#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2024; 10:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Pirie M.D., Maas P.J., Wilschut R., Melchers-sharrott H., & Chatrou L.W. 2018. Parallel diversifications of Cremastosperma and Mosannona (Annonaceae), tropical rainforest trees tracking Neogene upheaval of the South American continent. Royal Society Open Science, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20848] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=0; TAXLABELS ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Annickia_pilosa_0977 Cremastosperma_brevipes_0601 Cremastosperma_bullatum_1100 Cremastosperma_bullatum_1102 Cremastosperma_cauliflorum_0312 Cremastosperma_cauliflorum_0598 Cremastosperma_gracilipes_0491 Cremastosperma_leiophyllum_0594 Cremastosperma_longicuspe_0745 Cremastosperma_longicuspe_0753 Cremastosperma_macrocarpum_0741 Cremastosperma_magdalenae_1270 Cremastosperma_megalophyllum_0087 Cremastosperma_megalophyllum_0490 Cremastosperma_megalophyllum_0493 Cremastosperma_microcarpum_0082 Cremastosperma_microcarpum_0303 Cremastosperma_monospermum_0596 Cremastosperma_napoense_0737 Cremastosperma_novogranatense_0744 Cremastosperma_oblongum_0600 Cremastosperma_oblongum_0739 Cremastosperma_oblongum_1097 Cremastosperma_panamense_0747 Cremastosperma_pedunculatum_0754 Cremastosperma_pedunculatum_0760 Cremastosperma_pendulum_0742 Cremastosperma_pendulum_0749 Cremastosperma_pendulum_0751 Cremastosperma_pendulum_1098 Cremastosperma_peruvianum_0755 Cremastosperma_sp_0765 Cremastosperma_sp_CostaRica_0245 Cremastosperma_spB_0756 Cremastosperma_spBaff_0758 Cremastosperma_stenophyllum_0767 Cremastosperma_venezuelanum_0757 Cremastosperma_westrae_0761 Cremastosperma_yamayacatense_1099 Cremastosperma_yamayakatense_1101 Ephedranthus_sp_0105 Klarobelia_inundata_0301 Malmea_dielsiana_0260 Malmea_spnov_0197 Not_Cremastosperma_sp_0750 Onychopetalum_periquino_0017 Pseudoxandra_lucida_0307 Pseudoxandra_spiritussancti_0110 Sapranthus_viridiflorus_0211 ; 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Malmea_dielsiana_0260 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Mosannona_costaricensis_0237 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Mosannona_xanthochlora 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Pseudomalmea_diclina_0305 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M44750] TITLE Malmeae_All_Taxa; LINK TAXA = Taxa5; DIMENSIONS NCHAR=5650; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Cremastosperma_megalophyllum_0490 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Cremastosperma_microcarpum_0303 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Malmea_dielsiana_0260 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Mosannona_costaricensis_0238 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Mosannona_raimondii_1324 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Mosannona_costaricensis_0237 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Mosannona_vasquezii_0313 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Mosannona_xanthochlora 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Pseudomalmea_diclina_0305 