#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 23:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jerônimo G.H., Jesus A.L., Simmons D.R., James T.Y., & Pires-zottarelli C.L. 2019. Novel taxa in Cladochytriales (Chytridiomycota): Karlingiella (gen. nov.) and Nowakowskiella crenulata (sp. nov.). Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S23817] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Allochytridium_luteum_ATCC60989 Catenochytridium_sp_JEL044 Catenochytridium_sp_JEL145 Cladochytriaceae_sp_JEL072 Cladochytrium_replicatum_ALJ05 Cladochytrium_replicatum_CCIBt3845 Cladochytrium_replicatum_CCIBt4014 Cladochytrium_replicatum_CCIBt4263 Cladochytrium_replicatum_JEL180 Cladochytrium_replicatum_JEL303 Cladochytrium_sp_BR696 Cladochytrium_sp_JEL153 Cladochytrium_sp_SMS013 Cylindrochytridium_johnstonii_JEL596 Endochytrium_ramosum_JEL402 Endochytrium_sp_JEL324 Nephrochytrium_sp_JEL125 Nowakowskiella_crenulata_CCIBt4258 Nowakowskiella_crenulata_CCIBt4259 Nowakowskiella_elegans_JEL046 Nowakowskiella_elegans_JEL127 Nowakowskiella_elegans_JEL157 Nowakowskiella_elegans_M29 Nowakowskiella_elegans_UCB50_1 Nowakowskiella_elongata_ALJ09 Nowakowskiella_elongata_GHJ Nowakowskiella_hemisphaerospora_GHJ13 Nowakowskiella_multispora_CCIBt3864 Nowakowskiella_multispora_CCIBt4015 Nowakowskiella_ramosa_CCIBt4294 Nowakowskiella_sp_ALJ23 Nowakowskiella_sp_CCIBt4260 Nowakowskiella_sp_JH_CC2 Nowakowskiella_sp_JH_HBR Nowakowskiella_sp_JH_SA Polychytrium_aggregatum_ALJ30 Polychytrium_aggregatum_CCIBt4017 Polychytrium_aggregatum_JEL109 Septochytrium_sp_JEL177 Septochytrium_variabile_JEL191 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M49042] TITLE 'Cladochytriales 18S+ITS+28S rDNA'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2383; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Endochytrium_sp_JEL324 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Nephrochytrium_sp_JEL125 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; END; BEGIN SETS; CHARSET LSU (CHARACTERS = 'Cladochytriales 18S+ITS+28S rDNA') = 635-1516; CHARSET ITS (CHARACTERS = 'Cladochytriales 18S+ITS+28S rDNA') = 1-634; CHARSET SSU (CHARACTERS = 'Cladochytriales 18S+ITS+28S rDNA') = 1517-2383; END; BEGIN TREES; TITLE Cladochytriales_MLT; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Allochytridium_luteum_ATCC60989, 2 Catenochytridium_sp_JEL044, 3 Catenochytridium_sp_JEL145, 4 Cladochytriaceae_sp_JEL072, 5 Cladochytrium_replicatum_ALJ05, 6 Cladochytrium_replicatum_CCIBt3845, 7 Cladochytrium_replicatum_CCIBt4014, 8 Cladochytrium_replicatum_CCIBt4263, 9 Cladochytrium_replicatum_JEL180, 10 Cladochytrium_replicatum_JEL303, 11 Cladochytrium_sp_BR696, 12 Cladochytrium_sp_JEL153, 13 Cladochytrium_sp_SMS013, 14 Cylindrochytridium_johnstonii_JEL596, 15 Endochytrium_ramosum_JEL402, 16 Endochytrium_sp_JEL324, 17 Nephrochytrium_sp_JEL125, 18 Nowakowskiella_crenulata_CCIBt4258, 19 Nowakowskiella_crenulata_CCIBt4259, 20 Nowakowskiella_elegans_JEL046, 21 Nowakowskiella_elegans_JEL127, 22 Nowakowskiella_elegans_JEL157, 23 Nowakowskiella_elegans_M29, 24 Nowakowskiella_elegans_UCB50_1, 25 Nowakowskiella_elongata_ALJ09, 26 Nowakowskiella_elongata_GHJ, 27 Nowakowskiella_hemisphaerospora_GHJ13, 28 Nowakowskiella_multispora_CCIBt3864, 29 Nowakowskiella_multispora_CCIBt4015, 30 Nowakowskiella_ramosa_CCIBt4294, 31 Nowakowskiella_sp_ALJ23, 32 Nowakowskiella_sp_CCIBt4260, 33 Nowakowskiella_sp_JH_CC2, 34 Nowakowskiella_sp_JH_HBR, 35 Nowakowskiella_sp_JH_SA, 36 Polychytrium_aggregatum_ALJ30, 37 Polychytrium_aggregatum_CCIBt4017, 38 Polychytrium_aggregatum_JEL109, 39 Septochytrium_sp_JEL177, 40 Septochytrium_variabile_JEL191; TREE bestREP16 = [&R] ((1:1.0E-8,16:1.0E-8)100:0.063140715,((4:0.04069577,(2:0.14661948,(14:0.00513962,(3:0.01831128,(39:1.0E-8,40:0.0019517)98:0.00981193)35:0.00169918)88:0.011245)97:0.03917248)75:0.03156,(((37:0.02127922,(36:1.0E-8,38:0.00605852)100:0.03176258)100:0.17574105,(17:0.05871847,((25:0.02439488,26:4.3761E-4)100:0.15196155,(8:0.02592137,((7:1.0E-8,9:1.0E-8,11:1.0E-8)19:6.4361E-4,(5:1.0E-8,6:1.0E-8,(10:0.01776649,12:1.0E-8,13:1.0E-8)100:0.01787443)24:0.00759267)98:0.02357259)100:0.09359714)98:0.06513044)98:0.05859161)97:0.07577622,(15:0.03571647,((28:1.0E-8,29:1.0E-8)100:0.09391079,(((27:0.05562795,34:0.01843565)96:0.06175869,(33:0.03981911,35:0.03328634)100:0.05968469)83:0.05546102,((32:0.02830415,(18:1.0E-8,19:1.0E-8)100:0.03395046)100:0.07407229,(30:0.01048486,(31:0.00131532,(22:1.0E-8,(20:1.0E-8,24:1.0E-8)56:0.00184291,(21:0.00183003,23:0.01772354)54:0.00160854)54:0.0181764)76:0.05205584)67:0.02943127)72:0.03677225)53:0.00905606)69:0.03948866)43:0.01485245)51:0.01257702)100:0.063140715); END; 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END;