#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 21:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jung T., Scanu B., Bakonyi J., Seress D., Kovacs G.M., Duran A., Sanfuentes von stowasser E., Schena L., Mosca S., Thu P.Q., Nguyen C.M., Fajardo S., Gonzalez M., Perez-sierra A., Rees H., Cravador A., Maia C., & Horta jung M. 2017. Nothophytophthora gen. nov., a new sister genus of Phytophthora from natural and semi-natural ecosystems. Persoonia, 39: 143-174. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20801] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Aphanomyces_euteiches_CBS_156.73 Elongisporangium_anandrum_CBS_285.31 Elongisporangium_undulatum_CBS_157.69 Halophytophthora_avicenniae_CBS_188.85 Halophytophthora_batemanensis_CBS_679.84 Halophytophthora_epistomia_CBS_590.85 Halophytophthora_exoprolifera_CBS_252.93 Halophytophthora_operculata_CBS_241.83 Halophytophthora_polymorphica_CBS_680.84 'Hyaloperonospora sisymbrii-sophiae HV276' Lagenidium_caudatum_CBS_584.85 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358 Peronospora_rumicis_HV312 Phytophthora_asparagi_P10690 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29 Phytophthora_cactorum_P0714 Phytophthora_captiosa_P10719 Phytophthora_castaneae_CBS_587.85 Phytophthora_colocasiae_P6317 Phytophthora_foliorum_P10969 Phytophthora_heveae_CBS_296.29 Phytophthora_humicola_CBS_200.81 Phytophthora_ilicis_P3939 Phytophthora_infestans_CBS_366.51 Phytophthora_kernoviae_P10681 Phytophthora_litchii_CBS_100.81 Phytophthora_megakarya_P8516 Phytophthora_niederhauserii_P10616 Phytophthora_polonica_P15005 Phytophthora_quercina_P10334 Phytophthora_rubi_CBS_967.95 Phytopythium_boreale_CBS_551.88 Phytopythium_helicoides_CBS_286.31 Phytopythium_oedochilum_CBS_292.37 Phytopythium_ostracodes_CBS_768.73 Pythium_attrantheridium_DAOM_230383 Pythium_insidiosum_CBS_574.85 Pythium_oligandrum_CBS_382.34 Pythium_rostratum_CBS_533.74 Pythium_ultimum_var._ultimum_CBS_122650 Pythium_vanterpoolii_CBS_295.37 Salisapilia_tartarea_CBS_208.95 ; 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Elongisporangium_undulatum_CBS_157.69 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Halophytophthora_epistomia_CBS_590.85 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Phytophthora_cactorum_P0714 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Phytophthora_humicola_CBS_200.81 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Phytophthora_ilicis_P3939 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Phytophthora_kernoviae_P10681 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Phytophthora_megakarya_P8516 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Phytophthora_niederhauserii_P10616 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Phytopythium_oedochilum_CBS_292.37 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Nothophytophthora_valdiviana_CL332 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Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29 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; END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_Bayesian_tree; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 2 Phytophthora_kernoviae_P10681, 3 Phytophthora_captiosa_P10719, 4 Phytophthora_polonica_P15005, 5 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 6 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sb, 7 Nothophytophthora_intricata_CBS_142355, 8 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHa, 9 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHb, 10 Nothophytophthora_vietnamensis_VN230, 11 