#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 16:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Toljagić O., Voje K.L., Matschiner M., Liow L., & Hansen T.F. 2017. Millions of Years Behind: Slow Adaptation of Ruminants to Grasslands. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S21191] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=184; TAXLABELS Addax_nasomaculatus Aepyceros_melampus Alcelaphus_buselaphus_buselaphus Alces_alces Ammotragus_lervia_FJ207522 Antidorcas_marsupialis Antilocapra_americana Antilope_cervicapra Arabitragus_jayakari_FJ207523 Axis_axis Axis_porcinus Balaena_mysticetus_NC005268 Balaenoptera_acutorostrata_NC005271 Balaenoptera_bonaerensis_NC006926 Balaenoptera_borealis_NC006929 Balaenoptera_edeni_edeni_NC007938 Balaenoptera_musculus_NC001601 Balaenoptera_omurai_NC007937 Balaenoptera_physalus_NC001321 Berardius_bairdii_NC005274 Bison_bison Bison_bonasus Blastocerus_dichotomus Bos_gaurus Bos_grunniens_NC006380 Bos_javanicus_javanicus Bos_taurus_taurus_EU177832 Boselaphus_tragocamelus Bubalus_bubalis_bubalis_AF547270 Bubalus_depressicornis Budorcas_taxicolor_FJ207524 Camelus_bactrianus_NC009628 Camelus_dromedarius Camelus_ferus_NC009629 Caperea_marginata_NC005269 Capra_caucasica Capra_falconeri_FJ207525 Capra_hircus Capra_ibex_FJ207526 Capra_nubiana_FJ207527 Capra_pyrenaica_FJ207528 Capra_sibirica_FJ207529 Capreolus_capreolus Capricornis_crispus_FJ207533 Capricornis_milneedwardsii_FJ207534 Capricornis_swinhoei_NC010640 Cephalophus_adersi Cephalophus_callipygus_1 Cephalophus_dorsalis Cephalophus_jentinki Cephalophus_leucogaster Cephalophus_natalensis Cephalophus_nigrifrons Cephalophus_ogilbyi Cephalophus_rufilatus Cephalophus_silvicultor Cephalophus_spadix Cephalorhynchus_heavisidii Cervus_elaphus_NC007704 Cervus_nippon_centralis_NC006993 Choeropsis_liberiensis Connochaetes_gnou Connochaetes_taurinus_1 Dama_dama_dama Damaliscus_pygargus_FJ207530 Delphinus_capensis_NC012061 Dorcatragus_megalotis Elaphodus_cephalophus_N008749 Elaphurus_davidianus Equus_asinus_NC001788 Eschrichtius_robustus_NC005270 Eubalaena_australis_NC006930 Eubalaena_japonica_NC006931 Eudorcas_rufifrons_2 Gazella_bennettii Gazella_cuvieri Gazella_dorcas_pelzelnii Gazella_gazella_gazella Gazella_leptoceros Gazella_spekei Gazella_subgutturosa_subgutturosa Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100 Grampus_griseus_NC012062 Hemitragus_jemlahicus_FJ207531 Hippocamelus_antisensis Hippopotamus_amphibius_NC000889 Hippotragus_equinus Hippotragus_niger Hydropotes_inermis Hyemoschus_aquaticus Hyperoodon_ampullatus_NC005273 Inia_geoffrensis_NC005276 Kobus_ellipsiprymnus Kobus_leche Kogia_breviceps_NC005272 Lagenorhynchus_albirostris_NC005278 Lama_guanicoe_NC011822 Lipotes_vexillifer_NC007629 Litocranius_walleri Madoqua_kirkii Madoqua_saltiana Mazama_americana_2 Mazama_gouazoubira Mazama_nemorivaga_1 Mazama_rufina Megaptera_novaeangliae_NC006927 Monodon_monoceros_NC005279 Moschus_berezovskii_NC012694 Moschus_moschiferus Muntiacus_crinifrons_NC004577 Muntiacus_muntjak_NC004563 Muntiacus_reevesi_NC008491 Muntiacus_vuquangensis Naemorhedus_baileyi Naemorhedus_griseus_griseus_FJ207532 Nanger_dama Nanger_granti Nanger_soemmerringii Neotragus_batesi Nesotragus_moschatus Odocoileus_hemionus Odocoileus_virginianus_3 Okapia_johnstoni Oreamnos_americanus_FJ207535 Oreotragus_oreotragus Oryx_beisa Oryx_dammah Oryx_gazella Oryx_leucoryx Ourebia_ourebi Ovibos_moschatus_FJ207536 Ovis_aries_NC001941 Ozotoceros_bezoarcticus Panthera_tigris_NC010642 Pantholops_hodgsonii_NC007441 Pecari_tajacu_3 Pelea_capreolus Phacochoerus_africanus_NC008830 Philantomba_maxwelli Philantomba_monticola_1 Phocoena_phocoena_NC005280 Physeter_macrocephalus_NC002503 Platanista_gangetica_NC005275 Pontoporia_blainvillei_NC005277 Potamochoerus_porcus Procapra_gutturosa Przewalskium_albirostris Pseudois_nayaur_FJ207537 Pseudoryx_nghetinhensis Pteropus_dasymallus_NC002612 Pudu_mephistophiles Pudu_puda Rahicerus_campestris Rangifer_tarandus_NC007703 Redunca_arundinum