#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 12:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Skof S., Alvarez I., Pachschwöll C., & Schneeweiss G.M. 2018. Phylogeny and biogeography of the narrowly endemic Doronicum cataractarum (Asteraceae) from the eastern European Alps: Pleistocene origin from Alpine ancestors rather than Tertiary relic with southwest Asian affinity. Plant Systematics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S23249] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Abrotanella_fertilis Abrotanella_linearis Doronicum_altaicum_Acc_1 Doronicum_altaicum_Acc_2 Doronicum_austriacum_Acc_1 Doronicum_austriacum_Acc_3 Doronicum_briquetti_Acc_1 Doronicum_cacaliifolium_Acc_1 Doronicum_carpaticum_Acc_1 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_5 Doronicum_cataractarum_Acc_1 Doronicum_cataractarum_Acc_2 Doronicum_clusii_Acc_1 Doronicum_columnae_Acc_1 Doronicum_columnae_Acc_2 Doronicum_corsicum_Acc_2 Doronicum_dolichotrichum_Acc_1 Doronicum_dolichotrichum_Acc_2 Doronicum_falconeri_Acc_1 Doronicum_falconeri_Acc_2 Doronicum_gansuense_Acc_1 Doronicum_glaciale_calcareum Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1 Doronicum_grandiflorum_Acc_1 Doronicum_grandiflorum_Acc_2 Doronicum_hungaricum_Acc_2 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_1 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_3 Doronicum_orientale_Acc_1 Doronicum_orientale_Acc_2 Doronicum_orientale_Acc_3 Doronicum_pardalianches_Acc_1 Doronicum_pardalianches_Acc_2 Doronicum_plantagineum_plantgineum_Acc_1 Doronicum_reticulatum_Acc_2 Doronicum_stiriacum_Acc_3 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M48087] TITLE Doronicum_nuclear_A39_locus; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=554; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Abrotanella_inconspicua 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Doronicum_altaicum_Acc_2 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Doronicum_stiriacum_Acc_1 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Doronicum_oblongifolium_Acc_1 ????????????????????TCAGTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGGTCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATCTCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACGATAAATAATTAGGG-AGTTAAATGGTCTTTTTGGGGATAGAGGGACTTGAACCCTCACGATTTTTGAAATCGACGGATTTTCCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGCCGGTATTGACATGTAGAACGGGACTCTATCTTTATTCTCGTCCGATTAAGCAGTTCTTCAAAAGATCTATCAGATTATGGAGTGAATGGTTTGATCAATGAATATTCGATTCTTTCTTCAATATGGAATCGATTCACACCAATTCTTCTGTATTATGTATACAGGTTTATCCTTCATCTTTTCTGAAGTTTCGATAGAAGGATTCCTCTACCAATGTAAGACAATCAACTCCATTCGTTAGAACAGCTTCCATCGAGTCTCTGCACCTATCC---TTTTTTTTTCGCTTTCTGAACCTTTGTTTGTTTTCGGAAAACGTGATTTGGCTCAGGATTGCCCATTTTTATTAATTCCAGGGTTTCTCTGAATTTGAAAGTTATCACTTAGTAAGTT Doronicum_oblongifolium_Acc_2 AACTGGTGACACGAGGATTTTCAGTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGGTCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATCTCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Doronicum_stenoglossum AACTGGTGACACGAGGATTTTCAGTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGGTCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATATCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Doronicum_stiriacum_Acc_1 ????????????GAGGATTTTCAGTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGATCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATCTCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACGATAAATAATTAGGG-AGTTAAATGGTCTTTTTGGGGATAGAGGGACTTGAACCCTCACGATTTTTGAAATCGACGGATTTTCCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGCCGGTATTGACATGTAGAACGGGACTCTATCTTTATTCTCGTCCGATTAATCAGTTCTTCAAAAGATCTATCAGATTATGGAGTGAATGGTTTGATCAATGAATATTCGATTCTTTCTTCAATATGGAATCGATTCACACCAATTCTTCTGTATTATGTATACAGGTTTATCCTTCATCTTTTCTGAAGTTTCGATAGAAGGATTCCTCTACCAATGTAAGACAATCAACTCCATTCGTTAGAACAGCTTCCATCGAGTCTCTGCACCTATCC----TTTTTTTTCGCTTTCTGAACCTTTGTTTGTTTTCGGAAAACGTGATTTGGCTCAGGATTGCCCATTTTTATTAATTCCAGGGTTTCTCTGAATTTGAAAGTTATCACTTAGTAAGTT Doronicum_stiriacum_Acc_2 ????????????????????????????????????ACGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGATCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATCTCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACGATAAATAATTAGGG-AGTTAAATGGTCTTTTTGGGGATAGAGGGACTTGAACCCTCACGATTTTTGAAATCGACGGATTTTCCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGCCGGTATTGACATGTAGAACGGGACTCTATCTTTATTCTCGTCCGATTAATCAGTTCTTCAAAAGATCTATCAGATTATGGAGTGAATGGTTTGATCAATGAATATTCGATTCTTTCTTCAATATGGAATCGATTCACACCAATTCTTCTGTATTATGTATACAGGTTTATCCTTCATCTTTTCTGAAGTTTCGATAGAAGGATTCCTCTACCAATGTAAGACAATCAACTCCATTCGTTAGAACAGCTTCCATCGAGTCTCTGCACCTATCC---TTTTTTTTTCGCTTTCTGAACCTTTGTTTGTTTTCGGAAAACGTGATTTGGCTCAGGATTGCCCATTTTTATTAATTCCAGGGTTTCTCTGAATTTGAAAGTTATCACTTAGTAAGTT Doronicum_stiriacum_Acc_3 ?????GTGACACGAGGATTTTCAGTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCCCGACTATTCCTGATGTCTCCTCCTCATTTTCA-TTTTACTAGAGAACGTGGGTCTATGTCAATTGAAGGGGTATTACAAAGCCTCATCCAGATCCTATAACTTGTTAAAAGAACAACTTTGTAAGTTTCAGTATG-AATAAAAATCTCGATCGTGAATCATTCAAATGGGGATTCCTTGCTCAAAGATGTTCATTTTTACATGTATCATATATATCACATGTGATAAGAGAACAGCATTTACGCTCAGATCCATTTGTATAAAGAGTAGTGAATGAGAA-A---------TTTTGAACCGC----------TAACGAAAAAAGGATAAATCA-AAAGGATACGATAAATAATTAGGG-AGTTAAATGGTCTTTTTGGGGATAGAGGGACTTGAACCCTCACGATTTTTGAAATCGACGGATTTTCCTCTTACTATAAATTTCATTGTTGCCGGTATTGACATGTAGAACGGGACTCTATCTTTATTCTCGTCCGATTAATCAGTTCTTCAAAAGATCTATCAGATTATGGAGTGAATGGTTTGATCAATGAATATTCGATTCTTTCTTCAATATGGAATCGATTCACACCAATTCTTCTGTATTATGTATACAGGTTTATCCTTCATCTTTTCTGAAGTTTCGATAGAAGGATTCCTCTACCAATGTAAGACAATCAACTCCATTCGTTAGAACAGCTTCCATCGAGTCTCTGCACCTATCCC--TTTTTTTTTCCCTTTCTGAACCTTTGTTTGTTTTCGGAAAACGTGATTTGGCTCAGGATTGCCCATTTTTATTAATTCCAGGGTTTCTCTGAATTTGAAAGTTATCACTTAGTAAGTT ; END; BEGIN TREES; TITLE 'Doronicum plastid trnL-trnF'; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Abrotanella_caespitosa, 2 Abrotanella_inconspicua, 3 Abrotanella_linearis, 4 Abrotanella_fertilis, 5 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1, 6 Doronicum_pardalianches_Acc_1, 7 Doronicum_cataractarum_Acc_1, 8 Doronicum_cataractarum_Acc_2, 9 Doronicum_orientale_Acc_1, 10 Doronicum_columnae_Acc_1, 11 Doronicum_corsicum_Acc_1, 12 Doronicum_altaicum_Acc_1, 13 Doronicum_altaicum_Acc_2, 14 Doronicum_pardalianches_Acc_2, 15 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2, 16 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3, 17 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1, 18 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2, 19 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1, 20 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_2, 21 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_3, 22 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1, 23 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_2, 24 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3, 25 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_4, 26 Doronicum_falconeri_Acc_1, 27 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_1, 28 Doronicum_reticulatum_Acc_1, 29 Doronicum_reticulatum_Acc_2, 30 Doronicum_hungaricum_Acc_1, 31 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_2, 32 Doronicum_oblongifolium_Acc_1, 