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(1:100.0,(((2:100.0,11:100.0,37:100.0):76.519997,(((3:100.0,4:100.0):98.410004,(5:100.0,7:100.0):55.360001,6:100.0,13:100.0,14:100.0,15:100.0,16:100.0,17:100.0,19:100.0,32:100.0):63.380001,(8:100.0,9:100.0,(10:100.0,25:100.0,26:100.0,(27:100.0,(39:100.0,40:100.0):70.360001):64.559998):67.330002,18:100.0,21:100.0,22:100.0,23:100.0,28:100.0,29:100.0,30:100.0,31:100.0,34:100.0,35:100.0):51.669998,12:100.0,(((20:100.0,38:100.0):55.549999,24:100.0):92.150002,36:100.0):94.269997,33:100.0):60.610001):100.0,(47:100.0,48:100.0):81.779999):96.919998,((41:100.0,42:100.0):100.0,46:100.0):68.419998,(43:100.0,44:100.0):100.0,(45:100.0,49:100.0):99.989998); TREE Bayes_all = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE Mosannona_17_taxa_ndhF; LINK TAXA = Taxa6; TRANSLATE 1 Cremastosperma_brevipes_0601, 2 Ephedranthus_parviflorus_0031, 3 Malmea_dielsiana_0260, 4 Klarobelia_stipitata_0253, 5 Oxandra_macrophylla_0300, 6 Oxandra_venezuelana_0258, 7 Pseudomalmea_diclina_0305, 8 Mosannona_costaricensis_0237, 9 Mosannona_depressa_0489, 10 Mosannona_depressa_abscondita_1322, 11 Mosannona_discolor_0186, 12 Mosannona_garwoodii_0050, 13 Mosannona_hypoglauca_1323, 14 Mosannona_pacifica_0487, 15 Mosannona_papillosa_0974, 16 Mosannona_vasquezii_0313, 17 Mosannona_xanthochlora; TREE Pars_ndhF = [&R] (1:100.0,((2:100.0,4:100.0,5:100.0,6:100.0,7:100.0):81.75,((((8:100.0,12:100.0):99.07,14:100.0):83.169998,(9:100.0,10:100.0):99.970001,(11:100.0,((15:100.0,17:100.0):56.82,16:100.0):74.290001):53.380001):78.449997,13:100.0):99.989998):99.419998,3:100.0); TREE Bayes_ndhF = [&R] (1:0.009139518,3:0.01155612,((2:0.008754844,((4:0.003603713,5:0.007048544):8.854624E-4,(6:0.007201238,7:0.006931718):0.001054301):8.689877E-4):0.003076518,(((((8:0.001435465,12:0.00189843):0.001959119,14:0.00236975):8.022431E-4,11:0.002297501,((15:5.59455E-4,17:0.001571422):0.001257286,16:0.003267289):7.672106E-4):8.227267E-4,(9:6.112932E-4,10:0.001399001):0.002242262):0.002324747,13:0.005116892):0.008760259):0.00332349); TREE RAxML_ndhF = [&R] ((((4:0.004020300737827113,5:0.007626835466419961):4.504480488300447E-4,(2:0.009615343043746881,(6:0.007510213488812461,7:0.008093388898308193):7.671166637886717E-4):3.8760072567492227E-4):0.0029504132807996785,(((10:0.001318503181946563,9:5.392883547052426E-4):0.0021031213803873457,(((8:0.0013781838217047228,12:0.001835411853274812):0.0019170093741153877,14:0.002314016585407596):9.998622599971024E-4,(11:0.00236388905357167,(16:0.0032385288088174974,(17:0.0014996645614573385,15:1.00000050002909E-6):0.001707952770704785):6.959175263568537E-4):1.00000050002909E-6):7.316790485552562E-4):0.002611826687255215,13:0.005559877986439248):0.008442069138555759):0.0016630970660375826,(3:0.012243440439687036,1:0.009412846898119028):0.0016630970660375826); END; BEGIN TREES; TITLE Malmeae_BEAST; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Ephedranthus_parviflorus_0031, 2 Malmea_dielsiana_0260, 3 Klarobelia_stipitata_0253, 4 Oxandra_macrophylla_0300, 5 Oxandra_venezuelana_0258, 6 Pseudomalmea_diclina_0305, 7 Mosannona_sp_0226, 8 Mosannona_costaricensis_0237, 9 Mosannona_costaricensis_0238, 10 Mosannona_depressa_0489, 11 Mosannona_depressa_abscondita_1322, 12 Mosannona_discolor_0186, 13 Mosannona_garwoodii_0050, 14 Mosannona_hypoglauca_1323, 15 Mosannona_pacifica_0487, 16 Mosannona_papillosa_0974, 17 Mosannona_parva_1325, 18 Mosannona_raimondii_1324, 19 