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 12 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142359, 13 Nothophytophthora_vietnamensis_VN796, 14 Nothophytophthora_vietnamensis_VN797, 15 Nothophytophthora_vietnamensis_VN798, 16 Nothophytophthora_vietnamensis_VN799, 17 Nothophytophthora_vietnamensis_VN800, 18 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 19 Nothophytophthora_chlamydospora_CL318, 20 Nothophytophthora_chlamydospora_CL319, 21 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142352, 22 Nothophytophthora_chlamydospora_CL317, 23 Nothophytophthora_valdiviana_CL329, 24 Nothophytophthora_valdiviana_CL330, 25 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 26 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142356, 27 Nothophytophthora_valdiviana_CL332, 28 REB326_69, 29 PR13_109, 30 PR12_475, 31 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 32 Nothophytophthora_caduca_CL334, 33 Nothophytophthora_caduca_CL240, 34 Nothophytophthora_caduca_CL320, 35 Nothophytophthora_caduca_CL321, 36 Nothophytophthora_caduca_CL323, 37 Nothophytophthora_caduca_CL326, 38 Nothophytophthora_caduca_CL327, 39 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 40 Nothophytophthora_caduca_CL239, 41 Nothophytophthora_caduca_CL322, 42 Nothophytophthora_caduca_CL324, 43 Nothophytophthora_caduca_CL325, 44 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348, 45 Nothophytophthora_amphigynosa_BD857, 46 Nothophytophthora_amphigynosa_BD858, 47 Nothophytophthora_amphigynosa_BD269, 48 Nothophytophthora_amphigynosa_BD859, 49 Nothophytophthora_amphigynosa_BD860, 50 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142349, 51 Nothophytophthora_amphigynosa_BD742; TREE Bayesian_ITS_tree = [&R] (((((18:0.001055,19:0.00103,20:0.001048,21:0.002139,22:0.001049,((23:0.001032,24:0.001063,25:0.001064,26:0.001053,27:0.00206)1.0:0.004392,(28:0.005288,29:0.002324)1.0:0.004907)0.7:0.002091)0.96:0.005814,30:0.008337)0.99:0.046884,((17:0.001027,16:0.001049,15:0.001014,14:0.001017,13:0.001022,12:0.001012,11:0.001016,10:0.00103)0.95:0.004279,(9:0.001016,8:0.001019,7:0.001015,6:0.001032,5:0.001041)0.67:0.002586)1.0:0.037014,(40:8.81E-4,39:8.94E-4,38:8.78E-4,37:8.86E-4,36:8.96E-4,35:8.93E-4,34:9.03E-4,33:8.99E-4,32:8.84E-4,(43:8.77E-4,42:8.76E-4,41:8.83E-4,31:8.9E-4)0.57:0.001642)0.97:0.060636)0.71:0.100666,(44:0.001139,45:0.00113,46:0.001148,47:0.001127,48:0.001155,49:0.00115,50:0.001133,51:0.001142)0.99:0.11057)1.0:0.362792,((1:0.056853,2:0.061045)1.0:0.11011,(3:0.168972,4:0.292796)0.83:0.069863)1.0:0.165783); END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_LSU_Cox1_ML_tree; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aphanomyces_euteiches_CBS_156.73, 2 Elongisporangium_anandrum_CBS_285.31, 3 Pythium_rostratum_CBS_533.74, 4 Pythium_ultimum_var._ultimum_CBS_122650, 5 Halophytophthora_avicenniae_CBS_188.85, 6 Halophytophthora_batemanensis_CBS_679.84, 7 Halophytophthora_epistomia_CBS_590.85, 8 Halophytophthora_exoprolifera_CBS_252.93, 9 Halophytophthora_operculata_CBS_241.83, 10 Halophytophthora_polymorphica_CBS_680.84, 11 'Hyaloperonospora sisymbrii-sophiae HV276', 12 Peronospora_rumicis_HV312, 13 Phytophthora_asparagi_P10690, 14 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 15 Phytophthora_cactorum_P0714, 16 Phytophthora_captiosa_P10719, 17 Phytophthora_colocasiae_P6317, 18 Phytophthora_foliorum_P10969, 19 Phytophthora_heveae_CBS_296.29, 20 Phytophthora_humicola_CBS_200.81, 21 Phytophthora_ilicis_P3939, 22 Phytophthora_infestans_CBS_366.51, 23 Phytophthora_castaneae_CBS_587.85, 24 Phytophthora_kernoviae_P10681, 25 