#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 9:17 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kaehler M., Michelangeli F.A., & Lohmann L.G. 2019. Fine tuning the circumscription of Fridericia (Bignonieae, Bignoniaceae). Taxon, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S23884] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=98; TAXLABELS Adenocalymma_marginatum Adenocalymma_trichocladum Anemopaegma_robustum Bignonia_uleana Cuspidaria_argentea Cuspidaria_cinerea Cuspidaria_convoluta Cuspidaria_cratense Cuspidaria_floribunda Cuspidaria_inaequalis Cuspidaria_lateriflora Cuspidaria_multiflora Cuspidaria_pulchra Cuspidaria_subincana 'Dolichandra unguis-cati' Fridericia_arthrerion Fridericia_bahiensis Fridericia_bracteolata Fridericia_candicans Fridericia_caudigera Fridericia_celastroides Fridericia_chica Fridericia_cinerea Fridericia_cinnamomea Fridericia_conjugata Fridericia_craterophora Fridericia_cuneifolia Fridericia_dichotoma Fridericia_dispar Fridericia_egensis Fridericia_erubescens Fridericia_fanshawei Fridericia_florida Fridericia_formosa Fridericia_japurensis Fridericia_leucopogon Fridericia_molissima Fridericia_monophylla Fridericia_nicotianiflora Fridericia_nigrescens Fridericia_oligantha Fridericia_paradoxa Fridericia_parviflora Fridericia_patellifera Fridericia_platyphylla Fridericia_podopogon Fridericia_poeppigii Fridericia_prancei Fridericia_pubescens Fridericia_rego Fridericia_samydoides Fridericia_schumanniana Fridericia_simplex Fridericia_sp._nov. Fridericia_speciosa Fridericia_spicata Fridericia_subincana Fridericia_trailii Fridericia_triplinervia Fridericia_tuberculata Fridericia_tynanthoides Lundia_corymbifera Lundia_densiflora Lundia_erionema Lundia_helicocalyx Lundia_longa Lundia_nitidula Lundia_spruceana Lundia_virginalis Mansoa_hirsuta Pachyptera_aromatica Stizophyllum_riparium Tanaecium_affine Tanaecium_caudiculatum Tanaecium_crucigerum Tanaecium_cyrtanthum Tanaecium_pyramidatum Tanaecium_revillae Tanaecium_selloi Tanaecium_tetragonolobum Tanaecium_truncatum Tanaecium_xanthophyllym Tynanthus_cognatus Tynanthus_croatianus Tynanthus_densiflorus Tynanthus_espiritosantensis Tynanthus_fasciculatus Tynanthus_guatemalensis Tynanthus_labiatus Tynanthus_macranthus Tynanthus_micranthus Tynanthus_panurensis Tynanthus_polyanthus Tynanthus_pubescens Tynanthus_schumannianus Xylophragma_harleyi Xylophragma_myrianthum Xylophragma_pratense ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M48706] TITLE Fridericia_ndhF_PepC; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2776; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Cuspidaria_cinerea 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Cuspidaria_lateriflora 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Cuspidaria_multiflora 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Fridericia_arthrerion 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Fridericia_bracteolata 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Fridericia_cinnamomea 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Fridericia_egensis 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Fridericia_fanshawei 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Fridericia_japurensis 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Fridericia_leucopogon 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Fridericia_molissima 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Fridericia_monophylla 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Fridericia_nicotianiflora 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Fridericia_nigrescens 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Fridericia_paradoxa 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Fridericia_prancei 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Fridericia_simplex 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Fridericia_sp._nov. 