#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 4:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Beck R., Bininda-emonds O., Ferguson S., Higdon J., Beck R. 2007. Phylogeny and divergence of the pinnipeds (Carnivora: Mammalia) assessed using a multigene dataset. BMC Evolutionary Biology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2376] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Arctocephalus_australis Arctocephalus_forsteri Arctocephalus_galapagoensis Arctocephalus_gazella Arctocephalus_philippii Arctocephalus_pusillus Arctocephalus_townsendi Arctocephalus_tropicalis Callorhinus_ursinus Canidae Canidae_Ursidae_Pinniped_MRP_outgroup Cystophora_cristata Erignathus_barbatus Eumetopias_jubatus Halichoerus_grypus Hydrurga_leptonyx Leptonychotes_weddellii Lobodon_carcinophagus Mirounga_angustirostris Mirounga_leonina Monachus_monachus Monachus_schauinslandi Neophoca_cinerea Odobenus_rosmarus Ommatophoca_rossii Otaria_byronia Phoca_caspica Phoca_fasciata Phoca_groenlandica Phoca_hispida Phoca_largha Phoca_sibirica Phoca_vitulina Phocarctos_hookeri Ursidae Zalophus_californianus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Arctocephalus_australis Arctocephalus_forsteri Arctocephalus_galapagoensis Arctocephalus_gazella Arctocephalus_philippii Arctocephalus_pusillus Arctocephalus_townsendi Arctocephalus_tropicalis Callorhinus_ursinus Canidae Canidae_Ursidae_Pinniped_MRP_outgroup Cystophora_cristata Erignathus_barbatus Eumetopias_jubatus Halichoerus_grypus Hydrurga_leptonyx Leptonychotes_weddellii Lobodon_carcinophagus Mirounga_angustirostris Mirounga_leonina Monachus_monachus Monachus_schauinslandi Neophoca_cinerea Odobenus_rosmarus Ommatophoca_rossii Otaria_byronia Phoca_caspica Phoca_fasciata Phoca_groenlandica Phoca_hispida Phoca_largha Phoca_sibirica Phoca_vitulina Phocarctos_hookeri Ursidae Zalophus_californianus ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Arctocephalus_australis Arctocephalus_forsteri Arctocephalus_galapagoensis Arctocephalus_gazella Arctocephalus_philippii Arctocephalus_pusillus Arctocephalus_townsendi Arctocephalus_tropicalis Callorhinus_ursinus Canis_lupus_familiaris Cystophora_cristata Erignathus_barbatus Eumetopias_jubatus Halichoerus_grypus Hydrurga_leptonyx Leptonychotes_weddellii Lobodon_carcinophagus Mirounga_angustirostris Mirounga_leonina Monachus_monachus Monachus_schauinslandi Neophoca_cinerea Odobenus_rosmarus Ommatophoca_rossii Otaria_byronia Phoca_caspica Phoca_fasciata Phoca_groenlandica Phoca_hispida Phoca_largha Phoca_sibirica Phoca_vitulina Phocarctos_hookeri 'Ursus arctos + Ursus maritimus' Zalophus_californianus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2945] TITLE Pinniped_MRP; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=462; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Arctocephalus_australis ??????????????????????????????????????????1100000000000000111111000000000000001111110000000000000000011110000000000000000010111110000000000000011011100000000000000000111101111011101100000000000000111111000000000000001111111100000000000000111111000000000000011111110000000000000011111000000000000001111??????????????????????????????????????????????????1111111000000000000??????????????????????????????????1111000??????????????????????????????????????????????????? Arctocephalus_forsteri 1000011000???????????10101????????100001111100000000000000111111000000000000001111110000000000000000011110000000000000000010111110000000000000011011100000000000000000111101111011001100000000000000111111000000000000001111111100000000000000111111000000000000011111110000000000000011111000000000000001111110000000111100000000011011110000000110???????????1111110000000000000?????01111101110011111101111011101111000111101011011011001101111110??????1100000000111000000 Arctocephalus_galapagoensis ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????110000000000000000011110111101110?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Odobenus_rosmarus ??????????????????????????????????????????1100000000000000100011000000000000001000110000000000000000010000000000000000000011000110000000000000010001100000000000000000100000000000001100000000000000100011000000000000001000001100000000000000100011000000000000010001100000000000000000011000000000000001000110000000101110000000000000110000000100?????110???111100000000000000011100011111011000101110011000110001110001110001000000011101011111001111001110001111110011111 Ommatophoca_rossii ??????????????????????????10011110????????1111101100000000000011100000011100000000111111110000000000000001100000000001100000000111111110000000000001110000000001111000000000000000001110000001111000000011111110000000000000001111001100000000000011111110000000000001111111100000000000011110110000000000000111110100001111111010000000111111000000?