#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 18:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Miller A.K., Kerr A.M., Paulay G., Reich M., Wilson N.G., Carvajal J.I., & Rouse G.W. 2017. Molecular phylogeny of extant Holothuroidea (Echinodermata). Molecular Phylogenetics and Evolution, 111: 110-131. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20885] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=84; TAXLABELS Abyssocucumis_abyssorum Acaudina_molpadioides Actinopyga_varians Afrocucumis_africana Amperima_robusta Apostichopus_californicus Apostichopus_parvimensis Aslia_pygmaea Astichopus_multifidus Bathyplotes_sp._1 Bathyplotes_sp._2 Benthogone_abstrusa Bohadschia_koellikeri 'Chiridota albatrossii Complex_1' 'Chiridota albatrossii Complex_2' Chiridota_laevis Chiridota_rigida Colochirus_robustus Crucella_scotiae_1 Crucella_scotiae_2 Cucumaria_miniata Deima_validum Echinocucumis_cf._hispida Echinocucumis_hispida Enypniastes_eximia Euapta_tahitiensis Euthyonidiella_huwi Gephyrothuria_alcocki Heteromolpadia_tridens Heterothyone_alba Holothuria_hilla Holothuria_leucospilota Isostichopus_badionotus Labidodemas_cf._pertinax Leptosynapta_clarki Lissothuria_nutriens Massinium_magnum Mesothuria_oktaknemus Molpadia_arenicola Molpadia_musculus_complex Molpadiodemas_involutus Molpadiodemas_villosus Myriotrochus_antarcticus Myriotrochus_sp. Oneirophanta_setigera Orphnurgus_glaber Pachythyone_rubra Paelopatides_sp._1 Paelopatides_sp._2 Pannychia_cf._moseleyi Pannychia_moseleyi Paracaudina_chilensis Paracucumis_turricata Paradota_sp._1 Parastichopus_tremulus Paroriza_prouhoi Patiria_miniata Pearsonothuria_graeffei Peniagone_diaphana Peniagone_sp. Pentactella_leonina Pentactella_sp. Pentamera_calcigera Phyrella_mookei Placothuria_squamata Protelpidia_murrayi Pseudostichopus_sp._1 Pseudostichopus_sp._2 Psolidium_dorsipes Psolidium_whittakeri Psycheotrephes_exigua Psychropotes_longicauda Rhipidothuria_racovitzai Sclerodactyla_briareus Sigmodota_contorta Stichopus_chloronotus Stichopus_vastus Strongylocentrotus_purpuratus Synallactes_sp. Thelenota_anax Thyone_sp. Thyonella_gemmata Ypsilothuria_cf._bitentaculata Zygothuria_oxysclera ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=84; TAXLABELS Abyssocucumis_abyssorum_E5610 Acaudina_molpadioides_MOLAF0220 Actinopyga_varians Afrocucumis_africana_GU038 Amperima_robusta_MOLN116 Apostichopus_californicus_GB Apostichopus_parvimensis_SIO2 Aslia_pygmaea Astichopus_multifidus_UF3985 Bathyplotes_sp._1_E5111 Bathyplotes_sp._2_S20496 Benthogone_abstrusa_MOLAF0378 Bohadschia_koellikeri_RA661 'Chiridota albatrossii Complex_1_E5611' 'Chiridota albatrossii Complex_2_E5612' Chiridota_laevis_E5602 Chiridota_rigida Colochirus_robustus Crucella_scotiae_1_E5296 Crucella_scotiae_2_VMA05 Cucumaria_miniata Deima_validum_AMK9 Echinocucumis_cf._hispida_S20758 Echinocucumis_hispida_MOLN168 Enypniastes_eximia_NW3 Euapta_tahitiensis_CHK067 Euthyonidiella_huwi_S20863 Gephyrothuria_alcocki_MOLN032 Heteromolpadia_tridens_MOLAF0228 Heterothyone_alba_NW5 Holothuria_hilla_GU047 Holothuria_leucospilota Isostichopus_badionotus_UF4703 Labidodemas_cf_pertinax_NOAA1407 Leptosynapta_clarki_MBLsup Lissothuria_nutriens_E6675 Massinium_magnum_PNG120875 