#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 22:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Giussani L., Zuloaga F., Quarín C., Cota-sánchez J., Ubayasena K., & Morrone O. 2008. Phylogenetic Relationships in the Genus Paspalum (Poaceae: Panicoideae: Paniceae): An Assessment of the Quadrifaria and Virgata Informal Groups. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2123] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Axonopus_anceps Chasmanthium_latifolium Paspalum_arundinaceum_23963_LG227 Paspalum_arundinaceum_4661_LG225 Paspalum_arundinellum_4113_2n_50_QUA_LG38 Paspalum_arundinellum_479_2n_40_QUA_LG39 Paspalum_arundinellum_QUA_LG17 Paspalum_chaseanum_13894_2n_40_VIR_LG40 Paspalum_chaseanum_8742_PLI_LG99 Paspalum_commune_VIR_LG09 Paspalum_commune_VIR_LG78 Paspalum_conspersum_LG222 Paspalum_corypheum_9654_QUA_LG45 Paspalum_corypheum_BIRI_QUA_LG79 Paspalum_dasythrichum_LG187 Paspalum_densum_QUA_LG04 Paspalum_distichum_DIS_G15 Paspalum_durifolium_VIR_LG44 Paspalum_erianthum_LG181 Paspalum_exaltatum_PL01_20_LG251 Paspalum_exaltatum_QUA_G39 Paspalum_fimbriatum_FIM_LG10 Paspalum_glabrinode_NO_AGR_G51 Paspalum_haumanii_2n_20_QUA_LG32 Paspalum_haumanii_QUA_G34 Paspalum_inconstans_LG231 Paspalum_intermedium_2n_20_QUA_LG33 Paspalum_intermedium_QUA_G36 Paspalum_macrophyllum_LG228 Paspalum_malacophyllum_ANA_G14 Paspalum_millegrana_QUA_LG06 Paspalum_palustre_LG223 Paspalum_plenum_QUA_LG37 Paspalum_plicatulum_8477_LG249 Paspalum_quadrifarium_2n_20_QUA_LG34 Paspalum_quadrifarium_OMsn_QUA_LG29 Paspalum_quadrifarium_QUA_G38 Paspalum_quarinii_2n_20_QUA_LG35 Paspalum_regnellii_130_VIR_LG43 Paspalum_regnellii_9447_cl_VIR_LG77 Paspalum_regnellii_9507_os_VIR_LG80 Paspalum_remotum_LIV_G18 Paspalum_rufum_3754_LG243 Paspalum_rufum_3756_2n_40_QUA_LG42 Paspalum_rufum_7110_QUA_LG24 Paspalum_virgatum_2n_40_VIR_LG41 Paspalum_wettsteinii_VIR_G53 Paspalum_wrightii_PLI_LG101 Sacciolepis_vilvoides_LG51 Zea_mays ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Sacciolepis_vilvoides_LG51 GTGTGTCTCGTTAGTTTTTTCTTTAGGGTCAAAAAT???????GGAGATTGAAAAAAAAA?????TTGGCCGAACCCTACTAAAAATAGAAAAAAAAC?????ATTTTTAGTAATTATAGAAAATTAACTAATAACCAACCTATTGCTTCGTATTGTCGAGATCCTAACTAAGAA?CAGTCACTATGTGAATAAATACATCTATAAAAAATGAGTAGATCTATCATATAGTTGTAGCAACTGCATTTTTTTCTCTACAAAAGAAACCTGATTCTAGGCTGTGAAGCAAA??TAAAGGGATGCGGATAAAAGGAGGGATGATAGATAGAAAGAAGAAGAAT?????AAGAAAGATATAGGATTCCAATGTGTATGGTCTATGAATTACATCATAAAAAAA??GCAATGTGATAAAGCATCAATATAATAAAAAAAA???????????GAGAGAATTCGAA?ATCGTTACTT????TTGAAACAACAAATAAAAATTGAAATGAAACAACAAATAAAAATTGAAAGAAATAAA?AAAGAG?CATCCCGCGTTAATAAAACTGAGAAAATTGACTCGGAAAGAACTTTTTTGTTTTGGAAGCTCCATTGCAGGATTCAAACCTAACCATTAAAGGAGAAGCTGTGGGAACGAAAAAA?CCTATGACGGCATCGGATTTTATTGAAAAGAATCCTAACACTTCATTGGGTGGGA????????????????????????????????????????????TTCTAAATTAACAAATAAG?CAGGAAAGAGTAAATATTCGCCCGCGAAATCCTTAGTTGGATTAGAATACTTTGCCACGATTCAATAAGAATAAAAATAG?GGAGA?TTAAAAAAAAAAAA??GAAAGATTATATTTTATATAAATATAGAATTTGAATATATTCTAGATCTTCTTTCTTGACTATATA?????TTTTTCTATTTTAAGAAAGTCAAAATAAAAAAAA???CCTAACTTTTTCTATTATATATTGATGTGTATCTATCCATAATATTCAAAAATATTATGG??AATT????AGA?GAAA?????TTCGCACGCTTTCTCATTTAATTCGCGAGGAGCTGGATGAGAAGAAACTCTCATGTCCAGTTTTGCAGTAGAGATGGAACTAAGAAAGAACCTTCGACTATAAC???????GATTGTATTGAGCCTTGGTATGGAAACCTGCTAAGTGGTAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATGAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCCTTTTTTGAAAAAACAAGTGGTTCTCAAACAAGAACCCAAAGGAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATCGAAGTAATTACGTTGTGTTGGTAGTGGAACTCCCTCGAAATTAGAGAAAGAAGAGCCTTATACATCTAATACACACGTATAGATACTGACATAGCAAACGATTAATCACAGAACCCATATCATAATATAGGTTCTTTATTTGATTTTTT??TAGAATGAAATTAGGAATGATTATGAAATAGAAAATTCAGAATTTTTTT??AGAATTATTGTGAATCCATTCCAATCGAATATTGAGTAATCAAATCCTTAAATTCA?????TTGTTTT?GAGATCTT????????TAAAAAAGTGGATTAATCGAACGAGGATAAAGAGAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTATAAGTCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCA?????AACCCCTTTT?????TTATTCCCTAACCGTAGTAGTTATCCTTTTTTT?????????CTTTTATCAATG???TTAAGATTCATTAGCTTTCGCATTCTACTCTTCCATAAAGGAGTGCGACGAGAACTCAATGAATCTTATGCTATTCAT?????????GATTTCTTTTTTATT???????????????AGAGTAGAGTATCGGCAAGGAATATCGATTATTAATTCGATTTTT??AAGTATTATTAAGTAAGCCATCCACAATGCATAGGACTATCCCCC???ATTTCCTAATTTGGAATGGAATACTTTA?TTGG??????????????TTTTTTAGTCCCTTTAATTGACATAGATGCAAATACTGTACTAGGATGATGCACAAGAAAGGG? Zea_mays GTGTGACTCGTTGGTTTTTTCTTTAGGGTCAAAAAT???????????????????????????????????????????????????GGAAAAAAA?CTTAGTAAT????G?????ATAGAAAATTAACTAATAACCAACCTATTGCTTCGTATTGTCGAGATCCTAACTAAGAAACAGTCACTATGTGAATAAATACATCTATCAAAAATGAGTAGATCTATCATATAGTTGTAGCAACTGCATTTTTTTCTCTACAAAAGAAACCTGATTCTAGGCTGTGAAGCAAAACTAAAGGGATGTGGATAAAAGGAGGGATGATAGATAGAAGGAAGAAGAAT?????AAGAAAGATATAGGATTCCAATATGTATGGTCTATGAATTACATCATAAAAAAAAGGCAATGTGATAAAGCATCAATATAATAAAATTCTCAAAAAAAA??GAGAGAATTCGAA?ATCGTAACTTGATTTTGAAACAACAAATAAAAATATA????????????????????????AAGCAATAAATAAAGAGTCAGCC?GGGTTAATAAAACTGAGAAAATTGACTCGGAAAAAAAAA??TTG?????GAAGCTCCATTGCAGGATTCAAACCTAACCATTAAAGGAGAAGCTGTGGGAACGACAAAA?CCTATGACTACATAGGATTTTATTGAAAAGAATCCTAACACTTCATTGGGTGGGATGG?????CGGAACAAACCAAAAAAATTGCTTTATTTGATAGGATTCTAAATTAACAAATAAGACAGGAAAGAGTAAATATTCGCCCGCGAAATCCTTA?TTGGATTAGAATACTTTACCACGATTCAATAAGAATAAAAAAAAAGGAGATTCCGAAAAAAG?????GAAGGATTACATTTTATATAAATATTGAATTTGGATATATTCTAGATCTTCTTTCTTGACTATATA?TTTATTTTTCTTTTTTAAGTTTAAGAAAGTCAAAATCAAAAAAA???CCTAACTTTTTCTATTATATATTGATGTGTATCTATCTATAATATTTTTGAATATTATGG??AATT????AGA?GAAATGACATTCGCACGCTTTCTCATTTCATTCGCGAGGAGCTGGATGAGAAGAAACTCTCATGTCCAGTTTTGTAGTAGAGATGGAACTAAGAAAGAACCATCGACTATAAC?GATTGTATTGAGCCTTGGTATGGAAACCTGCTAAGTGGTAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATGAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCCTTTTTTGAAAAA?CAAGTGGTTCTCAAACTAGAACCCAAAGGAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATCGAAGTAAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AACGATTAATCACAGAACCCATATTATAATATAGGTTCTTTATTTTATTTTTA????GAATGAAATTAGGAATGATTATGAAATAGAAAATTCATAATTTTTTTTTAGAATTATTGTGAATCTATTCCAATCAAATATTGAGTAATCAAATCCTTCAATTCA?????TTGTTTTCGAGATCTTTTAATTTT??AAAAAGTGGATTAATCGGACGAGGATAAAGAGAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTATAAGTCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCA?????AACCCTCTTT??????TATTCCCTAACCATAGTTGTTATCCTTTTTTT?????????CTTTTATCAATGGGTTTAAGATTCACTAGCTTTCTCATTCTACTCTTTCACAAAGGAGTGCGACAAGAACTCAATGAATCTTATGCTATTCATTAAATAGATGATTTCTTTTTTATTTCTTTTTTATTTATTAGAGTAGAGTATCGGCAAGGAATCTCGATTATTAATTCGTTTTTTTTAAGTATTATTAAGTAAGCCATCCACAATGCATAGGACTAACCCCTCCCATTTCCTAATTTTGAATGGAATACTTTA???????????????TTGATTTTTTAGTCCCTTTAATTGACATAGATGCAAATACTTTACTAAGATGATGCACAAGAAA???? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rpl16_and_trnLF_combined) = N: 1-2187; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rpl16_and_trnLF_combined) = N: 1-2187; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9196; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Axonopus_anceps, 2 Chasmanthium_latifolium, 3 Paspalum_arundinaceum_23963_LG227, 4 Paspalum_arundinaceum_4661_LG225, 5 Paspalum_arundinellum_4113_2n_50_QUA_LG38, 6 Paspalum_arundinellum_479_2n_40_QUA_LG39, 7 Paspalum_arundinellum_QUA_LG17, 8 Paspalum_chaseanum_13894_2n_40_VIR_LG40, 9 Paspalum_chaseanum_8742_PLI_LG99, 10 Paspalum_commune_VIR_LG09, 11 Paspalum_commune_VIR_LG78, 12 Paspalum_conspersum_LG222, 13 Paspalum_corypheum_9654_QUA_LG45, 14 Paspalum_corypheum_BIRI_QUA_LG79, 15 Paspalum_dasythrichum_LG187, 16 Paspalum_densum_QUA_LG04, 17 Paspalum_distichum_DIS_G15, 18 Paspalum_durifolium_VIR_LG44, 19 Paspalum_erianthum_LG181, 20 Paspalum_exaltatum_PL01_20_LG251, 21 Paspalum_exaltatum_QUA_G39, 22 Paspalum_fimbriatum_FIM_LG10, 23 Paspalum_glabrinode_NO_AGR_G51, 24 Paspalum_haumanii_2n_20_QUA_LG32, 25 Paspalum_haumanii_QUA_G34, 26 Paspalum_inconstans_LG231, 27 Paspalum_intermedium_2n_20_QUA_LG33, 28 Paspalum_intermedium_QUA_G36, 29 Paspalum_macrophyllum_LG228, 30 Paspalum_malacophyllum_ANA_G14, 31 Paspalum_millegrana_QUA_LG06, 32 Paspalum_palustre_LG223, 33 Paspalum_plenum_QUA_LG37, 34 Paspalum_plicatulum_8477_LG249, 35 Paspalum_quadrifarium_2n_20_QUA_LG34, 36 Paspalum_quadrifarium_OMsn_QUA_LG29, 37 Paspalum_quadrifarium_QUA_G38, 38 Paspalum_quarinii_2n_20_QUA_LG35, 39 Paspalum_regnellii_130_VIR_LG43, 40 Paspalum_regnellii_9447_cl_VIR_LG77, 41 Paspalum_regnellii_9507_os_VIR_LG80, 42 Paspalum_remotum_LIV_G18, 43 Paspalum_rufum_3754_LG243, 44 Paspalum_rufum_3756_2n_40_QUA_LG42, 45 Paspalum_rufum_7110_QUA_LG24, 46 Paspalum_virgatum_2n_40_VIR_LG41, 47 Paspalum_wettsteinii_VIR_G53, 48 Paspalum_wrightii_PLI_LG101, 49 Sacciolepis_vilvoides_LG51, 