Phytophthora_litchii_CBS_100.81, 26 Phytophthora_megakarya_P8516, 27 Phytophthora_niederhauserii_P10616, 28 Phytophthora_polonica_P15005, 29 Phytophthora_quercina_P10334, 30 Phytophthora_rubi_CBS_967.95, 31 Phytopythium_boreale_CBS_551.88, 32 Phytopythium_helicoides_CBS_286.31, 33 Phytopythium_oedochilum_CBS_292.37, 34 Phytopythium_ostracodes_CBS_768.73, 35 Pythium_attrantheridium_DAOM_230383, 36 Lagenidium_caudatum_CBS_584.85, 37 Pythium_insidiosum_CBS_574.85, 38 Pythium_oligandrum_CBS_382.34, 39 Elongisporangium_undulatum_CBS_157.69, 40 Pythium_vanterpoolii_CBS_295.37, 41 Salisapilia_tartarea_CBS_208.95, 42 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 43 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 44 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 45 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 46 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 47 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 48 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348; TREE ML_tree_3_genes = [&R] ((((((((((((((23:0.006276,19:0.00674)100:0.024699,((25:0.022077,26:0.037816)95:0.014655,(22:0.036997,15:0.020162)100:0.019123)35:0.004344)33:0.004174,21:0.034152)21:0.002151,(12:0.0737,11:0.18186)99:0.028751)21:0.003471,(29:0.037402,17:0.045767)44:0.006021)61:0.008323,(((30:0.024915,27:0.023419)100:0.02116,18:0.045453)96:0.016811,(13:0.021989,20:0.050715)99:0.016408)49:0.005381)100:0.069628,((24:0.041843,14:0.027077)100:0.040202,(16:0.086534,28:0.119512)96:0.016119)99:0.044708)100:0.056892,(48:0.032364,((47:0.001613,46:0.001719)99:0.016727,((42:0.007399,43:0.002352)100:0.028503,(45:0.007932,44:0.007511)99:0.018792)67:0.008659)80:0.026494)100:0.131916)61:0.024271,(10:0.062047,(5:0.038124,6:0.065876)99:0.036686)100:0.184978)90:0.03737,8:0.231989)76:0.032702,(((33:0.086019,(31:0.036278,34:0.059336)70:0.026793)99:0.052838,32:0.173129)100:0.080018,9:0.252733)100:0.144404)100:0.061564,((((36:0.055562,40:0.069938)78:0.059879,38:0.135754)48:0.026046,37:0.09942)69:0.108598,((39:0.031107,2:0.020928)100:0.118634,((3:0.249581,35:0.16505)42:0.023712,4:0.13792)75:0.027014)81:0.020208)65:0.086079)61:0.042231,(7:0.263373,41:0.748832)72:0.070355)0:0.264767,1:0.53572); END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_Btub_LSU_Nadh1_Hsp90_Cox1_combined_Bayesian; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 2 Phytophthora_humicola_CBS_200.81, 3 Phytophthora_rubi_CBS_967.95, 4 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 5 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sb, 6 Nothophytophthora_intricata_CBS_142355, 7 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHa, 8 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHb, 9 Nothophytophthora_vietnamensis_VN230, 10 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 11 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142359, 12 Nothophytophthora_vietnamensis_VN799, 13 Nothophytophthora_vietnamensis_VN800, 14 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 15 Nothophytophthora_caduca_CL334, 16 Nothophytophthora_caduca_CL240, 17 Nothophytophthora_caduca_CL320, 18 Nothophytophthora_caduca_CL321, 19 Nothophytophthora_caduca_CL323, 20 Nothophytophthora_caduca_CL326, 21 Nothophytophthora_caduca_CL327, 22 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 23 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 24 Nothophytophthora_chlamydospora_CL317, 25 Nothophytophthora_chlamydospora_CL318, 26 Nothophytophthora_chlamydospora_CL319, 27 Nothophytophthora_valdiviana_CL329, 28 Nothophytophthora_valdiviana_CL330, 29 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 