#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 5:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Perez-moreno J.L., Balazs G., Wilkins B., Herczeg G., & Bracken-grissom H.D. 2017. The role of isolation on contrasting phylogeographic patterns in two cave crustaceans. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S21599] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=75; TAXLABELS Asellus_aquaticus_HBG2880_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2881_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2882_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2883_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2884_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2885_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2886_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2887_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2888_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2889_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2890_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2891_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2892_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2893_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2895_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2896_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2897_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2898_Soroksar Asellus_aquaticus_HBG2919_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2920_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2922_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2923_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2924_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2925_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2926_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2927_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2928_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2929_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2930_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2931_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2932_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2934_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2935_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2936_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2937_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2938_Molnar_Janos_Cave Asellus_aquaticus_HBG2959_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2960_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2961_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2962_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2963_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2964_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2965_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2966_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2967_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2968_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2969_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2970_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2971_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2972_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2973_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2974_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2975_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2976_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2977_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG2978_Malom_Lake Asellus_aquaticus_HBG3991_Lipot Asellus_aquaticus_HBG3992_Lipot Asellus_aquaticus_HBG3993_Lipot Asellus_aquaticus_HBG3994_Lipot Asellus_aquaticus_HBG3995_Polgar Asellus_aquaticus_HBG3996_Polgar Asellus_aquaticus_HBG3997_Polgar Asellus_aquaticus_HBG3998_Polgar Asellus_aquaticus_HBG3999_Polgar Asellus_aquaticus_HBG4000_Polgar Asellus_aquaticus_HBG4001_Balatonfenyves Asellus_aquaticus_HBG4003_Balatonfenyves Asellus_aquaticus_HBG4004_Balatonfenyves Asellus_aquaticus_HBG4007_Cserdi Asellus_aquaticus_HBG4009_Cserdi Asellus_aquaticus_HBG4013_Cserdi Asellus_aquaticus_HBG4015_Cserdi