#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 7:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Chou L., Huang D., Meier R., & Todd P. 2008. More evidence for pervasive paraphyly in scleractinian corals: systematic study of Southeast Asian Faviidae (Cnidaria; Scleractinia) based on molecular and morphological data. Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2177] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=93; TAXLABELS Acanthastrea_echinata Acropora_tenuis Anacropora_matthai Barabattoia_amicorum_1 Barabattoia_amicorum_2 Caulastrea_echinulata Colpophyllia_natans Cyphastrea_chalcidicum Cyphastrea_microphthalma Cyphastrea_serailia_1 Cyphastrea_serailia_2 Diploastrea_heliopora_1 Diploastrea_heliopora_2 Echinopora_gemmacea Echinopora_lamellosa Echinopora_pacificus Favia_aff._favus_1 Favia_aff._favus_2 Favia_danae_1 Favia_danae_2 Favia_favus_1 Favia_favus_2 Favia_favus_3 Favia_favus_4 Favia_helianthoides_1 Favia_helianthoides_2 Favia_lizardensis Favia_matthaii_1 Favia_matthaii_2 Favia_matthaii_3 Favia_matthaii_4 Favia_matthaii_5 Favia_maxima_1 Favia_maxima_2 Favia_pallida_1 Favia_pallida_2 Favia_rotumana_1 Favia_rotumana_2 Favia_speciosa_1 Favia_speciosa_2 Favia_speciosa_3 Favia_speciosa_4 Favia_speciosa_5 Favites_complanata_1 Favites_complanata_2 Favites_complanata_3 Favites_flexuosa Favites_paraflexuosa Favites_pentagona_1 Favites_pentagona_2 Goniastrea_aspera Goniastrea_australensis_1 Goniastrea_australensis_2 Goniastrea_edwardsi_1 Goniastrea_edwardsi_2 Goniastrea_favulus_1 Goniastrea_favulus_2 Goniastrea_palauensis Goniastrea_pectinata Goniastrea_retiformis_1 Goniastrea_retiformis_2 Leptoria_phrygia Montastraea_annularis Montastraea_faveolata Montastraea_franksi Montastrea_curta_1 Montastrea_curta_2 Montastrea_curta_3 Montastrea_magnistellata_1 Montastrea_magnistellata_2 Montastrea_magnistellata_3 Montastrea_valenciennesi_1 Montastrea_valenciennesi_2 Montastrea_valenciennesi_3 Montastrea_valenciennesi_4 Montastrea_valenciennesi_5 Montipora_cactus Mussa_angulosa Oulastrea_crispata Oulophyllia_bennettae_1 Oulophyllia_bennettae_2 Oulophyllia_bennettae_3 Oulophyllia_crispa_1 Oulophyllia_crispa_2 Platygyra_daedalea Platygyra_lamellina Platygyra_pini_1 Platygyra_pini_2 Platygyra_sinensis Platygyra_verweyi Porites_porites Scapophyllia_cylindrica Siderastrea_radians ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Anacropora_matthai 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Cyphastrea_chalcidicum ?????????????????????????????????????TTTTTGGTGTTGGAGCAGGTTTAATTGGGACTGCTTTTAGTATGCTTATACGATTGGAGCTTTCTGCGCCAGGCGCTATGTTAGGTGATGATCATCTTTATAATGTAATTGTGACAGCACATGCTTTTATTATGATTTTTTTTTTAGTAATGCCGGTTATGATTGGGGGGTTTGGAAACTGGTTAGTGCCATTATATATTGGGGCACCAGACATGGCGTTCCCCCGATTAAATAATATTAGTTTCTGGTTATTACCACCTGCTTTGTTTTTATTGTTAGGCTCTGCTTTTGTTGAACAAGGCGCAGGGACGGGATGAACGGTTTATCCTCCTCTTTCTGATATTTATGCGCACTCTGGGGGTTCTGTTGACATGGTTATTTTTAGTCTTCATTTGGCTGGGGTTTCTTCTATCTTAGGAGCAATAAACTTTATTACAACGATTTTCAACATGCGAGCCCCTGGTCTTTCTTTTAATAGAATGCCTTTGTTTGTTTGGTCTATTTTAATAACTGCTTTTTTATTACTTTTATCTTTGCCTGTGTTAGCGGGTGCAATTACTATGTTATTAACAGATCGAAATTTTAATACAACTTTTTTTGATCCTTCTGGAGGTGGTGATCCTATTTTATTCCAACATTTATTTTGGTTTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTAT--------AGAAATA---CAAAC-AAACAA--------------TGG-AC------------------------ATCGAAGTAGT--ACACCAT----CTTTAT--------------AATTGT--TTTGTTAA-AACCGATATAGTA----AATTCAACTAATTTAATTTGAGTTACCATCGTGTGACTGTTCGTTTACTAATGAGGTTCTTCTTGCATTATCCTCTCTTAAATTATTGTATTTGATGGAGGGAATGAGTTTCCCTCTATCACAGGTCTATGCGATGGAACCCAGAAGCGTTGAGAAGGAGGAGGTTGGACCACTCAGATGGTACCTCCAAATATGCGTCTAGTTGGATCGCAAACTCCTAGCAGGGAACTTCTGGTTCAGACAGAGTGGCTTCCGTATGGTTTTCAACCATATTACTTTGCTAAGGATACCCTTTCTACGGGCATTCTTCTTCTGTTGATCAAGTTGTCTCTCCTAGGGTTGTTCACTCCTCACCTGCTAATGTTAGTGAGGAGTTCTTTTTTATTTTAA-CTGTGTTTATGTGGGTTTTAAAAATGTTTCAAGACGGAGCAAAGGTTTGGTGTCTGGGCTTTCAAGATATGGCAGGCT---CAGTGGCTGAAGAAATTAT---------TTTTTTTCATGATAGG-GTGATGTTTTTGTTGGTTATTATTGTAACTGTTGTTTTGTGATTTATTGGTGAGGCTTTAAAAAATAAATTTTATGATCGTCTTTTAGTTGAAAAAAAAAAAA-AAAAAAATGGGTTACTTAATTATGGTTTATTATGATGCGGATTTGGGG-GGGTGGATTTCTATTGTTTTAGATAACTATTATTTAG-------------------------------------------------TGGATTCTTTGGTTAATCATGTTACCGCTTATGCTGAACCTTTTGAGGT-----------------------------------------------TTTTCCTCGTGA-----------------------TT-----ACAACGCTTTGACT---AATTTTGTTAATGCCAATGCCAATAAT----------TTATCGGGGTCGCAATTAATG-----GCTCATT--------TTGATTATAATGGGGGAGGGGACCTGGAACCCTATGTTCGGCAAGG---------------CTTAG-----------TTGACGGAATT--GAACGTTGATC------------TCAGGAGTGTTCTATTAATAT-TACAGATAT---------AGGAGAATT-AAGAACGGTCGCAATCAGATCGTAAGAACAAGGTCAGTAAAGCAAGTACATAAAGAAATTAAAAAAAATTTTTTCACACAGTGAATTGGGGCTGGGAGGCTAGAAGAGGTTGGCACTGCCTCT--------------------------------------------GCGGGGGCATCGCCCCCGC--------------------------GAACCGTAA------------------TAGTCTTCGTGGTTTTACTTTATTAGAGCATTTGAATGTTGGGTTTGTCTTAGCCAGATTGACAATTTGGGATGTTTTT-----AGT-----ATG------------CTTATA----CGAT--TGGAG-----------------------------------------------CTTT------------CTATGTTAGG-----------------------TGATGATCCTT-TTAGTTCACAACATTCTTGTCCAAAGGTTTTA-------TTT--TTATTTTGGAAA-------GAGAGAAGAAGT????????????????? 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Scapophyllia_cylindrica 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Siderastrea_radians TCTACTAACCATAAAGACATTGGTACGTTATATTTAGTATTTGGGATTGGGGCAGGTATGCTCGGCACAGCCTTCAGTATGTTAATACGATTAGAGCTCTCGGCTCCGGGGGCTATGTTAGGAGACGATCATCTTTATAATGTAATTGTTACGGCACACGCTTTTGTTATGATTTTTTTTTTGGTTATGCCAGTGATGATAGGGGGGTTTGGAAATTGGTTGGTTCCATTATATATTGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCGCGGCTTAATAATATTAGTTTTTGGTTGTTGCCTCCTGCTTTAGTATTATTATTAGGTTCCGCTTTTGTTGAACAAGGAGCTGGTACCGGATGAACGGTTTATCCTCCTCTATCGAGCATCCAAGTTCACTCTGGGGGGGCGGTGGACATGGCTATTTTTAGCCTCCATTTAGCTGGGGCGTCTTCGATTTTGGGCGCAATGAATTTTATAACAACTATATTAAATATGCGGGCTCCCGGGATGACATTGAACAAAATGCCATTATTTGTGTGGTCTATCTTGATTACTGCTTTTTTATTATTATTATCTTTGCCAGTATTAGCGGGGGCTATAACCATGCTTTTAACGGATAGAAATTTTAATACGACTTTTTTTGATCCCGCAGGAGGAGGAGACCCGATTTTATTTCAGCATTTGTTTTGGTTTTTTGGGCATCCAGAAGTTTATATTTTAATACTACCTGGCTTTGGGATGATTTCTC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGTTGGGCCTCTTTAGAATGGGTTCATGTTTCTCCTCCTTTGGTTCATACTTATGAGGAATTAC---------CTTTTGTATG--------GGGGAATAGTGAAAATAAATAGTGAGCATTGGGCTTTTAAAT-------------------------TTGATGGAGT--GTTTTAT----GCTAATT-------GACTGTGAATTT-ATCCGCACAGTG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATTAGCATAAAGCAGGTT---------ATCGTTTGATGACAAGA--------------------------------------------------------------TGTTGGGTTTATTCGATATGCTTTAAATGG----------------------------------GGTATTGTTTTTATAATT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTTAGGGTTTTTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGTTGTTTTGGTCT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCAGGGATTTG-TAGAGAGGACGAG--TGGCAAGTCATCGG ; END; BEGIN SETS; CHARSET COI (CHARACTERS = COI_and_IGR) = 1-1832; CHARSET MNC (CHARACTERS = COI_and_IGR) = 1833-3787; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = COI_and_IGR) = N: 1-3787; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = COI_and_IGR) = N: 1-3787; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9316; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Siderastrea_radians, 2 Scapophyllia_cylindrica, 3 Porites_porites, 4 Platygyra_verweyi, 5 Platygyra_sinensis, 6 Platygyra_pini_2, 7 Platygyra_pini_1, 8 Platygyra_lamellina, 9 Platygyra_daedalea, 10 Oulophyllia_crispa_2, 11 Oulophyllia_crispa_1, 12 Oulophyllia_bennettae_3, 13 Oulophyllia_bennettae_2, 14 Oulophyllia_bennettae_1, 15 Oulastrea_crispata, 16 Mussa_angulosa, 17 Montipora_cactus, 18 Montastrea_valenciennesi_5, 19 Montastrea_valenciennesi_4, 20 Montastrea_valenciennesi_3, 21 Montastrea_valenciennesi_2, 22 Montastrea_valenciennesi_1, 23 Montastrea_magnistellata_3, 24 Montastrea_magnistellata_2, 25 Montastrea_magnistellata_1, 26 Montastrea_curta_3, 27 Montastrea_curta_2, 28 Montastrea_curta_1, 29 Montastraea_franksi, 30 Montastraea_faveolata, 31 Montastraea_annularis, 32 Leptoria_phrygia, 33 Goniastrea_retiformis_2, 34 Goniastrea_retiformis_1, 35 Acanthastrea_echinata, 36 Acropora_tenuis, 37 Anacropora_matthai, 38 Barabattoia_amicorum_1, 39 Barabattoia_amicorum_2, 40 Caulastrea_echinulata, 41 Colpophyllia_natans, 42 Cyphastrea_chalcidicum, 43 Cyphastrea_microphthalma, 44 Cyphastrea_serailia_1, 45 Cyphastrea_serailia_2, 46 Diploastrea_heliopora_1, 47 Diploastrea_heliopora_2, 48 Echinopora_gemmacea, 49 Echinopora_lamellosa, 50 Echinopora_pacificus, 51 Favia_aff._favus_1, 52 Favia_aff._favus_2, 53 Favia_danae_1, 54 Favia_danae_2, 55 Favia_favus_1, 56 Favia_favus_2, 57 Favia_favus_3, 58 Favia_favus_4, 59 Favia_helianthoides_1, 60 Favia_helianthoides_2, 61 Favia_lizardensis, 62 Favia_matthaii_1, 63 Favia_matthaii_2, 64 Favia_matthaii_3, 65 Favia_matthaii_4, 66 Favia_matthaii_5, 67 Favia_maxima_1, 68 Favia_maxima_2, 69 Favia_pallida_1, 70 Favia_pallida_2, 71 Favia_rotumana_1, 72 Favia_rotumana_2, 73 Favia_speciosa_1, 74 Favia_speciosa_2, 75 Favia_speciosa_3, 76 Favia_speciosa_4, 77 Favia_speciosa_5, 78 Favites_complanata_1, 79 Favites_complanata_2, 80 Favites_complanata_3, 81 Favites_flexuosa, 82 Favites_paraflexuosa, 83 Favites_pentagona_1, 84 Favites_pentagona_2, 85 Goniastrea_aspera, 86 Goniastrea_australensis_1, 87 Goniastrea_australensis_2, 88 Goniastrea_edwardsi_1, 89 Goniastrea_edwardsi_2, 90 Goniastrea_favulus_1, 91 Goniastrea_favulus_2, 92 Goniastrea_palauensis, 93 Goniastrea_pectinata; TREE MPT_8 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,((9,4),(8,(7,(6,5))))))),(67,68))),((((((61,(((((75,(76,(73,(74,(39,(38,77)))))),(((51,52),(65,(64,(62,((53,54),(63,66)))))),((((28,(22,20)),(27,(26,18))),(21,19)),(24,(25,23))))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),(40,((12,(14,13)),(11,10)))),(2,(88,(89,((86,93),(87,(90,91))))))),(48,49)),(34,33)),(29,(31,30))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_1 