#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 0:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Clayton J., Soltis P., & Soltis D. 2009. Recent long-distance dispersal overshadows ancient biogeographical patterns in a pantropical angiosperm family (Simaroubaceae, Sapindales). Systematic Biology, 58(4): 394-410. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2061] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Acer_saccharum Ailanthus_alt_var_tan_Tai Ailanthus_altissima_Chi Ailanthus_fordii_HK Ailanthus_integrifolia_Au Ailanthus_triphysa_SEAAus Amaroria_soulameoides_Fij Brucea_antidysenteric_Tan Brucea_ferruginia_EAfr Brucea_guineensis_Gabon Brucea_javanica_SEA Brucea_mollis_Bhut Casimiroa_edulis Castela_coccinea_Arg Castela_erecta_Mex Castela_erecta_Ven Castela_retusa_Mex Castela_tortuosa_Mex Castela_tweedii_Brazil Cneorum_tricoccon Eurycoma_apiculata_SEA Eurycoma_longifolia_SEA Gymnostemon_zaizou_CoteI Hannoa_chlorantha_Zam Hannoa_klaineana_Gha Hannoa_spA_Tan Hannoa_spB_Tan Hannoa_undulata_Gha Hannoa_undulata_Sen Holacantha_emoryi_Mex Leitneria_floridana_Flo Melia_azedarach Meliaceae_sp. 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Ailanthus_alt_var_tan_Tai 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Simaba_guianensis_Peru 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Simaba_moretti_FrGuy 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Simaba_orinocensis_FrGuy 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Simaba_orinocensis_Peru 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CHARSET matKexonp1 (CHARACTERS = rbcL_atpB_matK_PhyC) = 3676 3769 3772 3775 3778 3781 3784 3787 3790 3793 3796 3799 3802 3805 3808 3811 3814 3817 3820 3823 3826 3829 3832 3835 3838 3841 3844 3847 3850 3853 3856 3859 3679 3862 3865 3682 3868 3871 3685 3874 3688 3622 3691 3625 3694 3628 3697 3631 3700 3877 3634 3637 3880 3883 3703 3886 3640 3643 3706 3646 3889 3892 3649 3895 3709 3898 3652 3655 3901 3712 3904 3907 3658 3715 3661 3910 3718 3913 3916 3664 3667 3721 3670 3919 3922 3724 3925 3928 3673 3931 3727 3934 3730 3937 3733 3940 3943 3736 3946 3739 3949 3742 3952 4324 3745 4327 3955 3958 3748 3961 3964 4330 3751 4333 3967 3970 3754 3973 3976 3979 3982 3985 4336 4339 4342 4345 3757 3760 3763 4348 4351 4354 3988 3991 3994 3997 4000 4003 4006 4357 4360 4363 4366 4009 4012 4015 4369 4372 4018 4021 4375 4378 4024 4027 4381 4030 4033 4384 4036 4039 4387 4042 4045 4390 4048 4393 4396 4051 4054 4057 4399 4060 4063 4402 4405 4066 4069 4408 4072 4411 4075 4078 4414 4081 4417 4420 4546 4423 4426 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4756 4759 4762 3502 4765 4768 4771 3505 4774 4777 4780 3508 3511 3514 3517 3520 3523 3526 3529 3532 3535 3538 3541 3544 3547 3550 3553 3556 3559 3562 3565 3568 3571 3574 3577 3580 3583 3586 3589 3592 3595 3598 3601 3604 3607 3610 3613 3616 3619 4084 4087 4090 4093 4096 4099 4102 4105 4108 4111 4114 4117 4120 4123 4126 4129 4132 4135 4138 4141 4144 4147 4150 4153 4156 4159 4162 4165 4168 4171 4174 4177 4180 4183 4186 4189 4192 4195 4198 4201 4204 4207 4210 4213 4216 4219 4222 4225 3766 4939 4819 4822 4825 4828 4831 4834 4837 4840 