Asellus_aquaticus_HBG4016_Cserdi Caecidotea_sp._Genbank_outgroup ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M42743] TITLE 'Niphargus hrabei - Concatenated Alignment'; LINK TAXA = Taxa5; DIMENSIONS NCHAR=3110; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Niphargus_hrabei_HBG2908_Soroksar 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Niphargus_hrabei_HBG2908_Soroksar 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Asellus_aquaticus_HBG4007_Cserdi 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Asellus_aquaticus_HBG4009_Cserdi 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GTACTTTATATTTTATTTTTGGTGCATGATCAGGCAGGGTAGGAACTGCTCTTAGTATATTAATTCGAACAGAACTGGGGCAACCTGGTAGATTTATTGGCAATGACCAGATTTACAATGTAATTGTAACTGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTCTTAGTAATACCAGTGATAATCGGAGGGTTTGGAAATTGATTAATTCCCCTAATGCTAGGTGCCCCAGATATAGCATTTCCTCGTATAAATAATATAAGATTCTGGCTATTACCTCCTTCTCTAACTCTGCTCCTGTCTAGGGGGTTAATTGAAAGAGGAGTAGGAACTGGCTGAACAGTATATCCTCCGCTAGCTGCAAGCATTGCACACAGTGGTCCTTCTGTAGATTTAGGAATTTTTTCTTTACACTTAGCTGGGGCTAGTTCTATTTTAGGCTCTGTTAATTTTATCTCAACAGTTATTAATATGCGTGCAGAAGGCATAAGATTTGATAAGGTTCCTTTGTTTGTGTGGTCAGTATTTTTAACTACTATTTTACTTCTACTTTCTCTACCTGTGTTAGCCGGGGCCATTACTATATTACTTACAGATCGTAATTTAAACACATCTTTTTTTGACCCCAGGGGAGGAGGAGACCCTATTTTATATCAACACCTGTTT 'Asellus aquaticus HBG3997_Polgar' 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'Asellus aquaticus HBG2890_Soroksar' 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'Asellus aquaticus HBG2930_Molnar_Janos_Cave' 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'Asellus aquaticus HBG2959_Malom_Lake' 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'Asellus aquaticus HBG2960_Malom_Lake' 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'Asellus aquaticus HBG2969_Malom_Lake' 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'Asellus aquaticus HBG4016_Cserdi' 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'Niphargus hrabei HBG2901_Soroksar' 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END; BEGIN TREES; TITLE 'Niphargus hrabei - Concatenated Alignment - GARLI TREE'; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Niphargus_hrabei_HBG2901_Soroksar, 2 Niphargus_hrabei_HBG2903_Soroksar, 3 Niphargus_hrabei_HBG2904_Soroksar, 4 Niphargus_hrabei_HBG2905_Soroksar, 5 Niphargus_hrabei_HBG2906_Soroksar, 6 Niphargus_hrabei_HBG2908_Soroksar, 7 Niphargus_hrabei_HBG2909_Soroksar, 8 Niphargus_hrabei_HBG2910_Soroksar, 9 Niphargus_hrabei_HBG2912_Soroksar, 10 Niphargus_hrabei_HBG2913_Soroksar, 11 Niphargus_hrabei_HBG2914_Soroksar, 12 Niphargus_hrabei_HBG2916_Soroksar, 13 Niphargus_hrabei_HBG2917_Soroksar, 14 Niphargus_hrabei_HBG2939_Molnar_Janos_Cave, 15 Niphargus_hrabei_HBG2941_Molnar_Janos_Cave, 16 Niphargus_hrabei_HBG2942_Molnar_Janos_Cave, 17 Niphargus_sp.1_HBG2943_outgroup, 18 Niphargus_hrabei_HBG2944_Molnar_Janos_Cave, 19 Niphargus_hrabei_HBG2945_Molnar_Janos_Cave, 20 Niphargus_hrabei_HBG2946_Molnar_Janos_Cave, 21 Niphargus_sp.1_HBG2947_outgroup, 22 Niphargus_hrabei_HBG2949_Molnar_Janos_Cave, 23 Niphargus_hrabei_HBG2950_Molnar_Janos_Cave, 24 Niphargus_hrabei_HBG2951_Molnar_Janos_Cave, 25 Niphargus_hrabei_HBG2952_Molnar_Janos_Cave, 26 Niphargus_hrabei_HBG2953_Molnar_Janos_Cave, 27 Niphargus_hrabei_HBG2955_Molnar_Janos_Cave, 28 Niphargus_hrabei_HBG2956_Molnar_Janos_Cave, 29 Niphargus_hrabei_HBG2957_Molnar_Janos_Cave, 30 Niphargus_hrabei_HBG2958_Molnar_Janos_Cave, 31 Niphargus_hrabei_HBG2979_Malom_Lake, 32 Niphargus_hrabei_HBG2980_Malom_Lake, 33 Niphargus_hrabei_HBG2981_Malom_Lake, 34 Niphargus_hrabei_HBG2982_Malom_Lake, 35 Niphargus_hrabei_HBG2983_Malom_Lake, 36 Niphargus_hrabei_HBG2984_Malom_Lake, 37 Niphargus_hrabei_HBG2985_Malom_Lake, 38 Niphargus_hrabei_HBG2986_Malom_Lake, 39 Niphargus_hrabei_HBG2987_Malom_Lake, 40 Niphargus_hrabei_HBG2988_Malom_Lake, 41 Niphargus_hrabei_HBG2989_Malom_Lake, 42 Niphargus_hrabei_HBG2990_Malom_Lake, 43 Niphargus_hrabei_HBG2991_Malom_Lake, 44 Niphargus_hrabei_HBG2992_Malom_Lake, 45 Niphargus_hrabei_HBG2993_Malom_Lake, 46 Niphargus_hrabei_HBG2994_Malom_Lake, 47 Niphargus_hrabei_HBG2996_Malom_Lake, 48 Niphargus_hrabei_HBG2997_Malom_Lake, 49 Niphargus_hrabei_HBG2998_Malom_Lake, 