50 Zea_mays; TREE tree_4 = [&R] (50,(2,(49,(1,(((((37,36,35,38),((42,(29,((41,(39,40)),(10,11)))),(22,(30,19)))),((((12,(((47,(33,46)),(16,31)),(7,(5,6)))),(28,27)),(24,(25,(21,20)))),(4,3)),(17,(23,26))),(13,(15,14)),((34,(8,9)),(43,44),(48,32))),(45,18)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9195; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Axonopus_anceps, 2 Chasmanthium_latifolium, 3 Paspalum_arundinaceum_23963_LG227, 4 Paspalum_arundinaceum_4661_LG225, 5 Paspalum_arundinellum_4113_2n_50_QUA_LG38, 6 Paspalum_arundinellum_479_2n_40_QUA_LG39, 7 Paspalum_arundinellum_QUA_LG17, 8 Paspalum_chaseanum_13894_2n_40_VIR_LG40, 9 Paspalum_chaseanum_8742_PLI_LG99, 10 Paspalum_commune_VIR_LG09, 11 Paspalum_commune_VIR_LG78, 12 Paspalum_conspersum_LG222, 13 Paspalum_corypheum_9654_QUA_LG45, 14 Paspalum_corypheum_BIRI_QUA_LG79, 15 Paspalum_dasythrichum_LG187, 16 Paspalum_densum_QUA_LG04, 17 Paspalum_distichum_DIS_G15, 18 Paspalum_durifolium_VIR_LG44, 19 Paspalum_erianthum_LG181, 20 Paspalum_exaltatum_PL01_20_LG251, 21 Paspalum_exaltatum_QUA_G39, 22 Paspalum_fimbriatum_FIM_LG10, 23 Paspalum_glabrinode_NO_AGR_G51, 24 Paspalum_haumanii_2n_20_QUA_LG32, 25 Paspalum_haumanii_QUA_G34, 26 Paspalum_inconstans_LG231, 27 Paspalum_intermedium_2n_20_QUA_LG33, 28 Paspalum_intermedium_QUA_G36, 29 Paspalum_macrophyllum_LG228, 30 Paspalum_malacophyllum_ANA_G14, 31 Paspalum_millegrana_QUA_LG06, 32 Paspalum_palustre_LG223, 33 Paspalum_plenum_QUA_LG37, 34 Paspalum_plicatulum_8477_LG249, 35 Paspalum_quadrifarium_2n_20_QUA_LG34, 36 Paspalum_quadrifarium_OMsn_QUA_LG29, 37 Paspalum_quadrifarium_QUA_G38, 38 Paspalum_quarinii_2n_20_QUA_LG35, 39 Paspalum_regnellii_130_VIR_LG43, 40 Paspalum_regnellii_9447_cl_VIR_LG77, 41 Paspalum_regnellii_9507_os_VIR_LG80, 42 Paspalum_remotum_LIV_G18, 43 Paspalum_rufum_3754_LG243, 44 Paspalum_rufum_3756_2n_40_QUA_LG42, 45 Paspalum_rufum_7110_QUA_LG24, 46 Paspalum_virgatum_2n_40_VIR_LG41, 47 Paspalum_wettsteinii_VIR_G53, 48 Paspalum_wrightii_PLI_LG101, 49 Sacciolepis_vilvoides_LG51, 50 Zea_mays; TREE tree_1 = [&R] (50,(2,(49,(1,(((((((38,(37,(36,35))),((42,(29,((41,(39,40)),(10,11)))),(22,(30,19)))),((((12,(((47,(33,46)),(16,31)),(7,(5,6)))),(28,27)),(24,(25,(21,20)))),(4,3))),(17,(23,26))),(13,(15,14))),(((34,(8,9)),(43,44)),(48,32))),(45,18)))))); TREE tree_2 = [&R] (50,(2,(49,(1,(((((((((12,(((47,(33,46)),(16,31)),(7,(5,6)))),(28,27)),(24,(25,(21,20)))),(4,3)),(17,(23,26))),((37,(35,(36,38))),((42,(29,((41,(39,40)),(10,11)))),(22,(30,19))))),(((34,(8,9)),(48,32)),(43,44))),(13,(15,14))),(45,18)))))); TREE tree_3 = [&R] (50,(2,(49,(1,(((((((((12,(((47,(33,46)),(16,31)),(7,(5,6)))),(28,27)),(24,(25,(21,20)))),(4,3)),(17,(23,26))),((38,(37,(36,35))),((42,(29,((41,(39,40)),(10,11)))),(22,(30,19))))),(((34,(8,9)),(43,44)),(48,32))),(13,(15,14))),(45,18)))))); END;