Redunca_fulvorufula Rucervus_duvauceli Rucervus_eldi Rupicapra_pyrenaica_FJ207539 Rupicapra_rupicapra_FJ207538 Rusa_alfredi Rusa_timorensis Rusa_unicolor_NC008414 Saiga_tatarica Sousa_chinensis_NC012057 Stenella_attenuata_NC012051 Stenella_coeruleoalba_NC012053 Sus_barbatus_EF545592 Sus_scrofa_FJ237000 Sylvicapra_grimmia Syncerus_caffer Tetracerus_quadricornis Tragelaphus_angasii Tragelaphus_derbianus Tragelaphus_eurycerus Tragelaphus_imberbis Tragelaphus_oryx Tragelaphus_scriptus_3 Tragelaphus_spekii Tragelaphus_strepsiceros Tragulus_kanchil Tursiops_aduncus_NC012058 Tursiops_truncatus_NC012059 Vicugna_pacos_AJ566364 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Blastocerus_dichotomus 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Bubalus_depressicornis 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Camelus_dromedarius 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Capra_caucasica 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Capricornis_crispus_FJ207533 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Cephalophus_dorsalis 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CTG Cephalophus_leucogaster 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Cephalophus_natalensis 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Cephalophus_silvicultor 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Choeropsis_liberiensis 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Dama_dama_dama 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Delphinus_capensis_NC012061 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Elaphurus_davidianus 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Gazella_bennettii 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Gazella_cuvieri 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Gazella_dorcas_pelzelnii 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Gazella_leptoceros 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Hippocamelus_antisensis 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Hippotragus_equinus 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Hippotragus_niger 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Hyemoschus_aquaticus 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Mazama_gouazoubira 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Moschus_moschiferus 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Muntiacus_vuquangensis 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Nanger_dama 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Przewalskium_albirostris 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Pseudoryx_nghetinhensis 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Rahicerus_campestris 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Saiga_tatarica 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Tetracerus_quadricornis 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Tragelaphus_imberbis 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; END; BEGIN TREES; TITLE Cetartiodactyla_grr_al._combined; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pteropus_dasymallus_NC002612, 2 Equus_asinus_NC001788, 3 Panthera_tigris_NC010642, 4 Antilocapra_americana, 5 Addax_nasomaculatus, 6 Aepyceros_melampus, 7 Alcelaphus_buselaphus_buselaphus, 8 Ammotragus_lervia_FJ207522, 9 Antidorcas_marsupialis, 10 Antilope_cervicapra, 11 Arabitragus_jayakari_FJ207523, 12 Bison_bison, 13 Bos_grunniens_NC006380, 14 Bison_bonasus, 15 Bos_gaurus, 16 Bos_javanicus_javanicus, 17 Bos_taurus_taurus_EU177832, 18 Boselaphus_tragocamelus, 19 Bubalus_bubalis_bubalis_AF547270, 20 Bubalus_depressicornis, 21 Budorcas_taxicolor_FJ207524, 22 Capra_caucasica, 23 Capra_falconeri_FJ207525, 24 Capra_hircus, 25 Capra_ibex_FJ207526, 26 Capra_nubiana_FJ207527, 27 Capra_pyrenaica_FJ207528, 28 Capra_sibirica_FJ207529, 29 Capricornis_crispus_FJ207533, 30 Capricornis_milneedwardsii_FJ207534, 31 Capricornis_swinhoei_NC010640, 32 Cephalophus_adersi, 33 Cephalophus_callipygus_1, 34 