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Otaria_byronia ??????????????????????????????????????????1100000000000000111011000000000000001110110000000000000000011100000000000000000010110110000000000000011101100000000000000000111101000000001100000000000000111011000000000000001111101100000000000000110011000000000000011101110000000000000011011000000000000001110???????????????????????????????????????11??????????????????????????????????????????????????????????????1111100??????????????????????????????????????????????????? Phoca_caspica ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????111000000011110111000001111111110000000000000????????????????????111111110000000000000000000000000???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????1110000010000010000???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoca_fasciata ????????????????10100?????????????????????????????????????????????????????????????111000000011100000100001111110000010000000000????????????????????111110000001000000000000000000000?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoca_groenlandica ????????????????11111?????????????????????1111000000011000000011111000000000000000111000000011100000100001111110000010000000000111000000011100000001111100000010000000000000000000001111110000000000000011100000001110000000001110000000110000000011100000001110000001111000000001100000011100000001110000000???????????????????????????????????????????????1111110000011110000000???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoca_hispida ??????????????????????????????????????????1111000000010110000011111111100000000000111000000011110100000001111111000000000000000111000000011110000001111111000000000000000000000000001111111100000000000011100000001111010000001110000000111100000011100000001111100001111000000001110100011100000001111000000??????????????????????????????????????????????????1110000011001100000???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoca_largha ??????????1001??00????????????????????????1111000000010111000011111111000000000000111000000011111000000001111111101100000000000111000000011111100001111111111100000000000000000000001111111110000000000011100000001111100000001110000000111110000011100000001111100001111000000001111000011100000001111110000??????????????????????????????????????????????????1110000011001000000?????????110100????????????????????????????????????????????????????111111111101????????????? Phoca_sibirica ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????111000000011110110000001111111101000000000000????????????????????111111111000000000000000000000000?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoca_vitulina 1100011110100100?????10101????????11100???11110000000101110000111111100000000000001110000000111110000000011111111011000000000001110000000111111000011111111111000000000000000000000011111111100000000000111000000011111000000011100000001111110000???????????????????111100000000111100001110000000111111000011100000100111100000010000011100000100010111111111111000001100110000011001100011100011001100111101111101111110111100101111000001100111111111101111011110100111100 Phocarctos_hookeri ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????110000000000000000011110111000000????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????1100000000010000?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ursidae ??????????000010??????????????????????????1000000000000000000010000000000000000000100000000000000000000000000000000000000011000100000000000000000001000000000000000000000000000000001000000000000000000010000000000000000000001000000000000000000010000000000000000001000000000000000000010000000000000000000100000000001000000000000000100000000000??100100100100000000000000000010000010010000010001000010000100001000000100001000111011001100100001000000000001111000011111 Zalophus_californianus ??????????111011???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????110000000000000000011111000000000????????????????????1100000000000000110000??