33 Doronicum_kamaonense_Acc_1, 34 Doronicum_falconeri_Acc_2, 35 Doronicum_falconeri_Acc_3, 36 Doronicum_dolichotrichum_Acc_1, 37 Doronicum_cacaliifolium_Acc_1, 38 Doronicum_austriacum_Acc_1, 39 Doronicum_carpaticum_Acc_1, 40 Doronicum_columnae_Acc_2, 41 Doronicum_orientale_Acc_2, 42 Doronicum_grandiflorum_Acc_1, 43 Doronicum_orientale_Acc_3, 44 Doronicum_hungaricum_Acc_2, 45 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1, 46 Doronicum_glaciale_calcarum, 47 Doronicum_stiriacum_Acc_2, 48 Doronicum_grandiflorum_Acc_2, 49 Doronicum_stiriacum_Acc_1, 50 Doronicum_clusii_Acc_1, 51 Doronicum_stiriacum_Acc_3, 52 Doronicum_austriacum_Acc_3, 53 Doronicum_orientale_Acc_4, 54 Doronicum_oblongifolium_Acc_2, 55 Doronicum_maximum_Acc_2, 56 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_5, 57 Doronicum_hungaricum_Acc_3, 58 Doronicum_haussknechtii, 59 Doronicum_grandiflorum_Acc_7, 60 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_2, 61 Doronicum_dolichotrichum_Acc_3, 62 Doronicum_columnae_Acc_3, 63 Doronicum_clusii_Acc_2, 64 Doronicum_cacaliifolium_Acc_2, 65 Doronicum_briquetii_Acc_2, 66 Doronicum_austriacum_Acc_2, 67 Doronicum_plantagineum_atlanticum, 68 Doronicum_falconeri_Acc_4, 69 Doronicum_falconeri_Acc_5, 70 Doronicum_gansuense_Acc_2, 71 Doronicum_stenoglossum, 72 Doronicum_macrophyllum_sparsipilosum, 73 Doronicum_kamaonense_Acc_2, 74 Doronicum_reticulatum_Acc_3, 75 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_2; TREE 'maximum parsimony, strict consensus' = [&R] ((3,4,(1,2)),(11,(5,6,7,8,9,10,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,28,31,32,33,34,35,36,38,39,40,41,42,43,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56,58,59,60,61,62,63,65,66,67,68,69,70,71,72,73,(29,74),(37,64),(27,30,44,57,75)))); TREE maximum_likelihood = [&R] (((1,2),(3,4)),(11,(31,((72,(58,71)),((37,64),((29,74),(43,(6,(13,(34,(26,((70,(73,(68,(67,(66,(65,(56,(55,(54,(53,(69,(32,36)))))))))))),(35,(38,(52,(39,(12,(14,(41,(33,(10,(9,(((57,75),(27,(30,44))),(((18,61),(5,(25,(28,(23,(16,(22,(15,24)))))))),((20,(40,(17,47))),(42,(8,(7,(21,(48,(45,(46,(49,(19,(50,(60,(63,(59,(51,62))))))))))))))))))))))))))))))))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Doronicum_combined_data; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Abrotanella_caespitosa, 2 Abrotanella_inconspicua, 3 Abrotanella_linearis, 4 Abrotanella_fertilis, 5 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1, 6 Doronicum_pardalianches_Acc_1, 7 Doronicum_cataractarum_Acc_1, 8 Doronicum_cataractarum_Acc_2, 9 Doronicum_orientale_Acc_1, 10 Doronicum_columnae_Acc_1, 11 Doronicum_altaicum_Acc_1, 12 Doronicum_altaicum_Acc_2, 13 Doronicum_pardalianches_Acc_2, 14 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2, 15 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3, 16 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1, 17 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2, 18 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1, 19 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_2, 20 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_3, 21 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1, 22 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_2, 23 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3, 24 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_4, 25 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_5, 26 Doronicum_falconeri_Acc_1, 27 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_1, 28 Doronicum_reticulatum_Acc_1, 29 Doronicum_reticulatum_Acc_2, 30 Doronicum_macrophyllum__macrophyllum_Acc_2, 