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Fridericia_spicata 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Fridericia_trailii 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Fridericia_tuberculata 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Fridericia_tynanthoides 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Stizophyllum_riparium 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Tanaecium_pyramidatum 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Tanaecium_revillae 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Tynanthus_cognatus 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Tynanthus_croatianus 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Tynanthus_densiflorus 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Tynanthus_espiritosantensis 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Tynanthus_fasciculatus 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Tynanthus_guatemalensis 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Tynanthus_macranthus 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Tynanthus_micranthus 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Xylophragma_harleyi 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Xylophragma_myrianthum GATCATACCTTTCCTTCCGCTTCTGGTTCCTATGTTAATAGCAGCGGGACTTCTTCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCGAGTATTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTGCAACTAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATACCAGTTCTATCTATCAATATGTATGGTCTTGGACCCTTGATAAGGATTTTTCTTTA-GAATTTGGCTACTTGATTGATCCACTTACTTCTATTATGTTAATGTTAATCACTACTGTTGGAATTATGGTTCTAATTTATAGTGATAATTATATGGCTCACGATCAAGGATACTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCTATGTTGGGA---------------------------------------------------------TTAGTTACTAGCTCGAATTTGGTACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAATGTGTTCCTATCTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCTCCCGCGGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTTGAATTTCGGGATTTATTCGAAATATTCAATAACTTAATTTCTAATAATGAAGTAAATTGTCCATTTGTTACTTTGTGTGCTGCTCTATTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCGGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCTATGGAGGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGGATTTTTCTTGTAGCTCGCCTTCTTCCTCTTTTCATAGTTATACCTTATATAATGAATTTAATCTCTTTGATAGGCCTAATCACAGTCTTATTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCCTATTCGACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCACTAGGAATGGGTTCTTATCGAAGTGCCTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCTAAAGCATTATTATTTTTAGGGTCTGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGCTATTCT-CCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGCGGTTTAAGAAAACATGTACCAATTACCAAAACCTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCGCCTCTTGCTTGTTTTTGGTCAAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCGATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCCACAGCAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAAGGGCATTTAAACGTTCATTTTCAAAATTACAGTGGCAGCCAAAATACCCCTTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAGGGGTGTTCACAAAAAATTAACAAAAATTTTCGTTTATTAAGAATGAATAATAATGAAAGTTCTTCTTTCTT------TTCG---AAAAAGACATATCGAAGTGATGAGACTGTAAGAAAAACAAATAGGGGACAGCCTT---------TTATTAATATTATTTATTTTGATAC------TAAAAAGCCTTTTTCCTATCCTTATGAATCTGACAATACGATGTTATTTCCTTTACTTGTATTAGTCCTATTTACTTTGTTTGTTGGATCCCTAGGAATTCCTTTTAATCAAGAAGGAACAGATTTGGATATATTAGCCAAATGGTTAGCTCCGTCTATTAACCTTTTACATCAAAAGTCAAAGGATTCGGCAAATTCGTATGAATTTTTGAAAGATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTCTAGCGTCCTTTTTATATAAACCCATTTA---TTCCTCTTTCAAAAATTTCGACTTAATTAATTTATTTGTTAAAACAGGGCCGAAGAGAAGCTGTTGGGACAAAATTCTAAACGTCCTATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTATATAGATGCTTTTTATACAACATCCTTGACTGGGGCGATAAGAGGATTGTCGCAATTAACTCATTTTTTTGATAGACGAGTAATTGATGGAATTACAATGGTATTGTCCTCCTCTGCAAGTTACTTATTTGGACATATTTTCTGAAACTAT---TTTTTATT----TTCTCG-AAAAAAGT----ATTTCACAGTAATTATTCAAAGCATGGAAT-AACGATCATTGGGATTTCTCATGTATACTAATCACTGAAACT-CAGCATTTTA----------------------------------------GAGAGCTGATTCCTTAAAAGAAGCAACGTCTTTGAGGTATCATTGATGAACGTTGACATAATAAGTGAAGATTTATGTG----GT-TCCA---AATTGCTAATTGAACCT----TAGACG--GGGTTGATTTA--------ATAT-AGGATGAATCTAATACTTATATGCATCGACATGCATTATGTTATTAGATTCCTATAACGACATCACG--------AAGATTCTTTATTTACCAGATCTTGATAAA-----------------------------------------CATCTTATCCTAAAACGTTACAGATATGTGTGGA-T--TAATAGCATAGGTTATCCCATCTCGAATACACTTTTCAATATCTAAAATTGCAGTTGACATGTAACATATATGATGCTAG Xylophragma_pratense -------CCTTTCCTTCCGCTTCTGGTTCCTATGTTAATAGCAGCGGGACTTCTTCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAATCTTCGTCGTATGTGGGCTTTTCCGAGTATTTTATTGTTAAGTATAGTCATGATTTTTGCAACTAATCTGTCTATTCAGCAAATAAATACCAGTTCTATCTATCAATATGTATGGTCTTGGACCCTTGATAAGGATTTTTCTTTA-GAATTTGGCTACTTGATTGATCCACTTACTTCTATTATGTTAATGTTAATCACTACTGTTGGAATTATGGTTCTAATTTATAGTGATAATTATATGGCTCACGATCAAGGATACTTGAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCTATGTTGGGA---------------------------------------------------------TTAGTTACTAGCTCGAATTTGGTACAAATTTATATTTTTTGGGAATTGGTTGGAATGTGTTCCTATCTATTAATAGGGTTTTGGTTCACACGACCTCCCGCGGCAAGTGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGTAGTTTTGAATTTCGGGATTTATTCGAAATATTCAATAACTTAATTTCTAATAATGAAGTAAATTGTCCATTTGTTACTTTGTGTGCTGCTCTATTATTTGCCGGTGCAGTTGCTAAATCGGCACAATTTCCCCTTCATGTATGGTTACCTGATGCTATGGAGGGACCCACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGGATTTTTCTTGTAGCTCGCCTTCTTCCTCTTTTCATAGTTATACCTTATATAATGAATTTAATCTCTTTGATAGGCCTAATCACAGTCTTATTAGGAGCTACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCCTATTCGACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCACTAGGAATGGGTTCTTATCGAAGTGCCTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCTAAAGCATTATTATTTTTAGGGTCTGGATCCGTTATTCATTCAATGGAAACTATTGTTGGCTATTCT-CCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGCGGTTTAAGAAAACATGTACCAATTACCAAAACCTCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCGCCTCTTGCTTGTTTTTGGTCAAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCGATTTTCGCAATAATAGCTTGGGCCACAGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATCTATTTACTTACTTTTGAGGGGCATTTAAACGTTCATTTTCAAAATTACAGTGGCAGCCAAAATACCCCTTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAGGGGTGTTCACAAAAAATTAACAAAAATTTTCGTTTATTAAGAATGAATAATAATGAAAGTTCTTCTTTCTT------TTCG---AAAAAGACATATCGAAGTGATGAGACTGTAAGAAAAACAAATAGGGGACAGCCTT---------TTATTAATATTATTTATTTTGATAC------TAAAAAGCCTTTTTCCTATCCTTATGAATCTGACAATACGATGTTATTTCCTTTACTTGTATTAGTCCTATTTACTTTGTTTGTTGGATCCCTAGGAATTCCTTTTAATCAAGAAGGAACAGATTTGGATATATTAGCCAAATGGTTAGCTCCGTCTATTAACCTTTTACATCAAAAGTCAAAGGATTCGGCAAATTCGTATGAATTTTTGAAAGATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTATTTCGGAATATTTCTAGCGTCCTTTTTATATAAACCCATTTA---TTCCTCTTTCAAAAATTTCGACTTAATTAATTTATTTGTTAAAACAGGGCCGAAGAGAAGCTGTTGGGACAAAATTCTAAACGTCCTATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTATATAGATGCTTTTTATACAACATCCTTGACTGGGGCGATAAGAGGATTGGCGCAAATAACCCATTTTTT----------------------------ATGGTATTGTCCTCCTCTGCAAGTTACTTATTTGGACATATTTTCTGAAACTAT---TTTTTATT----TTCTCG-AAAAAAGT----ATTTCACAGTAATTATTCAAAGCATGGAAT-AACGATCATTGGGATTTCTCATGTATACTAATCACTGAAACT-CAGCATTTTA----------------------------------------GAGAGCTGATTCCTTAAAAGAAGCAACATCTTTGAGGTATCATTGATGAACGTTGACAGAATAAGTGAAGATTTACGTG----GT-TCCA---AATTGCTAATTGAGCCT----TAGACGGTGGGTTGATTTA--------ATAT-AGGATGAATCTAATACTTATATGCATCGACATGCATTGTGTTATTAGATTCCTATAACGACATCACG--------AAGATTCTTTATTTACCAGATCTTGATAAA-----------------------------------------CATCTTATCCTAAAACGTTACAGATATGTGTGGA-T--TAATAGCATAGGTTATCCCATCTCGAATACACTTTTCAATATCTAAAATTGCAGCTGACATGTAACATATATGATGCTAG ; END; BEGIN TREES; TITLE Fridericia_MLT; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Adenocalymma_marginatum, 2 Anemopaegma_robustum, 3 Adenocalymma_trichocladum, 4 Bignonia_uleana, 5 Cuspidaria_argentea, 6 Cuspidaria_cinerea, 7 Cuspidaria_convoluta, 8 Cuspidaria_cratense, 9 Cuspidaria_floribunda, 10 Cuspidaria_inaequalis, 11 Cuspidaria_lateriflora, 12 Cuspidaria_multiflora, 13 Cuspidaria_pulchra, 14 Cuspidaria_subincana, 15 'Dolichandra unguis-cati', 16 Fridericia_arthrerion, 17 Fridericia_bahiensis, 18 Fridericia_bracteolata, 19 Fridericia_candicans, 20 Fridericia_caudigera, 21 Fridericia_celastroides, 22 Fridericia_chica, 23 Fridericia_cinerea, 24 Fridericia_cinnamomea, 25 Fridericia_conjugata, 26 Fridericia_craterophora, 27 Fridericia_cuneifolia, 28 Fridericia_dichotoma, 29 Fridericia_dispar, 30 Fridericia_egensis, 31 Fridericia_erubescens, 32 Fridericia_fanshawei, 33 Fridericia_florida, 34 Fridericia_formosa, 35 Fridericia_japurensis, 36 Fridericia_leucopogon, 37 Fridericia_molissima, 38 Fridericia_monophylla, 39 Fridericia_nicotianiflora, 40 Fridericia_nigrescens, 41 Fridericia_oligantha, 42 Fridericia_paradoxa, 43 Fridericia_parviflora, 44 Fridericia_patellifera, 45 Fridericia_platyphylla, 46 Fridericia_podopogon, 47 Fridericia_poeppigii, 48 Fridericia_prancei, 49 Fridericia_pubescens, 50 Fridericia_rego, 51 Fridericia_samydoides, 52 Fridericia_schumanniana, 53 Fridericia_simplex, 54 Fridericia_speciosa, 55 Fridericia_spicata, 56 Fridericia_sp._nov., 57 Fridericia_subincana, 58 Fridericia_trailii, 59 Fridericia_triplinervia, 60 Fridericia_tuberculata, 61 Fridericia_tynanthoides, 62 Lundia_corymbifera, 63 Lundia_densiflora, 64 Lundia_erionema, 65 Lundia_helicocalyx, 66 Lundia_longa, 67 Lundia_nitidula, 68 Lundia_spruceana, 69 Lundia_virginalis, 70 Mansoa_hirsuta, 71 Pachyptera_aromatica, 72 Stizophyllum_riparium, 73 Tanaecium_affine, 74 Tanaecium_caudiculatum, 75 Tanaecium_crucigerum, 76 Tanaecium_cyrtanthum, 77 Tanaecium_pyramidatum, 78 Tanaecium_revillae, 79 Tanaecium_selloi, 80 Tanaecium_tetragonolobum, 81 Tanaecium_truncatum, 82 Tanaecium_xanthophyllym, 83 Tynanthus_cognatus, 84 Tynanthus_croatianus, 85 Tynanthus_densiflorus, 86 Tynanthus_espiritosantensis, 87 Tynanthus_fasciculatus, 88 Tynanthus_guatemalensis, 89 Tynanthus_labiatus, 90 Tynanthus_macranthus, 91 Tynanthus_micranthus, 92 Tynanthus_panurensis, 93 Tynanthus_polyanthus, 94 Tynanthus_pubescens, 95 Tynanthus_schumannianus, 96 Xylophragma_harleyi, 97 Xylophragma_myrianthum, 98 Xylophragma_pratense; TREE Fig._2 = [&R] ((4:0.016169069456120625,(70:0.01815946342627669,2:0.012763332462477801):0.0019029743911598178):0.006491700267503869,(((82:0.015809259335693254,(43:0.008976332112634215,(((73:0.0016973866726540275,80:0.0012912623764786129):0.010751212651638354,81:0.011700365916500068):0.001519289382560004,(((75:0.007661715877173975,76:0.004218298321923669):0.006353182393281001,(79:0.011151238647599242,(42:0.01102379652189346,(28:0.003027984712045445,78:0.008856044727034721):0.003872374132110585):0.005826856455993637):0.0012781345864146657):0.001270865873399946,(74:0.01577004404531841,77:0.02172218072961063):0.0013595956151710585):1.00000050002909E-6):3.6559317108118486E-4):0.002209788214929096):0.0016309573651760371,(((90:0.012649577298849336,((93:0.004237920364568899,83:0.009119472363328104):0.0020960823780370756,(((94:0.005126230230670457,92:0.003828913172464181):0.0028516878761031166,(85:0.004160944988820