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????1100000000011100110000000111???????????111111110000000000011110??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????11000 ; END; BEGIN SETS; CHARSET mtco2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 106-127; CHARSET trna_asn (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 386-389; CHARSET rod_opsin (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 349-351; CHARSET trna_lys (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 425-428; CHARSET mtrnr2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 329-340; CHARSET tbg (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 371-375; CHARSET mtatp8 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 63-82; CHARSET trna_glu (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 405-411; CHARSET aldolase_c (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 6-10; CHARSET trna_trp (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 450-453; CHARSET mx (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 341-342; CHARSET trna_tyr (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 454-457; CHARSET trna_phe (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 433-437; CHARSET mtnd3 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 223-242; CHARSET hla_doa (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 27-29; CHARSET trna_asp (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 390-394; CHARSET mtnd5 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 282-301; CHARSET trna_cys (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 395-399; CHARSET trna_pro (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 438-443; CHARSET trna_arg (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 380-385; CHARSET mhc_dqb (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 40-42; CHARSET mtnd1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 181-200; CHARSET ob (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 343-345; CHARSET mtco1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 83-105; CHARSET mtco3 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 128-147; CHARSET trna_ala (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 376-379; CHARSET mtnd4 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 243-261; CHARSET trna_his (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 417-420; CHARSET cyp1a2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 19-21; CHARSET apob26 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 11-14; CHARSET mhc_class_ii_dqa_1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 30-34; CHARSET rag1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 346-348; CHARSET trna_gln (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 400-404; CHARSET trna_ile (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 421-424; CHARSET histone_h2af (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 22-26; CHARSET mtatp6 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 43-62; CHARSET sry (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 352-370; CHARSET mtnd2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 201-222; CHARSET mtnd4l (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 262-281; CHARSET aldolase_a (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 1-5; CHARSET mtrnr1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 313-328; CHARSET apob_editing (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 15-16; CHARSET trna_val (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 458-462; CHARSET trna_thr (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 444-449; CHARSET mtnd6 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 302-312; CHARSET trna_gly (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 412-416; CHARSET trna_met (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 429-432; CHARSET cyp1a1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 17-18; CHARSET mtcyb (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 148-180; CHARSET mhc_class_ii_dqa_2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP) = 35-39; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Arctocephalus_pusillus 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Arctocephalus_townsendi 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Canis_lupus_familiaris 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Cystophora_cristata 