#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 10:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kistenich S., Timdal E., Bendiksby M., & Ekman S. 2018. Molecular systematics and character evolution in the lichen family Ramalinaceae (Ascomycota: Lecanorales). Taxon, 67(5): 871-904. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S22266] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=171; TAXLABELS Aciculopsora_salmonea Adelolecia_pilati Arthrosporum_populorum Austrolecia_antarctica Bacidia_absistens Bacidia_arceutina Bacidia_bagliettoana Bacidia_circumspecta Bacidia_incompta Bacidia_lutescens Bacidia_medialis Bacidia_rosella Bacidia_schweinitzii Bacidia_subincompta Bacidia_vermifera Bacidia_wellingtonii Bacidina_arnoldiana Bacidina_inundata Bacidina_phacodes Bacidiopsora_squamulosula Badimia_dimidiata Biatora_beckhausii_I Biatora_beckhausii_II Biatora_flavopunctata Biatora_globulosa Biatora_hertelii 'Biatora ligni-mollis' Biatora_ocelliformis_I Biatora_ocelliformis_II Biatora_pallens Biatora_rufidula Biatora_vacciniicola Biatora_vernalis Biatora_veteranorum_I Biatora_veteranorum_II Bilimbia_lobulata Bilimbia_sabuletorum Boreoplaca_ultrafrigida Catillaria_contristans_I Catillaria_contristans_II Catillaria_erysiboides Catillaria_erysiboides_I Catillaria_scotinodes_I Catillaria_scotinodes_II Catinaria_atropurpurea Catolechia_wahlenbergii Cenozosia_inanis Cliostomum_corrugatum Crocynia_gossypina_I Crocynia_gossypina_II Crocynia_pyxinoides Crustospathula_cartilaginea Eschatogonia_prolifera_I Eschatogonia_prolifera_II Frutidella_caesioatra Glyphopeltis_ligustica Herteliana_taylorii Ivanpisutia_oxneri Japewia_tornoensis_I Japewia_tornoensis_II Japewiella_tavaresiana_I Japewiella_tavaresiana_II Krogia_coralloides Lecania_aipospila Lecania_cyrtella_I Lecania_cyrtella_II Lecania_erysibe Lecania_fuscella Lecania_nylanderiana Lecania_spadicea Lecanora_poliophaea Lecidea_albohyalina Lecidea_thaleriza_I Lecidea_thaleriza_II Lopezaria_versicolor Lueckingia_polyspora Malcolmiella_cinereovirens Megalaria_grossa_I Megalaria_grossa_II Megalaria_laureri Mycobilimbia_epixanthoides Mycobilimbia_pilularis Mycobilimbia_tetramera_I Mycobilimbia_tetramera_II Myrionora_albidula Niebla_combeoides_I Niebla_combeoides_II Niebla_homalea Phyllopsora_atrocarpa Phyllopsora_borbonica Phyllopsora_brakoae Phyllopsora_breviuscula_I Phyllopsora_breviuscula_II Phyllopsora_chlorophaea Phyllopsora_labriformis Phyllopsora_lacerata Phyllopsora_leucophyllina Phyllopsora_lividocarpa Phyllopsora_longiuscula Phyllopsora_mauritiana Phyllopsora_nigrocincta Phyllopsora_parvifoliella Phyllopsora_porphyromelaena Phyllopsora_sorediata 'Phyllopsora_sp._I' 'Phyllopsora_sp._II' Physcia_aipolia Physcidia_cylindrophora_I Physcidia_cylindrophora_II Physcidia_striata Physcidia_wrightii_I Physcidia_wrightii_II 'Physcidia_sp.' Porpidinia_tumidula_I Porpidinia_tumidula_II Protoblastenia_rupestris Psora_decipiens Psorinia_conglomerata Psoroma_karstenii_I Psoroma_karstenii_II Ramalina_dilacerata Ramalina_fastigiata Ramalina_fraxinea Ramalina_inflata Ramalina_lacera Ramalina_pollinaria Ramalina_siliquosa Ramalina_sinensis Ramalinopsis_mannii Rolfidium_coccocarpioides Ropalospora_lugubris Scutula_miliaris Scutula_tuberculosa Solenopsora_olivacea Speerschneidera_euploca Sporacestra_pertexta Squamarina_gypsacea Stirtoniella_kelica Tasmidella_variabilis Teloschistes_flavicans Tephromela_atra Thamnolecania_brialmontii Toninia_aromatica Toninia_athallina Toninia_auriculata Toninia_bullata_I Toninia_bullata_II Toninia_bumamma Toninia_candida_I Toninia_candida_II Toninia_cinereovirens Toninia_coelestina Toninia_nigropallida_I Toninia_nigropallida_II Toninia_philippea Toninia_physaroides_I Toninia_physaroides_II Toninia_ruginosa Toninia_sculpturata_I Toninia_sculpturata_II Toninia_squalescens_I Toninia_squalida Toninia_thiopsora Toninia_toniniana_I Toninia_toniniana_II Toninia_tristis Toniniopsis_obscura Trichoramalina_crinita Trichoramalina_melanothrix Tylothallia_biformigera Waynea_californica ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=156; TAXLABELS Aciculopsora_salmonea Adelolecia_pilati Arthrosporum_populorum Austrolecia_antarctica Bacidia_absistens Bacidia_arceutina Bacidia_auerswaldii Bacidia_bagliettoana Bacidia_circumspecta Bacidia_incompta Bacidia_medialis Bacidia_rosella Bacidia_schweinitzii Bacidia_subincompta Bacidia_vermifera Bacidia_wellingtonii Bacidina_arnoldiana Bacidina_inundata Bacidina_phacodes Bacidina_varia Bacidiopsora_squamulosula Badimia_dimidiata Biatora_beckhausii_I Biatora_beckhausii_II Biatora_flavopunctata Biatora_globulosa Biatora_hertelii 'Biatora ligni-mollis' Biatora_ocelliformis_I Biatora_ocelliformis_II Biatora_pallens Biatora_rufidula Biatora_vacciniicola Biatora_vernalis Biatora_veteranorum_I Biatora_veteranorum_II Bilimbia_lobulata Bilimbia_sabuletorum Boreoplaca_ultrafrigida Catillaria_contristans_I Catillaria_contristans_II Catillaria_erysiboides_I Catillaria_erysiboides_II Catillaria_scotinodes_I Catillaria_scotinodes_II Catinaria_atropurpurea Catolechia_wahlenbergii Cenozosia_inanis Cliostomum_corrugatum Crocynia_gossypina_I Crocynia_gossypina_II Crocynia_pyxinoides Eschatogonia_prolifera_I Eschatogonia_prolifera_II Frutidella_caesioatra Glyphopeltis_ligustica Herteliana_taylorii Japewia_tornoensis_I Japewia_tornoensis_II Krogia_coralloides Lecania_aipospila Lecania_cyrtella_I Lecania_cyrtella_II Lecania_erysibe Lecania_fuscella Lecania_nylanderiana Lecania_spadicea Lecanora_poliophaea Lecidea_albohyalina Lecidea_thaleriza_I Lecidea_thaleriza_II Lopezaria_versicolor Lueckingia_polyspora Megalaria_grossa_I Megalaria_grossa_II Megalaria_laureri Mycobilimbia_epixanthoides Mycobilimbia_pilularis Mycobilimbia_tetramera_I Mycobilimbia_tetramera_II Niebla_combeoides_I Niebla_homalea Phyllopsora_atrocarpa Phyllopsora_borbonica Phyllopsora_brakoae Phyllopsora_breviuscula_I Phyllopsora_breviuscula_II Phyllopsora_chlorophaea Phyllopsora_labriformis Phyllopsora_lacerata Phyllopsora_leucophyllina Phyllopsora_lividocarpa Phyllopsora_longiuscula Phyllopsora_mauritiana Phyllopsora_nigrocincta Phyllopsora_parvifoliella Phyllopsora_porphyromelaena Phyllopsora_sorediata 'Phyllopsora_sp._I' 'Phyllopsora_sp._II' Physcia_aipolia Physcidia_cylindrophora_II Physcidia_striata 'Physcidia_sp.' Porpidinia_tumidula_I Porpidinia_tumidula_II Protoblastenia_rupestris Psora_decipiens Psorinia_conglomerata Psoroma_karstenii_II Ramalina_dilacerata Ramalina_fastigiata Ramalina_fraxinea Ramalina_inflata Ramalina_lacera Ramalina_pollinaria Ramalina_siliquosa Ramalina_sinensis Ramalinopsis_mannii Rolfidium_coccocarpioides Ropalospora_lugubris Schadonia_fecunda Speerschneidera_euploca Sporacestra_pertexta Squamarina_gypsacea Stirtoniella_kelica Tasmidella_variabilis Teloschistes_flavicans Tephromela_atra Thamnolecania_brialmontii Toninia_aromatica Toninia_athallina Toninia_auriculata Toninia_bullata_I Toninia_bullata_II Toninia_bumamma Toninia_candida_I Toninia_candida_II Toninia_cinereovirens Toninia_coelestina Toninia_nigropallida_II Toninia_physaroides_I Toninia_physaroides_II Toninia_ruginosa Toninia_sculpturata_I Toninia_sculpturata_II Toninia_squalida Toninia_thiopsora Toninia_toniniana_I Toninia_toniniana_II Toninia_tristis Toniniopsis_obscura Trichoramalina_crinita Trichoramalina_melanothrix Tylothallia_biformigera Waynea_californica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M47515] TITLE Ramalinaceae_mtSSU_ITS_LSU_RPB1_RPB2; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=5520; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 2710 2720 2730 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2800 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2870 2880 2890 2900 2910 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2990 3000 3010 3020 3030 3040 3050 3060 3070 3080 3090 3100 3110 3120 3130 3140 3150 3160 3170 3180 3190 3200 3210 3220 3230 3240 3250 3260 3270 3280 3290 3300 3310 3320 3330 3340 3350 3360 3370 3380 3390 3400 3410 3420 3430 3440 3450 3460 3470 3480 3490 3500 3510 3520 3530 3540 3550 3560 3570 3580 3590 3600 3610 3620 3630 3640 3650 3660 3670 3680 3690 3700 3710 3720 3730 3740 3750 3760 3770 3780 3790 3800 3810 3820 3830 3840 3850 3860 3870 3880 3890 3900 3910 3920 3930 3940 3950 3960 3970 3980 3990 4000 4010 4020 4030 4040 4050 4060 4070 4080 4090 4100 4110 4120 4130 4140 4150 4160 4170 4180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aciculopsora_salmonea ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATATTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTTTTAAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAAATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----T------TA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-T---TATATTGGACATGATAATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTGTCCGAGA-GGGG-C--C-TC--GCG-CTCCA-------G------------GGGC--------------------------------------------CTT--CG----G--G----C-CCC------GACT----CTC-A-ACCC-TGTGG-TA-----AC-CCTACCGA----T--GTTGCTTTGGCG--GGCGTTGGA---G-----------------------------------------------C-CTGGG---GC----------TCTCGCCAG--------------------------------GCTC---------------------------------------------------GCC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCGGCGTT-GC--CCGCCAATAG------------CCC-----------C--CC--G--------------AAATTC-GTCT-TTA--C--CGG------TATC------GTCTGAG-------------T---G-------TAAACA---TA--TCTAA-TGA-GC--------------AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGG--TATT-CCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATT--A-C---A--GCC-CTCAAGC-G---T--A-GCTTGGT-ATTTGGGCC-----T-TCGCC-------------CCACTTT------GCCCAGGGGGG-CGTGCCTGAAAAGTA-GTG-G-CG-G-TCC-G-GT-GTG-ACTT--T--GAA-CGTAGTAGA-----------CC----------TCTCCCGTTCT--GAAA-G-C-----CC--TCGCACTCGTG-A-CCA--GCCA------G----AACACCCC------------------------T--------CAGT--CTCAGC----------GATTGACC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGCTATTAGAGACTGTCTGCCACAACTGCGGCAAGGTCTTAGTTGATGATAGCATTCCAGCTTTTGCAGAGGCTTTACGGTTGCCAGACCCTAAGCGCCGGTTCGAGGCGATTTGGCGAGTTTGCAAGACAAAGATGATTTGTGAAGCCTCAGCCAGCGCC------------GACGACGACCCACAGTCCGATGAA---------AAGAAAGCACCAAAGCACGACCATGGAGGTTGCGGCAATATACAACCTGAGATTCGACGGGAAGGACTAAGGCTAACGGGAACCTGGAAGCCTCAGAAAGGTGATGAAGAGAATGAAGGTCAACAGCCTGAGAAAAAGCCCATTACACCACAAATGGCCTTGAATATCTTCCGCAATATCGCTACAGATGATATCAGGCGCATGGGTCTGAGTAATGACTATGCACGTCCCGAGTGGATGATCGTTACAGTCCTCCCGGTTCCCCCACCTCCAGTCCGACCTAGTATTGCCGTCGATGGA---GCAAACGGTATGCGCGGTGAGGATGACTTGACTTACAAGCTAGGCGACATCATTCGCGCAAGGGGCAATGTCTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Adelolecia_pilati 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Arthrosporum_populorum 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Bacidia_absistens 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Bacidia_arceutina 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Bacidia_bagliettoana 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Bacidia_circumspecta 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Bacidia_incompta 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Bacidia_medialis 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Bacidia_vermifera 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Biatora_beckhausii_II 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Biatora_flavopunctata 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Biatora_globulosa 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Biatora_hertelii 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Biatora_ocelliformis_I 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Biatora_vernalis 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Biatora_veteranorum_I 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Biatora_veteranorum_II 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Cliostomum_corrugatum 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Eschatogonia_prolifera_I 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Frutidella_caesioatra 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Japewia_tornoensis_I 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Japewia_tornoensis_II 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Krogia_coralloides 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Mycobilimbia_pilularis 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Phyllopsora_atrocarpa 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Phyllopsora_borbonica 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Phyllopsora_chlorophaea 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Phyllopsora_mauritiana 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'Phyllopsora_sp._I' 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'Physcidia_sp.' 