Mosannona_vasquezii_0313, 20 Onychopetalum_periquino_0017, 21 Klarobelia_inundata_0301, 22 Ephedranthus_sp_0105, 23 Pseudoxandra_lucida_0307, 24 Pseudoxandra_spiritussancti_0110, 25 Malmea_spnov_0197, 26 Cremastosperma_microcarpum_0082, 27 Cremastosperma_megalophyllum_0087, 28 Cremastosperma_sp_CostaRica_0245, 29 Cremastosperma_microcarpum_0303, 30 Cremastosperma_cauliflorum_0312, 31 Cremastosperma_megalophyllum_0490, 32 Cremastosperma_gracilipes_0491, 33 Cremastosperma_megalophyllum_0493, 34 Cremastosperma_leiophyllum_0594, 35 Cremastosperma_monospermum_0596, 36 Cremastosperma_cauliflorum_0598, 37 Cremastosperma_oblongum_0600, 38 Cremastosperma_brevipes_0601, 39 Cremastosperma_napoense_0737, 40 Cremastosperma_oblongum_0739, 41 Cremastosperma_macrocarpum_0741, 42 Cremastosperma_pendulum_0742, 43 Cremastosperma_novogranatense_0744, 44 Cremastosperma_longicuspe_0745, 45 Cremastosperma_panamense_0747, 46 Cremastosperma_pendulum_0749, 47 Cremastosperma_pendulum_0751, 48 Cremastosperma_longicuspe_0753, 49 Cremastosperma_pedunculatum_0754, 50 Cremastosperma_peruvianum_0755, 51 Cremastosperma_spB_0756, 52 Cremastosperma_venezuelanum_0757, 53 Cremastosperma_spBaff_0758, 54 Cremastosperma_pedunculatum_0760, 55 Cremastosperma_westrae_0761, 56 Cremastosperma_sp_0765, 57 Cremastosperma_stenophyllum_0767, 58 Cremastosperma_oblongum_1097, 59 Cremastosperma_pendulum_1098, 60 Cremastosperma_yamayacatense_1099, 61 Cremastosperma_bullatum_1100, 62 Cremastosperma_yamayakatense_1101, 63 Cremastosperma_bullatum_1102, 64 Cremastosperma_magdalenae_1270, 65 Mosannona_xanthochlora; TREE BEAST_Old = [&R] 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Cremastosperma_yamayakatense_1101, 29 Ephedranthus_sp_0105, 30 Klarobelia_inundata_0301, 31 Malmea_dielsiana_0260, 32 Malmea_spnov_0197, 33 Onychopetalum_periquino_0017, 34 Pseudoxandra_lucida_0307, 35 Pseudoxandra_spiritussancti_0110, 36 Sapranthus_viridiflorus_0211; TREE Bayes_ndhF = [&R] (1:0.01698978,36:0.01839427,(((((2:0.001768558,9:0.002258071,25:0.001529082):7.878537E-4,((((((3:7.625993E-4,4:4.401781E-4):7.528623E-4,14:5.258794E-4):2.087428E-4,((5:3.049628E-4,10:1.059358E-4):3.022355E-4,6:6.418104E-4,11:1.063254E-4,12:3.798177E-4):2.13157E-4):0.001029824,((((((7:0.001389362,23:9.992748E-4):2.436235E-4,(15:2.443959E-4,16:3.808252E-4):2.400545E-4):3.787295E-4,17:8.617299E-4):2.370307E-4,8:0.001273234,21:0.001350839):2.744434E-4,(13:0.001109473,20:0.00166454):3.216201E-4):3.155372E-4,(19:6.68928E-4,(27:5.229427E-4,28:1.210335E-4):3.596813E-4):9.641078E-4):7.541406E-4):4.361822E-4,22:0.00104905):5.836991E-4,((18:0.002809491,26:0.00223854):0.001161185,24:0.002354884):0.001085658):8.670192E-4):0.004133851,(34:0.003544664,35:0.00424531):5.586054E-4):0.001008755,(31:0.00282071,32:0.001368332):0.009607598):5.719631E-4,((29:0.006604353,30:0.006175652):0.004917245,33:0.008968851):7.328276E-4):6.023715E-4); TREE Parsim_ndhF = [&R] (1:100.0,(((2:100.0,9:100.0,25:100.0):73.93,(((((3:100.0,4:100.0):98.339996,(5:100.0,10:100.0):54.709999,6:100.0,11:100.0,12:100.0,14:100.0):96.290001,(((7:100.0,23:100.0):56.0,8:100.0,13:100.0,(15:100.0,16:100.0):55.73,17:100.0,20:100.0,21:100.0):70.370003,(19:100.0,(27:100.0,28:100.0):92.440002):98.269997):92.529999):92.75,22:100.0):75.75,((18:100.0,26:100.0):88.769997,24:100.0):94.910004):89.230003):100.0,(34:100.0,35:100.0):71.150002):96.339996,((29:100.0,30:100.0):100.0,33:100.0):61.650002,(31:100.0,32:100.0):100.0,36:100.0); TREE