Cephalophus_dorsalis, 35 Cephalophus_jentinki, 36 Cephalophus_leucogaster, 37 Cephalophus_natalensis, 38 Cephalophus_nigrifrons, 39 Cephalophus_ogilbyi, 40 Cephalophus_rufilatus, 41 Cephalophus_silvicultor, 42 Cephalophus_spadix, 43 Madoqua_kirkii, 44 Madoqua_saltiana, 45 Connochaetes_gnou, 46 Connochaetes_taurinus_1, 47 Damaliscus_pygargus_FJ207530, 48 Dorcatragus_megalotis, 49 Eudorcas_rufifrons_2, 50 Gazella_bennettii, 51 Gazella_cuvieri, 52 Gazella_dorcas_pelzelnii, 53 Gazella_gazella_gazella, 54 Gazella_leptoceros, 55 Gazella_spekei, 56 Gazella_subgutturosa_subgutturosa, 57 Hemitragus_jemlahicus_FJ207531, 58 Hippotragus_equinus, 59 Hippotragus_niger, 60 Kobus_ellipsiprymnus, 61 Kobus_leche, 62 Litocranius_walleri, 63 Naemorhedus_baileyi, 64 Naemorhedus_griseus_griseus_FJ207532, 65 Nanger_dama, 66 Nanger_granti, 67 Nanger_soemmerringii, 68 Neotragus_batesi, 69 Nesotragus_moschatus, 70 Oreamnos_americanus_FJ207535, 71 Oreotragus_oreotragus, 72 Oryx_beisa, 73 Oryx_dammah, 74 Oryx_gazella, 75 Oryx_leucoryx, 76 Ourebia_ourebi, 77 Ovibos_moschatus_FJ207536, 78 Ovis_aries_NC001941, 79 Pantholops_hodgsonii_NC007441, 80 Pelea_capreolus, 81 Philantomba_maxwelli, 82 Philantomba_monticola_1, 83 Procapra_gutturosa, 84 Pseudois_nayaur_FJ207537, 85 Pseudoryx_nghetinhensis, 86 Rahicerus_campestris, 87 Redunca_arundinum, 88 Redunca_fulvorufula, 89 Rupicapra_pyrenaica_FJ207539, 90 Rupicapra_rupicapra_FJ207538, 91 Saiga_tatarica, 92 Sylvicapra_grimmia, 93 Syncerus_caffer, 94 Tragelaphus_derbianus, 95 Tragelaphus_oryx, 96 Tetracerus_quadricornis, 97 Tragelaphus_angasii, 98 Tragelaphus_eurycerus, 99 Tragelaphus_imberbis, 100 Tragelaphus_scriptus_3, 101 Tragelaphus_spekii, 102 Tragelaphus_strepsiceros, 103 Alces_alces, 104 Axis_axis, 105 Axis_porcinus, 106 Blastocerus_dichotomus, 107 Capreolus_capreolus, 108 Cervus_elaphus_NC007704, 109 Cervus_nippon_centralis_NC006993, 110 Dama_dama_dama, 111 Elaphodus_cephalophus_N008749, 112 Elaphurus_davidianus, 113 Hippocamelus_antisensis, 114 Hydropotes_inermis, 115 Mazama_americana_2, 116 Mazama_nemorivaga_1, 117 Mazama_rufina, 118 Mazama_gouazoubira, 119 Muntiacus_crinifrons_NC004577, 120 Muntiacus_muntjak_NC004563, 121 Muntiacus_reevesi_NC008491, 122 Muntiacus_vuquangensis, 123 Odocoileus_hemionus, 124 Odocoileus_virginianus_3, 125 Ozotoceros_bezoarcticus, 126 Przewalskium_albirostris, 127 Pudu_mephistophiles, 128 Pudu_puda, 129 Rangifer_tarandus_NC007703, 130 Rucervus_duvauceli, 131 Rucervus_eldi, 132 Rusa_alfredi, 133 Rusa_timorensis, 134 Rusa_unicolor_NC008414, 135 Balaena_mysticetus_NC005268, 136 Balaenoptera_acutorostrata_NC005271, 137 Balaenoptera_bonaerensis_NC006926, 138 Balaenoptera_borealis_NC006929, 139 Balaenoptera_edeni_edeni_NC007938, 140 Balaenoptera_musculus_NC001601, 141 Balaenoptera_omurai_NC007937, 142 Balaenoptera_physalus_NC001321, 143 Berardius_bairdii_NC005274, 144 Caperea_marginata_NC005269, 145 Cephalorhynchus_heavisidii, 146 Delphinus_capensis_NC012061, 147 Eschrichtius_robustus_NC005270, 148 Eubalaena_australis_NC006930, 149 Eubalaena_japonica_NC006931, 150 Grampus_griseus_NC012062, 151 Hyperoodon_ampullatus_NC005273, 152 Inia_geoffrensis_NC005276, 153 Kogia_breviceps_NC005272, 154 Lagenorhynchus_albirostris_NC005278, 155 Lipotes_vexillifer_NC007629, 156 Megaptera_novaeangliae_NC006927, 157 Monodon_monoceros_NC005279, 158 Phocoena_phocoena_NC005280, 159 Physeter_macrocephalus_NC002503, 160 Platanista_gangetica_NC005275, 161 Pontoporia_blainvillei_NC005277, 162 Sousa_chinensis_NC012057, 163 Stenella_attenuata_NC012051, 164 Stenella_coeruleoalba_NC012053, 165 Tursiops_aduncus_NC012058, 166 Tursiops_truncatus_NC012059, 167 Choeropsis_liberiensis, 168 Hippopotamus_amphibius_NC000889, 169 Phacochoerus_africanus_NC008830, 170 Potamochoerus_porcus, 171 Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100, 172 Okapia_johnstoni, 173 Moschus_berezovskii_NC012694, 174 Moschus_moschiferus, 175 Tragulus_kanchil, 176 Hyemoschus_aquaticus, 177 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