 3 Aristolochia_kaempferi_group_Type3, 4 Aristolochia_kaempferi_group_Type4, 5 Aristolochia_kaempferi_group_Type5, 6 Aristolochia_kaempferi_group_Type6, 7 Aristolochia_kaempferi_group_Type7, 8 Aristolochia_kaempferi_group_Type8, 9 Aristolochia_kaempferi_group_Type9, 10 Aristolochia_kaempferi_group_Type10, 11 Aristolochia_kaempferi_group_Type11, 12 Aristolochia_kaempferi_group_Type12, 13 Aristolochia_kaempferi_group_Type13, 14 Aristolochia_kaempferi_group_Type14, 15 Aristolochia_kaempferi_group_Type15, 16 Aristolochia_kaempferi_group_Type16, 17 Aristolochia_kaempferi_group_Type17, 18 Aristolochia_kaempferi_group_Type18, 19 Aristolochia_kaempferi_group_Type19, 20 Aristolochia_kaempferi_group_Type20, 21 Aristolochia_kaempferi_group_Type21, 22 Aristolochia_kaempferi_group_Type22, 23 Aristolochia_kaempferi_group_Type23, 24 Aristolochia_kaempferi_group_Type24, 25 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(((1,2,3),((4,(5,6),7,8,9,41),((10,11),12,13,14,15,(16,17,40),18,39),((19,20,21),22,23),24,((25,26,27,28,29,42,43),(30,(31,32),33,34,(35,36),37),38))),(((44,46),45),47)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9047; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Aristolochia_kaempferi_group_Type1, 2 Aristolochia_kaempferi_group_Type2, 3 Aristolochia_kaempferi_group_Type3, 4 Aristolochia_kaempferi_group_Type4, 5 Aristolochia_kaempferi_group_Type5, 6 Aristolochia_kaempferi_group_Type6, 7 Aristolochia_kaempferi_group_Type7, 8 Aristolochia_kaempferi_group_Type8, 9 Aristolochia_kaempferi_group_Type9, 10 Aristolochia_kaempferi_group_Type10, 11 Aristolochia_kaempferi_group_Type11, 12 Aristolochia_kaempferi_group_Type12, 13 Aristolochia_kaempferi_group_Type13, 14 Aristolochia_kaempferi_group_Type14, 15 Aristolochia_kaempferi_group_Type15, 16 Aristolochia_kaempferi_group_Type16, 17 Aristolochia_kaempferi_group_Type17, 18 Aristolochia_kaempferi_group_Type18, 19 Aristolochia_kaempferi_group_Type19, 20 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Aristolochia_westlandii_SETS36, 46 Aristolochia_moupinensis_Mou2, 47 Aristolochia_manshuriensis_SEST21; TREE Fig._1_cpDNA = [&R] (((1,2,3),((4,(5,6),7,8,9,41),((10,11,12,13,14,(15,(16,17,40)),18,39),((19,20,21),22,23)),24,((25,26,27,28,29,42,43),(30,(31,32),33,34,(35,36),37),38))),(((44,46),47),45)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9054; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_homo, 2 Aristolochia_westlandii_SETS36_homo, 3 Aristolochia_moupinensis_Mou2_homo, 4 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_homo, 5 Aristolochia_kaempferi_K160_allele1, 6 Aristolochia_kaempferi_K160allele2_K642homo, 7 Aristolochia_K95homo_K555allele2_K580homo_K653homo, 8 Aristolochia_tanzawana_K555_allele1, 9 Aristolochia_kaempferi_K61_aellele2, 10 Aristolochia_K61allele1_K325homo_K437homo_Setu2homo, 11 Aristolochia_kaempferi_K158_allele1, 12 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2, 13 Aristolochia_cucurbitifolia_AC2_homo, 14 Aristolochia_shimadai_K282_allele2, 15 Aristolochia_K282allele1_AS2allele2_K32allele2_AM2allele2, 16 Aristolochia_shimadai_AS2_allele1, 17 Aristolochia_liukiuensis_K32_allele1, 18 Aristolochia_mollissima_AM2_allele1; TREE Fig._3_PhyA = [&R] (1,(2,(3,4,((5,6),(7,8),((9,10,(11,12)),13,14),15,16,17,18)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9056; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aristolochia_saccata_Asa_homo, 2 Aristolochia_westlandii_SETS36_homo, 3 Aristolochia_moupinensis_Mou2_homo, 4 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele1, 5 Aristolochia_manshuriensis_SEST21_allele2, 6 Aristolochia_kaempferi_K642homo_K160allele2, 7 Aristolochia_kaempferi_K160_allele1, 8 Aristolochia_kaempferi_K158_allele2, 9 Aristolochia_tanzawana_K95_homo, 10 Aristolochia_tanzawana_K555_allele1, 11 Aristolochia_K555_2_K653homo_K61_2_K158_1_K437_1_AC2_2_AM2_2, 12 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele1, 13 Aristolochia_shimadai_Setu2_allele2, 14 Aristolochia_kaempferi_K580_homo, 15 Aristolochia_shimadai_K437_allele2, 16 Aristolochia_kaempferi_K61_allele1, 17 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