50 Nipjhargus_sp.1_HBG3007_outgroup, 51 Niphargus_sp1._HBG3015_outgroup, 52 Niphargus_hrabei_4NH2_Dunaalmas, 53 Niphargus_hrabei_2RS5H_Lugovo, 54 Niphargus_hrabei_2AU1H_Freudenau, 55 Niphargus_hrabei_2RS9H_Sabac, 56 Niphargus_hrabei_1RS9H_Sabac, 57 Niphargus_hrabei_1CR19_Movila_Banului, 58 Niphargus_forroi_HBG3990_outgroup; TREE 1 = [&R] (1:2.0E-8,2:1.0E-8,8:1.0E-8,10:1.0E-8,11:1.0E-8,14:1.0E-8,16:1.0E-8,18:1.0E-8,24:1.0E-8,25:1.0E-8,26:1.0E-8,27:1.0E-8,28:1.0E-8,29:1.0E-8,30:1.0E-8,31:1.0E-8,32:1.0E-8,34:1.0E-8,35:1.0E-8,36:1.0E-8,37:3.52929E-4,38:3.48082E-4,39:1.0E-8,40:1.0E-8,41:1.0E-8,42:1.0E-8,43:3.46166E-4,44:1.0E-8,45:1.0E-8,46:1.0E-8,47:1.0E-8,48:1.0E-8,((56:4.84251E-4,(55:1.0E-8,(58:0.263983396,(50:7.86662E-4,(51:1.0E-8,(17:1.0E-8,21:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.278337988):0.195019903):4.84654E-4):4.83705E-4,(53:1.0E-8,54:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,(5:1.0E-8,(52:4.87348E-4,57:1.0E-8,(3:1.0E-8,(6:3.40703E-4,(4:1.0E-8,9:1.0E-8,12:1.0E-8,13:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):3.38278E-4):1.0E-8):1.0E-8,(33:1.0E-8,(23:2.73614E-4,49:3.48487E-4):6.8366E-5):3.37946E-4,(20:1.0E-8,(7:1.0E-8,15:1.0E-8,19:1.0E-8,22:1.0E-8):1.0E-8):3.41996E-4); END; BEGIN TREES; TITLE 'Niphargus hrabei - Population Tree - StarBEAST'; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 'Niphargus forroi HBG3990_outgroup', 2 'Niphargus hrabei 1CR19_Movila_Banului', 3 'Niphargus hrabei 1RS9H_Sabac', 4 'Niphargus hrabei 2AU1H_Freudenau', 5 'Niphargus hrabei 2RS5H_Lugovo', 6 'Niphargus hrabei 2RS9H_Sabac', 7 'Niphargus hrabei 4NH2_Dunaalmas', 8 'Niphargus hrabei HBG2901_Soroksar', 9 'Niphargus hrabei HBG2903_Soroksar', 10 'Niphargus hrabei HBG2904_Soroksar', 11 'Niphargus hrabei HBG2905_Soroksar', 12 'Niphargus hrabei HBG2906_Soroksar', 13 'Niphargus hrabei HBG2908_Soroksar', 14 'Niphargus hrabei HBG2909_Soroksar', 15 'Niphargus hrabei HBG2910_Soroksar', 16 'Niphargus hrabei HBG2912_Soroksar', 17 'Niphargus hrabei HBG2913_Soroksar', 18 'Niphargus hrabei HBG2914_Soroksar', 19 'Niphargus hrabei HBG2916_Soroksar', 20 'Niphargus hrabei HBG2917_Soroksar', 21 'Niphargus hrabei HBG2939_Molnar_Janos_Cave', 22 'Niphargus hrabei HBG2941_Molnar_Janos_Cave', 23 'Niphargus hrabei HBG2942_Molnar_Janos_Cave', 24 'Niphargus hrabei HBG2944_Molnar_Janos_Cave', 25 'Niphargus hrabei HBG2945_Molnar_Janos_Cave', 26 'Niphargus hrabei HBG2946_Molnar_Janos_Cave', 27 'Niphargus hrabei HBG2949_Molnar_Janos_Cave', 28 'Niphargus hrabei HBG2950_Molnar_Janos_Cave', 29 'Niphargus hrabei HBG2951_Molnar_Janos_Cave', 30 'Niphargus hrabei HBG2952_Molnar_Janos_Cave', 31 'Niphargus hrabei HBG2953_Molnar_Janos_Cave', 32 'Niphargus hrabei HBG2955_Molnar_Janos_Cave', 33 'Niphargus hrabei HBG2956_Molnar_Janos_Cave', 34 'Niphargus hrabei HBG2957_Molnar_Janos_Cave', 35 'Niphargus hrabei HBG2958_Molnar_Janos_Cave', 36 'Niphargus hrabei HBG2979_Malom_Lake', 37 'Niphargus hrabei HBG2980_Malom_Lake', 38 'Niphargus hrabei HBG2981_Malom_Lake', 39 'Niphargus hrabei HBG2982_Malom_Lake', 40 'Niphargus hrabei HBG2983_Malom_Lake', 41 'Niphargus hrabei HBG2984_Malom_Lake', 42 'Niphargus hrabei HBG2985_Malom_Lake', 43 'Niphargus hrabei HBG2986_Malom_Lake', 44 'Niphargus hrabei HBG2987_Malom_Lake', 45 'Niphargus hrabei HBG2988_Malom_Lake', 46 'Niphargus hrabei HBG2989_Malom_Lake', 47 'Niphargus hrabei HBG2990_Malom_Lake', 48 'Niphargus hrabei HBG2991_Malom_Lake', 49 'Niphargus hrabei HBG2992_Malom_Lake', 50 'Niphargus hrabei HBG2993_Malom_Lake', 51 'Niphargus hrabei HBG2994_Malom_Lake', 52 'Niphargus hrabei HBG2996_Malom_Lake', 53 'Niphargus hrabei HBG2997_Malom_Lake', 54 'Niphargus hrabei HBG2998_Malom_Lake', 55 Niphargus_sp.1_HBG2943_outgroup, 56 Niphargus_sp.1_HBG2947_outgroup; TREE TREE1 = [&R] (((((6:0.043576474763169844,9:0.04357647475920895):0.021741332022988807,(10:0.03672493445021244,(2:0.023040846300316907,3:0.023040846298155164):0.013684088152187312):0.02859287230052769):0.06906622273585096,((5:0.015536494696366334,4:0.015536494699252501):0.008752997217205067,1:0.024289491916752143):0.11009453760099128):0.24297057330576458,55:0.37735460279850275):0.15335909742283016,7:0.53071370012433):0.0; END;