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Psorinia_conglomerata 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Psoroma_karstenii_II 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Ramalina_dilacerata 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Ramalina_fraxinea 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Ramalina_pollinaria 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Ramalina_sinensis 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Ramalinopsis_mannii 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Schadonia_fecunda 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Toninia_aromatica 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Toninia_athallina 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Toninia_auriculata 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Toninia_bullata_I 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Toninia_bullata_II 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Toninia_bumamma 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Toninia_candida_I 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Toninia_candida_II 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Toninia_cinereovirens 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Toninia_thiopsora 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Toninia_toniniana_I 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Waynea_californica 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Bacidia_circumspecta ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTAGTTGTA---T--------A---------A---AA--CTA------T---GCAACATCAATA-TATTTGAATAAAGTTCTGAGTA-TATCTAGATAATGACTTAATATGCTCACGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACAGCGAATCAAGCCGT---------AGT-------------AGGGACTAATTTGCTAGAGTTG--CTTATGAGGGG-GCTTGGAAGTACTAGT-G-GAG----TAGAGATAAAATGTTATTATACC-TCATTT-----------------------------CG---AAAGAGATGGAATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTAGAA------------------------------------------C------------AATTTTAGTCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAT-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATATAATTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----T------TA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATA-TGATT-ATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Bacidia_incompta ???????TAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAATGTATAGC-GATAG-CTAGTTGCA---T--------A---------A---TA--CTA------TTATGTAATATCAACT-GCGTTGAATAAAGTTCTTGGTA-AAATTAGATAATGACTTTTTTTACTTATGTGTCTTGACCAAAATACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAAAGACTAGTGTTATTCATCATTATTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCCTT---------AGT-------------AGGAACTAGTTTGCTAGAGTTA--TTTATGAAGGG-GCTGGAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATGAAATGCTTAGATACC-ACTTTT-----------------------------CG---GAAGAAAATTAATGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGAAATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGTATCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGAT------------------------------------------A------------TAGTTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAAAATGGCAACATCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATATCT-TT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTTGTGAGATTATGGTTAGATTCATGAAATTAACGCAAGCCCTTTCTTTATTT-----T------TA---------AATAAAGTAGTTCC-CCG-C---TATATTGGATA-AGATA-ACAGGGATTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGTT--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-CCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------TTC--CG----G----CCTCC------GCCT----CTC-C----ACCC-CGTGA-AT--ACTC-TACC-GCT-----AC--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GA--G---G-------T----A-A---TG-CT--------------------------------------CATGCCC-G-----------GTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---TGCG-CCCGCCGAA-AGCCCA------------CCA---GAA--CTCGTTTT-A--T-------------TTCA------AC--GTCT--GAG-------------TA---------TTA---------TAT--CAA--T-G-----------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTC-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--ACC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-CTT-GGGTC-----CACGC-------------CCCTG--------------TTA-C-----------GGG-CGGGCCTGAAAAGAA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-T--GAGCGTAGTA--AT-------TT------------GA--------TCT---CCCGCTTT--GAAAG---T-TT------GCAC----T--GC--GGCCC-G---CCA--A------AAC--------------------CCCCCT--------------ATATTCTTCC-------------AAG?????? Bacidia_lutescens ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????C--AGAG---A-GG-A-G--C--C--CC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------CTT--TG----G----CCCCC------GCCT----CTC-C----ACCC-CTGAG-TA--AT-C-CACC-TTT---------GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GA--G---G-------T----C-A---TG-CT--------------------------------------CATGCTG-G-----------CTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTC----------CCGCGAGT---T--G-CCCGCCAGA-AGCCCC------------CCA---AAA--CTCGTATT-T--T-------------TCGT------GCC-GTCT--GAG-------------AT---------TTA---------CAC--AAA--A-T-----------T-------------A-GCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-T----C--ACT-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GAGC------GTCGC-------------CTCCCAGCC----------AA--G-----------GGG-CGTGCTTGAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GG-GT-G-ACTT-T--GAACGCAGTA--AA-------GT------------TG--------CCT---CTCGTTCC--GAAAG---T-CC-----CACGC----C--GC--GGCCT-G---CCA--G------AAA--------------------CCCGTC--------------AGATTTCCAC?????????????????????? Bacidia_medialis ???????TAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAACGTATAGC-AATAG-CTAATTGCA---T--------A---------A---CA--TTA------T---GCAGTATCGATT-ATATCGAATAAAGTTCTGAGTA-AGTCTAGATGATGACTTAACTTACTCACATGTCTTGACTAAAATGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTAT---------A-C-------------TAGAACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTGTAAAGGA-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GAG----TAGAGATAAAATGCTAATATACC-TTTTTT-----------------------------CG---TGAGAAATAATATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCTCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGTGTTGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTGGAG------------------------------------------T------------AAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCACAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TAAATATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGAATTTGGTTAGCTCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTATTT-----T------AA---------TATAAAACGGTTCA-CCA-T---TATATTGGATA-TGATA-ATAGGGAAGAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Bacidia_rosella ?????????????????ACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGT-GAAAG-CTAATTGCA---TTA------A---------A---CA--TAA------T---GCAATATCAACA-ATGTTGAATAAAATTCTGGATAAGATTTTGATAATGACAATTCTTATCTATATGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTTGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAATAAAGCCTT---------AAT-------------TGGAACTGGTTTGCTAGAGTTA--CTTGCGAGGGG-GCCTAAAAGTACTATT-G-GTT----TAGAGATAAAATTCTTCGAGACC-ATTTAT-----------------------------CA---AATGATAAAAAATGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCGTCTCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGAATAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCGA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAAACTAGAT------------------------------------------T------------AAGTTTAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTATGAGTAAAGTGGCAACGCCGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCACAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAT-G-TTACTTAACGCCATATGGA----------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------CATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGTTTTATTT-----T------TA---------AATAATGCATCTCGTCCA-C---TATAACGGATA-TGATA-ATAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-CGA--ATGTTGTC--CGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GTG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------CTT--CG----G----CCTCC------GTCT----CTC-C----ACCC-CGTGA-AG--AA-A-TTCC-ACA-----TT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AC--T---C-------T----T-G---TT-GC--------------------------------------CTTGGCG-G-----------GGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCT------------CGCG--------C-CCCGCCAGG-AGCACA------------CCC---AAA--CTCGTTTT-A--G-------------CG--------GCC-GTCA--GAG-------------TA---------GAA---------ATC--GAA--------T-------A-------------A-GCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCC-TGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--G-C----A--ACC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ACT-GGGC------GTCGC-------------CCCGC--------------GA--G-----------GGG-CGTGCCTGAAAAGCA-GTG-G-GT-G--T-C-C-G-GC-GT-G-ACTT-T--GGGCGTAGTA--AA-------CA-----------------------CT---CCCGCTCT--GAAAG--CC-TC------GCGT----C--GC--GGTGC-----CCA--G------AAC--------------------CCCCCG--------------ATTCTCTCCA-------------G???????? Bacidia_schweinitzii ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????C--TGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--ACG-C-CCCA-----G------------GTGG------------------------------------------------CTC--CG----G----CCACC------GTCT----CTC------ACCC-GATGG-TT--AC-G-CCCC-AAT-----CA--GGCGC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CA--A---T-------G----C-C---TG-TC--------------------------------------TGTTTTG-G-----------TGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------GGAACC---T--C-CCCGCCAGC-AACCAAAC----------CCC---AAC--TCTGTTAC-A--T-------------TGGT------GCA-GTCT--GAA-------------GT---------ATA---------CAT--TTA--A-T---A-------A-------------G-CAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTC-TGG--TATTCCAGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--G-C----A--ACC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGCC-----ATCGC-------------TCCTC--------------GC--G-----------GGG-CGTGCCTGAAAAGTA-GTG-G-GT-C--C-C-C-G-GT-AT-G-ACTT-T--GGGCGTAGTC--AA-------AT------------G---------TCT---CCCGCTCT--GAAAG---CCTC------ATAC----C--GC--GGTAC-----CCA--A------AAC--------------------CCCCTC--------------AATCTCCAAC?????????????????????? Bacidia_subincompta ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAAGAATGTATAGC-AACAG-CTAATTGTA---T--------A---------A---TA--TTA------T---GCAATATCGACT-ACGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-AATCTAGATAATGACTTATTTTACTCACGTGTCTTGACTAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTGAGTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCCTA---------AGC-------------AGGGACTAATCTGCTAGAGTTA--CTTGTGATGGG-GCTTGAAAGTACTAAT-G-GAG----TAGAGATAAAATGCTAACATACC-TTTTTT-----------------------------CG---TAAGAAATAGAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTGGAA------------------------------------------T------------AAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTCTACTT-----T------TA---------TGTAAAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATG-TGATA-ACAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTGTC--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------TTT--CG----G----CCCCC------GACT----CTC-A----ACCC-TGTGA-AT--AT-T-TACC-GTT-----AC--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------G---G---G-------C----C-C---TG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------TTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---C--G-CCCGCCGGA-AGCCC-------------CCA---ACA--TTCGTATT-A--T-------------TATT------GTC-GTCC--GAG-------------CA---------TCA---------TAA--GAA--T-A-------------------------A-ATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TACTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGC------GTCGC-------------CCCCCCGCC----------AA--G-----------GGG-CGTGCCCCAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GC-G-ACTT-T--GAACGTAGTA--AA-------AC------------T---------TAT---CCCGTTCT--GAAAG---C-CT----TCGCGC----T--GT--GGCCG-G---CCA---------AAA--------------------GCCACC--------------GATTTTCCAC?????????????????????? 