31 Doronicum_oblongifolium_Acc_1, 32 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_3, 33 Doronicum_kamaonense_Acc_1, 34 Doronicum_falconeri_Acc_2, 35 Doronicum_dolichotrichum_Acc_1, 36 Doronicum_dolichotrichum_Acc_2, 37 Doronicum_cacaliifolium_Acc_1, 38 Doronicum_austriacum_Acc_1, 39 Doronicum_carpaticum_Acc_1, 40 Doronicum_columnae_Acc_2, 41 Doronicum_orientale_Acc_2, 42 Doronicum_grandiflorum_Acc_1, 43 Doronicum_orientale_Acc_3, 44 Doronicum_hungaricum_Acc_2, 45 Doronicum_falconeri_Acc_3, 46 Doronicum_grandiflorum_Acc_2, 47 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1, 48 Doronicum_stiriacum_Acc_2, 49 Doronicum_glaciale_calcareum, 50 Doronicum_stiriacum_Acc_1, 51 Doronicum_austriacum_Acc_3, 52 Doronicum_clusii_Acc_1, 53 Doronicum_stiriacum_Acc_3, 54 Doronicum_plantagineum_atlanticum, 55 Doronicum_austriacum_Acc_2, 56 Doronicum_briquetii_Acc_2, 57 Doronicum_cacaliifolium_Acc_2, 58 Doronicum_clusii_Acc_2, 59 Doronicum_columnae_Acc_3, 60 Doronicum_corsicum_Acc_1, 61 Doronicum_dolichotrichum_Acc_3, 62 Doronicum_falconeri_Acc_4, 63 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_2, 64 Doronicum_haussknechtii, 65 Doronicum_hungaricum_Acc_3, 66 Doronicum_maximum_Acc_2, 67 Doronicum_oblongifolium_Acc_2, 68 Doronicum_orientale_Acc_4, 69 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_2, 70 Doronicum_reticulatum_Acc_3, 71 Doronicum_kamaonense_Acc_2, 72 Doronicum_macrophyllum_sparsipilosum, 73 Doronicum_stenoglossum, 74 Doronicum_gansuense_Acc_2, 75 Doronicum_falconeri_Acc_5; TREE maximum_likelihood = [&R] ((3:1.0,(4:1.0,(1:1.0,2:1.0):1.0):1.0):1.0,(60:1.0,((6:1.0,13:1.0):1.0,((68:1.0,(43:1.0,(9:1.0,41:1.0):1.0):1.0):1.0,(((39:1.0,(10:1.0,(40:1.0,59:1.0):1.0):1.0):1.0,(54:1.0,(65:1.0,(44:1.0,(27:1.0,69:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,((((37:1.0,57:1.0):1.0,(56:1.0,(64:1.0,70:1.0):1.0):1.0):1.0,((36:1.0,(32:1.0,((34:1.0,(30:1.0,66:1.0):1.0):1.0,((31:1.0,67:1.0):1.0,(35:1.0,72:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,((28:1.0,29:1.0):1.0,(12:1.0,((11:1.0,51:1.0):1.0,(74:1.0,(73:1.0,((33:1.0,71:1.0):1.0,(26:1.0,(45:1.0,(62:1.0,75:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,((38:1.0,55:1.0):1.0,(50:1.0,(((48:1.0,53:1.0):1.0,(47:1.0,(49:1.0,63:1.0):1.0):1.0):1.0,((7:1.0,8:1.0):1.0,((52:1.0,58:1.0):1.0,((42:1.0,46:1.0):1.0,(((16:1.0,19:1.0):1.0,(18:1.0,20:1.0):1.0):1.0,(17:1.0,((22:1.0,24:1.0):1.0,(5:1.0,(61:1.0,(23:1.0,(14:1.0,(15:1.0,(21:1.0,25:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0); TREE maximum_parsimony_strict_consensus = [&R] ((3,(4,(1,2))),(60,((6,13),((9,41,43,68),((51,(11,(74,(73,((33,71),(26,45,62,75)))))),(12,64,70,(28,29),(37,57),(38,55),((10,39,(40,59)),(54,(27,44,65,69))),(30,31,67,(32,34,35,36,66,72)),(56,(61,(((7,8),(52,58),(50,(48,53,(47,49,63)))),(16,18,19,20,(42,46),(5,17,(22,24),(23,(14,15,21,25))))))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Doronicum_nuclear_ITS; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Doronicum_cataractarum_Acc_1, 2 Doronicum_cataractarum_Acc_2, 3 Abrotanella_linearis, 4 Abrotanella_fertilis, 5 Abrotanella_caespitosa, 6 Abrotanella_inconspicua, 7 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1, 8 Doronicum_pardalianches_Acc_1, 9 Doronicum_orientale_Acc_1, 10 Doronicum_columnae_Acc_1, 11 Doronicum_corsicum_Acc_1, 12 Doronicum_altaicum_Acc_1, 13 Doronicum_altaicum_Acc_2, 14 Doronicum_pardalianches_Acc_2, 15 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2, 16 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3, 17 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1, 18 