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Lobodon_carcinophagus 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Mirounga_angustirostris 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Mirounga_leonina TGACTTCGCCAAGTGGCGCTGTGTGCTAAAGATTGGGGAACACACCCCCTCAGCCCTTGCCATCATGGAAAATGCCAATGTTCTGGCCCGTTACGCCAGCATCTGCCAGCAGCATGGCATAAGGATGGCGCCAACTTTGCCAAGTGGCGTTGCGTGCTGAAAATCAGTGAGCGCACACCCTCAGCACTTGCCATTCTGGAGAATGCCAACGTGCTGGCCCGCTATGCCAGCATCTGCCAGCAGAATGGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Monachus_monachus 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Monachus_schauinslandi 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Odobenus_rosmarus 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Ommatophoca_rossii 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Otaria_byronia 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Phoca_groenlandica 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Phoca_hispida 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Phoca_vitulina 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2944] TITLE Pinniped_MRP_mtDNA; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=110; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110] [ . . . . . . . . . . .] Arctocephalus_australis ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011011010110???????????1111111000000000000????? Arctocephalus_forsteri 1000011000???????????10101????????10000111110000000000000000011011011010100???????????1111110000000000000????? Arctocephalus_galapagoensis ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011011010110??????????????????????????????????? Arctocephalus_gazella ???????????????????????????????????????111110000000000000000011011011100000???????????1111100000000000000????? Arctocephalus_philippii ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011011011000??????????????????????????????????? Arctocephalus_pusillus ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011100000000??????????????????????????????????? Arctocephalus_townsendi ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011011011000??????????????????????????????????? Arctocephalus_tropicalis ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011011100000??????????????????????????????????? Callorhinus_ursinus ??????????1100????????????????????????????110000000000000000011010000000001???????????110000000000000000011110 Canidae 0000000000????00??00000000???000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 Canidae_Ursidae_Pinniped_MRP_outgroup 00000000000000????00000000???000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 Cystophora_cristata ??????????????????????????????????????????111000000011000000000000000000000???????????1110000011110000000????? Erignathus_barbatus ??????????????????????????????????????????111000000010000000000000000000000???????????111000001000001100011001 Eumetopias_jubatus ??????????1110??00111?????????????????????11000000000000000001110000000000011?????????1111111100000000000????? Halichoerus_grypus ????????????????11110?????????????????????111000000011101111000000000000000??111??????1110000011100000000????? Hydrurga_leptonyx 1111111101???????????101101101110011010???111101011100000000000000000000000???????????1110000010000011110????? Leptonychotes_weddellii 1111111101???????????101101101111011100???111101011100000000000000000000000??110?????????????????????????????? Lobodon_carcinophagus ?????????????????????????????11001????????111101010000000000000000000000000??????????????????????????????????? Mirounga_angustirostris 1111011110????11?????11000001?????11011100111101100000000000000000000000000?????1111101110000010000011111????? Mirounga_leonina 1110010000???????????110000011100111011110111101100000000000000000000000000???????????1110000010000011111????? Monachus_monachus ??????????????????????????????????????????111110000000000000000000000000000??????????????????????????????????? Monachus_schauinslandi ?????????????????????????????10000????????111110000000000000000000000000000???????????1110000010000011100????? Neophoca_cinerea ??????????????????????????????????????????110000000000000000011010000000001??????????????????????????????????? Odobenus_rosmarus ??????????????????????????????????????????110000000000000000010000000000000?????110???111100000000000000011100 Ommatophoca_rossii ??????????????????????????10011110????????111101011000000000000000000000000??????????????????????????????????? Otaria_byronia ??????????????????????????????????????????11000000000000000001101110000000011????????????????????????????????? Phoca_caspica ??????????????????????????????????????????111000000011101111000000000000000???????????1110000010000010000????? Phoca_fasciata ????????????????10100?????????????????????111000000011110000000000000000000??????????????????????????????????? Phoca_groenlandica ????????????????11111?????????????????????111000000011110000000000000000000????????1111110000011110000000????? Phoca_hispida ??????????????????????????????????????????111000000011101110000000000000000???????????1110000011001100000????? Phoca_largha ??????????1001??00????????????????????????111000000011101000100000000000000???????????1110000011001000000????? Phoca_sibirica ??????????????????????????????????????????111000000011101100000000000000000??????????????????????????????????? Phoca_vitulina 1100011110100100?????10101????????11100???11100000001110100010000000000000010111111111111000001100110000011001 Phocarctos_hookeri ??????????????????????????????????????????110000000000000000011011010000000??????????????????????????????????? Ursidae ??????????000010??????????????????????????100000000000000000000000000000000??100100100100000000000000000010000 Zalophus_californianus ??????????111011??????????????????????????110000000000000000011100000000000???????????111111110000000000011110 ; END; BEGIN SETS; CHARSET cyp1a2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 19-21; CHARSET aldolase_c (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 6-10; CHARSET mhc_class_ii_dqa_1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 30-34; CHARSET tbg (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 106-110; CHARSET hla_doa (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 27-29; CHARSET aldolase_a (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 1-5; CHARSET rag1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 81-83; CHARSET mhc_dqb (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 40-42; CHARSET rod_opsin (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 84-86; CHARSET apob_editing (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 15-16; CHARSET ob (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 78-80; CHARSET cyp1a1 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 17-18; CHARSET sry (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 87-105; CHARSET mhc_class_ii_dqa_2 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 35-39; CHARSET mx (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 76-77; CHARSET histone_h2af (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 22-26; CHARSET apob26 (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 11-14; CHARSET mtDNA (CHARACTERS = Pinniped_MRP_mtDNA) = 43-75; END; BEGIN ASSUMPTIONS; WTSET * support b = 49.65: 107 , 21.25: 15 , 38.65: 109 , 36.85: 105 , 4.4: 100 , 35.9: 83 , 15.95: 37 , 43.25: 88 , 26.95: 33 , 40.0: 58 74 , 47.1: 13 , 25.0: 51 59 69 , 40.3: 108 , 31.6: 41 , 50.0: 12 14 17 44-50 52-57 61-63 70 72 77 79-80 , 19.4: 95 , 32.2: 91 , 45.0: 64 73 , 1.7: 98 , 33.05: 23 , 7.85: 90 , 16.3: 104 , 15.55: 94 , 43.95: 2 , 21.9: 89 , 8.6: 92 , 2.0: 16 101 , 23.45: 21 , 2.3: 99 , 27.95: 34 , 26.75: 28 , 4.0: 96 , 20.0: 65-66 75 , 35.15: 36 , 31.3: 7 , 28.45: 38 , 1.65: 97 , 33.0: 39 , 24.75: 42 , 33.5: 26 , 45.1: 5 , 15.9: 20 , 49.95: 27 29 82 110 , 49.9: 85 , 48.05: 18 , 35.0: 60 , 39.3: 103 , 8.45: 93 , 28.95: 32 , 15.0: 67-68 71 , 30.0: 31 , 47.65: 3 , 6.8: 24 , 37.75: 86 , 0.0: 43 , 30.8: 4 , 22.1: 102 ; WTSET support b = 43.95: 2 , 22.1: 102 , 28.45: 38 , 49.95: 27 29 82 110 , 15.0: 67-68 71 , 6.8: 24 , 37.75: 86 , 47.65: 3 , 33.05: 23 , 45.0: 64 73 , 35.9: 83 , 47.1: 13 , 33.5: 26 , 30.0: 31 , 32.2: 91 , 40.0: 58 74 , 7.85: 90 , 35.15: 36 , 31.6: 41 , 49.9: 85 , 36.85: 105 , 15.9: 20 , 28.95: 32 , 1.7: 98 , 40.3: 108 , 49.65: 107 , 38.65: 109 , 1.65: 97 , 39.3: 103 , 43.25: 88 , 15.95: 37 , 30.8: 4 , 45.1: 5 , 19.4: 95 , 4.0: 96 , 8.45: 93 , 16.3: 104 , 35.0: 60 , 26.95: 33 , 31.3: 7 , 20.0: 65-66 75 , 25.0: 51 59 69 , 0.0: 43 , 2.3: 99 , 26.75: 28 , 15.55: 94 , 33.0: 39 , 24.75: 42 , 2.0: 16 101 , 21.9: 89 , 48.05: 18 , 23.45: 21 , 4.4: 100 , 8.6: 92 , 27.95: 34 , 50.0: 12 14 17 44-50 52-57 61-63 70 72 77 79-80 , 21.25: 15 ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb9610; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Phoca_groenlandica, 