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Bacidina_inundata ???????CAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAACGAATAGC-GAAAG-CTAATTACA---T--------A---------T---AA--TTA------T---GTGATATCAACT-TAGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-GATCTAGATAATGACTTAATTTGCTCATGTGTCTTGACCAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTTAAAGACTAGTGTTATTCATCATTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAAATCAAGCCAT---------AGA-------------AGGGACTAGTTTGCTAGAGTTA--CTTGTGAAGGG-GCTTGAAAGTACTGGT-G-GTG----TAGAGATAAAATGCTAATATACC-TTTTTT-----------------------------CA---ATAGAAAAGTAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGAGCCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGGAGAGAATTATGAGTGCCATAGATTAGAA------------------------------------------G------------TATTTTGATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTATGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGCA-TATACTTAT-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATATGTATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGATTAGATTCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----T------TA---------TGTAAAATGGTTCA-CCG-T---TATATTGGATA-TGATA-ATAGGGAATAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGTC--AGAG---A-GG-A-G--C--T--TC--GAG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------TTC--------G----CCCCC------GCCT----CTC-A----ACCC-CGTGT-AA--AT-C-ATAC-CTT------T--GTTGCTTCGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GA--G---G-------T----C-A---TG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------GCC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTT--------GCCCGGCGAG---C--G-CCCGCCGGA-AGCCCA------------CCA---AAA--ATCGTTTA-A--T-------------CTAT------GCT-GTCA--GAG-------------TC---------TAA---------ACA--CAA--A-T---A-------A-------------A-GCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCT-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGC------CTCGC-------------TCCCCCA------------AA--A-----------GGG-CGGGCCTGAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GC-GT-G-GCCT-T--GAACGTAGTA--AA-------TC------------T---------TCT---CCCGTTCT--GAAGG---T-CC------GCGC----C--GT--GGCTT-G---CCA--AAA----CAA--------------------CCCACA--------------TTTCTTCAAG?????????????????????? 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Biatora_hertelii ????????????????????????????????GAATGAATAGC-AATAG-CTAGTTGCA---C-----ATAT---------A---TA--TGA------T---GCAAAATCGACT-AAGTCGAATAAAATTCTGGGTAAAATTATGATAATGACATTGTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGCAAATAAAGCCAA---------ACA-------------CGGAACTTATTTGCTAGAGTTA--CTTACGAGGGG-GCTATAAAGTACTAAT-G-GTG----GAGAGATGAAATTTCGTCATACC-ATTTTT-----------------------------CG---GAAGAAAAGTATTGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAATAGGATTAGATACCCTAATAGTCTA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAG--ATT-------------------------------------A------------AGCTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCGAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTGTAT-C-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTT-----T------TT---------TATAAAGTTGTTCC-CCA-T---TATATTGAATA-TGATA-ACAGGGATTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGT???AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-TCCG-----G------------GGGG------------------------------------------------CTA--CG----G----CCCCC------GACT----CTC-C----ACCC--GTGG-TT--AT-G-TTCC-GGT-----CT--GTTGCTTTGGTG--------------------------------------------------------------------------------------GGTCT-T---------------GG--G---C-------T----C-G---CA-CC--------------------------------------CATGCCG-G-----------TTC-------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTC------------GGCGAG---C--G-CCCGCCAAC-AGCTCC------------ATT---CTA--CCCGTTTT-A--C--------------GTG------TTA-GTCC--GAG-------------TG---------GAA---------TTT--AAA--A-T---C-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--GCA-CTCAAGCCCC-T--G-GCTTGGT-ATT-GGGCT-----TTCGC-------------CCCC-------------------G-----------AGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G-GC-C-C-G-TT-GC-G-ACCT-T-TAAGCGAAGTA--AA-------AT------------A---------CCC---CCCGCTTT--GAAGT---C-TC------GCAC----T--GC--GGCCG-----CCA--G------ACA--------------------ACCCCAACCA----------TTCTATCAAT?????????????????????? 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Catillaria_contristans_II 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Catillaria_erysiboides AATTGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTATTTATC---T-----CA--------------------AC------G---ATAGGATCGACT-CTGTTGAATAAAATTCTGGGTATGATGATGATGATGACATCGTTTACCTATAAGTCTTGACAAAGTTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAGAGGCTAGCGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGTGAGTAAAGCCTT---------GA---------------GGAACTAATTCGCTAGAGTTA--CTTGTGAGGGG-GTTTTAAAGTACTAGT-G-GAG----TAGAGATAAAATTCTTTGATACC-TTTTTC-----------------------------------GAAAGAAGTAATGGCACAGGTATAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGAGA--------------------GCTTTGAGCAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA-AGCAGACAAATCTGAATGCCATAGACTAG------------------------------------------------------------TTTTTTCTATAAGTGAAAATGCAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGTTCCGCAAAAAACCTTACCA-TGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATGTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTTTTCAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTATTTTATTT-----G------AA---------AATAAAATAACTCC-TCC-G---TACATTGGATG-TGATA-ATAGGGATTAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Catillaria_erysiboides_I AATTGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTATTTATC---T-----CAAC--------------------------G---ATAGGATCGACT-CTGTTGAATAAAATTCTGGGTATGATGATGATGATGACATCGTTTACCTATAAGTCTTGACAAAGTTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAGAGGCTAGCGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGTGAGTAAAGCCTT---------GA---------------GGAACTAATTCGCTAGAGTTA--CTTGTGAGGGG-GTTTTAAAGTACTAGT-G-GAG----TAGAGATAAAATTCTTTGATACC-TTTTTC-----------------------------------GAAAGAAGTAATGGCACAGGTATAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGAGA--------------------GCTTTGAGCAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA-AGCAGACAAATCTGAATGCCATAGACTAG------------------------------------------------------------TTTTTTCTATAAGTGAAAATGCAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGTTCCGCAAAAAACCTTACCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAATGTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTTTTCAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTATTTTATTT-----G------AA---------AATAAAATAACTCC-TCC-G---TACATTGGATG-TGATA-ATAGGGATTAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTATA--CGAG---A-GG-A-G--T--T--TC--ACG-A-CTTC-----C------------GGGG------------------------------------------------GCT--CC----G----GCCCT------TCCT----CTT-C----ACCC-CGTGT-CT--AC-C-TACC-TTT---------GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GATCC---G-------T----T-G---CG-TT--------------------------------------CACGCCG-G-----------ACA----TTGC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---T--G-CCCGCCAGC-AGCCCA------------TTT---CAA--TCTTTTTG-A--T-------------ACTT------GCA-GTCC--GAG-------------TC---------AAA----------AC--ATA--A-T---A-------A-------------A-TAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTGGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGCC-----CTCGC-------------TCCCC------------------G-----------GAG-CGTGCCCGGAAAGCA-TCG-G-CG-G--T-C-C-A-GT-GC-G-ACTT-C--AAGCGTAGTA--AA-------TT------------T---------TCT---CCCGCTTT--GGAAG-TCT-TC------GTGC----T--GC--GGCCT-G---CCC--C------AAC--------------------CACATA--------------TTTTCTCAGT?????????????????????? Catillaria_scotinodes_I 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Catillaria_scotinodes_II AATAGTCTAACGACTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGAATAGC-GATAG-CTAATTGCA---T-----TACA---------T---TG--TAG------T---GTAATATCGACT-ATGTTGAATAAAATTCTGGGTAAAATTATGATAATGACATTGTTTACCTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCCT-GCATAGCAAGA-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTACAAGGGG-GCTATAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATGAAATTTTGTAATACC-ATTTCT-----------------------------CG---AAAGGGAAGTTATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGACAATGATGAGTGTTATAGATTAGAT--AAT-------------------------------------T------------AAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAACACCTTACCA-CAACTTGAA-TATAAATAT-C-TCT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTACAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTT-----T------TA---------AATAAAGTCGTTCC-CCA-C---TATATTGGATA-TGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGACC-TGA--ATGTTGTC--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--ACG-GCTCCT-----G------------GGGG------------------------------------------------TTT--CG----G----CCCCC------GACT----CTA-C----ACCC-TATGG-CT--AC-A-TACC-TTC-----AT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GG--G---G-------T----C-A---CG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------GAA------GC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCC------------GGCGCG---A--G-CCCGCCAAT-AGCCCT-----------TCCA---CAA--TACGCTTTTA--T-------------CTGT------GAA-GTCT--GAA-------------GA---------AAT----------CA--ATA--A-A---C-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTC-----CTCGC-------------CCCC-------------------C-----------GGG-CGTGCCCGAAAAACA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GA-GT-G-ACTT-T--GAGCGTAGTA--AA-------AT-----------TG---------TCT---CCCGCTTT--GAAAG---T-TT------ACCC----T--GT--GGCTG-----CCA--G------ACA--------------------ACCGCCC-------------CCACATCGAT---------------TCA-AAC Catinaria_atropurpurea 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Catolechia_wahlenbergii 