30 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348, 31 Nothophytophthora_amphigynosa_BD269, 32 Nothophytophthora_amphigynosa_BD857, 33 Nothophytophthora_amphigynosa_BD858, 34 Nothophytophthora_amphigynosa_BD859, 35 Nothophytophthora_amphigynosa_BD860, 36 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142349, 37 Nothophytophthora_amphigynosa_BD742, 38 Nothophytophthora_caduca_CL239, 39 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142356, 40 Nothophytophthora_caduca_CL325, 41 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142352, 42 Nothophytophthora_valdiviana_CL332; TREE Bayesian_tree_6_genes = [&R] (((((42:5.11E-4,39:2.53E-4,29:2.67E-4,28:2.62E-4,27:2.58E-4)1.0:0.011687,(41:5.3E-4,26:2.69E-4,25:2.63E-4,24:2.65E-4,23:2.59E-4)1.0:0.013417)1.0:0.025458,(((4:2.69E-4,5:2.7E-4,6:2.66E-4,7:2.66E-4,8:2.66E-4)1.0:0.003922,(9:2.7E-4,10:2.64E-4,11:2.65E-4,12:2.63E-4,13:2.71E-4)1.0:0.003528)1.0:0.028746,(30:2.55E-4,31:2.58E-4,32:2.62E-4,33:2.51E-4,34:2.57E-4,35:2.58E-4,36:2.62E-4,37:2.56E-4)1.0:0.078436)0.99:0.010951)1.0:0.025091,((14:4.86E-4,15:2.61E-4,17:2.54E-4,18:2.54E-4,19:2.53E-4)0.79:0.001521,(16:4.79E-4,20:2.37E-4,21:2.43E-4,22:2.36E-4,38:2.35E-4,40:4.71E-4)1.0:0.006359)1.0:0.023836)1.0:0.16705,(1:0.209286,(2:0.087952,3:0.108007)1.0:0.087586)1.0:0.072504); END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_Btub_LSU_Nadh1_Hsp90_Cox1_combined_MLT; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 2 Phytophthora_humicola_CBS_200.81, 3 Phytophthora_rubi_CBS_967.95, 4 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 5 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sb, 6 Nothophytophthora_intricata_CBS_142355, 7 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHa, 8 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHb, 9 Nothophytophthora_vietnamensis_VN230, 10 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 11 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142359, 12 Nothophytophthora_vietnamensis_VN799, 13 Nothophytophthora_vietnamensis_VN800, 14 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 15 Nothophytophthora_caduca_CL334, 16 Nothophytophthora_caduca_CL240, 17 Nothophytophthora_caduca_CL320, 18 Nothophytophthora_caduca_CL321, 19 Nothophytophthora_caduca_CL323, 20 Nothophytophthora_caduca_CL326, 21 Nothophytophthora_caduca_CL327, 22 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 23 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 24 Nothophytophthora_chlamydospora_CL317, 25 Nothophytophthora_chlamydospora_CL318, 26 Nothophytophthora_chlamydospora_CL319, 27 Nothophytophthora_valdiviana_CL329, 28 Nothophytophthora_valdiviana_CL330, 29 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 30 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348, 31 Nothophytophthora_amphigynosa_BD269, 32 Nothophytophthora_amphigynosa_BD857, 33 Nothophytophthora_amphigynosa_BD858, 34 Nothophytophthora_amphigynosa_BD859, 35 Nothophytophthora_amphigynosa_BD860, 36 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142349, 37 Nothophytophthora_amphigynosa_BD742, 38 Nothophytophthora_caduca_CL239, 39 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142356, 40 Nothophytophthora_caduca_CL325, 41 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142352, 42 Nothophytophthora_valdiviana_CL332; TREE ML_tree_6_genes = [&R] ((((((41:2.4E-4,(((26:1.0E-6,23:1.0E-6)22:1.0E-6,25:1.0E-6)69:1.0E-6,24:1.0E-6)85:1.0E-6)100:0.008734,(42:2.38E-4,(28:1.0E-6,((39:1.0E-6,29:1.0E-6)27:1.0E-6,27:1.0E-6)79:1.0E-6)90:1.0E-6)100:0.008657)100:0.01746,(((5:1.0E-6,6:1.0E-6)14:1.0E-6,(4:1.0E-6,(7:1.0E-6,8:1.0E-6)16:1.0E-6)6:1.0E-6)100:0.002904,(9:1.0E-6,(11:1.0E-6,(13:1.0E-6,(12:1.0E-6,10:1.0E-6)16:1.0E-6)10:1.0E-6)18:1.0E-6)100:0.002456)100:0.021975)57:0.006594,(34:1.0E-6,((35:1.0E-6,((31:1.0E-6,((33:1.0E-6,30:1.0E-6)32:1.0E-6,32:1.0E-6)68:1.0E-6)22:1.0E-6,36:1.0E-6)8:1.0E-6)23:1.0E-6,37:1.0E-6)18:1.0E-6)100:0.049895)94:0.013469,(((15:1.0E-6,((18:1.0E-6,17:1.0E-6)70:1.0E-6,19:1.0E-6)64:1.0E-6)83:2.26E-4,14:1.0E-6)69:9.6E-4,(((16:2.24E-4,38:1.0E-6)61:1.0E-6,(21:1.0E-6,(22:1.0E-6,20:1.0E-6)31:1.0E-6)69:1.0E-6)73:2.23E-4,40:1.0E-6)98:0.004836)100:0.015347)100:0.116661,((3:0.071699,2:0.056827)100:0.054666,1:0.138311)100:0.041721); END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_ML_tree; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 2 Phytophthora_kernoviae_P10681, 3 Phytophthora_captiosa_P10719, 4 Phytophthora_polonica_P15005, 5 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 6 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sb, 7 Nothophytophthora_intricata_CBS_142355, 8 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHa, 9 Nothophytophthora_intricata_RK113_1sHb, 10 Nothophytophthora_vietnamensis_VN230, 11 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 12 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142359, 13 Nothophytophthora_vietnamensis_VN796, 14 Nothophytophthora_vietnamensis_VN797, 15 Nothophytophthora_vietnamensis_VN798, 16 Nothophytophthora_vietnamensis_VN799, 17 Nothophytophthora_vietnamensis_VN800, 18 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 19 Nothophytophthora_chlamydospora_CL318, 20 Nothophytophthora_chlamydospora_CL319, 21 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142352, 22 Nothophytophthora_chlamydospora_CL317, 23 Nothophytophthora_valdiviana_CL329, 24 Nothophytophthora_valdiviana_CL330, 25 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 26 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142356, 27 Nothophytophthora_valdiviana_CL332, 28 REB326_69, 29 PR13_109, 30 PR12_475, 31 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 32 Nothophytophthora_caduca_CL334, 33 Nothophytophthora_caduca_CL240, 34 Nothophytophthora_caduca_CL320, 35 Nothophytophthora_caduca_CL321, 36 Nothophytophthora_caduca_CL323, 37 Nothophytophthora_caduca_CL326, 38 Nothophytophthora_caduca_CL327, 39 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 40 Nothophytophthora_caduca_CL239, 41 Nothophytophthora_caduca_CL322, 42 Nothophytophthora_caduca_CL324, 43 Nothophytophthora_caduca_CL325, 44 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348, 45 Nothophytophthora_amphigynosa_BD857, 46 Nothophytophthora_amphigynosa_BD858, 47 Nothophytophthora_amphigynosa_BD269, 48 Nothophytophthora_amphigynosa_BD859, 49 Nothophytophthora_amphigynosa_BD860, 50 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142349, 51 Nothophytophthora_amphigynosa_BD742; TREE ML_ITS_tree = [&R] ((((((((11:1.0E-6,10:1.0E-6)15:1.0E-6,13:1.0E-6)2:1.0E-6,14:1.0E-6)3:1.0E-6,((17:1.0E-6,15:1.0E-6)12:1.0E-6,(12:1.0E-6,16:1.0E-6)8:1.0E-6)2:1.0E-6)96:0.003111,((6:1.0E-6,9:1.0E-6)17:1.0E-6,(5:1.0E-6,(7:1.0E-6,8:1.0E-6)16:1.0E-6)6:1.0E-6)82:0.001213)99:0.034081,((((((24:1.0E-6,(25:1.0E-6,(23:1.0E-6,26:1.0E-6)29:1.0E-6)78:1.0E-6)85:1.0E-6,27:0.001077)85:0.003265,(29:0.001219,28:0.00421)73:0.003642)38:0.001069,(22:1.0E-6,(((18:1.0E-6,19:1.0E-6)73:1.0E-6,20:1.0E-6)72:1.0E-6,21:0.001075)21:1.0E-6)34:1.0E-6)60:0.004783,30:0.007397)88:0.051123,((((41:1.0E-6,31:1.0E-6)21:1.0E-6,42:1.0E-6)19:1.0E-6,43:1.0E-6)67:1.0E-6,(((38:1.0E-6,(37:1.0E-6,39:1.0E-6)16:1.0E-6)10:1.0E-6,32:1.0E-6)42:1.0E-6,((35:1.0E-6,(33:1.0E-6,(40:1.0E-6,34:1.0E-6)98:1.0E-6)65:1.0E-6)67:1.0E-6,36:1.0E-6)60:1.0E-6)98:9.1E-4)98:0.071763)29:0.014922)50:0.13553,(51:1.0E-6,(50:1.0E-6,((((46:1.0E-6,(45:1.0E-6,44:1.0E-6)35:1.0E-6)83:1.0E-6,49:1.0E-6)11:1.0E-6,48:1.0E-6)6:1.0E-6,47:1.0E-6)3:1.0E-6)10:1.0E-6)98:0.061267)100:0.481435,((2:0.061893,1:0.06438)100:0.111985,(4:0.363357,3:0.20869)60:0.083996)100:0.25721); END; BEGIN