RAxML_ndhF = [&R] ((36:0.020421063119338233,((33:0.010513219134639868,(29:0.007648058571398989,30:0.007250002405984156):0.005469973507371186):6.169748300299564E-4,((31:0.003113113877695993,32:0.0014980228724667736):0.010054576058870305,((((9:0.0026168331797390065,2:0.0019137655401444218):1.00000050002909E-6,25:0.001360890145294625):8.931630946895802E-4,(((18:0.0029968679056691207,26:0.0026775561863223627):0.0012546123937823628,24:0.0028646613131004437):9.279721344612888E-4,((((((10:1.00000050002909E-6,5:4.081531739340246E-4):2.030403089741944E-4,((6:6.142156151105279E-4,(3:7.167177426774992E-4,4:5.383100301613889E-4):5.297419446495301E-4):1.00000050002909E-6,11:1.00000050002909E-6):1.00000050002909E-6):1.00000050002909E-6,12:3.046784803305812E-4):1.00000050002909E-6,14:6.203311521114127E-4):9.149754628563198E-4,((((23:9.658011061128728E-4,7:0.0020016953943525003):3.00678497882785E-4,(16:1.00000050002909E-6,15:6.139649790099585E-4):3.042507434676907E-4):1.5201828924786534E-4,(17:0.0011367503586040479,((20:0.0017069460188326522,13:0.0012336123451027038):4.539344080894708E-4,(21:0.001553215647743729,8:0.0012679390470900628):1.00000050002909E-6):1.5085357000807888E-4):1.5179044767629348E-4):4.560973740112511E-4,(19:5.727905282443515E-4,(27:4.425094455764151E-4,28:1.00000050002909E-6):4.4126136820955554E-4):9.533980100220521E-4):4.572435563046998E-4):4.885059755949499E-4,22:0.0010626431149708287):5.271426526085825E-4):7.573378747209046E-4):0.004276261191399719,(35:0.004538308940066226,34:0.003908706536237519):4.850599023978737E-4):9.660011771331039E-4):5.145155830814322E-4):4.61100707909408E-4):0.009713265882616512,1:0.009713265882616512); END; BEGIN TREES; TITLE Mosannona_All_Taxa; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Cremastosperma_brevipes_0601, 2 Ephedranthus_parviflorus_0031, 3 Klarobelia_stipitata_0253, 4 Malmea_dielsiana_0260, 5 Mosannona_costaricensis_0237, 6 Mosannona_costaricensis_0238, 7 Mosannona_depressa_0489, 8 Mosannona_depressa_abscondita_1322, 9 Mosannona_discolor_0186, 10 Mosannona_garwoodii_0050, 11 Mosannona_hypoglauca_1323, 12 Mosannona_pacifica_0487, 13 Mosannona_papillosa_0974, 14 Mosannona_parva_1325, 15 Mosannona_raimondii_1324, 16 Mosannona_sp_0226, 17 Mosannona_vasquezii_0313, 18 Mosannona_xanthochlora, 19 Oxandra_macrophylla_0300, 20 Oxandra_venezuelana_0258, 21 Pseudomalmea_diclina_0305; TREE Bayes_all = [&R] (1:0.009373607,4:0.01211927,((2:0.008234397,((3:0.003903849,19:0.007069319):9.024463E-4,(20:0.006943175,21:0.007159781):0.001028152):8.3632E-4):0.003072993,((((16:8.682889E-4,(5:8.557239E-4,6:4.107255E-4,10:0.002162794):0.001157881):0.001702709,(9:0.002428559,12:0.003195418,((13:0.001199536,14:0.004666166,15:0.001302074,18:0.001296832):4.338565E-4,17:0.003363792):7.421789E-4):3.811106E-4):5.728273E-4,(7:6.224065E-4,8:0.00141154):0.002128435):0.002599069,11:0.00516847):0.008553014):0.003100611); TREE Pars_all = [&R] (1:100.0,((2:100.0,3:100.0,19:100.0,20:100.0,21:100.0):83.730003,(((16:100.0,(5:100.0,6:100.0):60.84,10:100.0):77.480003,(7:100.0,8:100.0):99.980003,9:100.0,12:100.0,13:100.0,14:100.0,15:100.0,17:100.0,18:100.0):71.269997,11:100.0):100.0):99.480003,4:100.0); END;