#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 30, 2024; 8:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Świsłocka M., Matosiuk M., Czajkowska M., Borkowska A., & Ratkiewicz M. 2017. Reciprocal monophyly despite the short evolutionary history of moose (Alces alces) revealed by mitogenome analysis. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S21584] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS _Alces_alces_Aa1 Alces_alces_Aa2 Alces_alces_H1 Alces_alces_H12 Alces_alces_H17 Alces_alces_H2 Alces_alces_H3 Alces_alces_H6 Axis_axis Blastocerus_dichotomus Bos_taurus Capreolus_capreolus Capreolus_pygargus Cervus_elaphus Cervus_elaphus_songaricus Cervus_elaphus_yarkandensis Cervus_eldi Cervus_nippon_centralis Dama_dama Dama_mesopotamica Elaphurus_davidianus Hydropotes_inermis Mazama_americana Muntiacus_crinifrons Muntiacus_reevesi 'Muntiacus_muntjak' Odocoileus_hemionus Ozotoceros_bezoarticus Pudu_puda Rangifer_tarandus Rucervus_duvaucelii Rusa_unicolor_swinhoei ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M42671] TITLE Cervidae_sequences; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=11374; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Alces_alces_H17 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Blastocerus_dichotomus 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Bos_taurus 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Cervus_elaphus 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Cervus_elaphus_songaricus 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Cervus_elaphus_yarkandensis 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Cervus_eldi 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Cervus_nippon_centralis 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Dama_dama 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Dama_mesopotamica 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Elaphurus_davidianus 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Hydropotes_inermis 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Mazama_americana 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Muntiacus_reevesi 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'Muntiacus_muntjak' 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Odocoileus_hemionus 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Ozotoceros_bezoarticus 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Pudu_puda 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Rucervus_duvaucelii 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Rusa_unicolor_swinhoei 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Cervidae_sequences) = 1: 1-11374\3, 2: 2-11372\3, 3: 3-11373\3; END; BEGIN TREES; TITLE Cervidae_Bayesian; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bos_taurus, 2 Muntiacus_crinifrons, 3 'Muntiacus_muntjak', 4 Muntiacus_reevesi, 5 Rucervus_duvaucelii, 6 Axis_axis, 7 Dama_dama, 8 Dama_mesopotamica, 9 Cervus_eldi, 10 Elaphurus_davidianus, 11 Rusa_unicolor_swinhoei, 12 Cervus_nippon_centralis, 13 Cervus_elaphus_songaricus, 14 Cervus_elaphus_yarkandensis, 15 Cervus_elaphus, 16 Rangifer_tarandus, 17 Blastocerus_dichotomus, 18 Ozotoceros_bezoarticus, 19 Pudu_puda, 20 Odocoileus_hemionus, 21 Mazama_americana, 22 Hydropotes_inermis, 23 Capreolus_capreolus, 24 Capreolus_pygargus, 25 _Alces_alces_Aa1, 26 Alces_alces_Aa2, 27 Alces_alces_H1, 28 Alces_alces_H12, 29 Alces_alces_H6, 30 Alces_alces_H17, 31 Alces_alces_H2, 32 Alces_alces_H3; TREE TREE1 = [&R] (1:12.232566609271844,(((4:2.861271238268703,(2:2.090424445295614,3:2.090424445295614):0.7708467929730887):5.314805829953469,((5:3.34025607496511,6:3.34025607496511):1.6672107254579736,((7:2.761710575255332,8:2.761710575255332):1.077195231421749,((9:2.034527841954798,10:2.034527841954798):0.8493844287736785,(11:1.89764800546258,((12:1.1255427872542239,13:1.1255427872542239):0.5343055390792912,(14:1.2524794534559094,15:1.2524794534559094):0.4073688728776057):0.23779967912906663):0.9862642652658966):0.9549935359486046):1.1685609937460022):3.168610267799089):2.053347046163326,((22:6.137854994564952,(23:1.1790014524550827,24:1.1790014524550827):4.958853542109869):3.5143355076829508,((16:6.848364135867335,((20:2.4066652363080863,21:2.4066652363080863):3.6006535737237115,(19:4.053977349611209,(17:3.6755706098715137,18:3.6755706098715137):0.3784067397396953):1.9533414604205888):0.8410453258355375):2.415337751180095,((25:0.04069611415012808,26:0.04069611415012808):0.21245457342390495,((31:0.021989576797999177,32:0.021989576797999177):0.04318774131590786,((27:0.011438179630106404,28:0.011438179630106404):0.04481796428115814,(29:0.030565264529938574,30:0.030565264529938574):0.02569087938132597):0.00892117420264249):0.187973369460126):9.010551199473399):0.3884886152004725):0.5772336121375954):12.232566609271844); 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