TREES; TITLE Nothophytophthora_ITS_LSU_Cox1_Bayesian_tree; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aphanomyces_euteiches_CBS_156.73, 2 Elongisporangium_anandrum_CBS_285.31, 3 Pythium_rostratum_CBS_533.74, 4 Pythium_ultimum_var._ultimum_CBS_122650, 5 Halophytophthora_avicenniae_CBS_188.85, 6 Halophytophthora_batemanensis_CBS_679.84, 7 Halophytophthora_epistomia_CBS_590.85, 8 Halophytophthora_exoprolifera_CBS_252.93, 9 Halophytophthora_operculata_CBS_241.83, 10 Halophytophthora_polymorphica_CBS_680.84, 11 'Hyaloperonospora sisymbrii-sophiae HV276', 12 Peronospora_rumicis_HV312, 13 Phytophthora_asparagi_P10690, 14 Phytophthora_boehmeriae_CBS_291.29, 15 Phytophthora_cactorum_P0714, 16 Phytophthora_captiosa_P10719, 17 Phytophthora_colocasiae_P6317, 18 Phytophthora_foliorum_P10969, 19 Phytophthora_heveae_CBS_296.29, 20 Phytophthora_humicola_CBS_200.81, 21 Phytophthora_ilicis_P3939, 22 Phytophthora_infestans_CBS_366.51, 23 Phytophthora_castaneae_CBS_587.85, 24 Phytophthora_kernoviae_P10681, 25 Phytophthora_litchii_CBS_100.81, 26 Phytophthora_megakarya_P8516, 27 Phytophthora_niederhauserii_P10616, 28 Phytophthora_polonica_P15005, 29 Phytophthora_quercina_P10334, 30 Phytophthora_rubi_CBS_967.95, 31 Phytopythium_boreale_CBS_551.88, 32 Phytopythium_helicoides_CBS_286.31, 33 Phytopythium_oedochilum_CBS_292.37, 34 Phytopythium_ostracodes_CBS_768.73, 35 Pythium_attrantheridium_DAOM_230383, 36 Lagenidium_caudatum_CBS_584.85, 37 Pythium_insidiosum_CBS_574.85, 38 Pythium_oligandrum_CBS_382.34, 39 Elongisporangium_undulatum_CBS_157.69, 40 Pythium_vanterpoolii_CBS_295.37, 41 Salisapilia_tartarea_CBS_208.95, 42 Nothophytophthora_caduca_CBS_142350, 43 Nothophytophthora_caduca_CBS_142351, 44 Nothophytophthora_chlamydospora_CBS_142353, 45 Nothophytophthora_valdiviana_CBS_142357, 46 Nothophytophthora_intricata_CBS_142354, 47 Nothophytophthora_vietnamensis_CBS_142358, 48 Nothophytophthora_amphigynosa_CBS_142348; TREE Bayesian_tree_3_genes = [&R] ((((((((((42:0.008955,43:0.003009)1.0:0.035783,(44:0.009396,45:0.009797)1.0:0.023876)1.0:0.01164,(46:0.002537,47:0.002286)1.0:0.021686)1.0:0.036519,48:0.037004)1.0:0.178996,(((((30:0.030595,27:0.029252)1.0:0.029064,18:0.057565)1.0:0.022182,(20:0.069444,13:0.025521)1.0:0.021093)0.93:0.008759,(((29:0.047887,17:0.061543)0.96:0.008761,(21:0.040022,((23:0.008219,19:0.009437)1.0:0.034063,((26:0.050845,25:0.028283)1.0:0.02181,(22:0.048857,15:0.026046)1.0:0.025924)0.81:0.006467)0.93:0.008175)0.71:0.005674)0.62:0.007417,(12:0.097186,11:0.24549)1.0:0.039586)0.91:0.009887)1.0:0.09114,((28:0.159069,16:0.118121)0.97:0.020119,(24:0.055149,14:0.036132)1.0:0.057716)1.0:0.063367)1.0:0.080936)0.98:0.035387,((5:0.047076,6:0.087121)1.0:0.049463,10:0.078602)1.0:0.247196)1.0:0.04824,8:0.319843)1.0:0.049317,((((31:0.047913,34:0.07673)0.96:0.036766,33:0.116475)1.0:0.075115,32:0.235788)1.0:0.10638,9:0.368291)1.0:0.213739)1.0:0.096297,((((36:0.073025,40:0.09232)1.0:0.084592,38:0.183963)1.0:0.040116,37:0.126201)1.0:0.147278,(((3:0.347077,35:0.220318)0.93:0.041103,4:0.183157)1.0:0.03423,(39:0.04354,2:0.02645)1.0:0.169637)1.0:0.038003)1.0:0.126586)1.0:0.050182,((41:1.025168,7:0.400489)0.58:0.090457,1:1.026706)1.0:0.032622); END;