Mesothuria_oktaknemus_UF9746 Molpadia_arenicola_SIO1 Molpadia_musculus_complex Molpadiodemas_involutus_NIWA49857 Molpadiodemas_villosus Myriotrochus_antarcticus_MOLAF0805 Myriotrochus_sp._MOLN139 Oneirophanta_setigera_UF9706 Orphnurgus_glaber_MOLAF0372 Pachythyone_rubra_E6676 Paelopatides_sp._1_E4365 Paelopatides_sp._2_E5609 Pannychia_cf._moseleyi_E5614 Pannychia_moseleyi_E4625 Paracaudina_chilensis_BCOW1 Paracucumis_turricata_VMA06 Paradota_sp._E5604 Parastichopus_tremulus_UF4863 Paroriza_prouhoi_AMK8 Patiria_miniata Pearsonothuria_graeffei_RA011 Peniagone_diaphana_AMK3 Peniagone_sp._E5608 Pentactella_leonina_S20193 Pentactella_sp._S20682 Pentamera_calcigera_E5613 Phyrella_mookei_UF10336 Placothuria_squamata_NW1 Protelpidia_cf_murrayi_E5110 Pseudostichopus_sp._1_S21014 Pseudostichopus_sp._2_S21020 Psolidium_dorsipes_S20868 Psolidium_whittakeri_E5136 Psycheotrephes_exigua_MOLN104 Psychropotes_longicauda_E4074 Rhipidothuria_racovitzai_MOLP166 Sclerodactyla_briareus_GulfSp Sigmodota_contorta_E5135 Stichopus_chloronotus_GU1401 Stichopus_vastus_CHK135 Strongylocentrotus_purpuratus Synallactes_sp._E5607 Thelenota_anax_CHK131 Thyone_sp._PNG121030 Thyonella_gemmata_GulfSp Ypsilothuria_cf._bitentaculata_E4760 Zygothuria_oxysclera_BFGU0226 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M40964] TITLE Holothuroidea_Reduced_Dataset_Matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=4296; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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'Chiridota albatrossii Complex_2' TTGAGGAGGGTGACGGGCGGTGTGTGCACGCACCAGTTTCTTTTCATTTCCTTATACTTTAGAAAATTACTTCCAAATTCTCCTTATTATTTCAACTTTATCTGCGTTAAAACCTTTGTAGTTCATACTTTCCACTTTATTAGTTGCACCTTGATCTGAAGTTAGGTAAAACTTTTATGTTAACTCTTTTTTGAGGTTAGCTGACGACGATGGTATACAAACTGTTTGCTAAAAGTGGTAGGTTATCTCGCGGATTATCGTTTATGGTACAAACTCCTCTGGTTAGGGTTGGAGCGCCGCCAAATTCTTTGGGTTTTAATCTTTGACCGTAGTGCCCTGTGT----TTTTTTAAGACTATAGTGGGGTATCTAATCCCAGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGCATGTCTAAGTAACTC---TCATGGAGTGAAACTGCAGATGGCTCATTAAATCAGCTGTTGTTTAATGGAGCGAGCAATCCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGATCAAGCGCTGACCTCACGGAAAGCGTGCTTTTATTAGGAACAAGACCGGCCCGCGGCTC----CGCGGTCGCTGGTGAACTCTAGATAACTTAGCCGATCGCACGGTCTTGCACCGGCGATGGTTCCTTCAAATGTCTGCCTTATCAACTGTCGATGGTAGGTTATGCGCCTACCATGGTCGTAACGGGTGACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGATCCAGGCCTCGAGGTTCTGTAATCGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAAAGCTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGATCTCTGGCTTGGGCGAGCGGTCCGTCGCAAGGCGTGTACTGCTCGTG--------------TCCCGGCCAGTCTACCGGTTAGCCGCGCGGTGCTCTTAACTGAGTGCCGTGCGCGGCCGGAACGTTTACTTTGAGAAAATTGGAGTGTTCAAAGCAGGCACAACCGCCTGAACAGCTCAGCATGGAATAATGGAAGAGGACCTCGGTTGGTCTCCGGAACGCGAGGTAATGATCAAAAGGGACAGACGGGGGCATTCGTACTGCGGTGTGAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCAAGACGCCCGAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGAGGGTTCGAAGGCGATCAGATACCGCCCTAGTCTTAACCATAAACGATGCCAACTTGCAACCCGCCGTAGTTCCTCCCATGACACGGCGGGCAGC-ACCCGGGAAACCAAAGTGTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACAGTGAGGATTGACAGATTGACAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCTTGCTAAATAGTTTCCCTACCCGACGCGGTAAGGGAACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCTCATAGCCACATGAAAAAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGGAGAGAGCAGCGGGTC-TTTTCTCCTAGACCGAAAGGCCCGGGTAATCCGCTGAACCCTCTCCGTGCTGGGGATAGGGACTTGAAATTATGTCCCTTGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATCGAATGGTTTAGTGAGATCATCAGATCGACCGCCTGGGACCGGCTCCGCTGG-----TTCCGCGGACGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGGGTTGGAATGTTGTCCTTATATGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGTTGTCCCCTCTTTTCTCTTTGCTCGCGTGTGAAGGGGTGGACGGTGACGTTACCCCTTTCGGAAATGCCAGCGGGCTCGTGACTGGATTTTCTTCATTGCGGGCTCTCATTTGCTCATAATTATACACGTTAAAATCGTGTAGGCTCGTGGACGCTCCCTTTGTTGTCATTTGTACTCTTTTCTTTTTTCCTCCGTCTGCGGGCATACATTTTTACGACGAAATAAACTCTTTTGACCACGGGGGGGACCTTTTTTCACATTTTTGTTTTGGCACCGAGTTAATTTATTTCCGGTTGGATATTCCAATGTGCCATATCGGAAGTCACCTTGGTATTGGATGTTATCATATTCATGGATTTGGTTTTGTTGGCCAC????????????????????????????????????GCACGTAAATCAACCGGAGGAAAAGCTCCTCGCAAGCAGCTGGCAACCAAAGCTGCAAGGAA{AG}AGCGCCCCAGCGACAGGGGGAGTGAAGAAGCCCCATCGTTACAGGCCCGGTACCGTGGCTCTCCGTGAGATCCGTCGTTACCAGAAAAGCACCGAACTTCTGATTCGCAAGCTGCCCTTCCAGCGTCTGGTGAGAGAAATTGCCCAAGACTTCAAGACCGAGCTTCGATTCCAGAGTTCTGCCGTCATGGCCCTGCAAGAAGCCAGCGAAGCTTACCTGGTCGGTCTCTTCGAGGACACCAACCTTTGCGCCATCCACGCCAAACGTGTCAC??????? 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Pentactella_leonina TTGAGGAGGGTGACGGGCGGTATGTACATATTCTAGAGCTTATTCATTTTTTATTTCTGTAATTAATTACTATTAAATCCTTTTTTTATTTCAATTAATTTCCTCTTAAAAAATAAAGTAGTTCATTATCCCCAGTTTATAGGCTGCATCTTGATCTGAGGTTTT--TTTTATTAGTTGCTTACGTTC-TATAAAGTTAGCTGGCGACGATGATATACAGGCTGGTGTCTAAAACTGGTAAGGTGTCTCGTGGATTATCGATTAGATCACAAACTCCTCTAATAAGATGTAGAAAACCGCCAAGTTCTTTAAGTTTCAAATTATTATAATACTGCTCTGGTGTTGTTTTAGTTAAGGTATAGTGGGGTATCTAATCCC???AAAAACATAGCCCCTTGAAATTATAAAGGGTAAGCCTGCCCAATGGAATCTTAATGGCCGCGGTATCTTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTTCTTAAATAGAAACTTGTATGAATGGCACCACATTCTCTAACTGTCTCCTCTTTATACTTTTTAAACTTCTACTAACGTGAAGAAGCGTTAACAAAAAAGAAAGACGAGAAGACCCTGTCGAGCTTAAACTCCTAATGGAAATAAATTAATCTAAATAGAAGTTTTGGTTGGGGCAACCATGGAGTATAAAAAGCCTCCAGAAAAAAGATTTATCCTTTATTAATTTTACAGATCCAGTACTGGCAAACAGAAATAGTTACCGCAGGGATAACAGCGTTATCTCCTTTAAGAGTCCATATTGACAAGGAGGATTGCGACCTCGATGTTGGATTAGGGTAACCAAAGGGTGCAGCAGCTCTT-TAGGTTGGACTGTTCGTCCAATAATCCCCTACGTGATCT?TGCACGTCTAAGAATCGTGAATACACAAGAGAATCTGCAGATGGCTCATTATATCAGTTATGGTTTATTGGAGAACATCAGTTGCCATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGATTAAGCGCCGACCCTTGGGGAAGCGTGCTTTTATTGGGAACAAGGCCAGCTCGGTTCCTGGGGGCCGGTCGCTGGTGAACTCTAGATAACCACGCCGATCGCACGGTCTCGCACCGGCGACGCTCCCTTCAAAAGTCTGCTCTATCAACTTTCGATGGTAAGTTATCTGCTTATCATGGTTGTGACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAAAAAATAACGATACAGGCCTGGAGGCTCTG{GT}GATCGGAATGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCGGTGCTCTTAACTGAGTGCCGTGCGAGGCTGAAACGTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCAAAGTGCCCGAACAGCTCAGCATAGAATAGTGGAAAAGGACCTCGGTTGGTCTCTGGAACCTGAGGTAATGATCAAGAGGGACTGCCGGGGGCATTCGTATTGCGGCGTGAGAGGTGAAATTCTTGGATCGTCGCAAGACGCCCGACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTGATCAAGAACGAAAGTCGGAGGATCGAAGGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCCGACCATAAACGATACCGACCCGTAATTCGCCGGCGTTCCTCCCATGACGCGGCGGGCAACTCTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACCTACCCGGCCCGGACACAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTCGATTTTGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCTTGCTATATAGTCCGGCCACCCGTCGTGGTGTGCCAACTTCATAGAGGGACAAATGGCGTTCAGCCATACGAGATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGGCGCAAGCAGCGGGTACATTTGCCCT{AC}GGCCGACAGGTCTGGGTAATCCGCTGAGATTCCGCCGTGCTGGGGACAGGGACTTGTAATTGTGTCCCTTGAACGAGGAATTCCAAGTAAACGCGAGTCATCAGCTCGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATCGAATGGCTTAGTGAGGCCATTGGATCGTCCGTCT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCAAAGTGAAG-AATTCGATGAAGCGCGG--TAACGGC{AG}GGAGTAACTATGACTCT{CT}TTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTGGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCACAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCTGGTGCCGTGAAGAGACTTGAGAGGTGTAGAATAAGTGGGAGGTCTCTCTTCCGGCGTTGAAATACCACTACTCTTAACGTTTTTTTACTTATCCGATGAGGCGGGTGGCACGGCGGCG-AGCCCGTCGTCTTGCTGGTGCCAACCTTTTGCGGTCTCCTCTCGCGCCGTTGCCGCGAGAGCGACCCGTTTCGGAGAAAC{CT}GCCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGAGAGCTCAGCGAGGACAGAAACCTC{AG}CGTAGAGCAAAAGGGCAAAAGCTCTCTTGATCTCGATTTTCAGTACGAATACAGACCGCGAAAGCGGGGCCTATCGATCCTTTTGACTGTCGGAATTCGACGCAAGGGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATTCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGAATTCGCCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTA{AC}TAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCT{AT}CTGAT????????????????????????????????????TATGGGGTTGGAATGTTATCCTTATATGGTCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTGTCCCCTCTTATCTCTTTGCTCGCAGATGAAAGGGCGGACGGTGACATTACCCCTTTCAGAAATGCCATCGGGGTCGTGACTGCATTTTCCTCACTGCGGGCTCTCATCTGCTCATAATTATTCACATATAAATCGGCCCGGATACTTGACGTTCCCTTTGTTGTCGTTTATACGCTTCTCTTTTTAGCTCCGTTTGCGGGCATACATTTTTACGACGAAATAAACACTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTTCACATTTTTGTTTTGGCACCGAGTTAATCTATCTCCGGTTGGATATTCCAGTATGCCATAAGGGAAAAGACCTTGGTATTGGATGTTAGCATATGCATGGATTTGGTTTTGTTGGCCACAATTTACGTGGATGA?????????????????????GCACGTAAATCTACCGGTGGAAAGGCGCCGCGTAAACAACTGGCGACCAAAGCCGCTCGAAAGAGTGCACCAGCTACAGGAGGGGTGAAGAAACCTCATCGCTACAGGCCTGGCACCGTCGCTCTCCGTGAGATCCGTCGCTACCAGAAGAGCACAGAACTCCTGATCCGAAAACTCCCCTTCCAACGTCTGGTCAGGGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACCGAGCTGCGATTCCAGAGCTCTGCCGTCATGGCCCTCCAAGAAGCCAGCGAAGCCTACCTGGTCGGTCTCTTCGAGGACACCAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAACGTGTCAC??????? 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Strongylocentrotus_purpuratus TAGGCGAGAGTGACGGGCGATGTGTACGCATTCCAGAGCTCTTTCAGCCCCATTCTCTTAGTGGGCCTACTGCTGAATCCAAATTCCGATTCATCCCCCTTCCAATGTTCAAACATTGTAGCTCACTATCCCCAACTTATAGGCTGCACCTTGATCTGACGTCCAGGTCTCCCTTAAAGTCAACTTTCTCAAGAAGTAGACTTACGACGATGGTATACAAGCTGGTTACAAAAATTGGTGAGGTGGATCGTGGGTTATCGATTCAATGGCAAACT-CTCCAGGGAGGTTTGGAAAACCGCCAAATCCTTTGAATTTTGAACTTTAGGGGTGTTACACTTCT-------------AAGTATAACAGGGTATCTAATCCTGGTAAAAACATCGCTCCCCAAAAGCCTGGGGAGTCTGCCTGCCCAGTGACTGTTAAACGGCCGCTGTATCTTGACCGT-CGGAGGTAGCATAATCATTGTCTTCCTAATTAGAGACTAGTATGAATGGCAAGAGGGAAATAAATGACATTTTTTCTATAGCCCTTAATACTACCTCCCCGTGAAGAGGCGGGGATAAAACGGTTAGACGAGAAGACCCTGTGGAGCTTTTAAGCGGAAGTTAAAAACAGTAATTTTAGCAAAAGCTTTGGTTGGGGCAA-CGCGGAGTAAGAAGACCCTCCGCTAAAAAGAAGGTTCTACAAAATGAAAGAATGATCCAC-GGTGATCAAAGAAACAAGTTACCGCA-GGATAACAGCGTTATCTTTTCTGAGAGTTCACATTGACGAAAAGGTTTGCGACCTCGATGTTGGATCGGGACATCCTAAGGGTGCAGAAGCTTTTAAGGGTTGGTCTGTTCGACCATTAAAGTCCTACGTGATCTGTGCATGTGTTAGTAGCTT---GTATCAAGCGAAACTGCGGATGGCTCATTAAATCAGTCATGGTTCCTTGGAACGAGTTGCCCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTACCAAGCGCCGACCTCTGGAAGGCTGTGCTTTTATTAGGAACAAAGACCAAGCCT--------AGCCCGCTGTTGGTGAACTCTGGATAACTTAGCAGATCGCACGGTCATGCACCGGCGACGAAACCATCAAACGTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACGTTATGCGCCTACCATGGTCGTAACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCTCGACACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACAGGACTCGAGGCCCTGTAATTGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGC-GTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAATGCTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGTATCTAGGGCTTGGGCTGAGGGTCCGTCGTAAGGGGTGCACTCTGAGTA----------------CCAGCCTCCCTCGCGGCTTGTCGCCCGGTTCTCTTAACTGAGTCCCGGGTGCGGCCGGAACGTTTACTTTGAAAAAATTGGAGTGTTCAAAGCAGGCGCAACAGCCTGAACAGTAGAGCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTGGTTTTAAGAGTCCGAGGTAATGATTCACAGGGACTGACGGGGGCATTCGTATTGCGGTGTGAGAGGTGAAATTCTTGG-TCGCCGCAAGACGACCGGTAGCGAAA-CGTTTGCCAAGAATGTATTCATTGATCAAGAACGAAAGTTACAGGTTCGAAGGCGATACGATACCGCCCTAGTTCTAACCATAAACTATGCCGACCGCGATT---GCCGCGTTATATCAATGACACGGCAAGCAGC-TTCCGGGAAACCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGAGCTGC---GCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCTTGCTAAATAGTTGCGCCACCCGCCGAGGTGGGCGAACTTCTTAGAGGGACTAGTGGCGTTTAGCCACGCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGTGTG--TCTTCCCTTGGCCGGAAGGTCTGGGAAATCCGTTGAACCTCTTTCGTGATTGGGATAGGGAATTGTAATTATTTCCCTTGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGATCCTCGGATTGGCCGGGTCGCGG----TTCGCCGG-----CACGATCCCTGAAAAGACGATCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGGTCAAAGTGAAGAAATTCAACGAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCTGACCTTGTGAAGAGACATGAGGGGTGTAGGATAGGTGGGAGGTGCTT-CACCGACGGTGAAATACCACTACTCTCATCGTTTCTTTACTTATTCGGTGAGTCGGGAAACGGGCGTTCC-----GTTCGTCTTTCTGGTGCTAAGCGGCCGCCTCACG---------------GGGGGCCGCGACCCGCTCCGAAGACAGCGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGCGAGGACGGAAACCTCGCGTAGAGCAAAAGGGCAAAAGCTCGCTTGATCTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGACCGTCGGAGTTCGACGCAAGGGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGTTGTCGCTACGGCAATTCTGCTCAGTACATCCATATATGGGGTTGGAATGCTATCCCTATATGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTATCCCCTCTTATTTCTTTGCTCGCGGGTGAAGGGGCGGACGGTGACATTACCCCCTTCAGAAATGCCAGCGGGGTCGTGATTGCATTTTCCTCACTGCGGGCTCTCATCTGCTCATAATTATACACATATAAATCGACCCGGATTCTTGACGCTCCTTTTGTTGTCGTTTGTACGCTTTTCTCTCTTCCTCCGTTTGCGGGCATACATCTCTACGACGAAATAAACACTTTTGACCGCGGGGGGGACCATCTTTCACACTTTTGTTTTGGCACCGAGTTAATCTATTTCCGGTTGGATATTCCAGTATGCCATATCGGAACGGACCTTGGTACTGGATGTTAGCATATGCATGGGTTTGGTTCTGTTGGCCACA???????????????????????????????????GCTCGCAAATCTACAGGAGGGAAGGCTCCCCGCAAGCAGCTGGCAACCAAAGCTGCCAGAAAGAGTGCCCCCGCCACTGGAGGAGTCAAGAAGCCTCATCGATACAGGCCTGGCACAGTCGCCCTGAGAGAGATTCGCCGCTACCAGAAGAGCACTGAGCTTCTCATCCGAAAACTGCCATTCCAGCGTCTAGTGCGTGAGATTGCACAGGACTTCAAGACAGAGCTACGTTTCCAGAGTTCCGCTGTGATGGCCCTTCAAGAAGCCAGCGAGGCATACCTAGTTGGCC------GAGACACCAACCTGTGTGCCATCCACGCCAAGAGGGTTAC??????? 