2 Phoca_fasciata, 3 Phoca_caspica, 4 Otaria_byronia, 5 Ommatophoca_rossii, 6 Odobenus_rosmarus, 7 Neophoca_cinerea, 8 Monachus_schauinslandi, 9 Monachus_monachus, 10 Mirounga_leonina, 11 Mirounga_angustirostris, 12 Lobodon_carcinophagus, 13 Leptonychotes_weddellii, 14 Hydrurga_leptonyx, 15 Halichoerus_grypus, 16 Eumetopias_jubatus, 17 Erignathus_barbatus, 18 Cystophora_cristata, 19 Canis_lupus_familiaris, 20 Callorhinus_ursinus, 21 Arctocephalus_tropicalis, 22 Arctocephalus_townsendi, 23 Arctocephalus_pusillus, 24 Arctocephalus_philippii, 25 Arctocephalus_gazella, 26 Arctocephalus_galapagoensis, 27 Arctocephalus_forsteri, 28 Arctocephalus_australis, 29 Zalophus_californianus, 30 'Ursus arctos + Ursus maritimus', 31 Phocarctos_hookeri, 32 Phoca_vitulina, 33 Phoca_sibirica, 34 Phoca_largha, 35 Phoca_hispida; TREE Fig._2a = [&R] ((30,((6,(20,((16,29),((23,4),((7,31),((21,25),((24,22),(27,(28,26))))))))),(((8,9),((11,10),(12,((14,13),5)))),((((2,1),(15,((((32,34),33),35),3))),18),17)))),19); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9609; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Eumetopias_jubatus, 2 Erignathus_barbatus, 3 Cystophora_cristata, 4 Canidae, 5 Callorhinus_ursinus, 6 Arctocephalus_tropicalis, 7 Arctocephalus_townsendi, 8 Arctocephalus_pusillus, 9 Arctocephalus_philippii, 10 Arctocephalus_gazella, 11 Arctocephalus_galapagoensis, 12 Arctocephalus_forsteri, 13 Arctocephalus_australis, 14 Canidae_Ursidae_Pinniped_MRP_outgroup, 15 Zalophus_californianus, 16 Ursidae, 17 Phocarctos_hookeri, 18 Phoca_vitulina, 19 Phoca_sibirica, 20 Phoca_largha, 21 Phoca_hispida, 22 Phoca_groenlandica, 23 Phoca_fasciata, 24 Phoca_caspica, 25 Otaria_byronia, 26 Ommatophoca_rossii, 27 Odobenus_rosmarus, 28 Neophoca_cinerea, 29 Monachus_schauinslandi, 30 Monachus_monachus, 31 Mirounga_leonina, 32 Mirounga_angustirostris, 33 Lobodon_carcinophagus, 34 Leptonychotes_weddellii, 35 Hydrurga_leptonyx, 36 Halichoerus_grypus; TREE Fig._x = [&R] (4,(((((((((((13,11),12),(9,7)),(10,6)),17),(8,25)),(1,15)),(5,28)),27),(((3,((((36,24),21),19),(23,22),(20,18))),2),(((((35,34),26),33),(32,31)),(30,29)))),16)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9611; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Phoca_groenlandica, 2 Phoca_fasciata, 3 Phoca_caspica, 4 Otaria_byronia, 5 Ommatophoca_rossii, 6 Odobenus_rosmarus, 7 Neophoca_cinerea, 8 Monachus_schauinslandi, 9 Monachus_monachus, 10 Mirounga_leonina, 11 Mirounga_angustirostris, 12 Lobodon_carcinophagus, 13 Leptonychotes_weddellii, 14 Hydrurga_leptonyx, 15 Halichoerus_grypus, 16 Eumetopias_jubatus, 17 Erignathus_barbatus, 18 Cystophora_cristata, 19 Canis_lupus_familiaris, 20 Callorhinus_ursinus, 21 Arctocephalus_tropicalis, 22 Arctocephalus_townsendi, 23 Arctocephalus_pusillus, 24 Arctocephalus_philippii, 25 Arctocephalus_gazella, 26 Arctocephalus_galapagoensis, 27 Arctocephalus_forsteri, 28 Arctocephalus_australis, 29 Zalophus_californianus, 30 'Ursus arctos + Ursus maritimus', 31 Phocarctos_hookeri, 32 Phoca_vitulina, 33 Phoca_sibirica, 34 Phoca_largha, 35 Phoca_hispida; TREE Fig._2b = [&R] (19,30,(((((((((((28,26),27),(25,21)),(24,22)),31),(23,4)),7),(16,29)),20),6),(((18,(((((15,(2,1)),3),35),33),(34,32))),17),(((((14,13),5),12),(11,10)),(9,8))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb9608; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Zalophus_californianus, 2 Ursidae, 3 Phocarctos_hookeri, 4 Phoca_vitulina, 5 Phoca_sibirica, 6 Phoca_largha, 7 Phoca_hispida, 8 Phoca_groenlandica, 9 Phoca_fasciata, 10 Phoca_caspica, 11 Otaria_byronia, 12 Ommatophoca_rossii, 13 Odobenus_rosmarus, 14 Neophoca_cinerea, 15 Monachus_schauinslandi, 16 Monachus_monachus, 17 Mirounga_leonina, 18 Mirounga_angustirostris, 19 Lobodon_carcinophagus, 20 Leptonychotes_weddellii, 21 Hydrurga_leptonyx, 22 Halichoerus_grypus, 23 Eumetopias_jubatus, 24 Erignathus_barbatus, 25 Cystophora_cristata, 26 Canidae, 27 Callorhinus_ursinus, 28 Arctocephalus_tropicalis, 29 Arctocephalus_townsendi, 30 Arctocephalus_pusillus, 31 Arctocephalus_philippii, 32 Arctocephalus_gazella, 33 Arctocephalus_galapagoensis, 34 Arctocephalus_forsteri, 35 Arctocephalus_australis, 36 Canidae_Ursidae_Pinniped_MRP_outgroup; TREE Fig._1 = [&R] ((((((((((((((35,33),34),(32,28)),(31,29)),3),30),11),(23,1)),14),27),13),(((25,(((((22,10),5),(6,4)),7),(9,8))),24),(((((21,20),12),19),(18,17)),(16,15)))),2),26); END;