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2, 19 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1, 20 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_2, 21 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_3, 22 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1, 23 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_2, 24 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3, 25 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_4, 26 Doronicum_falconeri_Acc_1, 27 Doronicum_falconeri_Acc_3, 28 Doronicum_reticulatum_Acc_1, 29 Doronicum_reticulatum_Acc_2, 30 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_2, 31 Doronicum_oblongifolium_Acc_1, 32 Doronicum_kamaonense_Acc_1, 33 Doronicum_austriacum_Acc_1, 34 Doronicum_dolichotrichum_Acc_1, 35 Doronicum_carpaticum_Acc_1, 36 Doronicum_columnae_Acc_2, 37 Doronicum_orientale_Acc_2, 38 Doronicum_grandiflorum_Acc_1, 39 Doronicum_orientale_Acc_3, 40 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1, 41 Doronicum_clusii_clusii_Acc_1, 42 Doronicum_stiriacum_Acc_1, 43 Doronicum_grandiflorum_Acc_2, 44 Doronicum_stiriacum_Acc_2, 45 Doronicum_stiriacum_Acc_3, 46 Doronicum_glaciale_calcareum, 47 Doronicum_austriacum_Acc_3, 48 Doronicum_dolichotrichum_Acc_2, 49 Doronicum_cacaliifolium_Acc_1, 50 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_1, 51 Doronicum_maximum_Acc_1, 52 Doronicum_falconeri_Acc_2, 53 Doronicum_austriacum_Acc_4, 54 Doronicum_austriacum_Acc_2, 55 Doronicum_plantagineum_atlanticum, 56 Doronicum_briquetii_Acc_2, 57 Doronicum_cacaliifolium_Acc_2, 58 Doronicum_carpaticum_Acc_2, 59 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_4, 60 Doronicum_cataractarum_Acc_3, 61 Doronicum_clusii_Acc_2, 62 Doronicum_columnae_Acc_3, 63 Doronicum_dolichotrichum_Acc_3, 64 Doronicum_falconeri_Acc_5, 65 Doronicum_falconeri_Acc_4, 66 Doronicum_gansuense_Acc_2, 67 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_2, 68 Doronicum_grandiflorum_Acc_6, 69 Doronicum_grandiflorum_Acc_5, 70 Doronicum_grandiflorum_Acc_4, 71 Doronicum_grandiflorum_Acc_3, 72 Doronicum_haussknechtii, 73 Doronicum_hungaricum_Acc_4, 74 Doronicum_kamaonense_Acc_2, 75 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_5, 76 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_4, 77 Doronicum_macrophyllum_sparsipilosum, 78 Doronicum_maximum_Acc_2, 79 Doronicum_oblongifolium_Acc_2, 80 Doronicum_orientale_Acc_4, 81 Doronicum_pardalianches_Acc_3, 82 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_6, 83 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_5, 84 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_4, 85 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_3, 86 Doronicum_plantagineum_plantagineum_Acc_2, 87 Doronicum_reticulatum_Acc_3, 88 Doronicum_stenoglossum; TREE 'maximum parsimony, strict consensus' = [&R] ((3,(4,(5,6))),(11,(7,15,16,17,18,19,20,21,24,30,31,42,56,59,60,63,68,69,70,71,72,75,76,79,87,(28,29),(38,43),(49,57),(58,78),(8,14,81),(22,23,25),(1,2,(41,61)),((33,54),(47,53)),(34,48,51,77),(44,45,(40,46,67)),((12,13),(66,(88,((32,74),(26,27,52,64,65))))),((9,37,39,80),(10,35,36,62),(55,73,(50,82,83,84,85,86)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Doronicum_nuclear_A39; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Abrotanella_fertilis, 2 Abrotanella_linearis, 3 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1, 4 Doronicum_cataractarum_Acc_1, 5 Doronicum_cataractarum_Acc_2, 6 Doronicum_orientale_Acc_1, 7 Doronicum_orientale_Acc_2, 8 Doronicum_columnae_Acc_1, 9 Doronicum_altaicum_Acc_2, 10 Doronicum_altaicum_Acc_1, 11 