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,((9,(6,(7,5))),(8,4))))),(67,68))),((((((61,((((((73,((74,(38,(39,77))),(75,76))),((20,(28,(22,(19,(27,(21,(26,18))))))),(23,(25,24)))),((51,52),(((53,54),(66,(62,63))),(64,65)))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),(40,((12,(14,13)),(11,10)))),(2,((93,(86,(87,(90,91)))),(88,89)))),(48,49)),(34,33)),(29,(31,30))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_7 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,((9,8),(4,(6,(7,5))))))),(67,68))),((((((61,(((((75,(76,(73,((38,77),(39,74))))),(((51,52),((((28,(22,(26,21))),(27,19)),(20,18)),(23,(25,24)))),((66,(62,(63,(53,54)))),(64,65)))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),(40,((12,(14,13)),(11,10)))),(2,((93,(87,(86,(90,91)))),(88,89)))),(48,49)),(34,33)),(31,(30,29))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_6 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,(8,((9,4),(7,(6,5))))))),(67,68))),(((((61,((((((((73,(39,(77,(38,74)))),(75,76)),((28,(18,(20,(27,(21,(22,(26,19))))))),(25,(24,23)))),(65,(64,(62,((53,54),(63,66)))))),(51,52)),(69,70)),(71,72)),(85,92))),((40,((12,(14,13)),(11,10))),(2,((93,(87,(86,(90,91)))),(88,89))))),(48,49)),(34,33)),(30,(31,29))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_5 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,(4,(9,(8,(5,(7,6)))))))),(67,68))),(((((61,(((((((75,((39,(77,(38,74))),(73,76))),((26,(22,(27,(20,(18,(28,(21,19))))))),(23,(25,24)))),(51,52)),(64,(65,((53,54),(62,(63,66)))))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),((40,((12,(14,13)),(11,10))),(2,(88,(89,((93,(86,87)),(90,91))))))),(48,49)),(34,33)),(31,(30,29))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_3 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,(8,((9,4),(6,(7,5))))))),(67,68))),((((((61,(((((((75,(76,(73,(74,(39,(38,77)))))),((18,((28,(27,19)),(21,(26,(22,20))))),(23,(25,24)))),(51,52)),(((63,(53,54)),(62,66)),(64,65))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),(40,((12,(14,13)),(11,10)))),(2,(88,(89,(86,((87,93),(90,91))))))),(48,49)),(34,33)),(29,(31,30))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_4 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,(9,((8,4),(7,(6,5))))))),(67,68))),(((((61,(((((75,(76,(73,(77,(74,(38,39)))))),((51,52),((64,(65,(63,((53,54),(62,66))))),(((27,(28,(26,20))),(21,(18,(22,19)))),(23,(25,24)))))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),((40,((12,(14,13)),(11,10))),(2,(88,(89,(87,((86,93),(90,91)))))))),(48,49)),(34,33)),(29,(31,30))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); TREE MPT_2 = [&R] (3,((15,(((81,((82,((((35,(78,(79,80))),((50,(83,84)),(57,((55,(59,60)),(56,58))))),(((42,43),(44,45)),(32,(9,((8,4),(7,(6,5))))))),(67,68))),(((((61,(((((75,((74,(38,(39,77))),(73,76))),(((51,52),((26,(22,(19,(18,(21,(27,(28,20))))))),(24,(25,23)))),(65,(64,(62,(66,(63,(53,54)))))))),(69,70)),(71,72)),(85,92))),((40,((12,(14,13)),(11,10))),(2,((86,(93,(87,(90,91)))),(88,89))))),(48,49)),(34,33)),(29,(31,30))))),(46,47)),(41,16))),(1,(36,(37,17))))); END;