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Bohadschia_koellikeri_RA661 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Chiridota_rigida 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Colochirus_robustus 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Cucumaria_miniata 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Myriotrochus_antarcticus_MOLAF0805 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Sclerodactyla_briareus_GulfSp 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Strongylocentrotus_purpuratus 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; END; BEGIN SETS; CHARSET 28S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_Renamed_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 3107-4124; CHARSET 16S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 477-1152; CHARSET COI_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 4125-4808; CHARSET 18S_Finalalignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 1153-3106; CHARSET 12S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 1-476; CHARSET H3_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta (CHARACTERS = Holothuroidea_Complete_Dataset) = 4809-5171; END; BEGIN TREES; TITLE Holothuroidea_Reduced_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Abyssocucumis_abyssorum, 2 Acaudina_molpadioides, 3 Actinopyga_varians, 4 Afrocucumis_africana, 5 Amperima_robusta, 6 Apostichopus_californicus, 7 Apostichopus_parvimensis, 8 Aslia_pygmaea, 9 Astichopus_multifidus, 10 Bathyplotes_sp._1, 11 Bathyplotes_sp._2, 12 Benthogone_abstrusa, 13 Bohadschia_koellikeri, 14 'Chiridota albatrossii Complex_1', 15 'Chiridota albatrossii Complex_2', 16 Chiridota_laevis, 17 Chiridota_rigida, 18 Colochirus_robustus, 19 Crucella_scotiae_1, 20 Crucella_scotiae_2, 21 Cucumaria_miniata, 22 Deima_validum, 23 Echinocucumis_cf._hispida, 24 Echinocucumis_hispida, 25 Enypniastes_eximia, 26 Euapta_tahitiensis, 27 Euthyonidiella_huwi, 28 Gephyrothuria_alcocki, 29 Heteromolpadia_tridens, 30 Heterothyone_alba, 31 Holothuria_hilla, 32 Holothuria_leucospilota, 33 Isostichopus_badionotus, 34 Labidodemas_cf._pertinax, 35 Leptosynapta_clarki, 36 Lissothuria_nutriens, 37 Massinium_magnum, 38 Mesothuria_oktaknemus, 39 Molpadia_arenicola, 40 Molpadia_musculus_complex, 41 Molpadiodemas_involutus, 42 Molpadiodemas_villosus, 43 Myriotrochus_sp., 44 Myriotrochus_antarcticus, 45 Oneirophanta_setigera, 46 Orphnurgus_glaber, 47 Pachythyone_rubra, 48 Paelopatides_sp._1, 49 Paelopatides_sp._2, 50 Pannychia_cf._moseleyi, 51 Pannychia_moseleyi, 52 Paracaudina_chilensis, 53 Paracucumis_turricata, 54 Paradota_sp._1, 55 Parastichopus_tremulus, 56 Paroriza_prouhoi, 57 Patiria_miniata, 58 Pearsonothuria_graeffei, 59 Peniagone_sp., 60 Peniagone_diaphana, 61 Pentactella_sp., 62 Pentactella_leonina, 63 Pentamera_calcigera, 64 Phyrella_mookei, 65 Placothuria_squamata, 66 Protelpidia_murrayi, 67 Pseudostichopus_sp._1, 68 Pseudostichopus_sp._2, 69 Psolidium_dorsipes, 70 Psolidium_whittakeri, 71 Psycheotrephes_exigua, 72 Psychropotes_longicauda, 73 Rhipidothuria_racovitzai, 74 Sclerodactyla_briareus, 75 Sigmodota_contorta, 76 Stichopus_chloronotus, 77 Stichopus_vastus, 78 Strongylocentrotus_purpuratus, 79 Synallactes_sp., 80 Thelenota_anax, 81 Thyone_sp., 82 Thyonella_gemmata, 83 Ypsilothuria_cf._bitentaculata, 84 Zygothuria_oxysclera; TREE tree_1 = [&R] (57:0.101222,(78:0.224532,(((44:0.073322,43:0.034019):0.353921,(26:0.080767,(17:0.039068,(35:0.09323,(54:0.041454,(75:0.055502,(16:0.005575,(14:0.001887,15:3.0E-6):0.005115):0.012261):0.017323):0.002375):0.008206):0.022188):0.068738):0.13505,(((51:0.001186,50:0.002228):0.040926,((12:0.029295,25:0.04631):0.008122,((71:0.006768,72:0.002116):0.047472,((60:0.017928,59:0.010854):0.026242,(73:0.026984,(5:0.00558,66:0.005088):0.009075):0.020179):0.028196):0.006467):0.009256):0.050855,(((38:0.052737,84:0.052577):0.04765,((3:0.04063,(13:0.048954,58:0.044488):0.010893):0.009521,(34:0.021006,(31:0.050906,32:0.019242):0.008509):0.018997):0.065096):0.014365,((((67:0.008023,68:0.001975):0.075047,((28:0.064744,56:0.027135):0.075767,(41:0.003124,42:0.002724):0.044451):0.008104):0.018857,(((29:0.059262,40:0.038778):0.016284,(2:0.070846,(39:0.004335,52:0.006528):0.056366):0.004449):0.014149,((22:0.025673,(46:0.027631,45:0.02023):0.007302):0.031897,(79:0.037152,(((6:0.001802,7:0.0021):0.031078,((10:0.002037,11:0.001927):0.026626,(49:0.013422,48:0.014838):0.025525):0.003903):0.006055,(55:0.019255,((9:0.044114,80:0.032478):0.013289,(33:0.02094,(76:0.017423,77:0.018337):0.007751):0.028167):0.009865):0.003113):0.012618):0.013081):0.008995):0.004889):0.012411,((27:0.065498,(4:0.033806,64:0.050575):0.026004):0.013871,(37:0.085118,((24:0.014247,23:0.031979):0.035014,(((1:0.029677,(62:0.034292,61:0.024284):0.016513):0.007206,((82:0.046873,(21:0.009741,8:0.017903):0.004511):0.008898,(81:0.055962,(74:0.030819,(47:0.03337,63:0.039644):0.004657):0.010143):0.006184):0.009076):0.003038,(83:0.042577,((70:0.023054,(53:0.010359,(19:0.003043,20:0.003622):0.00533):0.004932):0.014029,(69:0.035864,((18:0.053618,36:0.048459):0.009153,(30:0.013354,65:0.028502):0.014058):0.002481):0.004329):0.006724):0.007281):0.004265):0.003515):0.00309):0.077016):0.025168):0.030465):0.136518):0.162093):0.101222); END; BEGIN TREES; TITLE Holothuroidea_Complete_Result; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Patiria_miniata, 2 Strongylocentrotus_purpuratus, 3 Afrocucumis_africana_GU038, 4 Apostichopus_californicus_GB, 5 Actinopyga_varians, 6 Acaudina_molpadioides_MOLAF0220, 7 Astichopus_multifidus_UF3985, 8 Apostichopus_parvimensis_SIO2, 9 Amperima_robusta_MOLN116, 10 Benthogone_abstrusa_MOLAF0378, 11 Bathyplotes_sp._1_E5111, 12 Bohadschia_koellikeri_RA661, 13 Chiridota_rigida, 14 Cucumaria_miniata, 15 Crucella_scotiae_1_E5296, 16 Crucella_scotiae_2_VMA05, 17 Chiridota_laevis_E5602, 18 Paradota_sp._E5604, 19 'Chiridota albatrossii Complex_1_E5611', 20 'Chiridota albatrossii Complex_2_E5612', 21 Colochirus_robustus, 22 Deima_validum_AMK9, 23 Enypniastes_eximia_NW3, 24 Echinocucumis_hispida_MOLN168, 25 Euapta_tahitiensis_CHK067, 26 Gephyrothuria_alcocki_MOLN032, 27 Heterothyone_alba_NW5, 28 Holothuria_hilla_GU047, 29 Holothuria_leucospilota, 30 Heteromolpadia_tridens_MOLAF0228, 31 Isostichopus_badionotus_UF4703, 32 Leptosynapta_clarki_MBLsup, 33 Lissothuria_nutriens_E6675, 34 Labidodemas_cf_pertinax_NOAA1407, 35 Myriotrochus_antarcticus_MOLAF0805, 36 Molpadia_arenicola_SIO1, 37 Molpadiodemas_involutus_NIWA49857, 38 Massinium_magnum_PNG120875, 39 Molpadia_musculus_complex, 40 Mesothuria_oktaknemus_UF9746, 41 Molpadiodemas_villosus, 