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3, 12 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1, 13 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2, 14 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1, 15 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_2, 16 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1, 17 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_2, 18 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_5, 19 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2, 20 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3, 21 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_4, 22 Doronicum_falconeri_Acc_1, 23 Doronicum_oblongifolium_Acc_1, 24 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1, 25 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_2, 26 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_3, 27 Doronicum_columnae_Acc_2, 28 Doronicum_hungaricum_Acc_2, 29 Doronicum_stiriacum_Acc_1, 30 Doronicum_clusii_Acc_1, 31 Doronicum_stiriacum_Acc_3, 32 Doronicum_stiriacum_Acc_2, 33 Doronicum_grandiflorum_Acc_1, 34 Doronicum_grandiflorum_Acc_2, 35 Doronicum_austriacum_Acc_3, 36 Doronicum_carpaticum_Acc_1, 37 Doronicum_pardalianches_Acc_1, 38 Doronicum_pardalianches_Acc_2, 39 Doronicum_corsicum_Acc_1; TREE 'maximum parsimony, strict consensus' = [&R] ((1,2),(39,(((6,7),(37,38)),(4,5,12,13,14,15,17,21,22,24,29,30,31,32,33,34,(9,10),(26,(23,25)),(8,27,28,36),(3,20,35,(11,18,(16,19))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Doronicum_locus_A25; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_1, 2 Doronicum_pardalianches_Acc_1, 3 Doronicum_pardalianches_Acc_2, 4 Doronicum_cataractarum_Acc_1, 5 Doronicum_cataractarum_Acc_2, 6 Doronicum_orientale_Acc_1, 7 Doronicum_altaicum_Acc_1, 8 Doronicum_altaicum_Acc_2, 9 Doronicum_columnae_Acc_1, 10 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_2, 11 Doronicum_carpetanum_carpetanum_Acc_3, 12 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_1, 13 Doronicum_carpetanum_diazii_Acc_2, 14 Doronicum_carpetanum_kuepferi_Acc_1, 15 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_1, 16 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_3, 17 Doronicum_carpetanum_pubescens_Acc_5, 18 Doronicum_falconeri_Acc_1, 19 Doronicum_plantagineum_plantgineum_Acc_1, 20 Doronicum_reticulatum_Acc_2, 21 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_1, 22 Doronicum_macrophyllum_macrophyllum_Acc_3, 23 Doronicum_gansuense_Acc_1, 24 Doronicum_falconeri_Acc_2, 25 Doronicum_dolichotrichum_Acc_1, 26 Doronicum_dolichotrichum_Acc_2, 27 Doronicum_cacaliifolium_Acc_1, 28 Doronicum_briquetti_Acc_1, 29 Doronicum_austriacum_Acc_1, 30 Doronicum_carpaticum_Acc_1, 31 Doronicum_columnae_Acc_2, 32 Doronicum_orientale_Acc_2, 33 Doronicum_grandiflorum_Acc_1, 34 Doronicum_orientale_Acc_3, 35 Doronicum_hungaricum_Acc_2, 36 Doronicum_glaciale_glaciale_Acc_1, 37 Doronicum_stiriacum_Acc_3, 38 Doronicum_glaciale_calcareum, 39 Doronicum_clusii_Acc_1, 40 Doronicum_grandiflorum_Acc_2, 41 Doronicum_austriacum_Acc_3, 42 Doronicum_corsicum_Acc_2, 43 Abrotanella_linearis, 44 Abrotanella_fertilis; TREE maximum_likelihood = [&R] ((43,44),(42,((41,(7,18)),(((2,3),((21,22),(23,((24,34),(32,(6,25)))))),((30,(9,(20,31))),((19,35),((37,((27,38),((29,36),(26,(4,5))))),(39,(14,((28,(15,17)),(11,((13,(8,40)),(33,(1,(12,(10,16)))))))))))))))); TREE 'maximum parsimony, strict consensus' = [&R] ((43,44),(42,((7,18,41),((2,3),(6,21,22,23,24,25,32,34),((19,35),(9,30,(20,31)),(26,29,36,37,(4,5),(27,38)),(39,(1,8,11,12,13,14,28,33,40,(10,16),(15,17)))))))); END;