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Cenozosia_inanis 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Cliostomum_corrugatum ????GCCTAACGGCTGA-CCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AG-----------C---ACGATATCGACT-CTGTCGAATAAAATTCTGGGTA-AATTATGATGATGACATTTTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTGTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCCT---------A---------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CG---TAAAGAAAATTATGGCACTGGTAAAGGTGAAAGCATCCCCCTATGTGATA--------------------GCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGA------------------------------------------------T------------TAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAATATGTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAGCCCTTACTTTATTT-----T------CA---------TATAAAGTAGTTCT-CCA-C---CATATTGGACA-AGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATATTATA--AGAG---A-GG-G-G--C--C--TTCTGCG-C-TCCA-----G------------GGGA------------------------------------------------TCT--CG----G----TCCCC------GCCT----CTA-C----ACCC-TGTGA-TT--AC-C-TTAC-CAT-----TT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGACG-C---------------CG--G---C-------C----T-C---CG-GG--------------------------------------TCGGTTG-G-----------TTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCG--------------CAAC---C--G-CCCGCCAGC-AGCCCA------------CCG---AAA--CTCGTTTT-TA-T-------------TCAT------GTCAGTCA--GAGC----------CATC---------ATA---------TCA--TAA--A-T---G-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTCC----TTCGCCCCGCT-------TGCC-------------------G-----------CGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-T--AAGCGTAGTA--AA-------TT-----------TC---------TCT---CCCGCTTT--GAAAGG-CC-TC------ACCC----C--GC--GTCCG-G---CCA--G------ACA--------------------ACCCCATA------------TCTTCTCAAA?????????????????????? Crocynia_gossypina_I 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AATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGATGAATGAATAGC-TTTAG-CTAATTGCA---C-----ATGT---------A---TG--TGA------T---GCAATATCGATT-TACTCGAATAAAATTCTGGGTTTAATTATGATAATGACATTATTTACCCATATGTCTTGACTAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATATTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCTT---------ATA-------------CGGGACTAATTTACTAGAGTTA--CTTACGCGGGG-GCTATAAAGTACTGAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTTTAATACC-ATTTTC-----------------------------TG---GAAGGAAAGTGATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCAAATAGGATTAGATACCCTTATAGTCAA-AGGAGACAATGATGAGTGTCATAGATTAGAA--ATT-------------------------------------A------------ACTTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATAATCCGCGAAAAACCTTACCA-TAGCTTGAA-TATATATAT-A-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATATATTTACAAGTGTTGTACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTT-----A------TA---------AATAAAGTAGTTCT-CCA-C---TATATTGGATA-TGATA-ACAGGGATTAAGATAAGTCATCATGACC-TGA--ATGCTGTA--AGAG---A-GG-A-G--C--C--TCC-GCG-C-TCCG-----G------------GGGGGCACGGGGCTTGGAGTGCCAGGGCCCCGTGCGCCAGGGCGGGCT----CTG--CG----G----GCCCG------CCTG----TCC-T----ACCC-TGTGG-CCA-AC-C-TACC-CTC-----CT--GTTGCTTCGGTG--------------------------------------------------------------------------------------AGCCT-T---------------GG--G---G-------T----C-G---TA-CC--------------------------------------CATGCCG-GCCAGGCCCTC-CTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---C--G-CCCGCCAGA-AGCCTTCGCACAACCAA-CCT---GAA--CCTATTCT-T--T-------------GGGG------GCG-GTCT--GAGGACTGCCGGTACCTG---------TAA---------ACA--TAA--C-A---G-------C-------------G-CCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATG??????????????????????CATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTC-TGG--CATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C---AA--ACT-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-GGT-GGGCT-----CTCGCCTC----------CCCT-------------------G-----------GGG-CGGGCCCGAAAGGTA-TGG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GC-G-ATCT-T--GGGCGTAGTA--AAAAATGTGGT------------A---------GCT---CCCGCCCT--GAAGG--CC-TC------GCGC----C--GG--GCTTG-----CCT--C------GCC--------------------GGTCCCTCTCGTGGGCCCCAATTCATTCATG------------GATTG-ACC Crocynia_pyxinoides 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Eschatogonia_prolifera_I 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Frutidella_caesioatra 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Herteliana_taylorii 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Ivanpisutia_oxneri 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Lecania_aipospila 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Lecania_cyrtella_II 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Lecania_erysibe ???????TAACGACTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGAATAGC-GAAAG-CTAATTGTA---T-----TATC---------A---TA--TAG------T---GCAATATCAACT-ACGTTGAATAAAATTCTGGGTAAAATTATGATGATGACATTGTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAACCAAGCTCTTGCCACGCAAGA-------------CAGGACTAGTTTACTAGAGTTA--CTTACAAGGAG-GCTATAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATGAAATTTTGTGATACC-ATTTCT-----------------------------CG---AAAGGGAAGTCATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAA--AAG-------------------------------------T------------AATTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAACACCTTACCA-CAACTTGAA-TATGGATAT-C-ATT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATATCTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTACAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTT-----T------CA---------AATAGAGTCGTTCC-CCG-C---TAGATTGGATA-TGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGTC--AGAG---A-CG-G-G--C--C--TT--CGG-G-CTCG-----G------------GGGA------------------------------------------------CTC--CG----G----TCCCA------AACT----CTT-C----ACCC-T-TGA-TT--AT-A-TACC-TTT-----CT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GG--G---G-------T----C-A---AG-CC--------------------------------------CATACCG-G-----------TCG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCC------------GGTGTG---A--G-CCCGCCAAC-AGCCCC-------------CA---CAA--CTCGTTCT-A--T-------------CAGT------GAT-GTCT--GAG-------------TC---------TAT----------AT--ATA--A-----T-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGAT-----CTCGC-------------CCCC-------------------G-----------GGG-CGTGCCCGAAAGATA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GC-GT-G-ACTT-T--GAGCGTAGTA--AA-------TA------------T---------TCT---CCCGCTCT--GAAAG---C-TC------ACCC----C--GT--GGCTG-----CCA--G------ACA--------------------ACCTAT--------------TTTTTTTTAT?????????????????????? Lecania_fuscella AATAGTCTAACGACTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGAATAGC-GATAG-CTAATTGCA---T-----TATA---------C---TA--TAA------T---GCAATATCGACT-ATGTTGAATAAAATTCTGGGTAGTATTATGATAATGACATTGTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCCTTGCATAGCAAGA-------------TGGGACTAATTTACTAGAGTTA--CTTACAAGGAG-GTTATAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATGAAATTTTGTAATACC-ATTTCT-----------------------------CG---AAAGAGAAGTTATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGACAATGATGAGTGTCATAGATTAGGT--TTT-------------------------------------T--T---------AAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAA??????????????????????TAATTTGATAATCCGCAAAACACCTTACCA-CAACTTGAA-TATGAATAA-T-CCCTAAAAAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATGTTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTACAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCCTACTTTATTT-----T------TA---------AATAAAGTCGTTCC-CCA-C---TATATTGGATA-TGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGTT--AGAG---A-GG-G-G--T--T--TC--ACG-A-CCCC-----G------------GGGG------------------------------------------------CTC--CG----G----CCCCC------ACCT----CTT-C----ACCC-TGTGA-TT--AC-T-TACC-TAT-----CT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGTCT-A---------------CG--G---C-------C----T-C---AG-TC--------------------------------------CGCGTCG-G-----------CCT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCC------------GGCGCG---A--GGTCCGCCAAT-GGCTCC------------TCA---TAA--TTCGTTTT-A--T-------------CGGT------GAC-GTCT--GAG-------------TA---------CAC----------AT--ATA--A-----T-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTC-----CTCGCT------------CCCC-------------------T-----------GGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GG-G-ACTT-T--AGGCGCAGTA--AA-------TC----------------------CAT---CCCGCCTT--GAAAG---C-TC------CCCC----C--GC--GGCCG-----CCA--G------ACA--------------------ACCCCCCATA----------TTCTATCAAT?????????????????????? Lecania_nylanderiana 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Lecania_spadicea 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Lecidea_thaleriza_I 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Lecidea_thaleriza_II 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Lopezaria_versicolor 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Lueckingia_polyspora ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATAAAATTCTGGGTAGGATTTTGATGATGACATTATTTACCCATATGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTAAAAGACAAGCGTTATTCATCTTTAACAGGTTTAAAGAGTACTTAGACGGTAAATCAAGCTAT---------AAA-------------AGGAACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTTTGAGGGG-GCATTAAAGTACTAAT-G-GTG----GAGAGATAAAATATTATGATACC-ACTTTT-----------------------------CA---AATGAAAAAATATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATCTGATAACTGACGTTGAAGGAGGAAGGCTTTGTATCGCGAATAGGATTAGGTACCCTAGTAGTCAA-AGCAGACAATGATGAGTGTTATAGATTAGAC--AG--------------------------------------C------------GAATTTAGTGTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAAAGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGGCCGTTTTTGAA??????????????????????TAATTTGATAATCCACAAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATTTATGT-C-ATT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGATCCATTTAATTAACGTAAACCCTTTCATCACTT-----A------TA---------AATGGTGTAATCTGTCTA-T---AGCATTGGACA-TGGTA-ATAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATATTGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTAT------TCTT----TTT-A----TCCC-TGTGA-TTCACC-T-AACC-TTT-----CT--GTTGCTTTAGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGTCT-T---------------GA--G---G-------T----T-A---TG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------ATC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGC--------TTCCGGCGAG---A--A-CCCGCTAAG-AGTTGAT-----------TAG---AAA--CTTGATTC-TC-T-------------TCCT------GAT-GTCC--GAG-------------CG---------GTG---------GTT--TAA--T-TT--T-------A-------------T-AAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAAAAGTAATG??????????????????????CATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTT-TGG--CACTCCGAGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--ATC----A--CGT-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-CTTTGGGTC-----ATCGCTGTTTGTT-----GGAA-------------------A-----------CGG-CGTGCCTGAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-T--GAGCGTAGTA--AAAATT---TT------------C---------ACT---CCCGCTCT--GAAAG---C-TC------GCATTCCGC--GA--ATCGG-----CCA--G------GCA--------------------ATATTCGAT-----------TCTTACCAATG------------AACGG-ACC Malcolmiella_cinereovirens ??TAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTAGTT-------------------------------------------------ATATCGACT-ATGTCGAGTAAAATTCTAGGTGGAATA-TGATGATGACATTATCTACTTA---GTCTTGACCAAATTTCGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACGAGTGTTATTCATGTTTAATTGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGTAAATTAAGCC-------------------------------ACTAATTTA-TAGAGTTT--TATGTAAGGGA-GTATTAAAGTACT-------TG----GAGAGATGAAATTCTGTTATACC------------------------------------------------------AGCACAGATTAAGGCGAAGGCGTCTCCTTATGTAACAACTGACGTTG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Megalaria_grossa_II ?????????????????????????????GAGGAATGTATAGC-AACAG-CTATTTGCGTGGT--------A---------A---TA--CTA------T---GCAAAATCAACT-ATGTTGAATAAAGTTCTGGTTA-GATTATGATTATGACATTTTCTAACTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATGAAGCCAT---------AGT-------------AGGGACTGATCTGCTAGAGTTT--CTTATAAGGGG-GCTATAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTTTGATACC-TTTTTT-----------------------------GT---AAACAAAAGTTATGGCACTGGTAAAGGCGAAGGCATCCCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAGAAGGATTAGATACCCTAATAGTCGA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAT--AAT-------------------------------------A------------AAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATATGGCAACATAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TAACCATGT-C-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GACATGGCTACAAGCATTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGCAAGCCCTTACTTTATTT-----T------TA---------AATAAAGTAGTTCC-CCA-C---TATATCGGATA-TGACA-ATAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGTC-TGA--ATGTTGTC--AGAA---A-GG-A-G--C--T--TC--GAG-T-TCCA-----G------------GGGT--------------------------------------------------T--CA----C----CCCCC------GCAT----CTC-T----ACCC-CATGA-TA--AA-T-CTAC-TTT-----CT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TG--G---T-------T-----------G-CT--------------------------------------TTGGCCG-G-----------TTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCT------------------------C-GCCAAACCC-CCCCCC------------CCA---TGA--ATCGTTTT-A--T-------------GTG-------GCA-GTCC--GAG-------------GC---------AAA---------AGA--CCA--A-T---C-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCA-CGG--TATTCCGCGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-CTCAAGCT---C--C-GCTTGGT-ATT-GGGC------GTCGC-------------CTCC-------------------C-----------CGG-CGTGCCTGAAAAACA-TGG-G-CG-G--T-C-C-G-GC-GT-G-ACTT-T--AAGCGTAGTA--AA-------GT------------A---------CCT---CTCGCTTT--GAAAG---T-TC------GCGC----C--GTTGGCCAG-----CCC--G------ACA--------------------ACCCC---------------TTCTTCAGAA?????????????????????? 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Phyllopsora_porphyromelaena 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Physcia_aipolia 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Ramalina_pollinaria ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AT--CTA------C---ACGATATCGACT-CTGTCGAATAAAATTCTGGGTA-AATTATGATGATGACATTTTTTACCTATGTGTCTTGACCAAATTGTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAGATCAAGCCCT---------AGA-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CGT--AAAGAAAAATTATGGCACTGGTAAAGGTGAAAGCATCCCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGAT--AAG-------------------------------------A------------CAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATGTATAC-T-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAGCCCTTACTTTATTT-----T------CA---------TATAAAGTAGTTCT-CCA-C---CATATTGGACA-AGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATATTGTA--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGA------------------------------------------------CTC--CG----G----TCCCC------GCCT----CTA-C----ACCC-TGTGA-TT--AC-C-TTAC-CTC---------GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCAC---T--C-CCCGCCAGC-AGCCCA------------CCG---AAA--CTCGTTTT-A--T-------------TCAT------GTTCGTCT--GAG-------------CC---------TAA---------TTC--ATA--A-T---G-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-TTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTTC----TTCGCCCGGGAGAT----CCCC-------------------G-----------CGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-T--AAGCGTAGTA--AA-------TT------------T---------TCT---CCCGCTTT--GAAAG--CC-TC------GCGC----C--GT--GGCCG-G---CCA--G------ACA--------------------ACCCCCA-------------TATTTCTCAC?????????????????????? Ramalina_siliquosa ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AA--CTA------C---ACGATATCGACT-CTGTCGAATAAAATTCTGGGTA-AATTATGATGATGACATTTTTTACCTATGTGTCTTGACCAAATTGTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTATAGGGTACCTAGACGGTAGATCAAGCCCT---------AGA-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CGT--AAAGAAAAATTATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGAT--AAT-------------------------------------A------------CAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATGTATAC-T-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTATACTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAGCCCTTACTTTATTT-----C------CA---------TATAAAGTAGTTCT-CCA-C---CATATTGGACA-AGATA-ACAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATATTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ramalina_sinensis ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AA--CTA------C---ACGATATCGACT-CTGTCGAATAAAATTCTGGATA-AATTATGATGATGACATTTTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTGTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAGATCAAGCCCT---------AGA-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CGT--AAAGAAAAGTTATGGCACTGGTAAAGGTGAAAGCATCCCCCTATGTGATAACTGAC-TTGAAGGACGAAGGCT-TGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCA-GGCAGAGAATGATGAGTGCCATAGGTTAGAT------------------------------------------T------------TATTTTGATCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTGTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATGGTCCTCGAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATTATTAA-A-TT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTACAAGTGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATGCAGGTTAGCTCCA-TAAATTAACGTAAACCCTTGCTTTATTT-----TA-----TA---------TATATAGCAGTTCT-CTA-A---TACATCGGATA-AGATA-ACAGGGACCAAGACAAGTCATCATGACC-TTA--ATATTGTA--AGAG---A-GG-G-G--C--C--TT--GCG-C-TCCT-----G------------GGGA------------------------------------------------CTC--CG----G----TCCCC------GCCT----CTA-T----ACCC-TGTGA-TT--AT-C-TTAC-CTT-----TT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGAAG-C---------------CG--G---C-------C----C-C---CG-GG--------------------------------------TCGGTTG-G-----------TCC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCA------------GGGATC---A--C-TCCGCCAGC-AGCCCA------------CCG---AAA--CTCGTTTT-A--T-------------GCGT------GCCAGTCC--GAG-------------TC---------CAA---------TCT--TAT--A-AT--G-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTTC----TTCGCCCGGGGTC-----TCCC-------------------G-----------CGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GA-GC-G-ACTT-T--AAGCGTAGTA--AA-------TT-----------TT---------TCT---CCCGCTTC--GAAAG--CC-TC------GCCC----C--GG--GTCCG-G---CCA--G------ACA--------------------ACCCCCACA-----------TATATCTCAC?????????????????????? Ramalinopsis_mannii ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????A--AGAG---A-GG-G-G--C--CC-TT--GCG-C-TCCT-----G------------GGGA------------------------------------------------CCT--CG----G----TCCCC------GACT----CTA-C----ACCC-GGTGA-TT--AC-C-TTTA-CCT-----CTT-GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC---A--T-TTCGCCAGC-AGCGCA------------TGA---AAA--CGCATCTT-A--T-------------TCAT------GTCCGTCT--GAG-------------TA---------TCA---------TTT--ACA--A-T---G-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGTCC----TTCGCCGGGGGT------ACCC-------------------G-----------CGG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-T--GAGCGTAGTA--AA-------TT------------T---------TCT---CCCGCTTT--GAAAG--CC-TC------GCAC----C--GC--GGCCG-G---CCA--G------ACA--------------------ACCTTTA-------------TATATCTTAC?????????????????????? Rolfidium_coccocarpioides ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAAGAATGTATAGC-AATTG-CTAGTTACA---T--------T---------G---TA--CAA------T---GTAATTTCGACA-TAATCGAATAAAGTTCTGGATAGAATT-TGATAATGACATTTTTTATTCATGTGTCTTGACCAAATAACGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACGTATAAGACTAGTGTTATTCATATTAAAAAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGAAGATCAAGCCAT---------AGA-------------CGGGACTAATCTTCTAGAGTTA--CTTGCGATGAG-GCTAGAAAGTACTAGT-G-GTG----TAGAGATAAAATTCTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CA---AAAGAAAATAAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTTTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTT????????????????TAGATACCCTAGTAGTCGA-AGGAGAAAATGATGAGTGTTATTGGTTGGAA--A----------------------------------------------------ATTTTTAACCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAAGATGGCAACATAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TAATAATAA-T-TGTTCCATTGCAAGCTCTG----------------------------------------------------------------------------------------------------------CACTACTTGTTATGG---------AATA--------------------------ATTATTATTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACATTGGTTAGATTCATAAAATTAGCGCAAGCCCTTGCTCTATTT-----A------AA---------AATAAAGCAGTTCT-CCG-T---TATATTGGATA-AGATA-AAAGGGACTAAGGCAAGTCATCATGGCC-TAA--ATATTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ropalospora_lugubris AATAGCCTAAAGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-GAAAG-CTAATTGTA---T-----TTAG--CTTAAAAC---TT--AAA------T---ATAATATCGACT-ATGTCGACTAAAATTCTAGGTAAAGTAATGATGATGACATTTTTTATCTATGTGTCTTGACTAACTCACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTGGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTATATCTAGCCCC---------AAAA------------GGGTACTGATAAACTAGAGTTT--AATGTGAGGAG-GT----GAGTATTACT-G-AAG----AAGAGATGAAATTCTGTCATAC-------------------------------------------------AGGGAGGCAACTGGTATAGGCGAAAGCAACCTTTTATGCAAAAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTAG-GTCACCAACAGGATTAGATACCCCAGCAGTCTT-TGCAGACAACGCTGAATGCCATAGATTAGAT--ATT-------------------------------------T--A------------TTTTTTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAAATTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATTTTTAT-A-TTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATAATTATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTTAGTTAATGTTGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTACTTTATTTAAATTT------AA---------TATAAAGTAGTTCC-CCG-T---TATATTGGATA-TGATA-AAAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TTA--ATATTGTA--AGAG---A---------------------------TA-----G------------GGTC------------------------------------------------CCC--CG----G----GCCCG------AGCC----TCC-C----ACCC-ATTGT-CT--AC-C-ACAC-CTT-----GT--GTTGCTTGGCGG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCC-C---------------CC--G---G-------G----T-G---CC-CCGTCAGAA----------------------------GGCCACGCCG-G-----------AACCGACACCG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTAGCA-CCG------------GGTACG---G--G-GAAAGCGCC-GGCCTC-----------CCTC---CAA--CCTGCCTC-A--T-------------GGGT------GCC-GTCT--GAG-------------TG---------AGA----------AC--ACA--A-T---T-------G-------------ACTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-TGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A---CC-CTCAAGCC---C--G-GCTTGGT-TGT-GGGT------CGCGT-------------CCCC-------------------G-----------GGA-CGGGCCCGAAAGTTA-GCG-G-CG-G--C-G-T-G-GG-CC-G-ACTC-C--GAGTGAAGTA--AC-------TT------------CA--------AAA---CCCGCTCC--GGAAG---T-CT------GGCC----T--GG--CGCCG-G---CCA--T------TGA--------------------ACCCCC--------------GTCTTCCAC--------------GATTG-ACC Scutula_miliaris AATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTAGTTGTG---T--------A---------A---------A------G---GCAACATCAACG-TAGTTGAATAAAGTTCTGAGCA-TATCTAGATGATGACTTAATATGCTCACGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGCAGGTTTAAAGGGTACTTAGACATCGAATCAAGCCGT-----------T-------------AGGGACTAATTTGATAGAGTTA--TATGTGATGGG-GCTTGGAAGTACTAGT-G-GAG----TAGAGATAAAATGTTACTATACC-TCATTT-----------------------------TG---AAAGAATGG-AATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATA--------------------GCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCAA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGA------------------------------------------------T------------TATTTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGAATTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----A------TA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATA-TGATT-ATAGGGAATAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Scutula_tuberculosa ????????AACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-AATAG-CTAGTTGTG---T--------A---------A---------A------G---GCAACATCAACG-TAGTTGAATAAAGTTCTGAGCA-TATCTAGATGATGACTTAATATGCTCACGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAGTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACATCGAATCAAGCCGT-----------T-------------AGGGACTAATTTGATAGAGTTA--TATGTGAGGGG-GCTTGGAAGTACTAGT-G-GAG----TAGAGATAAAATGTTACTATACC-TCATTT-----------------------------TG---AAAGAATGG-AATGGCACTGATAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATA--------------------GCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGATAGTCAA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGA------------------------------------------------T------------TATTTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAACGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGAATTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----A------TA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATA-TGATT-ATAGGGA-TAAGACAAGTCATCATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Solenopsora_olivacea ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????C--CGAG---A-GT-G-C--C--C------------CTCC-----G------------GGGG------------------------------------------------C--------------------------GACC----TCC-C----ACCC-G-TGT-TT--AC-G-TACT-GAT---------GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCT---------------------------------------------GG-TT--------------------------------------TGCTCCG-G-----------CTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCGTG---T--G-TCCGTCAGA-GGCCCT------------GAA---AAC--CTTTTGTC-T--G-------------TCGT------GCA-GTCTCGAGG-------------GA---------AAA----------TC--ACA--A-A---C-------C-------------C-ACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTT-TGG--TATTCCAAGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--G-C----A--CCA-CTCAAGCT---C--C-GCTTGGT-ATT-GGGACCTGCCGTCGC-------------TCCCG------------------G-----------CGG-CAGTCCTGAAAGGCA-GTG-G-TG-G--T-C-C-G-GT-GA-G-ACTC-C--AAGCGTAGTA--GA-------TA------------ATGA------ACT---CCCGCTGT--GGACG---C-TC------AAGC----C--GT--GGCCC-G---CCA--A------CGT--------------------CAACCG--------------CGTTTGCTTAGCGCTCGTCTTATGGTTG-ACC Speerschneidera_euploca ????????????????????????????GAAGGAATGTATAGC-GAAAG-CTAATTGTA---T-----TA-----------T---AT--TTA------T---ACAATACCGATT-TATTCGGCTAAAATTCTGGGTAGATTT-TGATAATGACATTAGCTATCCATATGTCTTGACCAAATTTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACAAAAAAGACTTGTGTTATTCATGTTAAGTCGGTTTAAAGGGTAACTAGACGGTAAACCAAGCCAA---------TAG-------------AGGGACTAGTTTACTTGAGTTT--AATATAAGGGA-GCATAAAAGTACTGATAG-GTG----TAGAGATGAAATTCGTTGATACC------------------------------------------------ATATATGGCACAGGTTTAGGCGAAAGCATCTCCTTATGTAAAAACTGACGTTCAGGGACGAAGGCTATGTGCAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTTTT-AGCAGAAAATGATGAATGTTATAGGGTAGAC--TCT-------------------------------------T---------------TTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCATGAGTAATTTGGCAACATTGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGATACAAGCAGTGAAGTATGTTATTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCA-CATTTTGAA-TATTGCTTT-A-TGTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACA--------------------------TAAAGTATTACAAGTGCTGCATGGTTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAACTCCACTAAATTAACGTAAACCCTTAATCTATTT-----A------TT---------AATAGATTAGATCC-CCT-T---TAGATTGGATA-TGATA-CATGGGACTAAGACAAATCATCATGGCC-TAA--ATAATGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Sporacestra_pertexta 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Tasmidella_variabilis 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Toninia_aromatica ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAAGAATGTATAGC-AACAG-CTAATTGTA---T--------A---------A---TA--TTA------T---ACAATATCGACT-ACGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-AATCTAGATAATGACTTAGTTTACTCACGTGTCTTGACTAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTGAGTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCCTG---------AGA-------------AGGGACTATTCTGCTAGAGTTA--CTTGTGATGGG-GCTTGAAAGTACTAAT-G-GAG----TAGAGATAAAATGCTTAGATACC-TTTTTT-----------------------------TG---AAAGAAATAAAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTGGAA------------------------------------------C------------AAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTCTATTT-----T------TA---------TTTAAAACGGTTCA-CCA-C---TAGATTGGATG-CGATA-ACAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTGTC--CGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GTG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------CTT--CG----G----CCTCC------GTCT----CCC-G----ACCC-TGTGG-AT--AC-C-TACC-CTT-----AT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------AGCCT-T---------------GA--G---G-------T----C-A---TG-CT--------------------------------------CATGCTG-G-----------TTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---C--G-CCCGCCGAG-GGCCCCC-----------CTC---CAA--CTCGTTTG-A--A-------------CCGT------GTC-GTCC--GAG-------------TC---------CCC---------AAA--CAC--A-A---C-------C-------------A-GCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGACAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGC------GTCGC-------------TTCCCCTGCTCTAGGTCCGGG--G-----------AGG-CGAGCCCCAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GC-GG-G-GCTT-T--GAACGTAATA--CA-------A------------------------CC---CTCGTTCT--GAAAG---C-CC----TCGCGC----C--GG--GACCC-G---CCA--AAA----AGC--------------------CCTGGA--------------ACCTTTCCAC?????????????????????? 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Toninia_auriculata 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Toninia_bumamma 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Toninia_ruginosa 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Toninia_sculpturata_I 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Toninia_sculpturata_II 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Toninia_squalescens_I AATAGCCTGACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGT-GAGAA-CTAATTGCA---C-----AATA------ATTA---TT--TGG------T---GCAATATCGACT-CTGTTGAATAAAATTCTGGGTGGAATTATGATAATGACATTGTCTGCCCATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACAGTAAATAAAGCCAT---------AGA-------------AGGGACTAGTTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GTTGAAATGTACTAGT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTGTTGATACC-TTTTTC-----------------------------CT---AGAGAAGACATATGGCACAGATATAGGCGAAAGCGTCTCCTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTCTGGTAACAAACAGGATTAGAGACCCTGGTAGTCGG-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGCAGTGAG--G---------------------------------------AATA-------------TTGGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Toninia_squalida ???????TAATGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAACGAACCTT-TAACA-GGGATTGCA---T--------A---------A---CA--TTA------T---GCAATATCAACT-TGGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-AACTTAGATGATGACTTAATTTACTCATGTGTCTTGACTAAAGTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTCAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTAT---------AGT-------------AAGGACTAGTCTGCTAGAGTTA--TTTGTGAAGGG-GCTTAAAAGTACTAAT-G-GAG----TAGAGATAAAATGCTAGTATACC-TTTTTT-----------------------------CG---GAAGAAATATGATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATGAAATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGAGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGA-AGCAGAGAATGATGAGTGTCATAGATTAGAG------------------------------------------T------------AAATTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCGCAAAACACCTTACCA-CAACTTGAA-TGTTTATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTATGAATACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----T------TA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATA-TGATA-ATAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGTC--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGT------------------------------------------------TTC--------G----GCCCC------GCCT----CTC-A----ACCC-TGTGA-TT--AC-T-TACC-TGT-----TT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GG--G---G-------T----C-A---TC-CC--------------------------------------CATACCG-G-----------CTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC-----------CGGCGAG---T--G-CCCGCCAGA-AGCCCA------------CCA---AAA--CCCGTTAT-A--A-------------TTAG------GAT-GTCC--GAG-------------TC---------TTT---------GTA--TCA--A-T---G-------A-------------A-ATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATCCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-C----A--ACC-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGC------GTCGC-------------TCCCCGCC-----------AA--G-----------GGG-CGTGCCTCAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GT-G-ACTT-G--GAACGTAGTA--AA-------TA----------------------CTC---CCCGTTCT--GCAAG---C-CT-----CGCAC----TC-GC--GACCC-G---CCA---------GAA--------------------GGCGCC--------------ATTTTCTCAC?????????????????????? Toninia_thiopsora 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Toninia_toniniana_I 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Toninia_toniniana_II 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Toninia_tristis ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AG---A-GG-A-G--C--T--TC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------GGT--CCCAACC----CCCCC------GCCT----CTC-A----ACCC-CGTGA-CA--AC-T-TACC-TCT------T--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GA--G---C-------C----T-A---TG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------GTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTC-----------CGGCGCG---C--G-TCCGCCAGA-AGCCCAT-----------CCA---AAC--TCCGCTTC-A--T-------------TAGC------GTT-GTCC--GAG-------------TC---------TGA---------TAT--CAA--T-G-----------A-------------A-ACACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-C----A--ACC-CTCGAGCG---T--A-GCTTGGT-CTT-GGGC------CTCGC-------------TCCCCAGCC----------AA--G-----------GGG-CGTGCCTGAAAAGGA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GC-G-ACTT-T--GAACGTAGTA--CA-------CG------------C---------TCT---CCCGTTCT--GAAAG---C-TTC--CGCCACC----T--GT--GATCA-G---CCA--GA-----AGG--------------------CGCCAT--------------TTTGTTCCAC?????????????????????? Toniniopsis_obscura AATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAATTTGGAAGAATGTATAGC-AACAG-CTAATTGTA---T--------A---------A---TA--TTA------T---ACAATATCGACT-ACGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-AATCTAGATAATGACTTAATTTATTCACATGTCTTGACTAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTGAGTAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCCTA---------AGA-------------GGGGACTATTCTGCTAGAGTTA--CTTATGATGGG-GCTTGAAAGTACTAAT-G-GAG----CAGAGATAAAATGCTAAAATACC-TTTTTT-----------------------------CG---AAAGAAATAAAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTGGAA--TAAATGCCATACATTGGAA---------------------T------------AAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCTAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGTGAATCCGCAAAAAACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTAAAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTCTACTT-----T------TA---------TGTAAAACGGTTCA-CCA-C---TAGATTGGATG-TGATA-ACAGGGAACAAGACAAGTCATCATGGCC-TAA--ATGTTGTC--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GTG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------TTT--CG----G----CCCCC------GACT----CTC-A----ACCC-TGTGA-AT--AC-C-TACT-CTC-----AC--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------GGCCT-T---------------GG--G---G-------T----C-A---TG-CT--------------------------------------CATGCCG-G-----------TTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCC------------GGCGAG---C--G-CCCGCCGGG-AGCCCC------------CCC---AAA--CTCGTTTT-A--T-------------CAGT------GTG-GTCC--GAG-------------TC---------TTA---------G----CAA--A-T---A-------A-------------A-GCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCT-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGC------GTCGC-------------CTCCCCGCC----------CG--G-----------GGG-CGTGCCTCAAAAGTA-GTG-G-CG-G--T-C-C-G-GC-GT-G-ACTT-T--GGACGTAGTA--AA-------TT------------T---------GAC---CCCGTCCT--GAAAG---C-CT----TCGCGC----C--GT--GGCCC-G---CCA--G------AAA--------------------CCCCCC--------------AATTCTCCAC?????????????????????? Trichoramalina_crinita ???????TAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AA--CTA------C---ACGATATCGGCT-CTGTCGAATAAAATTCTGGATA-AATTATGATGATGACATTTTTTATCCATGTGTCTTGACCAAATTGTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCCT---------AGA-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CGT--AAAGAAAAGTTATGGCACTGGTAAAGGTGAAAGCATCCCCCTATGTGATAACTGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Trichoramalina_melanothrix ??????????CGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAGC-TACGG-CTAATTGTG---T--------A---------T---AA--CTA------C---ACGATATCGACT-CTGTCGAATAAAATTCTGGGTA-AATTTTGATGATGACATTTTTTACCCATGTGTCTTGACTAAATTATGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACATAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAAATCAAGCCAT---------AGT-------------CGGGACTAGTTTGCTAGAGTTT--CTTATGAGGGG-GCTTTGAAGTACTAAT-G-GTG----GAGAGATAAAATATTGTTATACC-ATTTTT-----------------------------CGT--ATTGAAGAGTCATGGCACTGGTAAAGGTGAAAGCATCCCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCTA-AGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAT--AAAAA-----------------------------------A------------ATTTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCA-CAATTTGAA-TATGTATAT-C-TTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGACTTTGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAGCCCTTACTTTATTT-----T------CA---------TATAAAGTAGTTCT-CCA-C---TATATTGGATA-AGATA-GCAGGGACTAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATATTGTC--AGAG---A-GG-G-G--C--C--TC--GCG-C-CCCA-----G------------GGGA------------------------------------------------TCC--CG----G----TCCCC------GCCT----CTA-C----ACCC-CGTGA-CT--AC-C-ATTC-CTT-----TT--GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------AGAAG-CG-------------CCG--A---T-------C----C-C---CG-CG--------------------------------------TCGGCTG-G-----------CC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TC------------GTGGCC---A----CTCGCCAGC-AGCCCA------------CCG---AAA--ACCGCTTT-A--T-------------CAGT------GCGAGTCC--GAA-------------TC---------TAG---------ACA--TAT--A-T---G-------A-------------A-TCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCA-CTCAAGCG---T--C-GCTTGGT-ATT-GGGTTC----TTCGCCGGGGGGAGACCCCCCC-------------------G-----------CAG-CGTGCCCGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GC-G-ACTT-C--GAGCGTAGTA--AA-------TT------------A---------CTC---CCCGCTCC--GAAAG--TC-TC------GCAC----C--GT--GCCGG-----CCA--G------ACA--------------------ACCCCCGGATA---------ATTTATTACA-----------------T-CAC Tylothallia_biformigera AATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATAGATTGC-GAAAG-CTAACTGCA---T--------A---------C---CT--TTA------T---GCAGGATCAACT-TCGTTGAATAAAATTCTGGGC--AATCGTTATCATGAAACGGTTTACCCATGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGAGTACCTAGACGGTAAATCGAGCCCT---------AGC-------------CGGGACTAATTTGCTAGAGTTA--CTTATGAGGGG-GCTTTAAAGTACTAAT-G-GTG----TAGAGATAAAATTTTGTAATACC-ATTTTT-----------------------------CG---AAAGAAAATTTATGGCACTGGTAAAGGTGAAGGCATCCCCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGGTCGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCAA-AGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGAC--GAC-------------------------------------C------------AGGTTTACTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATATGGCAACATCGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????C--AGAG---A-GG-G-G--C--T--TC--GCG-C-TCCA-----G------------GGGG------------------------------------------------CTT--CG----G----CCCCC------GCCT----CTT-C----ACCC-CGTGA-TA--GT-A-TACC-TCT---------GTTGCTTTGGCG--------------------------------------------------------------------------------------TGCTT-C-----------------------------------------------------------------------------------------CCG-C-----------CCC-------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCA------------GGTCGG---A--G-CTCGTCAGT-GGCCCA------------CTTC--AAA--CTCTTTTA-T--T-------------GCGT------GCA-GTCA--GGG-------------TA---------CAAA--------CCA--TAA--T-C---A-------A-------------A-GCAAAACTATCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCT-CGG--TATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCAT--T--A-C----A--CCA-CTCAAGCG---T--A-GCTTGGT-ATT-GGGCTC----TTCGC-------------CTCC-------------------TCCTTCCGGGGGGGG-CGTGCCTGAAAAGCA-TTG-G-CG-G--T-C-C-G-GT-GC-G-ACTT-T--AAGCGTAGTA--AA-------TT-TTCAA----ATT---------CTC---CCCGCTTT--GAAAG--CC-TC------GCAT--CGC--GT--GCCTG-----CCA--G------ACA--------------------ACCAACCTC-----------ATATTCCAAT-------------G???????? Waynea_californica ???????TAACGGCTGAACCAGCAATTTGAAGGAATGTATAGC-AATAG-CTAGTTGCA---T--------A---------T---TA--TTA------T---GCAATATCGACT-ATGTTGAATAAAGTTCTGAGTA-AATCTAGATTATGACTTAGCTTACTCACATGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTATAAGACTAGTGTTATTCATCTTAAGTGGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGCAGATCAAGCTAT---------AGA-------------AAGAACTAGTCTGCTAGAGTTA--CTTGTGAAGGG-GCTTAAAAGTACTAAT-G-GAG----TAGAGATAAAATGCTAACATACC-TTTTTC-----------------------------CG---TAAGGAGAGTAATGGCACTGGTAAAGGCGAAAGCATCCTCTTATATGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGGATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAA-AGGAGAGACTGATGAGTGTCATAGATTGGAT------------------------------------------T------------AAGTTTAATCTATAAATGAAAGTGCAAGCACTCCACCTTAAGAGTAATGTGGCAACACCGAAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAACACCTTACCA-CAACTTGAA-TATTTATAG-T-TA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTAAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGATCCATTAAATTGACGTAAACCCTCGTTTTACTT-----T------AA---------TGTAGAACGGTTCA-CCG-C---TATATTGGATA-TGATA-AGAGGGAAGAAGACAAGTCATCATGGCC-TGA--ATGTTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN TREES; TITLE Ramalinaceae_mtSSU_ITS_LSU_RPB1_RPB2; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Aciculopsora_salmonea, 2 Adelolecia_pilati, 3 Arthrosporum_populorum, 4 Austrolecia_antarctica, 5 Bacidia_absistens, 6 Bacidia_arceutina, 7 Bacidia_auerswaldii, 8 Bacidia_bagliettoana, 9 Bacidia_circumspecta, 10 Bacidia_incompta, 11 Bacidia_medialis, 12 Bacidia_rosella, 13 Bacidia_schweinitzii, 14 Bacidia_subincompta, 15 Bacidia_vermifera, 16 Bacidia_wellingtonii, 17 Bacidina_arnoldiana, 18 Bacidina_inundata, 19 Bacidina_phacodes, 20 Bacidina_varia, 21 Bacidiopsora_squamulosula, 22 Badimia_dimidiata, 23 Biatora_beckhausii_I, 24 Biatora_beckhausii_II, 25 Biatora_flavopunctata, 26 Biatora_globulosa, 27 Biatora_hertelii, 28 'Biatora ligni-mollis', 29 Biatora_ocelliformis_I, 30 Biatora_ocelliformis_II, 31 Biatora_pallens, 32 Biatora_rufidula, 33 Biatora_vacciniicola, 34 Biatora_vernalis, 35 Biatora_veteranorum_I, 36 Biatora_veteranorum_II, 37 Bilimbia_lobulata, 38 Bilimbia_sabuletorum, 39 Boreoplaca_ultrafrigida, 40 Catillaria_contristans_I, 41 Catillaria_contristans_II, 42 Catillaria_erysiboides_I, 43 Catillaria_erysiboides_II, 44 Catillaria_scotinodes_I, 45 Catillaria_scotinodes_II, 46 Catinaria_atropurpurea, 47 Catolechia_wahlenbergii, 48 Cenozosia_inanis, 49 Cliostomum_corrugatum, 50 Crocynia_gossypina_I, 51 Crocynia_gossypina_II, 52 Crocynia_pyxinoides, 53 Eschatogonia_prolifera_I, 54 Eschatogonia_prolifera_II, 55 Frutidella_caesioatra, 56 Glyphopeltis_ligustica, 57 Herteliana_taylorii, 58 Japewia_tornoensis_I, 59 Japewia_tornoensis_II, 60 Krogia_coralloides, 61 Lecania_aipospila, 62 Lecania_cyrtella_I, 63 Lecania_cyrtella_II, 64 Lecania_erysibe, 65 Lecania_fuscella, 66 Lecania_nylanderiana, 67 Lecania_spadicea, 68 Lecanora_poliophaea, 69 Lecidea_albohyalina, 70 Lecidea_thaleriza_I, 71 Lecidea_thaleriza_II, 72 Lopezaria_versicolor, 73 Lueckingia_polyspora, 74 Megalaria_grossa_I, 75 Megalaria_grossa_II, 76 Megalaria_laureri, 77 Mycobilimbia_epixanthoides, 78 Mycobilimbia_pilularis, 79 Mycobilimbia_tetramera_I, 80 Mycobilimbia_tetramera_II, 81 Niebla_combeoides_I, 82 Niebla_homalea, 83 Phyllopsora_atrocarpa, 84 Phyllopsora_borbonica, 85 Phyllopsora_brakoae, 86 Phyllopsora_breviuscula_I, 87 Phyllopsora_breviuscula_II, 88 Phyllopsora_chlorophaea, 89 Phyllopsora_labriformis, 90 Phyllopsora_lacerata, 91 Phyllopsora_leucophyllina, 92 Phyllopsora_lividocarpa, 93 Phyllopsora_longiuscula, 94 Phyllopsora_mauritiana, 95 Phyllopsora_nigrocincta, 96 Phyllopsora_parvifoliella, 97 Phyllopsora_porphyromelaena, 98 Phyllopsora_sorediata, 99 'Phyllopsora_sp._I', 100 'Phyllopsora_sp._II', 101 Physcia_aipolia, 102 Physcidia_cylindrophora_II, 103 'Physcidia_sp.', 104 Physcidia_striata, 105 Porpidinia_tumidula_I, 106 Porpidinia_tumidula_II, 107 Protoblastenia_rupestris, 108 Psora_decipiens, 109 Psorinia_conglomerata, 110 Psoroma_karstenii_II, 111 Ramalina_dilacerata, 112 Ramalina_fastigiata, 113 Ramalina_fraxinea, 114 Ramalina_inflata, 115 Ramalina_lacera, 116 Ramalina_pollinaria, 117 Ramalina_siliquosa, 118 Ramalina_sinensis, 119 Ramalinopsis_mannii, 120 Rolfidium_coccocarpioides, 121 Ropalospora_lugubris, 122 Schadonia_fecunda, 123 Speerschneidera_euploca, 124 Sporacestra_pertexta, 125 Squamarina_gypsacea, 126 Stirtoniella_kelica, 127 Tasmidella_variabilis, 128 Teloschistes_flavicans, 129 Tephromela_atra, 130 Thamnolecania_brialmontii, 131 Toninia_aromatica, 132 Toninia_athallina, 133 Toninia_auriculata, 134 Toninia_bullata_I, 135 Toninia_bullata_II, 136 Toninia_bumamma, 137 Toninia_candida_I, 138 Toninia_candida_II, 139 Toninia_cinereovirens, 140 Toninia_coelestina, 141 Toninia_nigropallida_II, 142 Toninia_physaroides_I, 143 Toninia_physaroides_II, 144 Toninia_ruginosa, 145 Toninia_sculpturata_I, 146 Toninia_sculpturata_II, 147 Toninia_squalida, 148 Toninia_thiopsora, 149 Toninia_toniniana_I, 150 Toninia_toniniana_II, 151 Toninia_tristis, 152 Toniniopsis_obscura, 153 Trichoramalina_crinita, 154 Trichoramalina_melanothrix, 155 Tylothallia_biformigera, 156 Waynea_californica; TREE PAUP_1 = [&R] ((46:0.116252,123:0.149762):0.2073205,((148:0.31061,(95:0.303917,(92:0.023539,(62:0.19262,83:0.005782):0.006887):0.114665):0.106542):0.147733,((47:0.360008,(39:0.19852,121:0.189745):0.111551):0.056097,((101:0.454421,128:0.243028):0.071788,(((129:0.195088,(57:0.06587,125:0.221905):0.060302):0.013092,((4:0.094727,68:0.185455):0.011816,((55:0.101993,(2:0.080443,109:0.063865):0.008423):0.01569,(127:0.219771,(58:0.003588,59:0.01806):0.075545):0.00983):0.001749):0.042608):0.032907,(56:0.199806,((107:0.10478,108:0.15529):0.056784,((40:0.29399,((13:0.236786,48:0.11603):0.057794,((7:0.0,122:0.312003):0.263958,(110:0.230136,(105:0.005789,106:0.005855):0.139369):0.155751):0.031737):0.002146):0.003203,((155:0.243679,(((27:0.12478,130:0.18123):0.009687,(((29:4.65E-4,30:0.002305):0.11433,(42:0.20899,69:0.110889):0.009654):7.84E-4,(34:0.093878,((32:0.085064,(80:0.035149,(78:0.057575,(77:0.002762,79:0.010202):0.036503):0.003194):0.12912):1.18E-4,((25:0.070455,33:0.08887):0.02077,((35:0.0,36:0.0):0.077575,((23:0.0066,24:0.009919):0.064437,(26:0.063001,28:0.039682):0.002511):0.025061):0.019688):0.014669):0.005582):0.016235):0.016796):0.016712,((31:0.102534,((74:0.0,75:0.002931):0.1661,(76:0.178147,126:0.147639):8.77194E-8):0.08999):1.11637E-7,(((37:0.017184,38:0.023046):0.131916,((65:0.06048,(61:0.097067,67:0.09142):0.00864):0.033762,(66:0.076054,(63:0.065803,64:0.05755):0.122679):0.022565):0.027823):0.03432,(45:0.117409,((44:0.128251,153:0.0):0.018767,(114:0.069024,(82:0.116464,(154:0.084996,((49:0.047071,118:0.05472):0.00299,(111:0.020682,((112:0.018604,116:0.023005):0.00953,(113:0.045532,(117:0.029134,(115:0.034455,119:0.042142):0.00406):5.3E-4):0.0):0.0):0.021678):0.006466):7.33E-4):3.51009E-5):0.037524):0.192122):0.00373):0.051098):0.006017):0.017197):0.016004,((22:0.312659,72:0.312924):4.06385E-7,(((136:0.0885,(120:0.111568,141:0.115051):0.037553):0.163724,((52:0.008984,(50:0.001176,51:9.45E-4):0.008666):0.159505,(((99:0.095144,100:0.117717):0.017619,(88:0.080516,(96:0.073358,97:0.07305):0.009799):0.032217):0.03087,((70:0.004358,71:0.008157):0.140622,(93:0.107248,(94:0.066596,(86:0.040452,87:0.02531):0.026416):0.053133):0.025856):0.009623):0.013063):0.060966):0.017126,(((103:0.134078,(84:0.019337,124:0.018593):0.13539):0.078899,(12:0.148349,((98:0.107639,102:0.107681):0.054141,(6:0.178489,(21:0.072061,(5:0.098284,16:0.192732):0.00838):0.057753):0.048899):2.46491E-8):0.072935):0.069523,(10:0.138755,(((9:2.26814E-8,81:0.015729):0.216327,(41:0.385043,((43:0.330245,146:0.0):0.146394,(89:0.102568,151:0.0):0.123344):0.0):0.003069):0.002187,((8:0.190888,73:0.399346):1.69832E-6,((((1:0.150969,156:0.108998):0.038749,(20:0.175696,104:0.123979):0.03635):0.022577,(((3:0.167548,(139:0.062189,147:0.084435):0.025672):0.045477,(85:0.126332,(17:0.059302,18:0.062635):0.277711):1.06886E-6):0.018564,(60:0.171752,((11:0.127468,(19:0.098287,90:0.071702):0.010099):0.045373,(91:0.149667,(53:0.002177,54:7.62E-4):0.16722):0.022934):0.002455):0.013693):0.008266):0.003618,((140:0.094784,(131:0.123841,(14:0.058129,152:0.065869):0.007932):0.032474):0.018647,((15:0.071716,((133:0.048323,144:0.029229):0.0,(134:0.001092,135:0.001704):0.044022):0.081808):0.034563,((132:0.099708,145:0.066564):0.048749,((149:0.002063,150:0.002395):0.042017,((137:3.98E-4,138:0.0):0.028596,(142:4.91E-4,143:0.0):0.070536):0.020627):0.099155):0.009553):0.044346):0.020948):0.011589):0.009909):0.085005):0.029491):0.029764):0.003353):0.003292):0.02162):0.030945):0.0245):0.042181):0.019866):0.008802):0.007867):0.2073205); END; BEGIN TREES; TITLE Ramalinaceae_mtSSU_ITS; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aciculopsora_salmonea, 2 Adelolecia_pilati, 3 Arthrosporum_populorum, 4 Austrolecia_antarctica, 5 Bacidia_absistens, 6 Bacidia_arceutina, 7 Bacidia_bagliettoana, 8 Bacidia_circumspecta, 9 Bacidia_incompta, 10 Bacidia_lutescens, 11 Bacidia_medialis, 12 Bacidia_rosella, 13 Bacidia_schweinitzii, 14 Bacidia_subincompta, 15 Bacidia_vermifera, 16 Bacidia_wellingtonii, 17 Bacidina_arnoldiana, 18 Bacidina_inundata, 19 Bacidina_phacodes, 20 Bacidiopsora_squamulosula, 21 Badimia_dimidiata, 22 Biatora_beckhausii_I, 23 Biatora_beckhausii_II, 24 Biatora_flavopunctata, 25 Biatora_globulosa, 26 Biatora_hertelii, 27 'Biatora ligni-mollis', 28 Biatora_ocelliformis_I, 29 Biatora_ocelliformis_II, 30 Biatora_pallens, 31 Biatora_rufidula, 32 Biatora_vacciniicola, 33 Biatora_vernalis, 34 Biatora_veteranorum_I, 35 Biatora_veteranorum_II, 36 Bilimbia_lobulata, 37 Bilimbia_sabuletorum, 38 Boreoplaca_ultrafrigida, 39 Catillaria_contristans_I, 40 Catillaria_contristans_II, 41 Catillaria_erysiboides, 42 Catillaria_erysiboides_I, 43 Catillaria_scotinodes_I, 44 Catillaria_scotinodes_II, 45 Catinaria_atropurpurea, 46 Catolechia_wahlenbergii, 47 Cenozosia_inanis, 48 Cliostomum_corrugatum, 49 Crocynia_gossypina_I, 50 Crocynia_gossypina_II, 51 Crocynia_pyxinoides, 52 Crustospathula_cartilaginea, 53 Eschatogonia_prolifera_I, 54 Eschatogonia_prolifera_II, 55 Frutidella_caesioatra, 56 Glyphopeltis_ligustica, 57 Herteliana_taylorii, 58 Ivanpisutia_oxneri, 59 Japewia_tornoensis_I, 60 Japewia_tornoensis_II, 61 Japewiella_tavaresiana_I, 62 Japewiella_tavaresiana_II, 63 Krogia_coralloides, 64 Lecania_aipospila, 65 Lecania_cyrtella_I, 66 Lecania_cyrtella_II, 67 Lecania_erysibe, 68 Lecania_fuscella, 69 Lecania_nylanderiana, 70 Lecania_spadicea, 71 Lecanora_poliophaea, 72 Lecidea_albohyalina, 73 Lecidea_thaleriza_I, 74 Lecidea_thaleriza_II, 75 Lopezaria_versicolor, 76 Lueckingia_polyspora, 77 Malcolmiella_cinereovirens, 78 Megalaria_grossa_I, 79 Megalaria_grossa_II, 80 Megalaria_laureri, 81 Mycobilimbia_epixanthoides, 82 Mycobilimbia_pilularis, 83 Mycobilimbia_tetramera_I, 84 Mycobilimbia_tetramera_II, 85 Myrionora_albidula, 86 Niebla_combeoides_I, 87 Niebla_combeoides_II, 88 Niebla_homalea, 89 Phyllopsora_atrocarpa, 90 Phyllopsora_borbonica, 91 Phyllopsora_brakoae, 92 Phyllopsora_breviuscula_I, 93 Phyllopsora_breviuscula_II, 94 Phyllopsora_chlorophaea, 95 Phyllopsora_labriformis, 96 Phyllopsora_lacerata, 97 Phyllopsora_leucophyllina, 98 Phyllopsora_lividocarpa, 99 Phyllopsora_longiuscula, 100 Phyllopsora_mauritiana, 101 Phyllopsora_nigrocincta, 102 Phyllopsora_parvifoliella, 103 Phyllopsora_porphyromelaena, 104 Phyllopsora_sorediata, 105 'Phyllopsora_sp._I', 106 'Phyllopsora_sp._II', 107 Physcia_aipolia, 108 Physcidia_cylindrophora_I, 109 Physcidia_cylindrophora_II, 110 'Physcidia_sp.', 111 Physcidia_striata, 112 Physcidia_wrightii_I, 113 Physcidia_wrightii_II, 114 Porpidinia_tumidula_I, 115 Porpidinia_tumidula_II, 116 Protoblastenia_rupestris, 117 Psora_decipiens, 118 Psorinia_conglomerata, 119 Psoroma_karstenii_I, 120 Psoroma_karstenii_II, 121 Ramalina_dilacerata, 122 Ramalina_fastigiata, 123 Ramalina_fraxinea, 124 Ramalina_inflata, 125 Ramalina_lacera, 126 Ramalina_pollinaria, 127 Ramalina_siliquosa, 128 Ramalina_sinensis, 129 Ramalinopsis_mannii, 130 Rolfidium_coccocarpioides, 131 Ropalospora_lugubris, 132 Scutula_miliaris, 133 Scutula_tuberculosa, 134 Solenopsora_olivacea, 135 Speerschneidera_euploca, 136 Sporacestra_pertexta, 137 Squamarina_gypsacea, 138 Stirtoniella_kelica, 139 Tasmidella_variabilis, 140 Teloschistes_flavicans, 141 Tephromela_atra, 142 Thamnolecania_brialmontii, 143 Toninia_aromatica, 144 Toninia_athallina, 145 Toninia_auriculata, 146 Toninia_bullata_I, 147 Toninia_bullata_II, 148 Toninia_bumamma, 149 Toninia_candida_I, 150 Toninia_candida_II, 151 Toninia_cinereovirens, 152 Toninia_coelestina, 153 Toninia_nigropallida_I, 154 Toninia_nigropallida_II, 155 Toninia_philippea, 156 Toninia_physaroides_I, 157 Toninia_physaroides_II, 158 Toninia_ruginosa, 159 Toninia_sculpturata_I, 160 Toninia_sculpturata_II, 161 Toninia_squalescens_I, 162 Toninia_squalida, 163 Toninia_thiopsora, 164 Toninia_toniniana_I, 165 Toninia_toniniana_II, 166 Toninia_tristis, 167 Toniniopsis_obscura, 168 Trichoramalina_crinita, 169 Trichoramalina_melanothrix, 170 Tylothallia_biformigera, 171 Waynea_californica; TREE PAUP_1 = [&R] ((140:0.453522,((46:0.529962,(38:0.217532,131:0.249198):0.141442):0.090906,((45:0.452373,107:0.448946):0.078704,(163:0.337937,(98:0.201418,101:0.275069):0.21886):0.189466):0.050392):3.90144E-7):0.0223245,(42:0.338741,(((141:0.199665,(59:0.004827,60:0.035781):0.100763):0.006659,(71:0.189888,(4:0.121678,(55:0.131547,(2:0.111422,118:0.081727):0.012232):0.017202):0.005206):0.012629):0.036558,(56:0.201663,((116:0.16111,(117:0.287274,139:0.350642):0.041487):5.91133E-7,((((80:0.152406,(78:0.00135,79:0.004336):0.155298):0.096243,(170:0.195807,(138:0.163239,(47:0.032299,((88:0.193505,(48:0.073093,128:0.110749):8.32713E-8):0.008488,((122:0.003276,169:0.144229):0.004958,(127:0.021507,(124:0.096765,(123:0.05597,(121:0.023037,126:0.011541):0.013252):0.0):2.29742E-8):0.010459):0.005307):0.03831):0.057595):0.016762):0.016252):0.027083,(((73:8.58E-4,74:0.002763):0.209039,(99:0.185359,(((51:0.010004,(49:0.0,50:0.0):0.021095):0.192688,(93:0.054424,(92:0.114612,100:0.160321):0.039981):0.102385):0.03024,((105:0.228814,(85:0.102962,106:0.2122):0.020818):0.021661,(103:0.131972,(94:0.141662,102:0.151889):0.036076):0.040923):0.020958):0.017287):0.002721):0.045938,((26:0.161012,((30:0.111303,32:0.12362):0.00763,((24:0.066127,33:0.08197):0.036686,((22:0.0,23:0.00888):0.104595,((34:0.0,35:0.0):0.105082,(31:0.087033,(25:0.088999,27:0.041021):0.015155):0.003694):3.20966E-8):0.017306):0.021212):0.017834):0.003204,(142:0.131521,(((81:0.0,83:0.00697):0.064189,(82:0.094675,84:0.037127):0.016352):0.05309,((36:0.03939,37:0.042056):0.088788,(72:0.080267,((64:0.095208,(68:0.069222,69:0.08148):0.009456):0.025426,((43:0.054509,44:0.024092):0.051769,(67:0.035265,(65:0.0,66:0.0):0.030302):0.084615):0.009553):0.022483):2.73E-4):0.018581):0.016089):0.048478):4.33127E-8):0.028639):0.024661,(21:0.398913,(((76:0.392578,((110:0.266832,(90:0.013651,136:0.030463):0.200313):0.104665,(16:0.173271,(104:0.214786,(12:0.07229,(6:0.100754,(5:0.066305,20:0.057793):0.032969):0.03693):0.020147):0.028617):0.0968):0.071895):0.02037,(9:0.187336,((53:0.002364,54:0.001462):0.30077,(((63:0.17081,97:0.202941):0.063177,((17:0.045181,18:0.040878):0.150791,((3:0.169992,(151:0.065212,162:0.105553):0.01608):0.054481,(91:0.175991,(19:0.11299,96:0.127606):0.058022):6.30479E-7):0.016858):0.005097):0.006278,((159:0.036266,(113:0.175117,160:0.0):0.020195):0.059764,(((149:0.0,150:0.0):0.06975,(156:0.002283,157:0.0):0.130544):0.098329,((152:0.076779,(14:0.0534,(143:0.096988,167:0.043671):0.021383):0.021278):0.018323,(15:0.042623,(145:0.103667,(158:0.039479,(146:0.001183,147:0.002858):0.080497):0.01258):0.043716):0.039522):0.008845):8.84E-4):0.03563):0.029943):0.053275):0.031606):0.03258,((148:0.112786,(130:0.159746,(153:2.39E-4,154:0.00272):0.084136):0.079997):0.286591,(57:0.256325,((75:0.290749,(108:0.0,109:0.0):0.343903):0.018591,(((77:0.344869,(164:0.0,165:0.012322):3.11805E-8):0.232993,((1:0.159746,168:0.015143):0.029243,(39:0.245761,87:0.0):0.401177):0.067647):0.048455,(((40:0.035413,(161:0.073195,(114:0.016615,115:0.009949):0.0):1.14036E-5):0.240106,((13:0.0,41:0.197872):0.351323,(((119:0.0,155:0.190222):1.90927E-6,(120:0.0,144:0.123661):5.76729E-7):0.167684,((134:0.0,135:0.368615):0.45525,((52:0.0,61:0.12645):0.129196,(89:0.0,137:0.208322):0.250221):0.113605):0.002346):0.075489):4.84779E-7):0.044674,((((11:0.006636,166:0.027164):0.177205,(62:0.232147,95:0.0):0.119754):0.039308,((58:0.0,112:0.066417):0.06808,(111:0.072346,(28:0.002078,29:0.0):0.0):0.057082):0.064655):0.008739,(((7:0.086452,125:0.0):0.051301,(86:0.0,171:0.085149):0.091365):0.036008,((8:1.2578E-5,129:0.068588):0.039007,((10:0.209508,133:0.0):2.06715E-6,(70:0.263147,132:7.8539E-7):0.012768):0.061611):0.061383):0.022885):0.133834):0.002984):0.002601):9.80497E-8):0.005498):0.001982):0.017251):0.008538):0.041442):0.034878):0.020261):7.37E-4):0.0223245); END;