42 Myriotrochus_sp._MOLN139, 43 Orphnurgus_glaber_MOLAF0372, 44 Oneirophanta_setigera_UF9706, 45 Pannychia_moseleyi_E4625, 46 Pannychia_cf._moseleyi_E5614, 47 Paracaudina_chilensis_BCOW1, 48 Peniagone_diaphana_AMK3, 49 Psycheotrephes_exigua_MOLN104, 50 Pearsonothuria_graeffei_RA011, 51 Psychropotes_longicauda_E4074, 52 Phyrella_mookei_UF10336, 53 Paroriza_prouhoi_AMK8, 54 Aslia_pygmaea, 55 Pachythyone_rubra_E6676, 56 Placothuria_squamata_NW1, 57 Parastichopus_tremulus_UF4863, 58 Paracucumis_turricata_VMA06, 59 Paelopatides_sp._2_E5609, 60 Protelpidia_cf_murrayi_E5110, 61 Psolidium_whittakeri_E5136, 62 Rhipidothuria_racovitzai_MOLP166, 63 Sclerodactyla_briareus_GulfSp, 64 Stichopus_chloronotus_GU1401, 65 Stichopus_vastus_CHK135, 66 Pentamera_calcigera_E5613, 67 Sigmodota_contorta_E5135, 68 Synallactes_sp._E5607, 69 Paelopatides_sp._1_E4365, 70 Thelenota_anax_CHK131, 71 Thyonella_gemmata_GulfSp, 72 Thyone_sp._PNG121030, 73 Ypsilothuria_cf._bitentaculata_E4760, 74 Zygothuria_oxysclera_BFGU0226, 75 Bathyplotes_sp._2_S20496, 76 Pentactella_leonina_S20193, 77 Abyssocucumis_abyssorum_E5610, 78 Euthyonidiella_huwi_S20863, 79 Echinocucumis_cf._hispida_S20758, 80 Peniagone_sp._E5608, 81 Pseudostichopus_sp._1_S21014, 82 Psolidium_dorsipes_S20868, 83 Pentactella_sp._S20682, 84 Pseudostichopus_sp._2_S21020; TREE tree_1 = [&R] (1:0.1769695,(2:0.369774,(((35:0.142689,42:0.052351):0.629458,(25:0.138772,(13:0.089242,(18:0.085288,(32:0.155945,(67:0.102721,(17:0.013298,(19:0.00318,20:0.00368):0.017496):0.025798):0.026555):0.014511):0.019426):0.039655):0.111557):0.2367,(((45:0.007157,46:0.003108):0.076344,(((10:0.061031,23:0.082375):0.010988,(49:0.010476,51:0.004084):0.092344):0.010487,((48:0.03726,80:0.023766):0.045029,(62:0.051137,(9:0.013845,60:0.013084):0.016269):0.034792):0.054916):0.016343):0.080505,(((40:0.092822,74:0.102471):0.094235,((5:0.084954,(12:0.099386,50:0.087924):0.016813):0.011668,(34:0.052288,(28:0.084724,29:0.038236):0.019093):0.03411):0.130875):0.020246,((38:0.131634,((78:0.132363,(3:0.066283,52:0.073283):0.049489):0.027695,(((77:0.06658,(76:0.072458,83:0.044456):0.029109):0.0135,((71:0.091707,(14:0.022241,54:0.037332):0.007604):0.015566,(72:0.095566,(66:0.078668,(55:0.077554,63:0.053197):0.006378):0.019724):0.008991):0.014847):0.00346,((24:0.045469,79:0.075529):0.053591,(73:0.084828,((61:0.048161,(58:0.022276,(15:0.002183,16:0.003449):0.013531):0.016325):0.0221,(82:0.064247,((21:0.093531,33:0.081134):0.014562,(27:0.037028,56:0.048235):0.023458):0.002521):0.00999):0.009191):0.008312):0.006525):0.014833):0.008553):0.128379,(((81:0.017105,84:0.003523):0.119486,((26:0.119906,53:0.050798):0.124872,(37:0.006184,41:0.007388):0.074613):0.014839):0.030603,(((30:0.105207,39:0.068286):0.025967,(6:0.125256,(36:0.013079,47:0.011384):0.101326):0.011913):0.024578,((22:0.053178,(43:0.060404,44:0.047601):0.011858):0.058597,(68:0.079767,(((4:0.00487,8:0.006296):0.06709,((11:0.005183,75:0.003183):0.048569,(59:0.02892,69:0.029415):0.055408):0.00679):0.009413,((57:0.042514,(7:0.090271,70:0.063587):0.025961):0.012722,(31:0.050764,(64:0.041645,65:0.037108):0.023608):0.052633):0.014414):0.019644):0.021241):0.014598):0.008218):0.02172):0.037563):0.05134):0.21921):0.262892):0.1769695); END;