517,(88:0.005032494158802567,84:0.0029321086798232243):0.0012329435244656745):3.9256318233850304E-4):8.325407216205778E-4,(95:0.0029430227137457105,(86:0.005430532309048906,(91:0.003339862650029697,(87:0.004187638194134982,89:0.002500762487345322):8.35585774801128E-4):8.54728032136131E-4):8.225778513905014E-4):0.0028814127681259802):9.310414036132269E-4):0.002876375789624544):0.0070463081044601075,(((((11:0.002100080390171468,12:0.007617591181079116):3.9441814209425287E-4,8:0.0037728646150410224):8.369985345904525E-4,(5:0.0038206129762054135,7:0.007033324825753439):0.0024846529094401854):0.0012143948915217093,9:0.01285755443311606):0.005019249208290394,(14:0.011917917151376639,((6:0.006759712952124673,13:0.012372862881333602):0.0024141750644955146,(18:0.008793370231402394,(38:0.005952586539435869,10:0.005509623286333048):0.007287308781719711):0.00258258537813605):0.002446844204592055):9.560153921221299E-4):0.002074635488287728):8.777971870614876E-4,(((96:0.006420509214288813,(97:0.002274321885946171,98:0.0022446457957590563):0.0028541783515727026):0.008122610865241683,((48:0.006815712173975748,(45:0.01456906498181594,21:0.0031238334135947777):0.0028324430810467306):0.00571615724770253,((((24:8.327480765559168E-4,40:0.0029366187332690837):8.351221420626384E-4,(3:0.002141693200440518,29:0.006153650616183238):4.2097142984172923E-4):8.734290771357247E-4,(55:0.011826400650994322,(((17:0.007725798410458021,25:0.0029280840781587916):3.9808648649845976E-4,(57:0.004609852989574257,50:0.008043853057585768):3.9743068265065356E-4):1.00000050002909E-6,(((((37:4.250330696424755E-4,(16:0.0012476353572219785,(60:4.3891795604444504E-4,56:4.1591488457347624E-4):0.0016720341385664669):0.0012524114616656269):4.161598748125398E-4,(49:0.0045831788020604305,23:0.0024926519683110848):1.00000050002909E-6):8.286805123846021E-4,((58:0.005006819944257152,54:0.003349075411974559):8.21975005006149E-4,(22:0.0016596734141023854,20:4.143176418436304E-4):8.277212769629826E-4):1.00000050002909E-6):4.148681197709872E-4,(61:0.015172840523073553,(33:0.003922610003735327,19:0.0032315174116708772):0.002092812535707413):0.0026184942798927187):8.352413680464724E-4,32:0.0041475167936374105):4.1199902736439436E-4):1.00000050002909E-6):0.004986242629362265):4.0825077709433655E-4,(31:0.007342929706598218,(((27:4.0836604020043474E-4,((34:8.399051234305751E-4,36:4.076877112678588E-4):8.191290231801876E-4,(47:0.0016431803301569597,44:0.0024708469832065635):1.00000050002909E-6):0.002049879264237192):4.0472210119741833E-4,51:0.0028862326886663816):0.0033037668199286867,((59:0.00707035579636477,(53:0.005388825089368925,(46:0.005175075252368462,(52:0.004042305789112429,(30:4.131156289257233E-4,(41:8.313732778642117E-4,35:0.0012444581373947253):4.147626711934016E-4):9.625524546441435E-4):0.004186430754726929):0.002775106052268985):8.68517106657876E-4):1.00000050002909E-6,(26:0.0023338782428043133,39:0.0024838344288486097):0.0013892830302038581):1.00000050002909E-6):0.006210334096321858):1.00000050002909E-6):0.0013472983515917154):0.002832515582222907):8.089013531875578E-4,(65:0.018645950328701335,(68:0.007489813262623923,(((67:0.003988563500766006,(66:8.755036872505729E-4,69:8.749389285074973E-4):4.2791759827628685E-4):0.0017815786705976477,62:0.005363431618787613):8.67647932089861E-4,(63:0.0056855831759581405,64:0.002623774896263429):8.709541987986364E-4):1.00000050002909E-6):0.0017216926461922821):0.009399801185838576):1.00000050002909E-6):8.238042911266723E-4):0.009313955738030233,(71:0.014002041982522846,(1:0.029580845760076743,72:0.020585528620400723):0.0023420907734941097):6.09780571103228E-4):3.1516832361277053E-4,15:0.027871578193574262); 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