4843 4846 4849 4852 4855 4858 4861 4864 4867 4870 4873 4876 4879 4882 4885 4888 4891 4894 4897 4900 4942 4903 4906 4909 4912 4915 4918 4921 4924 4927 4930 4933 4936; CHARSET Introns (CHARACTERS = rbcL_atpB_matK_PhyC) = 1426-1524 3019-3357 4945-5420; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_atpB_matK_PhyC) = N: 1-6374; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_atpB_matK_PhyC) = N: 1-6374; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9062; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Zanthoxylum_sp, 2 Meliaceae_sp., 3 Swietenia_macrophylla, 4 Soulamea_terminalioides_Sy, 5 Soulamea_morattii_NCal, 6 Soulamea_amara_Tuvalu, 7 Simarouba_versicolor_Bol, 8 Simarouba_tulae_Puert, 9 Simarouba_glauca_wild_Cub, 10 Simarouba_glauca_cul_Flo, 11 Simarouba_berteroana_Dom, 12 Simarouba_amara_Bol, 13 Simaba_trichilioides_Bra, 14 Simaba_suffruticosa_Bra, 15 Simaba_polyphylla_FrGuy, 16 Simaba_orinocensis_Peru, 17 Simaba_orinocensis_FrGuy, 18 Simaba_moretti_FrGuy, 19 Simaba_insignis_Brazil, 20 Simaba_guianensis2_FrGuy, 21 Simaba_guianensis_Peru, 22 Simaba_guianensis_FrGuy, 23 Simaba_guianensis_Ecua, 24 Simaba_glabra_Brazil, 25 Simaba_glabra_2_Brazil, 26 Simaba_ferruginia_Brazil, 27 Simaba_cuneata_Brazil, 28 Simaba_cuneata_Barbosa, 29 Simaba_cedron_Ven, 30 Simaba_aff_paraensis_Bra, 31 Samadera_spC_Aus, 32 Samadera_spB_Aus, 33 Samadera_indica_MadSEA, 34 Samadera_bidwillii_Aus, 35 Samadera_baileyana_Aus, 36 Quassia_amara_CSAmWAfr, 37 Quassia_africana_Gabon, 38 Pierreodendron_africa_Zai, 39 Picrolemma_sprucei_Peru, 40 Picrolemma_sprucei_FrGuy, 41 Picrasma_quassioides_Asi, 42 Picrasma_javanica_China, 43 Picrasma_excelsa_Dominica, 44 Picrasma_crenata_Brazil, 45 Picrasma_antillana_Carib, 46 Perriera_madagascarie_Mad, 47 Odyendea_gabonensis_Gab, 48 Nothospondias_staudtii_Ga, 49 Melia_azedarach, 50 Leitneria_floridana_Flo, 51 Holacantha_emoryi_Mex, 52 Hannoa_undulata_Sen, 53 Hannoa_undulata_Gha, 54 Hannoa_spB_Tan, 55 Hannoa_spA_Tan, 56 Hannoa_klaineana_Gha, 57 Hannoa_chlorantha_Zam, 58 Gymnostemon_zaizou_CoteI, 59 Eurycoma_longifolia_SEA, 60 Eurycoma_apiculata_SEA, 61 Cneorum_tricoccon, 62 Castela_tweedii_Brazil, 63 Castela_tortuosa_Mex, 64 Castela_retusa_Mex, 65 Castela_erecta_Ven, 66 Castela_erecta_Mex, 67 Castela_coccinea_Arg, 68 Casimiroa_edulis, 69 Brucea_mollis_Bhut, 70 Brucea_javanica_SEA, 71 Brucea_guineensis_Gabon, 72 Brucea_ferruginia_EAfr, 73 Brucea_antidysenteric_Tan, 74 Amaroria_soulameoides_Fij, 75 Ailanthus_triphysa_SEAAus, 76 Acer_saccharum, 77 Ailanthus_alt_var_tan_Tai, 78 Ailanthus_altissima_Chi, 79 Ailanthus_fordii_HK, 80 Ailanthus_integrifolia_Au; TREE Fig._2 = [&R] (((((((((36,37),((((((7,12),(11,((10,9),8))),38),((((18,((27,28),(14,(24,25)))),30),((13,29),(26,19))),(22,((15,20),(21,(23,(17,16))))))),(((46,58),(56,((55,54),((53,52),57)))),(47,(60,59))))Simaroubaceae_Clade_V,(33,((31,(32,34)),35))Simaroubaceae_Clade_IV)),(39,40)),48),(((((72,73),71),(69,70)),(5,((4,6),74))),50)Simaroubaceae_Clade_III),(79,((75,80),(78,77)))Simaroubaceae_Clade_II),((51,(67,(62,((65,(66,63)),64)))),(42,(41,(44,(43,45)))))Simaroubaceae_Clade_I)Simaroubaceae_ingroup,(61,(1,68))),(3,(2,49)),76); END;